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目的?探讨葛花枳椇子2∶1比例配伍后解酒保肝的作用,明确使用的最佳条件。方法?采用56°红星二锅头白酒灌胃建立酒精性肝损伤动物模型,并给予实验动物含生药量3、6、12?g/kg葛花枳椇子2∶1配伍药物,4、8、12周服药疗程,通过检测肝脏指数,谷氨酸转氨酶(ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(AST)、总蛋白(TP)、白蛋白(ALB)、碱性磷酸酶(ALP)等血清肝功能相关指标及肝脏病理形态,观察葛花、枳椇子2∶1比例配伍防治慢性酒精性肝损伤的作用。结果?葛花枳椇子配伍各剂量组给药4周对慢性酒精性肝损伤没有治疗作用。给药8周后配伍各剂量组的ALT均明显降低,与模型组相比有显著性差异(P<0.05~0.01)。给药12周后,配伍各剂量组AST明显下降,配伍低、高剂量组ALT下降,配伍低剂量组TP升高,配伍不同剂量组ALB升高,与模型组相比有显著性差异(P<0.05~0.01);肝脏病理形态的变化也与肝功能指标相一致。结论?葛花枳椇子配伍各剂量组在给药8周和12周显示出一定解酒保肝作用,并随着治疗时间的延长,可以不同程度地改善相关指标,其中低剂量组较中、高剂量组效果好。 相似文献
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目的 基于网络药理学和分子对接的技术与方法,探讨骨碎补治疗骨关节炎疾病的活性成分和潜在作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库,筛选得出骨碎补的潜在活性成分和相关靶蛋白,采用Genecards、OMIM等数据库预测骨关节炎的作用靶点,运用uniprot数据库查询相对应的基因名称,采用Cyt... 相似文献
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目的 基于网络药理学和分子对接技术探究五皮饮治疗荨麻疹的作用机制。方法 首先利用BATMAN-TCM数据库检索五皮饮有效活性成分。利用OMIM、Drug Bank、PharmGkb、GeneCards、KEGG、DisGeNET、CTD 7个数据库检索关于荨麻疹疾病的相关靶点。其次在Cytoscape 3.7.0软件中构建中药-活性成分-作用靶点网络和中药-活性成分-作用靶点-疾病网络,并基于STRING数据构建五皮饮治疗荨麻疹靶点高置信度互作网络;同时根据拓扑分析参数筛选出治疗荨麻疹的核心靶点。随后基于Metascape数据库对交集靶点基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。最后使用AutoDock软件对关键药物成分与核心靶点进行分子对接。结果 共检索中药复方五皮饮药物有效成分21种,靶点基因738个,检索荨麻疹疾病靶点共730个,共交集117个靶点基因,筛选后得到11个核心靶点基因。GO富集分析显示,五皮饮主要参与细胞凋亡和增殖、炎性反应、对细胞外刺激反应等生物过程;KEGG富集分析结果显示,中药复方五皮饮与磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/丝氨酸(Akt)和丝裂原活化蛋白激酶... 相似文献
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目的:采用网络药理学与分子对接的方法探索牛蒡子治疗糖尿病肾病的潜在活性成分及相关作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)数据库搜集牛蒡子的活性成分、靶点及二维结构图;在TTD数据库、Drugbank数据库、GeneCards数据库与OMIM数据库获取糖尿病肾病疾病相关靶点,剔除重复的疾病靶标,再结合Uniprot数据库确定各靶点的Uniprot ID。以String数据库的数据为基础,利用Cytoscape 3.7.0软件中的Network Analyzer和cytoHubbart插件对PPI网络计算拓扑结构值,建立重要靶点的拓普网络关系图;绘制“活性成分-靶点-通路”网络图;核心靶点导入Metascape数据库,进行GO生物过程富集分析和KEGG分析;从RSCB数据库下载关键靶蛋白的晶体结构,运用AutoDock进行对接,采用Pymol软件进行可视化处理。结果:牛蒡子有8个活性成分,80个主要靶点,与糖尿病肾病疾病靶点取交集后获得靶点34个,其中核心靶点包括转录因子AP-1(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、钙黏蛋白相关蛋白(C... 相似文献
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目的 采用网络药理学方法和分子对接,研究黄连治疗高脂血症的作用机制。方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄连主要活性成分,利用SwissTargetPrediction数据库和TargetNet数据库,获取黄连活性成分对应的作用靶点。通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选高脂血症相关靶点。使用Venny2.1汇总化合物靶点和疾病靶点交集基因并绘制韦恩图。运用Cytoscape 3.8.2绘制“黄连-成分-靶点-高脂血症”的网络图。通过STRING构建黄连-高脂血症核心靶点的PPI网络。采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,通过文献分析黄连治疗高脂血症的作用机制。最终对黄连主要活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 获取黄连14个活性成分,关联138个作用靶点。黄连主要涉及脂质代谢过程的调节等生物过程,通过作用核心靶点AKT1、TNF、EGFR等并通过调节AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、AMPK信号通路、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥降脂作用。分子对接结果证明黄连主要活性成分与核心靶点结合... 相似文献
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目的 基于网络药理学和分子对接方法获取枸杞子有效成分靶点,探究其治疗膝骨关节炎(KOA)的潜在作用机制。方法 利用TCMSP、Uniprot、Gene Cards、OMIM等数据库获取枸杞子有效成分的潜在靶点及KOA疾病相关靶点基因,在DAVID数据库进行GO富集分析与信号通路富集分析,利用微生信在线绘图软件进行可视化分析,借助String数据库及Cytoscape3.9.2软件构建枸杞子活性成分-疾病靶点网络、枸杞子治疗KOA蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,最后运用StoneMIND Collector和Discovery Studio Client 2019对有效成分及主要作用靶点进行分子对接。结果 网络药理学预测显示枸杞子治疗KOA主要活性成分可能为槲皮素、β-谷甾醇、黄豆黄素等,关键靶点为肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6 (IL-6)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (AKT-1),通过参与调控晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGEs-RAGE)信号通路、癌症信号通路、白细胞介素17 (IL-17)信号通路发挥治疗作用。分子对接结果提示关键活性成分与关键靶点具有较好的... 相似文献
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目的 应用网络药理学和分子对接技术探讨西黄丸治疗结直肠癌的分子机制作用.方法 分别应用系统药理学数据库与分析平台计算系统TCMSP、Stitch数据库、Batman-TCM数据库、Tcmid数据库、Bindingdb数据库、Omim数据库、David数据库、GEO数据库等,分别进行结直肠癌疾病靶点预测及西黄丸药物靶点预... 相似文献
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目的: 采用网络药理学和分子对接技术探讨蒺藜皂苷D治疗肺纤维化可能的分子机制。方法: 采用SwissTargetPrediction数据库收集蒺藜皂苷D靶点,通过UniProt数据库将相应靶点蛋白名称进行标准化;通过DrugBank数据库、GeneCards数据库和OMIM数据库检索“pulmonary fibrosis”,获取肺纤维化疾病靶点;通过韦恩图获取蒺藜皂苷D和肺纤维化的共同靶点,并进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析、基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。利用分子对接技术验证蒺藜皂苷D与核心靶点的结合能力。结果: 获取蒺藜皂苷D 43个潜在靶点,肺纤维化疾病1 492个相关靶点,蒺藜皂苷D与肺纤维化共同靶点17个,PPI网络中自由度排名前8个靶点分别为MAPK3、PPARG、IL6、TNF、VEGFA、TGFβ1、FGF2和STAT3;GO功能富集注释得到生物学过程(BP)条目418条,细胞组成(CC)条目22条,分子功能(MF)条目29条;KEGG通路分析得到69条信号通路;分子对接提示MAPK3、FGF2、STAT3、IL6、PPARG与蒺藜皂苷D的结合能均≤-5.0 kcal/mol。结论: 蒺藜皂苷D通过多靶点、多途径的效应发挥治疗肺纤维化的生物活性,其可能通过MAPK3、FGF2、STAT3、IL6和PPARG等靶点调控MAPK信号通路和PI3K-Akt信号通路治疗肺纤维化。 相似文献
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目的: 通过网络药理学方法系统化探究紫草素治疗乙型病毒性肝炎的功效网络,并用分子对接技术进行验证。方法: 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和药物靶标分析网站(Pharm Mapper)获取紫草素的有效化合物及作用靶点,利用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因数据库(GeneCards)、基因疾病关联数据库(DisGeNET)、毒性与基因比较数据库(CTD)获取乙型病毒性肝炎的疾病靶点,经靶点映射获取紫草素与乙肝的共同作用靶点,通过STRING数据库获取靶点之间的关系信息,应用Cytoscape 3.8.2做可视化处理,并通过R语言进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用AutoDockTools完成分子对接。结果: 共获得AKT丝氨酸/苏氨酸激酶 1 (AKT1)、血清白蛋白(ALB)以及非受体酪氨酸激酶(原癌基因SRC),丝裂原活化蛋白激酶1 (MAPK1)、表皮生长因子受体(EGFR)等63个作用靶点,经GO富集分析得到1 779个生物学过程、41个细胞组分、108个分子功能,经KEGG富集分析得到79条相关通路,其中主要与PI3K/Akt通路密切相关。分子对接显示靶蛋白与主要化学成分结合能较强,结合力好。结论: 紫草素以多靶点、多通路的特点实现抗乙肝的作用,为后期实验验证提供依据。 相似文献
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目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨参芪地黄汤治疗膜性肾病(MN)的作用,并阐明其机制。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选参芪地黄汤中7味中药所含有效成分及相应的靶蛋白,采用GeneCards数据库、孟德尔OMIM数据库和Drugbank数据库获取MN的相关基因靶点,采用Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点”网络,采用STRING数据库和Cytoscape软件制作蛋白相互作用(PPI)网络,并进行拓扑学分析寻找核心靶点,采用分子对接软件对核心靶点与作用于核心靶点的活性成分进行分子对接,筛选出参芪地黄汤治疗MN的核心成分,采用Bioconductor R软件进行靶点基因本体论(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:经筛选后获得参芪地黄汤的有效活性成分55个,药物作用靶点214个,MN相关靶点3 655个,获得药物疾病共同靶点144个,其中核心靶点5个,分别为蛋白激酶B1 (AKT1)、表皮生长因子(EGF)、血管内皮生长因子A (VEGFA)、肿瘤蛋白P53 (TP53)和表皮生长因子受体(EGFR);基于分子对接技术... 相似文献
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目的 通过网络药理学及分子对接探究益气解毒方的有效成分及其作用于原发性肝癌的主要生物过程及信号通路,阐明益气解毒方治疗原发性肝癌的作用机制。方法 通过TCMSP、Uniport、Genecards、String等数据库,以及Cytoscape3.8.2软件得出药物、疾病最终靶点基因;通过David数据库对药物-疾病共有基因做GO、KEGG富集分析;通过Pubcham、RCSB、Autoduck将药物有效成分与最终核心基因进行分子对接;通过细胞活力检测、Western blot、实时荧光定量PCR实验研究不同浓度的益气解毒方对于核心基因DHX9、HNRNPK、NCL、PABPC1表达的影响。结果 筛选得出8个最终核心基因:DDX5、HNRNPK、PABPC1、DHX9、RPS3A、RPS3、RPL13、NCL。GO分析显示:主要生物过程为Ephrin receptor signaling pathway、Movement of cell or subcellular component、Blood microparticle、Focal adhesion、Iron ion binding;KEGG分析显示:Ras信号通路的基因数最多。分子对接结果显示药物有效成分与最终核心基因均可以在自然条件下进行对接,其中PABPC1与Stigmasterol结合能最高。Western blot、实时荧光定量PCR实验结果显示,当含药血清浓度逐渐增大时,细胞活力逐渐受到抑制(P<0.01),HepG2中蛋白相对表达量逐渐降低(P<0.05);HepG2中蛋白的mRNA相对表达量逐渐增高(P<0.05),HepG2+10%含药血清培育48 h对HepG2 中 DHX9、HNRNPK、NCL、PABPC1 表达影响最明显(P<0.05)。结论 益气解毒方通过多种有效成分与 DHX9、HNRNPK、NCL、PABPC1的结合,调节原发性肝癌的的病毒表达,从而治疗原发性肝癌。 相似文献
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目的 预测沙苑子的活性化学成分和作用靶点,揭示沙苑子抗炎作用的分子机制。 方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中药台湾数据库(TDT)和中药中医药综合数据库(TCMID)检索沙苑子的所有化学成分,以药代动力(ADME)参数(OB≥30%和DL≥0.15)为标准,筛选沙苑子的活性化学成分,然后通过中药靶标数据库、TCMSP 数据库和中医分子机制生物信息学分析数据库(BATMAN-TCM),查找活性化学成分的作用靶点,建立靶点数据集;使用 Cytoscape 3.6.1软件构建“成分-靶点-疾病”复杂网络关系图;利用蛋白互作(PPI)网络分析—STRING数据库,构建沙苑子作用靶点和炎症作用靶点的PPI关系网络;利用生物学信息注释数据库(DAVID)进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;将沙苑子与炎症相关联的潜在靶点导入KEGG Pathway数据库中,验证沙苑子的抗炎机制。 结果 共检索出41个化合物,其中以kaempferid、formononetin、calycosin-7-O-beta-D-glucopyranoside等11个化合物作为活性化合物;共检索出414个作用靶点,筛选出50个潜在作用靶点与沙苑子的抗炎作用机制最为密切,进而分析出261个生物过程和80条信号通路参与沙苑子的抗炎作用。与沙苑子抗炎最密切的信号通路包括RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、炎症反应、I-κB激酶/NF-κB信号通路的正调控、NF-κB转录因子活性的正调控、细胞对脂多糖的反应、细胞增殖调节、依赖TRIF的Toll样受体信号通路等,其主要涉及的生物过程包括TNF信号通路、细胞凋亡、Toll样受体信号通路、NF-κB信号通路、RIG-I样受体信号通路、NOD样受体信号通路等。 结论 通过网络药理学预测了沙苑子的11个活性化学成分、50个潜在作用靶点及相关信号通路,发挥多成分、多靶点、多途径抗炎的生物学效应。 相似文献
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目的 基于网络药理学及分子对接探讨四妙丸治疗高尿酸血症的作用机制。方法 利用 TCMSP、SEA、Swiss 和PharmMapper数据库预测四妙丸活性成分的作用靶点,运用GeneCards和TCD数据库检索与高尿酸血症相关的疾病靶点。使 用Cytoscape 3.6.1构建蛋白质相互作用网络图,通过STRING平台对四妙丸治疗高尿酸血症的靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。利用SwissDock平台进行分子对接,预测主要化合物与关键靶点的结合度。结果 本研究共筛选出四妙丸中的28种活性成分及429个潜在靶点,与高尿酸血症相关的疾病靶点有494个,得到四妙丸与高尿酸血症的共同靶点有118个,并筛选出其中几个关键靶点AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3进行分子对接,对接结果显示AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3与小檗红碱、表小檗碱、豆甾醇、谷甾醇等具有良好的结合活性。预测AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3可能是四妙丸治疗高尿酸血症的关键靶点。KEGG通路富集分析结果显示四妙丸可能通过TNF信号通路、IL-17信号通路、细胞凋亡信号通路等多条信号通路治疗高尿酸血症。结论 四妙丸是通过多组分、多靶点和多途径协同治疗高尿酸血症,为后续进一步研究四妙丸的活性成分及作用机制提供了依据。 相似文献
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目的 基于网络药理学和分子对接研究槲皮素治疗心力衰竭(HF)的分子机制。方法 利用TCMSP、PharmMapper、CTD和GeneCards数据库得到槲皮素和HF相关靶点,通过在线Venn网站得到槲皮素-HF交集靶点,构建蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.2得到槲皮素治疗HF的核心靶点。通过R包进行GO、KEGG通路富集分析,利用Auto Dock Vina进行分子对接。通过蛋白质免疫印迹检测槲皮素处理HF细胞模型的AKT1、Phospho-AKT(Ser473)、eNOS、MMP9和Caspase-3的蛋白水平。结果 分析得到80个槲皮素-HF交集靶点,槲皮素治疗HF核心靶点5个:AKT1、CASP3、MAPK1、MMP9和MAPK8。GO分析中,生物过程集中在对肽类激素的反应、磷脂酰肌醇介导的信号传导、脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应和炎症反应的调节等。KEGG通路富集分析表明富集最显著的信号通路为:脂质与动脉粥样硬化通路、癌症中的蛋白多糖、PI3K-AKT信号通路、糖尿病心肌病和MAPK信号通路。分子对接显示槲皮素对5个核心靶点具有良好的结合活性。蛋白质免疫印迹结果显示,100 μmol/L 槲皮素可明显降低心力衰竭细胞AKT1、Phospho-AKT(Ser473)、eNOS、MMP9和Caspase-3水平(P<0.01)。结论 槲皮素可能通过调节AKT1-eNOS-MMP9通路抗凋亡从而改善心力衰竭的病理变化。 相似文献
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通过网络药理学和分子对接技术研究中药复方制剂抗601合剂抗病毒抗炎的潜在作用机制。借助中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索抗601合剂中的黄芪、黄柏、大黄、板蓝根、金银花的化学成分和作用靶点。通过UniProt数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape 3.7.2建立药材-化合物-靶点(基因)网络,再通过Webgestalt行功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其抗病毒、抗炎作用机制。药材-化合物-靶点(基因)网络包含药材5个、化合物100个、靶点207个。功能富集分析得到基因本体(GO)条目717个(P≤0.05),其中生物过程(BP)条目240个,细胞组成(CC)条目240个,分子功能(MF)条目237个。KEGG通路富集筛选得到209条信号通路(P≤0.05)。分子对接技术显示抗601合剂的活性成分豆甾醇、槲皮素、木犀草素、刺槐黄素、β-谷甾醇、山柰酚等与前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)靶点的亲和力较强,可能通过PTGS2靶点调控晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路、IL-17信号通路、肿瘤坏死因子(TN... 相似文献
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目的:探讨北五味子(SCF)在胸主动脉瘤(TAA)发生发展过程中的作用,并阐明其可能的机制.方法:整合中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Uniprot、Swiss TargetPrediction、CTD、GeneCards、OpenTargets和OMIM多个数据库获取SCF作用于TAA的潜在靶点;利用S... 相似文献
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基于网络药理学和分子对接技术探讨续断促进骨折愈合的机制 《首都医科大学学报》2022,43(2):275-283
目的 采用网络药理学以及分子对接技术分析续断促进骨折愈合的机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索续断有效成分,设定口服药物生物利用度(oral drug bioavailability,OB)≥30%和类药性指数(drug like index, DL)≥0.18作为筛选标准,并获得续断有效活性成分的作用基因靶点。在TTD、OMIM、GeneCards、DrugBank、PharmGkb等数据库进行搜索,获取骨折的相关基因靶点。将续断作用靶点与骨折相关基因靶点进行匹配,获取交集得到主要靶点基因。通过EVenn将结果可视化。通过DAVID、STRING数据库等对主要靶点基因进行基因本体(gene ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析以及构建蛋白相互作用网络。通过不同算法获得主要靶点基因中的关键基因。最后通过Pymol、Autoduck等软件进行分子对接,并计算最低结合能、结合位点以及确定定活性口袋。结果 通过TCMSP数据库筛选得到续断有效成分8个,作用靶点63个,删除重复靶点,最终得到作用靶点53个。通过TTD、OMIM、GeneCards、DrugBank、PharmGkb等数据库查询骨折相关作用靶点,得到5 115个相关靶点。通过匹配以及交集分析,获得续断促进骨折愈合的34个作用基因靶点。通过DAVID数据库,分析得到续断治疗骨折的作用基因靶点参与的生物学过程76个、细胞成分20个、分子功能20个。通过STRING数据库,构建续断治疗骨折的蛋白互作网络,共纳入34个基因,79个连接。平均degree参数为4.65。导入Cytoscape软件,通过计算degree以及betweenness,获取续断治疗骨折的关键基因为PTGS2、HSP90AA1、MAPK14。采用对子对接分析发现续断中生物利用度最优的有效成分(E,E)-3,5-Di-O-caffeoylquinic acid、Gentisin、Sylvestroside Ⅲ_qt与关键基因PTGS2、HSP90AA1、MAPK14最低结合能均小于0,并得到结合位点。结论 通过网络药理学及分子对接技术,阐明续断促进骨折愈合的可能的潜在靶点,预测了其发挥药理作用的有效成分以及关键基因。 相似文献