HIV-1 pol抗原HLA-A＊0201限制性低亲和性CTL表位预测及改造分析

目的:初步筛选HIV-1 pol抗原的HLA-A*0201 限制性低亲和性CTL表位,预测并初步鉴定修饰后的表位与HLA-A*0201之间亲和性的变化.方法:采用超基序、蛋白酶解、HLA结合力等预测相结合的办法筛选HLA-A*0201限制性低亲和性CTL表位,通过氨基酸置换适当修饰,并以T2细胞检测HLA-A*0201分子与肽的亲和力和稳定性来评价修饰后表位.结果:筛选出的低亲和性CTL候选表位,经修饰后与HLA-A*0201 之间的亲和性均有不同程度的提高.其中,YVSLSFPQI (pol52-60Y1),YVSQIIEQL(pol673-681Y1),YIQKETWEA(pol548-556Y1)HLA-A*0201呈高亲和力结合,同时肽-HLA-A*0201复合物半数解离时间(Dissociation Complex50,DC50)均大于8 h.结论:预测的pol抗原表位经过修饰可能会成为潜在的HLA-A*0201限制性表位.     

慢性白血病抗原CML28 HLA-A*0201限制性CTL表位预测

目的鉴定慢性白血病肿瘤抗原CML28的HIA-A*0201限制性CTL表位。方法 采用超基序和量化基序结合的方法初步预测CM128的HLA-A*0201限制性CTL表位；利用T2细胞亲合力实验初步验证预测结果。结果 在预测的4个候选CTL表位中，ALVDAGVPM和ALDSDGTLV有较高的亲和力，ALFCGVACA和SLLACCLNA仅有低度亲和力。结论ALVDAGVPM与ALDSDGTLV最有可能是慢性白血病肿瘤抗原CML28的HLA-A*0201限制性CTL表位。     

骨髓瘤抗原Sp17 HLA-A*0201限制性CTL表位预测及初步鉴定

目的鉴定骨髓瘤抗原Sp17的HLA-A＊0201限制性CTL表位。方法采用超基序和量化基序法预测Sp17的HLA-A＊0201限制性CTL表位；用T2细胞亲和力实验和稳定性实验对该表位进行初步鉴定。结果超基序和量化基序法预测得出Sp17抗原的4个CTL表位（LLEGLTREI（19-27）、ILREQPDNI（27-35）、SLLEKREKT（45-53）、KEKEEVAAV（111-119）），亲和力实验结果表明LLEGLTREI（19-27）、ILREQPDNI（27-35）、SLLEKREKT（45-53）有较高亲和力，而KEKEEVAAV（111-119）肽亲和力较低；稳定性实验表明ILREQPDNI（27-35）、SLLEKREKT（45-53）与HLA-A＊0201分子结合稳定性较好。结论ILREQPDNI（27-35）、SLLEKREKT（45-53）有可能是骨髓瘤抗原Sa17 HLA-A＊0201限制件CTL表位。     

基于SCORE函数估算HLA-A*0201限制性CTL表位亲和性

目的 建立HLA-A*0201限制性CTL表位亲和性的定量预测方法。方法基于SCORE打分函数,运用定量构效关系的理论和方法研究了HLA-A*0201限制性CTL表位九肽结构与亲和性间的定量关系,并建立了SCORE得分与亲和性的定量关系模型,并用外部样本(5个HLA-A*0201限制性CTL表位九肽)作为预测集用于检验模型的预测能力。结果基于SCORE打分函数建立的定量模型具有较好的相关性(r=0．9165,RMS=0．38)和对外部样本的预测能力(rpred=0.9847,RMS=0.135)。结论基于SCORE打分函数,运用定量构效关系研究的理论和方法建立了HLA-A*0201限制性CTL表位亲和性的定量预测方法,为实验鉴定高亲和性HLA-A*0201限制性CTL表位提供了理论依据。     

SARS冠状病毒M蛋白HLA-A*0201限制性CTL表位的预测

目的 预测SAR冠状病霉M蛋白的HLA-A*0201限制性CTL表位。方法 联合应用简单基序法和延展基序法。结果 预的测出4个九肽CTL表位。结论通过对SARS冠状病毒M蛋白抗原CTL表位进行预测，从而为SARS冠状病毒M蛋白CTL表位的实验探测和鉴定提供了线索，为认识CTL介导的细胞免疫机制以及基于CTL表位的疫苗研制提供了基础资料。     

SARS冠状病毒N蛋白HLA-A*0201限制性CTL表位的预测

目的 预测SARS冠状病毒N蛋白的HLA—A^*0201限制性CTL表位。方法 用人工神经网络和量化矩阵相结合的方法预测出HLA—A^*0201结合肽，再用蛋白酶体矩阵法从中筛选出CTL表位。结果 预测出了6个九肽CTL表位。结论 通过对SARS冠状病毒N蛋白抗原CTL表位进行预测，从而为SARS冠状病毒N蛋白之CTL表位的实验探测和鉴定提供了线索，为认识SARS冠状病毒的免疫保护和免疫病理机制及疫苗的研制提供了基础资料。     

抗原NY-BR-1的HLA-A2限制性CTL表位的初步鉴定

目的：鉴定乳腺癌分化肿瘤抗原NY-BR-1的HLA-A2限制性CTL表位。方法：采用量化基序法初步预测NYBR-1的HLA-A2限制性CTL表位；分子动力学方法进一步筛选量化基序法中评分最高的3个表位肽；HLA-A2亲合力鉴定预测的结果。结果：分子动力学和HLA-A2亲合力实验均证明，在量化基序法预测的3个候选CTL表位中，NY-BR-11043-1051与HLA-A2亲合力最佳。结论：NY-BR-11043-1051可能为乳腺癌分化抗原NY-BR-1的HLA-A2限制性CTL表位。     

CT抗原KM-HN-1 HLA-A * 0201限制性表位预测及其与HLA-A * 0201结合强度分析

目的通过对CT抗原（cancer-testis antigen）KM-HN-1进行HLA-A＊0201限制性表位预测,并对候选表位肽与HLA-A＊0201分子结合亲和力及复合物稳定性进行分析,为探索基于KM-HN-1的免疫治疗奠定基础。方法利用基于蛋白酶体剪切位点特异性的算法PAProc及基于肽MHC-I结合的算法BIMAS和SYFPEITHI对KM-HN-1进行HLA-A＊0201限制性表位预测．合成KM-HN-1相关候选表位肽KM-HN-I321-329（KLLPFRETV）,KM-HN-I303-211,（FLPTAPPNV）,KM-HN-I629-637。（TLLQIIETV）,KM-HN-I87-95（ILNKSIIEV）,KM-HN-I538-596。（QMMEALDQL）及阳性对照肽HBVcAg18-27（FLPSDFFPSV）;对这些合成肽与HIA-A＊0201分子结合亲和力及其复合物稳定性根据文献报道的方法进行分析。结果KM-HN-I321-329（KLLPERETV）结合亲和力最低,KM-HN—I203-211（FLPTAPPNV）结合亲和力最高,其余3条肽结合亲和力介于2者之间;稳定性实验（DC50）结果显示：KM-HN-I538—546（QMMEALDQL）DC50小于2h,KM—HN-I321-329（KLLPERETV）的DC50介于2～4h之间,KM-HN-I87-95。（ILNKSIIEV）的DC50介于6～8h之间,KM-HN-I233-211（HLPTAPPNV）及KM-HN-I629—633（TLLQIIETV）的DC50均大于8h。结论基于蛋白酶体剪切位点特异性的算法及基于肽MHC-I结合的算法对KM-HN-1进行HLA-A＊0201限制性表位预测,结合候选表位肽与HLA-A＊0201分子结合的亲和力与复合物稳定性实验分析,为该抗原HLA-A＊0201限制性表位的鉴定奠定了基础。     

肿瘤抗原MAGE-3 HLA-A2限制性CTL表位的预测

目的 预测肿瘤抗原ＭＡＧＥ－３的ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位。方法 以肿瘤特异性抗原ＭＡＧＥ－３为研究目标,采用基序方案和二级锚点相结合的ＣＴＬ表位预测方法。结果 预测出了ＭＡＧＥ－３的６个ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位。结论：所预测出的６个ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位经后续实验筛选、鉴定后,可用于基于ＭＡＧＥ－３的肿瘤治疗性多肽疫苗的设计研究。     

Hela细胞Survivin克隆及HLA-A2限制性CTL表位预测研究

目的：从Hela细胞中克隆凋亡抑制因子Survivin的编码序列,进行测序,并由此预测其HLA-A＊0201限制性CTL表位。方法：设计人Survivin基因序列特异引物,通过RT-PCR扩增Survivin编码序列,构建至pGEM-T载体后,测序分析,并对其进行了HLA-A＊0201限制性CTL表位抗原表位相关预测。结果：从Hela细胞中克隆得到的Survivin和Survivin-ΔEx3两种剪接体,其中Survivin-ΔEx3发生1个同义突变和三个错义突变,预测其抗原表位抗原性发生了变化。结论：寻找抗原性强、结合力高的表位,对于今后抗肿瘤多肽疫苗的研究具有重要的意义。     

HPV16E7抗原HLA-A2限制性CTL表位预测及其合成

目的：预测、合成、纯化及鉴定人乳头瘤病毒E7抗原的HLA－A2限制性细胞毒性T淋巴细胞表位，为表位抗原特异性鉴定和临床研究提供靶肽。方法：采用超模体、多项式和量化模体方案相结合的方法，对靶抗原HPV16E7的HLA－A2限制性细胞毒性T淋巴细胞（Cytotoxic T lymphocyte,CTL)表位进行预测，并运用固相合成法合成多肽，经RP－HPLC纯化及纯度分析，用质谱进行定性鉴定。结果：分别预测出了16个、10个和3个九肽表位，确定其中5个九肽为候选合成表位，各合成肽的纯度都在95％以上。经质谱分析，各肽的分子量测定值与理论值相符。结论：超模体、多项式和量化模体方案联合应用可提高预测效率，避免了在研究E7抗原表位时盲目合成多肽；所合成的多肽为高纯度靶肽，可用于后续实验研究。     

Identification of HLA-A*3101-restricted cytotoxic T-lymphocyte response to human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) in patients with chronic HIV-1 infection

Virus-specific cytotoxic T-lymphocyte (CTL) responses are critical in the control of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) infections. As several HIV-1 CTL epitopes restricted to many HLA types are already known, we aimed at identifying the CTL epitopes restricted by HLA-A*3101 in an effort to expand the epitope repertoire available for the development of potential T cell-mediated therapeutic measures and protective vaccines. Scanning of HIV-1 clade B SF2 strain proteins for the presence of peptides containing HLA-A*3101-binding motifs revealed 88 nine- to 11-mer peptides that had been synthesized and assayed for binding to HLA-A*3101 molecules. Peptides with medium to high HLA-binding affinity were tested for their ability to stimulate a CTL response in the peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from selected HIV-1-infected patients. Two of these binding peptides, Env769-779 (RLRDLLLIAAR) and Nef192-200 (KLAFHHMAR), induced peptide-specific CTLs in PBMCs from at least two of five HIV-1-seropositive individuals. CTL clones specific for the two peptides killed HLA-A*3101-expressing target cells infected with HIV-1 recombinant vaccinia virus, indicating that these peptides were naturally processed HLA-A*3101-restricted CTL epitopes. Identification of T-cell epitopes on HIV-1 proteins will increase our understanding of the role of CD8+ T cells in HIV-1 infections and assist in the design of new protective strategies.     

尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白HLA-A2.1限制性CTL表位的预测、筛选及鉴定

目的预测、筛选及合成尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白HLA-A2.1限制性细胞毒性T淋巴细胞(Cytotoxic T Lymphocyte,CTL)表位,初步鉴定EWS-FLI1表位肽。方法综合运用BIMAS、SYFPEITHI、Predep和IEDB方案对EWS-FLI1蛋白进行HLA-A~*0201限制性CTL表位的预测,应用多项式方案、量化基序方案对预测的CTL表位进行筛选,并将筛选的CTL表位与HLA-A~*0201分子进行动力学模拟,应用标准Fmoc方案合成CTL表位肽;通过表位多肽刺激CTL释放颗粒溶素的检测,以及靶细胞杀伤实验验证表位多肽的免疫效应。结果综合预测得出了8个可能的表位肽,进一步筛选确定其中4个肽为候选合成表位,应用分子动力模拟初步验证了4个候选表位肽与HLA-A2.1分子的结合力,合成的各条肽经色谱分析纯度均在98%以上,经质谱分析各肽的分子量测定值与理论值相符,颗粒溶素释放实验及靶细胞杀伤实验证实了筛选的表位均能产生刺激效应,其中,表位肽QIQLWQFLL(EWS-FLI1 304)的刺激效应最为显著。结论综合运用多个方案可提高预测效率,分子动力学模拟可初步验证表位肽与HLA-A~*0201的结合力,所合成的多肽为高纯度肽,通过免疫学实验初步鉴定了EWS-FLI1的表位。     

Characterization of Gag and Nef-specific ELISpot-based CTL responses in HIV-1 infected Indian individuals

Cytotoxic T lymphocyte (CTL) responses to Gag have been most frequently linked to control of viremia whereas CTL responses to Nef have direct relationship with viral load. IFN-γ ELISpot assay was used to screen CTL responses at single peptide level directed at HIV-1 subtype C Gag and Nef proteins in 30 antiretroviral therapy naive HIV-1 infected Indian individuals. PBMCs from 73.3% and 90% of the study population showed response to Gag and Nef antigens, respectively. The magnitude of Gag-specific CTL responses was inversely correlated with plasma viral load (r = −0.45, P = 0.001), whereas magnitude of Nef-specific responses was directly correlated (r = 0.115). Thirteen immunodominant regions (6 in Gag, 7 in Nef) were identified in the current study. The identification of Gag and Nef-specific responses across HIV-1 infected Indian population and targeting epitopes from multiple immunodominant regions may provide useful insight into the designing of new immunotherapy and vaccines.