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相似文献
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1.
目的 基于网络药理学和实验验证探究复方苓桂术甘汤治疗抑郁症的作用机制.方法 运用网络药理学技术筛选苓桂术甘汤中与抑郁症相关的靶点,获取潜在作用靶点后构建PPI网络,利用Metascape平台对潜在作用靶点进行GO和KEGG通路富集分析,采用Cytoscape3.7.1软件构建苓桂术甘汤成分-抑郁症靶点-主要通路网络,并...  相似文献   

2.
目的: 利用网络药理学探究逍遥散治疗乳腺癌(BC)的潜在机制。方法: 从中药系统药理学分析平台(TCMSP)收集组方药物的活性成分及靶点,与Genecards网站收集的乳腺癌靶点取交集后,筛选出逍遥散治疗乳腺癌的潜在靶点,进而绘制中药-活性成分-靶点网络图并分析其核心成分,构建靶蛋白互作网络并分析其核心靶点,并进行基因本体(GO)分子功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后通过分子对接探究核心成分与核心靶点的相互作用。结果: 逍遥散治疗乳腺癌的核心成分为槲皮素、木犀草素和山奈酚,核心靶点为AKT1、IL-6和VEGFA,分子对接表明核心成分与AKT1有较好的结合作用。相关通路机制涉及细胞增殖和凋亡、免疫功能、血管生成、骨质破坏和药物耐药,其中PI3K-Akt信号通路很可能是逍遥散干预的通路。结论: 逍遥散治疗乳腺癌具有多成分、多靶点、多通路综合作用机制,这可为今后阐明逍遥散治疗乳腺癌的具体机制提供参考。  相似文献   

3.
目的 利用网络药理学的方法研究桑白皮治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的作用靶点以及分子机制。方法 利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)获取桑白皮的活性成分及活性成分的作用靶点;在OMIM和GenCards数据库中检索筛选COPD相关的靶点,两者取交集获得桑白皮治疗COPD的核心靶点。由Cytoscape 3.7.0构建活性药物-疾病-成分-靶点网络;STRING数据库构建靶点蛋白互作网络;DAVID数据库对靶点基因开展生物功能与通路富集分析,构建桑白皮活性成分-核心靶点-作用通路网络图。结果 从桑白皮中筛选得到31个活性化合物和93个相应靶点,COPD 3565个相关靶点,两者映射获得治疗COPD作用的活性成分22种:主要为槲皮素、山奈酚等,作用于IL6、VEGFA、EGFR、MAPK8等76个COPD核心靶点,生物功能与通路富集分析表明,桑白皮主要通过调控凋亡过程、细胞增殖、氧化还原过程、老化等生物行为,对信号通路PI3K-Akt、TNF、MAPK、P53、HIF-1等施以调节,起到治疗COPD作用。结论 研究结果体现了桑白皮治疗慢性阻塞性肺疾病多成分、多靶点、多途径的作用特点,...  相似文献   

4.
目的运用网络药理学的方法探究大补脾汤治疗2型糖尿病的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)、SwissTargetPrediction检索大补脾汤中单药的化学成分和作用靶点,通过DrugBank,TTD,TCMSP,DisGeNet数据库查询与2型糖尿病相关的基因。利用UniProt数据库查询靶点对应的基因,进而采用Cytoscape 3.7.0构建化合物-靶点-疾病网络、蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点,最后借助Omicshare Tools在线软件对京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析和基因本体(GO)功能分析进行可视化。结果通过筛选得到151个活性化学成分,791个靶点,其中与2型糖尿病靶点有关的靶点有80个,根据度值和介数中心度的筛选,得到23个关键靶点,包括ALB,PPARG,CYP3A4,SIRT1,SLC2A4,MAOB,NR3C1等。大补脾汤治疗2型糖尿病的通路可能包括胆汁分泌、神经活性配体-受体相互作用、AMPK信号通路、VEGF信号通路、cAMP信号通路等。结论大补脾汤是通过多成分以及多靶点的相互作用,调控多条通路治疗2型糖尿病,但具体的调控机制需要进一步的实验研究验证。  相似文献   

5.
目的:通过网络药理学及分子对接技术预测沙棘治疗癌症的作用机制。方法:利用TCMSP、Unipro数据库收集有效成分及其作用靶标,Venny 2.1寻找交集靶点,通过Gene Cards及OMIM数据库收集和筛选选疾病靶点,STRING v11.0数据库进行PPI网络分析,PDB及Pub Chem进行蛋白质结构及小分子结构确认,通过Cytoscape(Version 3.7. 1)软件网络图构建沙棘治疗癌症关联网络。结果:共筛选沙棘22个活性成分节点,100个靶基因节点,沙棘治疗癌症的潜在机制可能是由槲皮素、山奈酚、β-胡萝卜素、异鼠李素等多个成分作用于TP53、AKT1、MYC、CASP3、VEGFA等关键靶标,对接结果良好。结论:沙棘可能通过多成分、多靶点、多通路的共同作用来发挥其治疗癌症的作用。  相似文献   

6.
目的 基于网络药理学探讨真武汤治疗慢性心力衰竭(chronic heart failure,CHF)的作用机制。方法 通过中药网络药理学分析平台(TCMSP)获取真武汤中候选化合物,利用SwissTargetPrediction平台进行候选靶标预测,并将TCMSP中相应化合物的靶点作为补充,利用Uniprot数据库将靶点蛋白转化成基因名;通过CTD和TTD数据库获取CHF的相关基因,将真武汤靶标(基因)与CHF相关基因取交集作为真武汤治疗CHF的潜在靶标,将交集基因提交至STRING11.0在线数据库进行蛋白互做分析,并借助网络可视化软件Cytoscape 3.7.1绘制蛋白相互作用网络图,利用Excel构建真武汤中药-潜在化合物-潜在靶标网络,并利用Cytoscape 3.7.1进行可视化;通过RStudio的clusterProfiler包进行通路富集分析;利用分子对接技术对关键靶点和化合物的相互作用进行验证。结果 通过设置OB和DL值筛选得到真武汤化合物59种,在获得交集基因36个后,剔除不含交集基因(靶标)的化学成分,最终筛得化合物49种,KEGG富集分析共获得36条,其中13条与CHF相关,分子对接结果显示真武汤主要活性成分与CHF关键靶点具有较好的结合。结果表明去甲乌头碱、3β-乙酰氧基苍术酮、山奈酚、芍药苷、豆甾醇、β-谷甾醇等为真武汤主要活性成分,白介素6、内皮型一氧化氮合酶、血红素加氧酶1、前列腺素G/H合酶2、过氧化氢酶等为主要作用靶标,主要调控环鸟苷酸-蛋白激酶G信号通路、肾素分泌、钙信号通路等通路。结论 本研究初步明确了真武汤通过多成分-多靶点-多通路治疗CHF的作用机制,为深入研究真武汤的药效物质基础和作用机制奠定基础。  相似文献   

7.
目的 基于国家专利数据库联合网络药理学及分子对接方法,筛选治疗糖尿病足有效的中药成分,探索相关机制。方法 挖掘国家专利数据库,运用IBMSPSS Modeler 18获得抗糖尿病足核心中药,从TCMSP、TCMID数据库获得核心中药的主要化学成分,通过GeneCard、TTD、OMIM、DisGeNET、DrugBank数据库查找与糖尿病足治疗相关的蛋白靶点,通过VENNY软件获取核心中药与糖尿病足的交集靶点,后对其进行GO、KEGG及PPI蛋白互作分析。借助Cytoscape软件拓扑分析后筛选出潜在的核心成分以及可能的核心靶点,最后利用Auto dock、PyMol进行对接分子能计算及可视化作图。结果 筛选出潜在治疗糖尿病足核心成分5个及核心靶点6个;分子拟合计算结果显示核心靶点与核心成分稳定结合进而可通过相关信号通路发挥抗糖尿病足作用。结论 槲皮素、木犀草素、山奈酚、黄芩素和β-谷甾醇等可能通过参与TNF、HIF-1等信号通路作用于AKT1、MAPK1、TNF、CASP3、TP53、PTGS2等靶点,发挥抗糖尿病足的作用。  相似文献   

8.
目的 基于网络药理学方法研究葛根发挥降糖作用的主要活性成分、作用靶点,分析和寻找葛根发挥药效作用的通路,了解其多靶点多通路协同作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库获得葛根相关靶点,通过蛋白质相互作用数据库平台及基因功能分析平台获得相关通路及功能注释信息并分析,通过蛋白质网络分析软件构建蛋白质相互作用网络及“化合物-靶点-信号通路-功能”网络进一步确定其多靶点特性,通过分子复合体检测插件,结合其功能和通路对蛋白质相互作用网络进行聚类,获得不同的模块及每个模块的关键基因。通过分子对接对葛根成分小分子及其作用靶点的结合进行验证。结果 筛选到芒柄花黄素、谷甾醇、3′-甲氧基大豆苷元及大豆苷元-4′,7-二葡萄糖苷四种成分。获得3个主要靶点为CYP17A1、NR3C1和HTR2C。结论 通过对靶点功能、通路以及蛋白质相互作用网络的综合分析,共获得3个靶点模块,通过分析其降糖中可能的作用机制及研究现状,能够为葛根的高效利用提供一定的基础。  相似文献   

9.
目的 基于网络药理学方法探究山药治疗阿尔茨海默病的潜在作用机制.方法 通过TCMSP数据库进行山药潜在化学成分获取和靶点预测,运用GeneCards及OMIM数据库预测筛选与阿尔茨海默病相关的基因,采用R软件进行药物靶点与疾病靶点映射匹配.通过Cytoscape软件进行疾病-药物-成分-靶点可视化网络建立,借助Stri...  相似文献   

10.
目的 利用网络药理学分析方法和分子对接探讨紫草多靶点、多通路抗乳腺癌作用机制.方法 通过TCMSP数据库收集紫草的活性成分与靶点,GeneCard与DisGeNET数据库检索与乳腺癌相关的靶点,基于Cytoscape 3.6.1软件及STRING数据库构建活性成分与作用靶点的网络与蛋白相互作用PPI网络,利用David...  相似文献   

11.
目的 运用网络药理学联合分子对接方法探讨温胆汤治疗冠心病合并抑郁的作用机制。方法 通过TCMSP与TCMIP数据库获取温胆汤的活性成分及其作用靶点,以UniProt数据库将靶点规范化命名。通过GeneCards、Disgenet数据库获取冠心病与抑郁相关疾病靶点并取二者交集,取温胆汤与冠心病合并抑郁的交集靶点并进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用AutoDock软件将主要的活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 网络药理学分析显示温胆汤中43个有效成分与49个靶点与冠心病合并抑郁关联密切,与炎症反应、免疫反应、细胞凋亡、胰岛素抵抗、NO的生物合成、平滑肌细胞增殖调控、DNA结合转录因子的调控、细胞外间隙、类固醇结合等生物学过程密切相关,作用涉及HIF-1、肿瘤通路、雌激素信号通路、TNF信号通路、T细胞受体通路等,分子对接结果显示成分与靶点结合较好的是黄芩苷-ALB与黄芩苷-TNF。结论 温胆汤作为一种临床常用方剂可以通过多靶点、多通路、多机制对冠心病合并抑郁进行干预。  相似文献   

12.
目的 采用网络药理学的方法探讨白藜芦醇在糖尿病视网膜病变治疗中的潜在机制,为白藜芦醇防治糖尿病视网膜病变提供理论依据。方法 使用CTD、DGIdb、Drugbank、Swiss Target Prediction、TCMSP数据库获得白藜芦醇的作用靶点。从GeneCard、DisGeNET、OMIM、DrugBank数据库获得糖尿病视网膜病变疾病相关靶点。使用Venn图取交集即为白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变作用靶点。将白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变靶点蛋白上传至String数据库,将所得数据导入Cytoscape 3.7.1,构建白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变靶点蛋白的蛋白互作(PPI)网络,并筛选出核心作用靶点。使用DAVID数据库对白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变靶点基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。对核心作用靶点与白藜芦醇结合力进行分子对接验证。利用细胞活力实验观察白藜芦醇对高糖作用下的人视网膜血管内皮细胞(HRCECs)细胞增殖的影响;检测不同浓度(40、80、160 μmol/L)白藜芦醇对高糖作用下HRCECs细胞STAT3、VEGFA、TNF mRNA表达的影响。结果 共获得白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变作用靶点130个,并筛选出核心靶基因10个。KEGG途径分析富集的信号通路包括TNF信号通路、HIF-1信号通路、FoxO信号通路等。分子对接显示,核心靶基因AKT1、IL-6、TNF、VEGFA、IL-1B、MAPK3、EGFR、JUN、STAT3及CASP3与白藜芦醇亲和力较好,尤其与STAT3、VEGFA和TNF具有强烈的结合活性。细胞实验显示,与模型组相比,白藜芦醇能明显抑制高糖作用下HRCECs的细胞增殖能力(P<0.05、0.01)。同时能明显降低高糖作用下HRCECs细胞STAT3、VEGFA、TNF mRNA表达(P<0.05、0.01)。结论 白藜芦醇治疗糖尿病视网膜病变具有多靶点、多途径的特点。白藜芦醇可能通过作用于VEGFA、AKT1、CASP3、IL-6、STAT3、EGFR、TNF、和MAPK3等核心靶点基因,影响TNF信号通路和HIF信号通路等发挥对糖尿病视网膜病变的治疗作用。  相似文献   

13.
目的 通过网络药理学和分子对接方法,探讨逍遥散治疗肝癌并抑郁症的潜在机制。方法 通过 TCMSP 数据库,以逍遥散组方中药中文名称为检索词,设置口服生物利用度(OB)>30% 和类药性(DL)>0.18 为筛选条件获取中药活性成分与靶点,从 GeneCards 数据库中获取肝癌和抑郁症疾病相关靶点,并将疾病靶点与药物成分靶点相互交集,获取共同交集靶点后,导入 DAVID 数据库进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路和基因本体(GO)功能的富集分析,并进行分子对接验证活性成分与关键靶点的亲和力。结果 获得逍遥散 161 个活性成分和 238 个靶点,而疾病靶点共计 11 204个;成分靶点和疾病靶点取交集得共同靶点 69 个;KEGG 通路富集在 AGEs-RAGE、癌症、HIF-1 等信号通路;分子对接显示核心成分 3β-乙酰氧基苍术酮与白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)等靶点结合活性良好。结论 逍遥散主要通过 3β-乙酰氧基苍术酮介导 ILIB、TNF、BCL2 等靶标,调节 AGEs-RAGE、癌症等信号通路,发挥抗炎、免疫调控、促进细胞凋亡等作用,从而改善肝癌和抑郁症的症状。  相似文献   

14.
目的 运用网络药理和分子对接的方法探析厚朴三物汤治疗便秘的有效成分、作用靶点、信号通路及分子机制。方法运用TCMSP数据库平台筛选厚朴三物汤中的有效成分、作用靶点;通过GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb、DrugBank数据库搜集便秘相关靶点;利用Cytoscape 3.8.2软件构建“药物成分–潜在作用靶点”网络图;再导入String数据库构建靶点蛋白质相互作用(PPI)网络图。使用R语言对关键靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。使用Autodock软件进行分子对接,进一步验证化合物与靶点能在稳定结合。结果 获得厚朴三物汤治疗便秘的相关活性成有分芦荟大黄素、木犀草素、柚皮素等。经过CytoNCA进行拓扑分析,进一步筛选其核心靶点有白细胞介素(IL)1B、血管内皮生长因子(VEGFA)、丝裂原激活蛋白激酶3(MAPK3)、细胞周期蛋白D1(CCND1)、肿瘤蛋白P53(TP53)等。GO富集分析共得生物学过程(BP)2 008条、细胞组成(CC)67条、分子功能(MF)123条,KEGG通路有153条。分子对接结果表明,厚朴三物汤...  相似文献   

15.
目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨麻黄细辛附子汤治疗变应性鼻炎(AR)的作用机制,并结合体外细胞实验进行验证。方法 运用TCMSP平台获取麻黄细辛附子汤的活性成分及作用靶点,通过GeneCards、OMIM、PharmGKB、TTD和DrugBank数据库检索AR疾病靶点。利用STRING平台构建蛋白质相互作用(PPI)网络。通过R语言进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。利用AutoDock对关键化合物与核心靶基因进行对接验证。体外培养人鼻黏膜上皮细胞(HNEpC),使用酶联免疫吸附(ELISA)、流式细胞术、实时荧光定量PCR(qRTPCR)的方法验证麻黄细辛附子汤对炎症因子、细胞凋亡、部分关键靶点表达的影响。结果 经筛选得到麻黄细辛附子汤活性成分62个,治疗AR靶点99个。PPI核心靶点包括前列腺素G/H合成酶2(PTGS2)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)等。KEGG富集分析涉及与免疫炎症相关信号通路,与细胞增殖、凋亡相关信号通路,GO富集分析涉及对脂多糖反应等生物过程,细胞因子受体结合、细胞因子活性等分子功能。分子对接结果表明,活性成分与靶基因紧密结合。细胞实验结果显示,与模型组比较,麻黄细辛附子汤可以减少炎症因子白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-8(IL-8)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)分泌(P<0.05、0.01),抑制细胞凋亡(P<0.01),降低PTGS2MAPK3 mRNA表达、升高MMP-9 mRNA表达(P<0.05、0.01)。结论 麻黄细辛附子汤可以通过多种活性成分作用于多靶点、多通路,调控炎症反应、免疫功能、细胞凋亡等途径发挥治疗AR的作用。  相似文献   

16.
目的 采用网络药理学和分子对接技术预测白术-半夏-茯苓配伍治疗胰腺癌的作用靶点,探讨其治疗胰腺癌的潜在分子作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、PharmMapper、OMIM、GeneCards、STRING、DAVID等在线数据库与Cytoscape软件构建一系列网络图、筛选核心靶点并对靶基因进行GO分析和KEGG通路富集分析,最后通过AutoDock软件对关键活性成分与潜在作用靶点进行分子对接验证。结果 共筛选得到药组活性成分35个,相关靶点190个,胰腺癌靶点1 566个以及白术-半夏-茯苓治疗胰腺癌的交集靶点76个。这些交集靶点主要参与基因表达的正调控,细胞因子介导的信号通路以及细胞凋亡调控等生物学过程,并与癌症通路、乙型肝炎、大肠癌、化学致癌受体激活、胰腺癌以及MAPK信号通路等相关。分子对接结果显示,白术-半夏-茯苓的主要活性成分与胰腺癌的潜在作用靶点间具有一定的结合活性。结论 白术-半夏-茯苓主要通过多成分、多靶点、多通路发挥对胰腺癌的治疗作用,为临床应用白术-半夏-茯苓配伍治疗胰腺癌提供一定的理论依据。  相似文献   

17.
In the present study, we aimed to explore the mechanism of Fu-Zi Decoction in the treatment of chronic heart failure (CHF) using network pharmacology. SymMap database was used to analyze the modern medical (MM) symptoms of various medicines. The chemical components of Fu-Zi Decoction were obtained through TCMSP, ETCM database, and previous results. The targets of Fu-Zi Decoction were obtained through STITCH, SwissTargetPrediction, TargetNET database, and literature. The targets for the treatment of CHF were obtained from the DisGeNET, GEO, and DrugBank databases, and the common parts of the Fu-Zi Decoction targets were screened out to construct the PPI network. The PPI network was decomposed modularly, its functions were analyzed, and the KEGG pathway enrichment analysis was performed. The key target was verified by SwissDock for molecular docking. A total of 205 chemical components of Fu-Zi Decoction, 551 drug targets, and 521 disease targets were collected. Functional enrichment analysis revealed that it was mainly involved in biological processes, such as negative regulation of cell death, oxidative stress, and G protein-coupled receptor regulation. KEGG enrichment findings mainly involved fluid shear stress and atherosclerosis, IL-17 signaling pathway, and so on. The results of molecular docking showed that benzoylaconitine, aconitine, mesaconitine, paeoniflorin, and atractylodes III all had a strong affinity with the core target CXCL8, suggesting that Fu-Zi Decoction could negatively regulate cell apoptosis and oxidative stress through fluid shear stress and atherosclerosis, IL-17 signaling pathway, and so on. Collectively, our data showed that Fu-Zi Decoction had a good effect on the treatment of CHF.  相似文献   

18.
基于网络药理学和分子对接技术,探讨白芍七物汤(BSQWD)治疗结直肠癌(CRC)的作用机制。利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选中药的有效成分和靶标,利用Cytoscape软件绘制综合靶标网络图。通过Gene Cards、OMIM、PharmGKB、TTD和DrugBank数据库确定了潜在的CRC靶标。利用Cytoscape整合BSQWD的化学成分、靶标和疾病。通过STRING平台行蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析。利用R行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路和基因本体(GO)分析,最后利用AutoDock和SYBYL-X2.0进行分子对接。结果表明,7种药材中含有110种化学成分。CRC相关基因共9048个。BSQWD与184个靶基因相关。鉴定到Hub基因,分别为JUN、HSP90AA1、TP53、AKT1、TNF等。富集了2589个GO项目,包括2324个生物学过程、67个细胞组分、198个分子功能。KEGG分析得到179条通路。分子对接结果表明,潜在有效成分cynaropicrin和rivularin与中心基因HSP90AA1和TP53具有良好的结合。本研究表...  相似文献   

19.
目的 使用网络药理学方法探讨黄芪治疗代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)的作用机制。方法 根据TCMSP数据库、GeneCards数据库和比较毒物基因组学数据库数据库,预测和筛选黄芪的活性成分和MAFLD的相关基因,得到黄芪治疗MAFLD的潜在靶点,使用Cytoscape 3.8.0软件和STRING数据库,构建黄芪活性成分与MAFLD相关靶点的成分-靶点网络,分析网络获得重要靶点,并利用Metascape数据库对其进行GO和KEGG通路富集分析。结果 从黄芪中筛选得到叶酸、槲皮素、山柰酚、异鼠李素等20个活性成分,能够作用于91个MAFLD相关靶点,其中IL4、EGFR、MAPK8、TNF、HIF-1α等27个靶点是重要靶点,可能通过调控糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、白细胞介素-17信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化等通路,参与调节MAFLD脂质代谢、氧化应激反应和炎症反应等多种生物过程。结论 黄芪可以通过多靶点、多途径参与MAFLD的治疗。  相似文献   

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