23S rRNA基因在临床常见致病菌检测中的应用

目的 根据临床常见致病菌23S rRNA基因序列的差异，建立可初步鉴别革兰阴性菌和革兰阳性菌的分子生物学方法。方法 分析常见细菌的23S rRNA基因序列，设计相应引物。采用多重PCR扩增标准菌株及临床分离株23S rRNA基因，并根据电泳结果作出初步分类。结果 革兰阴性菌株均出现1条DNA电泳条带(约为350bp)，而革兰阳性菌株则出现2条电泳条带(约为250和400bp)。60株临床分离菌经PCR扩增、电泳后，电泳分析结果与常规鉴定结果符合率达100％。结论 23S rRNA基因检测用于细菌初步分类鉴定，具有快速、灵敏、准确的特点，可为细菌感染的实验室诊断提供客观依据。     

PCR-RFLP和PCR-SSCP技术对常见食源性感染致病菌23S rDNA基因的鉴定

目的 探讨应用PCR-RFLP和PCR-SSCP进行食源性感染常见致病菌鉴定的可行性。方法 选择细菌23 S rDNA基因作为靶基因,设计合适的通用引物进行PCR扩增,对13种食源性感染常见致病菌扩增产物的酶切片段进行RFLP和SSCP分析：结果通用引物可以扩增出13种食源性感染常见致病菌的23 S rDNA基因,Hpn Ⅱ酶切产物的RFLP分析表明,不同种属的致病菌表现出不同的RFLP图谱;SSCP分析表明,13种食源性感染常见致病菌SSCP图谱变异性更大,不利于种属间鉴别,但有利于种内的鉴定。结论 运用PCR-RFLP和PCR-SSCP可以进行食源性感染常见致病菌的鉴定诊断、     

23S rRNA基因在临床常见致病菌检测中的应用

目的　根据临床常见致病菌 2 3SrRNA基因序列的差异 ,建立可初步鉴别革兰阴性菌和革兰阳性菌的分子生物学方法。方法　分析常见细菌的 2 3SrRNA基因序列 ,设计相应引物。采用多重PCR扩增标准菌株及临床分离株 2 3SrRNA基因 ,并根据电泳结果作出初步分类。结果　革兰阴性菌株均出现 1条DNA电泳条带(约为 35 0bp) ,而革兰阳性菌株则出现 2条电泳条带 (约为 2 5 0和 4 0 0bp)。 6 0株临床分离菌经PCR扩增、电泳后 ,电泳分析结果与常规鉴定结果符合率达 10 0 %。结论　 2 3SrRNA基因检测用于细菌初步分类鉴定 ,具有快速、灵敏、准确的特点 ,可为细菌感染的实验室诊断提供客观依据     

血液细菌16S rRNA基因检测的诊断价值

目的探索快速可靠的检测细菌感染的新方法。方法用PCR技术扩增实验室保留株10株的16SrRNA基因,以乙型肝炎病毒-DNA、白假丝酵母菌和人类基因组DNA为对照,检测该方法的特异性;采用10倍比稀释法进行该方法的灵敏度检测。结果对所测细菌株均获得475bp扩增产物,而与乙型肝炎病毒-DNA、白假丝酵母菌和人基因组DNA无交叉反应;PCR最低能检测1.5×104/L大肠埃希氏菌。结论16SrRN基因PCR检测细菌感染的方法具有特异性、快速性和敏感性高等特点。     

慢性前列腺炎患者前列腺液细菌16S rRNA基因的检测

目的通过采用聚合酶链反应(PCR)技术对慢性前列腺炎患者前列腺液中细菌16S rRNA基因检测,探讨PCR方法诊断慢性前列腺炎细菌学病因的价值。方法收集102例慢性前列腺炎患者的前列腺液进行细菌培养,同时采用PCR法检测前列腺液中细菌16S rRNA基因,并测定和分析所得片段的DNA序列。对培养结果与PCR法检测结果进行了比较。结果102份前列腺液标本中,细菌培养法18例阳性,84例阴性,阳性率17.7%;PCR法71例阳性,31例阴性,阳性率69.6%。细菌培养法与PCR法检测结果比较,其差异有统计学意义(P<0.05)。测序结果显示DNA序列与GenBank公布的16S rRNA基因序列具有很高的同源性。结论PCR技术对慢性前列腺炎的临床诊断具有重要意义。     

机采血小板细菌16s rRNA基因检测的临床研究

目的 探讨快速、可靠的检测机采血小板(PLT)细菌污染的新方法.方法 用聚合酶链反应(PCR)扩增1 308份献血员机采PLT 16s rRNA基因,以乙型肝炎病毒-脱氧核糖核酸(HBV DNA)、白假丝酵母菌和人类基因组DNA为对照,检测该方法的特异性;采用10倍倍比稀释法进行该方法的敏感性检测.结果 检测1308份献血员机采PLT,其中7份16s rRNA基因为阳性,阳性率为0.54%(7/1 308).而与HBV DNA、白假丝酵母菌和人基因组DNA无交叉反应;PCR最低能检测1.5 × 10~4cfu/L大肠埃希菌.结论 献血员机采PLT板细菌污染的阳性率为0.54%;利用PCR检测献血员机采PLT细菌16s rRNA基因的方法具有特异性、快速性和敏感性高等特点.     

常见分枝杆菌种内不同株之间16S rRNA基因和16S-23SrRNA ITS序列分析结果的比较

目的 针对常见分枝杆菌不同株对其基因序列进行分析,比较分析结果.方法 利用16S rRNA Gene和16S-23S rRNAITS(转录间隔区序列)分析法分别对97株共7种DSMZ/ATCC引进的常见分枝杆菌进行种内不同株之间基因差异性分析,对比两种分型结果的异同.结果 16S rRNA基因可将13株草分枝杆菌分为3...     

临床常见病原菌16S rDNA单链构象多态性分析

目的 原核生物的rRNA基因位点具有高度的保守性,同时不同种属细菌之间又存在相对稳定的变异性,因此可被用于细菌的分类和鉴定.本研究试图利用16S rRNA基因结合分子生物学方法,达到快速鉴定临床常见病原菌的目的.方法 收集临床常见各种病原菌333株,筛选2对通用引物在5′端用不同荧光标记,然后对细菌基因组DNA进行聚合酶链反应（PCR）扩增,产物在测序仪上通过毛细管电泳-单链构象多态性（CE-SSCP）分析,通过不同细菌的峰谱不同达到快速鉴定病原菌目的.结果 所有受试细菌经过CE-SSCP分析后都有各自不同的峰谱出现,相互之间容易区别.结论 利用PCR-CE-SSCP作为病原菌鉴定手段,高效、准确,较传统方法省时,而且灵敏度较高,是一种很有应用前景的细菌快速鉴定方法.     

鉴别乙型肝炎病毒野毒株及E阴性突变株的新方法

目的同时检测乙型肝炎病毒（ＨＢＶ）野毒株及２种ＨＢｅＡｇ阴性突变株（Ｅ阴性突变株）。方法用聚合酶链反应（ＰＣＲ）方法，以人为改变核苷酸序列的２对引物，自乙型肝炎患者血清ＤＮＡ中，同时扩增出１４８ｂｐ及１０２ｂｐ两种产物，根据限制性内切酶Ｂｓｕ３６Ⅰ和ＡｆｌⅢ对ＰＣＲ产物消化后片段长度多态性的分析，鉴别ＨＢＶ野毒株Ｍ０与２种Ｅ阴性突变株Ｍ１、Ｍ２。结果突变株Ｍ１的１０２ｂｐ扩增产物经Ｂｓｕ３６Ⅰ酶切，可产生一８２ｂｐ片段；突变株Ｍ２除１０２ｂｐ产物含Ｂｓｕ３６Ⅰ酶切点外，其１４８ｂｐ产物经ＡｆｌⅢ酶切后，可产生一１１７ｂｐ片段；野毒株Ｍ０的２种产物不含上述酶切点。用该法对３４例ＨＢｅＡｇ阴性患者进行检测，结果与寡核苷酸探针杂交完全一致。结论该方法简便、准确，为ＨＢＶ变异株的检测探索了一条非放射性的新途径。     

低密度脂蛋白受体基因多态性与脑梗死相关性的研究

目的　探讨低密度脂蛋白受体 (LDLR)基因内含子 15PvuII多态性与动脉硬化性脑梗死的相关性 ,并对其与血脂之间的关系进行分析。方法　采用聚合链反应 (PCR)和限制性片段长度多态性 (RFLP)方法 ,检测了 5 2例脑梗死患者与 6 7例健康对照组LDLR基因含有PvuII酶切位点的等位基因频率和基因型分布。结果　脑梗死患者含有PvuII酶切位点的基因频率与正常人比较差异不显著 (P >0 0 5 )。结论　脑梗死患者血浆LDL、TC、TG水平增高 ,HDL水平降低是脑梗死的危险因素 ;LDLR基因内含子 15PvuII位点不能确定为脑梗死的遗传标记。     

16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析检测主要血流感染病原菌比较

目的比较细菌16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析在血流感染病原菌检测中的作用。方法提取临床上血流感染常见的金黄色葡萄菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌、粪肠球菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌、鲍曼不动杆菌、洛菲不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌、化脓性链球菌、奇异变形杆菌、潘尼变形杆菌、屎肠球菌、粘质沙雷菌、宋内志贺菌、产气肠杆菌、小肠结肠炎耶尔森菌、腐生葡萄球菌基因组DNA,运用16SrRNA、16S-23SrRNA基因进行PCR扩增。扩增产物经测序后在美国国家生物技术中心（NCBI）上进行比对分析,确定菌种。结果在所分析的19种临床血流感染常见细菌中,16SrRNA基因测序分析可将除粘质沙雷菌外的细菌鉴定到种的水平,但无法完全区分近缘种属;16S-23SrRNA成功鉴定17种细菌,除大肠埃希菌、宋内志贺菌外所有细菌均成功鉴定到单一种的水平。结论16S-23SrRNA基因可作为血流感染细菌检测较好的分子靶标。     

16S rRNA基因序列分析在感染性心内膜炎瓣膜内病原菌检测中的应用

目的探讨16S rRNA基因序列法在感染性心内膜炎(IE)患者瓣膜赘生物内致病原检测中的应用价值。方法对129例IE患者术中赘生物进行DNA提取、PCR扩增及测序分析,并与传统血培养及赘生物培养进行比较分析。结果配对卡方检验显示16S rRNA基因序列分析法检测阳性率明显高于血培养[83.53%(71/85)vs 28.24%(24/85),P0.05]和赘生物培养[77.5%(100/129)vs 18.6%(24/129),P0.05],可检出苛养菌及立克次体、巴通体、支原体等特殊病原体。结论应用16S rRNA基因序列分析法可提高IE患者瓣膜赘生物致病原的检出率。     

PCR扩增16S rRNA基因检测幽门螺杆菌的特异性研究

为了评估 PCR扩增 1 6S r RNA基因检测幽门螺杆菌的特异性 ,对 Hp和非 Hp临床分离菌株、胃活检组织、胃黏液、大便、淋巴细胞及其它非胃组织进行了 Hp的检测。 49株 Hp均出现 1 0 9bp特异扩增条带 ,而 7株非 Hp菌株为阴性 ;77份胃活检组织中 ,细菌培养阳性 48份 ,PCR阳性 50份 ;550份吞线取样的胃黏液标本 PCR扩增 Hp阳性 2 61份 (47.5% ) ;2 0份淋巴细胞、2 0份大便、5份乳房组织、4份肌肉组织、7份肺组织、2份脾组织和 3份肝组织标本 ,PCR扩增均阴性。结果显示 ,PCR法扩增 1 6S r RNA基因有较高的特异性 ,可用于临床标本 Hp的检测。     

54株分枝杆菌国际标准株16S-23S rRNA转录间隔区序列分析

目的分析54株分枝杆菌国际标准株16S-23SrRNA转录间隔区(ITS)序列,为临床分离株的鉴定提供参考。方法用16S-23SrRNA ITS序列分析法对54株分枝杆菌国际标准株进行分析,构建系统发育树,计算相似性百分比。结果除灰尘与微黄分枝杆菌;田野与千田分枝杆菌;抗热与副偶然分枝杆菌,奥布与母牛结核分枝杆菌;杜氏与猪分枝杆菌;金色与东海分枝杆菌,海与溃疡分枝杆菌、科莫斯分枝杆菌;2株结核分枝杆菌与田鼠分枝杆菌、非洲分枝杆菌的16S-23SrRNA ITS序列完全相同无法鉴别外,其他各分枝杆菌菌种间16S-23SrRNAITS序列均不相同,可以得到很好的鉴别。结论 16S-23SrRNA ITS序列分析是一种很好的鉴定分枝杆菌的方法,国际标准株16S-23SrRNA ITS序列的研究弥补了基因数据库的不足。     

儿童肺炎支原体23S rRNA基因位点突变检测分析

目的了解儿童肺炎支原体(MP)大环内酯类耐药基因(23SrRNA)位点突变,以及与临床资料的相关性。方法收集该院354份肺炎患儿的呼吸道标本,采用实时荧光定量PCR法检测MP及23SrRNA位点突变(A2063G或/和A2064G)情况,并将MP阳性患儿分成位点突变组和未突变组,比较两组之间的临床资料。结果 354份呼吸道标本中,166份检测为MP阳性(46.9%),且135份MP阳性标本中存在23SrRNA基因位点突变(阳性检出率81.3%),31份未检测到23SrRNA基因位点突变。分析突变组和非突变组的临床资料发现两组在年龄和性别方面比较差异无统计学意义(P0.05),但突变组的重症肺炎和肺外并发症发生率高于未突变组(P0.05),且平均住院时间和平均发热时间均较未突变组长(P0.05)。结论 MP 23SrRNA基因位点突变的较高检出率提示MP对大环内酯类耐药率较高,这为临床MP的感染、治疗提供一定的参考依据。     

Identification of oral bacteria by 16S rRNA gene analysis in elderly persons requiring nursing care

After incubation of saliva from 58 semi-bedridden elderly persons, the cultures were identified based on the 16S rRNA gene base sequence to compare the identification by the conventional culture method. As a result, the 16S rRNA gene base sequence of 198 strains identified by the culture method showed 98.5% or more homology in some of the Human Oral Microbiome database, and the identification of bacterial species and genus was possible. When an organism identified by the 16S rRNA gene sequencing method was compared with that by the culture method, the concordance rates were 54.5% at the genus level and 35.9% at the species level. Streptococcus mitis strains most frequently isolated from saliva that were identified by the culture method were identified as the same species by the 16S rRNA gene sequencing method (32/35), and all the 11 Streptococcus salivarius strains identified by the culture method were identified as the same species by the 16S rRNA gene sequencing method. All the strains identified as Streptococcus anginosus group by the culture method and 8 of the 9 strains identified as Prevotella species by the culture method were identified as the same group and genus by the 16S rRNA gene sequencing method. When an oral microbial flora test with saliva samples from elderly persons is performed, the 16S rRNA gene sequence identification enables us to identify major indigenous bacteria and pathogenic bacteria and is considered useful as a means of supplementing the conventional culture method.     

革兰阴性菌中16SrRNA甲基化酶基因的检测

目的 了解大连2所医院临床分离革兰阴性菌中介导高水平氨基糖苷类抗生素耐药的16S rRNA甲基化酶基因armA、rmtB的流行情况,并研究其耐药机制.方法 收集临床分离的耐阿米卡星的革兰阴性杆菌134株.PCR法筛选2种甲基化酶基因armA及rmtB;PCR产物进行测序.质粒提取、接合试验及转化试验确定armA及rmtB基因定位.琼脂稀释法测定阳性菌株、结合子和转化产物对阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素3种氨基糖苷抗生素的MIC值.结果 134株耐药菌株中,21株鲍曼不动杆菌检出armA基因,5株大肠埃希菌和5株肺炎克雷伯菌检出rmtB基因.质粒抽提试验及接合试验rmtB阳性菌获得成功.接合子及转化产物DH5a(pMDarmA)均获得高水平耐氨基糖苷类抗生素的特性. 结论 大连2所医院检测到16S rRNA甲基化酶基因armA和rmtB阳性菌株.armA基因存在于鲍曼不动杆菌中;rmtB基因位于大肠埃希菌及肺炎克雷伯菌的质粒上.armA和rmtB可以导致细菌对氨基糖苷类抗生素的高水平耐药.     

Simple multiplex real-time PCR for rapid detection of common 16S rRNA methyltransferase genes

We have developed a real-time multiplex PCR assay to detect the three most common 16S rRNA methyltransferase genes (armA, rmtB and rmtC), which encode problematic high-level resistance to all clinically-relevant aminoglycoside antibiotics. All results were consistent with published conventional PCR assays and these genes still appear rare in Australia.