基于网络药理学探讨肝积汤治疗肝癌的分子机制

目的：基于网络药理学探讨肝积汤治疗肝癌活性成分、靶点及分子机制。方法：从TCMSP数据库筛选肝积汤的活性成分及作用靶点,从GeneCard数据库获取肝癌相关靶点,运用String数据库对共同靶点做蛋白互作网络分析,采用Bioconductor生物信息软件包进行GO和KEGG富集分析,采用Cytoscape制作“成分-靶点-通路”网络图。结果：从TCMSP中获得肝积汤有效活性成分80种,药效分子靶点249个。与检索到的885个肝癌相关靶点取交集,得到95个共同靶点。蛋白互作网络分析显示有TP53、血管内皮细胞生长因子A(VEGFA)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶-1(AKT1)等15个核心靶点。GO功能分析表明,这些靶点主要富集在细胞对化学应激的反应、细胞对氧化应激的反应、对脂多糖反应等;涉及细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物、蛋白络氨酸激酶等,主要涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合。KEGG富集分析结果显示,肝积汤作用靶点富集在相关肝癌发生与发展的通路上,如磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt...     

参竹心康方治疗慢性心力衰竭的作用机制

目的：基于网络药理学筛选参竹心康方主要活性化合物,预测参竹心康方在对于慢性心力衰竭治疗中的潜在作用靶点及信号通路,对其作用机制进行研究。方法：主要利用TCMSP平台并结合ETCM数据库检索参竹心康方各中药的化学成分及活性成分作用靶点;通过DisGeNET、DrugBank、OMIM、GeneCards数据库获取慢性心力衰竭的主要靶点;运用Cytoscape软件系统构建“药物-活性成分-靶点”网络及PPI网络,筛选核心靶点。采用Metascape数据平台对交集靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果：得到参竹心康方有效成分158个、药物靶点1688个、慢性心衰靶点1913个,最终获得参竹心康方作用于慢性心衰的关键靶点206个,KEGG通路204条。结论：参竹心康发治疗慢性心衰主要成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素、黄芩苷、异鼠李素,关键靶点为AKT1、VEGFA、IL6、TNF、TP53,关键通路涉及PI3K-Akt信号通路、JAK-STAT信号通路、钙信号通路、cAMP信号通路、cGMP-PKG信号通路等。     

络石藤治疗类风湿关节炎的作用机制研究

目的：基于网络药理学的研究方法,探讨络石藤治疗类风湿关节炎（RA）的可能作用机制。方法：以口服生物利用度（OB）≥30%、类药性（DL）≥0.18为指标,通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库获取络石藤的活性成分、作用靶点,利用uniprot数据库将相应靶点蛋白转换为标准蛋白基因名。在Disgent数据库中检索“Rheumatoid arthritis”,获取RA疾病靶点运。利用韦恩图,得到药物成分和RA共同靶点,上传至Cytoscape 3.9.1构建“络石藤-化合物-靶点-类风湿关节炎”的网络图,并进行蛋白互作网络分析（PPI网络分析）,GO富集和KEGG通路富集分析。结果：获取络石藤9种成分及109个作用靶点,RA疾病2722个相关靶点,络石藤-RA共同靶点57个,GO功能富集分析显示394个生物过程（BP）、41个细胞组成（CC）、70个分子功能（MF）。KEGG通路富集分析显示132条通路。结果：该研究初步揭示了青风藤中以青藤碱为主的6种有效活性成分发挥了抗RA的作用,治疗的关键靶点与AKT1、TP53、TNF、IL6、VEGFA、MMP9、PTGS2等有关。...     

基于网络药理学-分子对接技术探讨泽泻 抗炎作用的分子机制

摘要：目的：应用网络药理学方法及分子对接技术，探讨泽泻发挥抗炎作用的活性成分及其对应靶点和相关通路。方法：通过TCMSP筛选出泽泻的活性成分，运用SwissTarget Prediction 数据库预测活性成分相关靶标，同时采用GeneCards数据库得到炎症相关靶点，再将获得的活性成分靶点和炎症靶点导入VENNY2.1得到药物治疗疾病的潜在靶点；再运用STRING数据库、Cytoscape3.7.1软件构建简化后的药物治疗疾病的靶蛋白互作图（PPI）并筛选关键靶点。利用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析，再用Cytoscape3.7.1软件构建“化合物-靶点-通路”图并筛选核心成分与核心靶点。最后运用AutoDock Vina和Pymol将核心成分与核心靶点进行分子对接。结果：获得10个药物活性成分，得到相关潜在靶点284个，疾病潜在靶点11414个，药物治疗疾病的相关靶点260个，有SRC、HSP90AA1、PIK3CA、MAPK1、AKT1、LCK、FYN、JAK1、PLCG1、JAK1等关键靶点58个；涉及PI3K-Akt信号通路、ErbB信号通路、FoxO信号通路等133条通路。结论：泽泻发挥抗炎的作用机制可能是一方面通过调控PIK3、AKT、m-TOR等相关蛋白，激活PI3K-Akt信号通路，从而抑制细胞凋亡；另一方面可能通过调控EGFR相关蛋白，介导ErbB信号通路，从而干预炎症细胞生长。本研究基于网络药理学方法和分子对接技术，阐释了泽泻通过多种成分、多靶点、多信号通路发挥抗炎作用与机制，为该药的进一步研究提供了有益参考和科学依据。     

基于网络药理学探讨芍药甘草汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制探讨

目的 采用网络药理学探究芍药甘草汤治疗慢性萎缩性胃炎（CAG）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库、文献挖掘整理芍药甘草汤化学成分;利用GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库收集CAG的相关靶点;利用Venn图筛选交集靶点,由Cytoscape软件构建“活性成分-疾病靶点”网络,由String数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Metascape数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock软件进行分子对接。结果 筛选出芍药甘草汤有效活性成分103个,与CAG相关靶点76个,重要活性成分包括槲皮素、山奈酚、柚皮素、甘草查尔酮A,核心靶点包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、肿瘤抑制因子p53(TP53)、肿瘤坏死因子（TNF）等,KEGG通路主要富集于白细胞介素-17(IL-17)、TNF、缺氧诱导因子1(HIF-1)等通路。分子对接结果显示化合物与关键靶点有较好的结合能力。结论 芍药甘草汤可通过多成分、多靶点、多通路发挥对CAG的治疗作用。     

附子汤治疗颈椎病的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接技术探讨附子汤治疗颈椎病潜在分子机制。方法：通过检索TCMSP数据库获得每味中药的化学活性成分及作用靶点,通过检索GeneCard、OMIM、DisGeNet等数据库获得颈椎病的相关治疗靶点;通过Venny平台获得核心作用靶点,再利用Metascape对核心作用靶点进行GO功能富集分析,利用KEGG Mapper进行KEGG通路分析,其次借助STRING数据库并结合Cytoscape软件构建附子汤治疗颈椎病的“药物-活性成分-疾病作用靶点”及作用靶点网络与蛋白互作关系。最后检索PDB及PubChem数据库获得小分子和蛋白质结构,利用Autodock Vina软件及PyMOL进行分子对接验证。结果：筛选出药物潜在活性成分38个,药物潜在作用靶点109个,潜在疾病治病靶点976个。其中主要的核心作用靶点是16个。GO功能富集分析获得283个条目,KEGG分析主要涉及NF-κB信号通路、TNF信号通路等55个通路。分子对接提示Fumarine、Stigmasterol、Frutinone A、Beta-sitosterol等与PTGS1、PTGS2靶点具有较强亲...     

基于网络药理学的治伤风颗粒治疗感冒的作用机制探讨

目的应用网络药理学技术探讨治伤风颗粒治疗感冒的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和药物靶点信息数据库(DrugBank)检索治伤风颗粒的化学成分及作用靶点;基于GeneCards数据库检索“感冒”的靶点,取药物与疾病靶点交集,应用Cytoscape软件构建“活性成分-靶点-疾病”网络。应用STRING数据库建立蛋白质互作(PPI)网络,应用R软件进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果通过筛选共得到治伤风颗粒有效成分146种,药物靶点280个,疾病靶点1 418个,提取出两者的共同靶点117个。将药物与靶点导入Cytoscape软件,分析得出槲皮素、山奈酚和木犀草素等为中药中度值较高的活性成分,无水咖啡因为西药中度值最高的活性成分。STRING数据库分析得出IL-6、AKT1、INS、VEGFA、MAPK8等属于感冒的关键靶点。GO分析显示生物过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)3个方面的富集条目。KEGG通路富集分析筛选得出TNF信号通路、IL-17信号通路等20条信号通路,并绘制了“通路-靶点”关系图。结论基于网络药理学分析筛选出了治伤风颗粒治疗感冒的活性成分、作用靶点和通路,初步得出了其作用机制,为该药的深入研究提供了一定的依据。     

基于网络药理学方法研究大黄牡丹汤治疗阑尾炎的作用机制及物质基础

目的 运用网络药理学方法研究大黄牡丹汤治疗阑尾炎的作用机制及分子基础。方法 在TCMSP数据库中,检索大黄牡丹汤中五味中药的主要化学成分,通过TCMSP平台查找及预测中药化合物对应靶点,在genecards数据库中搜索阑尾炎疾病靶点,取二者靶点交集导入Swiss平台获得PPI网络,筛选核心作用靶点并构建大黄牡丹汤-潜在靶点-阑尾炎作用网络。对核心靶点进行基因本体（gene ontology,GO）分子功能及基因组百科全书（kyto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析。采用DiscoverStiudio软件对活性成分与靶点进行分子对接。结果 筛选得大黄牡丹汤中主要活性成分有11个,该活性成分的有效靶点有166个,阑尾炎疾病709个,取交集得核心靶点66个;GO富集分析显示靶点基因主要涉及RNA聚合酶II启动子的转录正调控、一氧化氮生物合成过程的正调控、平滑肌细胞增殖正调控、蛋白磷酸化正调控等;KEGG富集结果显示大黄牡丹汤可能具有调控FoxO信号通路、鞘脂类信号通路、toll样受体信号通路等功效;结论 大黄牡丹汤可通过调控机体炎症反应、NF-kappa B信号通路、炎症介质对TRP通道,参与促炎症细胞因子的转录调节等治疗阑尾炎。     

赤茵合剂治疗慢性乙型肝炎作用机制探讨

目的：采用网络药理学及分子对接方法探究赤茵合剂治疗慢性乙型肝炎（CHB）的潜在作用机制。方法：在TCMSP、Pubchem和SwissTargetPrediction在线数据库中筛选出赤茵合剂的有效活性成分和相对应的靶点。通过GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD及PharmGkb数据库筛选出CHB的靶点,构建“赤茵合剂-有效成分-潜在靶点-CHB”网络图。利用STRING数据库,构建蛋白质与蛋白质之间的相互作用关系网络（PPI）,利用Cytoscape3.7.2进行优化及筛选核心靶点,并进行聚类分析。借助Matescape在线平台数据库,分析潜在靶点的GO功能富集和KEGG通路结果。最后将有效成分与核心靶点进行分子对接。结果：赤茵合剂治疗CHB的活性成分152个,包括槲皮素、毛蕊异黄酮、木犀草素、山柰酚、丹参酮ⅡA、芒柄花黄素等;127个核心靶点,包括TP53、AKT1、PTGS2、TNF、IL6、JUN、STAT3、1L1B等;包含466条生物过程、55条细胞组分、107条分子功能。KEGG通路富集分析结果包含了Hepatitis B信号通路、PI3K-Akt信号通...     

太子参-牡丹皮药对治疗糖尿病心肌病网络药理学机制探讨

目的：探究太子参-牡丹皮药对治疗糖尿病心肌病的作用机制。方法：利用网络药理学方法,借助中药系统药理学分析平台（TCMSP）、Pubchem网站、Swiss Target Prediction数据库预测活性成分候选靶点。通过Disgenet和GeneCards数据库筛选出糖尿病心肌病的靶点基因,利用Venny图取中药与疾病的交集靶点,通过STRING数据库建立蛋白互作网络图,并通过Cytoscape 3.9.0软件对网络图进行优化,筛选出核心靶点。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO分析和KEGG富集分析。结果：中药共筛选出19个活性成分,277个作用靶点,糖尿病心肌病筛选出疾病靶点2424个,通过韦恩图得出交集靶点109个。通过药物-活性成分-靶点网络图分析可得山奈酚、槲皮素、刺槐素、木犀草素对疾病的治疗可能发挥重要作用。通过PPI网络图可知核心靶点为TNF、AKT1、SRC、TP53、EGFR等。根据KEGG分析,预测该药对主要通过干预癌症、MAPK、PI3K-Akt等信号通路发挥对糖尿病心肌病的治疗作用。结论：太子参-牡丹皮药对可通过多种活性成分、多靶点、多途径对糖尿病心...     

基于网络药理学的桂枝茯苓丸治疗宫颈癌的机制研究

目的探讨桂枝茯苓丸治疗宫颈癌的有效活性成分及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)选取桂枝茯苓丸中各药物的化学成分,筛选活性成分及潜在靶点。通过Gene Cards数据库挖掘宫颈癌的疾病靶点,依据药物靶点与疾病靶点构建桂枝茯苓丸有效成分靶点与疾病靶点的韦恩图、化合物-靶点网络调控图、PPI网络图,同时进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。结果桂枝茯苓丸中共494个化合物,筛选出85个活性化合物,对应宫颈癌83个靶点,分析数据表明,桂枝茯苓丸治疗宫颈癌的核心有效活性成分依次为槲皮素、β谷甾醇、山奈酚、黄芩苷、红景天苷、豆甾醇、谷甾醇等,其治疗宫颈癌的核心靶点依次为PGR、NCOA2、PTGS1、CHRM1、NR3C2等;依据CS值发现的关键节点涉及IL-6、EGFR、MAPK8、CASP3、VEGF、MYC等;主要涉及反应依次为对酮的反应、类固醇激素的反应、细胞对化学应激的反应等;细胞过程主要涉及的部分依次为膜筏、膜微区、膜区、核染色质等;分子过程主要涉及的反应依次为DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、DNA结合转录激活物活性等;主要涉及关键信号通路依次为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt、MAPK等。结论桂枝茯苓丸可通过多靶点途径发挥治疗宫颈癌的作用,其治疗机制与调控核心相关蛋白、基因及信号通路密切相关,为基础研究提供参考。     

基于网络药理学的黑地黄丸治疗肾性贫血机制探究

目的:基于网络药理学方法探究黑地黄丸治疗肾性贫血的作用机制.方法:运用网络数据库对黑地黄丸成分及肾性贫血靶点进行检索筛选;运用Cytoscape软件,构建中药成分-靶点网络,运用STRING数据库构建黑地黄丸治疗肾性贫血的蛋白互作网络图,进行拓扑分析,找出核心靶点,最后用DAVID6.8数据库对药物-疾病交集靶点进行G...     

从分子学角度探讨柴胡-郁金对卒中后抑郁潜在作用机制

目的:基于网络药理学探讨柴胡-郁金药对治疗卒中后抑郁(PSD)的潜在分子学机制。方法:通过检索TCMSP(中药系统药理学技术平台)数据库结合文献挖掘筛选出柴胡-郁金药对的主要活性成分及靶点,采用GeneCard与OMIM数据库获得卒中后抑郁的作用靶点,得到药物与疾病相交的靶点,通过Cytoscape软件建立疾病-药物-成分-靶点网络图,将数据输入String数据库,利用Cytoscape构建靶点相互作用的PPI网络,通过Metascape进行GO和KEGG富集分析。结果:从数据库中筛选了“柴胡-郁金”与PSD的36个共有靶基因和8种共有化合物,PPI网络共涉及节点36个,核心蛋白为IL6、AKT1、VEGFA、CRP、CCL2、MMP9、SERPINE1,GO生物学过程、细胞组成和分子功能分别为39条、8个、11个,KEGG通路共12条。结论:通过网络药理学探讨了“柴胡-郁金”对PSD发挥效应的可能潜在机制,为PSD的进一步研究提供了可能。     

基于整合药理学平台预测黄芩-黄连对溃疡性结肠炎的作用靶点

目的:基于网络药理学,预测黄芩-黄连药对治疗溃疡性结肠炎(Ulcerative Colitis, UC)的有效活性成分及其潜在的作用机制。方法:以"黄芩-黄连"药对为检索词,在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中按条件查找,逐步筛选出相应活性成分及潜在作用靶点;然后在GeneCards数据库中查找出UC的疾病靶基因;通过软件分析,得出活性成分与靶点之间,以及疾病各靶点蛋白之间的相互关系,并通过GO和KEGG富集分析获得黄芩-黄连药对治疗UC的潜在作用靶点和通路。结果:通过查找有效成分,分析出黄芩-黄连药对中有效活性成分共51个,其中与UC密切相关的靶点共136个;通过GO富集分析得到2 226条与生物过程相关的条目,采用KEGG通路富集分析得到165条潜在信号通路。结论:磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)和AKT蛋白酶b (PI3K-AKT),丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)可能是黄芩-黄连药对治疗UC调控的主要通信号通路,涉及的靶点包括肿瘤蛋白53(TP53)、丝/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、转录因子JUN、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK1)、肿瘤坏死因子(TNF)等,为实验验证该药对治疗UC的作用机制提供了证据。     

基于网络药理学分析桃红四物汤治疗股骨头坏死的机制

目的利用网络药理学方法探索桃红四物汤治疗股骨头坏死的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards、OMIM、Drugbank数据库获取桃红四物汤治疗股骨头坏死活性成分与靶点,构建活性成分-靶点互作网络,绘制蛋白互作(PPI)网络并进行分子对接,最后行GO富集和KEGG通路富集分析。结果从桃红四物汤中筛选出活性成分69个,作用于股骨头坏死的主要活性成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素;关键靶点为血管内皮生长因子(VEGF)、白细胞介素-6(IL-6)及成骨细胞特异性转录因子2(Runx2)。分子对接服务器分析发现,桃红四物汤的活性成分与关键靶点能够紧密结合。GO富集分析显示,分子功能主要包括转录因子结合、类固醇激素受体活性、蛋白激酶结合等方面。生物过程主要涉及到细胞因子介导的信号通路、对类固醇激素的反应及细胞凋亡信号通路等生物学过程,细胞组成主要包括核转录因子复合体、蛋白激酶复合体、蛋白质-DNA复合物等。KEGG富集分析获取相关信号通路为VEGF、Janus激酶/信号转导与转录激活子(JAK/STAT)及核转录因子-kappa B(NF-κB)信号通路。结论桃红四物汤治疗股骨头坏死的作用机制在于应用槲皮素、山奈酚、木犀草素等活性成分,以VEGF、IL-6及Runx2为靶点,通过VEGF、JAK/STAT及NF-κB信号通路参与治疗股骨头坏死。     

基于网络药理学探讨扶正抗癌方治疗肝癌的作用机制

目的 基于网络药理学方法研究扶正抗癌方治疗肝癌的有效成分、作用靶点及可能作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选扶正抗癌方的生物活性成分,并预测其靶点,构建药效分子-靶点网络,进行蛋白相互作用分析,进一步寻找潜在靶点,最后通过KEGG通路、GO富集分析可能的分子机制.结果 从TCMSP中获得...     

基于网络药理学预测青风藤治疗类风湿关节炎的分子机制

目的运用网络药理学的方法探讨青风藤治疗类风湿关节炎的分子机制。方法通过TCMSP平台筛选青风藤活性成分及作用靶点;在GeneCards和OMIM数据库中获取类风湿关节炎靶基因。通过R语言对基因进行匹配运算并绘制韦恩图;在String平台生成成分-蛋白互作网络图;Cytoscape 3.6.1软件构建成分-靶点网络;通过R3.5.1软件进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果共筛选出6个活性成分和23个潜在作用靶点;GO功能富集显示,青风藤可以影响炎症因子的细胞信号转导等生物学过程。KEGG通路富集分析显示,青风藤可以通过调控P53等凋亡相关通路发挥抗类风湿关节炎的作用。结论青风藤可能通过作用于CASP3、JUN、OPRD1等关键靶点调控P53等信号通路,从而调控炎症细胞凋亡进而发挥治疗类风湿关节炎的作用。     

川芎治疗腰椎间盘退行性病变潜在作用机制的网络药理学分析

目的 基于网络药理学分析川芎治疗腰椎间盘退行性病变(LIDD)的潜在作用机制.方法 通过检索TCMSP数据库、查阅相关文献筛选川芎有效成分,并查询其相对应的靶点.采用GeneCards、OMIM数据库检索LIDD的靶点,将其与川芎预测的靶点进行映射以获得川芎潜在治疗LIDD的交集靶点.采用Cytoscape v3.8....