2021年—2022年宁夏Victoria系乙型流感病毒基因特性分析

目的 了解2021年—2022年宁夏Victoria系乙型流感病毒基因变异情况，为宁夏流感防控提供参考依据。方法 采集流感样病例标本进行核酸检测和病毒分离，对30株Victoria系乙型流感毒株的HA和NA片段进行基因测序，利用生物信息学软件分析进化变异特征。结果 30株宁夏Victoria系乙型流感毒株HA和NA基因在进化上与疫苗株B/Washington/02/2019(2020—2022)亲缘关系较近，属于V1A.3分支。HA基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.5%～99.0%和98.0%～98.6%;NA基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.0%～99.4%和98.9%～99.6%。与疫苗株B/Washington/02/2019相比，多数毒株在HA区有H122Q、A127T、R133G、G141R、P144L、N150K、G184E、N197D、K203R和R279K突变，涉及3个抗原表位，并在受体结合位点140-loop、190-helix及240-loop处存在突变位点。所有毒株均未发生耐药位点变异。结论 2021年—2022年宁夏Victoria系乙型流感病毒与本年度...     

连云港地区2017—2018年乙型流感病毒HA1基因特征分析

目的了解连云港地区2017—2018年乙型流感病毒表面血凝素HA1基因特征及抗原变异情况。方法随机选取2017—2018年连云港地区分离的6株乙型流感病毒株,用一步RT-PCR法对HA1基因进行扩增测序,采用Lasergene软件包中MegAlign进行核苷酸和氨基酸同源性分析,用MEGA6.0软件进行基因种系进化分析。结果 2017—2018年连云港地区人群中同时流行着乙型Yamagata系和Victoria系毒株。分离的Yamagata系毒株与B/Brisbane/9/2014比较,在血凝素基因HA1区发生3个氨基酸替换,在248位少了一个糖基化位点;分离的Victoria系毒株与B/Brisbane/63/2014、B/Florida/33/2014比较,在血凝素基因HA1区发生6个氨基酸替换,在248位增加一个糖基化位点。结论连云港地区人群中流行的乙型流感病毒与疫苗推荐株相比,基因特性已发生一定改变。     

2014 - 2015年盐城地区乙型流感病毒Yamagata系HA1基因变异分析

目的 研究盐城市2014 - 2015年流感监测中分离的乙型Yamagata系流感病毒血凝素HA1区的基因特性,揭示HA1基因的变异与流行的关系。方法 将盐城市2014 - 2015年流感监测哨点医院以及流感暴发点采集的流感样病例标本进行核酸、病毒分离检测,选取2014-2015年各5株乙型Yamagata系毒株,采用一步法RT-PCR方法扩增HA1基因,扩增产物经纯化测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 抽取的10株乙型流感病毒的HA1基因与WHO 推荐的疫苗株B/Wisconsin/1/2010相比,3个位点氨基酸替换具有普遍性,其中N116K位于抗原决定簇;与B/Massachusetts/2/2012相比,11个位点氨基酸替换具有普遍性,4个位点位于抗原决定簇。绘制的种系发生树显示,B/JSYC/1530/2014与B/Massachusetts/2/2012亲缘关系较近,其他9株与B/Wisconsin/1/2010 亲缘关系较近。 结论 2014 - 2015年盐城地区流行的乙型Yamagata系流感病毒的HA1基因特性正逐渐发生变异,这些变异位点的积累很可能会导致流感病毒发生实质性的抗原性的漂移,加强流感病原学监测工作对及时发现新的流感病毒变异株有重要意义。     

莆田市2013-2018年流感病毒B/Yamagata系HA1基因特征分析

目的分析莆田市乙型流感病毒B/Yamagata系毒株血凝素HA1区基因变异特征和种系进化关系,为流感防控提供数据支持。方法选取2013—2018年的26株B/Yamagata系原始标本,对HA1区进行测序,运用DNAstar 7.1进行同源性分析,用Mega 7.0构建进化树。结果与相应年份WHO推荐的疫苗株相比,2013年和2015年莆田市B/Yamagata系毒株HA1区同源性分别为94.6%～95.0%和95.8%～95.9%,普遍存在150、165、202抗原决定簇氨基酸位点变异。2016—2018年B/Yamagata系毒株基因变异较小,同源性为98.1%～99.2%,均出现D196N位点的变异。结论莆田市2013年和2015年B/Yamagata系毒株与疫苗株匹配程度不高,且抗原特性改变较大。2016—2018年B/Yamagata系毒株HA1区基因同源性较高,WHO推荐疫苗株B/Phuket/3073/2013对人群仍有良好的免疫保护作用。     

嘉兴市2011—2012年乙型流感监测与HA1序列分析

[目的]了解2011—2012年嘉兴市乙型流感的流行状况及病毒序列特性、变异特点和WHO推荐流感疫苗株对人体的保护情况。[方法]将采集的流感样病例的咽拭子标本用MDCK细胞培养分离流感病毒,用标准血清及荧光定量RT-PCR方法鉴定。随机选取6株乙型流感病毒株进行HA1基因核苷酸序列测定,并进行特性分析。[结果]2011—2012年嘉兴市乙型流感病毒Victoria系和Yamagata系同时存在。随机抽取4株Victoria系和2株Yamagata系毒株,在糖基化位点上没有变化。4株Victoria系毒株核苷酸同源性为98.6%～99.7%,氨基酸同源性为98.8%～100.0%,其中2株与2009—2012年疫苗株相比,在L58P、N129S、I146V、N171D发生了氨基酸的替换。2株Yamagata系毒株核苷酸和氨基酸同源性为99.4%,与2012—2013年疫苗株极为接近。[结论]嘉兴市流行的Victoria系乙型流感病毒与2009—2012年疫苗代表株同源性较高,当年度的流感疫苗株对本市Victoria系乙型流感病毒流行的防治有一定保护作用。但本地同时也还活跃着Yamagata系的乙型流感病毒,当年度的流感疫苗株对Yamagata系乙型流感病毒不能提供最佳保护。     

2008-2009年珠海市乙型流感病毒HA1基因特性分析

目的了解珠海市2008-2009年乙型流感病毒HA1基因变异情况。方法按照采样时间,选取珠海市2008-2009年每月用狗肾传代细胞(MDCK)培养分离到的第1、2株乙型流感毒株共25株,没分离到毒株的月份不选,提取病毒RNA,RT-PCR扩增HA1基因片段,产物纯化测序,推导氨基酸序列,进行基因进化特性分析。结果 2008年珠海市乙型流感毒株在8月达到分离高峰,晚于A型流感毒株分离高峰时间7月,2009年其在4月达分离高峰,早于A型流感毒株分离高峰时间5月。2008-2009年珠海市流行的乙型流感病毒优势株为Victoria系病毒。与北半球国际疫苗株B/Florida/4/2006 like-virus(GenBank序列号CY033876.1)相比,2008-2009年珠海市流行的Yamagata系乙型流感病毒HA1片段有7个氨基酸位点发生替换:分别是103 K→R,212D→N,其中08-1267、09-0233和09-0240毒株的218N→S,08-190毒株的123P→A、245S→G、270P→S,除08-190外另5株毒株的181N→Y、245S→D,氨基酸同源性高于97%。其中有2个参与构成抗原决定簇的氨基酸位点发生替换,没有发生病毒抗原漂移。Victoria系毒株与疫苗代表株的同源性低于89%。结论 2008-2009年珠海市流行的Yamagata系乙型流感病毒与疫苗代表株同源性极高,本年度的流感疫苗株对珠海市乙型流感病毒流行的防治起了一定作用。2008-2009年珠海市流行的乙型流感病毒优势株属Victoria系,故本年度的流感疫苗株不能对珠海地区流行的乙型流感提供最佳保护。珠海市2008年乙型流感病毒流行时间较长,2009年流行高峰提前可能与此有关。     

2013-2018年度滨州市B型流感病毒血凝素和神经氨酸酶基因进化特征分析

  目的   分析滨州市2013-2018监测年度B型流感病毒血凝素(hemagglutinin, HA)、神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因突变及其抗原变异特征。   方法   采集滨州市2013-2018年的流感监测哨点医院流感样病例(influenza-like illness, ILI)咽拭子标本进行病毒分离, 选取29株B型流感分离代表毒株进行HA、NA基因序列测定, 通过基因分析软件进行同源性比对、构建HA、NA基因进化树。   结果   2013-2018各年度B型流感占比分别为47.0%、23.0%、31.0%、7.2%和65.1%, 差异有统计学意义(χ2=1 485.143, P < 0.001)。2013-2014年度分离株与当年世界卫生组织推荐的疫苗株匹配度差。2013-2014年度流行的B型流感病毒为Yamagata系HA与Victoria系NA基因的重配株。   结论   2013-2018监测年度, 滨州市B型流感病毒的进化是通过系间基因重配、不同谱系共流行、连续不断的不同抗原谱系的更替来完成的。     

广州地区2009年乙型流感病毒血凝素基因特征分析

根据抗原性和基因特异性的差异,乙型流感病毒可分为B/Victoria/2/87系(Victoria系)和B/Yamagata/16/88系(Yamagata系)[1].血凝素(HA)基因与该病毒的进化趋势相关[2],HA的抗原变异主要发生在HA1区域[3],该区域4个主要的抗原表位[120-loop(HA1 116-137)、150-loop(HA1141-150)、160-loop(HA1 162～167)和190-helix(HA1194-202)]如发生变化,往往引起变异相关病毒株进化方向的改变[4].为了解2009年乙型流感病毒进化情况,本研究分析了HA1基因特点.     

广州地区2009年乙型流感病毒血凝素基因特征分析

根据抗原性和基因特异性的差异,乙型流感病毒可分为B/Victoria/2/87系(Victoria系)和B/Yamagata/16/88系(Yamagata系)[1].血凝素(HA)基因与该病毒的进化趋势相关[2],HA的抗原变异主要发生在HA1区域[3],该区域4个主要的抗原表位[120-loop(HA1 116-137)、150-loop(HA1141-150)、160-loop(HA1 162～167)和190-helix(HA1194-202)]如发生变化,往往引起变异相关病毒株进化方向的改变[4].为了解2009年乙型流感病毒进化情况,本研究分析了HA1基因特点.     

广州地区2009年乙型流感病毒血凝素基因特征分析

根据抗原性和基因特异性的差异,乙型流感病毒可分为B/Victoria/2/87系(Victoria系)和B/Yamagata/16/88系(Yamagata系)[1].血凝素(HA)基因与该病毒的进化趋势相关[2],HA的抗原变异主要发生在HA1区域[3],该区域4个主要的抗原表位[120-loop(HA1 116-137)、150-loop(HA1141-150)、160-loop(HA1 162～167)和190-helix(HA1194-202)]如发生变化,往往引起变异相关病毒株进化方向的改变[4].为了解2009年乙型流感病毒进化情况,本研究分析了HA1基因特点.     

2015-2017年盐城市甲型H3N2流感病毒HA1、NA基因分子特征

目的 从分子流行病学角度对盐城市2015-2017年流行的甲型H3N2流感病毒血凝素（hemagglutinin,HA）和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因的分子特征进行研究。方法 收集盐城市2015-2017年流感监测哨点医院以及流感爆发点采集的3 891例流感样病例标本进行核酸检测和病毒分离,从中筛选出20株经血凝抑制试验（hemagglutination inhibition,HI）验证为甲型H3N2亚型的毒株,采用反转录聚合酶链式反应方法扩增其HA1和NA基因并进行测序。结果 2015-2017年流行的20株甲型H3N2毒株HA1和NA基因各自分支的聚类关系基本一致。盐城市A/Jiangsu-YC/1474/2015、A/Jiangsu-YC/1725/2015两株分离株与疫苗株A/Switzerland/9715293/2013和A/Hongkong/4801/2014的进化距离较近,而其余18株分离株与国内部分省市相近年份毒株亲缘关系相近,并与疫苗株A/Switzerland/9715293/2013和A/Hongkong/4801/2014进化距离较远。该20株毒株HA1基因编码区抗原表位、受体结合位点和糖基化位点均发生了一定程度变异。从基因变异角度进行分析,疫苗株A/Switzerland/9715293/2013对盐城地区流感流行的保护效果要弱于疫苗株A/Hongkong/4801/2014。结论 2015-2017年盐城市流行的甲型H3N2毒株HA1和NA基因已逐渐发生变异,可能导致流感病毒发生实质性的抗原性漂移,降低与流感疫苗株的匹配度,减弱流感疫苗的保护作用。     

2010-2012年长沙市流感流行情况及B型流感病毒基因特性分析

目的分析2010-2012年长沙市流感流行情况,并探讨B型流感病毒分离株血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因的分子流行病学特征。方法采集长沙市流感网络监测哨点医院及暴发点流感样病例(ILI)咽拭子样本,狗肾传代细胞(MDCK)进行病毒分离,血凝和血凝抑制实验进行型别和亚型鉴定;提取B型流感病毒核酸,一步法RT-PCR扩增HA和NA基因片段,双向测定扩增产物核苷酸序列,对基因序列和氨基酸序列进行分析。结果 2010-2012年间,长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,流行高峰为冬春季。3年间共分离到B型流感病毒78株,其中79.5%为Victoria系,20.5%为Yamagata系,以Victoria系为主。与WHO推荐疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,HA基因的同源性在87.2%~98.4%之间,NA基因的同源性在94.5%~97.5%之间。氨基酸序列分析发现,与疫苗株相比,HA蛋白主要存在单个氨基酸的突变;种系进化分析发现,所有毒株HA和NA蛋白位于相应的谱系内,无抗原重排发生。结论 2010-2012年间长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,B型流感病毒HA基因出现抗原漂移,但无重组毒株的出现。     

2005-2009年大连市流感病毒血凝素基因遗传特性分析

目的分析大连市2005-2009年流感病毒血凝素(HA)基因变异情况。方法采用MDCK细胞分离培养季节流感H1N1亚型28株;H3N2亚型9株;B型(Yamagata系)24株,采用RT-PCR法分节段扩增各毒株血凝素基因,并进一步对各片段进行核苷酸和氨基酸序列测定分析。结果 2005-2009年,大连市分离到的甲型H1N1病毒变异较大,其中2009年分离的一株H1N1亚型毒株A/liaoningxigang/136/2009(H1)与该年WHO推荐的疫苗株相比,抗原决定簇B区上有4个位点发生了突变,属于新的变种。2005、2007年分离的H3N2流感病毒株,与疫苗株相比序列同源性较高,并未发生大的变异;2007-2008年流行的B型Yamagata系病毒与疫苗株B/Shanghai/361/02相比,有7个氨基酸位点发生改变,其中两个位于抗原决定簇,并于196位增加一个糖基化位点。结论各年度WHO推荐的疫苗株与流行株之间匹配性不完全一致,每年由于核苷酸序列的变化而引起了不同程度的抗原性漂移。     

浙江省1999--2010年乙型流感病毒血凝素 和神经氨酸酶基因变化特征分析

目的 分析1999-2010年浙江省乙型流感病毒主要抗原基因血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子变异特征.方法 采集浙江省流感暴发疫情和哨点监测医院的流感样患者呼吸道标本,荧光定量RT-PCR快速检测和病毒分离,选取乙型流感病毒分离代表株进行HA和NA基因测序,采用生物信息学软件分析变异和进化.结果 共分析浙江省乙型流感病毒分离株34株,其中Victoria系20株,Yamagata系14株;1999-2010年间Victoria系毒株的HA1基因变异率4.5%,Yamagata系毒株为3.4%;2004年后分离的Victoria系毒株均为基因重配株,HA属于Victoria 系,而NA属于Yamagata系;2010年新型甲型HINI流感流行高峰过后,浙江省仍以乙型流感病毒流行为主,分离株与2009-2010年流感疫苗株B/Brisbane/60/2008接近,与往年乙型流感毒株相比HA和NA发生多个氨基酸位点变异.结论 1999-2010年浙江省乙型流感病毒流行株发生明显变异,基因重配和抗原漂移是病毒发生变异的主要机制.

Abstract：

Objective To Characterize the genetic diversity of hemagglutinin(HA)and neuraminidase(NA)of influenza B viruses isolated in Zhejiang province during 1999-2010.Methods Respiratory specimens were collected from patients with flu-like syndrome during the influenza outbreaks or from the hospitals which carrying out influenza surveillance project in Zhejiang province.Samples were detected by real-time RT-PCR and isolated for influenza virus.HA1 and NA genes of influenza B virus isolates were amplified and sequenced.Phylogenetic comparison and genetic diversity analysis were performed using the bioinformation software.Results A total of 34 influenza B viruses were evolved in this study including Victoria-like and Yamagata-like strains according to the results of the HI test.The mutation rate of Victoria-like HA1 gene was 4.5% and Yamagata-like HA1 gene was 3.4%,respectively.The Victoria-like influenza B isolates had appeared to be all re-assortants having a Victoria lincage HA and Yamagata lineage NA since 2004.The predominant type of influenza virus isolates in 2010 was also influenza B virus after the H1N1 flu pandemic in Zhejiang province.The isolated strains were antigenicaily and genetically similar to B/Brisbane/60/2008--the vaccine strain proposed for 2009-2010.Many difierences of HA1 and NA amino acids existed in the current isolates when compared to previous influenza B strains.Conclusion Significant diversity was generated among influcnza B virus isolated from 1999 to 2010 in Zhejiang province.Genetic re-assortment and antigenic drift seemed the main evolutionary mechanism on influenza B virus.     

2012-2019年新乡市B型流感病毒基因的变异及流行趋势

  目的  研究新乡市B型流感病毒的流行状况和基因变异特征,为当地流感疫苗接种提供政策依据。  方法  对新乡市2012年1月-2019年2月流感监测结果进行分析,随机抽取分离的23株B型流感病毒,进行血凝素（hemagglutinin,HA）和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因测序,使用DNAman软件进行序列比对,Neighbor-Joining法进行进化树分析。  结果  新乡市B型流感病毒Yamagata系（influenza B virus,Yamagata strain,BY）和Victoria系（influenza B virus,Victoria strain,BV）隔年交替流行,主要感染0~15岁人群（91.4%）;2015-2016年和2017-2018年的优势株与当年的三价疫苗成分不符。HA基因进化树显示,87.5%（7/8）的BV株与疫苗株同处一个分支;而88.98%（8/9）的2013-2015年BY株与同期疫苗株不在一个分支,其抗原表位的突变位点有N116K、S150L、N165Y、D196N和N202S。NA基因未发现耐药位点突变。有6个分离株发生了系间重配。  结论  WHO推荐的三价疫苗株很多情况下与新乡B型流行株不符,推荐使用四价疫苗,并加强对15岁以下人群的接种;新乡BY流行株与疫苗株的HA基因差异较大,期待研发出适合我国本土的疫苗株。     

2016年6月至2017年4月辽宁省人感染H7N9禽流感病毒HA和NA基因特征分析

目的 本文对2016-2017年辽宁省人感染H7N9禽流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因遗传进化特征分析。方法 使用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)对选取的4株H7N9禽流感病毒株HA和NA基因进行扩增并测序,用生物信息学软件分析其基因进化变异特征。结果 2016年6月至2017年4月辽宁省4株毒株的HA和NA基因与WHO最新推荐的A/Hunan/02650/2016疫苗株的同源性最高,其HA基因的核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为99.3%~99.6%,99.8%~100%;NA基因的核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为97.7%~99.7%;98.3%~99.6%。本省所有毒株均属长江三角洲谱系,但主要聚集在两个次分支。4株病毒HA蛋白裂解位点333-342氨基酸序列均为PEIPKGR↓GLF,在338-339位点无连续的多个氨基酸插入(KRTA),属于低致病性禽流感病毒分子特征。HA受体结合位点均出现S138A、G186V、Q226L、T221P氨基酸的突变,NA茎部区均出现“QISNT”缺失,且NA蛋白上相关耐药位点上的氨基酸并未发生突变,3株毒株NA蛋白上糖基化位点第42位发生氨基酸序列NCSH→NCTH突变。结论 2016-2017年辽宁省人感染H7N9禽流感病毒HA和NA基因关键位点氨基酸发生突变,使病毒具有双受体结合特性以及毒力增强。     

Molecular epidemiology and genetic characterization of influenza B virus in Lebanon during 2016–2018

BackgroundInfluenza B viruses are a major cause of serious acute respiratory infections in humans.MethodsNasopharyngeal swabs were collected from subjects with influenza-like illness during October 2016–June 2018 and screened for influenza A and B. The hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes of the Lebanese influenza B specimens were sequenced and phylogenetically compared with the vaccine strains and specimens from the Eastern Mediterranean Region and Europe.ResultsInfluenza A and B viruses co-circulated between October and May and peaked between January and March. During the 2016–2017 season, A/H3N2 (33.4%) and B/Yamagata (29.7%) were the predominantly circulating viruses followed by B/Victoria and A/H1N1pdm09 viruses. During the 2017–2018 season, A/H3N2 (31.5%) and A/H1Npdm09 (29.3%) were most prevalent with co-circulation of B/Yamagata and to a lesser extent B/Victoria viruses. The B/Yamagata specimens belonged to clade-3 while the B/Victoria belonged to clade-1A. None of the analyzed specimens had a mutation known to confer resistance to NA inhibitors (NAIs).ConclusionMultiple subtypes of influenza co-circulate each year in Lebanon with a peak between January and March. The trivalent vaccine included a B/Victoria strain which mismatched the B/Yamagata lineage that predominated during the study period, highlighting the importance of quadrivalent vaccines.