槲皮素治疗心力衰竭的分子机制:基于网络药理学与分子对接方法

目的 基于网络药理学和分子对接研究槲皮素治疗心力衰竭(HF)的分子机制。方法 利用TCMSP、PharmMapper、CTD和GeneCards数据库得到槲皮素和HF相关靶点,通过在线Venn网站得到槲皮素-HF交集靶点,构建蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.2得到槲皮素治疗HF的核心靶点。通过R包进行GO、KEGG通路富集分析,利用Auto Dock Vina进行分子对接。通过蛋白质免疫印迹检测槲皮素处理HF细胞模型的AKT1、Phospho-AKT（Ser473）、eNOS、MMP9和Caspase-3的蛋白水平。结果 分析得到80个槲皮素-HF交集靶点,槲皮素治疗HF核心靶点5个：AKT1、CASP3、MAPK1、MMP9和MAPK8。GO分析中,生物过程集中在对肽类激素的反应、磷脂酰肌醇介导的信号传导、脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应和炎症反应的调节等。KEGG通路富集分析表明富集最显著的信号通路为：脂质与动脉粥样硬化通路、癌症中的蛋白多糖、PI3K-AKT信号通路、糖尿病心肌病和MAPK信号通路。分子对接显示槲皮素对5个核心靶点具有良好的结合活性。蛋白质免疫印迹结果显示,100 μmol/L 槲皮素可明显降低心力衰竭细胞AKT1、Phospho-AKT（Ser473）、eNOS、MMP9和Caspase-3水平（P<0.01）。结论 槲皮素可能通过调节AKT1-eNOS-MMP9通路抗凋亡从而改善心力衰竭的病理变化。     

痛风汤作用机制的网络药理学和分子对接探讨

目的 基于网络药理学和分子对接方法,探究痛风汤治疗痛风的可能作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中国中药整合数据库(TCMID)、Similarity Ensemble Approach数据库(SEA),检索并收集痛风汤的活性成分及其对应的靶点.通过人类基因组注释数据库(Genecards...     

基于网络药理学和分子对接探讨二仙汤治疗卵巢早衰的作用机制

目的：对二仙汤治疗卵巢早衰（premature ovarian failure,POF）作用机制进行探讨。方法：基于网络药理学和分子对接的方法,通过检索TCMSP数据库获取二仙汤中各药物的活性成分;通过Gene Cards、OMIM、Pharm Gkb和Drugbank数据库收集卵巢早衰疾病靶点,将活性成分与疾病基因靶点取交集,得到二仙汤治疗卵巢早衰的预测靶点。采用Cytoscape 3.8.0构建“药物-成分-靶点-疾病”网络;通过STRING数据库和Cytoscape构建蛋白互作网络（PPI）及精简核心网络;运用R Studio软件对二仙汤治疗POF进行GO富集和KEGG通路富集分析。采用分子对接技术对“药物-成分-靶点-疾病”网络结果进行验证。结果：筛选出68个主要活性成分,涉及182个基因靶点,其中主要活性成分包括槲皮素（Quercetin）、木犀草素（Luteolin）、山柰酚（Kaempferol）等;核心靶点基因包括RB1、TP53、FOS、CDKN1A、ESR1、AKT1、MAPK1、TNF等;富集到GO生物过程（biological process,BP）2545条、...     

基于网络药理学探讨牛大力治疗抑郁症的活性成分及分子机制

目的:采用网络药理学方法研究牛大力治疗抑郁症的活性成分及作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)与文献资料检索筛选出牛大力活性成分;运用Swiss Target Prediction预测成分靶点,并从Gene Cards数据库中预测抑郁症相关靶点;同时,采用Cytoscape 3.2.1软件构建活...     

基于网络药理学和分子对接探索桂枝茯苓丸治疗卵巢癌的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探索桂枝茯苓丸治疗卵巢癌的主要活性成分和作用机制.方法:使用TCMSP数据库检索并筛选桂枝茯苓丸中每味中药的活性成分,在Uniprot数据库找出药物活性成分的作用靶点,通过Cytoscape软件的Network Analyzer功能筛选出药物的主要活性成分及靶点.使用Genecards...     

基于网络药理学探讨黄芩治疗痤疮的作用机制

目的 采用网络药理学方法研究黄芩治疗痤疮的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索黄芩的活性成分和靶标,采用GeneCards和在线人类孟德尔遗传（OMIM）数据库筛选痤疮的潜在靶点;通过Cytoscape3.7.1软件绘制黄芩治疗痤疮的“成分-靶点-通路-疾病”网络图,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并对关键靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果 从黄芩中筛选出与痤疮有关的活性成分29个,通过干预36个靶点、247条通路治疗痤疮;富集分析显著的生物功能主要为核受体活性、转录因子活性,直接配体调节的序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合、四吡咯结合等。KEGG信号通路结果显示,黄芩治疗痤疮的关键基因显著富集在白细胞介素-7(IL-7)信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、松弛素信号通路、磷脂酰肌醇-3激酶蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路等。结论 黄芩主要通过多成分、多靶点、多通路的作用治疗痤疮,而非通过单一机制...     

基于网络药理学联合分子对接探究玉屏风散治疗荨麻疹的作用机制

目的 基于网络药理学联合分子对接探究玉屏风散治疗荨麻疹的分子作用机制.方法 经TCMSP数据库检索玉屏风散所有药物的成分并进行ADME筛选得到活性成分,在Uniport数据库检索其发挥治疗作用可能的基因靶点;借助GeneCards、PharmGKB等数据库检索荨麻疹相关基因靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性...     

基于网络药理学和分子对接探讨裘氏二藤汤治疗慢性盆腔炎的机制

[目的] 基于网络药理学和分子对接方法,探讨二藤汤的有效成分治疗慢性盆腔炎的机制。[方法] 利用TCMSP和TCMID数据库筛选出二藤汤有效成分及其靶点,运用Uniprot数据库获取标准化的靶点名称,同时,利用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。通过GeneCards、OMIM数据库收集慢性盆腔炎靶点,同时,利用Venny 2.1.0获取“药物-疾病”的交集靶点并绘制韦恩图,通过STRING平台构建PPI网络图,并运用Cytoscape 3.7.2软件中CytoNCA插件筛选关键靶点。利用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路的富集分析。最后,利用AutoDock Vina 1.1.2对关键靶点和活性成分进行分子对接。[结果] 通过筛选共获得231个活性成分,211个“药物-疾病”交集靶点;GO分析获得2538个条目,分别为2174个BP,233个MF及131个CC条目。KEGG分析得到209条信号通路;分子对接结果显示关键靶点与核心活性成分具有较好的结合活性。[结论]二藤汤通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性盆腔炎。     

基于网络药理学和分子对接探讨当归建中汤治疗痛经的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨当归建中汤治疗痛经的有效成分、潜在靶点及作用通路,阐述其作用机制.方法:通过TCMSP网站建立当归建中汤有效成分与靶点数据库,利用CTD、DisGeNET、Drugbank数据库筛选痛经相关的靶点,对药物靶点与疾病靶点取其交集,利用STRING数据库构建PPI蛋白作用关系,clus...     

基于黄芩汤治疗结直肠癌作用机制的网络药理学和分子对接分析

目的：通过网络药理学和分子对接技术分析黄芩汤治疗结直肠癌（CRC）的潜在作用靶点,阐明其相关分子机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）构建黄芩汤活性成分和作用靶点数据集,通过GeneCards、人类在线孟德尔遗传（OMIM）、药物遗传学和药物基因组学知识库（PharmGKB）等数据库构建CRC疾病相关靶点数据集。利用R软件、Cytoscape软件和STRING数据库构建药物-疾病靶点交集、黄芩汤中药复方调控网络和蛋白-蛋白互作（PPI）网络。利用R软件和Metascape平台进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。采用AutoDock和PyMol软件进行分子对接验证,评估配受体结合情况。结果：筛选黄芩汤有效活性成分136个,黄芩汤治疗CRC的潜在靶点242个,核心靶点18个,基于信号通路分析获得CRC密切相关核心关键靶点5个,分别为蛋白激酶B1 (AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、原癌基因FOS、肿瘤蛋白P53 (TP53)和原癌基因MYC。GO功能富集分析,主要参与多种细胞应激反应的生物过程。KE...     

基于网络药理学及分子对接探讨华蟾素注射液治疗结直肠癌的分子机制

目的:基于网络药理学的方法研究华蟾素注射液治疗结直肠癌的分子机制,并采用分子对接实验进行验证。方法:通过Pubmed,Embase和CNKI数据库筛选华蟾素注射液成分,通过Swiss Target Prediction和STITCH数据库筛选成分靶点;通过TCGA数据库数据,运用R软件进行结直肠癌差异表达基因分析;华蟾素注射液靶基因与结直肠癌差异表达基因取交集后进行GO、KEGG、PPI分析,并运用Cytoscape 3.6软件筛选Hub基因; Auto Dock Vina用于分子对接验证。结果:共获得华蟾素注射液23个成分,共筛选413个靶基因;通过生物信息学方法获得TCGA结直肠癌数据差异表达基因5 672个;取交集后共获得75个基因。KEGG通路主要富集在“癌性通路”等; Hub基因包括SRC、STAT3、SIRT1、PTGS2、CDK4、PTK2、ITGB1、CDK2、ITGB2和PTGER4。分子对接实验证实所有Hub基因均与成分存在较低的分子对接能。结论:基于网络药理学和分子对接实验初步证明华蟾素注射液通过多靶点、多途径、多通路在结直肠癌的治疗中发挥重要作用,为临床中华蟾素...     

基于网络药理学和分子对接探讨桃红四物汤治疗慢性胆囊炎的机制

目的 ：基于网络药理学和分子对接探讨桃红四物汤治疗慢性胆囊炎的机制,为新药研发节约成本,使实验更具有针对性。方法 ：通过TCMSP数据库寻找药物有效成分,在wiss Target Prediction中预测其对应的靶点,再通过Gene Cards数据库预测慢性胆囊炎的靶点,建立药物和疾病的靶点数据库后绘制PPI网络图、药物成分-靶点图以及GO、KEGG富集分析。根据度值,筛选出核心成分的靶点,再做分子对接验证两者结合情况,最后通过脂多糖刺激人胆囊上皮细胞诱导炎症,使用ELISA试剂盒检测上清液炎症介质的浓度,在使用不同浓度THSWD处理后,采用Western blot法检测AKT和p-AKT的表达。结果 ：筛选了桃红四物汤49个活性成分共计3,262个潜在靶点,去重后获得了665个潜在靶点;疾病靶点共681个。GO富集分析结果显示靶蛋白主要参与平滑肌细胞增殖、MAPK级联反应、炎症反应、蛋白激酶B信号的调控等。KEGG富集分析发现靶点参与了140条通路,主要涉及AGERAGE信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等。根据度值筛选的核心靶点为AKT1、TNF、TP53、V...     

基于网络药理学和分子对接探讨六味地黄丸治疗糖尿病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接探究六味地黄丸治疗糖尿病的作用机制.方法:运用中药网络药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出六味中药的主要成分,通过SwissTargetPrediction、SEA和PharmMapper共同预测化合物的靶点,运用Cy-toscape构建成分-靶点网络.通过DisGeNET、T-HO...     

基于网络药理学和分子对接探讨苦参治疗房颤的机制

目的 运用网络药理学方法探索苦参治疗房颤的作用靶点与通路及相关分子机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索苦参的主要化学成分及作用靶点,根据ADME筛选中药活性组分和作用靶点基因,在Genecards和OMIM数据库中检索房颤(Atrial fibrillation)相关作用靶点基因,对二者进行比较分析,取重复值,得到苦参治疗房颤相关作用靶点;利用String平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块。使用Bioconductor生物信息软件包进行GO功能富集和KEGG通路分析。采用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-疾病靶点-通路网络。以苦参活性成分及钠通道阻滞剂雷诺嗪为配体,通过CB-Dock网站分别与SCN5A进行分子对接。结果 苦参治疗房颤的主要靶点有IL-6、AKT1、VEGFA、CASP3、JUN、MAPK1、PTGS2、MMP9、IL-1β、SCN5A,苦参治疗房颤的生物学通路主要为AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等。分子对接提示苦参活性成分芸豆球蛋白、大豆抗毒素、木犀草素与SCN...     

基于网络药理学与分子对接探讨紫草治疗银屑病的作用机制

目的 运用网络药理学与分子对接探索紫草治疗银屑病的作用机制.方法 通过TCMSP、Pub-Chem及Swiss Targe Prediction数据库和Gene Cards、OMIM数据库筛选紫草活性成分、疾病靶点,运用Cytoscape软件构建药物与疾病间相互作用网络,筛选紫草治疗银屑病的活性成分及靶点;基于R软件进...     

基于网络药理学和分子对接的八宝丹治疗病毒性肝炎潜在机制研究

目的:探索八宝丹的活性成分及其治疗病毒性肝炎的潜在作用机制.方法:通过TCMSP、TCM-PTD、SwissTargetPrediction等数据库,收集八宝丹的活性成分与靶标信息,采用Cytoscape 3.8.0软件和String数据库构建八宝丹"成分-靶点"网络,并利用GeneCards数据库搜索病毒性肝炎相关靶...     

基于网络药理学和分子对接探讨白及治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:探讨中药白及治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制。方法:在中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCSMP)上获取白及的有效活性成分和作用靶点,通过GeneCards、OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)、Disgent数据库中检索溃疡性结肠炎的疾病靶点,进一步获取药物和疾病的共同靶点,使用Cytoscape软件构建相关网络图,利用STRING数据库对供电靶点进行PPI分析并筛选出核心靶点,利用R语言进行GO和KEGG富集分析靶点的生物学过程和相关通路,最后针对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果:筛选得到9个活性成分,疾病靶点共1159个,通过拓扑分析得到核心靶点10个。GO富集分析得到BP、CC、MF条目共30条,KEGG富集分析得到相关信号通路20条。分子对接提示活性成分和核心靶点对接构想稳定。结论:白及治疗溃疡性结肠炎主要与抗炎、调节免疫、促进溃疡愈合等功能相关,作用机制主要涉及PI3K/Akt、Rap1、MAPK等信号通路。     

基于网络药理学和分子对接探讨真武汤治疗慢性肾衰竭的作用机制

目的:利用网络药理学和分子对接方法探讨真武汤治疗慢性肾衰竭( CRF)的作用机制.方法:采用TCMSP数据库筛选真武汤中有效成分及靶点,并将靶点导入Uniprot数据库匹配基因名.利用OMIM、Drugbank、Genecards、CTD数据库筛选CRF靶点并与真武汤靶点取交集.将交集靶点导入STRING数据库进行PP...     

基于网络药理学与分子对接的丹皮酚治疗结直肠癌的分子机制研究

目的 基于网络药理学与分子对接探讨丹皮酚治疗结直肠癌的靶点与作用机制。方法 通过PubChem、SwissTargetPrediction和TargetNet数据库检索丹皮酚的药物靶点,使用Genecards、OMIM和TTD数据库检索结直肠癌的疾病靶点,通过Venny在线工具获得交集靶点。利用Metascape数据库完成交集靶点的基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组数据库（KEGG）信号通路富集分析。交集靶点经STRING数据库与Cytoscape软件分析其相互作用关系并筛选枢纽节点。采用LeDock与CB-Dock2软件完成丹皮酚与枢纽节点的分子对接,以筛选丹皮酚的核心药物靶点。结果 经筛选得到21个药物靶点。富集分析结果显示,丹皮酚发挥作用的分子机制涉及癌症通路、Ras信号和Rap1信号等通路,而其涉及的生物过程包括细胞对缺氧的反应以及调控激酶活性等。蛋白质-蛋白质相互作用分析发现9个靶点为蛋白质相互作用的枢纽。分子对接结果显示,丹皮酚和枢纽节点中的SRC、EP300、MMP9具有最高亲和力,提示SRC、EP300以及MMP9可能是丹皮酚治疗结直肠癌的核心靶点。结论 丹...