RYBP在原发性肝细胞癌中表达的临床意义

目的：探讨PcG(polycomb group)相关蛋白RYBP在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中差异表达 的临床意义。方法：采用免疫组织化学法检测77例HCC癌组织及癌旁正常组织中RYBP的表达水平,分析其表达水平 与HCC临床病理特征、患者5年生存率及预后的关系。结果：RYBP在HCC癌组织中的表达水平明显低于癌旁正常组 织(P<0.05)。HCC患者RYBP表达水平与HBsAg,ALT,谷氨酰转肽酶(glutamyl transpetidase,GGT)、III型前胶原、肿瘤 大小、远处转移、肿瘤分化程度等临床指标明显相关(P<0.05)。Kaplan-Meier分析表明HCC癌组织中RYBP低表达患者 无复发生存率(recurrence-free survival,RFS)和总体生存率(overall survival,OS)均明显低于RYBP高表达患者(P<0.05)。单因素Cox回归分析提示低龄和RYBP高表达是RFS的保护因素,而GGT、淋巴结转移、TNM分期、肿瘤分化程度和肿瘤大小等指标是RFS的危险因素(P<0.05);RYBP高表达是OS的保护因素,但肿瘤个数,ALT,GGT,甲胎蛋白(alpha fetoprotein,AFP),腹膜癌胚抗原(peritoneal carcinoembryonic antigen,pCEA),淋巴结转移,TNM分期和肿瘤大小是危险因素(P<0.05)。多因素Cox回归分析显示年龄、GGT、淋巴结转移和TNM分期是RFS的独立危险因素(P<0.05),淋巴 结转移和TNM分期是OS的独立危险因素(P<0.05)。受试者工作特征曲线分析提示：与血清中AFP水平相比,肿瘤组织 中RYBP的表达水平能更好地预测HCC患者的预后。结论：PcG相关蛋白RYBP在HCC组织中表达降低,影响HCC患者 的预后,可能成为HCC治疗的新靶点。     

MiRNA-155在肝细胞癌组织中的表达及其与临床病理特征和预后的关系

目的:观察微小RNA-155(miRNA-155)在肝细胞癌(hepatocellular cancer,HCC)组织中的表达及其与临床病理特征和预后的关系。方法:应用实时定量反转录PCR检测77例HCC患者癌组织和癌旁组织中miRNA-155表达情况,并分析不同病理特征HCC患者间miRNA-155表达差异。Kaplan-Meier生存曲线分析miRNA-155和患者预后的关系。结果:miRNA-155在HCC癌组织中表达量显著高于癌旁组织(P<0.01);高miRNA-155表达和HCC患者TMN分期(P<0.05)、微血管侵犯(P<0.05)密切相关。Kaplan-Meier生存分析显示,miRNA-15高表达的HCC患者平均生存期(16.07±1.52)个月,miRNA-155低表达患者为(28.25±1.38)个月,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:miRNA-155在HCC患者中存在过表达,且与患者预后存在一定关系。     

AGXT2L1低表达对肝细胞癌患者预后的评价意义

目的:利用表达谱数据探讨AGXT2L1在肝细胞癌中的表达水平;分析AGXT2L1与肝细胞癌临床病理特征的关系;评价AGXT2L1对肝细胞癌预后评价的意义。方法:搜集NCBI的GEO公共数据集,对表达谱资料进行质检后,对样本及其对应的临床信息进行各临床相关指标的回顾性分析(卡方检验)和预后分析(Kaplan-Meier法);利用基因集富集分析(GSEA)的方法分析预测受AGXT2L1调控的相关基因。结果:在肝细胞癌中,AGXT2L1的表达显著低于癌旁组织;低表达AGXT2L1与患者甲胎蛋白(AFP)水平、肿瘤结节数目、肿瘤分期和转移潜能密切相关(P<0.05);低表达AGXT2L1的患者的总体生存期和无病生存期显著低于高表达组的患者(P<0.05);AGXT2L1可以影响与脂肪酸和脂质代谢相关的基因集。结论:AGXT2L1在肝细胞癌中显著低表达,与多个病理指标显著相关,其低表达与术后较差预后相关,并且AGXT2L1可以调控脂肪酸和脂质代谢。     

基于生物信息学分析SLC44A4基因在乳腺癌中的表达及其临床意义

目的 通过分析生物信息数据库,探讨胆碱转运蛋白样蛋白SLC44A4基因在乳腺癌中的表达及其临床意义.方法 检索Oncomine数据库,分析SLC44A4基因在不同类型肿瘤中的表达情况;检索基因表达谱动态分析(gene expression profiling interactive analysis,GEPIA)数据库,对比乳腺癌组织与正常乳腺组织之间SLC44A4基因的表达差异,分析该基因的表达水平与乳腺癌临床病理分期的关系.利用Kaplan-Meier Plotter在线分析SLC44A4基因表达水平与乳腺癌患者预后的关系.检索肿瘤单细胞(CancerSEA)数据库分析SLC44A4基因与乳腺癌单个细胞功能状态的相关性.结果 SLC44A4在多种肿瘤组织中高表达.与正常乳腺组织相比,乳腺癌组织中SLC44A4基因的表达明显升高(P＜0.05),且不同临床病理分期和分型的乳腺癌患者SLC44A4基因表达水平比较差异有统计学意义(P＜0.05).从总体来看,SLC44A4基因高表达组总生存(overall survival,OS)期高于低表达组(P＜0.05).此外,SLC44A4基因的表达与乳腺癌细胞的侵袭、细胞周期、DNA修复呈正相关性.结论 SLC44A4基因在乳腺癌组织中高表达,与患者预后相关,并与乳腺癌细胞功能存在一定相关性.     

利用TCGA数据库分析GRB2在肝细胞肝癌中的表达及临床意义

目的分析GRB2在肝细胞肝癌(HCC)中的表达与HCC患者临床特征及预后的相关性,进而预测GRB2与HCC发生发展的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)中选取HCC中GRB2的基因表达谱及相关临床和病理资料,分析GRB2在HCC癌组织和癌旁组织中的表达情况以及HCC癌组织中GRB2表达量与HCC患者临床特征及预后的关系。结果 GRB2在HCC癌组织中的表达高于癌旁组织(P<0.05)。GRB2表达水平与HCC临床病理分级、TNM分期、血清甲胎蛋白(AFP)水平相关,HCC临床病理分级、TNM分期、血清AFP水平越高,GRB2表达量越高(P<0.05)。COX多因素分析显示GRB2高表达和TNM分期是影响HCC患者预后的独立危险因素。结论 GRB2可作为促癌基因在HCC患者的肿瘤组织中呈高表达,提示HCC患者预后不良,有望成为早期诊断HCC的分子标志物和判断预后的指标。     

生物信息学分析SLC10A1在肝细胞癌的临床意义和作用机制

目的 探讨溶质载体家族10成员1 (SLC10A1)在肝细胞癌(HCC)中的表达、作用机制及免疫浸润特征。方法 利用肿瘤和癌症基因组图谱数据库和高通量基因表达数据库中的HCC数据信息,分析SLC10A1的表达与HCC临床病理特征、生存期之间的关系,Western blotting验证其在HCC组织中的表达水平;利用“DESeq2”差异表达分析和基因集富集分析探讨其潜在作用机制;TISIDB和TIMER数据库用于免疫浸润分析。结果 SLC10A1在HCC中显著低表达,低表达SLC10A1的HCC患者总体生存期、疾病特异性生存期和无进展生存期更短,临床预后不良。组成型雄烷受体通路、硫氨基酸代谢、过氧化物酶体脂质代谢和脂肪酸Ω氧化等胆汁酸代谢相关通路是SLC10A1参与HCC进展的潜在机制。SLC10A1表达与细胞毒性T细胞、辅助型T细胞1、辅助型T细胞2、滤泡辅助性T细胞和巨噬细胞浸润呈负相关关系。结论 SLC10A1在HCC中低表达,其表达降低致使HCC患者预后差、复发率高,胆汁酸代谢相关通路失调、免疫逃逸促进可能是SLC10A1参与HCC发生发展的关键途径。     

泛癌中SLC7A7表达的预后意义及其与免疫微环境的关系

SLC7A7是溶质转运蛋白超家族的重要成员之一,能够通过某些信号通路调控细胞周期、抑制肿瘤细胞迁移和侵袭,可能对肿瘤的预后具有重要意义.然而,SLC7A7在肿瘤进展和肿瘤免疫学中的潜在功能和机制仍不清楚.应用TIMER比较了多种癌症类型和正常组织中SLC7A7基因表达量的差异.使用cBioPortal分析SLC7A7拷贝数变化和突变的频率.使用MANTIS评估TCGA队列中的微卫星不稳定性.CIBERSORT算法用于估计浸润免疫细胞类型和免疫评分的相对分数.进行Kaplan–Meier生存曲线分析以评估泛癌的预后价值,SLC7A7在多种癌症中异常表达.在子宫内膜癌中SLC7A7突变频率最高.通过分析肿瘤微环境中SLC7A7表达与免疫细胞浸润之间的关系,发现对于不同的癌症,SLC7A7表达与浸润肿瘤的免疫细胞之间的相关性有所不同.发现24种癌症类型中SLC7A7的高表达与M1型巨噬细胞浸润相关.最后,泛癌生存分析表明,SLC7A7高表达在肾上腺皮质癌(ACC),肾嫌色细胞癌(KICH),胶质瘤(LGG),肝癌(LIHC),胰腺癌(PAAD),胸腺癌(THYM)和葡萄膜黑色素瘤(UVM)预后较差.SLC7A7低表达在肉瘤(SARC),皮肤黑色素瘤(SKCM)中预后较差.这些发现表明,SLC7A7在肿瘤免疫微环境中起着重要作用,并且已确定SLC7A7在某些类型的癌症中具有预后价值.因此,SLC7A7是癌症免疫疗法和有效的预后生物标志物的潜在目标.     

miR-197在肝细胞肝癌组织中的表达及临床意义

目的探讨microRNA-197(miR-197)在肝细胞肝癌(HCC)中的表达及临床意义。方法从癌症基因组图谱(TCGA)中提取有关HCC的miR-197基因表达谱和相关临床特征及预后信息,利用SPSS统计学软件分析miR-197在HCC癌组织和癌旁正常组织中的表达情况,分析miR-197与HCC患者临床特征及预后的相关性。结果 miR-197在HCC癌组织中的表达量低于癌旁正常组织,差异有统计学意义(P<0.05)。TNM分期与HCC癌组织miR-197表达水平有关(P<0.05)。性别、年龄、病理分级、血清AFP水平与HCC癌组织miR-197表达水平无关(P>0.05)。miR-197高表达组HCC患者的整体生存率高于miR-197低表达组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 miR-197可参与HCC的发生发展过程,有望被作为早期诊断HCC的生物标志物。     

E2F2在肝细胞肝癌组织中的表达及临床意义

目的观察E2F2在肝细胞肝癌(HCC)组织中的表达水平,并分析其与HCC患者的性别、年龄、血清AFP浓度、病理学分级、TNM分期及预后的关系。方法下载并处理癌症基因组图谱(TCGA)中有关HCC的基因组学数据和所研究个体的临床资料,利用SPSS统计软件分析E2F2在HCC组织和癌旁组织中的表达水平,探讨E2F2表达水平与HCC患者性别、年龄、血清AFP水平、病理学分级、TNM分期等临床资料的关系以及对HCC患者预后情况的影响。结果 E2F2在HCC组织中的表达水平高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.05);血清AFP浓度高的患者E2F2表达水平高于血清AFP水平低的患者,差异有统计学意义(P<0.05);病理学分级中Ⅲ～Ⅳ级HCC患者E2F2表达水平高于Ⅰ～Ⅱ级HCC患者,差异有统计学意义(P<0.05)。E2F2高表达组患者整体生存率低于E2F2低表达组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 E2F2参与肝细胞肝癌的进展过程,是早期诊断肝细胞肝癌的肿瘤分子标志物及预后判断因子。     

基因表达谱分析肝细胞癌的特征基因

目的:生物信息学方法建立全面的肝细胞癌（HCC）差异表达基因谱以及初步筛选基于该恶性肿瘤样本的特征 基因。方法:利用R语言中的edgeR包分析不同组之间差异表达的基因（DEGs）。利用STRING数据库分析预测蛋白质的 功能联系和蛋白质相互作用。R语言的clusterProfiler包做GO（gene ontology）（包括biological process、 molecular function和cellular component）及KEGG（kyoto encyclopedia of genes and genomes）通路富集分析。 筛选差异基因显著富集的GO和KEGG分子途径。利用SLC7A11（solute carrier family 7 member 11）和CCDC14 （coiled-coil domain-containing 14）基因作为肝细胞癌的标志物,利用ELISA法进行检测（确诊的HCC阳性患者为 HCC组,共195例;HCC阴性正常人群为对照组,共107名）,计算阳性率。结果:与癌旁对照样本相比,一共鉴定出454 个差异表达基因,其中高表达基因234个,低表达基因220个。PPI方法进一步筛选出排名前10的重要潜在基因,其中 SLC7A11和CCDC14两个基因排名靠前。利用富集分析,差异基因主要集中在neuroactive ligand-receptor interaction通路中。与对照组相比,HCC组SLC7A11和CCDC14存在显著的高表达[SLC7A11:（70.12±14.3） ng/mL比 （23.12±7.11）ng/mL,t=6.17,P<0.001;CCDC14:（6.17±2.31）pg/mL比（2.13±0.84）pg/mL,t=5.35, P<0.001]。SLC7A11针对HCC检测阳性率达到80.2%,而CCDC14达到68.8%。结论:SLC7A11和CCDC14可以作为HCC的两个 潜在的有效临床生物标志物。