使用FLAG标签肽及慢病毒载体共同筛选小鼠foxp3基因RNA干扰的有效靶点

 【目的】筛选高效的foxp3 RNA干扰的靶点用于阻断CD4^＋CD25^＋ Treg细胞的免疫抑制功能。【方法】使用oligoengine软件设计foxp3基因shRNA序列，化学合成法合成4条shRNA序列，构建含foxp3的靶序列的慢病毒载体：构建出表达FLAG融合蛋白和目的基因的工具细胞293T细胞用于筛选RNA干扰的有效靶点。【结果】成功包装了4条foxp3基因靶序列相应的慢病毒颗粒；成功构建了表达融合蛋白和目的基因的293T工具细胞：在工具细胞上筛选出了2条RNAi效率分别为91.3％和95．6％的有效靶点。【结论】使用FLAG融合蛋白和慢病毒载体能够筛选出Foxp3基因的RNAi最佳靶点。     

使用FLAG标签肽及慢病毒载体共同筛选小鼠foxp3基因RNA干扰的有效靶点

【目的】筛选高效的foxp3 RNA干扰的靶点用于阻断CD4^＋CD25^＋ Treg细胞的免疫抑制功能。【方法】使用oligoengine软件设计foxp3基因shRNA序列，化学合成法合成4条shRNA序列，构建含foxp3的靶序列的慢病毒载体：构建出表达FLAG融合蛋白和目的基因的工具细胞293T细胞用于筛选RNA干扰的有效靶点。【结果】成功包装了4条foxp3基因靶序列相应的慢病毒颗粒；成功构建了表达融合蛋白和目的基因的293T工具细胞：在工具细胞上筛选出了2条RNAi效率分别为91.3％和95．6％的有效靶点。【结论】使用FLAG融合蛋白和慢病毒载体能够筛选出Foxp3基因的RNAi最佳靶点。     

丙型肝炎病毒ns5b基因的克隆、表达及鉴定

目的：构建HCV ns5b基因的重组原核表达质粒，并获得NS5B蛋白的高效表达，为制备抗NS5B抗体及以其为靶位的抗HCV感染研究创造条件。方法：利用PCR技术扩增HCV ns5b基因，Xho I和Kpn I双酶切后连接到经同样酶切的原核表达载体pRSETA上，转化大肠杆菌JM109菌株，获得阳性重组质粒pRSETA-ns5b，阳性质粒转化BL21(DE3)，IPTG诱导表达，表达产物经SDS-PAGE和Western Blot电泳进行鉴定，并以薄层扫描分析对其定量。结果：成功构建了HCV NS5B蛋白表达载体pRSETA-ns5b，经诱导明显表达出6His-NS5B融合蛋白，表达产物主要以包涵体形式存在，表达量占菌体蛋白25％，Western—Blot结果显示表达蛋白保持活性。结论：HCV NS5B蛋白在体外得到了有效表达。     

人Smad3的shRNA表达载体构建和鉴定

目的：构建人Smad3的shRNA表达载体，运用RNAi下调Smad3基因在肿瘤细胞系中的表达，观察对肿瘤细胞生长的影响．方法：化学合成针对人smad3基因的dsRNA，瞬时转染入Hela细胞，检测RNA干扰效果，筛选有效干扰靶位点；设计并合成针对人smad3基因的siRNA寡核苷酸链，经退火形成双链后克隆入质粒载体pSilencer^TM3．1-H1hygro，转染入Hela细胞，用hygromycinB筛选稳定单克隆细胞株，对细胞株行RT-PCR和Western Blot检测，观察siRNA对靶基因的抑制效果，进一步研究下调目的分子表达水平以后肿瘤细胞生长的变化．结果：瞬时转染筛选到了有效的RNA干扰靶位点，构建载体后，建立稳定转染的单克隆细胞株，smad3mRNA和蛋白质水平均显著下调，导致肿瘤细胞生长抑制．结论：成功构建了针对人Smad3高效、特异、作用持久的shRNA表达载体，转染细胞后可下调Smad3的表达，为进一步研究smad3的功能和肿瘤的基因治疗奠定了基础．     

应用RNAi技术调节VR1基因表达

目的：通过调节辣椒素受体1(VR1)基因表达，对VR1基因的功能及疼痛的基因治疗进行基础研究。方法；应用RNA干扰(RNAi)技术干扰VR1基因在猴肾Cos-7细胞系中的表达。结果：应用RNAi技术特异性抑制了VR1基因在Cos-7细胞中的表达。随着小片段干扰性RNA(siRNA)浓度的增加，VR1蛋白的表达量逐渐减少。结论：应用RNAi技术可抑制VR1基因的表达，为开发更有效、安全、合理的镇痛药提供实验依据。     

RNAi表达载体对宫颈癌HPV16 E6基因表达的抑制作用

目的研究RNA干扰(RNA interference，RNAi)表达载体对宫颈癌HPV16E6基因的抑制作用。方法构建针对HPV16E6基因的RNAi质粒表达载体，脂质体法转染宫颈癌caski细胞株，应用荧光定量PCR及流式细胞术检测其对HPV16E6mRNA及蛋白表达的影响。结果构建的三种表达载体均抑制了HPV16E6的mRNA及蛋白的表达，其中转染B号载体的caskiB细胞HPV16E6mRNA表达仅相当于空白组的21．7％，蛋白抑制率达98．1％。结论RNAi表达载体可以有效的抑制HPV16E6基因的表达。     

人甲胎蛋白基因启动子驱动siRNA表达载体的构建及其在HepG2细胞中RNA效应的初步鉴定

目的：探索基于人甲胎蛋白基因启动子构建的siRNA表达载体介导目的基因RNA干扰的可行性，为实现肝癌细胞靶向RNAi治疗作一初步研究。方法：PCR法扩增获得人甲胎蛋白基因启动子并插入pSilencer1．0-U6中以置换其U6启动子；依据人hIRH-1基因RNAi靶位点设计出siRNA模板DNA,体外合成相应寡核苷酸片段后经退火形成短双链。再克隆构建成靶向人hLRH-1基因siRNA表达载体；脂质体转染法将上述重组质粒转入HepG2细胞中，实时定量RT—PCR法初步分析所建系统在AFP表达细胞中触发靶基因hIRH-1的RNAi效应，以及hIRH-1调控下游靶基因的表达改变。结果：获得人甲胎蛋白基因启动子驱动的siRNA表达载体pSWFPo以人hLRH-1为报告基因，本研究发现所建的RNAi载体系统可在表达AFP的细胞HepG2中有效诱导靶基因表达下调，抑制率约达85％；同时引致hLRH-1调控下游靶基因CydinEl与Oct4的表达相应下调。结论：人甲胎蛋白基因启动子驱动的siRNA表达载体可在表达AFP的细胞HepG2中有效介导靶基因的RNAi效应，为临床肝癌细胞靶向的基因特异性RNAi治疗提供了初步的实验依据。     

RNAi抑制鼻咽癌细胞表皮生长因子受体表达对细胞生长的影响

目的利用RNAi技术抑制鼻咽癌细胞5-8F表皮生长因子受体（EGFR）表达,观察细胞生长变化,探讨EGFR与鼻咽癌发生发展之间的相关性。方法利用体外转录法合成EGFR特异性siRNA,将其瞬时转染5-8F．收集转染后细胞总RNA和蛋白,利用RT．PCR和Western blot法测定EGFR表达水平的变化,并检测EGFR表达抑制后细胞生长速度和生长周期的变化。结果合成的3对siRNA中,有一对使EGFR mRNA表达下降67．5％,蛋白表达下降77％。EGFR表达抑制后5．8F生长速度减慢,并诱导细胞周期停止在G1期。结论RNAi沉默EGFR表达可抑制鼻咽癌细胞生长,并诱导癌细胞停止在G1期,RNAi可作为探索鼻咽癌发生发展机制和基因治疗的有效工具。     

小分子干扰RNA对肺癌相关性抗原基因表达的影响

目的利用RNA干扰（RNAi）技术，研究突变型蛋白磷酸酶2A（PP2A）α催化亚基编码基因的小发夹RNA（shRNA）对人肺癌GLC-82细胞的影响．方法根据靶基因的不同区域设计四组shRNA，采用体外转录法合成，利用阳离子脂质体转染入GLC-82细胞，孵育48h后，观察细胞形态学改变，MTT法检测细胞的存活率，免疫印迹法检测蛋白质的表达、结果与空白对照相比，四组shRNA作用不尽相同，其中一组shRNA可以明显抑制细胞的增殖，出现细胞凋亡形态学改变，并且抑制GLC-82细胞目的蛋白的表达．结论成功筛选出一段能特异而高效地抑制突变型PP2Ad催化亚基基因表达的shRNA，为进一步研究该基因的功能和作用机制提供了新的手段．[第一段]     

小分子干扰RNA抑制大鼠肾细胞Ppif基因的表达

目的 研究siRNA 对大鼠肾细胞(NRK)Ppif 基因的抑制作用.方法 根据大鼠Ppif 基因序列设计并化学合成3对siRNA 及1对阴性对照siRNA,并在5′端标记FAM 羧基荧光素,以Lipofectamine~(TM)2000 转染入大鼠肾细胞,用RT-PCR 和Western blot 分别检测Ppif 基因和蛋白表达量的改变,验证所设计的siRNA 的抑制效应.结果以Lipofectamine~(TM)2000转染所设计的siRNA 进入NRK 细胞,转染效率＞90%.起始于405、556位点的siRNA 在基因水平对Ppif 无明显抑制效应(P＞0.05),起始于198位点的siRNA 在基因和蛋白水平均有明显的抑制效应,基因水平下降75.25%(P＜0.05);蛋白水平下降72.13 %(P＜0.05).结论 起始于198位点的siRNA 对大鼠肾细胞的Ppif 基因有明显的抑制效应.     

发夹式siRNA对hDNMT1基因表达的抑制作用

目的研究发夹式siRNA对hDNMT1基因表达的抑制作用.方法根据hDNMT1全长cDNA序列设计和合成与其互补的发夹式siRNA序列,并以发夹式siRNA序列为模板经体外合成siRNA表达盒(SECs).SECs通过脂质体载体转染结直肠癌细胞株HCT116后,经半定量RT-PCR 法检测hDNMT1 mRNA的表达水平. 结果发夹式siRNA 可以特异性地抑制hDNMT1 基因.结论通过SECs产生的发夹式siRNAs 可以特异性抑制hDNMT1 基因的表达;本研究为通过构建表达发夹式siRNA载体抑制hDNMT1基因表达的研究奠定了基础.     

小干扰RNA对肝星状细胞基质金属蛋白酶组织抑制因子-1表达的抑制作用

目的观察化学合成的小干扰RNA(siRNA)转染大鼠肝星状细胞(HSC)-T6后不同时间点,对基质金属蛋白酶组织抑制因子-1(TIMP-1)的抑制作用,同时筛选高效的siRNA片断。方法对大鼠TIMP-1 mRNA nt161~181、nt 190~208、nt 208~226、nt 226~244及nt 445~463化学合成的5对siRNA和1对荧光标记的非特异siRNA(与TIMP-1 mRNA无同源性的FITC标记的21nt siRNA),在阳离子脂质体的介导下将不同浓度的非特异siRNA转染至大鼠HSC-T6后,用流式细胞仪确定最佳转染浓度。提取转染50 nmol/L siRNAs后24 h,48 h和72 h细胞蛋白,用W estern b lot检测TIMP-1蛋白质表达,筛选出抑制效率最高的siRNA,同时确定siRNA转染细胞后的最佳作用时间。结果50 nmol/L siRNAs对HSC-T6有较高的转染效率;5对siRNA中的3对在转染后48 h有较强的抑制HSC-T6细胞TIMP-1基因表达的作用,其中抑制作用最强的1对siRNA对TIMP-1表达的抑制作用与对照组相比可增强80%以上,而在转染后72 h,其抑制作用基本消失。结论化学合成的siRNA在短时期内可有效地抑制TIMP-1基因的表达,筛选到的高效阻抑TIMP-1表达的siRNA可构建于病毒载体,以实现长期抑制TIMP-1表达的功效。     

siRNA沉默平滑肌细胞Cx43的表达及对细胞增殖的影响

目的通过siRNA介导的RNA干扰技术沉默平滑肌细胞缝隙连接蛋白Cx43的表达，观察其对平滑肌细胞增殖的影响。方法应用阳离子脂质体转染的方法，将化学合成的特异性378siRNA转染平滑肌细胞设为特异性siRNA组，并以转染非特异性siRNA和空白作为对照，半定量RT-PCR法分析转染不同时间（24、48、72、96h）细胞Cx43mRNA表达水平的变化；同时噻唑蓝（MTT）比色法检测平滑肌细胞增殖，观察转染不同浓度（50、100、150、200 nmol／L）378siRNA对细胞增殖的影响。结果半定量RT-PCR结果显示与非特异性siRNA组及空白对照组相比，转染特异性378siRNA后Cx43mRNA表达水平显著地下调并呈时间依赖性特点。MTT结果显示与空白对照组相比，转染低浓度（50nmol／L）378siRNA早期（24、48h）OD值开始降低，但差异无统计学意义（P〉0．05），随着特异性siRNA浓度的升高，0D值显著降低（P〈0．05）。200nmol／L378 siRNA转染72、96h对细胞的增殖抑制率分别为32．51％、42，67％（P〈0．01），并呈浓度依赖性特点；而作为阴性对照的siRNA转染后则无上述作用。结论转染特异性378siRNA可有效沉默平滑肌细胞缝隙连接Cx43mRNA的表达并抑制平滑肌细胞的增殖。     

siRNA介导的MAPKp42沉默诱导HeLa细胞凋亡

目的应用siRNA沉默HeLa细胞MAPKp42,研究其对细胞存活的影响。方法体外合成靶向MAPKp42的siRNA-1和siRNA-2,并用脂质体转染HeLa细胞,Western印迹法和免疫组织化学法检测p42^MPAK的表达;电镜观察,TUNEL法测定细胞凋亡,Annexin-PI法测定不同凋亡时期细胞的分布。结果siRNA-1和siRNA-2均可使HeLa细胞MAPK p42沉默,使p42^MAPK表达下调,与阴性对照组相比分别降低2、5倍和3．2倍。电镜观察证实,siRNA-1和siRNA-2转染组部分细胞丧失表面微绒毛,细胞内空泡增加,细胞核染色质边集。处理组HeLa细胞早期凋亡率显著增加,其中siRNA-1组晚期凋亡率也明显增加。结论siRNA介导的MAPKp42沉默可以诱导HeLa细胞凋亡。     

容量调控氯通道基因siRNA表达载体的构建及其沉寂效应检测

目的:构建针对容量调控氯通道基因(CLC3)的小干扰RNA(siRNA)及其表达载体,转染细胞后观察其对CLC3基因的干扰作用. 方法:设计CLC3靶向的发夹状siRNA,据此设计合成两条互补的寡核苷酸链,退火后连接入pSUPER载体,转化扩增后进行序列测定. 用脂质体转染法转染胃癌细胞SGC7901,通过RT-PCR、间接免疫荧光检测CLC3基因表达水平的变化. 结果:把针对CLC3基因的siRNA的双链寡核苷酸片段克隆到pSUPER载体,经过酶切鉴定与测序,结果正确,稳定转染人胃癌细胞SGC7901后, RT-PCR、间接免疫荧光检测表明,CLC3基因的表达水平明显降低. 结论:构建了针对CLC3基因的siRNA载体,转染细胞后可抑制CLC3基因表达.     

下调SnoN基因表达对HepG2细胞增殖及凋亡的影响

目的通过小干扰RNA(siRNA)下调人肝癌HepG2细胞中SnoN基因的表达,探讨SnoN对HepG2细胞增殖、凋亡等生物学功能的影响及其意义。方法设计并化学合成3条靶向SnoN的siRNA序列,采用阳离子脂质体瞬时转染的方法将干扰序列转染至HepG2细胞内,采用RT-PCR和Western blot方法,检测转染后的抑制效果并筛选出一条抑制效果最好的干扰序列,然后采用CCK-8法和流式细胞术检测SnoN基因表达下调后HepG2细胞增殖、凋亡的变化。结果 3条siRNA均对SnoN的表达有抑制作用,以siRNA-C抑制效果最好。下调SnoN基因表达后,HepG2细胞的增殖受到抑制(P<0.05),细胞凋亡增加(P<0.05)。结论靶向SnoN的siRNA可有效抑制SnoN基因的表达,进而使HepG2细胞的生长受到抑制、细胞凋亡增加,表明SnoN基因可能与肝癌细胞的增殖与凋亡有关。     

siRNA抑制感染细胞模型中HCV复制的研究

目的:探讨siRNA能否有效抑制丙型肝炎病毒(HCV)感染细胞中HCV的复制.方法:用HCV JC1质粒体外制备HCV RNA转录体,转染Huh-7.5.1细胞,收集细胞上清,再次孵育Huh-7.5.1细胞以建立HCV感染细胞模型,并用间接免疫荧光检测细胞内HCV核心蛋白的表达.将针对HCV NS5B基因的siRNA转染HCV感染细胞(浓度为4、40和200 nmol/L,时间为24 h、48 h和72 h),将4、40和200 nmol/L siRNA转染正常Huh-7.5.1细胞,并设空白对照、脂质体对照、无关siRNA对照以及IFNα-2b(1 000 IU/ml)组,用荧光定量PCR检测细胞内HCV RNA和PKRmRNA水平.结果:HCV感染的Huh-7.5.1细胞中检测出HCV核心蛋白表达.40 nmol和200nmol/L siRNA 24 h组及4、40、200 nmol/L siRNA 48 h和72 h组,HCV RNA水平分别降至58％、54％、29％、17％、17％、33％、22％、19％,明显低于对照组(P＜0.05或P＜0.01).1 000 IU/mlIFN的各时间组HCV RNA水平均明显低于对照组(P＜0.05或P＜0.01).各浓度siRNA组的PKR mRNA的表达与对照组无明显差异(P＞0.05).结论:针对HCV NS5B区的siRNA能够明显抑制HCV感染细胞中HCV的复制,而不引起双链RNA依赖的蛋白激酶(PKR)基因表达的激活.     

瞬时转染和稳定转染对RNAi抑制乙型肝炎病毒S基因表达的影响

目的:构建针对乙型肝炎病毒(HBV)S基因的siRNA表达载体Psuper-S1和Psuper-S2,观察瞬时转染及稳定转染对RNAi抑制HBV基因表达作用的影响.方法:设计并合成针对HBV S基因的siRNA寡核苷酸,经退火形成双链后克隆入Psuper载体,构建成功的siRNA表达载体分别瞬时转染和稳定转染表达HBV的2.2.15细胞,对所得细胞上清中的HBsAg和HBeAg进行定量检测,RT-PCR检测siRNA对靶基因Mrna的抑制效果,并比较两种转染方式对RNAi抑制HBV基因表达作用的影响.结果:在稳定转染并经潮霉素筛选所得的单克隆细胞株中,Psuper-S1和Psuper-S2均能明显抑制HBsAg及HBeAg的分泌(P<0.01),抑制率分别为83%和78%,RT-PCR结果证实HBV的Mrna明显降低,而瞬时转染细胞在蛋白质水平上及Mrna水平上的结果则比稳定转染的结果逊色.结论:针对HBV S基因的siRNA能稳定、高效、特异地抑制HBV基因的表达,转染效率对于靶基因的RNA干涉作用有明显的影响.