汉坦病毒基因分型方法的建立及其核苷酸序列特征分析

目的使用RT—nested PCR分型检测方法及核苷酸序列测定技术，对来源于福建省内HFRS监测点的鼠肺标本及病人血清进行基因分型并对部分标本的核苷酸序列进行分析比较。结果24份阳性鼠肺标本中检出率为95．8％；20份病人血清标本中仅11份扩增阳性，检出率分别为：83％（≤1周），12．5％（〉1周）。扩增阳性标本中仅1份RT—PCR分型为HTN型，其余均为SEO型。这与核苷酸序列分型结果相一致。结论近年福建省流行的汉坦病毒仍以SEO型为主。核酸序列比较分析发现，福建省内同一地区流行的SEO型汉坦病毒核苷酸的同源性很高，大于99％，而不同地区病毒间核酸序列变异比较大。尤其是永春和松溪这两个地区的毒株差异达到20％左右，可能是SEO型中两个新的亚型。     

2007年浙江丽水地区汉坦病毒的分离与型别鉴定

目的对2007年从浙江省丽水地区肾综合征出血热(hemorrhagic fever with renal syndrome,HFRS)疫区鼠肺分离的汉坦病毒进行型别鉴定和分子生物学特性研究。方法将汉坦病毒抗原阳性的鼠肺标本接种Vero-E6细胞,分离汉坦病毒。提取病毒总RNA,应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒S基因全片段,克隆入质粒载体,进行核苷酸序列测定及分析,应用DNA STAR软件分析比较,确定病毒型别。结果从疫区7份阳性鼠肺中分离到2株汉坦病毒,经汉坦病毒单克隆直接荧光血清检查和基因序列测定,结果为汉滩型(HTN)病毒,2株病毒与国际标准株76-118(HTN型)和80-39(SEO型)S片段核苷酸的同源性分别为84.7%、84.6%和64.2%、64.0%。结论浙江省丽水地区可能存在以HTN型病毒为主的肾综合征出血热自然疫源地。     

汉坦病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的通过建立汉坦病毒实时荧光定量PCR检测方法,快速准确地检测汉坦病毒。方法根据汉滩型和汉城型汉坦病S片段基因的序列分别设计特异性探针引物,使用含有目的基因片段的重组质粒标准品绘制标准曲线,建立检测两型汉坦病毒的实时荧光定量PCR方法。结果建立的检测方法特异性良好,与其他常见病原不发生交叉反应;最低检测限为101copies/μl,灵敏度高;不同梯度定量模板的拷贝数的对数值与Ct值之间线性关系表达式分别为y=-3.4607x＋40.988（HTN）,y=-3.5307x＋39.356（SEO）,扩增效率分别为92.2%（HTN）和92.6%（SEO）,相关系数R2分别为0.9968（HTN）和0.9997（SEO）,呈良好的线性关系,且重复性好。结论建立的实时荧光定量PCR灵敏度高,重复性好,可用于汉坦病毒的快速检测,并可初步辨别汉滩型和汉城型汉坦病毒,对肾综合征出血热的病原早期诊断和流行病学调查有较好的应用价值。     

新疆地区少数民族静脉吸毒HCV感染者基因型与病毒载量的研究

目的了解新疆地区通过静脉吸毒途径HCV感染者体内HCV基因型特点、病毒载量以及二者相关性。方法收集317例有明确静脉吸毒史的丙肝患者血清,提取病毒RNA,荧光定量PCR检测血清HCV载量,并用逆转录—巢式PCR扩增HCV RNA阳性血清病毒cDNA片段进行酶切分析,测定基因型。结果本组114例血清HCVRNA阳性,其中基因1型90例,HCV RNA含量1×10（6.90±1.26）IU/ml;基因2型22例,HCV RNA含量1×10（5.12±0.77）IU/ml;2例未能分型。1型患者比例及病毒载量均高于2型（P均〈0.05）。结论新疆地区通过静脉吸毒途径HCV感染者体内病毒载量与其基因型有关,HCV1型病毒载量明显高于2型。     

福建省汉坦病毒基因分型及基因序列分析

目的了解福建省汉坦病毒的型别及分子特征。方法汉坦病毒阳性鼠肺标本中提取病毒RNA,应用汉坦病毒型特异性引物进行RT-PCR扩增及核苷酸序列测定,对汉坦病毒进行基因分型和同源性分析。结果3份来自我省肾综合征出血热混合型疫区黄胸鼠、针毛鼠和黄毛鼠的鼠肺标本中均发现携带HTN型病毒,1份来自我省家鼠型疫区褐家鼠鼠肺标本则携带SEO型病毒。ZH1和ZH48同源性较高为953%,ZH53与之差异较大,同源性仅82.7%～83.3%,而其与HTN型病毒Q36差异最小,核苷酸序列同源性为937%。结论FJF3属SEO型;ZH1、ZH48及ZH53同属HTN型;而ZH53可能属于HTN型中的一个新亚型。     

汉坦病毒M、S基因分型及种系进化分析

摘要：目的 探讨湖南省肾综合征出血热（HFRS）患者及宿主动物黑线姬鼠携带汉坦病毒的基因型别及序列特征。方法 应用免疫荧光试验（IFA）对鼠肺标本进行粗筛,提取IFA阳性鼠肺组织及HFRS患者血清总RNA,设计汉坦病毒M、S基因特异性引物,应用RT-PCR技术进行扩增,回收阳性扩增产物并克隆到pMD-18 T载体进行序列测定,将所测序列与国内外HTNV及SEOV病毒株序列进行核苷酸同源性分析,应用MEGA5.0.4软件构建M、S基因种系进化树。结果 IFA阳性鼠肺标本荧光显微镜下可见散在的黄绿色针尖大小样颗粒; RT-PCR法扩增汉坦病毒M、S基因,HTNV通用引物可见490bp与593bp的阳性条带;阳性产物进一步应用HTNV分型引物进行M、S基因检测,分别扩增出一约242bp与276bp大小的条带;SEO 型特异性M、S基因片段内侧引物扩增反应均为阴性;编号为Hunan01、Hunan02、Hunan03的M、S基因序列与HTNV型84FLi株、SN7株的同源性最高,与SEOV型Gou3株的同源性最低;种系进化分析表明,Hunan01、Hunan02、Hunan03为汉坦病毒H5亚型。结论 湖南省存在HTNV型感染病例与宿主动物,基因分型技术能进一步对病毒亚型进行鉴定。     

辽宁省鼠类感染肾综合征出血热的病原学及分子生物学检测比较

目的了解辽宁省鼠间带毒、鼠密度及鼠种构成与汉坦病毒的分子特征。方法采用夹夜法对鼠密度、鼠种构成及鼠带毒率进行监测,用间接免疫荧光方法检测HFRS抗原,用Vero-E6细胞对病毒进行传代分离,RT-PCR方法对阳性毒株进行基因分型及测序分析。结果鼠密度在春秋季各出现一个高峰,村内鼠密度高于村外鼠密度,褐家鼠为优势鼠种。带毒率无显著性差异,各鼠种间带毒率无显著性差异。5株病毒,有2个遗传分支,4株为HV的SEO型,1株为HTN型,4株SEO型HV基本位于系统发生树的同一进化枝上;1株HTN型HV,与汉滩病毒标准株76-118接近。结论辽宁省每年存在春秋季两个鼠密度高峰,带毒率同季节及鼠种无关。辽宁省是以SEO型HV为主的SEO和HTN混合型疫区,且SEO型汉坦病毒变异较小。     

实时荧光定量PCR在登革热病毒快速检测中的应用

目的应用实时荧光定量PCR快速检测登革热病毒感染。方法采集疑似登革热患者血清,采用实时荧光定量PCR检测登革热病毒,同时采用ELISA检测血清登革热IgM抗体。结果患者发病第7d血清登革热IgM血清抗体A值为0.236和0.237(临界值0.250),高度疑似阳性,第13d血清IgM抗体阳性。患者发病第2d,通用型核酸检测显示血清登革热病毒核酸含量较多,经过治疗,于第7d病毒拷贝下降。发病第2d,核酸检测确定感染病毒为登革热Ⅲ型;发病第13d血清登革Ⅲ型病毒核酸检测阴性。结论实时荧光定量PCR法具有准确性好、灵敏度高等优点,可用于登革热病毒感染的快速检测。     

河北省肾综合征出血热疫区鼠携带汉坦病毒基因特征分析北大核心CSCD

目的了解河北省肾综合征出血热(HFRS)疫区鼠携带汉坦病毒(HV)的基因特征。方法收集2019年河北省各地市捕获的鼠类标本,无菌下解剖取肺组织,应用Real-time PCR对阳性鼠标本进行HV G2片段扩增并测序,运用DNASTAR 7.1软件包对核苷酸序列进行同源性比较,采用MEGA 5.22软件构建系统发生树分析。结果共收集951份鼠肺标本,经Real-time PCR检测HV阳性标本共24份,均为汉城型(SEO)。对12份标本进行序列测定,鼠肺标本病毒间变异不大,同源性达97.3%~100.0%。新测序株与以往测序株比较同源性为97.3%~99.7%。系统发生树分析显示12份标本均为S3亚型HV。结论河北省HFRS疫区HV基因型以SEO型为主,亚型为S3亚型,同亚型病毒基因高度同源,无明显变异,遗传物质具有区域稳定性特征。     

陕西延安地区肾综合征出血热流行情况研究报告

目的 明确陕西延安地区为肾综合征出血热疫源地及病毒基因型别。方法 择有疫情报告地,进行人群疫情调查及健康人群特异性抗体检测;用夹夜法捕鼠,调查鼠种及鼠密度,采集鼠肺、血标本。人血、鼠血分别用IFA和ELISA法检测IgG抗体;鼠肺采用RT-PCR检测汉坦病毒(HV)RNA,测定PCR产物并与HV代表株76-118和Seoul序列进行比较。结果 对延安市防疫站2001年统计的7例HFRS患者进行流行病学调查,均属在当地感染;检测延安市洛川县交口河镇245例人血标本HV特异性IgG抗体,阳性50例,人群隐性感染率为20.41％。22份鼠肺及鼠血标本,IFA抗HV IgG阳性3例,ELISA阳性5例。从一只鼠血抗体阳性的鼠肺中检测到HV RNA,序列测定符合Seoul S片段序列(94％)。结论 延安市洛川县交口河镇为HFRS疫源地及新疫区,洛川交口河镇健康人群、褐家鼠、小家鼠中有HV感染,病毒型别为SEO型。     

柏氏禽刺螨传播家鼠型汉坦病毒的研究

目的：研究柏氏禽刺螨在传播家鼠型肾综合征出血热病毒中的作用。方法：每罐放柏氏禽刺螨100只，于室温为23±1℃环境下饥饿4d，分别叮刺感染汉坦病毒（Hantaanvirus）或浙45株（Z45）大鼠乳小鼠2只或感染汉城病毒（Seoulvirus）UR株大鼠乳小鼠2只各12h，为感染螨，用感染后d15的螨叮刺正常大鼠乳小鼠9只，d30取感染鼠的肺和血清，用间接免疫荧光测试。于d15和d23取感染螨用聚合酶链反应测试其体内病毒RNA。结果：柏氏禽刺螨分别叮刺感染汉坦病毒Z45株和感染汉城病毒UR株大鼠乳小鼠后, 再分别叮刺正常大鼠乳小鼠5 只和4 只。IFAT 检测结果汉坦病毒Z45 株组的鼠全部阳性, 汉城病毒UR 株组的4 只鼠中3 只阳性, 其抗体滴度, 前者为10- 40, 后者为20- 40, 病毒在螨体内可保存22 d 以上。阻断试验显示, 病毒免疫血清1∶20 作用肺切片标本后, 部分阻断荧光抗体反应, 与未经稀释的血清作用后全部阻断特异性荧光反应。对照组正常鼠肺片和血清经IFA T 检测均阴性。结论: 柏氏禽刺螨可作为家鼠型肾综合征出血热的传播媒介和贮存宿主。     

南京都市圈肾综合征出血热疑似病例血清学检测及基因亚型分析北大核心CSCD

目的通过检测肾综合征出血热疑似患者血清标本中特异性抗体和病毒基因组RNA,了解其基因型别及序列特征。方法采用胶体金法、荧光定量PCR法、巢式PCR法进行样本检测,对巢式PCR扩增后的阳性产物进行双向测序获得M基因部分片段序列,与各亚型代表株对应序列进行同源性分析并构建系统进化树,确定其基因亚型。结果122份标本中,IgM阳性27份,阳性率22.1%,IgG阳性57份,阳性率46.7%;荧光定量PCR法检测汉坦病毒核酸阳性13份,阳性率10.7%;15份样本经巢式PCR扩增测序后获得目的片段,其中13株分别属于汉滩病毒H5、H6、H9亚型和汉城病毒S3亚型,另有两株病毒株已形成新的亚型。结论南京都市圈存在汉滩病毒和汉城病毒流行,其中汉滩病毒存在多种亚型。     

Viral and clinical factors associated with the fulminant course of hepatitis A infection

Fulminant hepatitis is a severe complication of hepatitis A virus infection. Its mechanism is unknown. Liver transplantation can be necessary, but spontaneous recovery is frequent. There are no data on the level of viral replication according to the clinical form of hepatitis A. We reviewed the files of 50 patients with acute hepatitis A. Nineteen patients had fulminant hepatitis (defined by encephalopathy and factor V <50%), and, from them, 10 patients underwent transplantation. Hepatitis A virus (HAV) RNA was quantified by real-time PCR on sera obtained at admission. The genotype was determined by phylogenetic analysis of HAV RNA. HAV RNA was detected in serum by RT-PCR in 39 out of 50 patients. Encephalopathy and low factor V level were significantly related to female gender, HAV PCR negativity (9/19 vs. 5/31, respectively; P =.03), a low serum HAV RNA level (log, 3.6 +/- 0.6 vs. 4.4 +/- 0.9, respectively; P =.02), genotypes other than IA, and acetaminophen intake. In multivariate analysis, low or undetectable HAV viral load and a high bilirubin level were independently associated with both low factor V levels and fulminant hepatitis and also with death or transplantation. In conclusion, HAV-related liver failure is due to an excessive host response associated with a marked reduction in viral load. Serum HAV RNA assay could be of help in the management of severe hepatitis A.     

PCR-ELISA用于HFRS病人早期诊断的研究

目的　建立检测HFRS患者血清标本中HV基因的PCR -ELISA方法。方法　设计并合成互补于HVS基因片段的标记引物 ,对 98例HFRS患者血清进行RT -nestedPCR扩增 ,并用酶免方法分析扩增产物。结果　 98例患者不同病日采集的血清标本的RT -nestedPCR平均检出率仅为 6 0 .2 % ,而PCR -ELISA平均检出率为 80 .6 %。结论　PCR -ELISA用于早期HFRS患者的HV基因检测是一种理想的检测方法     

Increased Plasma Cell-Free DNA Level during HTNV Infection: Correlation with Disease Severity and Virus Load

Cell-free DNA (cf-DNA) in blood represents a promising DNA damage response triggered by virus infection or trauma, tumor, etc. Hantavirus primarily causes two diseases: haemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) and Hantavirus cardiopulmonary syndrome (HCPS), depending on different Hantavirus species. The aim of this study was to evaluate plasma cf-DNA levels in acute phase of HFRS, and to correlate plasma cf-DNA with disease severity and plasma Hanttan virus (HTNV) load. We observed the appearance of cf-DNA in 166 plasma samples from 76 HFRS patients: the plasma cf-DNA levels peaked at the hypotensive stage of HFRS, and then decreased gradually. Until the diuretic stage, there was no significant difference in plasma cf-DNA level between patients and the healthy control. Exclusively in the febrile/hypotensive stage, the plasma cf-DNA levels of severe/critical patients were higher than those of the mild/moderate group. Moreover, the plasma cf-DNA value in the early stage of HFRS was correlated with HTNV load and disease severity. In most of the patients, plasma cf-DNA displayed a low-molecular weight appearance, corresponding to the size of apoptotic DNA. In conclusion, the plasma cf-DNA levels were dynamically elevated during HFRS, and correlated with disease severity, which suggests that plasma cf-DNA may be a potential biomarker for the pathogenesis and prognosis of HFRS.     

酶斑点杂交法与双抗体夹心法检测汉坦病毒感染的比较

目的将酶标抗汉坦病毒NP抗原单链抗体应用于酶斑点杂交法和双抗体夹心法,检测汉坦病毒感染,探索价格低廉早期HFRS诊断试剂。方法以戊二醛偶联辣根过氧化物酶和抗汉坦病毒NP抗原单链抗体,制备酶标单链抗体,并应用于酶斑点杂交法和双抗体夹心法中,检测56份早期HFRS患者血清及66份阴性对照血清。结果56份HFRS患者血清中,双抗体夹心法检测出29例阳性,阳性率为51.79%,酶斑点杂交法检测出28例阳性,阳性率为50.00%,两方法检测66例阴性对照血清,结果均为阴性。统计学处理,两方法差异不显著。结论以酶标抗汉坦病毒NP抗原单链抗体制备的酶斑点杂交和双抗体夹心诊断试剂,均为稳定性好、假阳性率低、造价低廉、诊断可靠的诊断试剂。