基于网络药理学及分子对接验证探讨退热解毒灵清热抗炎机制

目的：运用网络药理学的方法来筛选退热解毒灵清热抗炎的作用靶点,并且探讨其作用机制。方法：使用TCMSP数据库查询到板蓝根、柴胡、连翘、甘草的主要化学成分以及作用靶点,根据ADME筛选出祛白颗粒的活性成分并且搜集其靶点,通过Genecards、OMIM、TTD、DRUGBANK、DisGeNET数据库搜集相关疾病靶点,使用STRING构建蛋白质间的相互作用网络,接着利用Metascape进行GO功能富集分析和KEGG通路分析,最后利用Cytoscape构建成分-靶点-通路网络。最后进行分子对接验证。结果：退热解毒灵清热抗炎的主要成分有67种,核心靶点有65种,包括PTGS2,HSP90AA1,NOS2,CAMKK2,PTGS1等。GO和KEGG富集结果显示,退热解毒灵清热抗炎的生物学通路主要有神经活性配体—受体相互作用、胆碱能突触、人类巨细胞病毒感染、IL-17信号通路等等。结论：本研究初步揭示了退热解毒灵清热抗炎的多成分、多靶点、多通路的作用机制,为退热解毒灵在临床上的进一步应用提供理论基础。     

基于网络药理学探究逍遥散治疗乳腺癌的潜在机制

目的： 利用网络药理学探究逍遥散治疗乳腺癌（BC）的潜在机制。方法： 从中药系统药理学分析平台（TCMSP）收集组方药物的活性成分及靶点,与Genecards网站收集的乳腺癌靶点取交集后,筛选出逍遥散治疗乳腺癌的潜在靶点,进而绘制中药-活性成分-靶点网络图并分析其核心成分,构建靶蛋白互作网络并分析其核心靶点,并进行基因本体（GO）分子功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后通过分子对接探究核心成分与核心靶点的相互作用。结果： 逍遥散治疗乳腺癌的核心成分为槲皮素、木犀草素和山奈酚,核心靶点为AKT1、IL-6和VEGFA,分子对接表明核心成分与AKT1有较好的结合作用。相关通路机制涉及细胞增殖和凋亡、免疫功能、血管生成、骨质破坏和药物耐药,其中PI3K-Akt信号通路很可能是逍遥散干预的通路。结论： 逍遥散治疗乳腺癌具有多成分、多靶点、多通路综合作用机制,这可为今后阐明逍遥散治疗乳腺癌的具体机制提供参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨“海藻-昆布”治疗甲状腺结节的作用机制

目的： 运用网络药理学探讨"海藻-昆布"治疗甲状腺结节作用机制。方法： 利用中药系统药理学数据库和分析平台（Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）筛选海藻、昆布的活性成分和相关靶点,通过UniProt数据库进行靶点标准化;运用Cytoscape软件构建活性成分-靶点网络;通过Genecards数据库检索甲状腺结节相关基因;利用String数据库构建蛋白互作网络图;通过R语言和Bioconductor数据库对潜在靶点进行基因本体（Gene Ontology,GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析;最后通过分子对接技术将核心活性成分与核心靶点进行对接。结果： 筛选后得到海藻、昆布共11个活性成分,194个相关靶点,核心靶点有AKT1、IL-6、VEGFA、CASP3等;GO分析得到129个相关过程,KEGG分析得到155条信号通路,分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论： "海藻-昆布"治疗甲状腺结节是多成分、多靶点、多通路相互作用的结果,为"海藻-昆布"的临床应用以及甲状腺相关疾病临床研究提供一定的理论依据。     

基于UPLC-Q-TOF-MS/MS和网络药理学研究连翘治疗急性肺损伤的作用机制

目的: 基于UPLC-Q-TOF-MS/MS技术分析连翘的入血成分,并结合网络药理学研究连翘治疗急性肺损伤(acute lung injury,ALI)的作用机制。方法: 使用脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)建立ALI大鼠模型,采用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术鉴定连翘的入血成分,结合PharmMapper、GeneCards和Disgenet数据库筛选连翘入血成分治疗ALI的潜在作用靶点,String平台绘制蛋白互作(PPI)网络图,Cytoscape软件做网络拓扑分析并筛选核心靶点,通过David数据库对核心靶点富集分析,使用Autodock Vina和PyMol软件对相关入血成分与核心靶点进行分子对接。结果: 肺组织切片结果显示ALI大鼠模型制备成功;得到37个连翘入血成分;连翘治疗ALI核心靶点70个,涉及PI3K/Akt、MAPK和Ras等152个相关通路;agatholic acid、无梗五加苷B、连翘苷、连翘酯苷A和芦丁5个入血成分与核心靶点JAK2和JAK3分子对接的结合能均小于-4.25 kJ·mol^-1,对接结果良好。结论: 该研究明确了连翘的入血成分,网络药理学预测agatholic acid、无梗五加苷B、连翘苷、连翘酯苷A和芦丁可能为连翘防治ALI的主要成分,其作用机制可能与靶向JAK2和JAK3调控PI3K/Akt信号通路有关。     

基于网络药理学探讨舒肝解郁胶囊治疗抑郁症的作用机制

目的：基于网络药理学预测舒肝解郁胶囊治疗抑郁症的主要活性成分及其作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法：采用超高效液相色谱-四级杆/静电场轨道阱高分辨质谱（UHPLC-Q-Orbitrap MS）技术对舒肝解郁胶囊中的化合物准确定性,借助中药系统药理学分析平台（TCMSP）和Swiss Tartget Predict数据库对舒肝解郁胶囊中化学成分的作用靶点进行预测,借助OMIM数据库和GeneCard数据库检索抑郁症相关基因,应用UniProt数据库分析药物靶点和疾病基因。采用Cytoscape软件构建蛋白质相互作用（PPI）关系网络,在DAVID数据库对关键靶点（GO）富集分析和（KEGG）通路分析。结果：通过对舒肝解郁胶囊中36个主要化学成分定性分析,对13个有对照品成分进行网络药理学探索,发现舒肝解郁胶囊治疗抑郁症的552个核心靶点及MAPK信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路等主要通路。结论：舒肝解郁胶囊发挥治疗抑郁症的作用体现了中药多成分、多靶点、多途径的协同作用特点,为进一步探索舒肝解郁胶囊治疗抑郁症的机制奠定了理论基础。     

基于网络药理学和分子对接分析薤白治疗心肌缺血再灌注损伤的作用机制

目的：基于网络药理学方法探讨薤白治疗心肌缺血再灌注损伤的作用机制。方法：在中药系统药理学分析平台（TCMSP）上检索和筛选薤白的活性成分、作用靶点;利用OMIM数据库和CTD数据库搜集疾病靶点;找出薤白作用靶点和疾病靶点共有交集靶点,分子对接软件SYBYL验证薤白活性成分与交集靶点结合活性。然后利用String数据库和Cytoscape软件绘制靶点蛋白互作网络,利用DAVID数据库对靶点进行信号通路富集分析,利用Cytoscape软件构建薤白活性成分-靶点-信号通路网络。结果：筛选获得薤白活性成分10个,治疗疾病作用靶点19个。蛋白互作分析结果显示,17个靶点蛋白存在相互作用关系,IL6、TNF、NOS3、CCL2、VEGFA、SOD1、CAT与10个及以上蛋白存在互作关系。信号通路富集结果显示,上述靶点主要与流体剪切应力与动脉粥样硬化、过氧化物酶体、HIF-1信号通路、松弛素信号通路、细胞因子-细胞因子-受体相互作用、IL-17信号通路以及肿瘤坏死因子信号通路等23条信号通路有关。结论：薤白通过多成分、多靶点、多途径治疗心肌缺血再灌注损伤,其作用机制主要通过调控流体剪切应力、氧化应激及炎性反应来发挥作用。     

基于网络药理学的虎杖抗炎活性成分及作用机制研究

目的： 构建虎杖抗炎的"成分-靶点-通路"网络,探究虎杖可能的活性成分及其潜在作用机制。方法： 通过文献和TCMSP数据库查找虎杖化学成分,采用类药性（drug likeness,DL）以及口服生物利用度（oral bioactivity,OB）评估筛选活性成分;通过Drugbank、Pharmmapper数据库筛选虎杖活性成分潜在靶点基因,通过GeneCards和MalaCards数据库得到炎症相关基因靶点;将活性成分的潜在靶点基因与炎症相关基因进行比对,得到虎杖抗炎的潜在靶点基因;使用R语言和KOBAS3.0数据库对靶点基因功能和相关通路进行注释;采用Cytoscape3.6.1软件构建虎杖抗炎作用的"成分-靶点-通路"网络;将筛选得到的部分活性成分和关键靶点进行分子对接。结果： 从虎杖中共筛选出13个活性成分,涉及包括ELANE、PLG、ALB、MMP9等65个基因靶点,影响了Toxoplasmosis、IL-17 signaling pathway、Relaxin signaling pathway、TNF signaling pathway等96条信号通路;分子对接试验结果显示,筛选得到的两个活性成分与关键靶点的结合能力与阳性药物接近。结论： 构建的"成分-靶点-通路"网络图揭示了虎杖通过多成分、多靶点、多通路的形式发挥抗炎作用,分子对接试验间接证实了网络药理学预测结果的可靠性与准确性。研究结果为进一步阐释虎杖抗炎作用机制提供了科学依据。     

网络药理学联合灰色关联分析黄芩抗呼吸道合胞病毒小鼠肺炎的药效物质基础研究

目的 探讨黄芩抗呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus，RSV)的药效物质基础。方法 运用网络药理学分析黄芩抗RSV的作用靶点；UPLC-QTOF-MS/MS定量表征黄芩的共有成分，建立RSV肺炎小鼠模型，检测小鼠体质量、肺指数、肺部病理切片以及IL-6的含量，采用灰色关联度方法对50批次黄芩样品谱-效数据进行关联分析，挖掘黄芩抗RSV肺炎小鼠的有效成分。结果 蛋白互作网络结果确定黄芩抗RSV核心靶点为AKT1、IL-6、TNF、MAPK3、SRC、HSP90AA1、PTGS2；整体动物实验证明，黄芩可不同程度地下调肺指数及炎性因子IL-6含量；灰色关联度分析显示黄芩中抗RSV的化学成分主要为黄酮苷类成分。结论 采用网络药理学方法确定药效靶点，灰色关联度分析成分-靶标数据，挖掘药效物质基础的方法可行，黄芩苷、汉黄芩苷、白杨素-6-C-阿拉伯糖-8-C-葡萄糖苷、白杨素-6-C-阿拉伯糖-8-C-阿拉伯糖苷、白杨素-7-O-葡萄糖醛酸苷等黄酮苷类成分可作为黄芩的Q-Markers用于质量评价。     

西黄丸对H22荷瘤小鼠的抑瘤作用及其机制研究

目的:研究西黄丸对H₂₂荷瘤小鼠的抑制作用及相关作用机制。方法:采用H₂₂荷瘤小鼠模型分析西黄丸对肿瘤抑制作用;流式细胞仪测定血中CD3⁺、CD4⁺、CD8⁺细胞含量;酶联免疫法测定相关因子含量。网络药理学预测其抑制肝癌的相关通路,并用蛋白免疫印迹法(Western blot)对关键蛋白靶点验证。结果:西黄丸给药组可降低H₂₂荷瘤小鼠的肿瘤重量(P<0.05);升高胸腺指数、脾脏指数(P<0.05),升高CD4⁺/CD8⁺水平(P<0.05);升高IL-2、IFN-γ的水平,降低IL-6、IL-10的水平(P<0.05)。网络药理学筛选得到77个重要有效成分,28个核心靶点,Western blot验证显示,西黄丸对PI3K-Akt-MMP9通路关键蛋白靶点有显著调节作用。结论:西黄丸具有抑制肝癌移植瘤的作用,纠正患瘤小鼠的免疫紊乱,其作用机制与多成分多靶点的整合调节效应有关。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨生血宁治疗贫血的机制

目的：利用网络药理学和分子对接技术,探讨生血宁主要成分蚕沙治疗贫血的作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）筛查生血宁有效成分,与GeneCards网站收集的靶点取交集后,筛选出生血宁治疗贫血的重合靶点,绘制中药-活性成分-靶点网络图。利用STRING构建药物治疗贫血的蛋白-蛋白相互作用网络（PPI）,同时对重合靶点进行基因本体的分子功能和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析,最后通过分子对接探究核心成分与核心靶点的相互作用。结果：基因本体（gene ontology,GO）分析和KEGG通路富集结果显示生血宁主要通过调节AMP激活的蛋白质激酶（AMP-activated protein kinase,AMPK）和丝裂原活化蛋白激酶（mitogen-activated protein kinase,MAPK）等通路发挥治疗贫血作用。分子对接结果显示生血宁中活性成分可与蛋白激酶B1（又称AKT1）发生相互作用,其中叶酸和AKT1氨基酸残基ARG 379、ARG 369、RG 99和ASP 540等结合。结论：生血宁的作用机制涉及多靶点多通路,为阐明生血宁治疗贫血的药效学提供了理论依据。     

基于UPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS联合网络药理学探究双黄连解热抗炎的作用机制

目的:基于UPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS方法,利用网络药理学和分子对接技术初步探究双黄连解热抗炎的物质基础及作用机制.方法:利用UPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS技术鉴定双黄连口服液中的主要化学成分.基于网络药理学,将已定性化合物录入Swiss Target数据库筛选成分靶点...     

细胞因子微球检测技术测定异种脱细胞真皮基质口腔修复膜的细胞因子水平

目的:采用细胞因子微球检测技术测定异种脱细胞真皮基质口腔修复膜免疫评价中细胞因子的含量.方法:将异种脱细胞真皮基质口腔修复膜为试验样品,按照高、中、低剂量组植入至Balb/C小鼠皮下28 d.28 d后用细胞因子微球检测技术测定IL-1α、IL-1 β、IL-6、IL-10、IL-17A、IL-23、肿瘤坏死因子α(T...     

Asian sand dust enhances murine lung inflammation caused by Klebsiella pneumoniae

Inhaling concomitants from Asian sand dust (ASD) may result in exacerbation of pneumonia by the pathogen. The exacerbating effect of ASD on pneumonia induced by Klebsiella pneumoniae (KP) was investigated in ICR mice. The organic substances adsorbed onto ASD collected from the atmosphere of Iki-island in Japan were excluded by heat treatment at 360 °C for 30 min. ICR mice were instilled intratracheally with ASD at doses of 0.05 mg or 0.2 mg/mouse four times at 2-week intervals (total dose of 0.2 mg or 0.8 mg/mouse) and were administrated with ASD in the presence or absence of KP at the last intratracheal instillation. Pathologically, ASD caused exacerbation of pneumonia by KP as shown by increased inflammatory cells within the bronchiolar and the alveolar compartments. ASD enhanced the neutrophil number dose dependently as well as the expression of cytokines (IL-1β, IL-6, IL-12, IFN-γ, TNF-α) and chemokines (KC, MCP-1, MIP-1α) related to KP in BALF. In an in vitro study using RAW264.7 cells, combined treatment of ASD and KP increased gene expression of IL-1β, IL-6, IFN-β, KC, MCP-1, and MIP-1α. The same treatment tended to increase the protein level of IL-1β, TNF-α and MCP-1 in a culture medium compared to each treatment alone. The combined treatment tended to increase the gene expression of Toll-like receptor 2 (TLR2), and NALP3, ASC and caspase-1 compared with KP alone. These results suggest that the exacerbation of pneumonia by ASD + KP was due to the enhanced production of pro-inflammatory mediators via activation of TLR2 and NALP3 inflammasome pathways in alveolar macrophages.     

基于网络药理学方法研究枸杞子抗癌作用机制

目的:利用网络药理学的技术和方法探索中药枸杞子中发挥抗癌作用的活性成分及其作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库检索中药枸杞子中的化学成分和靶点,并用Cytoscape3. 7. 1软件建立"化合物-预测靶点"网络、抗癌靶点间的蛋白蛋白相互作用(PPI)网络、"活性成分-疾病靶点"网络和"活性成分-重要靶点-通路"网络,探究枸杞子的抗癌作用机制。结果:"化合物-预测靶点"网络包含30个化合物123个靶点。PPI网络中有77个靶点,度值排名前5的抗癌靶点有PIK3CA、ITGB1、EGFR、IL2和PIK3CD。"化合物-预测靶点"网络说明枸杞子中发挥抗癌作用的活性化合物有22个,可直接作用的抗癌靶点有6个。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路共28条,涉及癌症通路、炎症通路和免疫通路等。结论:本研究初步验证了枸杞子的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

IFN-τ inhibits S. aureus-induced inflammation by suppressing the activation of NF-κB and MAPKs in RAW 264.7 cells and mice with pneumonia

Staphylococcus aureus (S. aureus), a significant cause of pneumonia, leads to severe inflammation. Few effective treatments or drugs have been reported for S. aureus infection. Interferon tau (IFN-τ) is a type I interferon with low cellular toxicity even at high doses. Previous studies have reported that IFN-τ could significantly mitigate tissue inflammation; however, IFN-τ treatment in S. aureus-induced pneumonia has not been well reported. Thus, the aim of this study was to identify the anti-inflammatory mechanism of IFN-τ in S. aureus-induced pneumonia in mice. A S. aureus-induced pneumonia model and RAW 264.7 cells were used in this research. The histopathological as well as lung wet to dry ratio (W/D) and myeloperoxidase (MPO) activity results showed that IFN-τ could protect the lung from S. aureus damage. In addition, ELISA and qPCR revealed that IFN-τ treatment led to a decreased expression of pro-inflammatory cytokines (TNF-α, IL-1β, and IL-6) in both the cells and mouse model, but IL-10 was increased. TLR2, which is involved in the response during S. aureus infection, was also down-regulated by IFN-τ treatment and directly affected NF-κB and MAPK pathway activation. Then, we examined the phosphorylation of IκBα, NF-κB p65 and MAPKs by western blotting, and the results displayed that the phosphorylation of IκBα, NF-κB p65 and MAPKs was inhibited upon IFN-τ treatment in both the cells and mouse model. These findings indicate that IFN-τ has anti-inflammatory properties in vitro and in vivo through the inhibition of NF-κB and MAPK activation, suggesting that IFN-τ may have potential as a therapeutic agent against S. aureus-induced inflammatory diseases.     

儿童肺炎支原体肺炎肺泡灌洗液中细胞因子分析

目的 研究儿童肺炎支原体肺炎（MPP）肺泡灌洗液（BALF）中细胞因子的表达,以进一步研究MPP的发病机制。方法 以90例MPP患儿作为研究对象（MPP组,A组）,依据病程分为A1组（<7 d）、A2组（7～14 d）和A3组（15～30 d）,每组30例。对照组（B组,30例）为同期非MPP且需经纤维支气管镜检查或者治疗的患儿。留取BALF进行相关细胞因子的测定。结果 A组患儿BALF中肿瘤坏死因子（TNF）-α、γ-干扰素（IFN-γ）、白细胞介素（IL）-2、IL-4、IL-6和IL-10水平均高于B组,差异有统计学意义（P＜0.05）。TNF-α、IFN-γ、IL-2在A1组升高最明显;IL-4、IL-6在A2组最高。结论 病程7 d以细胞因子TNF-α、IFN-γ、IL-2升高为主,病程7～14 d以细胞因子IL-4、IL-6升高为主,提示细胞因子在MPP的发展过程中有重要意义。