基于马尔科夫链蒙特卡罗模拟方法的COVID-19年龄别病死率估计

目的 新型冠状病毒肺炎疫情已席卷全球,疫情结束前,其病死率的估计受现有确诊病例和发病到死亡时间分布的影响,且结论尚不明确,本研究旨在对新型冠状病毒肺炎的年龄别病死率进行估计。方法 收集国家卫生健康委员会和CDC发布的新型冠状病毒肺炎疫情数据信息,采用Gamma分布拟合发病到死亡时间分布规律,采用马尔科夫链蒙特卡罗模拟估计年龄别病死率。结果 新型冠状病毒肺炎的发病到死亡时间M=13.77（P₂₅～P₇₅：9.03～21.02）d,总病死率为4.1%（95% CI：3.7%～4.4%）,0～、10～、20～、30～、40～、50～、60～、70～和≥80岁组病死率分别为0.1%、0.4%、0.4%、0.4%、0.8%、2.3%、6.4%、14.0%和25.8%。结论 校正删失的马尔科夫链蒙特卡罗模拟方法适用于新发突发传染病疫情期间的病死率估计,尽早明确新型冠状病毒肺炎的病死率有助于疫情的防控。     

北京市新型冠状病毒Omicron变异株的传播力研究

目的 评估新型冠状病毒Omicron变异株在北京市现有防控措施下的传播力,为做好疫情防控工作提供参考依据。方法 收集北京市2022年3月7-25日报告的78例具有明确传播链的Omicron变异株感染者信息,分别采用Gamma和Weibull分布拟合潜伏期和序列间隔时间,使用马尔科夫链蒙特卡罗算法估计实时再生数（R_t）。结果 Omicron变异株感染者潜伏期M（Q₁,Q₃）为4.0（3.0,6.0）d,序列间隔时间3.0（2.0,5.0）d,序列间隔时间在未完成和已完成全程疫苗接种感染者中M（Q₁,Q₃）分别为2.0（1.0,4.0）d和4.0（2.0,6.0）d（Z=-2.12,P=0.034）,儿童和成年人感染者分别为2.0（1.5,3.0）d和4.0（2.0,6.0）d（Z=-2.02,P=0.044）,差异均有统计学意义。本轮疫情R_t初始值为4.98（95%CI： 2.22~9.04）。结论 与既往Delta变异株相比,北京市Omicron变异株的传播力较强,应持续做好常态化疫情防控和新型冠状病毒疫苗接种工作,关注儿童易感人群。     

北京市新型冠状病毒Omicron BA.2和BF.7变异株感染者潜伏期特征分析

目的 对北京市由新型冠状病毒（新冠病毒）Omicron BA.2和BF.7变异株引起的疫情中的感染者进行流行病学调查，估算2种变异株分支的潜伏期及其影响因素，为新冠病毒传播动力学模型的建立提供基本参数。方法 选取北京市2022年4月（Omicron BA.2变异株）及10月（Omicron BF.7变异株）疫情中具有明确暴露时间和发病时间的感染者进行研究，采用秩和检验对不同变异株的潜伏期差异进行分析。使用Weibull、Gamma和lognormal分布对Omicron变异株的潜伏期分布进行拟合。采用多因素方差分析比较不同年龄、性别、变异株类型及疫苗接种状态下的潜伏期。结果 共纳入64例BA.2变异株感染者及58例BF.7变异株感染者。BA.2和BF.7变异株感染者潜伏期M（Q₁，Q₃）分别为3.00（3.00，4.00）d和3.00（2.00，3.25）d。lognormal分布的拟合效果最佳。多因素方差分析结果显示，不同类型的Omicron变异株潜伏期存在一定差异，与BA.2变异株感染者相比，BF.7变异株感染者的潜伏期更短。结论 Omicron BF.7变异株感染者潜伏期较BA.2变异株的潜伏期短。     

广州市2起由新型冠状病毒奥密克戎变异株引起的本地疫情流行病学参数研究

目的 本研究旨在估计广州市2起由新型冠状病毒（新冠病毒）奥密克戎变异株（BA.2）引起的本地疫情的潜伏期、序列间隔和基本再生数（R₀）等流行病学参数,探索不同场所聚集性对R₀的影响,为奥密克戎变异株疫情防控提供科学依据。方法 收集2022年4-5月广州市2起新冠病毒奥密克戎变异株本地疫情病例数据,使用Weibull、Gamma和lognormal分布对奥密克戎变异株本地疫情的潜伏期、序列间隔分布进行估计,采用指数增长法和极大似然法估计R₀。结果 两起疫情中位潜伏期为2.94（95%CI：2.52~3.38）d;中位序列间隔为3.32（95%CI：2.89~3.81）d。小型场所聚集性疫情R₀为4.40（95%CI：3.95~4.85）,机场聚集性疫情R₀为11.35（95%CI：11.02~11.67）。结论 广州市2起由新冠病毒奥密克戎变异株引起的本地疫情潜伏期较德尔塔变异株明显缩短。场所聚集程度越高,R₀越大,传播速度越快,易呈现暴发疫情,应及时调整防控策略。     

广州市新型冠状病毒肺炎病例密切接触者核酸检测灵敏度和特异度分析

目的 分析广州市新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情防控不同阶段中,密切接触者新型冠状病毒（新冠病毒）核酸检测的灵敏度和特异度,为优化疫情防控策略提供科学依据。方法 2020年2月21日至9月22日广州市COVID-19病例的密切接触者20 348例,均已接受新冠病毒核酸检测。针对疫情防控的不同阶段,比较核酸检测的灵敏度和特异度。结果 20 348例密切接触者中,男性12 462例（61.24%）,年龄M（P₂₅,P₇₅）为31.0（23.0,43.0）岁,核酸检测次数M（P₂₅,P₇₅）为2.0（1.0,3.0）次,隔离天数M（P₂₅,P₇₅）为12.0（8.0,13.0）d。研究对象经过7次核酸检测后,共确诊病例256例。第1、2、3和第7次核酸检测的灵敏度与特异度分别为69.14%与99.99%（确诊177例）、89.84%与99.99%（确诊230例）、97.27%与99.99%（确诊249例）、100.00%与99.98%。基于我国COVID-19疫情防控分为3个阶段（国内输入、境外输入和境外输入关联）,首次核酸检测的灵敏度分别为70.68%、68.00%和67.35%,特异度分别为99.98%、100.00%和100.00%。结论 建议做核酸检测3次,可提高灵敏度并降低假阴性风险。对于广州市COVID-19疫情防控3个阶段,密切接触者核酸检测的灵敏度结果较为一致,但略有降低趋势,这可能与疫情防控后期阶段的无症状感染者比例增多相关。     

一起新型冠状病毒肺炎聚集疫情传播链的调查分析

目的 分析新型冠状病毒肺炎（COVID-19）聚集疫情的传播特点，评价新型冠状病毒在潜伏期的传染性。方法 以一起发生在重庆市的COVID-19聚集疫情为研究对象，采用回顾性调查的方法，并用统一的调查表，以现场调查和电话调查相结合的方式对129名密切接触者进行线索追踪和个案调查。采用传播链示意图分析传播关系，采用接触史示意图分析传染性。结果 本起COVID-19聚集疫情由同学聚会分别引起了3起家庭（亲戚）和1起同事的聚集。R₀=3.8，潜伏期接触的感染率为17.57%，平均发病前3 d有传染性，不同的接触方式感染率差异有统计学意义（χ²=15.10，P<0.01），单次接触时间不同感染率差异有统计学意义（χ²=25.08，P<0.01）。结论 COVID-19潜伏期存在较强的传染性，越密闭狭小的空间传播风险越高，单次接触时间越长传播风险越高，存在间接接触传播方式。     

广东省新型冠状病毒肺炎病例临床转归及其影响因素

目的 分析广东省新型冠状病毒肺炎（COVID-19）病例的临床转归及其影响因素,为优化医疗救治及疫情防控的策略提供参考依据。方法 通过流行病学调查和进程追踪,收集广东省截至2020年3月4日COVID-19确诊病例1 350例的基本人口学特征、既往病史、就诊经过和临床转归等信息,分析确诊病例的临床分型、病程特点及其相关影响因素。结果 广东省COVID-19确诊病例1 350例中,临床分型为轻型、普通型、重型和危重型（重症）分别为5.3%（72/1 350）、77.7%（1 049/1 350）、12.1%（164/1 350）和4.3%（58/1 350）,粗死亡率为0.5%（7/1 350）。病程时间中位数为23（P₂₅,P₇₅：18,31）d,住院时间中位数为20（P₂₅,P₇₅：15,27）d。出现重症时间中位数为发病第12（P₂₅,P₇₅：第9,15）天,重症持续时间中位数为8（P₂₅,P₇₅：4,14）d。1 066例已出院/死亡病例中,入院轻型病例出现普通型的占36.4%（36/99）,出现重型的占1.0%（1/99）;入院普通型病例出现重型、危重型的分别占5.2%（50/968）、0.6%（6/968）;重型病例出现危重型的占11.4%（10/88）。病例出现重症的影响因素包括男性（aHR=1.87,95% CI：1.43~2.46）、年龄较大（aHR=1.67,95% CI：1.51~1.85）、发病至首诊第2~3天就诊（aHR=1.73,95% CI：1.20~2.50）、合并糖尿病（aHR=1.75,95% CI：1.12~2.73）、合并高血压（aHR=1.49,95% CI：1.06~2.09）。结论 广东省COVID-19病例病程和住院时间普遍较长,且与其临床分型严重程度有关,重症病例主要集中在特定人群,在疫情高发时期,为确保医疗资源的合理配置,需根据隔离和救治等防控需求对病例分类管理。     

儿童家长接受预防接种服务额外消耗时间对总体满意率的影响

目的 了解儿童家长对预防接种服务的总体满意率,以及接受预防接种服务额外消耗时间对其满意率的影响。方法 2019年12月至2020年1月,对0~3岁儿童家长基本情况、接受预防接种服务额外消耗时间以及对预防接种服务的总体满意情况进行问卷调查。共3 178名儿童家长纳入分析。采用二分类logistic回归模型和限制性立方样条模型分析儿童家长接受预防接种服务额外消耗时间对总体满意率的影响。结果 儿童家长对预防接种服务的总体满意率为92.32%。儿童家长从家到预防接种门诊时间M（P₂₅,P₇₅）为10.00（10.00,20.00）min,办理预约登记等候时间M（P₂₅,P₇₅）为10.00（5.00,15.00）min,等待进行注射疫苗时间M（P₂₅,P₇₅）为5.00（3.00,10.00）min,额外消耗总时间M（P₂₅,P₇₅）为30.00（20.00,45.00）min。二分类logistic回归分析结果显示,调整相关因素后,有利于提高儿童家长总体满意率的额外消耗时间因素依次为办理预约登记等候时间（4~min组与8~min组相比,OR=1.863,95%CI：1.307~2.657）、等待进行注射疫苗时间（<4、4~min组与8~min组相比,OR=1.529,95%CI：1.102~2.120;OR=1.534,95%CI：1.104~2.130）、额外消耗总时间（15~min组与30~min组相比：OR=1.470,95%CI：1.094~1.976）。限制性立方样条模型分析显示,儿童家长办理预约登记等候时间（非线性检验χ²=13.18,P=0.001）、等待进行注射疫苗时间（非线性检验χ²=13.50,P=0.001）以及额外消耗总时间（非线性检验χ²=9.38,P=0.009）与总体满意情况的关联强度呈非线性的倒“V”形剂量反应关系。结论 儿童家长办理预约登记等待时间、等待进行注射疫苗的时间和接受预防接种服务额外消耗总时间影响总体满意率。其中,办理预约登记等待时间的影响最大,且该环节等待时间较长,建议预防接种门诊利用信息化技术（如建立微信公众号、APP等）开展分时段预约,并控制单位时间服务人数,对预防接种人群进行有效分流。     

2008-2018年中国5岁及以下儿童手足口病死亡病例流行病学特征

目的 分析2008-2018年我国≤5岁儿童手足口病死亡病例的特征,为制定针对性措施,减少死亡病例发生提供依据。方法 从全国疾病监测信息报告管理系统中收集2008-2018年手足口病监测数据,采用描述性分析方法分析手足口病死亡病例的人群特征、空间分布、诊断和报告情况及病原构成变化,采用logistic回归模型分析导致死亡的危险因素。结果 2008-2018年全国共报告手足口病≤5岁儿童死亡病例3 646例,男性多于女性（1.82：1）,以≤2岁儿童为主（87.71%）。2010年之后全国≤5岁儿童报告手足口病调整后的死亡率由0.87/10万下降至2018年的0.11/10万（APC=-23.20%）。2 523例实验室确诊的死亡病例中,2 323例（92.07%）为肠道病毒71型（EV-A71）感染,但柯萨奇病毒A组16型（CV-A16）和其他肠道病毒构成呈现增加趋势。死亡病例发病至诊断时间间隔M=2（P₂₅～P₇₅：2～4）d,发病至死亡时间间隔M=3（P₂₅～P₇₅：2～4）d。0～1岁、EV-A71感染、发病诊断时间间隔较长和居住地为农村是手足口病死亡的危险因素。结论 2010年后,我国手足口病死亡水平呈下降趋势;死亡病例中优势病原仍为EV-A71,应加强死亡病例中非EV-A71和非CV-A16肠道病毒基因分型;西部省份、农村地区和小年龄组病例应当加强EV 71灭活疫苗接种宣传,提高诊断、救治及时性,降低死亡风险。     

宁波市15起新型冠状病毒肺炎聚集性疫情的传播力研究

目的 描述新型冠状病毒肺炎（COVID-19）聚集性疫情病例的基本特征。方法 收集15起COVID-19聚集性疫情病例的基本信息,采用伽马分布拟合病例代际间隔时间（Tg）,使用基于SEIR模型计算基本再生数（R₀）。结果 15起聚集性疫情中共有确诊病例52例、涉及5例核酸阳性无症状感染者。病例发病时间主要集中在1月23日至2月4日,以女性为主,潜伏期为（6.11±3.38）d。Tg为（6.93±3.70）d,在<60岁、≥60岁组及男、女性之间,Tg差异无统计学意义（P=0.551）。按照本研究估算的Tg计算,宁波市新冠肺炎感染的R₀为3.06（95% CI：2.64~3.51）;按照文献报告的病例Tg为7.5 d计算,R₀为3.32（95% CI：2.51~9.38）。结论 COVID-19聚集性疫情病例的Tg在不同年龄、性别间差异不大,COVID-19早期致病和传播力较高。     

新型冠状病毒Omicron变异株BA.5.1.3亚型潜伏期研究

目的研究新型冠状病毒(新冠病毒)感染疫情的Omicron变异株BA.5.1.3亚型的潜伏期。方法基于315例新冠病毒感染者流行病学调查数据, 根据区间删失数据的特点, 采用log-normal和Gamma两种分布估计潜伏期, 利用离散时间马尔科夫链蒙特卡罗算法对分布函数的参数进行贝叶斯估计。结果 315例感染者年龄(42.01±16.54)岁, 男性占30.16%。其中156例报告了症状出现时间, 年龄(41.65±16.32)岁, log-normal和Gamma分布估计发病潜伏期M(Q1, Q3)分别为2.53(1.86, 3.44)d及2.64(1.91, 3.52)d;估计感染潜伏期M(Q1, Q3)分别为2.45(1.76, 3.40)d及2.57(1.81, 3.52)d。结论基于log-normal和Gamma分布进行贝叶斯估计的潜伏期接近, 潜伏期最佳分布均为Gamma分布, 感染潜伏期与发病潜伏期M相差较小, Omicron变异株BA.5.1.3亚型比以往的Omicron变异株的潜伏期M更短。     

新型冠状病毒肺炎的早期传染病流行病学参数估计研究

目的 研究截至2020年1月31日新型冠状病毒肺炎疫情的早期流行动态,估计该疫情的基本再生数(R0)、潜伏期和世代间隔等流行病学参数。方法 使用威布尔、伽马和对数正态分布拟合从报告病例信息中获取的潜伏期和世代间隔数据的概率分布,采用Akaike信息准则确定最优模型。考虑到疫情还在流行中,应用指数增长模型拟合了2020年1月15-31日的疫情数据,并利用指数增长法、最大似然法和SEIR模型估计R0。结果 截至2020年1月26日早期疫情遵循指数增长模式,随后增长趋势有所减缓。平均潜伏期为5.01(95%CI:4.31~5.69)d;平均世代间隔为6.03(95%CI:5.20~6.91)d。3种方法估计的R0分别为3.74(95%CI:3.63~3.87),3.16(95%CI:2.90~3.43)和3.91(95%CI:3.71~4.11)。结论 世代间隔和潜伏期都更符合伽马分布,世代间隔均值比潜伏期均值长1.02 d;R0较高,疫情形势较为严峻;1月26日是疫情动态的一个转折点,之后疫情增长趋势有所减缓。     

广州市3起本地新型冠状病毒肺炎疫情流行特征及分析

目的 分析广州市3起本地新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情的流行特征,为优化疫情防控策略和措施提供参考依据。方法 资料来源于中国疾病预防控制信息系统传染病报告信息管理系统截至2021年6月18日广州市COVID-19本地病例数据,采用Excel 2019和SPSS 22.0软件进行数据整理和统计学分析。结果 3起本地COVID-19疫情累计报告病例726例,其中我国湖北省关联疫情366例,病例以女性（51.6%,189/366）、18~65岁（81.4%,298/366）、职业以家务/待业（32.2%,118/366）和离/退休人员（20.2%,74/366）为主,首发症状以发热（71.6%,250/349）和咳嗽（60.7%,212/349）为主;非洲国家及地区（非洲）入境关联疫情207例,以男性（69.6%,144/207）、18~40岁（72.9%,151/207）和商业服务职业（62.3%,129/207）为主,首发症状以无明显不适（55.6%,15/27）和咳嗽（37.0%,10/27）为主;Delta变异株关联疫情153例,以女性（58.8%,90/153）、≥ 41岁（64.7%,99/153）和离/退休人员（32.0%,49/153）为主,首发症状以咳嗽（32.9%,48/146）和无明显不适（28.1%,41/146）为主。我国湖北省关联疫情、非洲入境关联疫情和Delta变异株关联疫情的家庭续发率分别为11.2%、5.7%和11.5%;潜伏期M（P₂₅,P₇₅）分别为6.5（4.0,10.8）d、4.0（2.5,6.0）d和4.0（3.0,5.0）d;代间距M（P₂₅,P₇₅）分别为4.0（3.0,8.0）d、4.0（2.5,6.0）d和3.0（2.0,5.0）d。3起本地COVID-19疫情在性别、年龄、职业、首发症状、家庭续发率和潜伏期等的差异有统计学意义（均P<0.05）。病例发现途径中,我国湖北省关联疫情主要是自主就医（44.3%,162/366）,非洲入境关联疫情和Delta变异株关联疫情主要是社区主动排查[58.5%（121/207）和27.5%（42/153）]和密切接触者管理[33.3%（69/207）和67.3%（103/153）]。结论 广州市3起COVID-19本地疫情因感染来源、变异株类型和防控策略的不同导致流行特征在社会人口学特征、临床、传播特征及病例发现等方面存在较大差异。提示在疫情常态化防控阶段,应不断完善重点人群和常见症状监测、强化聚集性疫情排查等措施,严防疫情反弹。     

深圳市一起新型冠状病毒Omicron BF.7变异株暴发疫情的流行病学特征

目的分析深圳市一起广东省外输入的新型冠状病毒(新冠病毒)Omicron BF.7变异株所致暴发疫情的流行病学特征, 梳理和分析其传播链条和传播特征。方法采用现场流行病学方法对病例进行调查, 整理新冠病毒感染者活动轨迹、分析代际关系等, 对新冠病毒核酸阳性标本进行基因测序分析。结果 2022年10月8-23日, 深圳市共报告196例新冠病毒感染者, 均存在流行病学关联。男、女性分别为100和96例, 年龄M(Q1, Q3)为33(25, 46)岁。本起疫情由在广东省外旅游返回深圳市的新冠病毒感染者(首发病例)引起, 4条传播链分别为首发病例现住址相关感染8例、7日晚社会面活动相关感染65例、8日写字楼工作场所相关感染累计48例、在工作场所附近的写字楼相关感染74例。本起疫情潜伏期M(Q1, Q3)为1.44(1.11, 2.17)d。室内暴露的潜伏期短于室外暴露的潜伏期, M(Q1, Q3)分别为1.38(1.06, 1.84)和1.95(1.22, 2.99)d, 差异有统计学意义(Waldχ2=10.27, P=0.001)。随着代际的增加, 基因位点突变个数及突变比例增加。在同一传...