诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan-MGB探针实时荧光PCR的检测研究

目的建立特异、灵敏的诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan-MGB探针实时荧光PCR快速检测方法。方法根据GenBank诺如病毒遗传组Ⅱ型代表株保守序列设计特异引物对和TaqMan-MGB探针,调整引物、探针浓度,优化最佳反应条件,建立一步法实时荧光PCR快速检测反应体系,进行灵敏度、特异性、稳定性试验,以评价反应体系,并与引物P289/P290常规RT-PCR进行灵敏度比较。结果诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan-MGB探针实时荧光PCR检测时限短,仅1h就出结果;最低检出下限为100拷贝/mL,比引物P289/P290常规RT-PCR灵敏度高100倍;与轮状病毒、腺病毒、星状病毒、甲肝病毒无交叉反应;4份核酸含量不同的标本重复检测5次,平均Ct值变异系数范围0.96%～2.27%。结论诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan-MGB探针实时荧光PCR快速、特异、灵敏、稳定性好,可应用于突发公共卫生应急检测,提高快速检测能力。     

马尔堡病毒的实时荧光RT-PCR检测方法研究

目的建立马尔堡病毒的实时荧光RT-PCR检测方法。方法人工合成马尔堡病毒特异性核酸序列作为阳性对照模板,设计实时荧光RT-PCR引物、探针并构建反应体系,对反应条件进行优化,验证该方法的特异性、灵敏度。结果建立的马尔堡病毒实时荧光RT-PCR检测方法对马尔堡病毒核酸检测有高度特异性,与1型～4型登革病毒、日本脑炎病毒和基孔肯雅病毒均无交叉反应,检测灵敏度为102拷贝/反应。结论该方法灵敏度高、特异性强,适用于对马尔堡病毒的快速检验。     

辛德比斯病毒的实时荧光RT-PCR检测方法研究

目的建立辛德比斯病毒的实时荧光RT-PCR检测方法。方法人工合成辛德比斯病毒特异性核酸序列作为阳性对照模板,设计实时荧光RT-PCR引物、探针并构建反应体系,对反应条件进行优化,验证该方法的特异性、灵敏度。结果建立的辛德比斯病毒实时荧光RT-PCR检测方法对辛德比斯病毒核酸检测有高度特异性,与1~4型登革病毒、流行性乙型脑炎病毒和基孔肯雅病毒均无交叉反应,检测灵敏度为103拷贝/反应。结论该方法灵敏度高、特异性强,适用于对辛德比斯病毒的快速检验。     

一步法流行性乙型脑炎病毒TaqMan荧光定量反转录聚合酶链反应方法的建立及应用

目的 建立一种特异、灵敏、快速检测流行性乙型脑炎(乙脑)病毒的荧光定鼍RT-PCR方法.方法 根据GenBank登录的乙脑病毒毒株序列,应用生物软件在乙脑病毒基因的保守区设计与筛选引物和探针,对荧光定量RT-PCR反应体系与条件进行优化,验证方法的特异性、敏感性和重复性.并通过对蚊虫样本的检测,以评价该方法的实际应用价值.结果 优化结果表明荧光定量RT-PCR的最佳反应体系为0.1 μmol/L探针浓度,0.2μmol/L引物浓度,5 mmol/L Mg2+浓度.结果 表明该方法对乙脑病毒的检测有高度的特异性、通用性,对1～4型登革热病毒、狂犬病毒、汉坦病毒(SEO型与HTN型)均无交叉反应,检测的灵敏度达0.1 TCID50,重复性分析表明同一样品Gt值的重复检测4次,其标准差均在合理范围内,分别为0.033、0.079、0.149和0.411.对110批蚊虫标本进行荧光定量RT-PCR检测和病毒分离榆测,结果荧光定量RT-PCR检测出7份阳性,而病毒分离则只检测出3份阳性,表明建立的荧光定量RT-PCR方法更敏感,可直接从蚊虫样本中检测乙脑病毒核酸,从病毒核酸提取至完成检测仅需3 h左右,且操作简便、敏感性高.结论 研究建立的TaqMan荧光定量RT-PCR的方法具有特异、敏感、快速的特点,适用于乙脑病原学的快速检测.     

B型呼吸道合胞病毒荧光定量RT-PCR检测

目的建立B型人呼吸道合胞病毒（respiratory syncytial virus，RSV）的快速荧光定量RT-PCR检测方法。用于B型RSV实验室早期诊断与病毒核酸的定量分析。方法利用B型RSVN基因保守区设计引物和TaqMan-MGB（minor groove binder，DNA小沟结合物）探针，优化反应体系和反应条件；并对方法进行特异性、灵敏度和重复性评价；同时以10倍梯度稀释的质粒为标准品建立荧光定量RT-PCR的标准曲线，构建定量分析模型。并用该方法对100份临床呼吸道样本进行检测。结果该方法与其他呼吸道病毒均无交叉反应，检测灵敏度达1TCID50／ml 50％组织培养物感染剂量病毒滴度，临床样本中B型RSV的检测阳性率达18％。结论B型RSV荧光定量RT-PCR检测方法快速、敏感、特异，适用于B型RSV的早期诊断和核酸定量分析。     

荧光定量RT-PCR快速检测乙型流感病毒核酸

目的建立以特异性荧光探针为特点的TaqMan荧光定量RT-PCR方法用于检测乙型流感病毒核酸.方法根据GenBank登录的流感毒株序列,应用生物学软件进行序列比对,在乙型流感病毒核蛋白(NP)基因的保守区设计引物和TaqMan探针进行筛选,对荧光定量RT-PCR反应条件进行优化,检测该方法的特异性和灵敏度.此外还对疑似乙型流感含漱液标本进行检测.结果该方法对乙型流感病毒的检测有高度的特异性,对甲1型、甲3型、禽流感病毒H5、SARS病毒及其他呼吸道病毒均无交叉反应,检测的灵敏度达0.01 TCID50,可从疑似流感患者含漱液中直接检测流感病毒核酸,从病毒核酸提取至完成检测仅需3 h左右.结论本研究建立的TaqMan荧光定量RT-PCR是一种快速检测乙型流感病毒特异、敏感的新方法.     

饮用水大肠菌群Taqman-MGB荧光定量PCR检测方法研究

[目的]建立快速、灵敏、特异的饮用水大肠菌群荧光定量PCR定量检测方法.[方法]以大肠菌群的lacZ基因为检测靶基因,设计荧光定量PER引物和Taqman-MGB探针,建立荧光定量PER定量反应体系,并评价荧光定量PER方法的灵敏度、特异性、重复性.[结果]建立大肠菌群的荧光定量PER检测方法.25μl荧光定量PER反应体系主要成分浓度分别为Mg2+5.0 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,引物0.2μmol/L,探针0.5μmol/L,4xROX参比荧光染料0.5μl,Taq DNA聚合酶2.0 U,模板5μl.方法可检出每微升单个拷贝大肠菌群模板,方法的特异性、重复性良好.[结论]荧光定量PER方法可快速、灵敏、特异地检出水质中大肠菌群,可为饮用水大肠菌群快速检测标准方法的建立提供参考.     

实时荧光定量RT-PCR技术快速检测H5亚型禽流感病毒

目的 建立快速检测H5亚型禽流感病毒HA基因的实时荧光定量RT-PCR方法,为禽流感病毒的监测和感染的预防控制提供科学的技术手段.方法 针对H5亚型禽流感病毒血凝素(HA)基因保守区域设计特异性引物与荧光探针;通过体外克隆技术获得阳性定量标准品;优化探针、引物浓度、反应体系与反应条件,提高检测方法的特异性、敏感性与重复性,并进行定量分析.结果 反应体系具有良好的扩增效率,80 min内可完成扩增检测工作;检测灵敏度为100拷贝/反应,通过外标准品建立的标准曲线在一条直线上;3个外标准品的变异系数(CV)分别为2.60％、2.47％、2.44％;H5亚型禽流感病毒培养液、确诊人感染高致病性禽流感患者标本为阳性扩增结果,而其它流感病毒临床标本及阴性对照均呈阴性.结论 本研究建立的实时荧光定量RT-PCR方法具有敏感、快速、重复性好的特点,适合于H5亚型禽流感病毒的快速定量检测.     

实时荧光定量RT-PCR快速检测H7N9禽流感病毒

目的 构建一种灵敏、特异、快速的实时荧光定量RT-PCR反应体系用于临床H7N9禽流感疑似病例早期诊断及外环境H7N9病毒的监测.方法 以H7N9禽流感病毒H7基因和N9基因为靶基因设计引物以及TaqMan探针,并对引物、探针及反应条件进行优化,验证该反应体系检测的特异性、灵敏度、重复性和检测速度,然后与两种商品化试剂盒(试剂盒I和试剂盒Ⅱ)进行各项指标及184份现场样本作平行比对.结果 新建立的H7N9禽流感病毒实时荧光定量RT-PCR反应体系呈典型的扩增曲线、扩增时间约50 min,H7基因与N9基因的最低检出限分别为28拷贝/μL与41拷贝/μL.重复性测定显示,H7和N9检测Ct值的变异系数(CV)分别为0.17％～0.89％和0.33％～0.59％,扩增效率分别为0.9491和0.9713;与其他常见禽流感病毒或肠道病毒无明显交叉反应.184份现场可疑样本阳性检出率为5.43％(10/184),与试剂盒Ⅱ结果一致.结论 本研究建立的实时荧光定量RT-PCR反应体系具有检测速度快、灵敏度高、特异性强、重复性好、结果可靠等特点,可用于临床疑似病例的应急检测、早期诊断及养鸡场、活禽交易市场等外环境H7N9禽流感病毒监测.     

甲肝病毒TaqMan PCR检测方法的建立

目的建立以特异性荧光探针为特点的TaqMan荧光定量RT-PCR方法,对甲肝病毒核酸进行检测。方法根据GenBank发表的HAV全基因组序列资料分析结果,在其保守区段设计HAV特异性引物和探针,优化引物、探针浓度,与最佳退火温度,并考察检测体系的特异性、敏感性与重复性。结果本研究体系的引物和探针浓度为0.8μmol/L和0.6μmol/L,退火温度为52℃时,具有良好的特异性与敏感性,检测灵敏度可达0.1TCID50。同一样品重复检测3次,Ct值的变异系数均小于5%。结论本研究建立的HAV TaqMan RT-PCR方法特异、敏感、快速且有效减少交叉污染的概率,为临床及水产品中的甲肝病毒的早期快速检测提供了一种新方法。     

诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR的检测研究

目的建立特异、灵敏的诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR快速检测方法。方法根据GenBank诺如病毒遗传组Ⅱ型代表株保守序列设计特异引物对和TaqMan～MGB探针，调整引物、探针浓度，优化最佳反应条件，建立一步法实时荧光PCR快速检测反应体系，进行灵敏度、特异性、稳定性试验，以评价反应体系，并与引物P289／P290常规RT—PCR进行灵敏度比较。结果诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR检测时限短，仅1h就出结果；最低检出下限为100拷贝/mL，比引物P289／P290常规RT—PCR灵敏度高100倍；与轮状病毒、腺病毒、星状病毒、甲肝病毒无交叉反应；4份核酸含量不同的标本重复检测5次，平均G值变异系数范围0．96％-2．27％。结论诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR快速、特异、灵敏、稳定性好。可应用于突发公共卫生应急检测，提高快速检测能力。     

TaqMan-MGB探针实时荧光定量PCR检测恙虫病东方体方法的建立

目的建立敏感、特异、定量Real-time PCR方法,用于恙虫病东方体的检测。方法根据恙虫病东方体56 kD外膜蛋白基因序列设计引物和探针,建立实时荧光定量PCR检测方法。结果建立的TaqMan-MGB探针具有良好的特异性,建立的荧光定量PCR标准曲线的循环阈值(Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系(r=0.99),灵敏性评估发现每个20μlPCR反应管中只要有26个拷贝的目的基因即可被检测到,即最低检出浓度为2拷贝/μl,并且具有较好的重复性。结论建立的荧光定量PCR方法具有很高的特异性和敏感性,可用于恙虫病东方体感染的快速检测。     

扎伊尔型埃博拉病毒实时荧光定量PCR方法的建立

目的 建立扎伊尔型埃博拉病毒实时荧光定量PCR快速检测技术。方法 人工合成扎伊尔型埃博拉病毒包膜糖蛋白GP基因上1 969～2 113 bp的保守特异片段,克隆到pUC57重组质粒中,构建阳性模板;以103～109拷贝数的重组质粒样品共7组作为标准品,制作标准曲线;设计上游引物5' - GAACCACATGATTGGACCAAGA - 3'、下游引物5' - TAACTCCAATACCTGCCGGTATC - 3'及TaqMan探针FAM 5' - TTGTTGATAAAACCCTTCCGGACCAGG - 3' BHQ1,采用普通PCR和实时荧光定量PCR,检测其特异性和灵敏度。结果 克隆出含GP 1 969～2 113 bp片段的阳性重组质粒pUC57 - GP,其浓度为97.75 ng/μl;以pUC57 - GP为标准品,制备标准曲线,拷贝数为103～109 copies/μL有较好线性关系,相关系数R2 = 0.999;能特异性检测扎伊尔型埃博拉病毒,而与I型登革病毒、寨卡病毒无交叉反应,其检测最低拷贝数达3.10×101copies/μl。 结论 建立了扎伊尔型埃博拉病毒荧光定量PCR快速检测技术,具有快速、灵敏、特异、定量检测等特点,可为埃博拉疫情的综合防控提供技术支撑。     

裂谷热病毒荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立一种快速、敏感、特异的实时荧光定量PCR方法,用于裂谷热病毒的检测。方法通过序列对比在裂谷热病毒L基因保守区设计引物及Taqman探针,建立实时荧光定量PCR反应体系。结果经优化的荧光定量PCR方法有较好的灵敏度和特异性,对阳性对照质粒标准品的灵敏度可达37拷贝/μl,通过检测同为蚊媒传播的日本脑炎病毒、黄热病毒、登革病毒、基孔肯亚病毒无交叉反应。结论本方法的建立在国境口岸传染病的防控方面有较好的应用前景。     

阪崎克罗诺杆菌TaqMan-MGB探针实时荧光PCR快速检测技术研究

[目的]建立阪崎克罗诺杆菌TaqMan—MGB探针实时荧光定量聚合酶链反应（RT．PCR）快速检测方法。[方法]在阪崎克罗诺杆菌保守序列设计一对特异性引物和TaqMan—MGB探针,通过对PCR反应条件和扩增体系的优化,建立阪崎克罗诺杆菌TaqMan—MGB探针实时荧光PCR检测方法;用已知浓度的阪崎克罗诺杆菌验证其敏感性;用阪崎克罗诺杆菌、大肠埃希菌、鸭沙门菌株、柠檬酸杆菌等菌株验证其特异性;用婴幼儿配方粉等食品开展TaqMan—MGB探针实时荧光PCR技术与常规检测方法符合性比较。[结果]本研究建立的阪崎克罗诺杆菌实时荧光PCR检测技术,反应循环（cyclethreshold,CT）值-9模板浓度的对数值具有良好的对应关系[Y=-3．06×log（X）＋36．63,R^2=0．999],最低检测浓度为100CFU／mL,经36℃增菌8h最低检测限可达1CFU／mL,敏感性较普通TaqMan探针高10倍;11株阪崎克罗诺杆菌CT值均小于30,而大肠埃希菌、鲍曼不动杆菌、柠檬酸杆菌等30株菌株CT值大于30或扩增曲线成一平滑直线;隔天连续5次反应CT值变异系数小于5％;140件不同批次不同婴幼儿配方粉、192件婴幼儿谷物辅助食品检测结果与常规分离培养比较,差异无统计学意义（X^2=0．624,P〉0．05）。[结论]阪崎克罗诺杆菌TaqMan—MGB探针实时荧光PCR快速检测技术具有特异性强、敏感性高、易操作等优点,适用于婴儿配方粉等食品开展阪崎克罗诺杆菌快速检测与监测工作。     

应用TaqMan-BHQ探针实时荧光RT-PCR法定量检测马秋波病毒核酸

〔目的〕建立一种适应口岸马秋波病毒实时荧光定量RT-PCR快速的检测方法。〔方法〕用专业软件设计引物和TaqMan-BHQ探针,以人工合成马秋波病毒S基因的片段作为模板,进行实时荧光定量RT-PCR研究。〔结果〕模板的Ct值与模板稀释浓度的对数存在良好的线性关系,标准曲线为Y=-3.281X+50.975,R2=0.999361,PCR扩增效率为101.0%,其最低检出限为28 copies/μl。〔结论〕应用TaqMan-BHQ1探针的实时荧光RT-PCR检测马秋波病毒核酸,具有耗时短、灵敏度高等特点。     

新型细菌耐药基因NDM-1实时PCR检测方法的建立

目的 建立灵敏、特异、快速的TaqMan荧光定量PCR方法用于快速检测新型细菌耐药基因NDM-1.方法 根据NCBI数据库中β-内酰胺酶类相关耐药基因的序列,详细进行比对,选择特异性最高的片段设计引物和TaqMan探针,建立基于TaqMan探针的实时荧光PCR方法.对所建立的实时荧光PCR检测方法进行灵敏度和特异度评价.结果 本方法对各种细菌病原体的新型细菌耐药基因NDM-1的检测具有高度特异性和灵敏度.优化后的引物浓度为200 nmol/L,探针浓度为100 nmol/L,灵敏度和特异度均为100％.该方法的检测下限能达到1.0×102拷贝/μl,远远高于普通PCR1.0×105拷贝/μl的检测下限.结论 所建立的方法能够特异和敏感地检测携带NDM-1基因的超级细菌,能够作为携带有该基因细菌的灵敏快速的检测方法.     

TaqMan-MGB荧光定量逆转录聚合酶链反应快速检测甲型流感病毒

目的:建立一种特异、灵敏、快速检测甲型流感病毒核酸的荧光定量RT-PCR方法。方法:根据GenBank登录的流感毒株序列,应用生物软件在甲型流感病毒膜蛋白(MP)基因的保守区设计与筛选引物和MGB探针,对荧光定量RT-PCR反应体系与条件进行优化,验证方法的特异性和敏感性。并通过对疑似流感临床样本的检测,以评价该方法的实际应用价值。结果:该方法对甲型流感病毒的检测有高度的特异性、通用性,对乙型流感、麻疹、风疹、腮腺炎、RSV和腺病毒等其他呼吸道病毒均无交叉反应,检测的灵敏度达0.1TC ID50,可从疑似流感患者含漱液中直接检测流感病毒核酸,从病毒核酸提取至完成检测仅需2.5 h左右,且操作简便,重复性好。结论:本研究建立的MGB荧光定量RT-PCR的方法具有特异、敏感、快速的特点,适用于甲型流感疫情的应急快速检测。