出入境人群HIVenv基因部分序列特征和亚型研究

目的 对出入境人员中的艾滋病病毒(HIV)感染者进行病毒基因型测定，监测国内外流行的HIV毒株的状况及其变化。方法 用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)或直接套式PCR方法扩增HIVenv基因C2-V3区及其邻近的基因片段，然后直接进行核苷酸序列测定，与国际标准亚型序列比较，确定基因型并进行系统分析。结果 2003年确认的19例HIV阳性样品中，15例扩增出目的基因片段并进行了序列测定，确定为B亚型4例，B’亚型2例，D亚型2例，CRF01-AE重组亚型1例，CRF02-AG重组亚型6例。这些不同亚型的HIV-1感染者来自包括中国在内的6个国家。HIV-1基因型的分布与我国国内有很大不同。结论 出入境人群中HIV-1基因型种类多且复杂，监测出入境人群HIV基因型及其变化对于发现和鉴定新型变异毒株十分重要。     

出入境人群HIV-1型env C2-V3区段基因序列分析和亚型研究

目的 了解出入境人群艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)感染者毒株基因亚型分布及流行特征.方法 收集2001年以来上海口岸HIV抗体检测确认阳性的血样标本,提取前病毒DNA,使用套式聚合酶链反应进行体外扩增,获得包膜蛋白区基因(env)的核酸片段,测定其序列和进行亚型分析.结果 获得20例标本的亚型分析结果,共检出8个亚型,包括B亚型7例,CRF02-AG 3例,C亚型3例,CRF01-AE 2例,A亚型2例,B、CRF07-BC和CRF08-BC亚型各1例.上海口岸HIV-1毒株亚型分布于11个国家和地区,主要流行B亚型.结论 上海口岸流行的HIV-1毒株复杂多样,出入境人员是我国HIV毒株输入的主要渠道,流行毒株以性接触传播为主.     

河北省不同途径感染人群HIV-1基因亚型分析

目的了解河北省不同途径感染人群艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)亚型分布特点。方法从感染者的血浆样品中提取病毒RNA,反转录后采用套式聚合酶链反应(Nested PCR)扩增HIV-1 gag和env基因的部分片段,对PCR产物直接进行核苷酸序列测定,所获序列与各亚型国际参考株序列比对,进行系统进化树分析,确定基因型。结果对154份HIV-1感染者的样品进行扩增,得到了146份样品的HIV-1基因片段。发现6种HIV-1亚型和重组型,其中B’亚型61例(41.8%),CRF01_AE 59例(40.4%),CRF07_BC 16例(11.0%),CRF08_BC 6例(4.1%),C亚型和B01重组株各2例(1.4%)。血液途径传播为B’亚型,男男性行为传播以CRF01_AE和B’亚型为主。结论河北省不同途径感染人群HIV-1亚型分布具有明显的人群特征。血液途径传播者为单一B’亚型,性传播人群中亚型分布较广。     

MSM人群急性HIV-1感染者病毒亚型分析

目的研究2007-2009年男男性行为人群（MSM）艾滋病病毒-1型（HIV-1）的基因亚型,以监测MSM人群HIV病毒株的最新流行情况。方法采集95例MSM急性HIV-1感染者的外周全血,从外周全血浓缩白细胞中提取脱氧核糖核酸（DNA）,用巢式聚合酶链反应（Nested-PCR）对HIV-1的前病毒DNA进行扩增,然后检测并分析PCR扩增产物的核苷酸序列,确定病毒的基因亚型。结果 95例感染者平均年龄为（35.02±9.15）岁,其中20～50岁的青壮年45例（94.74%）,未婚51例（53.68%）,大专或大学及以上文化程度者30例（占31.58%）。感染者中共发现CRF01_AE亚型、B亚型、BC重组亚型（包括CRF07_BC和CRF08_BC）及C亚型4种亚型。其中CRF01_AE重组亚型56例（占58.95%）,B亚型28例（占29.47%）,BC重组亚型10例（占10.53%）,C亚型1例（1.05%）。结论 MSM人群急性HIV-1感染者年轻化,文化程度普遍偏低。小样本流行病学调查显示,急性HIV-1感染者中有CRF01_AE亚型、B亚型、BC重组亚型及C亚型4种亚型病毒株流行,CRF01_AE亚型为MSM人群的主要亚型。     

四川省2014年HIV-1分子流行病学调查北大核心

目的了解四川省艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)流行毒株的亚型、人群和地域分布。方法通过抽样调查的方法,采集2014年7-9月新报告的、未经抗病毒治疗的HIV-1感染者的血样400份,采用巢式聚合酶链反应(Nested PCR)扩增HIV-1 pol和gag基因区,对获得的核酸序列进行系统进化分析。比较不同亚型毒株感染者首次随访的CD4^+T淋巴细胞(简称CD4细胞)水平。结果四川省HIV-1流行毒株的亚型有:CRF07_BC(58.22%)、CRF01_AE(29.50%)、CRF08_BC(4.96%)、CRF85_BC(3.39%)、B(2.09%)、C(0.78%)、CRF02_AG(0.52%),以及CRF07_BC/CRF01_AE重组型(0.52%)。毒株分布显示出明显的地域特征。CRF01_AE感染者的基线CD4细胞水平更低。结论以C亚型为骨架的BC重组亚型,在四川省表现出明显的流行优势。提示应结合流行毒株有针对性地提供艾滋病防治工作建议。     

江西省HIV-1基因序列流行特征分析

目的对江西省艾滋病病毒1型(HIV1)感染者进行基因亚型分析,了解HIV1的流行情况、亚型种类、毒株来源及其变异特征等,为政府部门预防控制决策提供技术资料。方法传统流行病学与分子流行病学相结合,对江西省27例HIV1感染者进行流行病学相关因素分析和基因序列、系统进化树分析。结果江西省HIV1感染人群中流行的毒株主要为HIV1CRF01AE,占6897%(20/29),其次为泰国B(B’)、CRF07BC、C三种亚型。序列分析表明,20份样品与泰国代表株相近,与CRF01AETH90CM240平均基因距离为947±271;3份样品与我国BC重组代表株相近,与BC重组代表株(CRF07BCCN97C54A)平均基因距离为566±241;3份样品与BCNRL42相近,与代表株BCNRL42平均基因距离为502±103;1份样品与印度代表株(CIN95IN21068)相近,基因距离为1299。而与已知的其它亚型国际参考株间的平均基因距离都在20%以上。系统进化树分析表明,27份样品与其相应的亚型共享序列聚集在一起,并远离其它国际参考株。吸毒人群中几乎全为HIV1CRF01AE,组内基因距离293±140(n=13),经性传播的四种亚型均有。结论目前江西省HIV1感染者中流行毒株为CRF01AE、CRF07BC、泰国B(B′)、C四种亚型,以CRF01AE为主。CRF01AE主要在吸毒人群中传播,局部爆发或流行时间大约有2年半左右,江西省HIV流行已     

河南驻马店市性传播HIV感染者中流行的HIV亚型分析北大核心

目的分析河南驻马店市经性传播的艾滋病病毒(HIV)感染者中,HIV流行毒株亚型及其毒株特征。方法通过专业问卷调查,了解驻马店地区经性传播HIV感染者的基本状况。采集感染者的EDTA抗凝静脉血,检测其CD+4T淋巴细胞(简称CD4细胞)计数,提取外周血浆中病毒核糖核酸(RNA),使用反转录巢式荧光定量聚合酶链反应(PCR)方法扩增病毒全长gag和部分pol基因,利用Clustal软件比对序列,利用BioEdit软件手工校对,利用NCBI网站HIV分型工具分析病毒亚型,利用MEGA软件构建NJ树,分析病毒系统进化关系。结果共收集到HIV感染者血液74份,全部经性传播感染HIV。经过测序,共获得HIV全长gag基因56条(75.7%),全长pol基因38条(51.4%)。对61例HIV感染者感染病毒亚型进行了分析,其中B亚型毒株47例(77.0%),CRF01_AE毒株6例(9.8%),CRF07_BC毒株4例(6.6%),C亚型毒株2例(3.3%),新型重组毒株2例(3.3%)。系统进化分析显示,所有的B亚型毒株均为Thai B毒株。38例获得pol区序列的样本中,有4例具有耐药突变。结论驻马店市性传播HIV感染者中流行的HIV毒株构成复杂,Thai B亚型毒株是优势毒株,CRF01_AE、CRF07_BC、C等亚型毒株均已进入该人群,而且出现了新型重组毒株。针对该人群的HIV流行毒株监测至关重要。     

河南驻马店市性传播HIV感染者中流行的HIV亚型分析

目的分析河南驻马店市经性传播的艾滋病病毒(HIV)感染者中,HIV流行毒株亚型及其毒株特征。方法通过专业问卷调查,了解驻马店地区经性传播HIV感染者的基本状况。采集感染者的EDTA抗凝静脉血,检测其CD+4T淋巴细胞(简称CD4细胞)计数,提取外周血浆中病毒核糖核酸(RNA),使用反转录巢式荧光定量聚合酶链反应(PCR)方法扩增病毒全长gag和部分pol基因,利用Clustal软件比对序列,利用BioEdit软件手工校对,利用NCBI网站HIV分型工具分析病毒亚型,利用MEGA软件构建NJ树,分析病毒系统进化关系。结果共收集到HIV感染者血液74份,全部经性传播感染HIV。经过测序,共获得HIV全长gag基因56条(75.7%),全长pol基因38条(51.4%)。对61例HIV感染者感染病毒亚型进行了分析,其中B亚型毒株47例(77.0%),CRF01_AE毒株6例(9.8%),CRF07_BC毒株4例(6.6%),C亚型毒株2例(3.3%),新型重组毒株2例(3.3%)。系统进化分析显示,所有的B亚型毒株均为Thai B毒株。38例获得pol区序列的样本中,有4例具有耐药突变。结论驻马店市性传播HIV感染者中流行的HIV毒株构成复杂,Thai B亚型毒株是优势毒株,CRF01_AE、CRF07_BC、C等亚型毒株均已进入该人群,而且出现了新型重组毒株。针对该人群的HIV流行毒株监测至关重要。     

大连市HIV-1亚型分布及流行特征分析

目的了解大连市近年新确证艾滋病病毒（HIV）感染者HIV-1的基因亚型分布及其流行特征。方法对144份全血标本分离血浆,提取核糖核酸,巢式聚合酸链反应扩增及序列测定,对测得的序列进行生物信息学分析,确定基因亚型,分析流行特征。结果 144份全血标本中,得到103例HIV感染者的有效基因序列,包括CRF01-AE、B（B’）、C、CRF-BC亚型及未确定重组型。其中CRF01-AE重组型占62.14%（64/103）,B（B’）占25.24%（26/103）,C亚型占1.94%（2/103）,BC重组型占9.71%（10/103）,未确定重组型占0.97%（1/103）。系统进化树显示,大连毒株与东北、北京等地区的毒株亲缘关系较近,存在交叉传播。结论大连市HIV感染者中,CRF01_AE为主要流行亚型,性途径尤其是男男同性传播是各亚型主要传播途径,与全国范围分子流行病调查结果有统计学差异。     

浙江省2003-2005年HIV-1感染者分子流行病学研究

目的掌握浙江省2003-2005年新发现感染者艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)毒株基因亚型分布和变异情况。方法对2003-2005年浙江省境内检测新发现的HIV-1感染者进行一般流行病学调查并采集血样,提取前病毒DNA,使用套式聚合酶链反应对gag基因区进行扩增并测定其序列。结果采集143份血样,112份扩增阳性,检出CRF01-AE亚型43例,CRF07-BC 37例,CRF08-BC 11例,B亚型20例,CRF02-AG 1例。CRF01-AE分布在11个市中的9个市,主要存在于异性性途径感染者中(53.5%),并已成为外省籍注射吸毒感染者的主要构成(44.8%)。CRF01-AE和CRF07-BC的亚型组内平均离散率在静脉吸毒感染者和性传播感染者中比较,差异有统计学意义。结论浙江省2003-2005年新检出感染者HIV-1毒株呈现多重组型别特征,CRF01-AE成为分布最广的类别,呈现扩大流行的趋势。HIV-1在性乱人群之间的传播要比在注射吸毒人群复杂,变异更大。     

昆明市2006年注射吸毒者中HIV-1基因亚型分析

目的研究分析昆明市2006年注射吸毒者中艾滋病病毒-1型（HIV-1）的基因亚型流行情况,为更清楚地掌握昆明市HIV流行模式,制订抗病毒治疗方案和疫苗研发提供参考数据。方法采用“一对一”的问卷调查,收集基本人口学特征及HIV感染危险行为信息,采集血样,利用套式聚合酶链反应（Nested—PCR）对HIV前病毒的gag基因进行扩增,对扩增产物进行纯化、测序,通过构建系统进化树和在线比对来判定序列所属基因亚型。结果62名研究对象所感染HIV—lgag基因被成功扩增、测序、判定基因亚型。其中1人所感染的HIV-1为CRF01-AE重组型,其余均为CRF07BC重组型或CRF08-BC重组型。12名对象除注射海洛因外,还发生过商业性行为,感染CRF01-AE的对象就是发生过商业性行为的注射吸毒者。结论2006年发现的HIV-1阳性注射吸毒者中,CRF07-BC、CRF08-BC重组型毒株占据了绝对优势,同时存在CRF01-AE的流行。     

桂北地区HIV-1感染者HIV-1病毒亚型分布观察

目的观察桂北地区HIV感染者HIV-1病毒亚型分布。方法采集桂北地区80例HIV-1感染者的静脉血,提取其中单个核细胞的DNA,用巢氏PCR扩增病毒膜蛋白env基因的C2-V3区,对PCR纯化产物进行测序,并应用GCG软件等对序列进行分析。结果通过PCR扩增得到env基因序列55份,分属4个亚型,分别为B型1份,CRF07-BC型19份,CRF08-BC型23份,CRF01-AE型8份,C型4份。感染途径为静脉吸毒者16例,性34例,非法献血2例,不详3例。16例吸毒感染者中CRF08-BC型12例,CRF07-BC型4例。34例性行为感染者中CRF07-BC型19例,CRF08-BC型11例,CRF01-AE型4例。结论桂北地区HIV感染者存在HIV-1亚型多样。静脉吸毒感染者以CRF08-BC型为主。性行为感染者以CRF07-BC型和CRF08-BC型为主。     

The changing molecular epidemiology of HIV type 1 among northern Thai drug users, 1999 to 2002

CRF01_AE and subtype B have dominated the HIV-1 epidemic in Thailand since 1989. We reported a new circulating recombinant form of HIV-1, CRF15_01B, as well as other unique CRF01_AE/B recombinants among prevalent HIV infections in Thailand. We sought to study this challenging molecular picture through assessment of subtypes among recent HIV-1 seroconverters in northern Thai drug users. A total of 847 HIV-1 seronegative drug users (342 IDU and 505 non-IDU) were enrolled, from 1999 to 2002, in a prospective study; 39 HIV-1 incident cases were identified and characteristics were collected. The overall HIV-1 incidence rate was 2.54/100PY, but it was 10.0/100PY among male IDU. HIV was strongly associated with injection history; 38 of 39 seroconverters gave a history of IDU. A near full-length genome of HIV-1 was recovered by PCR amplification and sequenced from peripheral mononuclear cell extracted DNA of 38 seroconverters. Phylogenetic analysis revealed that 33 (86.8%) were CRF01_AE and 5 (13.2%) were CRF01_AE/B recombinants. These recombinants had different structure but shared some common breakpoints, indicating an ongoing recombination process. Recombinant infection increased with year of sampling (0 to 57.1%). The molecular epidemiology of HIV-1 among drug users in northern Thailand has thus entered a new era. CRF01_AE remains predominant while pure subtype B is becoming rare, and now a substantial component of the epidemic. These findings support the need for CRF01_AE and subtype B components in clade-matched vaccine strategies for Thai phase III trials. Ongoing molecular surveillance of circulating HIV-1 strains is imperative for the evaluation of HIV vaccine efficacy.     

Global and regional distribution of HIV-1 genetic subtypes and recombinants in 2004

OBJECTIVE: To estimate the global and regional distribution of HIV-1 subtypes and recombinants in 2004. DESIGN: A study was conducted in which molecular epidemiological data on HIV-1 subtype distribution in individual countries were combined with country-specific estimates of the number of people living with HIV. METHODS: HIV-1 subtype data were collected for 23 874 HIV-1 samples from 70 countries, which together accounted for 89% of all people living with HIV worldwide in 2004. The proportions of HIV-1 infections due to various subtypes detected in each country were combined with the number of HIV infected people in the respective countries to generate regional and global HIV-1 subtype distribution estimates. RESULTS: Subtype C accounted for 50% of all infections worldwide in 2004. Subtypes A, B, D and G accounted for 12%, 10%, 3% and 6%, respectively. The subtypes F, H, J and K together accounted for 0.94% of infections. The circulating recombinant forms CRF01_AE and CRF02_AG each were responsible for 5% of cases, and CRF03_AB for 0.1%. Other recombinants accounted for the remaining 8% of infections. All recombinant forms taken together were responsible for 18% of infections worldwide. CONCLUSION: Combining data on HIV-1 subtype distribution in individual countries with country-specific estimates of the number of people living with HIV provided a good method to generate estimates of the global and regional HIV-1 genetic diversity in 2004. The results could serve as an important resource for HIV scientists, public health officials and HIV vaccine developers.     

山西某县农村外来嫁入女性及配偶中HIV感染者病毒序列特征分析

目的 分析山西省某县农村外来嫁人女性及配偶中感染艾滋病病毒（HIV）的毒株分布和传染源，为制定有效的艾滋病防治措施提供科学依据。方法 采集17名感染HIV的农村外来妇女及这些外来妇女的4例阳性配偶的外周血，提取前病毒DNA，应用套式PCR进行艾滋病病毒gag基因检测，使用GCG软件包对扩增序列进行分析，并对这些HIV感染者进行相关流行病学调查。结果 在送检的21份HIV确认阳性的样本中，共获得18份gag基因序列。基于gag基因区的序列分析结果表明：其中13份为CRF01_AE亚型（占72．2％），1份为B’亚型（占5．6％），2份为B’／C重组型（占11．1％），1份为C亚型（占5．6％），另有1例样本不确定。B’／C重组与新报告的云南瑞丽发现的B／C重组亚型相似性最大。18份样本中有3对为HIV双阳性的夫妻，系统树分析表明，每对夫妻感染毒株在系统树上聚在一起，处于一个分支，彼此间的基因距离均很小（0．007～0．009），推测为近期的家庭内传染。结论 山西以往的HIV感染者的主要来源为采供血途径，近年外来高危人口的大量输入，已是山西HIV感染人群的重要毒株来源，使该地区的流行毒株从单一型向多样化发展，并已有家庭内传播的发生。这种形式使该省艾滋病的防控工作更加复杂，今后外来高危人口应纳入当地省艾滋病疫情的重点监测对象，降低传播情况的发生。     

深圳市HIV-1分子流行病学及不同亚型混合感染研究

目的 了解深圳市HIV分子流行病学及不同亚型混合感染情况.方法 对429例HIV-1感染者进行详细的流行病学调查,提取外周静脉抗凝血中的病毒核酸,RT-PCR巢式扩增病毒的包膜蛋白(env)和核心蛋白(gog)基因的核酸片段,结合HIV数据库和Mega软件分析测序结果,建立进化树,确定每个基因的亚型.结果 在400份合...     

武汉市HIV-1相关基因序列分析及亚型分布

目的研究武汉市HIV感染人群中的HIV毒株的亚型分布特点和流行规律。方法采集武汉市60名已被确认为HIV-1感染者的抗凝全血样品,提取前病毒DNA,用巢式聚合酶链反应方法（nested-PCR）扩增病毒膜蛋白env基因的C2-V5区及gag基因的部分区段,对PCR纯化产物直接测序,并应用GCG软件对序列进行分析。结果通过PCR扩增得到60份样品的结果,其中env基因序列45份、gag基因序列52份。依据env和gag区基因序列,与HIV-1各个亚型国际参考株比较,通过系统进化分析,最后确定武汉市样品分属5个亚型,分别为HIV-1B亚型中的泰国B（B’）亚型32份,流行重组型CRF07-BC12份,流行重组型CRF01-AE9份,A亚型1份和C亚型6份。结论武汉市存在多种HIV-1亚型,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略。     

Emergence of new forms of human immunodeficiency virus type 1 intersubtype recombinants in central Myanmar

We have previously shown that HIV-1 env subtypes B' (a Thai-B cluster within subtype B) and E (CRF01_AE) are distributed in Yangon, the capital city of Myanmar. However, HIV strains from the rest of country have not yet been genetically characterized. In the present study, we determined env (C2/V3) and gag (p17) subtypes of 25 specimens from central Myanmar (Mandalay). Phylogenetic analyses identified 5 subtype C (20%), in addition to 10 CRF01_AE (40%) and 4 subtype B' (16%). Interestingly, the remaining six specimens (24%) showed discordance between gag and env subtypes; three gag subtype B'/env subtype C, one gag subtype B'/env subtype E, one gag subtype C/env subtype B', and one gag subtype C/env subtype E. These discordant specimens were found frequently among injecting drug users (4 of 12, 33%) and female commercial sex workers (2 of 8, 25%) engaging in high-risk behaviors. The recombinant nature of these HIV-1 strains was verified in three specimens, indicating the presence of new forms of HIV-1 intersubtype C/B' and C/B'/E recombinants with different recombination breakpoints. The data suggest that multiple subtypes of B', C, and CRF01_AE are cocirculating in central Myanmar, leading to the evolution of new forms of intersubtype recombinants among the risk populations exhibiting one of the highest HIV infection rates in the region.