16S rRNA基因序列分析法在输入性蜚蠊携带病原菌检测中的应用研究

目的 应用16S rRNA基因序列分析法对江苏口岸输入性蜚蠊携带的细菌进行快速检测.方法 用研磨器将蜚蠊研碎,用LB培养基增菌和分离培养,随机挑选细菌单克隆,提取DNA,对16S rRNA基因进行PCR扩增,扩增产物进行序列分析、比对,确定细菌种属.结果 从输入性蜚蠊中共分离鉴定出23种细菌,分属15属.结论 输入性蜚...     

16S rRNA基因测序分析技术在食品污染菌监测中的应用

目的 将16S rRNA基因测序分析技术应用于食品安全风险监测中非目标(相似、少见或非典型)致病菌的鉴定,为食源性疾病防控提供更多病原学证据。方法 采集18份畜类、18份禽类和9份鱼类共45份生鲜样品,目标致病菌按照GB4789标准检测,非目标菌进行16S rRNA基因测序,将全长序列在GenBank中比对确定细菌种属,通过MEGA6构建细菌16S rRNA基因进化树,判定细菌种属间的亲缘关系。结果 45份生鲜样品中检出19株目标致病菌,包括沙门氏菌、空肠弯曲菌、单增李斯特菌和副溶血弧菌,而34株非目标菌16S rRNA基因全长序列能分别比对出13种细菌,其中8种19株菌属于致病或条件致病菌,包括霍乱弧菌、溶藻弧菌、结肠弯曲菌、奇异变形杆菌、粪肠球菌和铜绿假单胞菌,以及在深圳乃至省内首次报道的布氏弓形菌和海藻希瓦氏菌。结论 深圳市售生鲜食品受到多种食源性致病菌污染,特别是非目标检出的致病菌,对此认为16S rRNA基因测序分析技术是一套有效的细菌监测适宜技术,能提高食源性疾病和食物中毒的防控水平。     

16S rRNA标签测序法在尘肺病患者肺部菌群多样性分析中的优化应用

目的 优化高通量16S r RNA标签测序法,有针对性地获取尘肺病患者肺部菌群结构信息。方法 采集3例尘肺病患者的9份肺部肺泡灌洗液,采用十六烷基三甲基溴化铵法（CTAB）法提取肺泡灌洗液基因组DNA,扩增16S rRNA V4区域并进行NovaSeq 6000测序以及测序数据生物学分析。结果 CTAB法得到16S rRNA扩增产物符合质检,标签测序法得到的去嵌合体序列（effective tags）占比均在74.56%以上,测序深度达6 000条时渐进合理,可获取各样本物种合理的丰富度和均匀度,并注释物种,分析各层级占主导地位的优势菌属,可有效进行肺泡灌洗液菌群Alpha和Beta多样性分析。结论 优化版16S r RNA标签测序法可准确分析尘肺病患者肺部菌群结构信息,也可能适用于微生物组分析、快速鉴定及耐药性分析。     

16S rRNA gene sequence analysis of a Brucella melitensis infection misidentified as Bergeyella zoohelcum

Misidentification of Brucella species from clinical specimens using commercial bacterial identification systems is a recurring problem. An isolate from a bacterimic patient was identified as Bergeyella zoohelcum by MicroScan Walk-Away (Siemens Healthcare Diagnostics Inc., West Sacramento, CA, USA) and as Brucella melitensis by Vitek 2 system (bioMérieux?Inc., Durham, NC, USA). Because of this identification ambiguity by the two automated bacterial identification systems we performed 16S rRNA sequencing and serotyping of the isolate and confirmed it as a Brucella spp. Combining the sequence data with the Vitek 2 system data we conclude that the infection was caused by B. melitensis.     

16S rRNA、16S-23S rRNA基因测序分析检测主要血流感染病原菌比较

目的比较细菌16S rRNA、16S-23S rRNA 基因测序分析在血流感染病原菌检测中的作用。方法提取临床上血流感染常见的金黄色葡萄菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌、粪肠球菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌、鲍曼不动杆菌、洛菲不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌、化脓性链球菌、奇异变形杆菌、潘尼变形杆菌、屎肠球菌、粘质沙雷菌、宋内志贺菌、产气肠杆菌、小肠结肠炎耶尔森菌、腐生葡萄球菌基因组 DNA,运用 16S rRNA、16S-23S rRNA 基因进行 PCR 扩增。扩增产物经测序后在美国国家生物技术中心(NCBI)上进行比对分析,确定菌种。结果在所分析的 19 种临床血流感染常见细菌中,16S rRNA 基因测序分析可将除粘质沙雷菌外的细菌鉴定到种的水平,但无法完全区分近缘种属;16S-23SrRNA 成功鉴定 17 种细菌,除大肠埃希菌、宋内志贺菌外所有细菌均成功鉴定到单一种的水平。结论 16S-23S rRNA 基因可作为血流感染细菌检测较好的分子靶标。     

黏液玫瑰单胞菌16S rRNA基因序列及耐药性分析

目的对常规方法不易鉴定的一株临床细菌进行16S rRNA基因序列分析,并探讨该细菌的耐药性。方法菌株分离培养后进行常规的鉴定及药物敏感性分析,同时选择细菌的16S rRNA基因为靶序列,进行PCR扩增并测序,测序结果与GenBank比对。结果 API 20NE板条(法国生物梅里埃公司)将该菌鉴定为嗜中温甲基杆菌;细菌的16S rRNA基因序列与黏液玫瑰单胞菌相似性为99.5%;细菌的药敏试验显示对三代头孢耐药性高。结论黏液玫瑰单胞菌引起的感染比较罕见,菌株对三代头孢的高耐药应引起临床重视;16S rRNA基因序列分析方法可以较好地鉴定常规方法难以鉴定的不典型及罕见菌株。     

安徽地区家畜嗜吞噬细胞无形体16S rRNA基因检测和序列分析

目的了解安徽农村地区散养家畜自然感染嗜吞噬细胞无形体状况和基因特征。方法应用巢式PCR对怀远、明光和广德县采集的148份家畜全血样本进行嗜吞噬无形体16S rRNA基因检测,并对扩增产物测序,应用生物软件MEGA4.0进行序列分析。结果 148份家畜全血样本中检测出山羊、牛和犬嗜吞噬细胞无形体16S rRNA基因阳性率分别22.1%、25.0%和40.0%。26份PCR阳性扩增产物测序成功,序列分析结果表明：检出序列可归为4群,I群优势株占分析序列的66.7%,与北京、浙江和湖北等地检测序列同属一个分支。目的基因测定序列与参考序列同源性达97.0~99.0%。结论安徽调查地区农村家畜动物存在嗜吞噬细胞无形体感染,山羊是该地区嗜吞噬细胞无形体的重要宿主动物之一。     

病原菌23S rRNA基因序列变异性分析

目的 研究常见病原菌23S rRNA基因序列变异规律，为细菌鉴别诊断和相关研究提供科学依据。方法 运用Genbank信息和生物学分析软件，并通过PCR扩增23S rRNA基因片段。分析不同种属细菌23SrRNA基因的保守序列、变异规律及菌株间种系进化关系。结果 通过基因扩增和生物信息学比较分析，获得21个23S rRNA的通用保守序列，23SrRNA基因保守序列与变异区在种系间呈问隔分布，大量变异区呈“马赛克”式分布。种系间进化关系与16SrRNA分析结果一致。结论 23S rRNA基因序列变异规律为进行细菌的鉴别诊断提供了重要的理论基础。     

基于细菌16S rRNA基因扩增临床不常见病原菌的价值

目的探讨16S rRNA基因扩增与测序在临床不常见病原菌鉴定中的价值,指导临床相关感染的诊治。方法选择临床微生物实验室常规方法难以准确鉴定、无法鉴定或有特殊表型的细菌12株,采用聚合酶链反应（PCR）扩增其16S rRNA基因,测序后进行BLAST比对鉴定菌种,并分析相关感染的临床特点。结果12株菌经PCR扩增均得到阳性条带（约1 500 bp）,均鉴定到种（相似度≥99%）,分别为产单核细胞李斯特菌、马耳他布鲁杆菌各2株,死亡梭杆菌、空间罗氏菌、鼻疽奴卡菌、解糖葡萄球菌、放射性根瘤菌、二路普雷沃菌、解甘露醇罗尔斯顿菌及阴道阿托波菌各1株。16S rRNA基因扩增灵敏度高,大肠埃希菌ATCC 25922的最低检测限为1.5×101 CFU/mL。12例患者临床资料显示上述菌可引起临床多部位、多类型感染,选用针对性抗菌药物治疗后11例好转,1例死亡。结论16S rRNA基因测序方法可快速、准确鉴定少见菌、厌氧菌及难培养细菌,为临床不同类型感染的病原学诊断和治疗提供实验室依据。