一步RT-PCR方法在黑龙江省手足口病病原检测中的应用

目的了解核酸检测方法在黑龙江省手足口病病原谱调查中的应用价值,为疾病防控提供依据。方法在全省范围内收集2009年和2010年疑似手足口病病人疱疹液、咽拭子或肛拭子标本,使用人肠道病毒通用引物、肠道病毒71型(EV71)引物和萨奇病毒A组16型(CVA16)引物,采用一步RT-PCR方法进行病原核酸检测,进而分析病原构成,并对部分核酸检测阳性标本进行病毒分离。结果 2009年检测标本985份,其中EV71阳性226份、CVA16阳性191份、EV71和CVA16合并阳性3份,其他肠道病毒阳性100份。2010年检测标本1696份,其中EV71阳性354份、CVA16阳性356份、其他肠道病毒阳性188份。两年标本肠道病毒阳性率平均为52.87%,其中EV71和CVA16占阳性标本中病原总数的79.69%。选取353份核酸检测阳性标本进行病毒分离,共获得毒株265株。结论一步RT-PCR方法用于手足口病病原检测稳定、特异、快捷、易于分型,EV71和CVA16是黑龙江省近两年手足口病的主要病原体。     

咽拭子标本对手足口病疫情监测的应用研究

[目的]明确致手足口病肠道病毒的主要型别,并对咽拭子标本的核酸检测结果进行评价.[方法]2007年收集青岛市5家医院手足口病患者的咽拭子152份,提取病毒RNA. 采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法对病毒RNA进行肠道通用引物及肠道病毒71(EV71)型和柯萨奇病毒16型(CoxA16)特异性引物的检测.[结果]152份咽拭子标本中,83份标本肠道通用引物扩增阳性,阳性率为54.61%.其中,EV71阳性10份,占肠道病毒的12.05%(10/83);CoxA16阳性者42份,占肠道病毒的50.60%(42/83).[结论]手足口病疫情的病原主要以EV71和CoxA16为主,咽拭子标本在手足口病疫情的监测中具有方便、快捷的优点,而且检出率较高.     

2009年广西253例疑似肠道病毒感染病例病原学监测结果分析

目的了解广西肠道病毒的感染情况,为制定预防和控制肠道病毒感染策略提供依据。方法采用实时荧光定量PCR方法,对广西253例疑似肠道病毒感染者咽拭子、疱疹液和粪便标本共505份进行肠道病毒、肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CoxA16)核酸检测。结果共检出290份肠道病毒核酸阳性,阳性率为57.43%,其中EV71核酸阳性105份,阳性率为20.79%,CoxA16核酸阳性143份,阳性率为28.32%。结论 505份标本中CoxA16核酸的阳性率高于EV71;疱疹液标本的阳性检出率高于肛拭子、咽拭子、粪便标本的阳性检出率;CoxA16和EV71是引起儿童手足口病的主要病原体,要加强对CoxA16和EV71的的鉴别诊断。开展手足口病流行病学和病原学研究,将有助于提出更好的预防和控制措施。     

2011年度慈溪市儿童手足口病病原学特征分析

【目的】 研究2011年慈溪市儿童手足口病(hand-foot-mouth disease,HFMD)病原学特征,了解本地区HFMD流行趋势。 【方法】 收集监测哨点医院上送的临床诊断为HFMD病例标本,应用实时荧光(Real-time)RT-PCR法检测标本中的人肠道病毒(HEV)、肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(CVA16)特异性核酸。 【结果】 289例标本中检出总肠道病毒阳性病例260例(89.97%),其中EV71占总阳性率的58.46%,CVA16占总阳性率的22.31%,肠道其他型19.23%;病例年龄集中在1~5岁;男女性阳性比例为1.49∶1;住院病例EV71阳性率为68.97%。 【结论】 EV71和CVA16为本地手足口病的主要病原体,EV71是引起重症和住院病例的优势毒株型,在局部区域内CVA16型占主导。     

莲都区2011年-2013年手足口病病原学特征分析

目的了解丽水市莲都区2011年-2013年手足口病病原学特征,为制定有效的防控措施提供依据。方法对莲都区2011年-2013年手足口病监测哨点医院送检的咽拭子标本,采用实时荧光定量PCR法进行肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)、其他肠道病毒的核酸检测。结果送检的226例临床诊断病例中检出肠道病毒阳性165例,阳性率为73.01%,其中EV71型病毒核酸阳性44份,占阳性标本的26.67%;Cox A16型病毒核酸阳性33份,占阳性标本的20.00%;其他肠道病毒核酸阳性88份,占阳性标本的53.33%。2013年EV71型、Cox A16型、其他肠道病毒核酸阳性构成比分别为16.67%、3.85%、79.49%。结论 2013年与2011年、2012年比较,莲都区手足口病病毒构成存在较大差异,2013年其他肠道病毒占绝对优势,可能导致当年手足口病疫情大幅度上升。     

2008年广东省手足口病实验室检测结果分析

目的对广东省2008年手足口病实验室检查结果进行分析,了解2008年广东省手足口病病原学特征,为实验室诊断手足口病提供参考。方法采集2008年4—12月广东省各地送检的292例手足口病患者的粪便、肛拭子、咽拭子、疱疹液和脑脊液等标本426份和98名手足口病病例接触者的粪便、肛拭子和咽拭子等标本98份,应用RT-PCR技术检测样本中的肠道病毒、肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CVA16)。结果292例手足口病患者的426份各类样本中,检测到肠道病毒阳性267份,EV71病毒特异性基因片段阳性169份,CVA16特异性基因片段阳性36份,EV71和CVA16病毒核酸同时阳性3份。292例手足口病病例中,EV71的检出率较CVA16高,分别为50.68%(148/292)和11.99%(35/292),20例手足口病死亡病例均为EV71感染病例。手足口病病例粪便样本的肠道病毒、EV71和CVA16的检测阳性率最高,分别为76.72%(178/232)、45.26%(105/232)和14.66%(34/232),且在发病9 d后仍能检测到EV71病毒。98名手足口病病例接触者的各类样本中,分别检测...     

德阳市2010年手足口病监测结果分析

[目的]了解2010年德阳市手足口病患者中肠道病毒的主要血清型及EV71毒株的基因型别,为德阳市手足口病的预防控制提供科学依据。[方法]采用实时荧光PCR方法对四川省德阳市手足口病疑似病例的68份咽拭子或疱疹液标本进行肠道病毒通用型(EV)、肠道病毒71型(EV71)型和柯萨奇病毒A组16型(CoxA16)的病毒核酸检测。并对2份EV71阳性标本进行VP1区核苷酸序列测序和进化树分析。[结果]68份标本中,CoxA16阳性率41.18%(28/68),EV71阳性率17.65%(12/68),其他肠道病毒阳性率为7.35%(5/68)。2份EV71毒株VP1区的核苷酸序列进化树分析,证实均属C4基因亚型。[结论]2010年德阳市手足口病以CoxA16感染为主,EV71及其他非CoxA16、非EV71肠道病毒并存。2份德阳EV71毒株经VP1区测序证实为C4基因亚型,与中国内地流行株基因亚型一致。     

威海市504例手足口病标本核酸检测结果分析

目的:对威海市504例手足口病(HFMD)患儿粪便样本实验室检测结果进行分析,了解威海地区HFMD病原特征,为今后制定HFMD防治措施提供依据。方法:对送检的504例临床诊断为HFMD患者标本,应用实时荧光(Real-time)RT-PCR法检测标本中的人肠道病毒(HEV)、肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(CVA16)特异性核酸。结果:504例HFMD患者标本中,EV71阳性率为50.99%,CVA16阳性率为18.25%,其它HEV阳性率为17.26%;46例HFMD重症病例中,EV71阳性率84.78%,CVA16阳性率6.52%。结论:威海地区手足口病病原体以EV71和CVA16为主。EV71型是引起重症病例的优势病毒型,应加强监测,特别是4岁以下婴幼儿的监测。     

慈溪市2010-2011年手足口病病原学检测分析

目的:通过对2010-2011年手足口病(HFMD)病原学检测结果的分析,了解慈溪市HFMD流行特征.方法:收集监测哨点医院上送的临床诊断为HFMD病例标本,应用实时荧光(Real-time) RT-PCR法检测标本中的人肠道病毒(HEV)、肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(CVA16)特异性核酸.结果:443例标本中检出总肠道病毒阳性病例394例(88.94％),其中CVA16占总阳性率的22.34％,EV71占总阳性率的56.09％.病例年龄集中在1～5岁;男女性阳性比例为1.51:1;住院病例EV71阳性率为68.97％.结论:CVA16和EV71为该地手足口病的主要病原体,EV71是引起重症和住院病例的优势毒株型,在局部区域内CVA16型占主导.     

2010～2011年玉林市手足口病病原学检测结果分析

[目的]掌握玉林市手足口病病例的病原学特点,为有效控制疫情提供科学依据。[方法]对2010～2011年玉林市手足口病病原学检测结果进行分析。[结果]2010～2011年合计检测手足口病病例标本753份,肠道病毒核酸阳性的633份,阳性检出率为84.06%。其中,2010年336份标本的阳性率为94.35%,2011年417份标本的阳性率为75.78%。2年中,EV71核酸阳性率为44.62%,CoxA16核酸阳性率为18.46%,其他肠道病毒核酸阳性率为20.98%。2010年EV71、CoxA16、其他肠道病毒核酸阳性率分别为87.74%、4.46%、7.14%,2011年EV71、CoxA16、其他肠道病毒核酸阳性率分别为13.51%、29.74%、32.13%。[结论]2010年玉林市手足口病病原主要是EV71,2011年主要为CoxA16和其他肠道病毒。     

2010～2012年北京市顺义区手足口病病原学检测结果分析

目的 通过对2010～2012年北京市顺义区手足口病（Hand-foot-and-mouth disease,HMFD）实验室检测结果分析,了解顺义区手足口病病原学特征,为手足口病防控工作提供科学依据.方法 对2010～2012年顺义区684例临床诊断为手足口病患者标本,应用实时荧光定量RT-PCR法检测标本中的肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A组16型（CVA16）、非EV71和CVA16的其它肠道病毒（EV）特异性核酸.结果 684例HFMD患者标本中,肠道病毒阳性率为47.37％ （324/684）.病原谱构成以CVA16型为主,占55.56％（180/324）,其次为EV71占32.41％（105/324）,其他肠道病毒占12.03％ （39/324）;4～7月为HFMD检出高峰期;0～5岁为高风险年龄组;性别比1.49∶1,男性阳性率略高于女性,但差异无统计学意义（x2 =0.163,P＞0.05）;散居病例阳性检出率较高.结论 2010 ～2012年顺义区HFMD病例病毒阳性检出率较高,CVA16是优势病毒型别;每年春夏季节,应加强对流动人口聚居区5岁以下儿童的手足口病防控工作.     

2015-2016年贵州省手足口病非EV71、非CVA16肠道病毒型别鉴定和分析

目的 探讨2015-2016年贵州省手足口病非EV71(Enterovirus 71,EV 71)、非CVA16(Coxsackievirus A16,CVA16)肠道病毒株的病原构成及优势型别。方法 共收集2015-2016年贵州省儿童手足口病疑似患者肛拭子350例标本,应用实时荧光定量PCR法筛选出非EV71、非CVA16型肠道病毒,采用 RT-PCR法扩增病毒VP1区序列,PCR阳性扩增产物进行测序,对测得序列进行型别鉴定并与国内外各型代表株进行核苷酸同源性分析,构建系统进化树。结果 从收集到的手足口病疑似患者肛拭子标本中,共分离到21株其他肠道病毒,分别为:CVA5、CVA7、CVA9、CVB3(Coxsackievirus B3,CVB3)、 CVB4 、E11(Echovirus11,ECHO11)、 E17各1株,CVA10 、CVB1各2株,CVB5、E7各5株。通过系统发育树揭示,分离到的同型别毒株之间具有同源性,而非同型别的毒株与国内外各代表株之间具有同源性。结论 贵州省引起手足口病的非EV71、非CVA16型肠道病毒型别分布较广,包括CVB组,CVA组和ECHO病毒,其中CVB5、E7为非EV71、非CVA16型肠道病毒主要病原体。     

实时荧光RT-PCR快速检测手足口病病原体结果分析

目的建立手足口病的实时荧光RT-PCR检测技术平台,开展手足口病病原学检测工作,为手足口病防控提供实验依据。方法用实时荧光RT-PCR法检测河池市2010—2011年手足口病EV、EV71和CA16病毒核酸。结果共检测578例手足口病临床诊断病例样本,421例EV阳性,阳性率为72.84%;其中EV71阳性109例(25.89%),CA16阳性198例(47.03%),其他肠道病毒阳性114例(27.08%);6岁以下儿童EV阳性占所有感染者的99.05%;2010和2011年儿童EV71、CA16、其他肠道病毒阳性率分别为47.86%、10.00%、18.57%和9.59%、42.01%、20.09%;重症病例EV71阳性率为65.38%。结论实时荧光RT-PCR法,适合于手足口病快速确诊及常规监测,特别是重症病例诊断的重要依据。该市不同年度手足口病感染型别有差异,2010年的主要病原体为EV71,其次是其他肠道病毒;而2011年的主要病原体为CA16,其次其他肠道病毒。6岁以下儿童是EV感染的高危人群;EV71是引起重症病例的主要病原体。     

实时荧光PCR技术在手足口病病毒核酸检测中的应用

目的探讨实时荧光RT-PCR和逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测手足口病病毒核酸的应用价值。方法采集2009年5-8月奉贤区幼儿疑似肠道病毒感染者粪便和咽拭子标本,分别用实时荧光RT-PCR和逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法对肠道病毒EV71、Coxsackie A16(CoXA16)病毒进行检测。结果在对38例疑似病例的粪便和咽拭子标本进行检测时,用实时荧光RT-PCR方法检测到EV71、CoXA16阳性标本为63份,阳性率为82.89%;而用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法检测到52份阳性标本,阳性率为68.42%。结论实时荧光RT-PCR技术具有特异性强、灵敏度高的特点,且能在采样后数小时内检测到病毒的RNA,从而达到快速诊断的目的。因此,该方法对肠道病毒的流行病学调查及控制起重要作用。     

2016-2017年盐城地区手足口病病原谱构成及EV71型肠道病毒VP1基因特征

目的 了解2016-2017年盐城地区手足口病肠道病毒病原谱分布情况,并对鉴定为EV71型肠道病毒VP1基因进行分子进化特征分析。方法 通过实时荧光RT-PCR方法对2016-2017年盐城市疑似手足口病咽肛拭子标本进行肠道病毒阳性标本的筛选,对非EV71非CVA16其他肠道病毒进行分子分型,RT-PCR扩增EV71型肠道病毒VP1基因片段并测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 2016-2017年盐城市手足口病原主要以其他肠道病毒为主,EV71和CVA16仍占有一定比例。共有12个基因型肠道病毒的流行,分别为EV71、CVA16、CVA2、CVA4 、CVA6、CVA8、CVA9、CVA10、ECHO3、ECH09、ECHO13、CVB4。其中,CVA6型为绝对优势流行株。遗传进化树显示,盐城地区EV71型代表株属于C4基因型C4a基因亚群的毒株,盐城代表株在C4a基因亚群进化谱中进化为两个主流分支。其中,盐城地区2016年8株代表株和2017年26株共34株处于较强传播链中。重症病例EV71型代表株在进化树呈散在性分布,没有单独聚集成簇。结论 2016-2017年盐城市手足病病原有多种基因型的肠道病毒同时流行,CVA6是优势病原体,EV71型属于C4基因型C4a基因亚群的毒株,EV71型肠道病毒仍是引起重症的主要型别。     

2011-2013年龙岩市手足口病流行病学 及病原学特征分析

摘要:目的　分析2011-2013年龙岩市手足口病（HFMD）流行病学和病原学特征。方法　运用描述流行病学方法对龙岩市2011-2013年HFMD资料进行分析。选取部分经实时荧光RT-PCR法检测,其他肠道病毒（Enterovirus,EV）阳性咽拭标本,用人横纹肌肉瘤（RD）细胞进行病毒分离,用RT-PCR法进行检测、序列测定和同源性分析,对分离到的病毒进行分析鉴定。结果　2011-2013年龙岩市HFMD发病率均处于较高水平。发病高峰出现在5-7月,男性多于女性。＜5岁儿童病例占报告总病例的93.6%,散居儿童占75.4%。104份其他EV阳性标本病毒分离培养物,经RT-PCR法检测EV阳性88份（84.6%）,其中29份肠道病毒71型（EV71）阳性,4份EV71和柯萨奇病毒A16型（CVA16）同时阳性,3份柯萨奇病毒B5型（CVB5）阳性,2份柯萨奇病毒A10型（CVA10）阳性,50份EV阳性培养物仍未能分型。分离到的EV71型属于C4a基因亚型。CVA16型属于B1b基因型。结论　龙岩市HFMD 疫情处于高流行态势,＜5岁散居儿童是主要发病人群,病原仍以EV71和CVA16为主,同时发现了CVB5和CVA10病毒。     

2012-2013年福州市手足口病原学调查研究

摘要:目的　对2012-2013年福州市手足口病进行病原学调查研究并对其流行病学特征进行分析,旨在全面了解福州地区手足口病的肠道病毒。方法　收集2012-2013年福州市区临床表现为手足口病的样本1031份,通过荧光定量RT-PCR、巢式RT-PCR以及NCBI提供的BLAST序列比对确定肠道病毒型别。利用CVA6特异性引物鉴定2012-2013年福州市其他肠道病毒。对2012年CVA6手足口病例进行流行病学特征分析。结果　1031份标本中878份显示EV阳性,检出率为85.16%（878/1031）,其中EV71 426例,阳性率为45.52%（426/878）;CVA16 93例,阳性率为10.60%（93/878）;其他肠道病毒359例,阳性率为40.88%（359/878）,其中CVA6 为218例,阳性率为24.83%（218/878）。另还发现CVA10和Echo3肠道病毒。流行病学特征分析发现0～5岁年龄组儿童为CVA6主要发病人群（构成比为94.04%）,男女性别比为1.66∶1;CVA6构成比情况在各月有较大差异,总体起伏明显,9月的CVA6病例构成比占62.50%,达到2012年最高峰。结论　EV71、CVA16和CVA6是福州市手足口的主要肠道病原体,CVA6病毒已经超过CVA16成为第二大病原体,2012年CVA6主要发病人群为0～5岁儿童,9月份为发病高峰期。     

2013-2015年郴州市手足口病病原谱及柯萨奇病毒A6基因特征分析

目的 了解2013-2015年湖南省郴州市手足口病(hand, foot, and mouth disease,HFMD)病原谱和优势毒株基因特征,为该病的防控提供科学依据。 方法 采集2013-2015年郴州市HFMD临床诊断病例肛拭子或粪便标本,用荧光定量PCR方法检测人肠道病毒71型(human enterovirus 71, HEV71)、柯萨奇病毒A组16型(coxasckievirus A16, CVA16)、CVA6、CVA10和其他肠道病毒(HEV)。除上述型别外无法分型的其他HEV阳性标本再进行RT-PCR扩增,通过基因测序比对,鉴定病原体型别。 结果 郴州市2013-2015年共检测HFMD标本2 343 份,肠道病毒阳性1 325份,阳性检出率为56.55%;HFMD病原谱包括16种肠道病毒,已知型别中前5位分别为CVA6(31.77%),CVA16(16.45%),HEV71(13.74%),CVA10(11.47%),柯萨奇B组5型(CVB5)(0.30%),仍有25.13%的其他HEV未分型;聚集性病例以CVA16和其他HEV为主,重症及死亡病例以HEV71和其他HEV为主,不同年份(χ²=64.90,P<0.001)、不同类型( χ²=56.41,P<0.001)。郴州市的CVA6分离株均分布于同一进化簇, 与长沙市分离株亲缘关系最近。 结论 2013-2015年,CVA6已成为郴州地区引发手足口病的主要病原型别,在手足口病监测中应加强非HEV71和非CVA16型肠道病毒检测。