基于TCGA数据库和GEO数据库分析SERPINE1在胃癌中的表达和预后影响

目的 分析SERPINE1在胃癌组织中的表达及其临床意义。方法 通过检索肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库,了解SERPINE1在33种癌症组织中的表达情况。通过检索癌症基因组图谱(TCGA)数据库,下载375例胃癌组织和32例癌旁组织的RNA-Sep数据和临床信息,通过检索基因综合表达(GEO)数据库GSE54129数据集下载了111例胃癌组织和21例癌旁组织的基因表达谱芯片,分别将TCGA和GSE54129数据集中的SERPINE1进行癌组织和癌旁组织的表达差异分析,COX分析TCGA数据集中临床基线资料和SERPINE1 mRNA表达水平对胃癌患者预后的影响。绘制Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作特征曲线(ROC)分析SERPINE1 mRNA表达与预后的关系。通过基因富集分析(GSEA)挖掘并预测SERPINE1参与的通路。结果 TIMER数据库分析表明,SERPINE1在8种癌组织中明显高表达(P<0.05)。TCGA数据集、GSE54129数据集分析表明,在胃癌组织中SERPINE1表达高于癌旁组织(P<0.001)。多因素COX分析表明,病理Sta...     

DNA甲基化转移酶在胃癌中的表达及其临床意义

目的 探讨胃癌中DNA甲基化转移酶(DNMT1、DNMT3A、DNMT3B)表达的临床意义与预后的相关性.方法 运用TCGA和GEO数据库分析DNA甲基化转移酶在胃癌和正常组织中的表达差异;运用生存期分析软件Kaplan-Meier plotter分析DNA甲基化转移酶对胃癌患者预后的影响;下载TCGA和GEO数据库中...     

基于肿瘤干性相关基因的肾癌预后模型构建

目的 通过挖掘基因表达汇编(GEO)数据库中肾癌干细胞芯片数据,寻找肾癌细胞干性标志物,并联合癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的肾癌临床及转录组数据构建一种评估肾癌预后的模型.方法 从GEO数据库GSE48550数据集中下载芯片数据,筛选肾癌干细胞和正常肾小管上皮细胞之间的差异表达基因,通过基因本体(GO)和基因集富集分析进行功能及通路分析,通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建确定肾癌干细胞核心基因.从TCGA数据库下载肾癌患者年龄、临床分期、预后情况及相关基因的表达水平,通过单因素及多因素Cox回归分析筛选肾癌预后的独立危险因素,构建预测肾癌患者总生存期的列线图模型.结果 通过分析肾癌干细胞和正常肾小管上皮细胞的芯片数据,发现差异表达基因富集在细胞趋化、细胞外基质形成及受体配体活性等模块,炎症反应通路、P53通路及TNF-α/NF-κB通路在肾癌干细胞中显著激活.单因素及多因素Cox回归分析结果表明,年龄、临床分期为肾癌预后的独立危险因素,趋化因子家族中的C-X3-C基序趋化因子配体1(CX3CL1)是肾癌预后的独立保护因素.通过评估模型区分度,发现基于年龄、临床分期及CX3CL1表达水平的风险模型可准确预测肾癌患者总体生存率,其中C指数为达到0.803.结论 通过GEO和TCGA数据库联合分析筛选肾癌干性相关基因,构建了一种联合患者年龄、临床分期及CX3CL1表达水平的新模型,新模型可用于评估肾癌患者预后.     

COX6B2在胃癌组织中高表达并影响患者的远期预后：基于抑制p53信号调控胃癌细胞的增殖及细胞周期

目的 分析COX6B2在胃癌组织中的表达对患者远期预后的影响及其作用机制。方法 基于公共数据库、患者病历资料分析COX6B2在胃癌和癌旁组织中表达量及其对患者预后的影响;富集分析COX6B2在胃癌中可能发挥的作用;应用慢病毒转染技术干预COX6B2的表达;通过CCK-8、流式细胞术及免疫印迹实验验证其生物学功能。结果 TCGA数据库、免疫组化、免疫印迹和荧光定量PCR检测显示,COX6B2在胃癌组织中高表达（P<0.05）;Kaplan-Meier plotter数据库和K-M曲线显示,COX6B2高表达组生存期短（P<0.05）;统计分析发现COX6B2在胃癌组织高表达与临床病理分期、CEA及CA19-9密切相关（P<0.05）,COX6B2高表达、CEA≥5μg/L及CA19-9≥37 kU/L均是影响患者术后5年生存率的独立危险因素（P<0.05）且COX6B2表达量对患者远期预后有一定预判价值（P<0.05）;GO及KEGG富集结果显示,COX6B2主要参与细胞周期的调控等;CCK-8和流式检测显示,上调COX6B2促进细胞增殖,通过增加G1/S期...     

基于生物信息学构建胃癌患者预后比例风险回归模型

目的探讨胃癌(GC)发生发展中的关键基因和通路,并构建胃癌患者预后预测模型。 方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库收集胃癌和癌旁正常组织的基因表达数据和临床指标,使用R包分析基因表达差异并做基因功能富集分析。采用比例风险回归模型Cox分析法构建胃癌患者预后预测模型；ROC曲线检测预测模型的准确性并绘制列线图。 结果获得930个差异表达基因,包含436个上调基因,494个下调基因。上调基因主要富集在细胞周期、信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用等通路,下调基因主要富集在神经活性配体-受体相互作用、细胞色素P450代谢、cAMP信号等通路。Cox法确定了10个生存期相关的差异表达基因,并构建多基因预后模型,具有良好的预测效能。Cox分析结果显示,预后模型为胃癌患者预后的独立因素。 结论基于生物信息学构建的多基因预后模型对胃癌患者具有良好的预后预测效能,可能成为胃癌临床预后评估的指标以及靶向治疗的新靶点。     

基于生物信息学的子宫内膜癌预后模型构建

目的 筛选与子宫内膜癌（endometrial carcinoma,EC）预后相关的差异基因并构建预后模型。方法 从癌症基因图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库和基因表达谱数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）的数据集GSE63678中下载EC和正常对照样本的基因表达数据,筛选出共有差异基因。采用LASSO回归分析筛选出具有预后意义的基因,并构建预后特征。从TCGA数据库中获取具有完整信息的EC患者,按1∶1的比例随机分为训练组和验证组。对训练组患者基于预后特征构建生存曲线;采用基因本体论（gene ontology,GO）分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）对预后特征进行功能注释和通路富集分析;结合预后特征及临床危险因素构建列线图,采用校准曲线和C指数评估列线图性能。最后使用验证组加以验证。结果 从TCGA和GEO数据库分别筛选出4800个和257个差异基因,其中共表达的上调基因73个,下调基因52个;LASSO回归分析筛选出6个预后基因,分别为ORMDL2、BNC2、TTK、MAMLD1、KCTD7、DCLK2;生存曲线结果表明高风险组患者的总生存率显著低于低风险组（P<0.01）;GO分析和KEGG结果显示预后特征与细胞周期相关。列线图在训练组与验证组中均显示出良好的预测能力。结论 本研究构建一种基于预后特征的预测模型,可准确预测EC患者的预后,为临床诊疗提供新的理论支持。     

基于TCGA数据挖掘发现ITGB2可能影响急性髓细胞白血病的预后

〔目的〕通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的急性髓细胞白血病患者的转录本数据和临床数据,探寻AML的骨髓微环境中与肿瘤浸润免疫细胞(TICss)的相关预后基因.〔方法〕通过TCGA数据库下载AML患者的RNA-seq数据,通过R语言软件采用CIBERSORT和ESTIMATE算法计算其中肿瘤免疫细胞和基质细胞成分比例,Kaplan Meier分析绘制生存曲线,利用COX回归分析和蛋白互作网络(PPI)进行差异基因分析,随后利用韦恩图确定PPI和COX回归分析的集合基因.Kaplan Meier生存分析预测集合基因与AML患者的生存预后情况,后续进行基因集富集分析(GSEA)分析其相关富集通路、TICss比例及相关性分析.〔结果〕在AML的骨髓微环境中免疫细胞成分与预后相关(P<0.05),β2-整合素(ITGB2)在COX回归和PPI网络两个基因集中均存在,低表达ITGB2的AML患者生存预后更好(P<0.05).GSEA结果显示,高表达ITGB2与多条免疫相关信号通路相关,TICss分析发现ITGB2与9种免疫细胞相关.〔结论〕IT-GB2的表达量可能与AML患者的不良预后相关,可能通过影响骨髓微环境的免疫细胞发挥作用,提示ITGB2可能作为AML靶向治疗的潜在生物学靶点.     

基于肿瘤基质评分的胃癌预后基因分析

目的 分析比较不同肿瘤基质评分胃癌患者的基因表达特征,鉴定与评分相关的胃癌预后基因,以期为临床胃癌诊断和预后提供更精准的手段。方法 从癌症基因组图谱数据库（the cancer genome atals, TCGA）下载胃癌的临床资料和组织转录组测序（ribonucleic acid sequencing, RNAseq）表达数据。从基质免疫评估数据库（estimation of stromal and immune cells in malignant tumor tissues using expression data, ESTIMATE）网站下载TCGA数据库中胃癌患者基质评分信息。获取患者的临床信息、RNAseq表达谱、基质评分。按照基质评分的高低分为高基质评分组和低基质评分组,分析基质评分与胃癌预后的关系。用R语言DEseq2包进行标准化处理和差异分析;WGCNA（weight correlation network analysis, WGCNA）包筛选与基质评分密切相关的差异基因;单因素COX风险比例回归模型（COX proportional model, COX）初步筛选基质评分密切相关基因中与胃癌预后相关的基因;LASSO（least absolute shrinkage and selection operator, LASSO）回归模型筛选出其中影响胃癌预后的关键基因,计算最小λ值;多因素COX回归分析构建关键基因胃癌预后模型,并量化基因表达量与患者生存时间的关系;模型内部绘制关键基因的生存曲线。最后通过其他公共数据库（KM-plotter数据库和Oncomine数据库）验证这些基因在胃癌大样本的表达和预后。结果 基质评分越高的患者表现为预后更差（P<0.05）。对患者的RNA-seq差异表达分析筛选得到1581个差异表达基因;从中通过WGCNA筛选出1015个基因与胃癌基质评分密切相关;单因素COX回归选出377个基因与胃癌患者预后相关（P<0.05）;LASSO回归筛选出12个与胃癌预后相关的关键基因,最小λ=12;多因素COX回归分析显示该模型C指数为0.68,3年生存期和5年生存期的预测值基本贴合实际值,3年生存期曲线下面积（area under the curve, AUC）为0.693,5年生存时间AUC为0.725。12个基因中,ACTA1、ADAMTS12、LINCO1614、MATN3、MTUS2、PLCL1、POSTN、SERPINE1、TPTEP1表达量越高,患者生存期越短,GAD1和MMP16表达量的越低,患者生存期越短;6个基因（ADAMTS12、MATN3、MEGF10、PLCL1、POSTN、SERPINE）各自作为独立危险因素,具有最佳的胃癌预后预测功能（P<0.05）。KM-plotter数据库和Oncomine数据库符合本研究的预测结果。结论 肿瘤基质评分越高的胃癌患者,预后更差、生存周期更短。6个基因ADAMTS12、MEGF10、PLCL1、POSTN、MATN3、SERPINE与患者的肿瘤基质评分及预后密切相关。其表达越高,患者评分越高,预后越差、生存周期越短。本研究鉴定了与胃癌基质评分相匹配的预后基因,提示胃癌基质研究的进一步方向。     

预后营养指数在胃癌肺转移患者预后中的意义及列线图预测模型的建立研究

背景　胃癌是全球范围内常见的消化道恶性肿瘤之一,严重危害居民的生命和健康。有研究表明肿瘤患者的预后与营养状态具有较高的相关性。近年来越来越多的研究者将预后营养指数（PNI）纳入肿瘤的预后研究中,并通过PNI评价患者的营养状态及预测患者的远期预后。目的　探讨PNI对胃癌肺转移患者预后的评估价值,并建立列线图预测模型。方法　收集2010年7月至2018年7月新疆医科大学第一附属医院诊治的245例胃癌肺转移患者的住院病历及检测报告,分析其临床病理特征,包括年龄、性别、原发灶、组织学分级、T分期、N分期、肺转移类型、肺转移时间、化疗情况、肿瘤直径、血清癌胚抗原（CEA）水平、血清CA199水平、胸腔积液发生情况、脉管癌栓发生情况、原发灶手术情况和术前1周外周血淋巴细胞总数、血清白蛋白水平等,并计算PNI。对患者进行电话或门诊随访,随访截止时间为2019年4月。分析PNI的影响因素及其对胃癌肺转移患者预后的影响,根据患者预后的影响因素建立列线图预测模型。结果　PNI预测胃癌肺转移患者生存结局的最佳截断值为46.1〔依据截断值,将患者分为低PNI值组（n=114）和高PNI值组（n=131）〕,灵敏度为71.7%,特异度为67.8%。多因素Logistic回归分析结果显示,年龄>65岁〔OR=2.123,95%CI（1.201,3.752）〕、T分期高〔OR=2.104,95%CI（1.336,3.313）〕、N分期高〔OR=1.876,95%CI（1.286,2.735）〕、肿瘤直径>5 cm〔OR=1.839,95%CI（1.054,3.208）〕是导致胃癌肺转移患者PNI低的独立危险因素（P<0.05）。胃癌肺转移患者1年、2年、3年生存率分别为33.3%、15.1%、4.3%。低PNI值组3年生存率为1.0%,低于高PNI值组的11.6%（P=0.001）。多因素Cox回归模型分析结果显示,组织学分级〔HR=1.414,95%CI（1.059,1.887）〕、肺转移类型〔HR=1.647,95%CI（1.213,2.237）〕、化疗〔HR=0.740,95%CI（0.559,0.981）〕、原发灶手术〔HR=0.649,95%CI（0.475,0.886）〕、PNI〔HR=0.733,95%CI（0.550,0.978）〕为胃癌肺转移患者预后的独立影响因素（P<0.05）。绘制列线图,纳入多因素Cox回归模型中有统计学意义的影响因素,对胃癌肺转移患者1、2、3年总体生存率进行预测,一致性指数（C-index）为0.755。结论　PNI对胃癌肺转移患者的预后具有重要的预测价值,以此为基础构建的列线图预测模型有利于临床上对患者的预后进行个体化分析。     

免疫相关基因及其决定的免疫细胞微环境对胃腺癌预后的预测价值

目的:通过生物信息学分析筛选胃腺癌的差异表达免疫相关基因及癌症相关通路,结合免疫细胞微环境预测胃腺癌的预后。方法:从癌症基因图谱数据库（TCGA）和基因表达（GEO）数据库下载RNA测序数据和临床数据通过生物信息学分析,获得343例胃腺癌组织和30例正常组织中差异表达的免疫相关基因;根据单因素和多因素Cox回归分析筛选...     

拓展利用病案资源 突出病案服务功能

从病案信息利用的范围及病案信息利用的管理两大方面阐述了病案在信息时代所处的地位及其利用价值,同时就拓展病案利用价值提出了一些建议。     

服务创新是提升病案质量的保证

病案服务创新是病案工作持续发展的根本动力。病案服务创新要做到服务观念创新,服务内容创新,服务方式创新,服务机制创新。服务创新,由被动服务向主动服务转变,由单一服务向全面服务转变,由一般服务向深层次服务转变,从而更好地为医院各项建设服务。     

病案信息管理发展趋势

目的探索病案信息管理未来发展方向。方法将病案信息管理过程中所涉及的问题进行分析。结果病案信息管理在医疗、教学、科研、医院管理、医疗保险、法律等起着举足轻重的作用。结论病案信息管理发生显著的变化,向数字化、高智能化的电子病案方向发展。     

强迫症的亚型探讨与疗效比较

目的：探讨认知行为心理治疗（CBT）在强迫症（OCD）患者各亚型治疗中的有效性和规律性。方法：本研究为临床对照研究。符合入组标准的强迫症患者按患者自愿原则分为两组,治疗观察3、6个月。疗效评定分别运用Yale-Brown强迫量表,自拟的自评好转程度量表和临床疗效评定。结果：认知行为心理治疗合并药物治疗组31例,临床有效率70.9%,其中治愈率1.8%。单纯药物治疗组24例,临床有效率33.3%。Yale-Brown强迫量表在6个月两组有显著性差异（P〈0.05）。其中强迫症亚型（怕脏型、反复检查型和反复担心型）的疗效比较,怕脏型在治疗3个月末两组间自评量表评分有显著性差异（P〈0.05）;反复担心型在治疗6个月末两组间Yale-Brown强迫量表总分有显著性差异（P〈0.05）;反复检查型两组间无统计学差异。结论：认知行为心理治疗合并药物治疗强迫症的疗效明显优于单纯药物治疗。强迫症的亚型在治疗中的有效性次序为：反复担心型〉怕脏型〉反复检查型。     

罗格列酮在多囊卵巢综合征促排卵周期中的疗效探讨

目的:探讨罗格列酮(Rosiglitazone)对有胰岛素抵抗的多囊卵巢患者促排卵治疗的影响.方法:133例临床上有PCOS(多囊卵巢综合征)表现的不孕患者通过OGTT(口服葡萄糖耐量实验)、胰岛素及C肽释放实验,检出胰岛素抵抗(IR)患者81例.将81例病人随机分为A、B、C三组,分别给予促排卵药、罗格列酮、罗格列酮与促排卵药合用,共治疗2个月经周期,比较三组用药前后及用药后三组间的Homa IR(胰岛素抵抗指数)、FFA(游离脂肪酸)、TNFα(肿瘤坏死因子)和排卵率的变化.结果:用罗格列酮治疗前后患者的Homa IR指数、血清FFA和TNFα明显下降(P＜0.05).罗格列酮与促排卵药合用排卵率明显优于单用促排卵药(P＜0.05)和单用罗格列酮(P＜0.005).结论:罗格列酮能有效地改善胰岛素抵抗,提高促排卵成功率.     

谈文学审美过程对医务人员自身素质的影响

文学是为满足人的审美需求而产生、存在和发展的。文学以其对美的寻求、揭示、建构和表现,丰富着人们的精神世界,彰显着自身存在的价值。正如席勒所说：＂审美是人性的完成＂。文学和医学是两种互补的认识方式,文学可以说是医学的原动力。文学审美过程是促使医务人员自我完善的过程,可以提高医务人员的综合素质;促进医务人员的医患伦理建构。     

探索病案质检工作的新模式

目的通过探讨病案质检工作的新思路、新方法,以达到提高病案质量,从而提高医疗质量的目的。方法运用现代医院管理的理论知识,结合病案质检的实际将理论知识融于实践之中。结果改进了病案质检的工作模式,由单一质检转变为多元化工作模式。结论环节病历质量、终末病历质量都得到了很大提高,同时强化了临床的质量意识和自我保护意识。     

常见脉象寸口部光电血管容积图的参数分析

为了研究不同脉象与血管容积图的关系,应用“BC－4型”定量式光电血管容积仪对432例受检者（包括正常脉象和10种常见病脉）进行寸口脉光电血管容积图检测,同步进行血流动力学参数分析。结果表明,与正常脉象比较,种种病脉在寸口脉血管容积图上均显示出各种脉象的参数特征,而血流动力学指标的变化反映了不同脉象形成的心血管病理生理特点。提示寸口部光电血管容积图参数为各类病理脉象的临床诊断提供了客观化依据。     

参加死亡病例讨论对死亡病案质控的意义

目的提高死亡病案质量、医疗质量和医护人员的法律意识。方法质量控制等有关人员参加死亡病例讨论,找出问题缺陷、总结经验、吸取教训。结果发现病案首页项目填写错误或漏填较普遍,病历不能及时完成,讨论流于形式,医师自我保护意识差。结论质控人员参加死亡讨论,有利于医护合作、医药配合、科室协作、提高病历质量及医疗质量。     

对七情病因概念的形成分析

七情作为病因概念,首见南宋·陈无择<三因方>.一般对这一概念来源的讨论,多仅追溯到<黄帝内经>中有关情志致病的论述,而对于七情病因概念中可能存在的"非<内经>"内容,讨论甚少.通过分析<三因方>中与 "七情"有关的论述,笔者认为,陈无择的七情病因概念,由<素问·举痛论>"九气"、<诸病源候论>"七气"、<礼记>"七情"以及宋明理学心性论等多种元素构成.探讨这一问题,对于认识中医学概念的建构规律,正确理解和改造现代中医学七情概念有重大意义.