广州市2011年登革病毒流行状况及E基因进化特征分析

目的 了解2011年广州市登革热的流行情况,分析新分离毒株的E基因分子特征.方法 收集2011年广州市登革热的流行病学资料和血清标本.采用荧光定量PCR检测并确定血清型,C6/36细胞进行病毒分离,测定新分离毒株的E基因序列,利用Mega 4.0软件分析.结果 2011年广州市登革热发病高峰在9-11月.在患者血清中检测出登革热病毒1、2、4型,分离出5株登革热1型毒株.在基因型上,4株属于亚洲型,1株属于美洲/非洲型.结论 广州市登革病毒与东南亚地区的毒株有较高同源性,且存在登革热暴发的潜在风险,该病毒在广州市可能已出现本地化趋势.     

湖南省2018年登革热本地暴发流行病学和病毒分子特征分析

目的 对湖南省2018年登革热本地暴发疫情进行流行病学及病原学特征研究。方法 对报告的8例疑似登革热病例进行实验室诊断,对病例密切接触者搜索出的186例疑似登革热病例和发热病例开展病原学监测,应用C6/36细胞对病例急性期血清开展病毒分离,对15株登革病毒株E基因测序,分析病毒的血清型别和基因亚型,构建系统发生树,分析可能的传播来源。在疫点开展蚊媒密度应急监测和健康人群回顾性血清流行病学调查。结果 8例疑似病例血清标本,6例登革病毒核酸阳性,4例登革病毒NS1抗原阳性。186例疑似登革热病例,96例病原学检测结果阳性,分离到登革病毒株64株,经鉴定全部为登革病毒2型全球型,来源于广东和浙江省的可能性较大。应急蚊媒密度监测,疫点布雷图指数最高达65,具有极高的登革热传播风险。回顾性调查377名健康人群进行登革热抗体水平监测,IgG抗体阳性率为0.53%（2/377）。结论 现场流行病学调查和分子遗传分析提示,湖南省2018年本地暴发疫情由输入性病例引起,由单一的登革病毒2型全球型引起。     

广州市2010-2019年4型登革热病例流行特征及其病毒E基因

  目的  了解2010-2019年广州市4型登革热病例的流行病学特征和4型登革病毒的分子生物学特征。  方法  2010-2019年,收集广州市登革热病例相关资料及血清标本,使用RT-PCR法检测血清标本并分型,对4型登革热病例标本进行登革病毒包膜(envelope, E)蛋白基因序列测定,并进行进化树构建及基因重组分析。  结果  2010-2019年,广州市共报告43 174例登革热病例,其中23例为4型登革热病例。4型登革热病例仅分布在5个区,曾在2010年出现本地流行。广州市的4型登革热输入病例主要来自东南亚国家,病毒E基因序列与东南亚国家的序列有较高相似性,病毒基因型归属于印度尼西亚基因型和东南亚基因型,未检测到基因重组。  结论  应加强对广州市4型登革热病例流行状况和输入病例的监测和关注,并进一步加强对东南亚回国人员登革热常识和个人防护的健康宣传。某些区需要预防出现4型登革病毒的扩散和蔓延。登革病毒基因型转换并未引起登革热在广州市流行强度的变化,有待进一步的观察和研究其是否会发生重组。     

云南中缅边境一起输入性登革热暴发的分子流行病学研究

目的调查云南中缅边境一起输入性登革热流行状况及其流行病毒株的分子流行病学特点。方法采集医院就诊和口岸入境人员中登革热、疑似登革热和不明原因发热患者血清标本并进行流行病学调查,采用ELISA检测登革病毒IgM抗体,RT-PCR检测登革病毒核酸,核酸阳性标本进行登革病毒PrM．C和NS,区的基因核苷酸序列测定和分析。结果2008年7—11月在云南省瑞丽市共采集急性期患者血清标本103份,经登革病毒IgM抗体和核酸检测,49例确诊为登革热。其中除1例为当地感染病例,其余48例均为输入性病例,其中18例来自缅甸木姐市居民,30例为中国居民到缅甸经商或务工返回后发病者。从缅甸输入病例血清中获得2株病毒(RLB61和RLC31)的PrM．C和NS,区基因核苷酸序列,同源性和系统进化分析表明,RLB61株为登革l型病毒,RLC31株为登革3型病毒,与东南亚登革病毒流行株具有较近的亲缘关系。结论经血清学和分子流行病学证实瑞丽市边境地区发生输入性登革热暴发,并间接证实缅甸木姐市2008年存在登革l和3型病毒流行。     

广州市2001-2015年登革病毒2型E基因进化分析

目的 了解2001-2015年广州市登革病毒2型（DENV2）的流行情况;通过对分离DENV2 E基因的进化树和分子钟分析,掌握毒株的进化情况和趋势。方法 将登革热确诊病例的血清用荧光PCR进行检测,DENV阳性血清用C6/36细胞进行病毒分离,测定分离毒株的E基因序列,利用Mega 4.0软件构建进化树,采用BEASTv1.8.2绘制分子进化钟。结果 2001-2015年共分离到26株DENV2,从基因型上分类属于全球型和亚洲1型,并与东南亚地区分离到的毒株相似率较高;BEASTv1.8.2计算出广州市DENV2全球型在46年前和35年前进一步出现亚型的分化,广州市DENV2的平均变异率为每年每位点7.1×10^-4。结论 广州市DENV2与东南亚地区的毒株有较高同源性和进化上的联系,广州市DENV的输入压力较大,存在重症登革热暴发的潜在风险。流行于广州市的全球型DENV2可能存在2个不同输入来源,广州市DENV2的变异率与周边地区基本持平。     

2013年广州市登革热流行病学特征及病毒E基因进化特征分析

目的了解登革热流行病学特征,分析分离毒株E基因分子进化特征。方法采用描述性流行病学方法分析2013年广州市登革热疫情,采用酶联免疫法(ELISA)对登革热疑似病例血清进行抗体检测,阳性病例的急性期血清标本以C6/36细胞进行病毒分离培养;采用RT-PCR扩增分离毒株的E基因,并对扩增产物进行序列分析,应用MEGA 5.05进行进化特征分析。结果 2013年广州市累计报告登革热确诊病例1 270例,发病率为9.96/10万,以本地病例为主(占98.66%),输入病例以东南亚国家为主(占88.24%)。发病高峰为10-11月(占85.28%)。169份登革热病例急性期血清共分离48株登革病毒(Ⅰ型47株,Ⅱ型1株),与近年来广州、东南亚分离株高度同源。结论广州市登革热发病率呈上升趋势,暴发风险较大,须加强监测力度,强化蚊媒的控制,降低登革热传播风险。     

广西壮族自治区2014年登革热暴发疫情流行病学特征和病原溯源

目的 了解2014年广西壮族自治区（广西）登革热暴发疫情流行病学特征和病原来源。方法 描述疫情时间、人群和地区分布特征,应用ELISA方法检测血清标本中的登革病毒（DENV）NS1抗原,用RT-PCR方法对NS1抗原阳性标本进行DENV血清分型、E基因序列扩增和测定,分析E基因序列一致性和进化关系。结果 2014年9-12月广西暴发DENV-1和DENV-2引起的本地登革热疫情,报告登革热病例854例（实验室诊断病例712例,临床诊断病例142例）,79.63%（680/854）病例集中在2014年9月22日至10月21日;所有病例均为典型登革热病例,无重症和死亡病例; 83.61%（714/854）病例年龄为15～59岁,46.60%（398/854）病例职业为干部和商业服务;疫情主要发生在南宁市和梧州市,E基因进化分析表明,中国南宁市本地病例分离株属DENV-1基因Ⅰ型,与新加坡分离毒株（SG EHI D1/529Y13）一致性为100.00%;梧州市本地病例分离株与广东省分离毒株（D14005）同源性最高,属DENV-2 Cosmopolitan基因型。结论 2014年广西登革热暴发疫情可能由输入性病例或媒介引起,中国南宁市本地暴发疫情病原为DENV-1,可能来源于新加坡;梧州市本地暴发疫情病原为DENV-2,可能从广东省输入。应加强输入性登革热病例监测和早期检测,做好蚊媒监测,提高疑似登革热病例诊断意识,以有效防控登革热疫情。     

福建省莆田市2007-2015年登革病毒E基因序列分析

目的 测定登革病毒E基因序列,探讨病毒传播来源及基因型.方法 收集福建省莆田市2007-2015年登革热患者血清样品分离的毒株12份,用RT-PCR法扩增登革病毒E基因测定基因序列,并绘制系统发育树.结果 莆田市登革热4次暴发的病例血清型别均为DENV-2型Cosmopolitan基因型.BLAST分析表明,几次暴发的毒株与东南亚国家或广东有较高的一致性,相似度达99％.结论 结合BLAST和系统发育树分析推测,莆田市2007-2015年DENV-2可能由东南亚国家或广东省输入,应加强出入境人员的疾病监测.     

2019年珠海市登革病毒传播影响因素分析

目的 根据2019年珠海市登革病毒（DENV）的流行病学数据统计分析、DENV包膜蛋白（E）基因序列测定、登革抗体水平回顾分析及蚊媒密度监测,分析珠海市登革病毒传播的影响因素。方法 收集2019年登革热流行病学资料开展统计学分析;采集登革热临床诊断病例的血清标本,提取RNA,用RT - PCR方法检测,阳性标本针对E基因测序分型,构建进化树分析样品来源;采集2017—2019年珠海市200份/年的健康人群血清进行登革热抗体IgG检测;开展珠海市2019年蚊媒监测。结果 珠海2019年DENV流行的血清型主要为DENV - 1型,全部属于基因Ⅰ亚型,并分布在3个不同的分支上,分别与2017年越南、2015年柬埔寨,2014年马来西亚、新加坡,2014、2012年斯里兰卡等流行株高度同源;少数感染DENV - 2与DENV - 3病例均为输入病例,核酸序列与分别输入国的流行株序列高度同源;登革病毒IgG抗体阳性率逐年提高（2017年的1.5%到2019年12%）;2019年全市BI指数月平均值处在1.4～3.6之间。结论 目前珠海市登革病毒流行方式属于输入性引起的本地暴发流行,鉴于珠海登革疫情预警机制和蚊媒密度监测等工作推断,我市未来几年大范围暴发本地登革热疫情几率不高。     

2014—2019年东莞市Ⅰ型登革病毒E基因进化特征分析

目的了解东莞市2014—2019年登革热流行情况和血清型Ⅰ型登革病毒(DENV-1)基因型及E基因特征。方法收集2014—2019年东莞市各镇街医院上送的经临床诊断为疑似登革热病例血清样本共962份,其中的729份样本应用酶联免疫吸附试验(ELISA)进行登革IgM抗体检测,全部962份血清样本采用实时荧光PCR进行检测,核酸阳性样本中的血清型Ⅰ型样本用细胞培养方法进行病毒分离鉴定,并对其E基因序列进行测序及系统进化树分析。结果2014—2019年东莞市登革热7—11月为流行期,9—10月为发病高峰。检出IgM抗体阳性样本261份,阳性率35.90%。962份急性期血清中登革病毒核酸阳性362份,阳性率37.6%,其中DENV-1阳性311份,占85.9%。分离获得35株DENV-1毒株,E基因序列比对和系统进化分析显示,35株DENV-1分离株间核苷酸相似度为89.8%~100.0%,分属基因Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅴ型,分别为29、1和5株。所有35株分离株与广州、浙江等地及越南、菲律宾、印度等东南亚国家当年或往年流行株同源性较高。结论2014—2019年东莞市流行的DENV-1优势型别为基因Ⅰ型。流行方式可能为广州等周边城市及东南亚国家输入病例引起的本地暴发流行。须警惕基因Ⅴ型DENV-1输入引起登革热暴发流行。     

2020年广州市登革热流行状况和病毒E基因进化特征分析

目的:分析2020年广州市登革热流行状况和病毒E基因进化特征,探讨广州市登革热的流行特征和病毒传播特点。方法:通过中国疾病预防控制信息系统传染病报告信息管理系统收集登革热病例信息,采用荧光定量PCR检测血清标本并测定登革病毒E基因序列,运用MEGA 5.05软件构建最大相似度基因树,使用SPSS 20.0软件进行统计学...     

2011—2019年广州市登革热流行病学特征分析

目的 分析2011—2019年广州市登革热的流行病学特征,为进—步调整登革热防控策略提供依据。方法 收集2011—2019年广州市报告登革热的病例资料,采用描述性流行病学方法,比较广州市登革热疫情的时间、空间与人群分布差异。结果 2011—2019年广州市共报告登革热病例43802例,累计报告发病率为35.37/10万。本地发病主要集中在每年的6至12月,输入病例一年四季发生。广州市登革热病例排名前4的行政区分别为白云区（27.50%）、海珠区（13.93%）、越秀区（11.16%）和荔湾区（10.38%）。境外输入来源主要分布在新加坡、马来西亚、缅甸等东南亚国家（38.56%）,境内输入来源以广东省内其它城市为主（49.78%）。本地病例中女性占比高于输入病例;发病人群主要集中在 20~39岁的青壮年,年龄≥60岁的老年患者占比本地大于输入;本地病例职业以家务及待业为主,输入病例中商业服务占比高于本地。 结论 2011—2013年广州市登革热病例呈上升趋势,2015年大幅下降,随后发病频率与流行强度明显增加,2019年再次出现登革热流行高峰。广州市本地登革热疫情波及范围近年来呈现市中心向周边地区扩散趋势,流行特点发生变化,需进—步调整登革热防控策略,加强广州市蚊媒监测系统,提高边境检疫部门应急处置工作,在登革热疫情初期进行有效控制。     

江西省南昌市2011—2019年登革热流行病学特征分析

目的 分析南昌市2011—2019年登革热流行特征,为本地区疫情防控提供科学依据。方法 收集南昌市2011—2019年登革热监测资料进行描述性流行病学分析。结果 2011—2019年,南昌市累计报告登革热病例128例,其中输入性病例67例,本地病例61例,平均发病率0.026 8/10万;除湾里区没有病例报告外,其它8个县、区均有病例报告,其中5个县区报告本地病例;除1、2月份外,全年均有病例报告,病例报告高峰时间为6—10月,占所有病例数的91.41%;病例输入的高峰为6月和8月,占所有输入性病例数的83.58%;本地病例报告高峰为9月,占所有本地病例的78.33%;患者年龄最小4岁,最大84岁,中位数39岁,主要集中在20～49岁,占69.53%;男性75例,女性53例,男女性别比为1.42∶1;职业以家务及待业者最多,达48例（37.50%）;其次为农民22例（17.19%）,商业服务10例（7.81%）,工人8例（6.25%）等;境外输入病例70.18%来自柬埔寨。血清型主要以登革I型为主（97.37%）,无重症和死亡病例。结论 南昌市登革热疫情主要以东南亚输入并引起本地暴发流行;加强来自东南亚疫区入境人员的健康教育和本地区媒介伊蚊的监测和控制,对控制登革热疫情有重要意义。     

2013-2016年广东省登革病毒血清I型分布特征

目的 对2013-2016年广东的登革病毒血清I型序列进行分子流行病学分析,研究血清I型登革病毒在广东省的流行特征。方法 分离获得2013-2016年登革病毒血清I型序列,建立全球登革病毒血清I最大似然树,预测第2簇病毒的进化速率、共祖位置;使用PAML软件计算选择压力。结果 2013-2016年的广东序列分别聚类在11簇分支中,其中8簇为基因I型毒株、1簇基因IV型毒株、2簇基因V型毒株,且与东南亚国家分离的序列聚类在一起。第2簇病毒表现出一定的独特性,最大置信树以及时空动态图显示这簇株系最早是由泰国传入广州,之后又在广东地区流行。第2簇病毒的相对进化速率要比文献报道的DENV-1基因I型的进化速率要大,但该簇病毒的序列不存在正选择压力。结论 广东地区流行的登革病毒主要是从东南亚国家输入,同时发现一簇疑似本地化的株系,具有部分本地化的特征,包括:跨年传播、独立成簇,但还需要更多的证据去判定登革热是否已形成本地化。     

2016-2018年中国重点省份境外输入性登革热病例的时空分析

目的 探讨2016-2018年中国登革热在云南省、广西壮族自治区、广东省、海南省、福建省和浙江省6个重点省份输入性病例的时空模式和流行特征。方法 收集并整理中国南部6省份2016-2018年境外输入性登革热的疫情资料,从空间、时间、人群的不同角度,分析6省份输入性登革热疫情的全球输入传播风险强度、时空动态分布以及流行病学特征。结果 中国登革热输入性病例来源于世界各地,绝大多数是东南亚地区,其中东南沿海地区的浙江省、福建省、广东省输入性病例数量多,来源广,而西南地区的云南省、广西壮族自治区和海南省则几乎局限在东南亚地区。输入性登革热病例数在这3年间逐年上升,发病高峰在8-11月,各省之间的时间聚集段稍有差别。海南省输入性病例的年龄［（37.0±19.6）岁］高于东南沿海地区［（36.0±11.7）岁］和西南地区［（32.0±16.3）岁］;东南沿海地区、西南地区和海南省输入性病例的男女性别比分别为2.18：1、1.04：1和1.38：1;病例职业分布中,东南沿海地区和西南地区以商务人员为共同高发人群,此外东南沿海地区以工人、家务及待业人员为主,西南地区以农民为主,而海南省输入性病例数较少,患者分散于各职业。结论 东南沿海地区、西南地区与海南省3个地区的登革热输入模式存在差异,应在不同地区开展不同的防控措施,以实施更加精准的预防策略。     

2019年广西7份本地感染登革病毒E基因特征分析

目的 了解2019年广西本地感染登革病毒(Dengue virus,DENV)E基因特性,探索可能的输入来源。方法 采用实时荧光定量PCR（real - time fluorescence quantitative PCR,RT - qPCR）方法对广西本地感染登革热病例急性期血清样本进行病毒核酸检测并分型,扩增登革病毒 E基因后测序,测序结果与不同地区和国家的参考株进行同源性比较和系统进化分析。结果 53份登革热病例血清标本经RT - qPCR分型,结果42份（79.2%,42/53）登革病毒核酸阳性,其中南宁9份、梧州10份、玉林17份、崇左6份,均为DENV - 1型,其余11份为登革病毒核酸阴性,42份DENV - 1型阳性核酸样本经过E基因扩增共得到7份,其中南宁市1份、梧州市1份、玉林市2份、崇左市3份,进化分析结果显示7份样本均为DENV - 1型Genotype Ⅰ基因型,其中DENV1/GXNN/007/2019、DENV1/GXWZ/009/2019、DENV1/GXYL/011/2019、DENV1/GXYL/012/2019与2019年广东株（序列号:MN921500）同源性99.94%～100.00%,DENV1/GXCZ/015/2019、DENV1/GXCZ/016/2019、DENV1/GXCZ/017/2019与 2015年印度尼西亚株（序列号:MG894852）同源性达99.60%,与1945年夏威夷参考株（序列号:AF425619）比较存在12处氨基酸位点变异。结论 2019年广西登革病毒是Genotype Ⅰ基因型,推测病毒从广东和东南亚国家输入导致的本地流行,应加强登革热跨省、跨境传播的防控。     

Phylogenetic analysis of dengue virus types 1 and 3 isolated in Jakarta,Indonesia in 1988

Dengue viruses are mosquito-borne viruses that cause dengue fever and dengue hemorrhagic fever, both of which are globally important diseases. These viruses have evolved in a transmission cycle between human hosts and mosquito vectors in various tropical and subtropical environments. We previously isolated three strains of dengue type 1 virus (DENV1) and 14 strains of dengue type 3 virus (DENV3) during an outbreak of dengue fever and dengue hemorrhagic fever in Jakarta, Indonesia in 1988. Here, we compared the nucleotide sequences of the entire envelope protein-coding region among these strains. The isolates were 97.6–100% identical for DENV1 and 98.8–100% identical for DENV3. All DENV1 isolates were included in two different clades of genotype IV and all DENV3 isolates were included in a single clade of genotype I. For DENV1, three Yap Island strains isolated in 2004 were the only strains closely related to the present isolates; the recently circulated Indonesian strains were in different clades. Molecular clock analyses estimated that ancestors of the genotype IV strains of DENV1 have been indigenous in Indonesia since 1948. We predict that they diverged frequently around 1967 and that their offspring distributed to Southeast Asia, the Western Pacific, and Africa. For DENV3, the clade containing all the present isolates also contained strains isolated from other Indonesian regions and other countries including Malaysia, Singapore, China, and East Timor from 1985–2010. Molecular clock analyses estimated that the common ancestor of the genotype I strains of DENV3 emerged in Indonesia around 1967 and diverged frequently until 1980, and that their offspring distributed mainly in Southeast Asia. The first dengue outbreak in 1968 and subsequent outbreaks in Indonesia might have influenced the divergence and distribution of the DENV1 genotype IV strains and the DENV3 genotype I strains in many countries.     

广州市2006年登革热疫情流行病学特征分析

目的分析广州市2006年登革热疫情流行病学特征,为登革热预防控制工作的开展提供参考依据。方法对广州市疫情监测与报告信息系统和实验室监测信息系统,以及相关的现场调查报告、疫情简报等进行统计与分析。结果广州市2006年报告登革热输入性病例10例,本地感染病例765例,累计发病率为10.19/10万,无死亡病例,疫情涉及9个区82个行政街(镇);全年本地疫情流行期为6月中旬至12月上旬,明显存在8-9月和10-11月两次发病高峰;共发生60起暴发疫情,其中10起暴发疫情对流行曲线的走势有较大影响,累计病例456例,占全年全市总报告病例数的59.61%;实验室监测表明2006年广州市病毒流行株为Ⅰ型登革病毒,各1例输入性病例,毒株分别为Ⅲ、Ⅰ型登革病毒。结论2006年广州市发生登革热流行,其持续时间长,波及范围较广;疫情由输入性病例引起本地暴发流行的可能性较大,尚无明确证据表明登革热在广州市已形成地方性流行的态势。