基于网络药理学的栀子抗胆汁淤积的作用机制研究

运用网络数据挖掘技术筛选栀子治疗胆汁淤积活性成分,并对成分作用潜在靶点与机制进行整合与分析,探究栀子抗胆汁淤积作用机制。采用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)检索21个栀子活性成分,并筛选出作用靶点,利用Cytoscape 3. 2. 1构建成分与靶点网络。通过Dis Ge NET,KEGG,OMIM检索并筛选208个胆汁淤积疾病相关的靶点,整合筛选出栀子成分和胆汁淤积交集关键靶点,利用Cytoscape 3. 2. 1软件构建成分-靶点-疾病网络,以大于平均自由度为筛选条件筛选出核心网络。利用Cytoscape 3. 2. 1软件中Clue GO插件进行栀子抗胆汁淤积调控生物过程和通路富集分析,GO biological process分析得到17条生物过程,显著性筛选P0. 01富集分析得到参与急性炎症反应、活性氧代谢调节、一氧化氮合成代谢等3条生物过程紧密相关; KEGG-KEEG-305 terms和REACTOME pathways分析得到17条调控通路,显著性筛选P0. 01富集分析与细胞色素P450对外源化合物代谢、核受体转录、血小板糖蛋白介导激活级联和血小板活化等4条通路有关。通过大鼠实验验证发现,栀子水提物能改善胆汁淤积大鼠的血清生化异常,栀子水提物可以降低肝组织ESR1的蛋白和mRNA水平,升高PPARG,NOS2,F2R,NOS3,NR3C1的蛋白和mRNA水平。综上所述,栀子的抗胆汁淤积作用可能是通过参与急性炎症反应、活性氧代谢正调节、一氧化氮合成代谢生物过程以及细胞色素P450对外源化合物的代谢、核受体转录、血小板糖蛋白激活级联和血小板活化通路来发挥的。     

基于网络药理学的人参活性成分治疗阿尔茨海默病的作用机制研究

目的采用网络药理学方法探究人参治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选人参活性成分,并运用Swiss Target Prediction数据库、OMIM数据库和Disgent数据库查找人参成分的靶标蛋白,阿尔茨海默病的靶蛋白,运用Cytoscape 3.2.1软件构建并进行网络度分析,通过STRING数据库、Reactome FI和基因组百科全书(KEGG)进行通路分析。结果筛选得到人参治疗阿尔茨海默病可能通过MAPK信号通路发挥作用。结论预测出人参治疗阿尔茨海默具有多成分协同作用的特点,为其临床应用提供了理论依据。     

基于网络药理学的栀子豉汤抗抑郁作用机制研究

目的建立活性成分-作用靶点、蛋白相互作用、靶点相应的生物功能和通路网络,探讨栀子豉汤的抗抑郁作用机制。方法通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库并结合文献挖掘和整理获取栀子豉汤的主要活性成分。依据反向药效团匹配(Pharm Mapper)方法预测栀子豉汤活性成分的作用靶点。采用Cytoscape软件构建栀子豉汤活性成分-作用靶点网络。通过String数据库结合Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,并用Systems dock Web Site对其进行验证。通过ClueGO结合Clue Pedia插件对其靶点生物功能及涉及的通路进行分析。结果栀子豉汤中筛选得到16个活性成分,涉及43个靶点,网络分析结果表明靶点主要参与细胞、组织、器官、代谢、免疫和对应激的应答等过程,通过调节瘦素、雌激素、丝裂原活化蛋白激酶级联(MAPK cascade)、脑源性神经营养因子-酪氨酸激酶受体(BDNF-Trk B)、5-羟色胺受体(5-HT receptor)、白细胞介素(IL)等信号通路来发挥抗抑郁作用。结论体现了中药多成分-多靶点-多通路的特点,为进一步开展栀子豉汤的抗抑郁作用机制研究提供了新思路和新方法。     

基于网络药理学的半夏抗炎活性成分及作用机制研究

目的构建半夏抗炎的"成分-靶点-通路"网络,探究半夏可能活性成分及其潜在作用机制。方法通过文献和TCMSP数据库查找半夏化学成分,采用类药性(DrugLikeness,DL)以及口服生物利用度(Oral Bioactivity,OB)评估筛选活性成分;通过Drugbank、Pharmmappe数据库筛选半夏活性成分潜在靶点基因,通过GeneCards和MalaCards数据库得到炎症相关基因靶点;将活性成分的潜在靶点基因与炎症相关基因进行比对,得到半夏抗炎的潜在靶点基因;使用DAVID数据库对靶点基因功能进行GO富集,KOBAS 3.0数据库对相关通路进行KEGG通路注释;采用Cytoscape 3.6.1软件构建半夏抗炎作用的"成分-靶点-通路"网络;将筛选得到的部分活性成分和关键靶点进行分子对接。结果从半夏中共筛选出11个活性成分,涉及包括MAPK14、TEK、IGF1、AKT1等53个基因靶点,影响了与炎症相关的TNF signaling pathway、PI3K-Akt signaling pathway及Ras signaling pathway等32条信号通路;分子对接试验结果显示,筛选得到的两个活性成分与关键靶点的结合能力与阳性药物接近。结论构建的"成分-靶点-通路"网络图揭示了半夏通过多成分、多靶点、多通路的形式发挥抗炎作用,分子对接试验间接证实了网络药理学预测结果的可靠性与准确性。为进一步阐释半夏抗炎作用机制提供了科学依据。     

基于网络药理学研究补肾方治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的：基于网络药理学方法分析补肾方治疗阿尔茨海默病的作用靶点及信号通路,阐明其可能的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中药分子机制生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）检索补肾方的化学成分、作用靶点,运用Uniprot数据库查询靶点对应基因,利用GeneCards数据库收集阿尔茨海默病作用靶点,使用Venny 2.1将补肾方作用靶点与阿尔茨海默病作用靶点取交集,通过String平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。采用Metascape进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。通过Cytoscape 3.7.1软件进行可视化分析。结果：从补肾方4味中药材中筛选获得45个化合物和相应靶点397个。将补肾方主要活性成分调控靶点与阿尔茨海默病的靶点取交集共获得48个关键靶点。共得到1 077生物过程（P<0.01）,128条信号通路（P<0.01）。结论：补肾方作用于阿尔茨海默病核心靶点有AKT1、IL-6、CASP3、TNF、TP53。这些靶点共同参与IL-17信号通路、流体剪切应力与动脉硬化信号通路、HIF-1信号通路、血清素能突触通路、胰岛素抵抗通路发挥下调神经炎症反应、改善血管神经功能障碍、防止蛋白质错误折叠、影响神经递质、调节细胞代谢及线粒体功能等作用,并可以在疾病早期、通路上游进行干预,可能是补肾方治疗阿尔茨海默病的潜在机制。     

基于网络药理学的海蓬子活性成分抗糖尿病作用机制

目的利用网络药理学技术预测海蓬子抗糖尿病有效成分、潜在靶点及通路,探讨其"多成分-多靶点-多通路"的抗糖尿病作用机制。方法通过查阅大量文献获取海蓬子内15种具有相关活性的化学成分信息,利用PharmMapper和Drug Bank数据库筛选海蓬子抗糖尿病的潜在靶点,采用MAS 3.0生物分子功能软件获取潜在靶点和通路的相关信息,最后采用Cytoscape软件构建海蓬子治疗糖尿病的"成分-靶点-通路"网络模型。结果海蓬子的15个成分可能是通过MAP2K1、MAPK、GSK3B、AKT等30个糖尿病相关靶点调控胰岛素、血管内皮生长因子、T细胞受体、FcεRI信号通路等72条信号通路,从而参与调节免疫、炎症反应、脂质代谢、细胞凋亡等过程来发挥治疗糖尿病及其并发症的作用,呈现出海蓬子"多成分-多靶点-多通路"的抗糖尿病作用机制。结论本研究为解析海蓬子复杂体系、阐释其抗糖尿病作用的科学内涵提供了新的思路和方法,为下一步其作用靶点及机制的验证实验指明了方向。     

钩藤散活性成分治疗阿尔茨海默病作用机制的网络药理学分析

目的利用网络药理学方法研究钩藤散治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法从中药系统药理学数据库(TCSMP)、中药信息数据库(TCMID)中筛选钩藤散治疗AD的活性成分,并构建药物-靶标-疾病网络、蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络,运用生物信息学分析方法进行GO分析、通路富集分析和PPI网络分析。结果通过网络药理学方法筛选出钩藤散活性成分65种,显示其活性化合物的预测靶点473个,215个靶点与AD相关,钩藤散活性化合物的药效作用靶点高度富集到与AD相关的信号通路和生物学过程,PPI网络结果显示JUN、TNF、VEGFA、ESR1、APP可能是钩藤散治疗AD的重要作用靶点。结论钩藤散活性化合物以协同的方式与多个靶点、多种途径相互作用,主要通过抗炎、抗凋亡、增强代谢和增强免疫系统等途径对AD产生重要的治疗作用。     

基于网络药理学探讨益智仁对阿尔茨海默病的作用机制

目的 利用网络药理学的方法研究益智仁治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制.方法 采用文献检索和数据库分析的方法,构建AD治疗相关靶点蛋白互作网络,运用DAVID数据库对相关靶点进行Gene Ontology(GO)功能分析及KEGG通路富集分析,并用CytoscapeClueGo插件进行生物学功能分析.结果 益智仁活性成...     

基于网络药理学的金莲花活性成分抗炎机制研究

目的:利用网络药理学的研究方法,探索金莲花抗炎作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台搜索金莲花活性成分及活性成分相关靶点,在Uniprot数据库进行靶点蛋白的基因校正后,利用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点基因网络;在NCBI数据库,搜索"inflammation",得到与人类炎症相关的基因,用Cytoscape 3.7.2软件构建炎症靶点相互作用网络,将其与金莲花活性成分-靶点网络融合,获得金莲花活性成分的抗炎作用靶点。结果:中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索到金莲花口服利用度≧30%,类药性≧0.18的活性成分7个,7个活性成分作用靶点共计183个蛋白,在Uniprot数据库检索并校正得到靶点基因166个;将6个活性成分与靶点基因数据导入Cytoscape 3.7.2软件,得到自由度≥5的靶点基因3个,分别是Ptgs1、Ptgs2、Ncoa2;在NCBI网站数据库检索"inflammation",得到与人类炎症相关基因1882个;利用Cytoscape 3.7.2软件将6个活性成分的166个靶点与炎症相关1882个靶点构建金莲花-抗炎的...     

基于网络药理学的苓桂术甘汤治疗阿尔茨海默病的潜在作用机制研究

目的利用网络药理学技术研究苓桂术甘汤治疗阿尔茨海默病(AD)的潜在作用机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)、Swiss、SuperPred和Stitch数据库寻找与苓桂术甘汤中4味中药相关的化学成分及其作用靶点,并以口服利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18为阈值对化合物进行筛选,再通过文献查找加以补充;通过OMIM、TTD、GAD、Pharm Gkb数据库获取与AD疾病相关的靶标,并进一步筛选得到苓桂术甘汤治疗AD的潜在作用靶点;采用DAVID6.8数据库对相关潜在作用靶点进行GO分析及KEGG代谢通路富集分析;利用Cytoscape软件构建"单味药-活性成分-作用靶点"相互作用网络并进行度值和中介度分析,确认可能的关键靶点和关键通路。结果在苓桂术甘汤中,共筛选出126个与AD相关的潜在活性成分和120个潜在作用靶点;GO生物功能分析共包含565条富集结果,其中生物过程396条,分子功能121条,细胞组成48条,主要涉及蛋白结合、细胞、氧化还原过程等;KEGG富集得到67条代谢通路,主要包括神经活性配体-受体相互作用通路、癌症通路、5-羟色胺能突触通路和钙信号通路等。结论网络药理学研究结果揭示了苓桂术甘汤治疗AD的多成分、多靶点、多途径的作用特点,并预测了其可能的活性成分、作用通路和关键靶点,为其药效物质基础和作用机制研究提供了理论基础。     

基于网络药理学的浙产栀子藏红花素类成分药理作用机制研究

目的运用网络药理学方法研究浙江产区栀子藏红花素类成分药理作用机制,为浙产栀子药材的合理使用与深度研发提供有价值的研究策略。方法课题组前期研究成果显示,浙江产区栀子中藏红花素类成分含量与其他产地比较有显著性差异,依据该结果,本研究联合使用Pubchem、Uniprot、STITCH、SWISS、TCMSP多个在线靶点筛选与预测数据库,运用Cytoscape软件构建化学成分-靶点-疾病(component-target-disease,C-T-D)相关作用网络模型。对浙产栀子特征性高含量化学成分群藏红花素类化合物相关靶点进行挖掘预测,借助CTD数据库对靶点进行基因本体(gene ontology,GO)富集与KEGG通路分析,进一步挖掘浙产栀子多维药理作用机制。结果浙产栀子中藏红花素类化合物藏红花素-二-β-D-龙胆二糖苷(crocin-1)、藏红花素-二-β-D-龙胆二糖-β-D-葡萄糖苷(crocin-2)通过成纤维细胞生长因子2(FGF2)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、酪氨酸激酶受体(KDR)、血管内皮生长因子受体1(FLT1)等18个靶点作用于G蛋白偶联受体(GPCR)、Rap1、RAS等信号通路,从而参与细胞信号转导过程发挥多维药理作用,这些成分主要可治疗心血管疾病、肿瘤、消化系统等18种相关疾病。结论基于系统药理学的研究方法寻找不同产区药材特征性高含量化学成分群的关键靶点、信号通路和疾病网络,为深入研究我国不同产区中药资源的药理作用及机制提供信息和数据支撑。     

基于网络药理学研究红花抗心肌缺血的作用机制

目的：构建红花药材-成分-靶点-通路网络,探讨红花治疗心肌缺血的作用机制。方法：以红花中符合口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18的化合物作为研究对象,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对进行检索并得到靶点,并在UniProt数据库靶点检索基因名,通过GeneCards数据库对心肌缺血进行检索,得到心肌缺血靶点。将心肌缺血与红花靶点取交集。将所得到交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析、基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。利用Cytoscape 3.8.0软件绘制药材-化合物-靶点-通路网络图。结果：得到红花16个活性成分,192个靶点,在GeneCards数据库搜索并筛选得到335个心肌缺血靶点。得到红花靶点与心肌缺血交集靶点58个。交集靶点PPI度值排名前3位为IL6、TNF、VEGFA。GO与KEGG通路富集分析分别选取前5个条目绘制气泡图。药材-化合物-靶点-通路网络中有89个节点,338条边。节点前三的化合物为：槲皮素、山柰酚与木犀草素。结论：红花可能通过多种化学成分、多靶点与多途径起到治疗心肌缺血...     

基于网络药理学研究黄芪抗动脉粥样硬化的作用机制

目的 利用网络药理学研究黄芪治疗动脉粥样硬化的潜在靶点和作用机制,并通过体外实验进行初步验证.方法 通过多个数据库筛选出黄芪的活性成分以及与其作用的动脉粥样硬化相关靶点,借助Cytoscape软件构建中药-成分-靶点网络,利用DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析,确定相关的靶点和通路.体外实验通过MTT法...     

基于网络药理学的女贞子抗骨质疏松作用机制研究

目的 基于网络药理学相关技术分析中药女贞子防治骨质疏松的主要活性成分及相关靶点通路,探讨其防治骨质疏松的潜在作用机制.方法 采用TCMSP和TCMID数据库收集女贞子中活性成分,通过Swiss Target Prediction、Drugbank以及IPA对活性成分作用靶点进行预测;同时采用TTD、Drugbank以及...     

基于网络药理学研究覆盆子活性成分抗肿瘤作用机制

目的?采用网络药理学挖掘覆盆子抗肿瘤主要活性成分的作用靶点，探讨其多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法?通过TCMSP数据库，结合口服生物利用度（OB30%）和类药性（DL0.18）参数，筛选覆盆子的活性成分；登录PharmMapper服务器反向预测，利用Uniprot 数据库进行校正与转化，获得潜在作用靶点；比对CTD数据库筛选并整合得覆盆子抗肿瘤的潜在靶点；通过DAVID v6.8数据库进行GO富集和KEGG通路注释分析；采用Cytoscape 3.6.1软件构建“活性成分-靶点”网络图、“核心成分-核心靶点-核心通路”网络图。结果?经筛选后得到覆盆子7个活性成分，63个潜在靶点，其中26条重要信号通路关联32个核心靶点，聚焦在5个核心成分，即谷甾醇、β-谷甾醇、覆盆子酸、鞣花酸、欧前胡素可能是覆盆子抗肿瘤的主要活性成分，而PI3K-Akt 信号通路、癌症的途径、癌症中的蛋白多糖、原癌基因蛋白信号通路、胰岛素抵抗、Rap1信号通路可能是重要的通路。结论?覆盆子中富含的甾醇类、酚酸类、香豆素类等活性成分可能作用于PPP1CC、SHBG、MAP2K1、MAPK14、RXRB、ABL1、FABP7、SULT2B1、HPGDS等关键靶点，通过抑制肿瘤细胞增殖和分化、诱导肿瘤细胞凋亡，调节糖脂代谢、激素水平、炎症反应等发挥多成分-多靶点-多通路的抗肿瘤作用机制。     

山药活性成分抗老年痴呆症的网络药理学作用机制探

目的基于网络药理学探讨山药活性成分抗老年痴呆症的潜在作用机制。方法通过中药系统药理学技 术平台（TCMSP）收集并筛选山药的活性成分及其对应靶标蛋白。利用Uniprot 数据库获取山药活性成分对应的 靶标基因,并与通过GeneCards 数据库所获得的老年痴呆症疾病基因做映射,获得山药调节老年痴呆症的潜在 作用靶点。利用Cytoscape 3.7.2 软件构建山药的活性成分-作用靶点网络。通过String 平台构建作用靶点之间 的互作关系,并导入Cytoscape 3.7.2 软件构建靶蛋白互作关系网络（PPI）。通过Metascape 分析平台,对山药治 疗老年痴呆症的作用靶点进行GO 分析和KEGG 通路富集分析。结果从山药中筛选出12 个有效活性成分, 包括薯蓣皂苷元、海风藤酮、豆甾醇、荜拔明宁碱等;74 个作用靶点,与老年痴呆症有关的作用靶点48 个, 关键靶点6 个,包括AKT1、VEGFA、PTGS2、NOS3、TP53、ESR1;涉及6 条主要信号通路,包括神经活性 配体-受体相互作用、癌症途径、血清素能突触、长寿调节途径、雌激素信号途径、可卡因成瘾。这些作用通 路可能是山药活性成分防治老年痴呆症的活性依据。结论初步探讨了山药活性成分治疗老年痴呆症的作用机 制,为山药抗老年痴呆症活性成分的开发和应用提供了思路并指明了方向,为后续深入研究提供了理论基础及 参考依据。     

基于网络药理学及分子对接研究栀子抗缺血性脑卒中的分子机制

目的 基于网络药理学及分子对接方法,探讨栀子活性成分治疗缺血性脑卒中(CIS)的相关作用靶点及潜在分子机制.方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及国内外文献筛选获得活性成分及其对应靶点;检索GeneCards、OMIM等数据库获得CIS疾病相关靶点;采用STRING分析靶点蛋白的互作关系;利用Cyto...     

基于网络药理学探讨甘草-枳壳活性成分抗乳腺癌作用机制

目的:基于网络药理学进行数据挖掘,探讨甘草-枳壳的抗乳腺癌的潜在活性成分和可能作用机制。方法:从中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选的甘草-枳壳活性成分与药物数据库Therapeutic Target Databas(TTD)数据库检索的乳腺癌靶点进行了对比分析,归纳总结出甘草-枳壳中活性成分抗乳腺癌作用的主要潜在靶点,利用Cytoscape 3. 7. 1软件构建甘草-枳壳活性成分-靶点-疾病网络并进行分析。结果:根据类药性(DL)及口服生物利用度(OB)相关条件筛选获得甘草-枳壳活性成分-乳腺癌靶标网络图,该网络总共包括133个节点,化学成分116个,乳腺癌药物靶点有17个;与乳腺癌药物靶点相互作用的甘草活性成分有109个;与乳腺癌药物靶点相互作用的枳壳活性成分有6个;与乳腺癌药物靶点相互作用的枳壳、甘草共有的活性成分有1个;网络图中有400个乳腺癌靶点-相互作用靶标对。结论:甘草-枳壳抗乳腺癌作用的发挥是基于多成分、多通路和多靶点的整体药效效应,挖掘了抗乳腺癌的潜在作用机制,为进一步实验研究提供了理论基础。     

基于网络药理学的牛膝防治阿尔茨海默病的物质基础与作用机制研究

目的基于网络药理学及分子对接技术预测牛膝防治阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的主要活性成分及作用靶点,探讨其"多成分-多靶点-多通路"的作用机制。方法收集DrugBank和文献报道中AD的治疗靶点,依据中药系统药理学技术平台(TCMSP)构建牛膝的化学成分库;运用DiscoveryStudio3.5软件进行分子对接,虚拟筛选牛膝中与AD的靶点结合的化学成分集;通过KEGG数据库对虚拟筛选到的关键靶点进行通路富集分析,采用Cytoscape 3.2.1软件构建牛膝的"成分-靶点-通路"网络。结果从牛膝中筛选出58个化合物,多为小分子烷烃、酯类和羧酸类化合物,其次为黄酮类、蒽醌类等。这些有效成分可能通过调节Ca MK-IIα、Ca MK-IIβ、Ca MK-IIγ、Akt1和TNF-α等36个AD发病机制的潜在靶蛋白而发挥作用,涉及MAPK signaling pathway、Wnt signaling pathway等12条通路。结论牛膝中黄酮类、蒽醌类等活性成分可能是其治疗AD的物质基础,其作用机制涉及抗炎、抗细胞凋亡等。     

基于网络药理学和分子对接研究红花治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。