基于文献挖掘与分子对接技术的瑶药“十八钻”抗新型冠状病毒活性成分筛选

目的采用文献挖掘与分子对接技术相结合的方法筛选瑶药"十八钻"中潜在的抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)活性成分及寻找潜在的治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的瑶药。方法依据瑶医传统用法及临床实践以瑶药"十八钻"为候选药物,通过文献挖掘与TCMSP、ETCM、TCMID、NPASS数据库搜集整理瑶药"十八钻"的化学成分。将搜集到的成分分别与SARS-Co V-2 3CL水解酶(Mpro)及血管紧张素转化酶2(ACE2)进行分子对接。收集两者对接得分值排名前50的成分构建中药-成分-靶点网络图,以优选活性成分,推测关键瑶药。结果通过文献挖掘与中药数据库搜集共得到902个化学成分,通过分子对接得到与Mpro结合较好的成分219个,与ACE2结合较好的成分448个,其中槲皮素-3-O-α-L-呋喃阿拉伯糖苷、山柰酚-3-O-α-D-吡喃阿拉伯糖苷、鞣酸、胭脂虫酸、绿原酸、芦丁、西阿尼醇等成分对SARS-CoV-2具有潜在的抑制作用,关键的活性成分主要来源于双钩钻、槟榔钻、大钻、地钻、白钻、小红钻、小钻、九龙钻、四方钻等瑶药。结论从瑶药"十八钻"中筛选出潜在的抗SARS-CoV-2中药单体,为寻找Mpro和ACE2的中药小分子抑制剂以及推测潜在抗COVID-19中药提供参考。     

基于分子对接技术筛选金银花抗新型冠状病毒活性成分研究

目的:运用分子对接技术筛选金银花抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)潜在活性成分,为发现抗SARS-CoV-2先导化合物以及揭示金银花抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的物质基础提供参考。方法:在文献总结并结合中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索的基础上,建立涵盖金银花中382个化合物的化学成分库,以SARS-CoV-2 3CL水解酶(3CL Protease,Mpro)以及SARS-CoV-2与血管紧张素转换酶2(ACE2)复合物为分子对接靶标,利用Discovery Studio软件进行分子对接,以打分值大小筛选抗SARS-CoV-2潜在活性成分。结果:金银花中三萜皂苷类成分与SARS-CoV-2 Mpro有较强的结合力,以SARS-CoV-2 Mpro晶体结构复合的原抑制剂N3为阳性对照,7个化合物为其潜在抑制剂;环烯醚萜类和神经酰胺类成分对SARS-CoV-S/ACE2复合物的阻断较好,保留打分值前3%的化合物,10个化合物可作为SARS-CoV-S/ACE2复合物的潜在阻断剂。结论:从金银花中发现16个潜在抗SARS-CoV-2活性成分。本研究为阐明金银花抗击COVID-19的药效物质基础提供参考,同时为发现新的抗SARS-CoV-2先导化合物指明方向。     

基于HERB数据库草药成分的新型冠状病毒多靶点新型抑制剂虚拟筛选

目的 通过计算机虚拟筛选从HERB数据库草药成分中筛选出靶向新型冠状病毒主蛋白酶（main protease,Mpro）、木瓜样蛋白酶（papain-like protease,PLpro）和受体结合域（receptor binding domain,RBD）的新型潜在抑制剂并阐述其相互作用机制。方法 以从HERB数据库中获得的天然化合物为筛选对象,综合运用药效团模型、分子对接、ADME-T预测、分子动力学模拟和分子力学泊松-玻尔兹曼表面积（molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area,MM-PBSA）等计算方法,获取靶向新型冠状病毒中Mpro、PLpro和RBD等多个靶点的潜在抑制剂,并采用酶活性抑制实验评价其植物提取物对Mpro的抑制效果。结果 化合物HBIN006454、HBIN032286和HBIN031053对SARS-CoV-2的Mpro、PLpro和RBD靶点均具有较高的结合亲和力。其中,巴戟天中的HBIN031053具有更好的类药性和药动学特性,且与各靶点所形成的复合物在分子动力学模拟中均表现出良好的稳定性。MM-PBSA分析结果进一步揭示了在HBIN031053-Mpro、HBIN031053-PLpro以及HBIN031053-RBD的结合中发挥关键作用的氨基酸残基,并深入阐述了其抑制病毒蛋白酶活性的机制。酶活性抑制实验表明,巴戟天提取物对Mpro有抑制效果。结论 天然化合物HBIN031053可作为靶向SARS-CoV-2中Mpro、PLpro和RBD等靶点的潜在新型抑制剂。     

基于文献分析和分子对接法探讨化橘红防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的前景

目的探讨化橘红防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的前景,为化橘红的临床应用提供依据。方法通过文献查阅,对化橘红及其主要化学成分在祛痰、抗急性肺损伤、抗炎、抗肺纤维化、镇咳、抗氧化、抗肝损伤和抗肾损伤等方面的药理作用进行分析,并通过中药系统药理学平台(TCMSP)和查阅文献检索化橘红的化学成分,将各化学成分与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)、3CL水解酶(Mpro)、木瓜样蛋白酶(PLP)和树突状细胞特异性细胞间黏附分子-3结合非整合素因子(DC-SIGN)进行分子对接,预测其在抑制新型冠状病毒(SARS-Co V-2)病毒感染和复制方面的潜在活性。结果文献分析结果表明,化橘红及其主要化学成分具有祛痰、抗急性肺损伤、抗炎、抗肺纤维化、镇咳、抗氧化、抗肝损伤和抗肾损伤等多方面药理活性;分子对接结果表明,柚皮苷(naringin)、新橙皮苷(neohesperdin)、野漆树苷(rhoifolin)、枸橘苷(poncirin)和西托糖苷(sitogluside)与ACE2、MPro、PLP和DC-SIGN均具有较强的结合力,具有抑制SARS-CoV-2病毒感染宿主细胞和自我复制的潜在活性。结论化橘红既具有通过多种药理活性改善COVID-19病程进程的潜力,又可能通过作用于ACE2、MPro、PLP和DC-SIGN发挥抑制病毒感染宿主细胞及自我复制的作用。提示化橘红可能对COVID-19的防治具有积极作用。     

经方华盖散抗新型冠状病毒肺炎的网络药理学分析

目的探讨经方华盖散抗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的药效物质基础及分子作用机制。方法通过 中药成分数据库联合检索,结合药动学参数（口服生物利用度和类药性）筛选华盖散候选活性成分;通过蛋白数 据库预测华盖散抗COVID-19 的潜在靶点;通过STRING 平台分析潜在靶点与血管紧张素转化酶Ⅱ（ACE2）的 蛋白-蛋白相互作用（PPI）关系;通过Cytoscape 软件构建华盖散抗COVID-19 活性成分-靶点网络;通过 DAVID 平台进行GO 生物过程及KEGG 通路富集分析;对华盖散关键活性成分与抗COVID-19 重要靶点 ACE2、Spike 蛋白、3CL 水解酶及木瓜样蛋白酶（PLP）进行分子对接验证。结果共获得华盖散潜在活性成分 195 个,包括槲皮素、甘草酸、柚皮素、甘草查尔酮、橘皮素等。潜在活性成分对应候选靶点共191 个,其中 抗COVID-19 核心靶点44 个,包括PTGS2、PPARG、NOS2、DPP4、MAPK14 等。GO 功能富集分析涉及生物 学过程（BP）、细胞组成（CC）及分子功能（MF）分别为151、33、48 个条目,与炎症反应、细胞凋亡进程调控及 MAPK 级联等生物作用相关。KEGG 通路富集筛选得到98 条相关通路,涉及乙型肝炎、TNF 信号通路、NOD 样受体信号通路、Toll 样受体信号通路、甲型流感等通路。华盖散关键活性成分与ACE2、Spike 蛋白、3CL 水 解酶、PLP 进行分子对接后,对接总评分＞5 分的分别有87、48、47、46 个。其中,橙皮苷、柚皮苷、苦杏 仁甙、甘草宁H 等与ACE2,常春藤皂甙元、华良姜素等与3CL 水解酶,橙皮苷与Spike 蛋白酶,新绿原酸 与PLP 均具有较好的亲和力。结论华盖散可能通过槲皮素、甘草酸、木犀草素、橙皮苷等多种活性成分, 作用于ACE2、3CL、Spike、PLP、TNF 等靶点,调节多条与炎症及免疫相关的信号通路,发挥抗COVID-19 的作用。     

基于网络药理学的连花清瘟方抗冠状病毒的物质基础及机制探讨

目的探寻连花清瘟方抗冠状病毒的物质基础及作用机制,为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的中医药治疗提供参考。方法借助TCMSP、Batman、Swiss Target Prediction等数据库检索连花清瘟方中药味的化学成分和作用靶点。通过Gene Cards筛选出冠状病毒的疾病靶点。使用Cytoscape软件构建"药物-成分-靶点-疾病"网络和潜在靶点的相互作用关系,通过富集分析预测作用机制,并将连花清瘟方的主要活性成分与新型冠状病毒(SARS-Co V-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接验证。结果挖掘出连花清瘟方中100种活性成分、636个药物靶点,冠状病毒347个疾病靶点,得到药物-疾病共同靶点67个,关键靶点涉及PTGS2、IL6、CASP3、MAPK1、EGFR、ACE2等。GO富集分析共得到条目1 946个,主要涉及T细胞活化、病毒受体、炎症反应等。KEGG通路富集筛选出166条信号通路,包括肾素-血管紧张素系统、Toll样受体信号通路、JAK-STAT信号通路、T细胞受体信号通路、TNF信号通路等。分子对接结果显示山柰酚、槲皮素、木犀草素与Mpro有较好的结合能力;甘草次酸、豆甾醇、靛蓝与ACE2有较好的结合能力。结论连花清瘟方可通过多成分、多靶点、多通路作用于冠状病毒,其主要成分与Mpro、ACE2有较好的结合能力,从而可能对COVID-19有治疗作用。     

基于网络药理学探讨抗感方抗病毒作用机制

目的基于网络药理学方法研究抗感方治疗冠状病毒、呼吸道合胞病毒(RSV)的作用机制。方法借助TCMSP数据库筛选出抗感方活性成分及作用靶点,通过Gene Cards数据库筛选出冠状病毒、RSV的疾病靶点。利用Cytoscape软件、STRING数据库分别构建“药物-成分-靶点-疾病”的相互作用和潜在靶点PPI网络图,并进行GO和KEGG富集分析,最后进行分子对接验证。结果抗感方中174种潜在活性成分,涉及51个抗病毒关键靶点,可能通过IL-17、AGE-RAGE、TNF、Toll样受体、NOD样受体等炎症、免疫信号通路发挥抗病毒作用。16种主要活性成分对冠状病毒和RSV关键靶蛋白(Mpro与RSV-F)均有较好地结合力。结论抗感方中多种活性成分通过多靶点、多通路协同作用发挥对冠状病毒与RSV的干预作用,为临床应用于多种病毒的防治提供理论依据。     

基于文献挖掘与分子对接技术的抗新型冠状病毒中药活性成分筛选

目的采用文献挖掘与分子对接技术相结合的方法筛选潜在的中药抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)活性成分。方法通过近期国家及各权威机构发布的防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)方案的中医方剂以及常用抗病毒中药筛选候选中药,通过TCMSP、CNKI及PubMed搜集整理候选中药活性成分。SARS-Co V-23CL水解酶(Mpro)蛋白结构由上海科技大学饶子和院士团队提供。采用AutoDockVina进行分子对接。结果通过文献查阅与处方筛选共得到11个高频使用抗病毒待研究中药,通过TCMSP及文献查阅整合得到469个候选活性成分。通过分子对接得到结合能<-33.44 kJ/mol的成分41个,其中柴胡皂苷(E、B1、D、F、B2、C2、A)、甘草酸等多种成分与SARS-Co V-23CL水解酶蛋白均有较好的亲和力。候选药物中柴胡、甘草、金银花等中药含有较多潜在抗SARS-Co V-2活性成分。结论从传统抗病毒中药中筛选出潜在的抗SARS-Co V-2中药单体,为抗SARS-Co V-2药物研究及处方筛选提供参考。     

基于“扶正祛邪”理论的生血宝合剂辅助治疗新型冠状病毒肺炎的可行性分析

目的:基于"扶正祛邪"理论研究生血宝合剂对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在辅助治疗作用。方法:从中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库中搜集生血宝合剂各药味含有的化学成分及其相应靶点,并通过与严重急性呼吸综合征(SARS)等疾病靶点进行交集分析,筛选生血宝合剂潜在的抗病毒性肺炎作用靶点及其活性成分;通过UniProt数据库、GeneCards数据库查询以及Cytoscape软件分析,构建中药-活性成分-抗病毒性肺炎靶点网络,揭示生血宝合剂可能的抗病毒性肺炎作用途径;通过R语言软件进行基因本体(GO)富集分析和KEGG信号通路富集分析,揭示相关生物学信息;最后借助DS16软件的LibDock程序进行人ACE2蛋白、新型冠状病毒S蛋白的对接研究,筛选生血宝合剂中可能抑制新型冠状病毒感染过程的活性成分。结果:从何首乌等7味中药中共收集到143个化学成分和660个作用靶点,其中45个化学成分及其对应的39个作用靶点与SARS等疾病密切相关;黄酮、蒽醌和多酚(酚酸)类成分是生血宝合剂潜在的抗病毒性肺炎活性成分,主要作用于免疫和炎症调节、凝血功能调节以及病毒入侵等过程。网络分析和富集分析表明,女贞子、桑椹、墨旱莲等对于抗病毒性肺炎作用贡献较大,主要涉及炎症调节和病毒感染等相关通路。女贞果苷D等5个活性成分与人ACE2蛋白和新型冠状病毒S蛋白均具有较强的相互作用,可能直接起到抑制新型冠状病毒的作用。结论:生血宝合剂可能通过调节机体炎症和免疫功能、凝血功能以及病毒入侵过程从而可能对COVID-19发挥潜在的辅助治疗作用。     

基于分子对接技术探讨金莲花汤抗新型冠状病毒(2019-nCoV)的潜力

目的:对金莲花汤主要成分的抗新型冠状病毒(2019-nCoV或SARS-CoV-2)活性进行虚拟筛选,评价金莲花汤抗2019-nCoV的潜力。方法:采用Autodock软件将金莲花汤中的27种主要成分与2019-nCoV 3CL水解酶(Mpro)进行分子对接。结果:26种化合物可与Mpro蛋白活性中心结合,主要结合成分为黄酮类;主要结合方式为与Mpro蛋白的活性区域形成氢键。结论:金莲花汤表现出Mpro蛋白结合活性,具有抗2019-nCoV的潜力。     

GC-MS分析栝楼桂枝汤及其入脑的挥发性成分

探讨挥发性成分在复方中的作用,寻找栝楼桂枝汤治疗脑卒中后肢体痉挛的物质基础。采用水蒸气蒸馏提取栝楼桂枝汤及其组方药材天花粉、桂枝、生姜、白芍、大枣、甘草的挥发油,通过GC-MS对栝楼桂枝汤及其组方药材的挥发性成分进行鉴定及比较,同时分析灌胃给药复方后进入大鼠脑组织的挥发性成分。栝楼桂枝汤的挥发性成分主要依次来自桂枝、生姜、大枣、天花粉;入脑成分则主要来自天花粉的挥发性成分。与组方药材相比,经配伍后的栝楼桂枝汤的挥发性成分变化很大;灌胃给药复方后,入脑成分主要来自天花粉的挥发性成分,提示挥发性成分通过脑组织进而发挥治疗脑病作用,间接改善脑卒中后所引起的肢体痉挛等症状。     

茵陈蒿汤合煎与分煎的成分比较研究

为比较茵陈蒿汤合煎与分煎的成分,利用反相高效液相法分析茵陈蒿汤与茵陈蒿、栀子、大黄的指纹图谱,考察中药复方中其化学成分的来源,并进行方法学论证。结果显示,茵陈蒿汤出峰共47个,其中19个峰来源于茵陈蒿,31个峰来源于大黄,6个峰来源于栀子。提示：茵陈蒿汤95％醇提物所含化学成分可能是茵陈蒿、大黄、栀子三味药材所含成分的加合,尚未发现原成分的缺失和新成分的形成。故认为茵陈蒿汤合煎与分煎,两者无明显成分变化。     

枳实药对的临床应用

从传统中医理论和现代药理两方面归纳了枳实的性味，归经和临床应用。分析了枳实分别与枳壳、陈皮、厚朴、槟榔、桔梗、竹茹、紫菀、栝楼、柴胡、白术、白芍、赤芍、肉桂、生姜、黄连、大黄等组成16个药对的临床应用价值。     

基于古代经方传承的清肺排毒汤组方配伍分析

清肺排毒汤经临床实践证明为新型冠状病毒肺炎治疗的有效方剂,由4个古代经典名方化裁而来,具有极大的理论挖掘价值和传承价值。分析其4个经方的功效特点可知,麻杏石甘汤宣肃肺气,五苓散温阳化气、射干麻黄汤温肺化饮,小柴胡汤和解少阳。在此基础上,推演其组方规律可知,麻黄、细辛2药升降相因、宣肃肺气,为君药;茯苓、猪苓、泽泻、山药、藿香、杏仁、桂枝、白术8药温阳化气、利水祛湿,为臣药;生姜、半夏、陈皮、枳实、射干、紫菀、款冬花、柴胡和胃降逆、利气祛痰,为佐助,石膏、黄芩清肺化痰降逆止咳,为反佐;甘草调和诸药,为使药。清肺排毒汤组方配伍重在调节气机的升降浮沉,祛除寒湿瘀毒的病理产物。     

基于分子模拟技术筛选大黄、羌活、秦艽的5-LOX、LTA4H抑制剂

5-LOX(5-lipoxygenase)和LTA4H(leukotriene A4 Hydrolase)作为花生四烯酸代谢途径中生成炎症介质白三烯(LTs)的重要支路,是抗炎药物研究的关键靶点。大黄、羌活、秦艽3味中药具有明确的抗炎活性。该文以5-LOX,LTA4H靶点为研究载体,利用DS4.0(discovery studio)中的Hiphop模块构建靶标抑制剂药效团初步筛选3味中药的成分数据库,获得5-LOX和LTA4H潜在活性成分。利用CDOCKER模块进行进一步筛选药效团初筛所得成分,基于原配体的打分值以及关键氨基酸建立筛选规则,最终得到5-LOX潜在活性抑制剂12个,包括原矢车菊素B2-3,3'-O-双没食子酸酯、revandchinone 2在内的大黄成分6个,包括二十二烷酸在内的羌活成分4个以及褐煤酸甲酯、N-二十二烷酮-O-氨基苯甲酸乙酯2个秦艽成分;得到LTA4H潜在活性抑制剂7个,包括大黄中的revandchinone 1,revandchinone 4,羌活中的二十三烷酸、二十四烷酸以及二十烷酸甲酯,秦艽中的褐煤酸甲酯、N-二十二烷酮-O-氨基苯甲酸乙酯。该研究能够高效、低耗的筛选3味中药的5-LOX、LTA4H潜在抑制剂,为发现3味中药中发挥抗炎药效的化学质量指标提供助力,以推动对于3味中药的全程质量控制。     

抗新型冠状病毒方剂基于花生四烯酸代谢通路防治“细胞因子风暴”的研究

新型冠状病毒(2019-nCoV)肺炎疫情暴发以来,发展迅速,形势严峻,受到国内外广泛关注。发表在《柳叶刀》杂志的研究指出新型冠状病毒的感染与"细胞因子风暴"(cytokine storm)存在密切联系。"细胞因子风暴"是机体对病毒、细菌等外界刺激产生的一种过度免疫反应。当病毒攻击机体时,刺激分泌产生大量的炎症因子,如白细胞介素(interleukin,IL)、干扰素(interferon,IFN)、趋化因子(C-X-C motif chemokine,CXCL)等,进而引发细胞因子级联反应。随着炎症因子渗出,多种细胞因子在组织、器官中异常升高,干扰免疫系统,造成机体过度免疫应答反应,引起肺部细胞的弥漫性损伤,肺部出现纤维化,且导致多器官损伤,严重则可能导致死亡。花生四烯酸(arachidonic acid,AA)代谢通路主要用于合成炎症介质,可介导多种炎症因子的产生,如单核细胞趋化蛋白-1(monocyte chemotactic protein 1,MCP-1)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、IL、IFN等,与炎症的发生发展及消退均有密切联系。因此抑制花生四烯酸代谢通路,有助于抑制机体炎症因子的释放,缓解"细胞因子风暴"。该研究基于花生四烯酸代谢通路关键靶点抑制剂的药效团模型,筛选中药化学成分数据库(traditional Chinese medicine database,TCMD 2009)。选择匹配值(fit value)大于0.7的成分作为潜在活性成分,对活性成分来源中药进行频数统计,结合《国家新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第六版)》中的中药方剂进行分析,获取对"细胞因子风暴"具有潜在治疗作用的方剂。结果显示,对花生四烯酸代谢通路具有抑制作用的成分为厚朴木脂体Ⅰ、忍冬苦苷、大黄素甲醚-8-O-β-D-吡喃葡萄糖苷等,中药为厚朴、生姜、金银花、大黄、丹参、黄芩、栀子、人参、牛蒡子、绵马贯众、赤芍、山药。结合新型冠状病毒治疗方剂进行分析,发现藿香正气胶囊、金花清感颗粒、连花清瘟胶囊、清肺排毒汤、血必净注射液、热毒宁注射液、痰热清注射液对花生四烯酸通路具有潜在抑制作用,可能通过缓解"细胞因子风暴"抑制新型冠状病毒引起的肺炎。该研究旨在为新型冠状病毒临床用药提供指导,并为探索治疗新型冠状病毒中药及方剂的治疗机制和临床用药提供参考。     

东汉至民国时期文献的经典名方吴茱萸汤考证

吴茱萸汤现代临床应用较广,功效卓著,为《古代经典名方目录(第一批)》中收录的第5首方剂,全文基于东汉至民国时期的有关医籍文献,结合文献、计量学方法,系统考证与研究吴茱萸汤处方源流、药物组成、方义演变、功能主治、处方剂量、诸药炮制、煎制法和服法的有关内容.结果 发现,吴茱萸汤为东汉张仲景《伤寒论》首创,由吴茱萸、生姜、人...     

复方脑清胶囊的薄层色谱鉴别

目的:建立复方脑清胶囊的薄层色谱鉴别方法.方法:采用TLC对复方脑清胶囊中三七、石菖蒲、连翘和大黄进行定性鉴别.结果:TLC能明显检出三七、石菖蒲、连翘和大黄,斑点清晰,分离度好,专属性强.结论:该方法简便、准确、重复性好,能有效地控制复方脑清胶囊的质量.     

唐宗海《血证论》用药规律的数据研究

目的:研究唐宗海《血证论》中的遣方用药规律。方法:将唐宗海《血证论》中明确记载的内服方药信息录入由中国中医科学院提供的中医传承辅助系统软件,进行数据挖掘分析。结果:唐宗海《血证论》明确记载的内服用方共989首,涉及药物231味,涵盖各类中药,其中使用频率最高的前六味药物为甘草、当归、人参、茯苓、生地黄、白芍,核心组方为甘草、当归、人参、茯苓、生地黄、白芍、黄芩、白术、半夏、柴胡、生姜、大枣、川芎。结论:唐宗海《血证论》内服用药灵活,重视辨证论治,非纯用止血药物,处方用药以补益气血、疏肝和解为主的应用最广,用药规律印证了其学术思想。     

温胆汤历史沿革研究进展

温胆汤主要组方药材包括半夏、竹茹、枳实、陈皮、甘草和生姜,主治用于胆寒症。由于历史变迁,朝代更迭,历代温胆汤在药材组成、用药剂量与加水量及炮炙方法等方面有所不同。