基于TCGA数据库和GEO数据库分析SERPINE1在胃癌中的表达和预后影响

目的 分析SERPINE1在胃癌组织中的表达及其临床意义。方法 通过检索肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库,了解SERPINE1在33种癌症组织中的表达情况。通过检索癌症基因组图谱(TCGA)数据库,下载375例胃癌组织和32例癌旁组织的RNA-Sep数据和临床信息,通过检索基因综合表达(GEO)数据库GSE54129数据集下载了111例胃癌组织和21例癌旁组织的基因表达谱芯片,分别将TCGA和GSE54129数据集中的SERPINE1进行癌组织和癌旁组织的表达差异分析,COX分析TCGA数据集中临床基线资料和SERPINE1 mRNA表达水平对胃癌患者预后的影响。绘制Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作特征曲线(ROC)分析SERPINE1 mRNA表达与预后的关系。通过基因富集分析(GSEA)挖掘并预测SERPINE1参与的通路。结果 TIMER数据库分析表明,SERPINE1在8种癌组织中明显高表达(P<0.05)。TCGA数据集、GSE54129数据集分析表明,在胃癌组织中SERPINE1表达高于癌旁组织(P<0.001)。多因素COX分析表明,病理Sta...     

基于TCGA数据库分析ITGA5 mRNA在头颈部鳞状细胞癌中的表达及其预后价值

目的：分析头颈部鳞状细胞癌中整合素α5（integrin α5,ITGA5）的表达与预后的相关性。方法：利用TCGA 数据库中头颈部鳞状细胞癌的RNA表达数据集和相应的临床随访信息,提取mRNA表达谱进行差异分析,并在GEO数据库中进一步验证。结果：通过TCGA表达谱数据分析发现ITGA5 mRNA在肿瘤组织中的表达明显高于正常组织,且Kaplan?Meier 分析显示ITGA5高表达组的患者总体存活时间明显缩短（P < 0.05）。在GEO数据库中验证后证实ITGA5 mRNA表达水平是1个独立的预后指标,对预测患者生存具有较好的敏感性和特异性。结论：ITGA5与头颈部鳞状细胞癌患者的生存预后密切相关,可能作为新的预后标志物。     

基于TCGA数据库分析CENPA在肝细胞肝癌中的表达及临床意义

目的 基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析着丝粒蛋白A(CENPA)基因在肝细胞肝癌(HCC)中的表达情况以及临床意义.方法 从TCGA数据库中通过筛选得到240例HCC患者和50例癌旁组织样本完整的临床病理及生存资料,评价CENPA基因在肝癌组织和癌旁组织中的表达情况.并根据CENPA基因中位表达水平将其分为低表...     

利用TCGA数据库分析Calpain-9在结肠癌中的表达及临床意义

目的:研究Calpain-9在结肠癌中的表达以及临床价值,预测Calpain-9在结肠癌发生发展中的作用。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)下载结肠癌数据集,获得Calpain-9基因表达谱和临床信息。分析Calpain-9在结肠癌中表达的情况,其表达和临床病理学参数的相关性以及对预后的影响。用基因富集化分析的方法预测Calpain-9在结肠癌中调控的通路。结果:在TCGA数据集中,Calpain-9在肿瘤组织中低表达,其表达与组织学类型相关。Calpain-9低表达的患者总体生存期明显低于Calpain-9高表达的患者。Cox多因素分析提示T分期、M分期、Calpain-9表达状态是影响结肠癌患者预后的独立因素。Calpain-9低表达的样本富集到DNA复制、细胞周期等基因集。结论:Calpain-9可以作为抑癌基因在结肠癌中发挥作用,有望成为判断结肠癌预后的指标或者是治疗靶点。     

利用TCGA数据库分析GRB2在肝细胞肝癌中的表达及临床意义

目的分析GRB2在肝细胞肝癌(HCC)中的表达与HCC患者临床特征及预后的相关性,进而预测GRB2与HCC发生发展的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)中选取HCC中GRB2的基因表达谱及相关临床和病理资料,分析GRB2在HCC癌组织和癌旁组织中的表达情况以及HCC癌组织中GRB2表达量与HCC患者临床特征及预后的关系。结果 GRB2在HCC癌组织中的表达高于癌旁组织(P<0.05)。GRB2表达水平与HCC临床病理分级、TNM分期、血清甲胎蛋白(AFP)水平相关,HCC临床病理分级、TNM分期、血清AFP水平越高,GRB2表达量越高(P<0.05)。COX多因素分析显示GRB2高表达和TNM分期是影响HCC患者预后的独立危险因素。结论 GRB2可作为促癌基因在HCC患者的肿瘤组织中呈高表达,提示HCC患者预后不良,有望成为早期诊断HCC的分子标志物和判断预后的指标。     

整合素αVβ5在卵巢上皮性癌中的表达及临床意义

目的：探讨整合素αVβ5在卵巢上皮性癌中的表达及其与微血管密度(microvessel density,MVD)和临床病理特征的关系。方法：采用免疫组织化学PV两步法,分别测定15例正常卵巢组织、15例良性卵巢上皮性肿瘤、10例交界性卵巢上皮性肿瘤、57例卵巢上皮性癌组织中整合素αVβ5的表达及MVD。结果：(1)卵巢上皮性癌中整合素αVβ5的阳性率及MVD值高于正常卵巢组织、良性卵巢上皮性肿瘤和交界性卵巢上皮性肿瘤(P＜0.01);(2)卵巢上皮性癌中整合素αVβ5的阳性率及MVD值随临床分期、组织分级的升高而增加(P＜0.05);(3)卵巢上皮性癌中整合素αVβ5的表达强度与MVD值之间呈正相关(r=0.545,P＜0.05);(4)卵巢上皮性癌中整合素αVβ5表达阳性组患者的生存率明显低于整合素αVβ5表达阴性组(P＜0.05)。结论：整合素αVβ5可能通过介导血管新生参与卵巢上皮性癌的发生、发展、侵袭和转移,整合素αVβ5是卵巢上皮性癌患者的不良预后指标。     

基于TCGA数据库分析胃癌可变剪接与肿瘤免疫的关系

目的·基于癌症基因组图谱数据库TCGA(The Cancer Genome Atlas)探讨胃癌可变剪接与肿瘤免疫的关系.方法·下载TCGA数据库中375例胃癌患者及32例配对癌旁正常组织的转录组、基因组数据和所有纳入研究的胃癌患者的临床信息,以及Spliceseq数据库452例胃癌及配对癌旁样本的剪接百分比数据.在G...     

基于TCGA数据库探索miR-4746-5p在肝癌中的表达及其临床意义

目的 探讨miR-4746-5p在肝癌中的表达与临床意义。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取375例肝癌组织与50例癌旁组织RNA-seq数据及对应患者的临床信息,比较其miR-4746-5p表达水平与肝癌患者临床病理特征及预后的相关性;使用单、多因素Cox回归模型评估肝癌患者预后的危险因素;应用ROC曲线评估miR-4746-5p诊断肝癌的敏感性;利用ssGSEA评估miR-4746-5p表达水平与肝细胞癌(HCC)免疫浸润水平的相关性。结果 miR-4746-5p在肝癌组织中的表达显著高于正常肝组织及癌旁组织(P<0.01),并且miR-4746-5p表达水平与肝癌患者TMN分期、组织学水平、甲胎蛋白水平、是否伴血管侵犯及年龄密切相关(均P<0.05)。高表达miR-4746-5p的肝癌患者总生存率与疾病特异性生存期明显低于miR-4746-5p低表达患者(均P<0.05)。TNM分期与miR-4746-5p表达水平是相互独立的影响肝癌患者预后的危险因素(P<0.01)。GO生物功能及KEGG富集分析提示,miR-4746-5p可能参与调节细胞分化、小GTP酶结合活性和轴突部组装等过程,其靶基因主要富集于MAPK信号通路、轴突引导信号通路、自噬信号通路;miR-4746-5p的表达水平与多种免疫细胞浸润水平(如巨噬细胞、Th2细胞、CD8 T细胞、NK细胞、中性粒细胞等)相关。此外,miR-4746-5p可能通过调控ASPG/CXCL12/IGF2/c11orf96/SEC31B轴促进HCC的发生发展并导致不良预后。结论 miR-4746-5p可作为诊断早期肝癌的标志物并对肝癌患者临床治疗及预后预测具有重要意义。     

分离缺陷蛋白6α在胶质瘤中的表达及其对临床病理和预后的意义

目的探讨分离缺陷蛋白6α(PARD6A)在胶质瘤中的表达及其对临床病理和预后的意义。方法利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因型-组织表达(GTEx)数据库收集胶质母细胞瘤(GBM)、低级别胶质瘤(LGG)和正常脑组织(Normal) mRNA及临床资料,分析胶质瘤组织和正常脑组织中PARD6A的表达量以及其与临床特征的相关性;并通过生存分析研究PARD6A表达量的变化与预后的关系;下载京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库内的分子特征数据库,利用基因富集分析(GSEA)技术研究PARD6A在胶质瘤中涉及的信号通路,探讨其在胶质瘤中的作用机制;收集2015年1月至2017年10月期间在临沂市人民医院微创与功能神经外科手术治疗的原发脑胶质瘤患者的石蜡包埋标本58例,同时期的外伤脑组织样本10例,应用免疫组织化学法检测PARD6A在外伤脑组织和不同级别胶质瘤中的表达情况,并随访58例胶质瘤患者1年和2年肿瘤复发情况。结果生物信息学分析表明PARD6A在GBM中表达最低,LGG次之,正常脑组织中表达量最高,差异有统计学意义(P<0.05);PARD6A表达量与患者的年龄和性别无...     

整合素在胃癌中的表达及意义

应用LSAB免疫组化方法检测35例胃癌组织及邻近正常胃粘膜x4、β1、β4亚单位整合素的表达状况。结果发现：1．胃癌组织中整合素的表达程度明显高于正常胃粘膜组，35例胃癌中x4阳性13例（37．10％），β1阳性33例（94.3％），β4阳性20例（57.1％）；2．三亚单位尤其是x4和β4表达与胃癌临床病理特征密切相关。结果提示：x4、β1的高表达或β4的低表达．可能在胃癌浸润和转移过程中发挥着重要作用．预示该癌组织有高侵袭倾向。     

基于公共数据库分析TNFAIP2在肾透明细胞癌中的表达及临床意义

目的 探讨肿瘤坏死因子α诱导蛋白2 (TNFAIP2)在肾透明细胞癌(ccRCC)中的表达情况及其临床意义。方法 通过TIMER2.0、癌症基因组图谱(TCGA)、ONCOMINE和UALCAN数据库,分析TNFAIP2 mRNA在正常肾脏和ccRCC组织中的表达差异,及其与临床指标和免疫细胞丰度的相关性;利用Kaplan-Meier曲线数据库分析预后情况。采用Western blotting检测人肾脏正常细胞系HK-2和人肾癌细胞系786-O、ACHN中TNFAIP2的表达,并应用实时PCR在24个配对的肾癌组织与癌旁肾脏正常组织样本中检测TNFAIP2的表达量。结果 公共数据库分析结果显示,TNFAIP2在ccRCC组织中异常高表达(P <0.001),且TNFAIP2的高表达与肿瘤的分期、分级、淋巴结转移、免疫细胞Th1和Treg丰度密切相关(P <0.001); Kaplan-Meier曲线分析表明TNFAIP2表达与患者的预后有关,其高表达提示病情恶化及总生存期缩短(P <0.001);受试者操作特征曲线显示TNFAIP2表达可用于评估患者的诊断预测效率(曲...     

基于TCGA数据库分析TUBA1C在肺腺癌中的表达及临床意义

目的 研究α-微管蛋白特异性1 c链(TUBA1 C)在肺腺癌组织中的表达及临床意义.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载535例肺腺癌组织与59例癌旁组织RNA-seq数据及对应患者的临床资料;比较其表达与肺腺癌患者临床特征的相关性及对预后的影响;Cox风险比例模型评估肺腺癌患者预后的危险因素.结果 与癌旁组...     

生物信息学分析PDGFRB在胃癌中的表达及其临床意义

目的 应用生物信息学方法分析筛选胃癌患者差异表达基因,探讨其在胃癌发生发展及预后中的临床价值及意义.方法 在癌症基因组图谱(The cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中下载胃癌基因表达相关的数据,利用Perl构建基因表达矩阵并提取患者临床病理信息;利用R语言中的edgeR程序包筛选表达差异基因;U...     

整合素α4和β1在胃癌中的表达及临床意义

目的 探讨整合素α4、β1在胃癌组织中的表达及其与胃癌临床、病理特征和预后的关系.方法 采用免疫组化Envision法检测84例胃癌组织中整合素α4、β1的表达,并对胃癌患者进行术后随访.结果 （1）本组胃癌患者α4表达率为75.0%（63/84）,β1表达率为21.4%（18/84）,正常胃黏膜均不表达.（2）整合素α4表达与胃癌是否出现远处转移和临床病理分期相关（均P＜0.01或0.05）,而与肿瘤浸润深度、Borrmann分型、组织学类型及是否伴有淋巴结转移无关（均P＞0.05）;整合素β1表达与胃癌浸润深度相关,而与其它病理学特征均无关（均P＞0.05）.（3）84例患者中共有77例获随访,随访率91.7%,随访期为3～88个月,中位生存时间16.5个月,α4表达阳性者术后生存率高于阴性者（P＜0.05）,而β1表达阳性者术后生存率低于阴性者,但差异无统计学意义（P＞0.05）.结论 整合素α4表达减少可能导致胃癌进展和远处转移;而β1表达可能与胃癌侵袭性和预后差有关,提示表达整合素α4与β1的胃癌可能具有不同的生物学行为.     

整合素α5β1在胃癌中的研究进展

肿瘤严重危害着我国人民的生命与健康,近20年来,肿瘤的发病率和死亡率逐渐上升,而发病年龄下降,死亡率在整个疾病谱中占第2位,仅次于心脑血管疾病,在恶性肿瘤中,胃癌的发病率和死亡率一直居首位。迄今为止,肿瘤病因还不完全清楚,     

CD151及整合素α3β1在胃癌中的表达及意义

目的　通过对CD151及整合素α3β1 在胃癌组织中的表达的研究,将有助于加深对胃癌发生、发展及转移机制的了解,以及为防治和评估找到新方法。方法　 采用免疫组化S-P 方法检测了23 例正常胃组织、46 例胃癌原发灶及21 例淋巴结转移灶中CD151及整合素α3β1的表达, 并分析比较它们分化程度、特别是原发灶与转移灶分组中表达差异。结果　胃癌中CD151及整合素α3β1表达阳性率分别为66.0%和48.5%,在淋巴道转移中的阳性率为81%和72%,二者差别都有统计学意义(P<0.05);CD151及整合素α3β1在胃癌原发灶及淋巴结转移灶中表达强度呈正相关关系。结论　CD151和整合素α3β1 在胃癌组织中存在异常高表达,检测CD151及整合素α3β1的表达可望成为与胃癌发生、发展、转移有关并提示预后不良的指标。     

α6整合素表达与胃癌生长方式及浸润程度关系的临床意义

目的 研究粘附分子α6整合素在胃癌生长方式或浸润程度不同时的表达及其临床意义。方法 用免疫组化法检测55例胃癌。结果 胃癌生长方式不同,浸润程度不同,α6在胃癌原发灶细胞膜上的群体分布极性发生明变。α6在原发灶胃癌细胞膜上的表达程度明显强于邻近正常胃粘膜(P<0.05),在浸润型生长或穿透浆膜时,原发灶中α6呈弱表达(P<0.05)。结论 胃癌原发灶中α6表达的减弱,可能预示着胃癌呈浸润性生长或胃癌可能穿透浆膜等恶性特征,通过检测胃癌原发灶α6的表达,可以客观的评估判断胃癌生长方式或浸润程度,为提高胃癌的诊断和治疗水平打下一定的基础。     

VCAN在胃癌中的表达及预后价值研究

目的分析VCAN在胃癌组织中的表达情况,并探讨VCAN在胃癌发生发展中的作用机制及临床预后价值。方法收集胃癌组织表达谱数据集和临床信息,分析VCAN表达差异以及与临床病理特征相关性,采用COX回归分析其预后价值,并采用GSEA富集方法分析VCAN的调控网络。结果与正常胃组织相比,VCAN的表达水平在胃癌组织中显著提高,且与胃癌分级、分期、T分期呈显著正相关,VCAN高表达的胃癌患者总生存期明显低于VCAN低表达的患者,VCAN是胃癌的独立预后危险因素(P<0.01);上皮间充质转化、细胞外基质受体相互作用、焦点黏着、Hedgehog通路、TGFβ通路、细胞粘附分子和胃癌晚期等基因集在VCAN高表达组中显著富集。结论 VCAN可能是胃癌预后的潜在预测分子标记,并可能参与调控胃癌的上皮间充质转化过程。