广西地区人类免疫缺陷病毒-1流行毒株gag基因系统进化和基因变异特征分析北大核心CSCD

目的了解广西壮族自治区HIV-1流行毒株gag基因分子进化及遗传变异特征。方法收集2011年10月至2012年3月广西地区HIV-1感染者血液样本158份,采用反转录／套式PCR对HIV-1gag基因片段进行扩增并测序。运用MEGA5．03构建系统进化树,并计算gag区及各编码区段的基因离散率和选择压力（globleω）。两样本基因离散率的比较采用两独立样本t检验,多个样本的基因离散率比较采用单因素方差分析。结果158份样本中获得140条gag基因序列,存在4种亚型：CRF_01AE80份（57．1％）,CRF08BC46份（32．9％）,CRF07BC10份（7．1％）,B（B’）4份（2．9％）。gag基因离散率在CRF01AE亚型为0．036±0．001,CRF08BC亚型为0．031±0．002,CRF07-BC亚型为0．043±0．003,B（B’）亚型为0．102±0．006,差异有统计学意义（F=220．62,P〈0．01）。p17和p24编码区均受到负向选择压力作用,globlem〈1。各亚型p17编码区的globleω值相近,差异无统计学意义（F-0．761,P=0．469）,p24编码区的globlem值差异也无统计学意义（F=0．037,P=0．964）。结论广西地区HIV-1亚型以CRF_01AE为主,gag基因各编码区段在进化上相对保守,但HIV-1流行特征的变化可能会影响gag基因的遗传变异,应继续追踪检测。     

广州市2004-2005年HIV-1感染者亚型分析

目的 了解广州市艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)流行株的亚型及分布情况.方法 从2004-2005年采集的92份HIV-1抗体阳性者抗凝全血中,提取前病毒DNA,经套式聚合酶链反应(Nested-PCR)扩增gag和env区基因并测定序列,与国际标准参考序列比较确定亚型.结果 经系统进化树分析,92份样本中34份为CRF01AE,40份为CRF07BC,7份为CRF08BC,3份为欧美B,6份为泰国B(B'),2份为C.结论 广州市HIV-1流行株以CRF01AE和CRF07BC为主,也存在CRF08BC、B、B'及C亚型.     

福建省HIV-1新型独特重组毒株的鉴定分析

目的了解福建省1型艾滋病病毒(HIV-1)新型重组毒株的出现和传播情况,为艾滋病防治提供有针对性的科学依据。方法对2015年福建省HIV-1分子流行病学调查发现的未明确分型样本进行流行病学特征分析,分三段nested-聚合酶链反应扩增,获得HIV-1近全长基因片段序列。利用MEGA构建系统进化树,Simplot进行重组断点分析,最后通过Recombinant Drawing工具绘制重组镶嵌模式图。结果福建省56份未明确分型样本主要来自沿海经济较发达地区,且集中在文化程度较低的青壮年男性人群,主要以性传播为主。亚型分析显示,其中38份为CRF01-AE/CRF07-BC混合亚型,9份为01B/01-AE/07-BC混合亚型,9份为CRF55-01B/CRF07-BC混合亚型。对3株HIV-1近全长基因序列进行重组分析显示:XM03025是以CRF07-BC为骨架,在1916-2186bp、2786-5526bp、8726-8776bp、9216-9366bp处分别插入4个CRF01-AE的片段;XM03050是以CRF07-BC为骨架,在4916-6256bp处插入1个CRF01-AE片段;而XM06004是以CRF01-AE为骨架,在6490-6680bp、6920-8290bp、8950-9190bp处分别插入3个CRF07-BC片段。经鉴定该三株为新的独特重组型毒株。结论福建省已出现新的独特型重组毒株,并有可能在局部传播流行;应密切监测其流行趋势变化,并积极采取精准干预加以防控。     

浦东新区MSM HIV-1分子流行病学的研究

目的了解上海市浦东新区近年来男男性行为人群(MSM)中,未经抗病毒治疗的艾滋病病毒1型(HIV-1)抗体阳性者,其HIV-1亚型分布和原发性耐药特征,监测该地区MSM HIV-1毒株的最新流行情况,为当前该区制定艾滋病防治策略提供科学依据。方法选取2011年至2014年4月份期间确认的MSM HIV-1感染者血浆标本70份,应用巢式反转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增pol基因,并对扩增产物进行测序,用Mega 6.0软件将测序结果与各亚型国际参考株比对,根据系统进化树分析确定基因亚型及其特征以及耐药情况。结果获62份pol区基因全序列片段,得到CRF01-AE、CRF07_BC、01B(CRF01_AE与B重组亚型)和B四种亚型。分布显示:CRF01-AE占58.06%(36/62),CRF07_BC占30.65%(19/62),01B占6.45%(4/62),B占4.84%(3/62)。离散率显示:CRF01-AE亚型的平均离散率为(2.1±0.2)%(n=36),CRF07-BC亚型的平均离散率也为(2.1±0.2)%(n=19),B亚型的平均离散率为(5.7±0.6)%(n=3),01B重组亚型的平均离散率为(6.3±.0.6)%(n=4)。耐药特征:62例中有7例分别产生了对核苷类反转录酶抑制剂(NRTIs)、非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)及蛋白酶类抑制剂(PIs)的耐药突变,其中2例产生了低度耐药,4例具有潜在的耐药特点。结论上海市浦东新区2011年至2014年4月间,MSM新确证HIV-1感染者中,基因亚型呈多元化趋势,以CRF01-AE和CRF07-BC为主,并已形成了浦东新区范围内的局部流行趋势,新的01B重组毒株已在浦东新区开始出现;HIV-1原发耐药株的传播尚处于低度流行水平,密切监视其流行趋势已显十分必要。     

广西凭祥市和宾阳县HIV-1流行毒株gag基因的序列测定和亚型分析

目的了解广西壮族自治区凭祥市和宾阳县吸毒人群中流行的艾滋病病毒1型(HIV-1)毒株的亚型及各种亚型的分布特点。方法对HIV-1阳性的10例吸毒人员和1例受血者进行流行病学调查,采集外周静脉抗凝血,提取前病毒DNA进行体外扩增,并对获得的gag区基因的核酸片段进行测序和分析。结果宾阳县的6份样品为CRF08-BC重组株,凭祥市的4份样品均为CRF01-AF重组株,一份输血引起的样品为B’亚型。结论在凭祥市和宾阳县吸毒人群中流行的是不同的HIV-1重组株,而且在同一地区的亚型之间进化比较接近。以上资料表明,CRF08-BC和CRF01-AE在这两地区的静脉吸毒者中成为主要的流行株。     

贵州省2009年HIV耐药警戒线调查

目的监测贵州省未治疗的HIV感染人群中HIV耐药毒株的传播情况、特点和趋势,为指导抗病毒治疗工作,评价治疗效果,合理调整治疗方案和制订相应应对措施提供依据。方法根据世界卫生组织(WHO)推荐的资源最小化的艾滋病病毒(HIV)警戒线调查方法(HIVDR-TS),对47例艾滋病阳性血清样本用In-house方法,对pol基因区进行了扩增测序,检测耐药传播相关的耐药突变,并分析其相关的亚型及其比例。结果 47例样本中未发现耐药传播相关的突变位点,pol区基因型分析结果显示,47例样本中CRF01_AE亚型占40.4%(19/47),CRF07_BC亚型占29.8%(14/47),CRF08_BC亚型占27.7%(13/47)、C亚型占2.1%(1/47),未发现其他亚型。结论贵州省耐药株流行率<5%,属HIV耐药株的低度流行水平区,其中CRF01_AE亚型所占比例较大。     

福建省HIV-1流行毒株基因分型与流行特征分析

目的了解HIV-I流行株在福建省感染人群中的基因亚型分布及流行特征。方法随机抽取福建省2003-2005年发现的70例HIV感染者血样，提取前病毒DNA进行体外扩增，获得核心蛋白（gag）、包膜蛋白（env）及pol区基因的核酸片段，并对各基因区核苷酸序列进行测定和序列分析。结果选取46份流行病学资料以及不同基因区域序列资料完整的样本进入亚型分析，结果显示目标人群中存在B、C2种亚型以及CRF07-BC、CRF08-BC、CRF01-AE3种流行重组型，以及国内未见报道的B／F重组毒株、A1／D重组毒株等，其中以CRF01-AE重组毒株为主，占69．56％。基因亚型的流行特征分析显示，本省感染的HIV患者中以CRF01-AE重组型占多数，可能的新型重组型全部分布于境外感染者中；在性接触传播的感染者（71．74％）中呈现多种亚型分布的特征；随着时间变化福建省HIV感染者的亚型分布发生变化。结论福建省HIV-I亚型分布众多，各亚型在不同感染地分布不平衡，性乱人群中的亚型分布较为复杂，从总的亚型流行特征来看，HIV-1在我省有流行加快的趋势。     

广州市男男性行为者HIV-1分子流行病学研究

目的了解广州市男男性行为人群（MSM）中,人类免疫缺陷病毒Ⅰ型（HIV-1）亚型流行状况和基因变异特征。方法从2006～2007年广州市发现的、全部19份经男男性传播感染的HIV-1阳性血清样本,应用套式聚合酶链式反应（Nested—PCR）分别扩增gag和fitly区基因,并测定、分析序列。结果被成功扩增的有17份样本,获得13份env基因序列和17份gag基因序列。经系统进化树分析,11份（64．71％）为CRF01_AE,2份（11．76％）为CRF07_BC,4份（23．53％）为B。各亚型组内基因离散率：在env区,CRF01_AE为（8．27±0．93）,CRF07_BC为（11．04±1．72）,B为（16．65±1．78）;在gag区,CRF01_AE为（5．36±0．68）,CRF07_BC为（4．29±1．14）,B为（11．75±1.35）。V3环顶端四肽分析显示：8份CRF01_AE和2份CRF07_BC V3环顶端四肽均为GPGQ;3份B亚型中2份为GPGR,1份为GWGR。根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况,结果显示：所有样本均被预测使用CCR5辅助受体。结论广州市MSM人群HIV-1感染者中,至少存在CRF01_AE、CRF07_BC 2种重组亚型和B亚型的流行,且大部分流行株可能为使用CCR5辅助受体的巨嗜细胞嗜性／NSI毒株。     

昆明市2006年注射吸毒者中HIV-1基因亚型分析

目的研究分析昆明市2006年注射吸毒者中艾滋病病毒-1型（HIV-1）的基因亚型流行情况,为更清楚地掌握昆明市HIV流行模式,制订抗病毒治疗方案和疫苗研发提供参考数据。方法采用“一对一”的问卷调查,收集基本人口学特征及HIV感染危险行为信息,采集血样,利用套式聚合酶链反应（Nested—PCR）对HIV前病毒的gag基因进行扩增,对扩增产物进行纯化、测序,通过构建系统进化树和在线比对来判定序列所属基因亚型。结果62名研究对象所感染HIV—lgag基因被成功扩增、测序、判定基因亚型。其中1人所感染的HIV-1为CRF01-AE重组型,其余均为CRF07BC重组型或CRF08-BC重组型。12名对象除注射海洛因外,还发生过商业性行为,感染CRF01-AE的对象就是发生过商业性行为的注射吸毒者。结论2006年发现的HIV-1阳性注射吸毒者中,CRF07-BC、CRF08-BC重组型毒株占据了绝对优势,同时存在CRF01-AE的流行。     

2012年杭州市HIV耐药株传播状况的研究

目的了解2012年浙江省杭州市新报告的艾滋病病毒(HIV)感染者耐药株的传播水平。方法根据世界卫生组织推荐的HIV耐药警戒线调查方法,收集新报告的HIV感染者的血浆样本,进行基因型耐药检测和耐药株传播水平分析。结果共采集58例样本进行调查,最终成功获得序列51例。根据HIV耐药警戒线调查方法,纳入47例进行耐药分析。按pol区分型,CRF01_AE占66.0%(31/47),CRF07_BC占29.8%(14/47),B亚型占2.1%(1/47),新型重组型CRF01_AE/B/C占2.1%(1/47)。3例样本出现监测性耐药突变,包括蛋白酶区的L90M、I85IV突变以及反转录酶区的T215S,Y188L和K103N突变。结论杭州市处于HIV耐药株中度传播水平,且亚型重组复杂化,突变位点多样化。     

HIV-1早期感染婴儿病毒亚型及env区V3环氨基酸特征分析

目的分析中国I型艾滋病病毒（HIV-1）感染婴儿基因亚型的分布情况,以及env区V3环氨基酸序列特征。方法利用巢式聚合酶链反应（nPCR）扩增HIV-1前病毒脱氧核糖核酸（DNA）env区和pol区的基因序列,使用ChromasPro、MEGA 4.0、BioEdit软件进行HIV-1基因分型以及env区V3环氨基酸序列的特征分析。结果对65名HIV-1感染婴儿的100份干血斑样本（DBS）分别进行HIV-1 env区和pol区扩增,最终扩增成功的样本为63份和84份;其中45名感染婴儿的59份DBS两基因区均扩增成功。依据两基因区域均扩增成功的45名感染婴儿样本进行基因分型,结果为：CRF_BC亚型占73.3%（33/45,包括CRF_07-BC 21份,CRF_BC-08 11份）,CRF01-AE亚型占20.0%（9/45）,B′亚型占4.4%（2/45）,G亚型占2.2%（1/45）。对env区扩增成功的63份样本的V3环顶端四肽特征序列进行分析,结果显示存在5种类型,分别为GPGQ、GPGR、GPGS、GLGR和GQGR,以GPGQ为主。53份样本可能使用CCR5作为辅助受体,3份样本可能使用CXCR4作为辅助受体,7份样本不能做出预测。结论婴儿感染的HIV-1亚型呈现多样性分布;HIV-1V3环顶端氨基酸序列以GPGQ为主;大部分婴儿样本可能使用CCR5作为辅助受体。     

123株人类免疫缺陷病毒-1重组亚型主要耐药性突变的基因屏障

目的 比较HIV-1 CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC毒株发生蛋白酶抑制剂(PI)、核苷类反转录酶抑制剂(NRTI)和非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTI)主要耐药性突变的基因屏障,分析不同亚型耐药模式的差异.方法 纳入在广西壮族自治区南宁、柳州两市未经治疗的HIV感染者190例,采集外周静脉血,从血浆中提取HIV-1 RNA,扩增pol区并测序,用系统进化树分析序列的亚型,统计各序列每个主要突变位点由野生型密码子突变为耐药密码子所需的碱基转换和颠换的数量,根据转换与颠换发生概率约2.5:1的规律,将每个转换赋值设为1,每个颠换赋值设为2.5,计算各突变赋值之和,即为基因屏障值,采用Kruskal-Wallis检验法和Nemenyi法比较不同亚型的基因屏障差异.结果 共获得CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC毒株123株.CRF08_BC发生T/S69D的基因屏障低于CRF01_AE和CRF07_BC(χ2=107.501,P＜0.01),CRF01_AE和CRF07_BC发生V118I和L210W的基因屏障低于CRF08_BC,CRF07_BC发生V106M的基因屏障低于CRF01_AE和CRF08_BC.结论 在相同的选择压力下,CRF01_AE和CRF07_BC比CRF08_BC易发生V118I和L210W,CRF08_BC比CRF01_AE和CRF07_BC易发生T/S69D,CRF07_BC比CRF08_BC和CRF01_AE易发生V106M.     

2018年至2019年浙江省绍兴市新确证人类免疫缺陷病毒1型感染者的分子传播网络特征分析

目的:分析浙江省绍兴市新确证人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)感染者传播关系的分子网络特征,为疫情流行趋势和防治提供依据。方法:纳入2018年8月至2019年12月绍兴市新确证未经抗病毒治疗的423份HIV-1感染/艾滋病病例血液样本,获得375份...     

Sequence analysis of the gag-pol gene of human immunodeficiency virus type 1 of intersubtype (B'/C) recombinant strain in Beijing, China

Little is known about the molecular and biological properties of HIV-1 intersubtype B'/C in Beijing. To fill the gap, we sequenced and analyzed the gag-pol genes from 39 HIV-1 B'/C recombinant infectors in Beijing, China during 2007. The results show that 36 CRF07_BC and 2 CRF08_BC isolates have a structural profile identical or nearly identical to CRF07_BC or CRF08_BC according to sequences in the gag-pol regions. The CRF07_BC circulating in injecting drug users (IDUs) and heterosexuals forms a diverse phylogenetic tree and most isolates from homosexuals cluster together. However, all the B'/C recombinant strains were remarkable for their low interpatient diversity in gag-pol genes (3.1, 3.0, and 2.2% for isolates from IDUs, heterosexuals, and homosexuals, respectively). We identified I7V, E91G, N242T, and K361R in the gag gene and R290I (HXB2 positions) in the pol gene as signature amino acid substitutions characteristic of HIV-1 CRF07_BC from the Beijing lineage. In addition, one new B'/C recombinant was detected. These results may contribute to an understanding of HIV-1 in Beijing.     

河北省治疗前人群HIV-1耐药毒株分子传播网络研究

目的 了解河北省抗病毒治疗前人群HIV-1耐药毒株流行与分子传播网络情况。方法 用in-house的方法扩增HIV-1 pol区基因序列,并利用TN93模型计算pol序列基因距离,构建HIV-1分子网络图。结果 研究发现17名HIV-1感染者出现耐药突变,耐药突变率为6.16%(17/276),其中,NNRTI类耐药率为4.35%(12/276),PI类耐药率为1.09%(3/276), NRTI类耐药率为0.36%(1/276),NNRTI类和PI类双重耐药率为0.36%(1/276);多因素Logistic回归分析显示年龄和亚型是HIV-1产生耐药的影响因素,虽然HIV-1耐药突变在CRF07_BC(2.44%)亚型中的分布明显低于CRF01_AE(8.03%)和B(3.70%)亚型,然而CRF07_BC序列构建的分子传播网络最多,传播速度最快。结论 河北省治疗前HIV-1耐药突变处于较高水平, 应制定措施实时监测未治疗人群中HIV-1耐药毒株流行情况。