TaqMan MGB探针实时聚合酶链反应检测白纹伊蚊体内登革病毒

目的初步研究TaqMan MGB探针实时聚合酶链反应（TaqMan MGB Real-time PCR）检测白纹伊蚊登革病毒的敏感性，建立一种敏感、特异、重复性好的登革病毒（Dengue virus，DV）鉴定方法。方法在实验室使雌性白纹伊蚊人工感染Den-2型病毒，设不同的感染蚊虫浓度（只／500μl或只／1000μ1）和不同的分组方法（不加未染毒的蚊虫、分别用未染毒的实验室饲养的雌性白纹伊蚊补加到每份标本10、25、50只／组），利用一步法和二步法TaqMan MGB PCR检测，根据荧光信号判断结果。结果二步法TaqMan MGB PCR可检测到标本中感染蚊虫的最低浓度为2只／500μl和3只／1000μl，一步法TaqMan MGB PCR可检测到标本中感染蚊虫的最低浓度为5只／500μl，蚊自身的RNA对登革病毒RNA的检测敏感性并无明显的影响。结论TaqMan MGB探针检测白纹伊蚊体内的DV敏感度高，特异性好，是白纹伊蚊携带登革病毒指数较理想的监测方法，标本较好的处理方法为500μl标本处理液研磨20～30只／组，TaqMan MGB Real-time PCR最好采用二步法。     

乙型肝炎病毒前C区/BCP区突变对血清HBV DNA含量的影响

目的利用基因芯片技术检测乙型肝炎病毒(HBV)前C区/BCP区基因突变,探讨前C区/BCP区基因突变后血清HBV DNA水平的变化。方法应用基因芯片技术检测95例慢性乙肝的HBV前C区1896、1814及HBV C基因启动子(BCP)1762、1764四位点突变,同时用荧光定量PCR检测血清HBV DNA含量。结果95份血清标本中,有91份分别检测到了HBV前C区/BCP区基因突变,阳性率95.8%,其中G1896A突变33例(36.3%),A1762T G1764A联合突变64例(70.3%),G1896A A1762T G1764A联合突变22例(24.2%),未检测到A1814C突变毒株。G1896A A1762T G1764A联合突变后,血清HBV DNA水平较未变异组降低(P<0.05),其它各组则无显著变化。结论应用基因芯片法可同时检测HBV多个突变位点。乙型肝炎病毒前C区/BCP区突变对血清HBV DNA含量有一定的影响。     

应用多重TaqMan MGB探针实时聚合酶链反应检测A型和B型流感病毒的研究

目的 应用多重real-time PCR方法检测A型和B型流感病毒,探讨其在快速诊断流感病毒感染中的优越性.方法 根据A型和B型流感病毒M基因的相对保守序列,设计两套特异性引物和TaqMan MGB探针,进行多重real-time PCR检测A型和B型流感病毒.将该方法与病毒分离、免疫层析、传统RT-PCR进行比较,并对多重real-time PCR的特异性进行评估.并应用multiplex real-time PCR方法和常规的病毒分离方法对广东省流感样病例334份咽拭标本进行检测,比较其灵敏性和特异性.结果 多重real-time PCR反应可以检测到A、B型流感病毒的最低病毒量分别为10-1和10-3TCID50/反应.该方法在对流感病毒株以及其他呼吸道病毒株样品的检测中,未发现假阳性和假阴性现象,特异性为100%.该方法对334份临床标本进行检测,结果与经典检测方法(病毒分离鉴定结合血清学检测)的符合率达100%,且灵敏度明显高于病毒分离.结论 该研究建立的多重TaqMan MGB real-time PCR是一种快速、灵敏性和特异性高的流感病毒检测方法,对于流感的早期诊断及指导临床有重要意义.     

应用突变特异PCR检测HBV前C区nt1896位点突变

目的建立检则HBV前C区突变的突变特异聚合酶链反应(msPCR)方法,探讨前C区突变与肝病临床分型、e系统状态及病毒复制的关系。方法根据HBV前C区nt1896G→A突变设计并合成引物,建立msPCR检测方法,通过测序和扩增产物电泳证实msPCR的特异性。结果229例急性肝炎、慢性肝炎轻度、中度、重度及肝硬化患者nt1896突变株感染率分别为25.0%、5.3%、5.2%、27.8%和20.0%;野生株和突变株混合感染率分别是62.5%、32.9%、50.6%、38.9%和38.0%。221例慢性HBV感染者中,野生株、突变株和混合感染者血清HBeAg阳性率分别为71.3%、34.8%和51.1%;HBVDNA含量分别为7.1×108±3.3×106、7.2×107±1.3×106和2.1×109±2.4×106copies/ml;ALT异常率分别为46.3%、73.9%和54.4%,突变组显著高于野生组(P<0.05)。干扰素治疗后,混合感染者血清HBVDNA的阴转率显著高于野生株(P<0.05)。结论msPCR检测nt1896突变灵敏特异,nt1896突变与肝病严重性有密切关系。     

诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR的检测研究

目的建立特异、灵敏的诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR快速检测方法。方法根据GenBank诺如病毒遗传组Ⅱ型代表株保守序列设计特异引物对和TaqMan～MGB探针，调整引物、探针浓度，优化最佳反应条件，建立一步法实时荧光PCR快速检测反应体系，进行灵敏度、特异性、稳定性试验，以评价反应体系，并与引物P289／P290常规RT—PCR进行灵敏度比较。结果诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR检测时限短，仅1h就出结果；最低检出下限为100拷贝/mL，比引物P289／P290常规RT—PCR灵敏度高100倍；与轮状病毒、腺病毒、星状病毒、甲肝病毒无交叉反应；4份核酸含量不同的标本重复检测5次，平均G值变异系数范围0．96％-2．27％。结论诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR快速、特异、灵敏、稳定性好。可应用于突发公共卫生应急检测，提高快速检测能力。     

黄病毒属TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法建立

目的 建立用于检测黄病毒属的TaqMan探针荧光定量RT-PCR方法。方法 从GenBank中检索黄病毒属代表株的全基因序列,通过DNAstar进行序列比对和blast进行保守序列搜索和分析,用Beacon Designer 7.0软件进行引物和TaqMan探针设计,以乙脑毒株MB090509 RNA为模板,优化反应条件并应用于现场蚊虫标本检测。结果 确定黄病毒属TaqMan探针荧光定量RT-PCR反应条件为:45℃15 min,95℃10 min,95℃10 s→54℃45 s,40次循环,引物和探针终浓度为200 nmol/L。灵敏度为常规RT-PCR方法 100倍,检出限2.9×10-3噬斑形成单位(PFU)/mL,与甲病毒属、东南亚十二节段RNA病毒属、布尼亚病毒属均无交叉反应。从161份现场蚊虫标本中检测出11份阳性标本,经病毒分离、测序均被证实为乙脑病毒。结论 本研究建立的黄病毒属TaqMan探针荧光定量RT-PCR方法具有广泛应用价值。     

TaqMan MGB双探针方法检测慢性乙型肝炎病毒YMDD变异的研究

目的探讨TaqMan MGB双探针方法检测慢性乙型肝炎病毒YMDD变异的可靠性。方法采用荧光定量PCR法检测HBV DNA含量,TaqMan MGB双探针方法和测序方法检测其YMDD变异,以测序方法为参考方法,评价TaqMan MGB双探针方法检测慢性乙型肝炎病毒YMDD变异的可靠性。结果246例HBV DNA阳性患者血清标本中,TaqMan MGB双探针方法阳性检出率为100%,100例正常对照全部为阴性;YMDD无突变106例,YMDD有突变(YIDD变异 YVDD变异)140例,与核酸测序方法比较,符合率为100%;该方法经过敏感度实验,最低检出下限为1×103拷贝/ml。结论TaqMan MGB双探针方法能便捷、灵敏、特异地检测YMDD基序变异情况,适用于临床检测慢性乙型肝炎患者拉米夫定治疗的YMDD基序变异。     

TaqMan MGB双探针实时PCR快速检测结核分枝杆菌rpoB基因多位点突变方法的建立

目的建立快速、灵敏的检测结核分枝杆菌rpoB基因常见突变位点的新方法。方法采用TaqMan小沟结合物(MGB)探针技术,检测146例活动性肺结核患者和35例非结核性肺部疾病患者痰标本中结核分枝杆菌rpoB基因突变情况,测序方法为参考方法。结果146例活动性肺结核患者痰标本中,双探针方法检出阳性118例,其中rpoB基因突变56例,与测序方法比较符合率100.0%;35例非结核性肺部疾病患者痰标本双探针方法检测均为阴性,特异性100.0%;该方法最低检出下限为1×103拷贝/ml。结论TaqMan MGB双探针方法能快速、准确地检测结核分枝杆菌rpoB基因位点突变情况,适用于临床对耐药结核分枝杆菌的快速诊断。     

TaqMan探针检测转基因大豆含量方法的建立及应用

目的建立TaqMan探针法检测转基因大豆含量的实时定量PCR方法并应用于市售转基因食品含量的检测。方法以0、0．1％、0．5％、2．0％、5．0％的转基因大豆RoundUp Ready^TM为标准品（Fluka公司），以特异TaqMan探针序列：5’（FAM）-cccactatcettcgcaagaccct-3’（TAMRA），引物序列F：5’-tgatgtgatatctccactgacg-3’，R：5’-tgtatcccttgagceatgttgt-3’，用实时荧光定量PCR方法扩增转基因大豆外源基因CP4EPSPS基因，在实验室建立定量转基因大豆检测的标准曲线，并对市场抽检的豆奶粉、素鸡、热狗肠、黄豆等12种豆类食品及制品进行含量分析。结果在实验室建立了TaqMan探针实时荧光定量PCR检测转基因大豆含量的方法，得到0值对转基因食品百分含量对数值的标准曲线方程式为Y=-2．8194X＋27．1855，相关系数值R^2为0．9994。12种市售大豆及制品中五香茶干、豆奶粉、素鸡、热狗肠、薄白叶检测出转基因成分含量分别为2．46％、6．26％、13．95％、0．48％、0．66％，其余7份样品为阴性。结论建立的TaqMan探针实时荧光定量PCR法能够快速地进行转基因大豆含量的检测，并可应用于市售转基因食品的检测。     

50例HBV基因分型及P区耐药突变分析

目的:调查温州乙型肝炎患者血清HBV基因分型和P区基因逆转录酶区(RT区)序列的突变情况。方法:选取50例接受核苷类似物治疗后的乙型肝炎患者作为研究对象,采用PCR产物直接测序法,并对扩增产物进行测序,将测序结果与GenBank中的标准序列进行比对分析,同时确定基因型。结果:在50例中C型44例,占88%,B型6例,占12%。存在位点突变者25例(50%)。其中检出以单位点rtM204I/V/S突变为主,9例,占36%,rtA181V/T突变4例,占16%,rtM204I/V/S+rtL180M突变5例,占20%,rtV214A,rtA181V/T+rtV173L,rtM204I/V/S+rtQ215H,rtM204I/V/S+rtL180M+rtV173L,rtM204I/V/S+rtL180M+rtV207I,rtM204I/V/S+rtL180M+rtT184A/G/I/S,rtM204I/V/S+rtL180M+rtT184A/G/I/S+rtA181V/T突变各占1例,占4%。结论:多数乙型肝炎患者在HBV P区可检出突变,突变形式多样,其中以rtM204I/V/S突变为主,应用DNA序列测定法分析HBV P区基因突变,获得的信息全面,对临床评估病情进展和实施抗病毒治疗有参考价值。     

乙型肝炎病毒C基因启动子变异检测方法的建立

目的 建立乙型肝炎病毒（HBV）C基因启动子（BCP）变异的限制性片断长度多态性（RFLP）检测方法,更好地了解BCP变异的发生与乙型病毒性肝炎（乙肝）的病情、预后以及治疗的影响。方法 结合引物设计软件Primer Premier5.0,选定保守区域,设计了2对最佳引物,建立了HBV BCP变异检测PCR-RFLP的实验方法。结果 对34例不同乙肝患者进行BCP变异检测发现：肝硬化（LC）组和慢性乙型肝炎（CHB）组中发生变异的例数明显高于无症状感染者（Asl）（χ2值分别为6.39和3.98,P〈0.05）。并且HBeAg（-）组发生变异的例数明显高于HBeAg（＋）组（χ2=4.60,P〈0.05）,结论该方法操作简便、敏感度与特异性高、结果 可靠,并可用于较大范围调查该变异株的流行情况,为临床进一步诊断和治疗提供了科学的依据,同时对人们进一步了解HBVBCP变异的发病机制具有重要意义。     

乙型肝炎病毒核心基因启动子变异与患者血清病毒载量和标志物及肝功能的关系

目的探讨乙型肝炎病毒核心基因启动子(HBV BCP)变异与患者血清病毒载量(HBV DNA)和标志物及肝功能的关系。方法采用PCR微板核酸杂交结合ELISA检测显示技术,对176例HBV慢性感染者血清进行检测BCP区核苷酸(nt)1762A→T和1764G→A联合突变。结果BCP变异在HBeAg阴性病例的阳性率为49.4%,显著高于HBeAg阳性病例的阳性率33.3%(P<0.05);BCP变异阳性组的HBV DNA含量显著高于阴性组的含量(P<0.01);BCP变异阳性组HBV DNA含量在HBeAg阳性病例及HBeAg阴性病例中均较BCP变异阴性组高(P<0.01);BCP变异阳性组对肝功能的损害明显高于阴性组(P<0.01)。结论BCP变异可引起HBeAg阴转,病毒复制水平提高;HBV血清标志物联合HBV DNA同步检测,具有重要的临床应用价值;对HBsAg阳性、HBeAg阴性患者需要进一步检测HBV DNA,以免由于基因变异导致将HBeAg阴性者误认为病毒的免疫清除或静息而延误抗病毒治疗时机;BCP变异可使病情加重。     

HBV P区聚合酶基因变异研究

目的 建立快速特异的HBV基因变异检测技术及变异株的酶切位点分析。方法 对酪氨酸、缬氨酸、天冬氨酸、天冬氨酸(YVDD)及酪氨酸、异亮氨酸、天冬氨酸、天冬氨酸(YIDD)变异病人进行测序分析。结果 在HBV感染的病例中，不仅检出酪氨酸、蛋氨酸、天冬氨酸、天冬氨酸(YMDD)到YIDD/YVDD变异，还存在亮氨酸、亮氨酸、亮氨酸、亮氨酸(LLLL)到亮氨酸、蛋氨酸、亮氨、亮氨酸(LMLL)变异，天冬氨酸、亮氨酸、组氨酸、天冬氨酸(DLHD)到天冬氨酸、蛋氨酸、组氨酸、天冬氨酸(DMHD)变异及亮氨酸、亮氨酸、丙氨酸、谷氨酸(LLAQ)到亮氨酸、蛋氨酸、丙氨酸、谷氨酸(LMAQ)变异。酶切位点分析结果表明不同的变异株存在不同的限制性酶切位点。结论 提示这些变异位点均在“ATG”(M)蛋氨酸密码子尚需进一步探讨研究。YVDD、YIDD、LMAQ变异与拉米夫定治疗有关。     

反向荧光偏振（FP）检测血清中HBV多聚酶基因突变

目的:建立简便的HBV多聚酶基因序列中拉米呋啶耐药性相关的基因突变的检测方法.方法:利用pfu酶的3'-5'外切校正功能和荧光偏振光检测技术进行点突变的检测.首先PCR扩增HBV多聚酶基因,然后用3'标记荧光分子FAM的探针与扩增产物中待测核苷酸的下游序列杂交,使探针3'第一个碱基与靶序列中待测点的碱基配对.若碱基配对正确,pfu酶可以沿探针的3'端延伸;若碱基配对错误,pfu酶须将探针3'标有荧光分子的核苷酸切掉,然后再沿探针3'端延伸.由于第一种情况,荧光分子与DNA链相连,分子量增加,则荧光偏振光值增大;而第二种情况,荧光分子与探针分离,荧光分子的整体分子量减小,则荧光的偏振光值减小,这样可以通过荧光偏振光值的大小判断待测点核苷酸的改变.结果:该方法可以检测出HBV多聚酶基因序列中特定位置的核苷酸类型,可以检测1×10~1个拷贝的模板量.对30例经过6个月以上拉米呋啶治疗的患者血清进行检测,检测出其中有3例是甲硫氨酸(M)密码子ATG中的A→G变异;2例是ATG中的G→C变异;1例是ATG中的C→T.结论:该技术可以对血清中HBV多聚酶基因序列中点突变以及其他基因突变进行检测.     

慢性乙型肝炎患者HBV DNA YMDD变异的检测及意义

目的应用PCRmnh-ELISA法对HBV DNA YMDD变异进行检测,并对其临床意义进行初步研究。方法对我院2006年249例服用拉米夫定的慢性乙肝患者,男187例,女62例,其中HBeAg阳性198例,阴性59例,采用PCRmnh-ELISA法进行YMDD变异株检测,并进行了肝功能及HBV DNA的随访。结果249例患者中,43例YMDD变异阳性,阳性率为17.3%,其中YVDD变异33例,YIDD变异10例。YMDD变株阳性结果中,29例ALT水平呈现反复现象,占阳性结果中的67.4%,34例患者HBV DNA反跳,占阳性结果中的79.1%。结论HBV DNA YMDD变异是拉米夫定产生耐药,使病情反复的主要原因,变异的主要形式可能是YVDD,变异的发生率与E抗原阳性率无关,与治疗前的HBV DNA水平有关。     

乙型肝炎病毒血清标志物与HBV DNA定量结果分析

目的探讨乙型肝炎病毒(HBV)血清学检测出现的组合模式与HBVDNA定量之间的关系,正确评价其临床意义。方法用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测血清标志物,用荧光定量PCR检测HBVDNA含量,依据乙肝病毒标志物阳性出现的模式分为7组A组191例,为HBsAg、HBeAg、HBcAb阳性(俗称大三阳);B组328例,为HBsAg、HBe-Ab、HBcAb阳性(俗称小三阳);C组26例,为HBsAg、HBeAg阳性;D组54例,为HBsAg、HBcAb阳性;E组35例,HBsAb、HBeAb、HBcAb阳性;F组11例,为HBsAb、HBcAb阳性;G组10例,为HBcAb阳性。结果各组HBVDNA>1.00ⅹ103拷贝/ml的阳性增高百分率分别为A组98.95%(189/191);B组46.34%(152/328);C组100%(26/26);D组57.41%(31/54);E组20.00%(7/35);F组18.18%(2/11);G组20.00%(2/10)。A组、C组与B、D、E、F、G组间HBVDNA阳性增高率有显著性差异(P<0.01),其他各组间比较有些差异有显著性,有些差异无显著性(P<0.01或P>0.05)。结论正确合理地分析HBV血清学指标出现的类型,与HBVDNA的联合动态检测有助于临床诊断、疗效观察及预后判断。     

荧光定量PCR仪检测HBV DNA结果比对分析

目的:探讨分析应用荧光定量PCR仪检测乙型肝炎病毒(HBV)DNA的结果.方法:选取2018年8月～2019年9月本院收治的30例乙型肝炎患者,按数字法随机分两组,各15例,对照组仪器采用RLC480仪检测,观察组仪器采用荧光定量PCR仪检测,通过对患者HBV DNA水平的测定,对比分析不同仪器检测的结果.结果:RLC...