16S rRNA基因在脑脊液细菌鉴定中的应用

脑脊液 (ＣＳＦ)病原菌的检测鉴定主要是通过培养和免疫学方法 ,但都存在明显的不足[1,2 ] 。目前 ,大多数致病菌的16ＳｒＲＮＡ基因都已测序完成 ,采用ＰＣＲ技术扩增 16ＳｒＲＮＡ基因 ,用于细菌的鉴别和分类 ,在脑脊液病原菌检测鉴定中的应用研究越来越多。本文就其近年来的应用作一综述。1　 16Ｓ　ｒＲＮＡ编码基因及其特点细菌中编码ｒＲＮＡ的基因是按 5′ 16Ｓ 2 3Ｓ 5Ｓ 3′方式排列的 ,由两个非编码的间隔区序列 (ｉｎｔｅｒｎａｌｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄｓｐａｃｅｒｓ ,ＩＴＳ)所分开 ,5ＳｒＲＮＡ、16ＳｒＲＮＡ、2 3ＳｒＲＮ…     

机采血小板细菌16s rRNA基因检测的临床研究

目的 探讨快速、可靠的检测机采血小板(PLT)细菌污染的新方法.方法 用聚合酶链反应(PCR)扩增1 308份献血员机采PLT 16s rRNA基因,以乙型肝炎病毒-脱氧核糖核酸(HBV DNA)、白假丝酵母菌和人类基因组DNA为对照,检测该方法的特异性;采用10倍倍比稀释法进行该方法的敏感性检测.结果 检测1308份献血员机采PLT,其中7份16s rRNA基因为阳性,阳性率为0.54%(7/1 308).而与HBV DNA、白假丝酵母菌和人基因组DNA无交叉反应;PCR最低能检测1.5 × 10~4cfu/L大肠埃希菌.结论 献血员机采PLT板细菌污染的阳性率为0.54%;利用PCR检测献血员机采PLT细菌16s rRNA基因的方法具有特异性、快速性和敏感性高等特点.     

血小板制品细菌污染检测方法的研究进展

在过去的几年里,随着病毒灭活及检测方法的进步,血液制品的病毒污染率已明显下降(HIV 1/1×106, HCV1/3×105),远低于细菌的污染率[1/(2×103-3×103)][1,2].血液制品的细菌污染尤其是血小板中的细菌污染问题已成为了研究的热点.     

16S rDNA实时荧光定量PCR法与全自动培养法在血小板细菌污染检测中的应用比较

目的比较16S rDNA实时荧光定量PCR法与全自动培养法在血小板制品细菌污染检测中的灵敏度和特异性,评价2种方法的应用前景。方法将血小板制品污染中常见的6种细菌用浓缩血小板悬液进行稀释,并选取浓度为102、101、100的菌悬液,分别用实时荧光定量PCR法和全自动培养法进行检测。结果用16S rDNA实时荧光定量PCR法对6株细菌检测,其灵敏度和特异性均为100%,Κ=1.000。用全自动培养仪对6株细菌检测,其特异性均为100%;灵敏度分别为:金黄色葡萄球菌需氧瓶95.5%,Κ=0.886,厌氧瓶90.9%,Κ=0.787;表皮葡萄球菌及大肠杆菌2种培养瓶均为83.3%,Κ=0.667;蜡样芽孢杆菌2种培养瓶均为86.7%,Κ=0.684;铜绿假单胞杆菌需氧瓶度为100%,Κ=1.000,厌氧瓶为44.4%,Κ=0.286;痤疮丙酸杆菌需氧瓶为16.7%,Κ=0.105,厌氧瓶为91.7%,Κ=0.886。结论实时荧光定量PCR法检测血小板制品中的细菌污染,灵敏度高,特异性好,且省时、经济,能应用于临床上血液样本的大规模筛查。     

16S rDNA检测在临床细菌检验中的应用

目的根据细菌16S rDNA的高度保守性,设计合成所有细菌的通用引物,建立快速检测细菌的方法。方法应用PCR方法检测细菌16S rDNA基因。同时对白假丝酵母菌、人白细胞DNA和HBV-DNA阳性病人血清同法检测。结果所有检测细菌均出现特异性条带,而白假丝酵母菌、人白细胞DNA和HBV-DNA阳性病人血清阴性。结论该法快速、特异、敏感。一个样品中能同时检测多种细菌,可为实验室初步判断是否存在细菌感染提供客观依据。     

血小板制品细菌污染的研究进展

自20世纪50年代以来,血小板(PLT)输血已经成为血液恶性肿瘤、骨髓功能衰竭和造血干细胞移植等治疗中重要的组成部分,在美国和欧洲,每年分别有超过150万和290万次的PLT输血发生[1].     

血小板制品细菌检测方法研究进展

在过去20年中,由于检测试剂的研制和技术的不断改进和提高,经输血传播病毒疾病的风险显著降低[1],但是输注1单位细菌污染的血小板和红细胞两种血液成分的风险分别是1:2000和1:20000,比病毒感染高出250倍。这意味着,细菌污染是目前输血医学传染因素中导致死亡的最大单一因素[2],因此认为输血传播感染(TTIs)引起发病和死亡的重要原因为细菌性感染[3]。血液制品的细菌污染在输血医学上是一个为时甚久的问题,尤其是血小板制品(包括手工浓缩血小     

血液细菌16S rRNA基因检测的诊断价值

目的探索快速可靠的检测细菌感染的新方法。方法用PCR技术扩增实验室保留株10株的16SrRNA基因,以乙型肝炎病毒-DNA、白假丝酵母菌和人类基因组DNA为对照,检测该方法的特异性;采用10倍比稀释法进行该方法的灵敏度检测。结果对所测细菌株均获得475bp扩增产物,而与乙型肝炎病毒-DNA、白假丝酵母菌和人基因组DNA无交叉反应;PCR最低能检测1.5×104/L大肠埃希氏菌。结论16SrRN基因PCR检测细菌感染的方法具有特异性、快速性和敏感性高等特点。     

血小板制品细菌污染的核酸检测方法评价

目的探讨实时荧光定量PCR法检测血小板制品中细菌污染的C t值用于血液细菌污染筛查的可行性。方法用实时荧光定量PCR技术检测单采血小板样本740份,包括420份阳性样本及320份阴性样本。通过受试者工作特征曲线(ROC)分析检测结果,确定最佳工作点的特异性和灵敏度。结果通过对检测结果C t值分析,确定最佳工作点即C t值在31.97时灵敏度和特异性分别为99.4%和99.3%。通过对不同诊断点的结果分析初步确定C t值<31.97时发阳性报告,>33.00时发阴性报告,之间则为疑似样本。结论通过ROC曲线分析证实血小板制品细菌污染的实时荧光定量PCR检测法是一种高效、可靠、便于临床应用的检测手段。     

全自动血液分析仪在检测血小板细菌污染中的应用

目的评价BacT/ALERT系统在检测血小板细菌污染中的应用。方法用BacT/ALERT系统对所制备的血小板悬液2164袋(含手工采去白细胞混合血小板及机器采集血小板)进行细菌污染检测,阳性标本作细菌鉴定。结果2164袋血小板悬液中细菌培养阳性25袋(1.16%),其中厌氧菌0.60%,需氧菌0.42%,厌氧菌与需氧菌均阳性0.14%。手工采混合血小板的阳性率为1.60%,厌氧菌占0.80%,需氧菌占0.58%,两者均阳性占0.22%。机采血小板的阳性率为0.38%,厌氧菌占0.25%,需氧菌占0.13%。细菌鉴定结果1袋为假阳性。结论BacT/Alert系统全自动血液分析仪具有快速、灵敏度较高以及假阳性率较低的优点。     

Evaluation of 16SpathDB 2.0, an automated 16S rRNA gene sequence database,using 689 complete bacterial genomes

Interpretation of 16S rRNA sequences is a difficult problem faced by clinical microbiologists and technicians. In this study, we evaluated the updated 16SpathDB 2.0 database, using 689 16S rRNA sequences from 689 complete genomes of medically important bacteria. Among these 689 16S rRNA sequences, none was wrongly identified, with 35.8% reported as a single bacterial species having >98% identity with the query sequence (category 1), 63.9% reported as more than 1 bacterial species having >98% identity with the query sequence (category 2), 0.3% reported to the genus level (category 3), and none reported as no match (category 4). For the 16S rRNA sequences of non-duplicated bacterial species reported as category 1 or 2, the percentage of bacterial species reported as category 1 was significantly higher for anaerobic Gram-positive/Gram-negative bacteria than aerobic/facultative anaerobic Gram-positive/Gram-negative bacteria. 16SpathDB 2.0 is a user-friendly and accurate database for 16S rRNA sequence interpretation in clinical laboratories.     

16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析检测主要血流感染病原菌比较

目的比较细菌16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析在血流感染病原菌检测中的作用。方法提取临床上血流感染常见的金黄色葡萄菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌、粪肠球菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌、鲍曼不动杆菌、洛菲不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌、化脓性链球菌、奇异变形杆菌、潘尼变形杆菌、屎肠球菌、粘质沙雷菌、宋内志贺菌、产气肠杆菌、小肠结肠炎耶尔森菌、腐生葡萄球菌基因组DNA,运用16SrRNA、16S-23SrRNA基因进行PCR扩增。扩增产物经测序后在美国国家生物技术中心（NCBI）上进行比对分析,确定菌种。结果在所分析的19种临床血流感染常见细菌中,16SrRNA基因测序分析可将除粘质沙雷菌外的细菌鉴定到种的水平,但无法完全区分近缘种属;16S-23SrRNA成功鉴定17种细菌,除大肠埃希菌、宋内志贺菌外所有细菌均成功鉴定到单一种的水平。结论16S-23SrRNA基因可作为血流感染细菌检测较好的分子靶标。     

Phylogenetic relationship among termite families based on DNA sequence of mitochondrial 16S ribosomal RNA gene

Termites (Order isoptera: Class Insecta), are comprised of a complex assemblage of species, with considerable variation in life history, morphology, social behaviour, caste development and ecology. At present, isoptera is divided into seven families, fourteen subfamilies, ～ 270 genera and over 2000 species. Phylogenetic hypotheses currently available for termite families and genera are based on a limited number of morphological characters and lack rigorous cladistic analysis. In this paper we report on phylogenetic relationships among ten termite genera of five families based on a DNA sequence analysis of a portion of the mitochondrial 16S rRNA gene. Parsimony and distance analysis of DNA sequences supported the existing hypothesis that Mastotermitidae is the basal lineage among extant termites. Kalotermitidae was not found to be a sister taxon of Mastotermitidae as existing hypotheses suggest, but was most closely related to Rhinotermitidae and Termitidae. Representatives of Termopsidae were more basal relative to those of Kaiotermitidae. The utility of 16S rRNA nucieotide sequence analysis for inferring phylogenetic relationships among termite families, subfamilies and genera is discussed.     

应用16S rRNA宽范围聚合酶链反应快速检测临床无菌体液感染

目的应用16S rRNA宽范围聚合酶链反应（PCR）快速检测临床无菌体液感染,并与传统培养方法进行比较分析。方法收集94份临床无菌体液（血液、脑脊液、胸腹水、关节液）标本,提取细菌基因组DNA,应用16S rRNA宽范围PCR扩增,并将PCR阳性产物测序,然后将测序结果在美国国家生物技术信息中心（NCBI）上进行BLAST比对,从而确定菌种。同时,应用常规培养方法检测94份无菌体液标本,并对2种方法的结果进行比较。结果 16S rRNA宽范围PCR敏感性高,最低扩增浓度为103 CFU/mL,且该技术特异性高,其阳性扩增产物经测序比对后结果和培养结果完全吻合。另外,94例临床标本中应用培养方法培养出阳性例数为9例,阳性率为9.6%,而应用宽范围PCR,除培养阳性的9例均为阳性外,另外扩增出6例阳性标本,阳性率为15.9%,而此6例经测序证实分别为4株铜绿假单胞菌、1株黏质沙雷菌、1株肺炎链球菌。结论 16S rRNA宽范围PCR与培养技术比较起来,敏感性高,特异性强,有望成为临床无菌体液病原体感染快速筛查的方法。     

Surgical site abscess caused by Lactobacillus fermentum identified by 16S ribosomal RNA gene sequencing

We report the first case of surgical site abscess caused by Lactobacillus fermentum from a 53-year-old woman with squamous cell carcinoma of the esophagus after transthoracic esophagectomy and neoadjuvant chemoirradiation. 16S rRNA gene sequencing is a useful tool to better characterize the epidemiology and clinical significance of L. fermentum.     

23S rRNA基因在临床常见致病菌检测中的应用

目的　根据临床常见致病菌 2 3SrRNA基因序列的差异 ,建立可初步鉴别革兰阴性菌和革兰阳性菌的分子生物学方法。方法　分析常见细菌的 2 3SrRNA基因序列 ,设计相应引物。采用多重PCR扩增标准菌株及临床分离株 2 3SrRNA基因 ,并根据电泳结果作出初步分类。结果　革兰阴性菌株均出现 1条DNA电泳条带(约为 35 0bp) ,而革兰阳性菌株则出现 2条电泳条带 (约为 2 5 0和 4 0 0bp)。 6 0株临床分离菌经PCR扩增、电泳后 ,电泳分析结果与常规鉴定结果符合率达 10 0 %。结论　 2 3SrRNA基因检测用于细菌初步分类鉴定 ,具有快速、灵敏、准确的特点 ,可为细菌感染的实验室诊断提供客观依据     

16S rRNA基因序列分析在感染性心内膜炎瓣膜内病原菌检测中的应用

目的探讨16S rRNA基因序列法在感染性心内膜炎(IE)患者瓣膜赘生物内致病原检测中的应用价值。方法对129例IE患者术中赘生物进行DNA提取、PCR扩增及测序分析,并与传统血培养及赘生物培养进行比较分析。结果配对卡方检验显示16S rRNA基因序列分析法检测阳性率明显高于血培养[83.53%(71/85)vs 28.24%(24/85),P0.05]和赘生物培养[77.5%(100/129)vs 18.6%(24/129),P0.05],可检出苛养菌及立克次体、巴通体、支原体等特殊病原体。结论应用16S rRNA基因序列分析法可提高IE患者瓣膜赘生物致病原的检出率。     

API法与16S rRNA法鉴定棒状杆菌比较

目的解决API法无法鉴定的棒状杆菌的鉴定问题，比较API法与16S rRNA法鉴定棒状杆菌的不同。方法86株棒状杆菌临床分离株用法国生物梅里埃API Coryne鉴定系统鉴定，经API法鉴定结果无编码的和可信度小于80％的以及两家医院结果不一致的共9株，自行设计引物用16S rRNA鉴定法完成。结果经API法鉴定结果无编码的和可信度小于80％的以及两家医院结果不一致的共9株棒状杆菌用16S rRNA法得以准确鉴定。结论难以用表型鉴定的棒状杆菌用16S rRNA法得以准确鉴定，表型鉴定法的准确性一定程度上受方法学限制。