深圳市甲型副伤寒PulseNet数据库的建立与应用

目的建立深圳市甲型副伤寒PulseNet数据库,用于甲型副伤寒的实时监测和分子流行病学调查。方法采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术,对深圳市2002-2007年散发和爆发的243株甲型副伤寒沙门菌的染色体DNA进行酶切电泳,用BioNumerics软件对PFGE分型图谱电子化数据分析,建立分子分型数据库。结果深圳市甲型副伤寒菌株各年间差异较小,用Xba酶切仅呈现6种PFGE图谱。同一起甲副暴发的临床分离株具有相同的PFGE图谱。各区和各年代的分离株都存在有相同的PFGE带型。结论深圳市甲型副伤寒沙门菌变异较小,呈长期流行趋势,甲型副伤寒PulseNet数据库的初步建立,对直观地分析各起疫情之间的相互关系,对疫情的控制和传染来源的追踪具有重要意义。     

贵阳市甲型副伤寒沙门菌脉冲电场凝胶电泳分型分析

目的了解贵阳市甲型副伤寒沙门菌的分子流行病学特征,分析菌株的相似性,为追踪传染来源、查找传播途径提供线索。方法用脉冲电场凝胶电泳(pulsed field gelelectrophoresis,PFGE)方法进行分型。结果根据细菌染色体DNA的SpeI酶切图谱,将贵阳地区146株甲型副伤寒沙门菌分成10个PFGE带型,1型32株占21.9%,2型73株占50.0%,3型13株占8.9%,4型7株占4.8%,5型14株占9.6%,6型、7型、8型和9型各1株,各占0.7%,10型3株占2.7%,各型之间的相似性在98.1%～72.0%。暴发株24株被分为5个PFGE带型,1型占54.2%,带菌者1株为1型。各年菌株的PFGE带型不尽相同,1型和2型为常年流行带型。高流行区县的甲型副伤寒菌株被分为9个PFGE带型。结论贵阳地区甲型副伤寒沙门菌流行复杂以2型和1型为优势流行带型,提示存在同一克隆群的菌株广泛传播。该研究进一步证实PFGE是一种发现或预警暴发的可行服务手段。     

街道饮食及服务行业从业人员携带沙门菌的病原学特征研究

目的分析龙岗街道饮食及服务行业从业人员健康体检分离的沙门菌的耐药性及分子分型。方法对分离到的11株沙门菌进行血清学分型鉴定,并采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）和改良K．B法分别进行分子分型和药敏试验。结果11株沙门菌鉴定出B群5株,E1群6株。对四环素的耐药率最高（63．64％）,其次为氨苄西林（54．55％）、链霉素（54．55％）,5株菌有多重耐药的现象（45．5％）。PFGE分子分型菌株之间的相似度在51．8％。96％之间．同一血清型的沙门菌相互间的相似度均低于85％。结论从业人员携带的沙门菌耐药比较严重,PFGE分型、血清型与耐药谱无直接关联。     

112株甲型副伤寒沙门菌药敏分析

目的了解本地区甲型副伤寒沙门菌对抗生素的药敏情况,以进一步指导临床医生合理用药,提高甲型副伤寒防治水平。方法对2002年8月至2004年8月我院分离112株甲型副伤寒沙门菌药敏结果进行回顾性分析。结果112株甲型副伤寒沙门菌中检出耐药菌株101株(90.1%),大多数菌株呈多重耐药。耐2种~4种抗生素有68株(67.3%),耐5种及5种以上抗生素有24株(23.8%)。甲型副伤寒沙门菌对环丙沙星的耐药率为4.5%,对亚胺培南和美罗培南的敏感率均为100%。结论2年内甲型副伤寒沙门菌耐药率呈上升趋势,建议临床医生在药敏检测结果指导下用药。氟喹诺酮类抗生素可作为本地区治疗甲型副伤寒沙门菌首选药物。     

7株伦敦沙门菌药敏检测和分子分型分析

目的对7株疑似伦敦沙门菌进行病原学诊断、药物敏感性和PFGE分子分型检测,为贵州省伦敦沙门菌的病原学诊断和防控提供科学依据。方法对来自贵州省的7株疑似伦敦沙门菌进行分离培养和传统生化鉴定,对明确为沙门菌的菌株进行诊断血清分型,微量肉汤稀释法测定16种药物最小抑菌浓度,脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)进行分子分型检测。结果 7株疑似伦敦沙门菌经系统生化鉴定为沙门菌,进一步诊断血清凝集明确为伦敦沙门菌;全部菌株对链霉素(Streptomycin,STR)耐药,对阿莫西林/克拉维酸(Amoxicillin/clavulanic acid,AMC)、头孢曲松(Ceftriaxone,CRO)、头孢吡肟(Cefepime,FEP)、萘啶酸(Nalidixic acid,NAL)、亚胺培南(Imipenem,IPM)敏感,对氨苄西林(Ampicillin,AMP)、庆大霉素(Gentamicin,GEN)、磺胺异噁唑(Sulfamethoxazole,SOX)、复方新诺明(Trimethoprim/sulfamethoxazole,SXT)、阿奇霉素(Azithromycin,AZM)和多西环素(Doxycycline,DOX)的耐药率均为85. 7%,多种药物MIC50和MIC90均为所测量范围的上限,85. 7%的菌株存在耐多药的情况,57. 1%的菌株耐药谱AMP+STR+SOX+TCY+CIP+SXT+DOX+GEN+AZM; 7株伦敦沙门菌经XbalⅠ酶切后分成3种PFGE型,5株菌株PFGE带型相似性为100%,其中4株菌株的PFGE带型和耐药谱一致。结论贵州省伦敦沙门菌多重耐药情况严重,耐药表型与PFGE分型具有相关性,应加强对沙门菌的耐药和分子分型监测。     

深圳市布吉街道从业人员沙门菌PFGE分型分析

目的了解深圳市龙岗区布吉街道从业人员携带沙门菌的血清型、耐药特点及脉冲场凝胶电泳(pulsed fieldgel electrophoresis,PFGE)分子分型特点。方法对从深圳市龙岗区布吉街道2011~2012年健康从业人员肛拭子样品中分离的19株沙门菌进行生化及血清学分型鉴定、改良K-B法药敏试验和开展PFGE分子分型分析。结果 19株沙门菌以B群(11株)和C1群(4株)为主;19株沙门菌对四环素的耐药率最高,为57.9%,其次为甲氧苄氨嘧啶和磺胺甲基异恶唑(新诺明),均为42.1%,8株菌有多重耐药的现象,为42.1%;PFGE分子分型菌株之间的相似度在57.4%~94.1%,同一血清型的沙门菌相互间的相似度均低于85.0%,同一血清型别的沙门菌可对应多个PFGE型别。结论深圳市布吉街道从业人员携带的沙门菌的PFGE型别呈现多样性,PFGE指纹图谱与血清学型别无相关性;19株沙门菌对头孢类抗生素完全敏感,对其他抗生素存在中度敏感或耐药,耐药谱与PFGE分型无直接的关联。     

云南省食源性沙门菌血清分型及脉冲场凝胶电泳的指纹图谱

目的 研究云南省食源性沙门菌的血清型, 用脉冲场凝胶电泳 (PFGE) 方法对优势血清型进行分子分型, 建立云南省食源性沙门菌PFGE指纹图谱资料库, 为食源性疾病溯源提供数据.方法 对2013年至2016年从云南省食源性疾病监测中分离到的322株食源性沙门菌进行血清学分型, 采用Bio Numerics软件对148株沙门菌DNA酶切图谱进行类聚分析, 通过聚类比较分析菌株间的相关性, 建立指纹图谱库.结果 322株沙门菌血清分型主要包括A、B、C、D、E、F、G群等7个群, 鼠伤寒沙门氏菌是主要血清型, 占11.4% (37/322) .采用Bio Numerics软件对148株沙门菌DNA酶切图谱进行类聚分析, 根据电泳产生条带的位置和数量的不同, 共分为102个不同的PFGE带型.按照90%的相似度, 这些PFGE带型可以分为39个大小不一的聚类群, 呈现多样性.结论 云南省食源性沙门菌分子分型复杂, 以鼠伤寒沙门氏菌为主, PFGE带型呈现多样性.     

伤寒沙门菌PFGE分子分型及耐药性研究

目的对深圳市2004-2011年伤寒沙门菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型及耐药性分析,为临床用药和追踪传染源提供依据。方法采用K-B法对42株伤寒沙门菌进行20种抗菌药物敏感性测试,并用PFGE对其进行分子分型。结果 42株伤寒沙门菌株对氨苄西林、阿莫西林/克拉维酸、氨苄西林/舒巴坦、头孢噻吩、头孢他啶、头孢曲松、头孢吡肟、头孢西丁、阿米卡星、庆大霉素、卡那霉素、环丙沙星、左旋氧氟沙星、复方新诺明、甲氧苄啶、氯霉素和四环素17种药物的敏感率均超过90%,对萘啶酸耐药率最高达61.5%。42株伤寒沙门菌株可分为SZ0001-SZ0028共28个PFGE型别,其中流行优势型为SZ0023型别。结论结合药物敏感试验结果和PFGE分子分型结果可以判断伤寒疫情的优势株型。     

南通市沙门菌PFGE分型分析及数据库的建立

目的:建立南通市沙门菌PFGE分型数据库,研究菌株间的同源关系,以便在发生沙门菌病时快速溯源,为控制该病的传播提供技术支撑。方法:从南通市分离到的5种52株沙门菌中提取DNA,用限制性内切酶XbaI进行酶切,在脉冲场凝胶电泳仪上进行DNA分子分型,应用沙门菌H9812作为PFGE的分子量标准。使用BioNumerics(Version4.0)分析软件,计算实验菌株相互之间的相似性关系。结果:52株沙门菌被分成4个PFGE型,分别命名为NTSpp1～4型,所有的埃森沙门菌、阿贡纳沙门菌、都柏林沙门菌都分别只有一个型,而德尔卑沙门菌则有4个型。菌株的来源(人和食品)不影响细菌的PFGE分型。NTSpp1和NTSpp2之间以及NTSpp3和NTSpp4之间的相似性分别为66%和74%,而NTSpp1和NTSpp2形成的簇和NTSpp3和NTSpp4之间形成的簇二者之间的相似性为63%。结论:南通市主要沙门菌的PFGE型别较多,呈现多样性。     

广东省中山市2017年沙门菌耐药菌谱及分子分型分析

目的 了解中山市2017年沙门菌的耐药特征及分子分型,为临床合理用药和食源性疾病的溯源提供科学依据。方法 对中山市2017年食源性疾病监测（3个哨点医院）的沙门菌分离株采用微量肉汤稀释法进行14种抗生素药敏试验,运用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对肠炎沙门菌进行分子分型。 结果 中山市2017年食源性疾病监测检出的285株沙门菌对14种抗生素敏感性试验结果显示,237株（占83.16％）沙门菌对13种抗生素呈现不同程度的耐药性,未发现对亚胺培南（IPM）耐药菌株。耐药抗生素最多的种类达到11种,耐药率较高（40 %以上）的抗生素为氨苄西林（AMP）、四环素（TET）、氨苄西林/舒巴坦（SAM）、氯霉素（CHL）;共有87类耐药谱型,其中多重耐药谱型75类（86.21%）,多重耐药菌株数为176株（61.75%）。25株肠炎沙门菌的PFGE分为5种带型,相似度为63.9%~100.0%。结论 中山市2017年食源性疾病监测显示沙门菌耐药状况较为严重,呈多重性和多态性,应采取综合措施控制耐药性;肠炎沙门菌PFGE的相似度较高,存在优势带型。     

广西富川县2000—2018年三起甲型副伤寒疫情菌株药敏试验

目的 通过体外药物敏感性试验,了解广西富川县不同年度甲型副伤寒沙门菌对15种抗生素的敏感性及耐药变迁,为甲型副伤寒的疾病监测及防治策略提供实验数据。方法 采用微量肉汤稀释法对广西富川县2000—2018年三起甲型副伤寒疫情分离的122株甲型副伤寒沙门菌进行药敏试验,分析不同最低抑菌浓度（MIC）检测结果。结果 122株甲型副伤寒沙门菌对氨苄西林（AMP）、氨苄西林/舒巴坦（AMS）、复方新诺明（SXT）、头孢噻肟（CTX）、头孢他啶（CAZ）、庆大霉素（GEN）、阿奇霉素（AZI）、亚胺培南（IMI）和磺胺异恶唑（SUL）等9种药物敏感率达100.00%,四环素（TET）、氯霉素（CHL）和头孢西丁（CFX）敏感率也达90.00%以上,头孢唑啉（CFZ）敏感率仅为71.31%;对喹诺酮类药物主要表现为耐药和中介：环丙沙星（CIP）中介率为97.54%, 萘啶酸（NAL）100.00%耐药 。CTX、CAZ和GEN三种药物抑菌效果最佳,多重耐药现象不严重 ,未出现耐三代头孢药物菌株 。结论 第三代头孢药物可作为治疗甲型副伤寒的首选药物,慎用喹诺酮类药物 ;同时应加强常用抗生素耐药监测,结合本地实际情况,合理选用治疗甲型副伤寒的首选和常规药物。     

上海市宝山区2015—2018年腹泻病人沙门菌血清分型和分子分型

目的 揭示上海市宝山区腹泻病人分离沙门菌的血清型和分子分型分布特征。方法 对2015—2018年分离的118株沙门菌进行血清分型和脉冲场凝胶电泳（pulsed-field gel electrophoresis,PFGE）分型,通过构建聚类树揭示不同血清型菌株的分子分型特征。结果 118株沙门菌分为25种血清型,前三位为肠炎沙门菌（45株,38.1%）、鼠伤寒沙门菌（26株,22.0%）、伦敦沙门菌（11株,9.3%）。其余22种血清型分别只包含1~3株菌。118株沙门菌通过PFGE分为71个PFGE带型,每个带型分别包含1~19株菌。45株肠炎沙门菌分为8个PFGE带型,相似度为75.0%~100.0%,在聚类树上形成一个簇;26株鼠伤寒沙门菌分为21个PFGE带型,相似度为48.0%~100.0%,在聚类树上形成两个簇;11株伦敦沙门菌分为8个PFGE带型,相似度为80.0%~100.0%,在聚类树上形成一个簇。结论 肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌是上海市宝山区腹泻病人沙门菌优势血清型,但近年伦敦沙门菌有增多的趋势。肠炎沙门菌在本地区传播流行过程中的遗传变异相对比较保守,鼠伤寒沙门菌基因型多态性大,而且存在两个克隆。     

2017年至2020年儿童感染性腹泻沙门菌和志贺菌分布及药敏结果

  目的  对昆明市儿童医院感染性腹泻沙门菌和志贺菌的分布和药敏结果进行分析，为临床合理用药提供参考依据。  方法  收集2017年1月至2020年12月门诊及住院腹泻患儿的粪便标本进行沙门菌和志贺菌培养，病原菌用全自动细菌分析仪VITEK COMPACT培养鉴定及药敏，并进行血清凝集分型，最后用WHONET 5.6软件对原始数据进行统计学处理。  结果  在检测的29674 份标本中，分离出志贺菌属和沙门菌属共 226株，志贺菌属 75株（33.2%），福氏志贺菌33株（14.6%），宋内志贺菌42株（18.6%），未检出痢疾志贺菌和鲍氏志贺菌。分离出沙门菌属 151株（66.8%），共检测出5种血清型，其中鼠伤寒沙门菌 106株（46.9%），伤寒沙门菌25株（11.1%）。腹泻患儿主要分布在4～10月，聚集分布在5～10月。2岁以下是沙门菌感染的易感人群，占72.8%（110/151）。沙门菌属感染引起的腹泻呈逐年上升趋势，沙门菌以鼠伤寒沙门菌为主。志贺菌在2017年、2018年以福氏志贺菌为主，而2019年以后转变为宋内志贺菌为主。另外，药敏结果显示沙门菌儿童感染性腹泻临床首选药物为阿莫西林/克拉维酸（敏感率82%），而宋内志贺菌首选药物为头孢他啶（敏感率97.6%）和阿莫西林/克拉维酸（敏感率92.8%），福氏志贺菌对头孢他啶、头孢吡肟敏感率仅为60%和40%，提示志贺菌属各血清群对抗菌药物敏感性不同，差异有统计学意义（P均 < 0.05）。沙门菌属和志贺菌属均为未发现亚胺培南耐药菌株。  结论  沙门菌和志贺菌引起的儿童感染性腹泻以沙门菌为主，呈逐年上升趋势，以2岁以下高发，鼠伤寒沙门菌为主要血清型，经验性用药首选阿莫西林/克拉维酸。各血清型志贺菌对抗菌药物的耐药性有所不同。需加强腹泻儿童粪便的病原菌和耐药监测，以便临床医生根据药敏结果给予针对性抗感染治疗。     

外科重症监护室多重耐药铜绿假单胞菌的对比基因组学研究

目的 对比分析外科重症监护室多重耐药铜绿假单胞菌的基因组差异,探索其与多重耐药性的关系.方法 琼脂稀释法检测49株铜绿假单胞菌对临床常用9种抗菌药物的敏感性,应用4种稀有位点核酸内切酶结合的脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对临床分离的株铜绿假单胞菌进行基因组分型.结果 多重耐药铜绿假单胞菌菌株占外科重症监护室铜绿假单胞菌临床分离株的85.7%;PFGE基因组型A菌株占全部铜绿假单胞菌分离株的61.2%,为主导基因组型,该基因组型全部对阿米卡星和头孢吡肟敏感,对左旋氧氟沙星和美洛培南耐药;PFGE基因组型H、P菌株对6种以上抗生素耐药;PFGE基因组型I和J菌株对所测9种抗生素均敏感.结论 4种稀有位点核酸内切酶结合的PFGE基因组分型可以作为临床多重耐药铜绿假单胞菌监控和鉴定的有效手段.     

深圳市福田区412例感染性腹泻患者沙门菌感染分析

目的了解深圳市福田区感染性腹泻患者中沙门菌的感染现状。方法收集福田区辖内医院2014年9月—2015年11月疑似和确诊为感染性腹泻病人412例的粪便样本,对全部样本进行临床和流行病学因素调查。采用传统分离培养和荧光定量PCR相结合方法进行沙门菌分离鉴定,同时对阳性菌株进行血清学分型。结果 412份粪便样本中共检出50株沙门菌,检出率为12.14%,其中检出最多的型别为肠炎沙门菌,其次为山夫登堡沙门菌、斯坦利沙门菌、鼠伤寒沙门菌以及利齐菲尔德沙门菌。采用传统分离培养和荧光PCR检出的阳性菌分别为40株和37株。阳性样本来自于各个年龄段病人;共检出男性20株,女性30株;阳性样本大便性状以稀便居多(31/50),其次为水样便、粘液便和蛋花便;每日腹泻次数均在2~10次范围内,其中25例阳性样本来自伴有腹痛或呕吐症状的患者。结论近几年深圳地区的沙门菌感染发病率居高不下,且型别多样化,应加强对本地区沙门菌病原谱构成及流行趋势的监测。     

2005-2009年贵州省伤寒和副伤寒沙门菌耐药性分析

目的分析贵州省伤寒和甲型副伤寒沙门菌的耐药状况,为临床用药及防控提供依据。方法采用改良K-B法对伤寒、甲型副伤寒沙门菌株进行药物敏感试验。结果贵州省9个市(州、地)26个县(区)的113株伤寒沙门菌和518株甲型副伤寒沙门菌对10种抗生素进行药物敏感性测定。其中伤寒沙门菌除对C IP不耐药,对其余9种抗生素均有不同程度的耐药,甲副沙门菌仅对CFT、NAL、SMZ有不同程度耐药,耐药率达0.88%~95.95%,个别地区出现了对第三代头孢类药的多重耐药株。结论贵州省伤寒、甲副沙门菌耐药情况已较为严重,尤其是多重耐药菌可能会造成伤寒和甲型副伤寒的流行或暴发。加强耐药性监测,指导临床合理用药,对预防控制伤寒和甲型副伤寒具有重要意义。