基因芯片技术分析同种异基因大鼠心脏移植急性排斥反应的相关基因

目的:运用基因芯片技术分析同种异基因大鼠心脏移植后急性排斥反应的基因表达谱. 方法:建立大鼠颈部心脏移植模型,以同种同基因和异基因移植动物作为对照,术后5 d移植心脏中抽提总RNA,纯化后的mRNA进行逆转录制备杂交探针,应用含有4 096个靶基因的表达谱芯片对两组移植心脏组织进行差异表达谱分析.结果:在同种异基因心脏移植术后差异表达基因共有210条(下调96条,上调114条);其中已知基因有33条(下调13条,上调20条);未知基因177条(下调83条,上调94条),其中有15条已知基因(上调2条,下调13条)尚未见报道.结论:运用基因芯片技术研究同种异基因心脏移植术后急性排斥相关基因,可为进一步研究其发病机制和治疗提供新思路.     

贲门腺癌和食管腺癌基因表达谱比较

目的:比较贲门腺癌(CAC)与食管腺癌(EAC)组织的基因表达谱.方法:收集贲门肠化生(CIM)和Barrett食管(BE)、CAC和EAC组织,用含有4 096条人类基因cDNA的芯片对其mRNA差异性表达进行比较,用组织芯片免疫化学染色法观测相同差异性表达趋势基因的蛋白产物在CAC和EAC组织中的表达情况.结果:CIM和BE差异表达的基因与CAC和EAC差异表达的基因比较,相同差异性表达趋势的基因有23条,其中上调17条,下调6条.对上调基因乳腺癌耐受蛋白(BCRP)、细胞凋亡蛋白抑制因子1(cIAP1)和下调基因基质金属蛋白酶2(MMP2)的蛋白产物进行组织芯片分析,CAC组织中BCRP和cIAP1蛋白阳性率均为80.0%,EAC组织中2者阳性率均为33.3%,CAC组织中2者阳性率高于EAC组织(P=0.018).CAC组织中MMP2蛋白阳性率为40.0%,EAC组织中为55.5%,2者比较,差异无统计学意义(P=0.286).结论:CAC与EAC在mRNA和蛋白质表达上差异明显,分子生物学特性各异,组织起源可能不同.     

氯胺酮诱导大鼠丘脑基因表达谱的改变

目的:用基因芯片研究氯胺酮麻醉大鼠丘脑基因表达谱的变化.方法:SD大鼠4只,分为对照组(n=2)和氯胺酮组(n=2).两组大鼠分别腹腔注射生理盐水或100 mg/kg氯胺酮.1 h后,取丘脑,抽提RNA,以RNA为模板逆转录合成cDNA,以cDNA为模板转录生物素标记的cRNA,cRNA经提纯、片断化后与大鼠神经生物学表达芯片U34杂交.杂交后的芯片用扫描仪检测信号,收集图像,用Microarray Suite Version 5.0软件分析差异表达基因并对其进行功能分析.结果:1323条待测基因中,氯胺酮麻醉后237条基因差异表达,上调表达132条,下调表达105条,其中差异表达超过两倍的为59条.差异性表达的基因功能可分为NMDA受体、离子通道、信号转导、转录因子、细胞因子等.结论:氯胺酮麻醉可以引起大鼠丘脑基因的差异表达.     

基因芯片技术筛选大鼠ARDS差异表达基因的研究

目的 用全基因表达谱芯片技术筛选大鼠急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的差异表达基因并对其进行分析,以进一步阐明ARDS发病的分子机制.方法 分别从正常和ARDS大鼠肺组织中提取总RNA,分离纯化mRNA,经逆转录合成掺入生物素标记的cDNA探针,然后与基因芯片(涵盖27044转录本,代表22012个基因)杂交,扫描芯片荧光信号图像,用Sam3.0进行统计处理,用博奥生物分子功能注释系统V4.0进行功能分析.随机选择3个差异表达基因,用荧光定量KT-PCR.验证.结果 芯片检测结果显示,在ARDS大鼠肺组织中,表达上调1.5倍以上的基因有73个,下调1.5倍以上的基因有298个.其中,代谢相关基因上调的有1个,下调的有34个;免疫相关基因上调的有3个,下调的有7个;信号传导相关基因上调的有2个,下调的有9个;神经相关的基因上调的有3个,下调的有3个.结论 全基因表达谱芯片技术是筛选AR.DS差异表达基因的有效方法,用该法筛选出一些差异表达基因,为初步阐明ARDS的发病机制奠定了基础.     

热缺血再灌注损伤早期大鼠肝脏基因表达谱的实验研究

目的探讨热缺血再灌注损伤(WIRI)早期大鼠肝脏基因表达谱的差异。方法建立SD大鼠肝脏热缺血再灌注损伤模型,取再灌注30 min和再灌注1 h肝组织标本,采用基因表达谱芯片技术检测各组基因表达的变化情况,确定差异表达基因。结果筛选出大鼠肝脏再灌注30 min、再灌注1 h两组共同差异表达基因有77条,其中表达上调56条,表达下调21条。再灌注30 min或1 h表达上调的基因数均多于表达下调基因数,再灌注1 h表达发生变化的基因总数多于再灌注30 min。结论大鼠肝脏热缺血再灌注损伤伴随多基因的表达谱改变,再灌注损伤早期的差异表达基因为研究肝脏WIRI的分子机制提供实验依据。     

Barrett's食管组织中环氧合酶-2的表达及食管动力学测定

目的:探讨Barrett's食管(BE)食管运动功能、环氧合酶-2(COX-2)的表达及其发病机制.方法:收集62例经内镜和病理确诊的BE患者的资料,对其中21例的食管动力学检查结果进行分析;采用免疫组化SP法检测其中37例食管黏膜组织中COX-2蛋白的表达.以20例同期健康体检者和23例反流性食管炎(RE)患者作对照.结果:BE组下食管括约肌(LES)压力低于RE组及健康对照组,BE组食管远端收缩波幅较RE组及对照组降低(P均＜0.05),而食管近端收缩波幅3组间差异无统计学意义(P＞0.05).正常十二指肠上皮组织中COX-2无表达,而20/24无不典型增生BE肠化黏膜、12/13不典型增生BE肠化黏膜表达COX-2蛋白,且2者间表达差异无统计学意义(P＜0.05).结论:LES功能失调是BE主要发病机制,COX-2蛋白的表达是BE发生的早期事件.     

应用表达谱芯片研究胶质母细胞瘤相关基因的表达及功能

目的:应用基因表达谱芯片筛选研究人脑胶质母细胞瘤发生,发展中相关基因的表达及生物信息分析功能.方法:采用含13 939条基因(设置173个对照点)的BioStarH140S型表达谱芯片;用改良的"一步法"抽提2例正常脑及6例胶质母细胞瘤组织总RNA,制备杂交探针;杂交芯片后用ScanArray4000扫描芯片荧光信号,提取正常脑及胶质母细胞瘤组织差异基因;对差异基因进行生物信息分析,初步分类及Northern杂交研究.结果:按照差异显著标准,在胶质母细胞瘤中共有198条(1.42%)基因表达差异显著,其中77条(0.55%)表达上调,121条(0.87%)表达下调,55条新基因尚未在GenBank登录;生物信息分析发现肿瘤相关基因与细胞信号和传递蛋白、代谢、蛋白翻译合成、细胞骨架和运动、免疫、原癌基因和抑癌基因、细胞周期、细胞凋亡等9类基因密切相关;Northern杂交结果与表达谱芯片一致.结论:基因表达谱芯片可低成本、高通量、高效率筛选胶质瘤相关基因,并为基因群功能研究提供了方向;本研究结果有助于揭示胶质母细胞瘤分子机制,为指导肿瘤的临床诊断、治疗和预后判断提供依据.     

用基因芯片研究异丙酚麻醉大鼠丘脑基因表达谱

目的:运用基因芯片研究异丙酚麻醉大鼠丘脑基因表达谱的变化. 方法:SD大鼠12只,随机分为对照组和异丙酚组,每组6只. 对照组、异丙酚组大鼠分别腹腔注射生理盐水或100 mg/kg异丙酚. 1 h后,取丘脑,抽提RNA,以RNA为模板逆转录合成cDNA,以cDNA为模板转录生物素标记的cRNA,cRNA经提纯、片断化后与大鼠神经生物学表达芯片U34杂交;杂交后的芯片用扫描仪检测信号,收集图像,用Microarray Suite Version 5.0软件分析差异表达基因并对其作初步功能分析. 结果:1323条待测基因中,异丙酚麻醉后221条基因差异表达,上调表达80条,下调表达141条,其中差异表达超过两倍的为53条. 差异性表达的基因功能可分为离子通道、信号转导、转录因子、细胞因子等. 结论:异丙酚麻醉可诱导大鼠丘脑众多基因的差异表达,基因芯片是研究全麻机制的有效方法.     

CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理研究

目的:利用基因表达谱芯片技术筛选CDX2高表达的胃癌MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞中差异表达的基因,探讨CDX2高表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理.方法:Trizol一步法提取高表达CDX2的MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞的总RNA,并纯化mRNA,反转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,与22 k基因表达谱芯片进行杂交;采用LuxScan 3.0图像分析软件对芯片图像进行分析,把图像信号转化为数字信号,最后以差异为>2倍或<0.5倍的标准来确定差异表达基因.结果:在23 238个基因中筛选出与细胞凋亡有关的差异性表达基因15条,其中8条基因表达上调和7条基因表达下调.结论:CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡可能与这15条差异表达基因关系密切.     

大鼠自发性高血压致病相关基因的初步筛选

目的:探讨自发性高血压大鼠(SHR)和正常血压大鼠(WKY)肠系膜动脉和肾脏组织中基因表达的差异.方法:提取成年SHR和WKY的二级肠系膜动脉和肾脏总RNA,利用高通量RNA阵列技术(RNA array)检测SHR和WKY二级肠系膜动脉和肾脏组织基因表达水平不同的基因,再用RT-PCR证实部分基因表达的改变.结果:芯片筛选出38条基因,其中上调基因19条,下调基因19条.经RT-PCR验证胰岛素样生长因子结合蛋白5和原肌凝蛋白6基因上调,锌指蛋白10和硬脂酰辅酶去饱和酶1基因下调.结论:筛选出的差异基因可能是高血压的相关基因,深入研究筛选出的相关基因及其功能,将为进一步探讨高血压病相关的致病基因打下良好的基础.     

Difference of Gene Expression Profiles between Barrett’s Esophagus and Cardia Intestinal Metaplasia by Gene Chip

Theincidenceofadenocarcinomaintheesoph agusandgastroesophagealjunction(GEJ)isin creasingforthetwodecadesinNorthAmericaandEurope[1].Barrett'sesophagus(BE)isthoughttobeapremalignantconditionforesophagealadeno carcinomaandmostofadenocarcinomasatGEJ[2].Recentlythepresenceofcardiaintestinalmetapla sia(CIM)insomenormalappearingGEJhasbeendescribed[3].TherelationofthisconditiontoBEhasnotyetbeeninvestigated.Inthisexperiment,wehadperformedoura nalysisonthree4096chipsinordertoacquirethedifference…     

Difference of Gene Expression Profiles between Barrett＇s Esophagus and Cardia Intestinal Metaplasia by Gene Chip

The difference of gene expression profile changes in Barrett＇s esophagus （BE） and cardia intestinal metaplasia （CIM） epithelium was studied and the novel associated genes were screened in the early stage by cDNA microarray. The cDNA retro-transcribed from equal quantity mRNA from BE and CIM epithelial tissues were labeled with Cy3 and Cy5 fluorescence as probes. The mixed probe was hybridized with three pieces BiostarH-40s double dot human whole gene chip. The chips were scanned with a ScanArray 4000. The acquired images were analyzed using GenePix Pro 3.0 software. It was found a total of 141 genes were screened out that exhibited differentially expression more than 2 times in all three chips. It was identified that in gene expression profiles of BE, 74 genes were up-regulated and 67 down-regulated as compared with CIM. The comparison between the difference of gene expression profile changes in BE and CIM epithelia revealed that there existed the difference between BE and CIM at gene level. 141 genes with the expression more than two time were probably related to the occurrence and development of BE and the promotion or progress in adenocarcinoma.     

Barrett's食管组织中环氧合酶-2的表达及食管动力学测定

目的:探讨Barrett's食管(BE)食管运动功能、环氧合酶-2(COX-2)的表达及其发病机制。方法:收集62例经内镜和病理确诊的BE患者的资料,对其中21例的食管动力学检查结果进行分析;采用免疫组化SP法检测其中37例食管黏膜组织中COX-2蛋白的表达。以20例同期健康体检者和23例反流性食管炎(RE)患者作对照。结果:BE组下食管括约肌(LES)压力低于RE组及健康对照组,BE组食管远端收缩波幅较RE组及对照组降低(P均<0.05),而食管近端收缩波幅3组间差异无统计学意义(P>0.05)。正常十二指肠上皮组织中COX-2无表达,而20/24无不典型增生BE肠化黏膜、12/13不典型增生BE肠化黏膜表达COX-2蛋白,且2者间表达差异无统计学意义(P<0.05)。结论:LES功能失调是BE主要发病机制,COX-2蛋白的表达是BE发生的早期事件。     

反流性食管炎、Barrett食管和食管腺癌中P38的表达特点

目的:观察反流性食管炎(RE)、Barrett食管(BE)、食管腺癌(EA)中食管上皮细胞的P38表达与细胞增殖凋亡的变化特点.方法:胃镜下取食管黏膜活检,免疫组化法和免疫印迹法测定RE组、BE组、EA组及正常对照组的P38和Ki-67的蛋白表达,TUNEL法测定细胞凋亡.结果:免疫组化法测定正常对照组、RE组、BE组、EA组的Ki-67表达率分别为10％、55％、60％、83.3％.TUNEL法测定正常对照组、RE组、BE组、EA组的细胞凋亡指数分别为(1.51±1.06)％、(8.12±1.55)％、(7.25±1.87)％、(3.63±1.70)％.免疫印迹法测定RE组、BE组的磷酸化P38蛋白吸光度比值分别为0.09±0.03、0.11±0.04,EA组和正常对照组无磷酸化P38蛋白表达.结论:与食管腺癌组相比,反流性食管炎、Barrett食管的细胞增殖率下降,细胞凋亡指数增加,伴随着磷酸化P38蛋白的表达增加,提示P38信号通路可能参与了反流性食管炎、Barrett食管发病过程中细胞增殖凋亡的调控.     

胃食管反流病患者食管黏膜Ki-67及Caspase-3的表达

目的 探讨胃食管反流病(gastroesophageal reflux disease,GERD)患者食管黏膜组织中Ki-67、Caspase-3的表达及意义.方法 收集非糜烂性食管炎(non-erosive esophageal reflux disease,NERD)患者、反流性食管炎(reflux esophagitis,RE)患者、Barrett食管患者食管黏膜各20例,正常食管黏膜组织15例作为对照,分别对食管黏膜组织进行常规病理检查、免疫组化及western-blot分析Ki-67、Caspase-3的表达.结果 GERD的各组中均存在食管黏膜组织的明显增生.NERD组、RE组、BE组的食管黏膜Ki-67阳性表达率明显高于正常对照组(分别是80％、85％、95％及6.7％,P＜0.05);在NERD组、RE组、BE组,食管黏膜Caspase-3阳性表达率分别是95％、90％和75％,仅BE组与正常对照组100％比较,差异有统计学意义(P＜0.05).结论 食管黏膜组织中的ki-67、Caspase-3的表达,在一定程度上反映了食管黏膜鳞状上皮细胞的增殖程度,与食管黏膜的组织抵抗力的改变有关,Ki-67和Caspase-3可能同时共同参与了食管癌的发生.     

伴有高血压的糖尿病大鼠大血管病变SMC增殖早期基因表达谱的研究

目的:建立糖尿病大血管病变平滑肌细胞(SMC)增殖早期基因表达谱.方法:以自发性高血压大鼠(SHR)为对照,以STZ诱导SHR构建伴有高血压的糖尿病大鼠模型为实验组,分别在1周、2周、4周时抽提胸主动脉中膜的总RNA,获得两组cDNA的探针,与含有4 096条大鼠全长基因的cDNA表达谱芯片杂交,扫描芯片荧光信号图像,对差异表达基因数据进行生物信息学分析.结果:1周时有差异表达的基因321条,160条基因表达下降(ratio<0.5),161条基因表达上升(ratio>2).2周、4周时上述数据分别为414、238、176和403、202、201.分级聚类分析归为8类,3期全部高表达已知基因13条,其中4条持续升高的基因(CD74、Irf1、GAP43、CD36)都与细胞增殖有关.CYP2E1基因的表达大幅上调(ratio 1 w=34.54; ratio 2 w=24.82; ratio 4 w=33.57).结论:糖尿病大血管病变SMC增殖是多基因综合改变的结果,细胞增殖相关基因高表达是主要病理基础,CYP2E1基因可能是糖尿病大血管病变SMC增殖较重要或关键的基因.     

基因芯片研究针刺人迎穴对SHR主动脉弓基因表达的影响

目的应用基因芯片观察针刺人迎穴对SHR主动脉弓基因表达的影响。方法将20只SHR大鼠随机分为模型组、人迎组,10只WKY大鼠作为空白组。人迎组大鼠双侧人迎穴进行针刺干预,并记录各组大鼠收缩压变化。4周后剪取大鼠主动脉弓,进行基因芯片检测。结果与模型组比较,人迎组大鼠收缩压显著降低(P0.05)。模型组与空白组相比,452个基因表达上调,245个基因表达下调;人迎组和模型组相比,261个基因表达上调,986个基因表达下调。KEGG通路分析显示在模型组VS空白组、人迎组VS模型组分别发现了12条、10条显著表达(P0.05)的差异通路。结论针刺人迎穴降压机制可能与调控高血压血管重构的细胞外基质受体相互作用通路及通路中的相关基因表达有关。     

Barrett食管血浆内皮素及降钙素基因相关肽的水平

目的:观察Barrett食管(BE)血浆内皮素(ET)及降钙素基因相关肽(CGRP)水平.方法:对确诊为BE 38例患者,26例反流性食管炎(RE)及健康检查者18例,用放射免疫法测定空腹静脉血中ET和CGRP含量.结果:BE患者血浆ET水平明显高于RE及健康检查者(P＜0.05,P＜0.01),RE ET水平明显高于健康检查者(P＜0.05);CGRP水平明显低于RE及健康检查者(P＜0.05,P＜0.01),RE CGRP水平明显低于健康检查者(P＜0.05).结论:BE患者血浆中ET和CGRP含量有显著变化,ET和CGRP可能参与BE的病理生理过程,其含量的变化可能与疾病的发展有关.