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1.
目的:基于网络药理学和分子对接分析丹栀逍遥散治疗失眠障碍的相关成分、靶点及通路,探讨其作用机制.方法:检索TCMSP数据库,获取丹栀逍遥散中各药物的活性成分及其靶点,在UniProt数据库中规范靶点名;在GeneCards、OMIM、TTD3个数据库中检索失眠障碍相关基因,筛选复方与疾病的交集靶点,将其导入String数据库,导出蛋白互作关系,并使用CytoscapeV3.8.0构建疾病-药物-成分-靶点网络和核心蛋白互作网络;利用Metascape平台分别对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;将核心成分与核心靶点进行分子对接验证.结果:共获得丹栀逍遥散活性成分102种,对应靶点147个,与失眠障碍交集靶点52个,其中核心成分12种,核心靶点7个;GO富集分析共得762条结果,其中主要涉及神经递质水平调节、肾上腺素受体活性以及突触膜的组成部分等;KEGG通路富集分析共获得61条通路,主要涉及:神经活性配体-受体相互作用通路;分子对接结果显示核心靶点与核心成分均能形成稳定结合.结论:初步获得丹栀逍遥散治疗失眠障碍的关键成分、关键靶点和关键通路,为临床使用和进一步研究提供参考.  相似文献   

2.
目的:探讨坤泰胶囊治疗卵巢早衰的主要活性成分、核心靶点、相关通路等药理学作用机制。方法:用TCMSP与BATMAN-TCM两大数据库获取药物成分及对应靶点,在Uniprot数据库中进行靶点蛋白名称的标准化处理;用GeneCards与OMIM两大数据库获取疾病靶点;用Venny 2.1.0平台获得药物与疾病的交集靶点;用Cytoscape3.8.0对“药物-活性成分-相关靶点”与“蛋白与蛋白相互作用(PPI)”进行可视化展示;用DAVID数据库获得GO富集分析及KEGG通路分析相关数据,用Bioinformatics平台进行可视化展示;最后,用Autodock tools与Autodock Vina两大软件对核心药物活性成分与核心靶点进行分子对接验证,使用Pymol软件对对接结果进行可视化展示。结果:最终得到坤泰胶囊的药物成分80个、潜在靶点蛋白219个,卵巢早衰相关靶点2497个;GO富集分析共得到1012个条目,KEGG通路分析共检索到169条通路;分子对接结果表明,主要药物活性成分能与核心靶点蛋白稳定的结合。结论:坤泰胶囊通过槲皮素、β-谷固醇、山萘酚等药物成分作用于TP53、AK...  相似文献   

3.
目的:通过网络药理学方法研究青蒿治疗系统性红斑狼疮(SLE)的潜在作用机制.方法:通过中国传统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选青蒿的有效活性成分和作用靶点,运用Uniprot数据库将药物靶点进行基因名字标准化处理,在GeneCards、OMIM数据库中检索SLE相关靶点,使用R软件绘制Venny图找出青蒿与SLE共同作用靶点,String数据库构建蛋白质互作(PPI)网络,Cytoscape软件中进行PPI网络可视化,构建"药物-活性成分-潜在靶点-疾病"网络,并筛选出核心基因,对共同作用靶基因进行GO、KEGG富集分析.结果:筛选得到青蒿的有效活性成分22个,111个青蒿有效成分与SLE共同作用靶基因,30个核心基因.GO功能富集显示青蒿治疗SLE生物学过程和功能主要集中在细胞因子受体结合、细胞因子活性、核受体活性、转录因子活性、受体配体活性、类固醇激素受体等.KEGG通路富集显示,青蒿治疗SLE主要涉及TNF、IL-17、Toll样受体、Th17细胞分化等信号通路.结论:通过构建"药物-活性成分-潜在靶点-疾病"网络,阐释了青蒿多成分、多靶点、多条通路治疗SLE的作用机制,为深入研究青蒿治疗SLE的机制提供一定参考意义.  相似文献   

4.
目的:基于网络药理学筛选参竹心康方主要活性化合物,预测参竹心康方在对于慢性心力衰竭治疗中的潜在作用靶点及信号通路,对其作用机制进行研究。方法:主要利用TCMSP平台并结合ETCM数据库检索参竹心康方各中药的化学成分及活性成分作用靶点;通过DisGeNET、DrugBank、OMIM、GeneCards数据库获取慢性心力衰竭的主要靶点;运用Cytoscape软件系统构建“药物-活性成分-靶点”网络及PPI网络,筛选核心靶点。采用Metascape数据平台对交集靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:得到参竹心康方有效成分158个、药物靶点1688个、慢性心衰靶点1913个,最终获得参竹心康方作用于慢性心衰的关键靶点206个,KEGG通路204条。结论:参竹心康发治疗慢性心衰主要成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素、黄芩苷、异鼠李素,关键靶点为AKT1、VEGFA、IL6、TNF、TP53,关键通路涉及PI3K-Akt信号通路、JAK-STAT信号通路、钙信号通路、cAMP信号通路、cGMP-PKG信号通路等。  相似文献   

5.
目的运用网络药理学的方法探讨青风藤治疗类风湿关节炎的分子机制。方法通过TCMSP平台筛选青风藤活性成分及作用靶点;在GeneCards和OMIM数据库中获取类风湿关节炎靶基因。通过R语言对基因进行匹配运算并绘制韦恩图;在String平台生成成分-蛋白互作网络图;Cytoscape 3.6.1软件构建成分-靶点网络;通过R3.5.1软件进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果共筛选出6个活性成分和23个潜在作用靶点;GO功能富集显示,青风藤可以影响炎症因子的细胞信号转导等生物学过程。KEGG通路富集分析显示,青风藤可以通过调控P53等凋亡相关通路发挥抗类风湿关节炎的作用。结论青风藤可能通过作用于CASP3、JUN、OPRD1等关键靶点调控P53等信号通路,从而调控炎症细胞凋亡进而发挥治疗类风湿关节炎的作用。  相似文献   

6.
目的:运用网络药理学和分子对接研究丹参-莪术治疗癌性厌食(cancer-related anorexia,CA)的作用机制。方法:通过TCMSP数据库、Uniprot数据库、PharmMapper数据库并结合相关文献筛选出靶点基因,并运用Genecards数据库、OMIM数据库对CA的对应靶点进行获取筛选。使用String数据库构建疾病与药物的交集靶点的蛋白互作网络,并将结果导入cytoscape3.8.2软件进行可视化分析。再将从String数据库得出的交集基因通过Metascape数据库进行GO富集分析和KEGG富集通路分析。采用Autodock软件进行分子对接,并利用pymol软件进行可视化处理。结果:共得到丹参靶点126个、莪术靶点54个,共同靶点25个,CA靶点1893个,疾病与药物交集靶点14个。蛋白互作结果显示MAPK1、ESR1为核心靶点。GO富集分析中生物学过程主要涉及细胞对有机环状化合物的反应、类固醇激素介导的信号通路、类固醇激素反应等;KEGG富集通路主要涉及Estrogen signaling pathway、TNF signaling pathway等。分子对...  相似文献   

7.
目的:通过使用网络药理学方法探讨怀牛膝-菟丝子药治疗高血压肾损伤的潜在作用机制。方法:使用TCMSP、Uniprot数据库分别获取怀牛膝、菟丝子的活性成分和靶点基因,高血压肾损伤的疾病相关靶点是通过GenenCards、Omim数据库获取。在Venny在线工具中获取药物与疾病的交集基因,使用STRING数据库、Cytoscape3.9.1软件构建蛋白质相互作用网络。通过Metascape数据库和微生信网站获取的数据构建GO和KEGG通路富集分析,建立活性成分-靶点-关键通路网络。结果:在TCMSP数据库中共筛选出怀牛膝、菟丝子符合条件的有24种活性药物成分,活性成分靶点及疾病靶点分别为206、1762个。Venny在线工具中获得了药物和疾病的113个共同基因。PPI网络显示怀牛膝、菟丝子药对发挥重要作用的靶点有:丝裂原活化蛋白激酶1、肿瘤抑制蛋白P53、蛋白激酶B1、肿瘤坏死因子、原癌基因、白细胞介素6等。从GO和KEGG通路富集分析结果中可得到,药物和疾病的交集基因与无机物、氧化应激、化学应激、活性氧、金属离子等分子生物进程关系密切,相关信号通路包括有:癌症的途径、脂质与动脉粥样硬化...  相似文献   

8.
目的:基于网络药理学,探讨半夏泻心汤治疗化疗性肠黏膜炎(CIM)的潜在分子作用机制,为其临床应用及研发提供参考。方法:采用TCMSP数据库检索获取半夏泻心汤的有效活性成分及其潜在的作用靶点,运用GeneCards、OMIM、TTD、Drugbank数据库检索CIM相关靶点,将两者取交集,获得半夏泻心汤治疗CIM的潜在靶点,通过CytoScape 3.6.1软件绘制“半夏泻心汤-活性成分-CIM靶点”网络图,利用STRING 11.0数据库构建交集靶点的蛋白互作网络图,筛选出网络中的关键蛋白。利用DAVID数据库对核心靶点进行GO和KEGG富集分析。最后,利用PDB平台将半夏泻心汤关键化学成分与核心靶点进行分子对接。结果:筛选共获得275种活性成分,99个半夏泻心汤治疗CIM靶点,富集分析后得到564个GO相关条目,115条相关信号通路。分子对接结果证明,半夏泻心汤主要活性成分与核心靶点EGFR、TNF、IL6具有较好的亲和力。结论:半夏泻心汤可能通过TNF、EGFR、IL6作用靶点发挥治疗CIM的作用,山奈酚、槲皮素、黄芩素可能是其发挥作用的主要活性成分。  相似文献   

9.
目的 探讨培元化瘀解毒方治疗胃癌的网络药理学作用机制。方法 利用中医药数据库和文献检索筛选培元化瘀解毒方的生物活性成分,预测其作用靶点,从疾病数据库检索胃癌相关靶点,构建药效分子-靶点网络及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,然后进行KEGG分析、GO富集分析。结果 检索获得培元化瘀解毒方中药的有效活性成分206种,药效分子靶点基因211个,有对应靶点信息的有效成分132个,对应关系1 131个;检索得到胃癌靶点184个;通过PPI对药物靶点进行扩增得到3 592个直接或间接靶点,与疾病靶点取交集得到144个靶点。PPI分析表明,排名靠前的靶点与胃癌密切相关,富集分析也显示这些靶点在癌症通路中被富集。结论 本研究初步揭示了培元化瘀解毒方在胃癌治疗中的有效成分、潜在靶点及可能的作用机制,为中西医结合治疗胃癌提供参考。  相似文献   

10.
目的:运用网络药理学的研究方法分析心痛方,探讨心痛方治疗冠心病的潜在靶点及作用机制,为后续研究提供理论指导.方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)查询柴胡、桃仁、郁金、川芎、白芥子、石菖蒲、瓜蒌、蒲黄、甘草、九香虫10味药物的有效成分及靶点信息,采用Swiss Target Prediction服务器进行补充,在Uniprot平台上对靶点进行标准化命名.通过OMIM、GeneCards、DrugBank数据库检索冠心病靶点基因.对心痛方靶基因和冠心病靶基因进行映射后,获得药物与疾病的共同基因.运用Cytoscape3.7.2绘制药物-成分-疾病-靶点网络,筛选关键成分;在String平台构建PPI网络,获得核心靶基因;运用Metascape平台对核心基因进行GO分析和KEGG通路分析.结果:通过TCMSP数据库检索及其他方法补充,获得心痛方有效成分417个,发现心痛方治疗冠心病的91个可能的重要靶点,经GO富集分析得到657个细胞生物学过程、33个细胞组分、68个分子功能;经KEGG富集分析得到245个相关通路.结论:心痛方对冠心病的治疗作用是多成分、多靶点、多通路的.并可以推测心痛方是通过花生四烯酸、槲皮素、山奈酚等成分介导IL6、AKT1、TNF、VEGFA、CCL2等靶点调节细胞黏附、细胞迁移、氧化应激反应、炎症反应等基因功能和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、液体剪切应力与动脉粥样硬化、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等通路发挥治疗冠心病的作用.  相似文献   

11.
目的:采用网络药理学和分子对接技术探讨附子汤治疗颈椎病潜在分子机制。方法:通过检索TCMSP数据库获得每味中药的化学活性成分及作用靶点,通过检索GeneCard、OMIM、DisGeNet等数据库获得颈椎病的相关治疗靶点;通过Venny平台获得核心作用靶点,再利用Metascape对核心作用靶点进行GO功能富集分析,利用KEGG Mapper进行KEGG通路分析,其次借助STRING数据库并结合Cytoscape软件构建附子汤治疗颈椎病的“药物-活性成分-疾病作用靶点”及作用靶点网络与蛋白互作关系。最后检索PDB及PubChem数据库获得小分子和蛋白质结构,利用Autodock Vina软件及PyMOL进行分子对接验证。结果:筛选出药物潜在活性成分38个,药物潜在作用靶点109个,潜在疾病治病靶点976个。其中主要的核心作用靶点是16个。GO功能富集分析获得283个条目,KEGG分析主要涉及NF-κB信号通路、TNF信号通路等55个通路。分子对接提示Fumarine、Stigmasterol、Frutinone A、Beta-sitosterol等与PTGS1、PTGS2靶点具有较强亲...  相似文献   

12.
目的:基于网络药理学方法探讨健脾益肾化浊方治疗多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome, PCOS)的有效成分及可能作用机制。方法:通过TCMSP数据库检索健脾益肾化浊方组成药物的活性成分,筛选有明确作用靶点的活性成分和作用靶点;通过Uniport数据库检索靶点信息,将各中药活性成分作用靶点转化成相对应的基因名称,并通过Cytoscape3.9.0软件构建活性成分网络图、中药-活性成分-基因靶点网络图;检索Gene Cards疾病数据库中PCOS相关靶点;制作健脾益肾化浊方活性成分靶基因和PCOS相关靶点韦恩图,筛选交集基因,通过String数据库构建蛋白相互作用网络(PPI);最后利用Meta scape数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,用微生信作图。结果:筛选出健脾益肾化浊方活性成分94种,对应靶基因254个,PCOS疾病靶点1297个,两者交集靶点116个;其中MAPK1、MAPK3、AKT1、TP53、TNF、MAPK14、IL6、ESR1、EGRF、RB1可能是健脾益肾化浊方治疗PCOS的主要靶点。结论:健脾益肾化浊方的活性成分、关键...  相似文献   

13.
目的:基于网络药理学探讨柴胡-郁金药对治疗卒中后抑郁(PSD)的潜在分子学机制。方法:通过检索TCMSP(中药系统药理学技术平台)数据库结合文献挖掘筛选出柴胡-郁金药对的主要活性成分及靶点,采用GeneCard与OMIM数据库获得卒中后抑郁的作用靶点,得到药物与疾病相交的靶点,通过Cytoscape软件建立疾病-药物-成分-靶点网络图,将数据输入String数据库,利用Cytoscape构建靶点相互作用的PPI网络,通过Metascape进行GO和KEGG富集分析。结果:从数据库中筛选了“柴胡-郁金”与PSD的36个共有靶基因和8种共有化合物,PPI网络共涉及节点36个,核心蛋白为IL6、AKT1、VEGFA、CRP、CCL2、MMP9、SERPINE1,GO生物学过程、细胞组成和分子功能分别为39条、8个、11个,KEGG通路共12条。结论:通过网络药理学探讨了“柴胡-郁金”对PSD发挥效应的可能潜在机制,为PSD的进一步研究提供了可能。  相似文献   

14.
目的:研究“复方葶苈子汤”治疗慢性肺源性心脏病的潜在靶点及作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、SwissADME数据库检索“复方葶苈子汤”的主要有效活性成分和作用靶点,利用Cytoscape3.9.1软件构建“药物-活性成分-交集靶点”网络图,借助GeneCards数据库获得慢性肺源性心脏病相关靶点,导入String11.5数据库构建蛋白质-蛋白质互相作用网络图并进行拓扑学分析,利用Metascape软件对“复方葶苈子汤”中起关键作用的靶蛋白进行基因本体GO分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,并通过cytoscape3.9.1软件平台绘制GO和KEGG气泡图。结果:通过筛选得到复方葶苈子汤的有效成分114个,靶点599个,Genecards数据库获得慢性肺源性心脏病疾病靶点1667个,交集靶点246个,并绘制韦恩图。GO分析提示复方葶苈子汤治疗慢性肺源性心脏病可能参与激素反应、激酶活性的调节、蛋白质磷酸化的正向调控、细胞对氮化合物的反应等多项生物过程,涉及质膜筏、质膜蛋白复合物、黏着斑、初级溶酶体等细胞组分,体现蛋白激酶活性、蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶...  相似文献   

15.
基于网络药理学技术探讨三七治疗骨关节炎(Osteoarthritiis,OA)的主要有效物质,并探讨三七治疗OA的潜在作用机制。方法:使用TCMSP、HIT以及PubChem数据库检索三七的有效活性成分及靶点;使用TTD和GeneCards数据库构建OA靶点。使用DAVID数据库对三七-OA靶点进行GO和KEGG通路富集分析,使用STRING构建蛋白蛋白网络(PPI),使用Cytoscape3.7.1软件构建三七-活性成分-靶点-疾病网络图,并根据自由度找出关键基因。结果:从三七中共筛选出8个有效成分,与OA共同作用靶点88个,其中最主要的三个活性成分为β-谷甾醇、人参皂苷Rh2以及槲皮素。GO富集结果表明三七治疗OA主要涉及炎症反应、衰老、缺氧等生物学过程;KEGG分析显示三七治疗OA主要通过TNF信号通路、衰老以及Toll样受体相关通路等;前3位关键基因分别为IL6、TNF、AKT1。结论:本研究利用网络药理学的方法,初步揭示了三七对于OA的主要活性成分、治疗靶点及相关信号通路,为进一步深入研究其作用机制提供了参考。  相似文献   

16.
目的 基于网络药理学和分子对接探讨黑骨藤追风活络胶囊(HZC)治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制。方法 通过ETCM数据库和文献查阅获得复方活性成分,运用Swiss Target Prediction平台进行靶点预测。用GeneCards、DisGeNET、OMIM数据库筛选RA相关靶点,绘制韦恩图获取药物和疾病交集靶点。采用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape3.9.1软件中centiscape2.2插件筛选潜在关键靶点。用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,用Cytoscape3.9.1软件绘制药物-活性成分-靶点-通路网络图。最后选取核心成分与核心靶点进行分子对接。结果 共筛选出32个有效成分,药物与疾病交集靶点91个,主要活性成分为槲皮素、盐酸青藤碱和杠柳苷元,核心靶点为肿瘤坏死因子(TNF)、信号转导与转录激活因子3(STAT3)、表皮生长因子受体(EGFR)。作用机制可能与HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、JAK-STAT信号通路等有关。分子对接显示主要活性成分与关键靶点具有很...  相似文献   

17.
目的:采用网络药理学及分子对接方法探究赤茵合剂治疗慢性乙型肝炎(CHB)的潜在作用机制。方法:在TCMSP、Pubchem和SwissTargetPrediction在线数据库中筛选出赤茵合剂的有效活性成分和相对应的靶点。通过GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD及PharmGkb数据库筛选出CHB的靶点,构建“赤茵合剂-有效成分-潜在靶点-CHB”网络图。利用STRING数据库,构建蛋白质与蛋白质之间的相互作用关系网络(PPI),利用Cytoscape3.7.2进行优化及筛选核心靶点,并进行聚类分析。借助Matescape在线平台数据库,分析潜在靶点的GO功能富集和KEGG通路结果。最后将有效成分与核心靶点进行分子对接。结果:赤茵合剂治疗CHB的活性成分152个,包括槲皮素、毛蕊异黄酮、木犀草素、山柰酚、丹参酮ⅡA、芒柄花黄素等;127个核心靶点,包括TP53、AKT1、PTGS2、TNF、IL6、JUN、STAT3、1L1B等;包含466条生物过程、55条细胞组分、107条分子功能。KEGG通路富集分析结果包含了Hepatitis B信号通路、PI3K-Akt信号通...  相似文献   

18.
目的 基于网络药理学方法研究扶正抗癌方治疗肝癌的有效成分、作用靶点及可能作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选扶正抗癌方的生物活性成分,并预测其靶点,构建药效分子-靶点网络,进行蛋白相互作用分析,进一步寻找潜在靶点,最后通过KEGG通路、GO富集分析可能的分子机制.结果 从TCMSP中获得...  相似文献   

19.
目的 通过超高效液相色谱联用质谱技术(UPLC-MS)分析中药天花粉中的化合物成分,结合网络药理学和分子对接技术探究天花粉防治糖尿病的作用机制。方法 应用液质联用技术解析天花粉水提物,获取天花粉成分及结构并筛选得到潜在活性成分。通过Swiss Target Prediction数据库对潜在活性成分进行靶点预测,从GeneCards数据库收集糖尿病相关疾病靶点并取二者交集靶点。应用STRING网站和Cytoscape软件构建蛋白质互作网络并筛选得到核心靶点。将核心靶点导入Metascape网站进行GO和KEGG分析。结果 液质联用解析得到天花粉15种药物成分,筛选出Cucurbitacin D(葫芦素D)等6种潜在活性成分,分析得61个天花粉防治糖尿病靶点。GO富集分析主要包括脂肪酸代谢、单羧酸代谢、类固醇羟化酶活性等脂质代谢和氧化应激相关进程。KEGG富集分析主要涉及胰岛素抵抗、内分泌抵抗、糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路等糖尿病防治密切相关的通路。分子对接发现天花粉可能通过Cucurbitacin D作用STAT3、MAPK14、PIK3CA等关键靶点实现改善糖尿病的效果。结论...  相似文献   

20.
摘要:目的:应用网络药理学方法及分子对接技术,探讨泽泻发挥抗炎作用的活性成分及其对应靶点和相关通路。方法:通过TCMSP筛选出泽泻的活性成分,运用SwissTarget Prediction 数据库预测活性成分相关靶标,同时采用GeneCards数据库得到炎症相关靶点,再将获得的活性成分靶点和炎症靶点导入VENNY2.1得到药物治疗疾病的潜在靶点;再运用STRING数据库、Cytoscape3.7.1软件构建简化后的药物治疗疾病的靶蛋白互作图(PPI)并筛选关键靶点。利用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析,再用Cytoscape3.7.1软件构建“化合物-靶点-通路”图并筛选核心成分与核心靶点。最后运用AutoDock Vina和Pymol将核心成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得10个药物活性成分,得到相关潜在靶点284个,疾病潜在靶点11414个,药物治疗疾病的相关靶点260个,有SRC、HSP90AA1、PIK3CA、MAPK1、AKT1、LCK、FYN、JAK1、PLCG1、JAK1等关键靶点58个;涉及PI3K-Akt信号通路、ErbB信号通路、FoxO信号通路等133条通路。结论:泽泻发挥抗炎的作用机制可能是一方面通过调控PIK3、AKT、m-TOR等相关蛋白,激活PI3K-Akt信号通路,从而抑制细胞凋亡;另一方面可能通过调控EGFR相关蛋白,介导ErbB信号通路,从而干预炎症细胞生长。本研究基于网络药理学方法和分子对接技术,阐释了泽泻通过多种成分、多靶点、多信号通路发挥抗炎作用与机制,为该药的进一步研究提供了有益参考和科学依据。  相似文献   

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