脑胶质瘤差异表达基因的微矩阵研究

目的 用生物芯片筛选胶质母细胞瘤相关基因。方法 采用一种由包括胶质瘤cDNA文库构建的14000个基因片段的生物芯片杂交筛选胶质母细胞瘤的基因并分析其表达谱的变化。结果 经过杂交筛选并与正常脑组织比较,94个基因差异表达超过3倍,298个基因片段超过2倍。一些胶质瘤中上调基因在正常脑组织中几乎没有表达。几个与胶质瘤发生发展相关的新基因被证实。结论 生物芯片结合相关的cDNA文库对大规模快速筛选胶质瘤及其他肿瘤的治疗靶基因具有实际意义。     

应用cDNA微阵列技术研究胶质母细胞瘤凋亡相关基因的表达

目的研究胶质母细胞瘤凋亡相关基因的表达。以探讨凋亡相关基因的异常表达在肿瘤的发生、发展过程中的作用。方法采用cDNA微阵列技术,研究胶质母细胞瘤与正常脑组织之间凋亡相关基因表达的差异。采用看家基因对杂交信号进行校正。差异大于1.5倍的基因视为差异有显著性意义,并从中选择6个基因采用RT-PCR进行验证。结果共有28个基因的表达存在差异,其中有17个基因在胶质母细胞瘤表达升高,11个表达下降。RT-PCR结果与基因芯片结果一致。结论众多凋亡相关基因参与了胶质母细胞瘤的发生和发展,其中部分基因如CRAF1、hHR23B等是新发现的与胶质母细胞瘤有关的基因。     

肾癌差异表达基因克隆的研究

目的 克隆并鉴定肾癌与正常肾之间差异表达的基因。方法 应用抑制性消减杂交技术构建人肾癌组织与正常肾组织差异表达的cDNA消减文库,并从中克隆鉴定出肾癌差异表达的基因。结果 构建成功了高消减效率的人肾癌cDNA消减文库,对其中5个克隆插入的cDNA片段进行测序后经Genbank检索表明,5个片段均为未知新序列,其中GYIZ-RCC18为3个拷贝,提示以上5个cDNA征段可能来自3个新基因。Northern杂交分析显示,GYIZ-RCC18在肾癌组织中有明显表达,而在正常肾组织中无表达,这证明GYIZ-RCC18是肾癌相关的新基因。结论 人肾癌cDNA消减文库的建立为进一步筛选,克隆肾癌特异性表达的新基因奠定了基础。     

乳腺癌相关差异表达基因的筛选及分析

目的构建乳腺癌组织与癌旁正常乳腺组织差异表达的cDNA消减文库,筛选乳腺癌相关基因并进行分析。方法应用抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术对15对乳腺癌组织及正常癌旁乳腺组织进行差异基因的消减,构建cDNA消减文库,并转化大肠杆菌进行文库扩增,采用数字表法随机挑选克隆经PCR鉴定后,对200个阳性克隆插入片段的序列进行测定及同源性分析。结果建立了乳腺癌差异表达片段cDNA消减文库;通过测序和同源性分析,得到173个差异表达基因,其中26个与肿瘤发生发展相关;26个基因中有15个已被文献明确报道在乳腺癌组织或细胞中有差异表达。结论应用SSH技术成功建立了乳腺癌差异表达基因cDNA消减文库,为乳腺癌的发病机制研究及寻找潜在的治疗靶点提供了有力的支持。     

应用抑制消减杂交技术筛选颞叶癫痫的相关基因

目的 构建颞叶癫痫大鼠海马组织差异表达基因的消减cDNA 文库,筛选颞叶癫痫的差异基因。方法 采用抑制消减杂交方法,以正常大鼠和癫痫大鼠的海马组织作为对比材料,分离组织中差异表达基因的cDNA 片段,将其与T载体进行T/A连接构建文库,将连接产物转化大肠杆菌进行文库扩增后,随机挑取100个白色克隆,用菌落PCR法筛选差异基因克隆,并进行测序分析。结果 获得14个在癫痫大鼠海马组织中有差异表达,并与大鼠的已知基因片段高度同源的基因。 结论 抑制消减杂交技术是一种高效的筛选差异表达基因的方法,颞叶癫痫大鼠海马组织中存在许多差异表达基因,为深入研究癫痫发病的分子机制提供重要线索。     

抑制性消减杂交法构建甲状腺癌差异表达基因文库

目的：筛选并克隆在甲状腺癌组织与正常甲状腺组织之间差异表达的基因。方法：(1)应用抑制性消减杂交(SSH)进行基因差示表达分析,构建人甲状腺癌组织与正常甲状腺组织之间差异表达的cDNA消减文库;(2)克隆、鉴定甲状腺癌组织特异性高／低表达的基因;(3)登录Genbank,运用Blastn程序进行同源性分析。结果：成功构建了高消减效率的人甲状腺癌cDNA消减文库,对其中数个克隆的插入cDNA片段进行测序,经检索Genbank表明,正向SSH产物中有3个片段与来源于结肠上皮腺癌和Lung Epidermoid carcinoma的EST有100％同源性,提示它们来自恶性肿瘤相关基因。反向SSH产物中有5个片段为未知新序列,提示它们可能来自于在甲状腺癌中特异性低表达的新基因。结论：通过抑制性消减杂交技术,构建了人甲状腺癌cDNA消减文库,为下一步筛选鉴定甲状腺癌特异性基因及其全长克隆、功能研究等工作打下了基础。     

传代培养前后内皮细胞差异表达基因消减cDNA文库的构建

目的:构建传代培养前后牛主动脉内皮细胞差异表达基因的消减cDNA文库,筛选动脉粥样硬化相关新基因构建文库. 方法:采用抑制消减杂交技术,以新鲜分离和传代培养的牛主动脉内皮细胞作为对比材料,分离传代培养主动脉内皮细胞中不表达或低表达基因的cDNA片段,将其与T载体进行T/A连接构建文库,将连接产物转化大肠杆菌进行文库扩增后,随机挑取64个白色克隆进行酶切鉴定. 结果:扩增消减cDNA文库获得760个克隆,随机挑取的64个阳性克隆经酶切后均有200～600 bp的插入片段. 结论:构建的传代培养前后内皮细胞差异表达基因消减cDNA文库,为进一步筛选早期发生改变的动脉粥样硬化相关基因奠定了工作基础.     

应用表达谱芯片研究胶质母细胞瘤相关基因的表达及功能

目的:应用基因表达谱芯片筛选研究人脑胶质母细胞瘤发生,发展中相关基因的表达及生物信息分析功能.方法:采用含13 939条基因(设置173个对照点)的BioStarH140S型表达谱芯片;用改良的"一步法"抽提2例正常脑及6例胶质母细胞瘤组织总RNA,制备杂交探针;杂交芯片后用ScanArray4000扫描芯片荧光信号,提取正常脑及胶质母细胞瘤组织差异基因;对差异基因进行生物信息分析,初步分类及Northern杂交研究.结果:按照差异显著标准,在胶质母细胞瘤中共有198条(1.42%)基因表达差异显著,其中77条(0.55%)表达上调,121条(0.87%)表达下调,55条新基因尚未在GenBank登录;生物信息分析发现肿瘤相关基因与细胞信号和传递蛋白、代谢、蛋白翻译合成、细胞骨架和运动、免疫、原癌基因和抑癌基因、细胞周期、细胞凋亡等9类基因密切相关;Northern杂交结果与表达谱芯片一致.结论:基因表达谱芯片可低成本、高通量、高效率筛选胶质瘤相关基因,并为基因群功能研究提供了方向;本研究结果有助于揭示胶质母细胞瘤分子机制,为指导肿瘤的临床诊断、治疗和预后判断提供依据.     

家族性急性髓系白血病差异表达基因的筛选与鉴定

目的分离家族性急性髓系白血病患者骨髓中差异表达的基因,在基因水平上探讨急性白血病发生发展的分子机制。方法应用Super SMART和抑制性消减杂交（SSH）技术,构建家族性急性髓系白血病cDNA消减文库;应用差异筛选技术进行差异表达片段的筛选与鉴定;测序结果进行BLAST同源性比对分析。结果成功构建了家族性急性髓系白血病cDNA消减文库;克隆、筛选并鉴定了17条基因片段,与已知基因同源,11条为未知基因片段。结论SSH技术是筛选差异表达基因的有效方法;获得多个与细胞增殖和分化相关的已知基因;获得11条新基因EST片段,并被GenBank收录。     

SSH方法对食管癌相关差异基因cDNA文库的建立及初步分析

目的建立河北省磁县具有家族史的食管癌组织与食管正常黏膜组织差异表达的cDNA消减文库,并初步筛选过度表达的食管癌差异基因。方法应用抑制性消减杂交技术(suppression subtractive hybridization,SSH)方法对10对食管癌组织及正常食管黏膜组织进行差异基因的消减、克隆、测序、鉴定。结果建立了食管癌差异表达片段cDNA消减文库;并进一步对初步筛选出的20个食管癌差异表达的基因进行测序和同源性分析,得出与肿瘤密切相关的基因10个,分别为锌指蛋白14、锌指蛋白66、肿瘤相关钙信号转运蛋白1,FMNL2基因、真核细胞转录延长因子1A1、肌小管相关蛋白6、Toll样受体10、次级淋巴趋化因子、细胞色素P450酶4F8、桥粒糖蛋白3。结论应用SSH技术成功建立食管癌差异表达基因cDNA消减文库,并获得10个在食管癌组织中过度表达的基因。     

脑胶质瘤患者全长新基因的获得及初步研究

目的 探讨基因芯片技术获取正常成人脑组织与人脑胶质瘤中差异表达的基因,并对其中一条基因进行初步研究。方法 抽提正常成人脑组织与人脑胶质瘤组织中的mRNA来制备探针,经杂交、洗涤后,通过计算机观察两者表达谱的差异情况,对507E08克隆子进行了Northern印迹、原位杂交、生物信息学分析和染色体定位。结果 通过4次基因芯片筛选,获得15条与胶质瘤相关的新基因,经Northern印迹证实507E08基因在人正常脑组织中低表达,而在人脑胶质瘤中高表达。原位杂交得到相同的结果。BLASTn和BLASTx分析显示,507E08基因为全长新基因,长度为2002bp,共编码203个氨基酸。本基因命名为人核糖体蛋白L14．22。该基因定位于14号染色体上D14S1066和D14S265Marker之间。结论 用基因芯片筛选正常脑组织与人脑胶质瘤差异表达的基因,具有样品用量少,高质量,高速度,高敏感等特性。507E08基因可能是与人脑胶质瘤形成有关的一条全长新基因。     

A novel full-length gene of human ribosomal protein L14.22 related to human glioma

Background This study was undertaken to obtain differentially expressed genes related to human glioma by cDNA microarray and the characterization of a novel full-length gene. Methods Total RNA was extracted from human glioma and normal brain tissues, and mRNA was used as a probe. The results of hybridization procedure were scanned with the computer system. The gene named 507E08 clone was subsequently analyzed by northern blot, bioinformatic approach, and protein expression. Results Fifteen differentially expressed genes were obtained from human glioma by hybridization and scanning for four times. Northern blot analysis confirmed that the 507E08 clone was low expressed in human brain tissue and over expressed in human glioma tissues. The analysis of BLASTn and BLASTx showed that the 507E08 clone was a novel full-length gene, which codes 203 amino acid of protein and is called human ribosomal protein 14.22 gene. The nucleotide sequence had been submitted to the GenBank?with the accession number of AF329277. After expression in E.coli., protein yielded a major band of apparent molecular mass 22 kDa on an SDS-PAGE gel. Conclusions cDNA microarray technology can be successfully used to identify differentially expressed genes. The novel full-length gene of human ribosomal protein 14.22 may be correlated with the development of human glioma.     

cDNA microarray in isolation of novel differentially expressed genes related to human glioma and clone of a novel full-length gene

Background This investigation was undertaken to obtain differentially expressed genes related to human glioma using cDNA microarray and the characterization of one novel full-length gene. Methods Total RNA was extracted from human glioma tissues and normal brain tissues, and mRNA was used to make probes. After hybridization and washing, the results were scanned using a computer system. The gene named 681F05 clone was an expressed gene to human glioma through four-time hybridization and scanning. Subsequently northern blot analysis was performed by northern blot, 5‘RACE and bioinformatics. Results Fifteen differentially expressed genes to human glioma were obtained through four-time hybridization and scanning. Northern blot analysis confirmed that 681F05 clone was low-expressed in human brain tissues and over-expressed in human glioma tissues. The analysis of BLASTn and BLASTx showed that 681F05 clone is two cDNA clones encoding two novel proteins that are highly identified to the cyclophilin isoform 10 of C. Elgans, respectively. Sequence analysis revealed the two cDNA clones are two different splicing variants of a novel cycophilin-like gene (PPIL3a and PPIL3b). Conclusions cDNA microarray technology can be successfully used to identify differentially expressed genes. The novel full-length gene of human PPIL3 may be correlated with the formation of human glioma.     

脑胶质瘤相关新基因PKIβ的表达与蛋白质性质的研究

目的 运用基因芯片技术获取正常成人脑组织与人脑胶质瘤中差异表达的基因,并对其中1条基因进行了克隆和表达.方法 抽提正常成人脑组织与脑胶质瘤组织中的mRNA来制备探针,经杂交、洗涤后,通过计算机观察二者表达谱的差异情况,对436F11克隆子进行Northern印迹,生物信息学分析和蛋白质的表达.结果 通过4次基因芯片筛选,获得15条与胶质瘤相关的新基因,经Northern印迹证实436F11基因在人正常脑组织中高表达,而在人脑胶质瘤中低表达.BLASTn和BLASTx分析显示,436F11基因为全长新基因,共编码78个氨基酸,其理论相对分子质量为8468等电点为4.69,与鼠PKIβ69%同源,命名为人PKIβ.并在大肠杆菌中得到了PKIβ较高的表达蛋白,经纯化,在SDS-PAGE胶上获得了1条清晰的条带.氨基酸测序和分子量测定与生物信息学结果完全一致.结论 基因芯片筛选正常脑组织与人脑胶质瘤差异表达的基因具有样品用量少,高质量,高速度,高敏感等特性.人PKIβ可能是与人脑胶质瘤形成有关的1条全长新基因,这为脑胶质瘤的基因治疗提供了一条新思路.     

瘢痕疙瘩的差异表达基因谱研究

目的 应用基因芯片技术筛选瘢痕疙瘩组织的差异表达基因。探讨异常瘢痕发生的分子机制。方法 应用含有8064个人类靶基因的表达谱芯片,检测瘢痕疙瘩和正常皮肤组织中基因的差异表达变化,筛选出差异表达基因,应用RT-PCR验证芯片结果;建立与瘢痕疙瘩形成相关的基因表达谱并进行生物信息学分析。结果 与正常皮肤组织相比,瘢痕疙瘩组织中发生显著性差异表达变化的基因有277个,其中上调163个、下调114个,涉及到各种信号传递及基因调控的改变。RT-PCR检测结果与芯片结果呈一致性趋势。结论 创面过度愈合形成瘢痕疙瘩是一个复杂的病理生理过程,受多种基因表达调控：差异表达基因谱的建立和研究较全面反映了瘢痕疙瘩发生的分子生物学概貌,有助于认识异常瘢痕形成的机制。     

基因表达谱芯片发现36条喉鳞癌相关基因

目的：研究探讨喉鳞癌发生、发展中相关基因群的表达和初步功能。方法：按微矩阵排列的4096种全长基因PCR产物制成BioDoor4096型微矩阵表达谱芯片;采用条件优化的一步法抽提喉鳞癌及正常组织总RNA,用Qiagen公司Oligotex mRNA离心柱分离纯化两种组织的mRNA;经逆转录合成荧光分子（Cy3/Cy5)掺入的cDNA一链制备表达谱探针,芯片杂交和严格洗片后,用SanArray3000荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像,利用计算机分析肿瘤及正常组织中差异表达的基因。对所获得的基因进行分子生物信息学分析。结果：在4096种基因中,喉鳞状细胞癌与正常组织间存在差异表达的基因。在所检测的4对临床标本中,发现有差异表达的基因36条（0．88％）。生物信息学分析显示,该36条差异表达基因与肿瘤的发病机制可能存在相关性。结论：喉鳞状细胞癌的发生、发展中存在多因素表达调控的改变,对于相关基因群的研究有助于认识肿瘤发病机制。     

微矩阵基因芯片筛选喉鳞癌相关基因的研究

目的：应用基因微矩阵方法筛选喉鳞癌相关基因。方法：按一步法抽提喉鳞癌和对照喉正常组织的总ＤＮＡ并纯化ｍＲＮＡ;将４０９６种人类基因ＰＣＲ产物用ＣａｒｔｅｓｉａｎＰｉｘｓｙｓ７５００点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片;将等量的对照组织和喉鳞癌组织ｍＲＮＡ分别逆转录合成荧光分子掺入的ｃＮＤＡ－链做探针,混合后杂交上述基因芯片,经严格洗片后用ＳｃａｎＡｒｒａｙ３０００扫描仪扫描芯片     

人脑胶质瘤恶性进展相关基因表达谱中凋亡相关基因的分析

目的 探讨细胞凋亡相关基因的异常变化在人脑胶质瘤恶性进展相关基因谱中的作用。方法 采用cDNA芯片检测同一患者初发和两次复发的胶质瘤组织与其正常脑组织中差异基因的表达，建立胶质瘤恶性进展相关基因表达语。根据GeneBank检索的资料分析其中细胞凋亡相关基因的变化。结果 三份肿瘤组织和正常脑组织两两相比，确立与细胞凋亡相关的差异基因31条，其中包括凋亡抑制基因和凋亡促进基因。结论 多种与细胞凋亡相关的基因表达异常参与了人脑胶质瘤的恶性进展。