河北省鼠携带汉坦病毒G2片段基因分型及序列特征分析

目的 了解河北省肾综合征出血热(HFRS)疫源地宿主动物所携带汉坦病毒的基因型和基因亚型.方法 根据76-118株和R22株的保守序列设计型特异性引物,用RT-nested PCR从IFA筛选的阳性鼠肺中扩增部分M片段,经琼脂糖凝胶电泳进行基因分型,并从中选取部分扩增产物纯化回收后进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件包进行基因分析.结果 32份经IFA筛选阳性的鼠肺标本经RT-nested PCR扩增出418bp特异性目的 片段,均为SEO型.10份扩增产物测序结果 表明G2片段变异不大,同源性高达98.0%～100%,与R22株和76-118株的同源性分别为93.3%～94.3%和67.7%～69.0%.结论 依据G2片段,河北省HFRS疫源地汉坦病毒基因型以SEO型病毒为主,主要为S3亚型,同亚型病毒基因高度同源,遗传物质相对稳定.不同鼠种可携带同亚型汉坦病毒.     

汉坦病毒浙江分离株ZT71株的全基因核苷酸序列测定及分析

目的 为了获得浙江省汉坦病毒基因组更为详尽的资料,研究汉坦病毒的进化状况及变异程度,为疫苗病毒株的选择使用提供科学依据.方法 设计特异性引物,RT-PCR分段扩增ZT71株全长L、M和S片段,PCR产物纯化后克隆于T载体并进行序列测定.然后进行遗传进化分析.结果 汉坦病毒ZT71株L、M及S基因分别由6530、3651和1753个核苷酸组成,分别编码2151、1133和429个氨基酸.基因比较分析表明,ZT71株与SEO型汉坦病毒比较其L片段核苷酸同源性为95.5%～99.7%,氨基酸同源性为99.0%～99.3%;M片段核苷酸同源性为84.1%～99.6%,氨基酸同源性为95.3%～99.2%;S片段核苷酸同源性为88.7%～99.5%,氨基酸同源性为96.5%～99.1%;而与其他汉坦病毒同源性则较低.结论 测定了ZT71株的全基因核苷酸序列,其L、M和S片段具有和其他汉坦病毒L、M、S片段相似的核苷酸一级结构,但与SEO型更为接近,属于SEO型病毒.     

河北省鼠携带汉坦病毒G2片段基因分型及序列特征分析

目的 了解河北省肾综合征出血热(HFRS)疫源地宿主动物所携带汉坦病毒的基因型和基因亚型.方法 根据76-118株和R22株的保守序列设计型特异性引物,用RT-nested PCR从IFA筛选的阳性鼠肺中扩增部分M片段,经琼脂糖凝胶电泳进行基因分型,并从中选取部分扩增产物纯化回收后进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件包进行基因分析.结果 32份经IFA筛选阳性的鼠肺标本经RT-nested PCR扩增出418bp特异性目的 片段,均为SEO型.10份扩增产物测序结果 表明G2片段变异不大,同源性高达98.0%～100%,与R22株和76-118株的同源性分别为93.3%～94.3%和67.7%～69.0%.结论 依据G2片段,河北省HFRS疫源地汉坦病毒基因型以SEO型病毒为主,主要为S3亚型,同亚型病毒基因高度同源,遗传物质相对稳定.不同鼠种可携带同亚型汉坦病毒.     

河北省鼠携带汉坦病毒G2片段基因分型及序列特征分析

目的 了解河北省肾综合征出血热(HFRS)疫源地宿主动物所携带汉坦病毒的基因型和基因亚型.方法 根据76-118株和R22株的保守序列设计型特异性引物,用RT-nested PCR从IFA筛选的阳性鼠肺中扩增部分M片段,经琼脂糖凝胶电泳进行基因分型,并从中选取部分扩增产物纯化回收后进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件包进行基因分析.结果 32份经IFA筛选阳性的鼠肺标本经RT-nested PCR扩增出418bp特异性目的 片段,均为SEO型.10份扩增产物测序结果 表明G2片段变异不大,同源性高达98.0%～100%,与R22株和76-118株的同源性分别为93.3%～94.3%和67.7%～69.0%.结论 依据G2片段,河北省HFRS疫源地汉坦病毒基因型以SEO型病毒为主,主要为S3亚型,同亚型病毒基因高度同源,遗传物质相对稳定.不同鼠种可携带同亚型汉坦病毒.     

河北省鼠携带汉坦病毒G2片段基因分型及序列特征分析

目的 了解河北省肾综合征出血热(HFRS)疫源地宿主动物所携带汉坦病毒的基因型和基因亚型.方法 根据76-118株和R22株的保守序列设计型特异性引物,用RT-nested PCR从IFA筛选的阳性鼠肺中扩增部分M片段,经琼脂糖凝胶电泳进行基因分型,并从中选取部分扩增产物纯化回收后进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件包进行基因分析.结果 32份经IFA筛选阳性的鼠肺标本经RT-nested PCR扩增出418bp特异性目的 片段,均为SEO型.10份扩增产物测序结果 表明G2片段变异不大,同源性高达98.0%～100%,与R22株和76-118株的同源性分别为93.3%～94.3%和67.7%～69.0%.结论 依据G2片段,河北省HFRS疫源地汉坦病毒基因型以SEO型病毒为主,主要为S3亚型,同亚型病毒基因高度同源,遗传物质相对稳定.不同鼠种可携带同亚型汉坦病毒.     

河北省鼠携带汉坦病毒G2片段基因分型及序列特征分析

目的 了解河北省肾综合征出血热(HFRS)疫源地宿主动物所携带汉坦病毒的基因型和基因亚型.方法 根据76-118株和R22株的保守序列设计型特异性引物,用RT-nested PCR从IFA筛选的阳性鼠肺中扩增部分M片段,经琼脂糖凝胶电泳进行基因分型,并从中选取部分扩增产物纯化回收后进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件包进行基因分析.结果 32份经IFA筛选阳性的鼠肺标本经RT-nested PCR扩增出418bp特异性目的 片段,均为SEO型.10份扩增产物测序结果 表明G2片段变异不大,同源性高达98.0%～100%,与R22株和76-118株的同源性分别为93.3%～94.3%和67.7%～69.0%.结论 依据G2片段,河北省HFRS疫源地汉坦病毒基因型以SEO型病毒为主,主要为S3亚型,同亚型病毒基因高度同源,遗传物质相对稳定.不同鼠种可携带同亚型汉坦病毒.     

河北省鼠携带汉坦病毒G2片段基因分型及序列特征分析

目的 了解河北省肾综合征出血热(HFRS)疫源地宿主动物所携带汉坦病毒的基因型和基因亚型.方法 根据76-118株和R22株的保守序列设计型特异性引物,用RT-nested PCR从IFA筛选的阳性鼠肺中扩增部分M片段,经琼脂糖凝胶电泳进行基因分型,并从中选取部分扩增产物纯化回收后进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件包进行基因分析.结果 32份经IFA筛选阳性的鼠肺标本经RT-nested PCR扩增出418bp特异性目的 片段,均为SEO型.10份扩增产物测序结果 表明G2片段变异不大,同源性高达98.0%～100%,与R22株和76-118株的同源性分别为93.3%～94.3%和67.7%～69.0%.结论 依据G2片段,河北省HFRS疫源地汉坦病毒基因型以SEO型病毒为主,主要为S3亚型,同亚型病毒基因高度同源,遗传物质相对稳定.不同鼠种可携带同亚型汉坦病毒.     

河北省鼠携带汉坦病毒G2片段基因分型及序列特征分析

目的 了解河北省肾综合征出血热(HFRS)疫源地宿主动物所携带汉坦病毒的基因型和基因亚型.方法 根据76-118株和R22株的保守序列设计型特异性引物,用RT-nested PCR从IFA筛选的阳性鼠肺中扩增部分M片段,经琼脂糖凝胶电泳进行基因分型,并从中选取部分扩增产物纯化回收后进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件包进行基因分析.结果 32份经IFA筛选阳性的鼠肺标本经RT-nested PCR扩增出418bp特异性目的 片段,均为SEO型.10份扩增产物测序结果 表明G2片段变异不大,同源性高达98.0%～100%,与R22株和76-118株的同源性分别为93.3%～94.3%和67.7%～69.0%.结论 依据G2片段,河北省HFRS疫源地汉坦病毒基因型以SEO型病毒为主,主要为S3亚型,同亚型病毒基因高度同源,遗传物质相对稳定.不同鼠种可携带同亚型汉坦病毒.     

河北省鼠携带汉坦病毒G2片段基因分型及序列特征分析

目的 了解河北省肾综合征出血热(HFRS)疫源地宿主动物所携带汉坦病毒的基因型和基因亚型.方法 根据76-118株和R22株的保守序列设计型特异性引物,用RT-nested PCR从IFA筛选的阳性鼠肺中扩增部分M片段,经琼脂糖凝胶电泳进行基因分型,并从中选取部分扩增产物纯化回收后进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件包进行基因分析.结果 32份经IFA筛选阳性的鼠肺标本经RT-nested PCR扩增出418bp特异性目的 片段,均为SEO型.10份扩增产物测序结果 表明G2片段变异不大,同源性高达98.0%～100%,与R22株和76-118株的同源性分别为93.3%～94.3%和67.7%～69.0%.结论 依据G2片段,河北省HFRS疫源地汉坦病毒基因型以SEO型病毒为主,主要为S3亚型,同亚型病毒基因高度同源,遗传物质相对稳定.不同鼠种可携带同亚型汉坦病毒.     

河北省鼠携带汉坦病毒G2片段基因分型及序列特征分析

目的 了解河北省肾综合征出血热(HFRS)疫源地宿主动物所携带汉坦病毒的基因型和基因亚型.方法 根据76-118株和R22株的保守序列设计型特异性引物,用RT-nested PCR从IFA筛选的阳性鼠肺中扩增部分M片段,经琼脂糖凝胶电泳进行基因分型,并从中选取部分扩增产物纯化回收后进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件包进行基因分析.结果 32份经IFA筛选阳性的鼠肺标本经RT-nested PCR扩增出418bp特异性目的 片段,均为SEO型.10份扩增产物测序结果 表明G2片段变异不大,同源性高达98.0%～100%,与R22株和76-118株的同源性分别为93.3%～94.3%和67.7%～69.0%.结论 依据G2片段,河北省HFRS疫源地汉坦病毒基因型以SEO型病毒为主,主要为S3亚型,同亚型病毒基因高度同源,遗传物质相对稳定.不同鼠种可携带同亚型汉坦病毒.     

汉坦病毒ZJ5株M和S全片段的分子特性及序列的比较分析

目的 对浙江新分离的汉坦病毒疫苗后备筛选毒株ZJ5株的M和S全片段进行基因序列测定与基因分型,了解该毒株分子基础,并分析与其他病毒株以及20年前浙江分离的汉坦病毒ZIO、Z37疫苗株的差异.方法 提取汉坦病毒Z15株感染细胞总RNA,进行逆转录PCR扩增,产物纯化后克隆于T载体并测定序列.结果 扩增出ZJ5病毒M和S全片段并测定了序列,经对核苷酸和氨基酸序列分析表明,与汉城型(SEO)病毒有最高的同源性,为SEOV,但与国内外已知的SEOV核苷酸差异高达11.7%～19.2%和6.7%～14.5%;用M和S片段核苷酸序列所构建的系统进化树显示,病毒株分在SEOV发生群,与SEOV的Gou3株亲缘关系最近,但独自构成一进化支.结论 ZJ5株为一不同于现已报道的SEO型毒株的新亚型.     

风疹病毒JR23株E1包膜糖蛋白的基因克隆与序列分析

目的：建立风疹病毒包膜糖蛋白E1的克隆载体，研究E1基因变异情况，并对其序列进行系统发生树分析。方法：利用RT－PCR方法扩增并回收风疹病毒JR23株的包膜糖蛋白E1的基因片段，将其与PMD－18T载体连接，经氨苄青霉素筛选，酶切鉴定，以获得风疹病毒E1蛋白基因的克隆，将此基因测序后，利用DNASTAR和WINSTAR软件包绘制系统发生树进行序列之间的比较分析。结果：筛选出含有风疹病毒E1蛋白基因的克隆，序列分析及发生树的绘制表明：JR23株与日本TCRB株及英国THOMAS株差别最小，分别为0．9％和1．2％，与北京BRD2株及香港XG379株差别最大，分别为7．6％和7．3％，与其它各株的差别均小于3％（除NC株为3．7％外），系统发生也与THO－MAS株、TCRB株最近，与BRD2株最远。结论：克隆载体的建立为进一步研究E1基因与糖蛋白功能的关系提供基础。系统发生表明中国不同地区风疹流行株基因序列存在明显差异，这对风疹病毒遗传与变异，分子流行病学研究，以及制备有效的亚单位疫苗提供了资料。     

辽宁地区汉坦病毒分离株的基因分型

目的　分离辽宁地区汉坦病毒并对分离株 (SY 13)进行基因分型 ,以查清辽宁地区汉坦病毒流行株的基因型和基因亚型。方法　采用组织细胞培养法分离汉坦病毒 ;用RT PCR法分别扩增SY 13的M片段G1、G2区和S片段 ;采用邻位相连法 ,通过DNAStar、Clustalx、Phylip等序列分析软件分别对 3个基因片段的序列与从GenBank下载的序列进行同源性分析 ,并构建种系发生树。结果　通过对 3个基因片段进行比较分析 ,SY 13与HTN型同源性较高 ,为 79.3%～ 97.0 % ;通过M片段G2区的比较分析 ,SY 13与BAO 10、BAO 14、JIANG 13、BAO 9、Q 33处于同一分支 ,同源性为 95.0 %～97.0 %。结论　辽宁地区汉坦病毒SY 13株与黑龙江地区分离株属同一亚型 ,为HTN型病毒中的H4亚型     

深圳市肾综合征出血热患者汉坦病毒基因特征研究

目的 研究深圳市引起肾综合征出血热(HFRS)的汉坦病毒主要型别及分子特征,为该市汉坦病毒的防制提供依据.方法 收集各医院送检HFRS患者急性期血清标本,提取血清中病毒RNA作为模板,采用逆转录-套式PCR扩增汉坦病毒基因组M片段G2区基因并进行序列测定,对汉坦病毒进行基因分型和同源性分析.结果 深圳市HFRS病例男性多于女性,患者发病年龄主要集中在20-60岁,其中20-49岁病例数最多,共发病242例,占发病总数的85.82％.从282例标本中用HTN型特异性引物扩增阳性4例,占1.42％;用SEO型特异性引物扩增阳性50例,占17.73％;总阳性率为19.15％.序列比较分析发现,深圳地区流行的SEO型汉坦病毒核苷酸序列的差异相对较小,其基因的离散度为0％-4.9％.从种系发生树看这些病毒分布在一个分支上,均为S2亚型.HTN型汉坦病毒的变异率较高,其基因的离散度为6.7％-21.0％,二例为H7亚型,二例为H9亚型,均为深圳市首次报道.结论 不同年份引起深圳地区HFRS的汉坦病毒仍以SEO型为主,且病毒变异较小,稳定性较高.首次发现HTN型病例存在.结合流行病学调查资料,证实HTN病例均为输入性病例.     

河北省人感染汉坦病毒G2片段基因分型及序列特征分析

目的 了解河北省人感染汉坦病毒的基因型和基因亚型.方法 根据76～118株和R22株的C2编码区设计型特异性引物,利用RT-nested PCR技术对采集的HFRS患者中汉坦病毒抗体阳性的血清标本进行检测及基因分型,从中选取部分标本的扩增产物纯化回收后进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件包进行基因分析.结果 69份阳性血清标本经RT-nested PCR检测17份阳性,检出率为24.64%,其中≤7 d的标本检出率为34.29%,8～14 d的检出率为19.23%,≥14 d的未能检出.17份阳性标本均为SEO型.对其中9份扩增产物的G2区测序后表明,9份血清标本的同源性为92.0%～100.0%,其中HeB7与其他8份标本的同源性为92.0%～95.0%,属不同亚型,与R22的同源性为97.7%,同属于S1亚型;除HeB7外其余8份标本同源性高达95.7%～100%,同属于S3亚型.9份标本与76～118株的同源性仅为70.3%～72.7%.结论 河北省人感染汉坦病毒以SEO型为主,亚型以S3为主,也存在S1亚型.在一定范围内,同型汉坦病毒基因相对保守,具有区域稳定性特征.     

Sequencing, phylogenetic analysis, and potential recombination events of infectious bronchitis viruses isolated in Korea

The S2 glycoprotein and membrane (M) protein genes and S1 glycoprotein and nucleocapsid (N) genes of 11 Korean infectious bronchitis virus (IBV) isolates were amplified by RT-PCR, cloned, and sequenced. The resultant nucleotide sequences were compared with the published sequences for non-Korean IBV strains. Korean IBV isolates formed two independent subclusters within the phylogenetic tree based on S2 glycoprotein gene sequences. However, four and two different clusters were formed in the phylogenetic tree based on S1 glycoprotein and M gene sequences, respectively. In particular, Korean IBV K446-01 and K203-02 strains appeared to be the result of recombination between an indigenous Korean IBV strains and a vaccine strain (Massachusetts serotype) currently used in Korea. The recent IBV isolate, K026-10, formed a new subgroup that was closely related to traditional Korean IBV group in a phylogenetic tree based on the S1 and S2 genes, but it was grouped into the traditional Korean IBV cluster in a phylogenetic tree based on the M and N genes. Our data show that field IBVs in Korea are continuing to evolve and that vaccine strains might actually play a critical role in the appearance of new IBV strains via recombination in the field.     

深圳市HFRS疫源地鼠携带汉坦病毒与人感染汉坦病毒的基因特征对应性研究

目的 了解深圳市肾综合征出血热(HFRS)疫源地鼠携带汉坦病毒与人感染汉坦病毒二者的病原学特征及联系,为HFRS的防控提供科学依据.方法 收集疑似HFRS病人急性期血清标本,并在相同区域开展笼日法捕鼠,无菌取鼠肺.分别采用ELISA和直接免疫荧光法筛选阳性标本,选择代表性血清标本以及鼠肺标本进行逆转录-套式聚合酶链反应(RT-nested PCR)扩增部分M和S片段及核苷酸序列测定,与国内外的汉坦病毒毒株一起进行同源性比对和系统进化树分析.结果 472份鼠肺经直接免疫荧光检测共获得阳性鼠肺47份,带毒率为9.96%.对60份IgM抗体阳性的血液标本进行RT-nested PCR扩增,检出12份阳性,阳性率为20%.从代表性的8份鼠肺和8份病人血清中提取的标本二者之间M片段核苷酸序列的同源性高达95%以上,S片段之间的同源性高达96.5%以上.其推导的氨基酸序列同源性分别为98.0%～100%、98.4%～100%.深圳市HFRS疫源地鼠携带的汉坦病毒和人感染汉坦病毒均为汉城型S2亚型.结论 深圳市流行的汉坦病毒为SEO型S2亚型.无论是同一地区的鼠和人之间,还是不同地区的鼠和人之间,汉坦病毒都是具有较高的同源性.     

风疹病毒分子流行病学研究

目的 阐述风疹病毒(RV)的遗传变异规律及分子流行病学特点。方法 利用RT-PCR扩增RVE1基因，然后测序，并用DNA STAR软件包绘制系统发生树，以分析RV的分子流行病学特点。结果 测得RV JR23株E1基因的序列，与GenBank中包括3株中国株在内的不同时间、地点分离的30株病毒株一起绘制了系统发生树，比较了各株可产生HI抗体和中和抗体区的氨基酸变异情况。(1)总体上RV的核酸、氨基酸序列高度保守。中国的4株分离株遗传性质差别相对较大，其中379株和BRD株构成了不同于其他29株的基因Ⅱ型，就其遗传来源及生物学性状需进一步研究。(2)JR23株与英、美、日20世纪60年代流行株序列相近，其遗传来源可能为20世纪60年代世界流行株的中国衍生株，但具体的初始流行时间未知。结论 RV的流行有地域的差异，其分子流行病学特点与时间有关。因为人是RV的惟一宿主，所以人员的流动性，影响了RV的流行特点。     

河北省卢龙地区猪与人G9型A组轮状病毒进化关系研究

目的 了解河北省卢龙地区猪与人G9型A组轮状病毒（GARV）主要基因的分子特征及进化关系.方法 选取1株2008年河北卢龙地区G9型GARV阳性的腹泻仔猪粪便标本LLP48及4株2009年至2011年卢龙地区G9型GARV阳性的5岁以下住院腹泻患儿粪便标本进行主要基因片段的扩增,测序后对获得的基因序列通过MEGA、DNAStar等生物软件进行序列比对、同源性分析和系统进化分析.结果 卢龙猪GARV LLP48与4株卢龙人GARV编码的VP7、VP6、NSP2和NSP4基因具有高度同源性,核苷酸和氨基酸同源性分别是89.4％～94％和94.8％ ～98.2％;VP4片段的核苷酸（氨基酸）同源性较低,为71.4％～71.6％（68.2％～69.0％）.系统进化分析表明,LLP48编码的VP7、VP6、NSP2和NSP4基因与人来源的毒株关系密切,而VP4基因与猪来源的毒株关系密切.结论 卢龙猪GARV LLP48可能是猪的VP4与人的VP7、VP6、NSP2和NSP4自然重组.