台州市2016-2018年新报告HIV/AIDS抗病毒治疗前HIV-1耐药及亚型流行特征分析

目的 了解台州市新报告HIV/AIDS抗病毒治疗（ART）前HIV-1耐药情况及亚型流行特点。方法 于2016年1月至2018年12月在台州市开展新报告HIV/AIDS在ART前HIV-1耐药的横断面调查,RT-PCR扩增获得HIV-1 pol基因片段并测序,提交序列至斯坦福大学耐药数据库,根据2014年WHO耐药监测指南的推荐标准,确定耐药突变位点以及HIV-1毒株对抗病毒药物的敏感性。结果 2016-2018年台州市新报告HIV/AIDS中成功获得HIV-1 pol基因区序列的研究对象806例,ART前HIV-1耐药率为2.9%（23/806）,其中,非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTIs）、核苷类反转录酶抑制剂（NRTIs）和蛋白酶抑制剂（PIs）耐药率分别为1.9%（15/806）、0.6%（5/806）和0.0%。2016-2018年新报告HIV/AIDS在ART前HIV-1耐药率依次分别为1.6%、1.8%和4.8%。NNRTIs和NRTIs耐药突变位点以K103 N（0.7%）和M184I/V（0.5%）为主。HIV-1亚型以CRF01_AE（42.7%,344/806）、CRF07_BC（28.9%,233/806）和CRF08_BC（11.2%,90/806）为主。同性性传播者HIV-1亚型以CRF01_AE（53.3%,136/255）和CRF07_BC（32.2%,82/255）为主;异性性传播者HIV-1亚型以CRF01_AE（37.7%,203/539）、CRF07_BC（27.5%,148/539）和CRF08_BC（16.1%,87/539）为主。结论 2016-2018年台州市新报告HIV/AIDS在ART前HIV-1耐药率处于低流行状态,但存在上升趋势,需加强对HIV-1耐药型毒株的监测工作。     

昆明市2016-2018年男男性行为人群HIV-1分子网络特征分析

目的 分析云南省昆明市2016-2018年MSM中HIV-1分子网络的特征,探讨HIV-1传播网络的危险因素,为干预的有效实施提供依据。方法 2016-2018年在昆明市连续收集新报告的感染HIV-1的MSM的样品540份,通过巢式PCR扩增HIV-1的pol区基因,按照最大似然进化树中bootstrap值 > 95%和基因距离 < 3%构建分子网络,对研究对象进入网络和网络增长的相关因素进行分析。结果 459份样品获得pol序列,检测到7种HIV-1基因型,其中以CRF07_BC（49.2%,226/459）和CRF01_AE（40.3%,185/459）为主,其他基因型包括URFs（4.8%,22/459）、CRF08_BC（3.1%,14/459）、CRF55_01B（1.7%,8/459）、B亚型（0.7%,3/459）和CRF68_01B（0.2%,1/459）。共163条序列进入网络,入网率为35.5%（163/459）,形成56个簇,簇内个体数在2～13个之间。对研究对象进入网络的影响因素分析,发现已婚和多性伴者在网络中检测到的比例较大;多因素logistic回归分析结果显示,性伴数是MSM感染者分子网络增长的影响因素;按照每年出现≥3个新增感染者的网络为活跃传播簇的标准,有6个传播簇可判定为活跃传播簇,外地、有STD史、离异和学生的MSM是活跃传播簇干预的关键对象。结论 昆明市MSM中HIV-1基因型日趋复杂,进入分子网络的相关因素包括已婚和多性伴,活跃传播簇中外地、有STD史、离异和学生MSM需要加强干预,本研究为分子网络运用于该人群的干预提供了基础。     

广州市2008-2015年男男性行为人群HIV-1亚型分布特征及变化趋势

目的 了解2008－2015年广州市MSM人群HIV-1感染者（MSM感染者）HIV-1亚型分布特征及变化趋势。方法 研究对象为2008－2015年确证的HIV-1感染者、男男性行为途径感染、现住址为广州市。收集血清样本提取HIV-1 RNA,采用巢式 PCR法扩增HIV-1 pol区基因片段,测序后构建系统进化树,确定HIV-1亚型,比较不同年份和不同特征样本的HIV-1亚型分布。结果 从2 473份血清样本中成功获得2 210份样本的pol区基因片段。2 210份样本人群的年龄（30.19±8.22）岁;未婚者占73.39%;汉族占90.81%。独特重组形式（URFs）亚型在职业为农民及农民工的构成比高于其他职业者（P＝0.017,99%CI：0.014～0.020）,URFs亚型在多性伴者的构成比高于非多性伴者（ χ²＝5.733,P＝0.017）。HIV-1亚型分布以CRF07_BC（38.10%）和CRF01_AE（34.84%）为主,其次为CRF55_01B（14.62%）、B（6.06%）、URFs（3.58%）、CRF59_01B（2.17%）和其他亚型（0.63%）。B、CRF07_BC、CRF55_01B和URFs亚型在2008－2015年的各年份构成比的差异有统计学意义（B：P＝0.000,99%CI：0.000～0.000;CRF07_BC：χ²＝14.965,P＝0.036;CRF55_01B：χ²＝18.161,P＝0.011;URFs：P＝0.001,99%CI：0.000～0.001）,其中B亚型的构成比呈逐年下降趋势（P＝0.000,99%CI：0.000～0.000）,URFs亚型的构成比呈逐年上升趋势（P＝0.000,99%CI：0.000～0.000）。结论 2008－2015年广州市MSM感染者HIV-1亚型分布表现为CRF07_BC和CRF01_AE为主、多个亚型共存的特点。URFs亚型的构成比呈上升趋势提示HIV-1在MSM感染者中在不断发生重组。应针对MSM感染者农民及农民工、多性伴者加强干预。     

广州市2008-2015年未接受抗病毒治疗的男男性行为人群艾滋病病毒感染者耐药分析

目的 了解广州市未接受抗病毒治疗的MSM人群HIV感染者（MSM感染者）耐药株流行状况。方法 收集2008－2015年新确证HIV-1抗体阳性、现住址为广州市、传播途径为男男性行为传播、确证时未接受过抗病毒治疗的MSM感染者血清样本,提取HIV-1 RNA,采用巢式PCR法扩增HIV-1 pol区全部蛋白酶（PR）和部分反转录酶（RT）基因片段,测序后提交到美国斯坦福大学HIV耐药数据库进行耐药分析。结果 2 283例MSM感染者中,共有1 986例血清样本成功获得pol区基因片段,年龄16～84（30.18±8.24）岁;未婚者占74.17%（1 473/1 986）;汉族占90.64%（1 800/1 986）;大专及以上占49.65%（986/1 986）,高中及中专占27.14%（539/1 986）,初中及以下占20.89%（415/1 986）。HIV-1亚型以CRF07_BC和CRF01_AE为主,分别为38.22%（759/1 986）和34.49%（685/1 986）。总耐药率为3.32%（66/1 986）,对蛋白酶抑制剂（PIs）耐药率为1.36%（27/1 986））,对核苷类反转录酶抑制剂（NRTIs）耐药率为0.65%（13/1 986）,对非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTIs）耐药率为1.61%（32/1 986）。B亚型对3类药物的耐药率均较高,CRF55_01B对NNRTIs耐药率高于其他亚型。B亚型对司他夫定（D4T）、依非韦仑（EFV）、奈韦拉平（NVP）的耐药率最高,均为4.17%（5/120）;其次是那非那韦（NFV）、齐多夫定（AZT）、利匹韦林（RPV）,均为3.33%（4/120）。CRF55_01B对EFV、NVP的耐药率最高,均为5.50%（16/291）;其次是依曲韦林（ETR）、RPV,均为5.15%（15/291）。结论 广州市未接受抗病毒治疗的MSM感染者耐药率处于低水平,现有抗病毒药物在总体上仍是有效的。但B亚型和CRF55_01B亚型耐药率相对较高,值得关注。     

德宏傣族景颇族自治州2017年HIV-1感染者抗病毒治疗前耐药和病毒基因亚型研究

目的 了解德宏傣族景颇族自治州（德宏州）抗病毒治疗（ART）前的HIV-1感染者基因型和耐药株的流行水平。方法 2017年1-6月在德宏州收集初始ART的HIV-1感染者170例,扩增pol基因,进行HIV-1基因分型和基因型耐药分析。结果 147份样品获得了pol基因,通过进化分析,发现12种HIV-1基因型,居于前3位包括C亚型（29.9%,44/147）、独特型重组形式（URFs）（27.2%,40/147）和CRF01_AE（19.7%,29/147）,还检测到了近年该地区新鉴定出的流行重组形式（CRFs）,包括CRF62_BC、CRF64_BC、CRF86_BC和CRF96_cpx。基因型在异性性传播和注射吸毒传播人群中的分布差异有统计学意义。发现耐药突变的比例为8.8%（13/147）。注射吸毒的HIV-1感染者中耐药株的比例（25.0%,8/32）,高于异性性传播的HIV-1感染者（4.6%,5/109）（χ²=10.166,P=0.002）。结论 2017年德宏州初始ART的HIV-1感染者中病毒基因型高度复杂,HIV-1耐药株的流行达中度水平。     

广州市2008-2015年未接受抗病毒治疗的注射吸毒人群HIV-1感染者耐药分析

目的 了解广州市未接受抗病毒治疗的注射吸毒人群（IDU）HIV-1感染者耐药株流行情况。方法 收集2008-2015年新确证HIV-1抗体阳性、现住址为广州市、传播途径为注射吸毒、确证时未接受抗病毒治疗的IDU HIV-1感染者的血清样本,提取HIV-1 RNA,采用巢式PCR法扩增pol区蛋白酶（PR）基因全序列与反转录酶（RT）基因部分序列并测序后,提交到美国斯坦福大学HIV耐药数据库做耐药分析。结果 518例HIV感染者中,有407例（78.57%）血清样本成功获得pol区基因片段。年龄18~64（37.44±8.14）岁,男性占89.68%（365/407）,汉族占89.93%（366/407）,未婚者占55.28%（225/407）,文化程度以初中及以下为主（83.78%,341/407）。HIV-1亚型以CRF07_BC为主（47.18%,192/407）,CRF01_AE占23.83%（97/407）和CRF08_BC占22.85%（93/407）,其他亚型占6.14%（25/407）。总耐药率为3.44%（14/407）,蛋白酶抑制剂耐药率为1.47%（6/407）,核苷类反转录酶抑制剂耐药率为0.25%（1/407）,非核苷类反转录酶抑制剂耐药率为1.72%（7/407）。突变发生率为12.29%（50/407）,蛋白酶区和核苷类反转录酶区未检出主要耐药突变,非核苷类反转录酶区中V179E突变率更高的是其他亚型和CRF07_BC亚型,其他亚型中的CRF55_01B亚型8例全部发生此突变;E138A突变率最高的是CRF08_BC亚型,为3.23%。有2例病例对NNRTIs的4种药物全都耐药。结论 2008-2015年广州市未接受抗病毒治疗的IDU HIV-1感染者的耐药率处于较低水平,大多数IDU HIV-1感染者对现有抗病毒治疗药物敏感。应加强IDU HIV-1感染者的耐药监测,控制耐药性毒株多重、交叉耐药的流行。     

云南省德宏州2014年HIV-1耐药传播警戒线调查

目的 调查2014年云南省德宏州未经抗病毒治疗的HIV感染者的耐药株传播水平。方法 2014年1-8月在德宏州收集70份新报告的16~25岁HIV-1感染者的血浆样品,对符合耐药警戒线调查要求的58份样品进行HIV-1基因型耐药检测和耐药株传播水平分析。结果 50份样品完成了基因型及耐药鉴定,中国籍占34.0%,缅甸籍占66.0%。通过进化分析对pol区进行分型,主要的基因型包括CRF01_AE、C亚型、URFs、CRF62_BC、CRF08_BC、CRF07_BC、CRF64_BC、B亚型和CRF55_01B,分别占28.0%、20.0%、20.0%、10.0%、8.0%、4.0%、4.0%、4.0%和2.0%。在1个序列中检测到1个针对蛋白酶抑制剂类药物的耐药突变位点(M46I),按照耐药警戒线的统计方法估算耐药株流行率<5%。结论 德宏州16~25岁新报告的HIV-1感染人群中外籍比例较高,HIV新型重组开始传播,但HIV-1耐药性传播尚处于低度水平。     

广州市2008－2015年注射吸毒人群HIV-1亚型分布特征及变化趋势

目的 了解2008-2015年广州市注射吸毒人群HIV感染者（IDU感染者）HIV-1亚型分布特征及变化趋势。方法 研究对象为2008-2015年确证的HIV-1感染者、注射吸毒途径感染、现住址为广州市。收集血清样本提取HIV-1 RNA,采用巢式PCR法扩增HIV-1 pol区基因片段,测序后构建系统进化树,确定HIV-1亚型,比较不同年份和不同特征样本的HIV-1亚型分布。结果 从517份血清样本中成功获得437份样本的pol区基因片段。437份样本的年龄（37.37±8.17）岁;外省户籍者占51.5%（225/437）,以广西壮族自治区户籍（广西籍）居多（54.2%,122/225）。HIV-1亚型分布以CRF07_BC（46.5%）、CRF01_AE（24.3%）和CRF08_BC（23.3%）为主。CRF07_BC和CRF08_BC在2008-2015年各年份构成比的差异有统计学意义（CRF07_BC：趋势χ²=19.703,P=0.006;CRF08_BC：趋势χ²=25.718,P=0.001）,其中CRF07_BC的构成比呈下降趋势（趋势χ²=15.139,P=0.000）,CRF08_BC的构成比呈上升趋势（趋势χ²=22.577,P=0.000）。广西籍IDU感染者中CRF08_BC亚型的构成比较高（蒙特卡罗模拟精确概率P=0.000,99% CI：0.000~0.000）。结论 2008-2015年广州市IDU感染者HIV-1亚型分布以CRF07_BC、CRF01_AE和CRF08_BC为主、多个亚型共存,CRF08_BC亚型的构成比呈上升趋势的特点。提示广西籍IDU感染者是广州市艾滋病防治重点人群,应加强干预。     

凉山彝族自治州HIV/AIDS抗病毒治疗前HIV-1耐药情况及其影响因素分析

目的 了解凉山彝族自治州（凉山州）HIV/AIDS抗病毒治疗前HIV-1耐药情况及其影响因素,为预防HIV-1耐药毒株的传播提供参考依据。方法 分别于2017年1月1日至6月30日、2018年1月1日至6月30日在凉山州开展HIV/AIDS抗病毒治疗前HIV-1耐药的横断面调查。提取获得HIV-1 pol基因区序列,根据2014年WHO耐药监测指南的推荐标准,应用HyPhy 2.2.4和Cytoscape 3.6.1软件进行HIV-1耐药毒株传播网络分析。结果 研究对象464例HIV/AIDS,HIV-1毒株为CRF07_BC亚型的占88.6%（411/464）,总的HIV-1耐药率为9.9%（46/464）,非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTI）、核苷类反转录酶抑制剂（NRTI）和蛋白酶抑制剂（PI）耐药率分别为6.7%（31/464）、1.9%（9/464）和0.4%（2/464）;有1组HIV-1新型重组毒株URF_01BC亚型独立成簇并携带相关耐药突变位点;多因素logistic回归分析结果显示,与异性性传播人群相比,注射吸毒人群的HIV-1耐药风险较高（aOR=3.03,95% CI：1.40～6.54）。结论 凉山州HIV/AIDS抗病毒治疗前的HIV-1耐药率较高,且有新型重组毒株URF_01BC亚型携带相关耐药突变位点的成簇传播,建议加强HIV-1耐药毒株传播的预防工作。     

云南省德宏傣族景颇族自治州2015年HIV-1耐药传播警戒线调查

目的 了解2015年云南省德宏傣族景颇族自治州（德宏州）未接受抗病毒治疗的HIV感染者的耐药株传播水平。方法 2015年1-7月在德宏州收集72份新报告的16~25岁HIV-1感染者的血浆样品,进行HIV-1基因型耐药检测和耐药株传播水平分析。结果 48份完成了基因型及耐药鉴定,其中中国籍占31.2%（15/48）,缅甸籍占68.8%（33/48）。通过进化分析对pol区进行分型,主要的基因型包括URF（52.08%,25/48）、CRF01_AE（16.67%,8/48）、CRF07_BC（10.42%,5/48）、B亚型（6.25%,3/48）、C亚型（6.25%,3/48）、CRF57_BC（6.25%,3/48）和CRF08_BC（2.08%,1/48）。在4个序列中分别检测到1个针对非核苷类反转录酶抑制剂的耐药突变位点（K103N）和2个针对核苷类反转录酶抑制剂的耐药突变位点（T69D和T215I）,按照耐药警戒线的统计方法估算耐药株流行率为5%~15%。结论 2015年德宏州16~25岁新报告的HIV-1感染人群中外籍比例较高,HIV-1基因型复杂,HIV-1传播性耐药达中度水平。     

男男同性恋人群治疗前HIV-1流行毒株及其变异研究

目的  了解掌握男男同性恋者(men who have sex with men, MSM)人群治疗前人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(human immunodeficiency virus type one, HIV-1)流行毒株与基因变异特点。 方法  使用In-house方法进行耐药基因型检测,通过系统进化分析和HIV-1耐药数据库比对确定基因型和基因变异情况。 结果  石家庄市MSM人群中共有5种HIV-1基因型毒株在流行,CRF01_AE是最主要流行毒株,占到56.8%(25/44),其次是CRF07_BC 29.5%(13/44),URFs 9.1%(4/44),B亚型2.3%(1/44)和CRF55_01B 2.3%(1/44)。URFs主要包括CRF01_AE/B和CRF01_AE/C两种重组模式。χ²检验显示不同基因型毒株在婚姻状况、年龄和首次CD4⁺ T淋巴细胞中的分布差异均有统计学意义(均有P < 0.05)。发现1例MSM在HIV-1 NNRT编码区225位点处发生了耐药基因突变(P225H),原发耐药率为2.3%(1/44),可导致依非韦伦(EFV)和奈韦拉平(NVP)中度耐药。 结论  加强MSM人群中HIV-1流行和耐药监测研究对控制本市HIV疫情发展具有重要意义。     

我国6个省19个城市男男性行为人群HIV-1 基因亚型及抗病毒治疗前耐药分析

目的分析我国6个省19个城市男男性行为人群(MSM)HIV-1基因亚型分布及抗病毒治疗前耐药情况。方法 2019年4-11月, 在河北、山东、江苏、浙江、福建和广东6个省19个城市收集未接受抗病毒治疗MSM HIV-1感染者的血浆样本574份, 提取RNA, 反转录后经巢式PCR扩增HIV-1pol 基因区片段。PCR 产物测序后进行序列分析, 构建系统进化树判定病毒基因亚型, 提交斯坦福耐药数据库分析耐药。结果有479份样本PCR扩增成功并获得核酸序列, 检出的HIV-1基因亚型有9种, 其中CRF01_AE(43.4%)和CRF07_BC(36.3%)所占比例较大, 随后依次为B(6.3%)、CRF55₀1B(5.9%)、CRF59₀1B(0.8%)、CRF65_cpx(0.8%)、CRF103₀1B(0.4%)、CRF67₀1B(0.4%)和CRF68₀1B(0.2%);另有26份(5.5%)样本的基因亚型为未知...     

2018年珠海市HIV-1基因型及耐药分析

目的 了解2018年广东省珠海市新确诊且未接受抗病毒治疗的HIV-1抗体阳性病例不同感染途径病毒亚型分布和耐药情况。 方法 收集研究对象血浆标本207份,提取病毒RNA,采用巢氏RT-PCR扩增HIV -1多聚酶pol区,测序定型和耐药分析。 结果 在男男性行为者中流行基因型为CRF07_BC(43.3%)、CRF01_AE(36.1%)和CRF55_01B(13.4%);在异性性感染人群优势基因型为CRF01_AE(52.5%)、CRF07_BC(31.1%)和CRF08_BC(6.6%);在3例注射吸毒感染人群检出CRF01_AE;有1例血源性感染病例检测基因型为H亚型;在MSM和异性性感染人群产生低度耐药,低度耐药率分别为4.1%和4.9%;在注射吸毒和血源性传播感染人群未检出耐药病例。 结论 在经性传播途径感染HIV-1多种基因型共同流行,以CRF01_AE和CRF07_BC基因型为主;在四类人群未检出低度以上耐药病例,总体传播性耐药呈低度流行。     

Complicated genotypes circulating among treatment naïve HIV-1 patients in Guangzhou,China

Guangzhou city is the political, economic, and cultural center of the Guangdong Province, China. The molecular epidemiological characteristics of HIV-1 in Guangzhou are not widely known. The aim of this study was to explore the characteristics of HIV-1 genotypes among treatment naïve HIV/AIDS patients living in Guangzhou. HIV-1 RNA was extracted from serum specimens. The partial pol gene of the HIV-1 genome was amplified and sequenced. The genotypes were screened using the subtyping tool COMET and further confirmed by phylogenetic analysis, with the exception of the URFs that were analyzed by jpHMM and RIP. The distributions of HIV genotypes in different risk populations were analyzed. Subsequently, pol sequences were used to construct transmission networks and analyze drug resistance. Twelve HIV-1 genotypes including 3 subtypes and 9 CRFs, with several URFs were identified from 1388 HIV-1 sequences, which were derived from 1490 patients. The main genotypes circulating in Guangzhou were CRF07_BC (38.3%), CRF01_AE (32.3%), and CRF55_01B (10.7%). CRF01_AE was the secondary dominant strain and multiple lineages of CRF01_AE had been identified in Guangzhou. The 01B recombinant forms, including CRF55_01B, CRF59_01B and CRF68_01B, have circulated widely in Guangzhou. 42.22% (586/1388) of the study sequences fell into 143 transmission networks, and the three main clusters revealed that sequences from MSM and HET populations were intermixed. 5.40% (75/1388) of patients had pre-treatment drug resistance. The HIV-1 strains that were present in Guangzhou have demonstrated complex genotypes. Particular attention should be given on these genotypes for the further strategy of prevention and intervention of HIV transmission.     

浙江省男男性行为人群HIV-1新近感染者的毒株亚型和传播簇研究

目的 了解浙江省MSM中的HIV-1新近感染者的毒株亚型组成和传播特征.方法 233例2011年新报告的MSM感染者经BED捕获酶免试验(BED-CEIA)检测为新近感染,其中107例纳入分子流行病学研究,收集血浆样本提取RNA核酸,用反转录/巢式PCR扩增HIV病毒的pol基因片段,测序后进行生物信息学分析.结果 107例研究对象与当年MSM新近感染者在社会人口学特征上差异无统计学意义.序列获得率为94.4％(101/107),CRF01 AE占比最高(62.4％),其次是CRF07 BC(31.7％),另有3例B亚型,1例CRF55_01B和2例独特重组型.毒株在系统进化树上主要分为CRF01 AE的簇1、簇2和CRF07_BC的簇3,杭州地区的毒株散播于各个进化分支.共发现10个传播簇,80％涉及≥2个的地市,90％与现住址为杭州的病例有关; 共发现有3个样本各存在一个监测性耐药突变,分别为M46I、T215S和G190A,传播性耐药率为2.97％.结论 浙江省MSM的HIV亚型呈现复杂性趋势,但传播性耐药处于低度流行水平;HIV的跨地区传播较为普遍,杭州在地域上可能发挥着核心传播作用,全省已形成混杂交织的复杂网络.     

浙江省2015年HIV分子亚型特征及其传播关系研究

目的 了解浙江省现阶段HIV毒株亚型流行分布特征和分子网络传播关系。方法 采用分层随机抽样方法抽取浙江省2015年4-6月新发现HIV感染者302例进行横断面调查,运用RT-PCR和巢式PCR扩增pol基因成功获得276份序列,结合流行病学调查数据开展测序及系统进化树分析。结果 276例HIV感染者毒株亚型构成：CRF07_BC 122例（44.2%）,CRF01_AE 103例（37.3%）,CRF08_BC 17例（6.1%）,B亚型9例（3.2%）,CRF55_01B 6例（2.2%）,C亚型5例（1.8%）,CRF59_01B 1例（0.4%）,CRF67_01B 1例（0.4%）,A1亚型1例（0.4%）,URFs 11例（4.0%）。CRF07_BC、CRF01_AE毒株亚型在进化树上已形成明显的分簇现象,传播簇主要集中分布在MSM人群（76.5%）。MSM人群的成簇比例高于其他人群,且不同传播途径感染人群存在传播联系。结论 2015年浙江省HIV主要流行毒株以CRF07_BC、CRF01_AE为主,亚型构成有复杂化趋势,应加强对HIV毒株亚型和流行簇的监控和预警,开展分类管理,针对高风险人群和传播链开展有效防控。