贞芪扶正胶囊辅助治疗艾滋病作用机制的网络药理学分析及分子对接验证

目的利用网络药理学方法及分子对接技术分析贞芪扶正胶囊辅助治疗艾滋病的分子机制。方法通过TCMSP获取贞芪扶正胶囊组方药物活性成分及作用靶点, 通过GeneCards、OMIM及DrugBank数据库获取艾滋病相关靶点;通过STRING 11.5数据库构建交集靶点PPI网络, 并采用Cytoscape 3.9.1软件进行网络拓扑分析;采用Metascape数据库对核心靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析;运用Cytoscape 3.9.1构建贞芪扶正胶囊成分-靶点-通路网络;利用Autodock Tools软件对核心靶点与活性成分进行分子对接。结果获得贞芪扶正胶囊31个活性成分及180个作用靶点, 确定TNF、IL6、AKT1、IL1B、TP53、VEGFA、RELA、EGFR、CASP3为核心靶点。GO功能富集分析获得生物过程1 436条、细胞组分53条、分子功能117条。KEGG通路富集分析获得167条通路, 与癌症、糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路等密切相关。分子对接结果显示, AKT1、TNF等核心靶点与槲皮素、山柰酚、木犀草素等成分有良好的结合活性。...     

基于网络药理学和分子对接探讨钩藤-全蝎药对治疗支气管哮喘的作用机制＊

目的通过网络药理学和分子对接探究钩藤-全蝎药对治疗支气管哮喘的药理作用机制。方法通过TCMSP、TCMIP数据库搜集钩藤、全蝎的活性成分及其作用靶点,并使用Cytoscape软件进行可视化分析成分-靶点网。通过OMIM、GeneCards数据库搜集支气管哮喘的疾病靶点,整合钩藤-全蝎药对与支气管哮喘的共有靶点。利用String平台构建对共有靶点互作PPI网络,并进行GO和KEGG富集分析,通过Cytoscape软件构建成分-靶点-通路网络模型。最后通过Autodock分子对接进行验证。结果经过筛选发现钩藤-全蝎药对37个活性化合物和234个药物靶点,与哮喘6010个靶点取交集得到35个共有靶点。钩藤-全蝎包含槲皮素、山奈酚、育亨宾碱、β-谷甾醇等重要活性成分;根据PPI网络分析,核心网络连接度高的潜在治疗靶点有IL6、CASP3、ECFR、ESR1、MAPK8等;根据KEGG富集分析结果显示,钩藤-全蝎药对主要通过PI3 K-Akt信号通路、TNF信号通路,HIF-1信号通路、M APK信号通路、NF-κB信号通路等来治疗哮喘;钩藤-全蝎药对活性成分与核心靶点的分子对接结果均显示出较好的结合活性。结论钩藤-全蝎药对治疗哮喘呈现出多成分、多靶点、多通路的特点,其核心成分槲皮素、山奈酚、育亨宾碱、β-谷甾醇等可能通过CASP3、MAPK8、ESR1、IL6、ECFR等靶点调节多条通路发挥抗炎、调节免疫、抗氧化应激、改善气道重塑等作用,从而对哮喘达到有效的治疗。     

基于网络药理学探讨四逆散治疗桥本甲状腺炎作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术,分析四逆散治疗桥本甲状腺炎的作用机制.方法 通过TCMSP数据库,筛选柴胡、白芍、枳实、甘草的主要活性成分及作用靶点;通过Genecards、OMIM数据库获取桥本甲状腺炎的相关靶点;利用STRING数据库构建PPI网络;利用Metascape平台进行KEGG信号通路和GO生物富集分析,并运用Cytoscape3.6.1软件构建"方药-成分-疾病-靶点-通路"网络;利用AutoDock Vina软件进行分子对接验证.结果 四逆散治疗桥本甲状腺炎的核心活性成分包括槲皮苷、山奈酚和异鼠李素等;核心靶点包括STAT3、TNF、AKT1、TP53、JUN、IL-6、MAPK1、EGFR、MAPK14、VEGFA等;核心通路包括TNF信号通路、AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、Toll样受体信号通路及Th17细胞分化通路等;四逆散中槲皮苷成分与STAT3、TNF、AKT1、MAPK14靶点经分子对接验证后结合活性较好.结论 四逆散治疗桥本甲状腺炎的药理学作用机制多成分、多靶点、多通路.     

基于网络药理学和分子对接探讨紫苏子治疗糖尿病心肌损伤的机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨紫苏子治疗糖尿病心肌损伤(DMI)的机制。方法 检索TCMSP数据库,筛选出紫苏子的主要活性成分和相关靶点,从Gene Cards和OMIM数据库中筛选获得DMI的相关靶点。将紫苏子的作用靶点与疾病靶点取交集得到紫苏子治疗DMI的潜在靶点,使用STRING 11.0构建PPI网络,并通过网络拓扑分析筛选9个核心靶点。采用Metascape平台分析对交集靶点进行GO和KEGG富集分析。最后运用Auto Dock Vina 1.1. 2进行分子对接验证。结果 共筛选出105个紫苏子活性成分调控DMI的潜在靶点,通过网络拓扑分析中的degree值筛选出ALB、AKT1、IL6、VEGFA、TNF、TP53、CASP3、MAPK1、EGFR等9个核心靶点; GO富集分析筛选出细胞氮化合物反应、有毒物质反应、无机物反应、细胞成分运动的正调控、炎症反应等15个生物学过程; KEGG富集筛选出癌症通路、PI3K-Akt信号通路、前列腺癌、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、流体剪应力与动脉粥样硬化等;分子对接验证结果显示核心靶点与紫苏子核心成分之间有良好的结合...     

基于网络药理学和分子对接探讨茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接探讨茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭的作用机制。方法：利用TCMSP、Uniprot数据库收集茵陈蒿汤活性成分及对应靶点;使用GeneCards和OMIM数据库收集慢加急性肝衰竭相关靶点,并筛选药物与疾病交集靶点;运用STRING数据库获得蛋白质相互作用（PPI）网络,Cytoscape 3.9.1软件构建“中药-活性成分-靶点”网络,利用Metascape数据库进行GO生物功能和KEGG通路富集分析;借助AutoDock等软件进行分子对接验证。结果：茵陈蒿汤治疗ACLF的核心活性成分包括槲皮素、异鼠李素、山柰酚、豆甾醇、β-谷甾醇等,核心靶点有AKT1、MAPK、TNF、IL-6等。KEGG分析主要涉及AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路和TNF信号通路等188条信号通路。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有良好的结合活性。结论：茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭具有多成分、多靶点、多通路的综合优势和特点。     

基于生物信息学分析Scoparone对肝癌的作用机制

目的：研究茵陈活性成分6,7-二甲氧基香豆素（Scoparone）治疗肝癌的分子机制。方法：使用GEO数据库下载肝癌的芯片数据,从TCMSP数据库检索Scoparone的作用靶点,使用R软件获取肝癌差异基因;通过Jvenn和Cytoscape3.9.1软件筛选两者交集靶点,构建蛋白互作网络,进一步使用R软件对核心交集靶点进行GO、KEGG分析;使用AutoDockTools1.5.7及AutoDockVina软件进行分子对接,对活性成分与核心靶点的结合能力进行验证;使用TCGA数据库进行核心基因的生存预后分析。结果：得到肝癌显著性差异基因1 788个、Scoparaone作用靶点100个,筛选出药物-疾病交集靶点97个。PPI拓扑分析得出的核心靶点有JAK1、JAK2、EGFR、ICAM1、KDR等。GO功能富集分析主要涉及氧化应激反应、蛋白质酪氨酸磷酸化及修饰、PI3K级联的正调节等,KEGG通路分析在主要富集在EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药机制、PI3K/Akt信号通路、上皮细胞信号传导通路、Rap1信号通路、Ras信号通路、MAPK信号通路、VEGF信号通路等途径。分子对接验证显示...     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芩治疗糖尿病脑病的作用

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芩治疗糖尿病脑病的作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芩主要活性成分和作用靶点，通过OMIM、GeneCards、TTD及DrugBank等数据库筛选糖尿病和阿尔茨海默病的主要靶点，构建活性成分-靶点网络；利用STRING 11.0进行蛋白质互作分析，构建PPI网络以筛选重要靶点；运用Metascape库对关键交集靶点进行GO和KEGG富集分析；利用Cytoscape 3.7.2将分析得到的重要靶点和通路构建药物成分-疾病靶点-通路网络；进一步对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 筛选出黄芩重要活性成分有汉黄芩素、黄芩素、金合欢素、降穿心莲黄酮等，PPI网络中关键交集靶点61个，核心靶点有AKT1、IL-6、MAPK14、TNF、PRKCA、VEGFA等。GO富集分析得到细胞组成101条，分子功能76条，生物过程1 413条；KEGG通路富集分析得到258条，主要涉及AGE-RAGE信号介导的糖尿病并发症通路、IL-17、MAPK、TNF、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗通路等。分子对接结果可知，汉黄芩素、金合欢素、黄芩素、红...     

基于网络药理学和分子对接探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术,探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制。方法：使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具（BATMAN-TCM）平台检索强力定眩片活性成分,使用Swiss Target Prediction数据库,对活性成分进行靶点预测。通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、治疗靶点数据库（TTD）得到高血压相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,获取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选核心蛋白。使用MCODE对PPI网络进行蛋白聚类分析。利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,Hiplot分析平台进行基因本体（GO）富集分析,再使用Autodock Vina和Pymol实现核心成分-核心蛋白的分子对接。结果：检索得到强力定眩片活性成分44个,作用靶点679个,疾病相关靶点2 367个,药物与疾病的交集靶点305个。KEGG分析显示,交集基因主要富集于PI3K-AKT信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、钙信号通路、cAMP信号通路、HIF-1等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要富集于循环系统调控过程、血管管径调节、MAPK级联正向调节、血压调节等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白均有较好的结合活性。结论：强力定眩片可能通过调控肾素-血管紧张素-醛固酮系统、血管平滑肌收缩、氧化应激、钙离子通道等方式,起到降低血压的功效。     

基于网络药理学和分子对接探究天冬治疗过敏性哮喘的作用机制

目的：运用网络药理学方法和分子对接技术探究天冬治疗过敏性哮喘的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、TCMID及BATMAN-TCM、STP数据库获取天冬活性成分和靶点，通过GeneCards和OMIM、TTD数据库获得过敏性哮喘的治疗靶点，利用Venny 2.1得到交集靶点，并采用STRING数据库绘制蛋白互作(PPI)网络。应用Metacape进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析，使用Cytoscape 3.9.1构建“药物-活性成分-疾病-靶点网络”,运用Autodock vina 1.1.2进行分子对接验证。结果：筛选得到天冬8个活性成分、323个活性成分靶点基因和2629个疾病靶点基因以及169个交集基因，关键靶点包括蛋白激酶B1(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、SRC、表皮生长因子受体(EGFR)、雌激素受体1(ESR1)、MMP9、白细胞介素2(IL2)等；涉及治疗过敏性哮喘的GO分析2212条，KEGG分析193条，主要通过磷酯酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、受体相关蛋白1(Rap...     

基于生物信息学、网络药理学与分子对接研究八桂天龙散治疗阿尔茨海默病的机制

目的 基于生物信息学、网络药理学与分子对接探讨八桂天龙散治疗阿尔茨海默病(alzheimer’s disease, AD)的作用靶点与分子机制。方法 从TCMSP、HIT、HERB数据库检索八桂天龙散活性成分,通过Swiss Target Prediction平台预测潜在作用靶点。采用GEO2R分析AD的差异基因,应用GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库筛选AD靶点,交集获得八桂天龙散治疗AD的可能潜在作用靶点。采用STRING平台构建PPI网络,Cytoscape软件网络拓扑计算筛选潜在关键靶点,R语言进行GO及KEGG通路富集分析,构建“中药-活性成分-靶点-信号通路-疾病”网络。分子对接预测潜在活性成分和靶点的结合性能。结果 筛选八桂天龙散有效活性成分115种,相应基因靶点1666个。AD差异基因2725个,靶点2236个。八桂天龙散治疗AD的潜在靶点99个,其中关键靶点为MAPK1、FN1、EGFR。KEGG富集分析显示关键信号通路包括PI3K-Akt、MAPK、Rap1、Ras、HIF-1、LTP等信号通路。分子对接结果显示人参二醇、次甲丹参醌可能是八桂天龙散...     

白头翁汤抗结直肠癌的网络药理学研究

目的：基于网络药理学和分子对接技术探讨白头翁汤抗结直肠癌的作用机制。方法：利用中药系统药理学分析平台（TCMSP）筛选白头翁汤的活性成分和对应靶点,利用疾病靶点数据库查找结直肠癌靶点,并通过venny2.1.0软件得到交集靶点,通过STRING数据库构建靶点互作网络图;采用Cytoscape软件构建方剂-药物-成分-靶点网络,对交集靶点进行GO和KEGG富集分析,最后采用分子对接技术对主要活性成分和关键靶点的结合能力进行验证。结果：白头翁汤包括白头翁、黄连、黄柏、秦皮4个主要活性成分以及182个潜在作用靶点,GO富集分析显示基因富集于2226条生物过程（BP）、70个细胞组成（CC）及197种分子功能（MF）;KEGG富集分析提示共同靶点富集于171条通路,分子对接提示主要活性成分与关键靶点具有较好对接活性。结论：白头翁汤对结直肠癌的治疗作用发挥可能与槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇等成分调控TP53、MAPK1、MAPK14、RELA等基因以及影响TNF、IL-17等信号通路相关。     

基于网络药理学和分子对接探究地骨皮调血脂的作用机制

目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨地骨皮调血脂的作用机制。方法 使用TCMSP数据库并查阅相关文献确定地骨皮活性成分;采用SwissTargetPrediction、GeneCard和OMIM数据库预测地骨皮活性成分靶点和高脂血症相关靶点,应用Venny 2.1取两者交集;运用Cytoscape 3.8.2软件绘制成分-靶点-疾病网络;应用String数据库构建交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络;将交集靶点输入Metascape数据库进行基因本体（gene ontology,GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析,利用Cytoscape3.8.2软件绘制地骨皮活性成分-靶点-通路网络,预测其调血脂作用机制;采用分子对接和细胞实验进一步探究地骨皮的调血脂作用机制。结果 共筛选出地骨皮潜在活性成分14个以及153个交集靶点;GO功能和KEGG通路分析发现主要涉及过氧化物酶体增殖物激活受体（peroxisome prol...     

基于网络药理学与分子对接方法探讨黄山药干预冠心病的作用机制研究＊

目的 运用网络药理学和分子对接的方法研究黄山药干预冠心病（coronary heart disease，CHD）的多成分、多靶点、多通路作用机制，旨在为其基础研究及临床应用提供依据。方法 通过PharmMapper数据库检索并筛选黄山药的活性成分及作用靶点，利用GeneCards、DisGeNet、OMIM、DRUGBANK筛选冠心病相关靶点，取两者交集靶点；利用STRING11.0获得蛋白互作关系，并通过Cytoscape3.7.2 构建PPI网络，MCODE插件分析黄山药干预冠心病关键靶点；采用R3.6.1中的ClsuterProfiler程序包进行GO、KEGG基因富集分析，得到黄山药干预冠心病的潜在作用通路，并利用Cytoscape3.7.2构建成分-靶点-通路图；采用 AutoDock Tools 1.5.6、MOE2019进行分子对接研究。结果 黄山药中筛选得到10个活性成分，其中涉及冠心病作用靶点62个，MCODE分析最终筛选出10个关键靶点；分子对接验证亦显示评分大于4.25者占总数90%，大于5者占88.3%，即大部分靶点与成分的结合活性较好；KEGG富集分析关键靶点主要被富集在MAPK 信号通路、Ras信号通路、PI3K-Akt信号通路、雌激素信号通路、IL-17信号通路等20个显著相关通路，涉及炎症反应、免疫调节等140个显著相关生物过程。结论 基于网络药理学探讨了黄山药干预冠心病多成分-多靶点-多通路的作用特点，预测黄山药主要活性成分胡萝卜苷、延龄草苷、新甾体皂苷、progeninⅢ等，可能通过ALB、EGFR、SRC、MAPKs等靶点，作用于MAPK、雌激素、Ras、PI3K/Akt等信号通路干预冠心病，分子对接结果显示，黄山药中的核心化合物胡萝卜苷、延龄草苷、新甾体皂苷、progeninⅢ等与主要靶点（ALB、EGFR、SRC、MAPK1）的结合活性较强，为进一步开展黄山药干预冠心病作用机制研究提供了新的思路和方法。     

基于网络药理学探讨经典名方半夏厚朴汤防治抑郁症的潜在机制

目的:采用网络药理学方法探讨半夏厚朴汤治疗抑郁症的作用机制。方法:通过检索TCMSP、PubMed、CNKI万方数据库，获取半夏厚朴汤活性成分；通过GeneCards、TTD、OMIM和DisGeNET数据库收集抑郁症靶点，并将活性成分靶点与疾病靶点取交集；采用Cytoscape软件构建活性成分-预测靶点及蛋白互作网络可视化；通过RStudio软件进行GO和KEGG通路的富集分析。结果:筛选得到半夏厚朴汤36个活性成分，涉及100个作用靶点，其中，主要活性成分包括β-谷甾醇、豆甾醇、木犀草素、黄芩苷、丁香酚葡糖苷、卡维丁、β-胡萝卜素、迷迭香酸、桉叶油醇、和厚朴酚、常春藤皂苷元、木兰花碱等；核心靶点包括ALB、AKT1、IL6、VEGFA、PTGS2、CASP3、JUN、MMP9、MYC、CTNNB1、EGFR、FOS、ESR1、HIF1A、PPARG1等。富集到GO生物过程1 321条、分子功能85条、细胞组分64条；KEGG通路135条，包括PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等。结论:半夏厚朴汤治疗抑郁症具有多成分、多靶点、多途径的特点。     

基于网络药理学和分子对接研究丁香抗流感的作用机制

目的：探讨丁香抗流感的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和既往文献筛选丁香活性成分。通过数据库SwissTarget Predictiont获得丁香活性成分的相应靶点;采用GeneCards数据库获取流感相关靶点。将二者取交集,获得共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2构建“丁香-活性成分-靶点-疾病网络”。运用String数据库构建共同靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）。利用Metascape进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。用Autodock Vina 1.1.2对丁香活性成分与流感关键蛋白和流感病毒蛋白进行分子对接,并构建其作用网络。结果：从丁香-活性成分-流感靶点-流感网络中获得rhamnazin-3-O-β-D-glucopyranoside、isoquercitrin、quercetin-3-O-β-D-glucuronide、rhamnetin-3-O-β-D-glucuronide-6″-methyl、1,2,3,6-tetra-O-galloylglucose等28个丁香活性成分和MAPKs、TNF、AKT1、TP53、EGFR、CASP3、HSP90AA1等209个丁香治疗流感的靶点。GO富集分析和KEGG富集分析结果显示,丁香治疗流感主要与激活免疫反应,调控酶活性、细胞凋亡、细胞因子等生物过程和调控PI3K-AKT、MAPK、细胞凋亡、趋化因子、甲型流感等信号通路有关。分子对接作用网络显示28个活性成分可与HA、NA、M2等多个流感病毒蛋白结合。结论：丁香可能通过多成分与多个流感病毒蛋白结合,并作用于多靶点,调控多通路,进而影响炎症反应、免疫应答、细胞凋亡和流感病毒复制,达到治疗流感的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨虎杖-金钱草药对治疗肝癌作用机制

目的：通过网络药理学及分子对接方法探究虎杖-金钱草药对治疗肝癌的作用机制。方法：以TCMSP、TCMIP、BATMAN-TCM、HERB、GeneCards、OMIM、DisGeNET、TTD数据库为来源,获取虎杖及金钱草的活性成分、作用靶点及肝癌疾病靶点。使用STRING数据库和Cytoscaape软件对共同靶点绘制蛋白质相互作用网络（PPI）获取核心靶点。应用DAVID数据库进行GO功能富集分析与KEGG通路富集分析。应用Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点-疾病-信号通路”网络。最后运用AutoDock Tools、PyMOL进行分子对接验证。结果：经过筛选得到“虎杖-金钱草”治疗肝癌的潜在核心靶点17个。GO功能分析得到663条结果,KEGG通路富集分析主要涉及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等139条通路。分子对接结果显示,虎杖-金钱草主要活性成分与关键潜在作用靶点Akt1、Src、EGFR、HSP90AA1和ErbB2均能自发结合且具有较好的亲和力。结论：虎杖-金钱草可能结合多个成分和靶点,调控多条通路发挥靶向治疗肝癌的作用。     

桂枝茯苓丸“异病同治”甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤网络药理学机制研究

目的采用网络药理学及分子对接方法探究桂枝茯苓丸治疗足厥阴肝经疾病甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和SwissTargetPrediction数据库检索桂枝茯苓丸组方药物的化学成分并获取靶点,通过GeneCards、OMIM数据库查询疾病相关靶点,获得二者交集靶点基因。采用Cytoscape3.7.2软件构建药物-成分-疾病-靶点网络和蛋白相互作用网络,利用R语言对靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,运用PyMOL软件进行分子对接。结果共筛选出桂枝茯苓丸活性成分116个,对应有效靶点1109个,与3种疾病的交集靶点79个。对交集靶点富集分析发现,桂枝茯苓丸治疗甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤的共同关键通路为AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路及PI3K-Akt信号通路。根据KEGG通路富集分析结果确定7个核心靶点(TP53、CCND1、EGFR、SRC、ESR1、VEGFA、GAPDH)。结论桂枝茯苓丸可能通过调控AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路及PI3K-Akt信号通路,作用于TP53、CCND1、EGFR、SRC、ESR1、VEGFA、GAPDH等靶点,发挥活血、化瘀、消癥功效,可为桂枝茯苓丸“异病同治”机制研究提供参考。     

西黄丸治疗非小细胞肺癌作用机制的网络药理学探究和分子对接验证

目的：采用网络药理学和分子对接的方法探究西黄丸防治非小细胞肺癌（NSCLC）潜在分子机制。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及BATMAN-TCM数据库中筛选分析西黄丸的有效活性成分及作用靶点。在GeneCards数据库与人类孟德尔遗传数据库（OMIM）中检索获取NSCLC的相关靶点,选取与西黄丸的交集靶点作为研究靶点。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图。采用Cytoscape 3.7.0软件构建药物-靶点-疾病可视化互作网络图。使用DAVID数据对筛选分析出的关键靶点,进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后运用AutoDock Vina软件和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果：通过筛选得到西黄丸51个主要活性成分,包括槲皮素、β-谷甾醇等,其中作用于NSCLC的靶点有178个,关键靶点有MAPK1、JUN、AKT1、TP53、RELA等。GO和KEGG分析结果显示,西黄丸治疗NSCLC的机制涉及多个生物学过程及PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等多种信号通路。药物有效活性成分与关键靶点对接活性良好。结论：网络药理学分析显示西黄丸治疗NSCLC是多成分、多靶点、多通路协同起效,为后续相关实验提供了充分的理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芩苷治疗高血压作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探讨黄芩苷治疗高血压的作用机制。方法 运用TCMIP、Swiss和Pharmmapper数据库获取黄芩苷作用靶点；通过GeneCards数据库和DisGeNET数据库获取高血压疾病靶点；黄芩苷作用靶点与高血压疾病靶点相映射得到二者交集靶点，将交集靶点导入STRING数据库中，获取交集靶点网络数据，将数据导入Cytoscape 3.8.2软件绘制作用靶点PPI网络图，并根据度值大小筛选出核心靶点；借助DAVID数据库对交集靶点进行GO和KEGG富集分析；利用Vina 1.1.2软件进行黄芩苷与度值从大到小排名前5位的核心靶点的分子对接。结果 共获取黄芩苷作用靶点415个、高血压疾病靶点4 352个，经过靶点映射获取黄芩苷治疗高血压的作用靶点237个，进一步筛选出核心靶点60个；GO富集分析涉及信号转导、凋亡过程负调控等476个生物学过程，质膜、线粒体等61种细胞组分，蛋白质结合、蛋白激酶活性等128个分子功能；KEGG富集分析涉及PI3K/Akt信号通路、MAPK信号通路等141条信号通路；分子对接结果显示黄芩苷与核心靶点表现出良好的亲和力，进一步验证了...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨陈皮-半夏药对治疗慢性支气管炎作用机制

目的:基于网络药理学探讨陈皮-半夏药对治疗慢性支气管炎(CB)的作用机制。方法:采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM数据库和文献检索获得陈皮-半夏的潜在活性成分及其对应的靶点;从基因组数据库(GeneCards)收集慢性支气管炎疾病的作用靶点,整理得到陈皮半夏活性成分与疾病的交集靶点;采用Cytoscape软件构建“药物-活性成分-靶点”网络图,借助String数据库平台构建蛋白质相互作用网络(PPI);进一步利用David数据库对筛选得到的靶点进行GO和KEGG分析;利用Autodock-Vina软件进行活性成分和核心靶点对接验证。结果:研究获得陈皮活性成分12个,半夏活性成分9个,取交集获得91个治疗CB的靶点,其中AKT1、MAPK3、TP53、HSP90AA1、JUN、IL1B、MAPK1等为核心靶点;靶点主要分布于细胞表面、质膜等,与酶、血红素、蛋白质结合分子功能有关,参与缺氧、脂多糖、药物、外源性刺激反应等生物过程,涉及AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路。分子对接结果显示,陈皮-半夏药对中主要活性化...