基于网络药理学探讨三棱-莪术药对治疗肝癌的作用机制

目的：采用网络药理学方法筛选三棱-莪术药对治疗肝癌的作用靶点以及相关信号通路,明确治疗肝癌的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出三棱、莪术的有效药物成分及作用靶点,构建有效成分-靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。从OMIM、DrugBank、TTD数据库检索与肝癌相关的疾病靶点,并通过R语言软件分析获得三棱-莪术成分与肝癌的交集靶点。应用Cytoscape 3.2.1软件绘制成分-靶点网络,并运用DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：共筛选出三棱-莪术药对与肝癌的相对应作用靶点共31个。共涉及与肝癌相关的GO分析125条,主要包括分子功能、生物过程、细胞组分3个方面。KEGG通路82条,主要从一氧化氮生物合成过程的正调控、细胞对脂多糖的反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等多处通路治疗肝癌。结论：本研究初步验证了三棱-莪术药对通过肿瘤坏死因子信号通路、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、类固醇激素介导的信号通路等治疗肝癌。本研究表明三棱-莪术药对具有多成分、多靶点的特点,其作用机制...     

基于网络药理学的大血藤治疗子宫内膜异位症作用机制分析

目的：应用网络药理学方法筛选大血藤的主要有效成分,预测有效成分治疗子宫内膜异位症（简称内异症）相关靶点,探讨大血藤“有效成分-靶点-通路”效应模型治疗内异症的机制。方法：通过中药化学成分数据库检索大血藤化学成分,并根据口服生物利用度 （OB） 和类药性指数 （DL） 筛选有效成分。利用 Targets information 软件筛选每种有效成分的作用靶点。通过利用 GeneCards 数据库收集内异症相关靶基因,并利用韦恩图工具得到大血藤有效成分治疗内异症的靶基因。利用Cytoscape 软件构建大血藤有效成分-靶点网络图,并通过 STRING 软件分析靶点蛋白之间关系。通过 Geneontology 数据库分析靶点基因富集的基因本体（GO）生物分析功能,并通过 KEGG 数据库分析靶点基因富集的信号通路。结果：本研究共筛选出大血藤有效成分 4 种,有效成分治疗内异症相关靶点共有 TGFB1、SLC6A4、PTGS2、PTGS1、PPARG、PON1、PIK3CG 等 20 个。发现大血藤可能通过调节细胞内雌激素受体信号通路、血小板形成、B 细胞稳态、T 细胞稳态、环氧合酶途径、排卵等生物学过程,雌激素信号通路、细胞凋亡、花生四烯酸代谢、VEGF 信号通路、IL-17 信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等 KEGG 通路发挥治疗作用。结论：该研究从网络药理学的角度初步验证了大血藤治疗内异症的主要靶点和相关通路,为下一步实验研究和临床运用奠定基础。     

基于网络药理学的内异止痛方治疗子宫内膜异位症作用机制研究

目的 运用网络药理学研究方法筛选中药复方内异止痛方主要有效成分,并预测复方有效成分治疗子宫内膜异位症(EMs)的相关靶点,初步探讨“有效成分-靶点-通路”效应模型治疗EMs的作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索中药复方内异止痛方药物化学成分,根据生物利用度(OB)和类药性(DL)2个药动学参数筛选复方中有效活性成分及对应靶点;将关键词“EMs形成”录入Genecard数据库(www.genecards.org)和OMIM数据库(www.omim.org)收集疾病相关基因,并将药物与疾病靶基因取交集,利用Cytoscape构建化合物-靶点-疾病网络。将上述所获得的交集基因信息导入在线STRING软件(http://string-db.org)数据库中,利用插件CentiScape得出核心基因,进行基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 内异止痛方中满足生物活性的候选化学成分有221个,搜集到与疾病相关基因1388个,药物与疾病交集基因有61个。常春藤皂甙、反式性腺酸、β-谷甾醇、芒柄花黄素、豆甾醇、芍药甙、丁子香酚...     

整合UFLC-Q-TOF-MS结果的蓬莪术生品及醋制品治疗子宫内膜异位症网络药理学研究

目的在对蓬莪术生品及醋制品化学成分精准识别的基础上,用网络药理学和分子对接方法研究蓬莪术生品及醋制品治疗子宫内膜异位症的作用机制。方法采用超快速液相色谱-四极杆飞行时间质谱(UFLC-Q-TOF-MS)对蓬莪术生品及醋制品乙醇提取物的化学成分进行分析,并检索子宫内膜异位症的疾病靶点,在此基础上构建成分-疾病-靶点网络,对药物和疾病的交集基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,将活性成分与关键靶点进行分子对接。结果蓬莪术生品及醋制品共鉴定出20个化学成分,其中姜黄酮、姜黄素、双去甲氧基姜黄素等与子宫内膜异位症相关,分子对接表明其相关靶点为AKT1、EGFR、STAT3、RAF1等。靶点功能富集分析结果表明,蓬莪术生品及醋制品主要通过调控炎症反应、FoxO信号通路、内分泌抵抗、前列腺癌等通路实现对子宫内膜异位症的治疗。结论本研究结果可为蓬莪术生品及醋制品中治疗子宫内膜异位症有效成分的识别及潜在作用机制研究提供依据。     

血府逐瘀汤治疗子宫内膜异位症的网络药理学研究

目的以网络药理学方法探讨血府逐瘀汤治疗子宫内膜异位症可能的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)获取血府逐瘀汤各中药的主要活性成分,再利用Swiss Target Prediction数据库获取与主要活性成分相关性位于前15位的作用靶点。借助GeneCards筛选治疗子宫内膜异位症潜在的作用靶点,用Cytoscape 3.6.0软件建构血府逐瘀汤活性成分-子宫内膜异位症靶点-通路网络图;使用STRING数据库建构靶蛋白相互作用网络,用Cytoscape 3.6.0软件构建蛋白质相互作用网络图,根据Degree值筛选出前5位的靶蛋白,采用Systems Dock Web Site预测筛选出的靶蛋白与活性成分的结合活性。最后,利用g:profiler数据库对关键靶点进行KEGG通路富集分析和GO基因富集分析。结果从血府逐瘀汤中筛选出主要活性成分164个,与子宫内膜异位症相关的作用靶点105个,血府逐瘀汤治疗子宫内膜异位症主要涉及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、雌激素信号转导通路等。结论血府逐瘀汤可作用于子宫内膜异位症的多个靶点,参与多条信号通路的调控,可为其药理机制研究提供新的方向。     

基于网络药理学及实验研究探究黄芪-莪术药对治疗胃癌的作用机制

该研究目的在于利用网络药理学方法探究黄芪-莪术药对治疗胃癌的作用机制,并通过胃癌细胞SGC7901体外模型对黄芪-莪术的药效和关键靶点进行实验验证。首先,采用CCK-8法证明黄芪-莪术对胃癌细胞SGC7901增殖的直接影响。然后,使用网络药理学的方法探究黄芪-莪术药对治疗胃癌的关键活性成分、关键靶点和关键信号通路。结果显示,黄芪-莪术药对包含18个潜在活性成分,例如槲皮素、山柰酚和姜黄素等。基因本体论功能富集及京都基因和基因组百科全书通路富集分析提示,黄芪-莪术药对治疗胃癌的主要靶点涉及蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性的调节、MAPK活性的激活、半胱氨酸型内肽酶活性和蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性的负调节等。HIF-1信号通路、ABC转运蛋白、细胞色素P450对异生素的代谢、p53信号通路和细胞凋亡等信号通路是黄芪-莪术作用于胃癌的关键通路。随后,在体外实验中证明,黄芪-莪术药对能够显著下调多药耐药基因(ABCB1)、表皮生长因子受体(EGFR)、磷酸化蛋白激酶B(p-AKT)、低氧诱导因子-1(HIF1A)、B-细胞淋巴瘤因子2(BCL2)、乳腺癌易感基因1(BRCA1)、DNA聚合酶θ(PO...     

基于网络药理学的桃核承气汤治疗子宫内膜异位症的作用机制研究

目的：采用网络药理学方法探究桃核承气汤治疗子宫内膜异位症的成分、作用靶点和作用机制。方法：通过数据库收集桃核承气汤的活性成分,获得其靶点,结合子宫内膜异位症的靶点,构建“桃核承气汤成分靶点-子宫内膜异位症靶点”网络,分析获得共有靶点。通过与FDA药物靶点比较,分析共同靶点可能治疗的疾病,构建“关键靶点-疾病”网络。接着,将共同靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。最后将活性成分与关键靶点进行分子对接。结果：收集得到桃核承气汤114个活性成分及其236个靶点,401个子宫内膜异位症靶点,从中筛选出48个共同靶点。共同靶点与1 215个FDA药物靶点之间有29个关键靶点,与56种疾病相关联,其中包括子宫内膜异位症。GO分析表明,共同靶点与细胞外基质、细胞膜及DNA结合紧密相关,并涉及RNA酶和转录过程的正调节、ERK1/2通路正调控等多个生物过程。KEGG通路分析显示这些靶点参与类风湿性关节炎、TNF、雌激素、VEGF等63条信号通路调控。分子对接发现,8个桃核承气汤活性成分与5个共同靶点对接成功,其中甘草异黄酮和槲皮素与5个靶点都有较好的结合活性。结论：初步揭示了桃核承气汤治疗子宫内膜异位症的作用机制,有利于其深入地研究和开发。     

基于网络药理学探讨失笑散治疗子宫内膜异位症痛经的作用机制研究＊

目的 采用网络药理学方法探讨失笑散的功效物质基础对子宫内膜异位症痛经方面的作用机制。方法 依托TCMSP数据库检索失笑散中五灵脂,BATMAN-TCM数据库检索失笑散中蒲黄相关的所有化学成分,整合作用靶点预测（STPD）,进而构建化合物-靶点网络图;通过Gene Cards、DisGeNET数据库筛选子宫内膜异位症痛经相关的靶点,进而构建疾病靶点相互作用网络图;筛选药物靶点和疾病靶点相互作用图的核心靶点。采用DAVID数据库对失笑散作用靶点进行生物功能及代谢通路分析。结果 选择筛选出失笑散中的15个活性成分,共涉及225个作用靶点;通过网络拓扑特征评价筛选出与失笑散在子宫内膜异位症痛经方面作用的核心靶点41个,主要通过癌症通路、粘着斑、丝裂原活化蛋白激酶、细胞凋亡、NOD样受体、T细胞受体信号通路发挥对子宫内膜异位症痛经的治疗作用。结论 通过网络药理学验证了失笑散多成分、多靶点、整体调节的作用特点,预测了失笑散在子宫内膜异位症痛经中的主要作用机制,为其活性成分研究和实验研究提供理论依据。     

基于JAK 2/STAT 3信号通路探讨三棱莪术及配伍干预大鼠子宫内膜异位症的配伍研究

目的:基于Janus激酶2/信号转导与转录激活因子3(JAK 2/STAT 3)信号通路,探讨三棱莪术配伍抗炎、促进内膜细胞凋亡,干预大鼠实验性子宫内膜异位症(EMS)的配伍机制。方法:通过自体子宫移植建立大鼠EMS模型,B超检测异位病灶体积。将造模成功的大鼠,按照病灶体积均衡分为模型对照组、三棱20 g/kg组、莪术20 g/kg组、配伍组(三棱莪术等比配伍,20 g生药/kg)和阳性组(AG490 4 mg/kg),每组10只。另设10只大鼠为假手术对照组。给药4 w后,分别以B超和卡尺测量病灶体积,吸取腹腔液后,取异位内膜组织,苏木素-伊红(HE)染色观察组织形态;酶联免疫吸附(Elisa)法测定腹腔液中肿瘤坏死因子(TNF)-α、白细胞介素(IL)-1β和IL-6含量,实时荧光定量聚合酶链式反应(Real Time-PCR)技术检测内膜组织中含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3(Caspase 3)、Bax和Bcl 2的mRNA表达,蛋白免疫印迹(Western blot)法测定内膜组织中JAK 2和STAT 3蛋白的磷酸化表达。结果:造模成功后,B超检测腹壁下方可见子宫内膜异位病灶,HE染色显示异位内膜形态与正常子宫内膜相似。与假手术对照组大鼠相比,模型对照组大鼠腹腔液中TNF-α、IL-1β和IL-6含量显著升高(P<0.01),内膜组织中JAK 2和STAT 3蛋白的磷酸化表达显著上调(P<0.01)。与模型对照组大鼠相比,AG490 4 mg/kg、三棱、莪术以及配伍组异位病灶体积均显著减小(P<0.01),异位内膜组织萎缩,腹腔液中TNF-α、IL-1β和IL-6含量明显降低(P<0.05或P<0.01),内膜组织中Caspase 3和Bax的mRNA表达显著上调(P<0.01),Bcl 2的mRNA表达显著下调(P<0.01),莪术组和配伍组的JAK 2和STAT 3蛋白的磷酸化表达明显下调(P<0.01)。结论:三棱莪术配伍能够通过抗炎、促进细胞凋亡,使EMS大鼠病灶缩小,其作用与抑制JAK 2/STAT 3信号通路有关。     

基于网络药理学探讨桂枝茯苓丸治疗子宫内膜异位症的作用机制

目的:基于网络药理学探讨桂枝茯苓丸治疗子宫内膜异位症的作用机制.方法:运用中药系统药理数据库和分析平台检索桂枝茯苓丸中单味中药的分子化合物及其对应靶点,OMIM、GeneCards数据库检索子宫内膜异位症相关靶点.采用Cytoscape软件构建中药调控网络,STRING软件构建蛋白互作网络;通过GO和KEGG进行基因功...     

基于网络药理学分析黄芩-黄连药对抗流感的作用机制

目的 利用网络药理学对黄芩-黄连药对抗流感的作用机制进行分析.方法 利用TCMSP、Swiss和GeneCards数据库筛选黄芩、黄连的有效活性成分,并预测药物和疾病的靶点信息.在Cytoscape软件中构建"药物-成分-疾病-靶点"相互作用网络和蛋白相互作用网络图,并使用R软件对黄芩-黄连药对的作用靶点进行GO与KE...     

基于系统药理学探索莪术有效成分的药理作用机制

目的:通过一系列系统药理学方法初步探讨了莪术有效成分的药理作用机制。方法:利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库获取莪术中有效成分;从Pharm Mapper Server中获得莪术有效成分的靶蛋白;Uni Prot数据库中获取靶标的基因名称并于CTD数据库中获取基因相对应的疾病;运用网络可视化软件,构建莪术有效成分-靶点-疾病相互作用网络;借助DAVID工具进行莪术有效成分蛋白质群的基因本位论(GO)分析和靶蛋白作用通路的富集分析。结果:文本挖掘结果表明莪术主要相关疾病有肿瘤性疾病、神经系统疾病和代谢性疾病;GO分析结果表明莪术主要通过类固醇激素介导的信号通路、从RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录起始、凋亡过程的负调控、肽基络氨酸磷酸化、蛋白质自磷酸化、视黄酸受体信号通路、从RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录的正调节等作用发挥生物学功能;信号通路富集结果表明莪术主要作用蛋白与癌症途径,PPAR信号通路,癌症中的蛋白多糖,非小细胞癌,PI3K-Akt信号通路等信号通路有关。结论:莪术可能主要通过调控癌症途径,PPARP,PI3K-Akt信号通路等多途径发挥其药理作用。综合运用系统药理学的方法可以实现快速而全面地分析药物的药理作用。     

基于网络药理学研究络石藤-伸筋草药对治疗骨关节炎的作用机制

目的：运用网络药理学方法研究络石藤-伸筋草药对治疗骨关节炎的生物活性成分和潜在的作用机制。方法：从中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）和中国科学院化学专业数据库（CASC）中收集已知的络石藤-伸筋草药对中的生物活性化学成分;使用Swiss Target Prediction网络服务器预测化合物的蛋白靶点;从疾病数据库中挖掘已知的骨关节炎相关靶点数据;利用收集到的数据分别构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并提取其交集作为药物-疾病相互作用网络,通过网络拓扑学分析筛选出核心靶点;使用DAVID数据库对核心靶点进行GO注释分析和KEGG通路分析。结果：从TCMSP和CASC数据库中共收集到108个已知的络石藤-伸筋草药对中的化学成分,虚拟筛选后得到17个生物活性化合物,并预测出117个潜在的蛋白靶点;从疾病数据库中一共检索到191个骨关节炎相关靶点;对化合物和疾病的交集PPI网络进行网络拓扑学分析得到208个核心靶点,这些靶点主要富集到自噬、凋亡、炎性反应、雌激素相关的生物过程和信号通路。结论：络石藤-伸筋草药对可能通过多条生物途径发挥调节炎性反应、自噬、凋亡和类雌激素样作用发挥抗骨关节炎作用。     

基于网络药理学探析复方参棱夏的抗肿瘤作用

运用网络药理学方法分析发现,基于苗医药"气血水论"理论基础研发的复方参棱夏,其多种有效成分能够以类固醇激素受体与转录因子、DNA特异性序列结合的方式,通过调控凋亡相关靶点基因,参与细胞凋亡信号通路、P53信号通路,抑制癌基因激活,促进癌细胞凋亡等阻断肿瘤发生、发展。复方参棱夏还可通过有效成分作用于肝癌、肺癌、子宫内膜癌等多种恶性肿瘤相关信号传导通路,对以上恶性肿瘤均有一定的影响和调控。复方参棱夏针对肿瘤发生、发展的多环节,发挥多靶点的调控和抑制作用,具有广谱抗肿瘤的作用。通过复方参棱夏的研究开发,有望在一定程度上解决恶性肿瘤早期阻断、有效抑制的难题,还可提高患者生活质量,减少放疗、化疗次数,增加5年生存率等。     

基于网络药理学研究黄连-黄柏药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:运用网络药理学技术研究黄连-黄柏药对治疗溃疡性结肠炎的主要活性成分,预测活性成分的作用靶点、建立"药对-活性成分-疾病-作用靶点"网络,探讨黄连-黄柏药对治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制.方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄连-黄柏药对的化学成分,借助人类基因数据库获取溃疡性结肠炎的相关靶点...     

基于网络药理学知母-黄柏药对治疗糖尿病作用机制

目的:探讨知母-黄柏药对治疗糖尿病（DM）的作用机制。方法：通过TCMSP、化学专业数据库检索知母、黄柏化学成分和作用靶点,并在UniProt数据库中进行靶点与基因转换,通过OMIM、Drugbank数据库查询现有DM相关基因。进而运用Cytoscape 3.7.1构建成分-靶点网络、靶点相互作用（PPI）网络并进行网络拓扑分析,最后通过Omicshare进行基因GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,研究其作用机制。结果：成分-靶点网络共有127个化合物和107个靶点,其中关键化合物涉及槲皮素、豆甾醇、山柰酚等。PPI网络包含107个蛋白,其中关键靶蛋白涉及INS、AKT1、IL6、VEGFA、TNF等。GO功能富集分析得到2 612个条目（P<0.05）,其中生物过程（BP）条目2 125个,分子功能（CC）条目138个,细胞组成（MF）条目349个。KEGG通路富集分析筛选到157个信号通路（P<0.05）,涉及到MAPK信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、AGE-RAGE信号通路、胰岛素抵抗等信号通路。结论：知母-黄柏中的主要治疗糖尿病活性成分是槲皮素、豆甾醇、山柰酚,靶点主要涉及INS、AKT1、IL6、VEGFA、TNF等,通过MAPK信号通路、AGE-RAGE信号通路、胰岛素抵抗等信号通路协同治疗DM。     

基于网络药理学探讨肾衰饮治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:根据网络药理学方法对肾衰饮治疗糖尿病肾病(DKD)的作用机制进行探讨.方法:利用中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对肾衰饮中有效成分进行筛选及靶点预测,检索GeneCards、TTD、DisGeNET数据库筛选DKD靶点,利用韦恩图在线平台筛选肾衰...     

基于网络药理学预测金匮肾气丸治疗骨质疏松症的作用机制

目的：基于网络药理学预测金匮肾气丸治疗骨质疏松症的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子机制综合数据库（TCMID）、中药分子机制生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）等数据库检索金匮肾气丸药物成分及成分相关靶点;以“Osteoporosis”为关键词在人类基因数据库（GeneCards）、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、DrugBank等数据库检索骨质疏松症疾病相关靶点;制作韦恩图,获取药物-疾病交集靶点;利用String数据库、Cytoscape 3.6.1软件构建药物-疾病交集靶点蛋白互作网络及药物-成分-疾病-靶点网络;通过DAVID数据库对药物-疾病交集靶点进行基因本体（GO）、京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析,并将富集结果可视化。结果：共获得金匮肾气丸药物成分118个,包括槲皮素、山柰酚、大黄素等;有效成分相关靶点202个,疾病相关靶点1 856个,药物-疾病交集靶点87个,包括前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）、转录因子（JUN）、胞间黏附分子1（ICAM1）等;GO富集分析功能条目376条,其中生物过程（BP）290条,细胞组分（CC）28条,分子功能（MF）58条,包括RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控、类固醇激素受体活性等;KEGG信号通路共90条,包括类风湿性关节炎信号通路、破骨细胞分化信号通路、催乳激素信号通路等。结论：金匮肾气丸通过槲皮素、山柰酚、大黄素、薯蓣皂苷元、β-谷甾醇等有效成分作用于PTGS2、JUN、ICAM1、白细胞介素-1β（IL-1β）、基质金属蛋白酶9（MMP9）等关键靶点通过抗氧化、抑制炎症反应、促进成骨细胞增殖分化、抑制破骨细胞骨吸收等作用机制达到治疗OP的作用。     

基于网络药理学探讨血府逐瘀汤治疗失眠的作用机制＊

目的 运用网络药理学方法分析预测血府逐瘀汤治疗失眠的作用机制。方法 借助TCMSP、BATMAN-TCM数据库筛选血府逐瘀汤的有效活性成分及作用靶点；Genecards、OMIM获得失眠的疾病靶点，Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点网络并分析；STRING及Cytoscape构建PPI网络；利用Bioconductor对作用靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析，预测其作用机制。结果 血府逐瘀汤包含227个中药活性成分和303个靶点，作用于失眠的有110个活性成分和52个靶点。其中关键成分有槲皮素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、豆甾醇、山奈酚、β-谷甾醇，核心靶点为ALB、APP、IL-6、FOS。GO功能和KEGG通路富集分析结果显示血府逐瘀汤主要涉及神经递质水平的调节、细胞因子受体结合等生物过程，通过作用于糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、神经活性配体-受体相互作用等多条通路发挥治疗失眠的作用。结论 本研究初步揭示了血府逐瘀汤治疗失眠的活性成分、作用靶点及通路，提示血府逐瘀汤具有多成分、多靶点、多途径的协同作用特点，为进一步深入研究其作用机制提供了重要依据。