基于Illumina MiSeq高通量测序分析黄芪内生细菌多样性

目的分析黄芪内生细菌群落多样性,为筛选菌种发酵转化黄芪中活性成分的定向炮制工艺研究提供参考依据。方法应用Illumina Mi Seq高通量测序技术测定黄芪内生细菌的16 S rDNA V3-V4区域序列并进行物种丰度等生物信息分析。结果获得有效序列40 051条,操作分类单元(OTUs)967个,测序数量接近于饱和,测序数据量合理。黄芪内生细菌主要分布于Anderseniella属、芽孢杆菌属Bacillus、伯克氏菌属Burkholderia、不动杆菌属Acinetobacter、寡养单胞菌属Stenotrophomonas、海洋芽胞杆菌属Oceanobacillus 6个属。结论黄芪内生细菌群落多样性较低,Anderseniella属和芽孢杆菌属Bacillus是黄芪内生细菌的优势种群。     

基于高通量测序的西洋参根际土壤细菌群落分析

目的:研究健康西洋参和患根腐病西洋参的根际土壤细菌群落结构变化,为研究西洋参根腐病的发生机制及其调控技术提供依据。方法:以未种过西洋参的土壤(C组)、新茬地4年生健康参根际土壤(N组)、新茬地4年生根腐病参根际土壤(R组)和轮作地4年生健康参根际土壤(LN组)为研究对象,采用Illumina Miseq高通量测序技术分析了土壤细菌群落结构的变化。结果:12个土壤样品基因组经16S测序共获得有效序列695 263条,用于物种分类的OTUs 8 081个,涵盖了30门、86纲、115目、256科、464属。在属的水平上,4个组细菌群落组成及相对丰度差别很大,其中芽胞杆菌属(Bacillus)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)和芽单胞菌属(Gemmatimonas)可能是西洋参生长的有益菌,而假单胞菌属(Pseudomonas)和鞘脂菌属(Sphingobium)可能是引起西洋参根腐病发生的关键菌群,后续研究应重点关注。结论:健康西洋参和根腐病西洋参根际土壤及新茬地和轮作地西洋参根际土壤中微生物组成和结构均具有显著性差异,本结果对于探究西洋参根腐病发生的微生态机制和改良种植西洋参土壤微生物具有理论指导作用,为建立西洋参与主要农作物的合理轮作制度提供实验数据。     

山沉香结香前后细菌群落结构与多样性分析

山沉香为木犀科羽叶丁香去皮的根、茎和粗枝,是我国有特色的蒙古族习用药材,在心脑血管疾病使用上具有良好的临床疗效,但其形成速度极为缓慢,且栽培品中挥发油含量较低。因此,如何加快山沉香的形成速度、提高挥发油含量是亟待解决的科学问题。该文采用16S rDNA扩增子测序方法,对野生、栽培结香前后的山沉香细菌群落进行系统分析。采用物种多样性曲线及Alpha多样性分析发现,山沉香的结香部位较非结香部位具有更明显的物种多样性;采用Beta多样性分析发现,野生山沉香结香部位与其他样品细菌群落结构差距较大。同时,通过细菌群落组成和物种丰度分析发现,4组山沉香样品中共有的3类优势菌属为鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas,Modestobacter和蓝细菌的未知属unidentified Cyanobacteria;山沉香结香材料中放线菌属Actinoplanes和微杆菌属Microbacterium为优势菌属,而玫瑰单胞菌属Roseomonas在山沉香的未结香样品中丰度较高。该文首次研究了山沉香结香前后细菌的菌落结果变化,为探索山沉香的结香机制提供基础数据,为合理利用山沉香内生细菌资源提供科学依据。     

不同产地通体香沉香药材的质量分析

目的：分析与评价采用“通体结香技术”在不同产地白木香树上所产沉香药材的质量。方法：按照《中国药典》2010年版一部中沉香药材的性状描述、显微鉴别、薄层鉴别、理化鉴别和浸出物含量等方法,对抽检沉香样品质量进行全面分析。结果：4批通体香沉香药材的性状、显微特征、薄层色谱、显色反应均与对照药材相同,其浸出物含量为11.15%~24.02%。结论：4批通体香沉香药材的质量指标均符合《中国药典》的规定。     

基于GMPGIS的沉香全球产地适宜性分析

目的:开展南药沉香全球产地生态适宜性分析,为合理布局沉香的人工引种提供科学依据,实现沉香资源的保护和有效利用。方法:采用药用植物全球产地生态适宜性区划信息系统(GMPGIS)系统对搜集到的白木香Aquilaria sinensis(Lour.)Gilg道地产区、主产区及野生分布区共94个样点进行生态因子的聚类分析,得到沉香全球范围的生态适宜区和潜在种植区。结果:沉香在世界范围的生态适宜产区主要为中国,其次巴西、老挝、越南等国家也有白木香的生态适宜区;沉香在中国的主要适宜产区为广东、广西、海南、云南、福建等省区。结论:GMPGIS为沉香的科学种植提供科学指导,同时也为沉香保护抚育、引种栽培及高品质药材的规范化种植提供科学依据。     

基于高通量测序的不同生态环境东方泽泻块茎转录组分析

目的：探索不同生态环境对东方泽泻生理活动及其药效成分原萜烷型三萜生物合成调控的分子基础。方法：通过Illumina HiSeq测序平台获取种植于福建和四川的东方泽泻块茎转录组数据并进行功能注释,基于|log₂FC|>0.58 (FC为差异倍数)、P<0.05的筛选条件获得差异表达基因。结果：转录组测序共获得50 652条unigenes,有22 689条unigenes注释到京都基因与基因组百科全书(KEGG)、NR、SwissProt、COG、基因本体(GO)和Pfam数据库。从福建和四川2种环境生长的东方泽泻之间筛选到3878条差异表达基因,其中2082条在福建东方泽泻中上调表达,1796条在四川东方泽泻中上调表达,差异基因主要参与植物防御反应、光合作用、淀粉和蔗糖代谢、萜类生物合成等生理活动,包括5个原萜烷型三萜生物合成通路上的关键酶基因。此外,东方泽泻移栽四川后,与三萜生物合成相关的转录因子和细胞色素P450 (CYP450)基因表达也发生了显著变化。结论：利用高通量测序技术和生物信息分析获得了不同生态环境下东方泽泻转录组信息特征,为阐明生态环...     

沉香的品质分析

<正>沉香为瑞香科沉香属Aquilarnia Lam.和拟沉香属Gyrinops spp.植物含有树脂的木材,是名贵药材和香料,主要分布于"一带一路"沿线的东亚国家,我国海南岛、广东、广西及云南等地均有分布和栽培,其中白木香Aquilaria sinensis(Lour.)Spreng和云南沉香Aquilaria yunnanensis S.C.Huang是我国特有种。我国对沉香研究由来已久,历代本草均有详细记载。目前,通过建立形态特征、物种、显微结构及化学成分等多方法结合分析沉香,可为沉香鉴定和品质评价提供技术支持。     

基于GC-MS技术的不同结香方法沉香聚类及灰色关联度分析

目的:探索不同结香方法所得沉香的鉴别与质量评价方法。方法:利用GC-MS法检测不同结香方法的沉香样品中挥发性成分,运用相似度评价、聚类分析及灰色关联度分析法进行区分,并初步评价其质量。结果:GC-MS分析结果表明不同结香方法的沉香样品中挥发性成分存在一定的差异,图谱相似度为0.275～1.000,从15批沉香样品中检测出622个化合物,包括4个共有成分,分别为苄基丙酮、2-(2-苯基乙基)色酮、6-甲氧基-2-苯乙基色酮及6,7-二甲氧基-2-(苯基乙基)色酮;聚类分析法难以区分不同结香方法所产的沉香样品;灰色关联度分析结果表明各结香方法得到的沉香样品的质量排序为物理伤害法沉香接菌法沉香天然虫漏法沉香火烫法沉香。结论:灰色关联分析能较好地区分不同结香方法的沉香,并能通过排序反映出样品质量。     

不同酸剂诱导人工沉香的分析与评价

该研究按照《中国药典》(2015年版)要求测定样品醇溶性浸出物含量,同时建立GC-MS指纹图谱,使用《中药指纹图谱相似度评价(2012年版)》计算指纹图谱相似度,峰面积归一化法计算170~270 min与0~100 min 2区间总峰面积的比值,自动质谱退卷积定性系统(AMDIS)结合保留指数(RI)鉴定共有组分和差异组分,OPLS-DA结合相关系数P(corr)和变量权重(VIP)筛选差异组分,灰色关联度和TOPSIS分析法综合评价人工沉香品质。结果显示18批人工沉香中15批浸出物含量符合要求,指纹图谱相似度在0.439~0.779,2区间总峰面积比值在0.307~13.254,共鉴定出9个共有组分和8个差异组分,综合上述20个指标进行灰色关联度和TOPSIS分析得到2%水杨酸诱导的人工沉香品质最优。建立的灰色关联度结合TOPSIS分析法可快速判断不同酸性诱导剂生产的人工沉香品质,为人工沉香的全面质量评价提供参考依据。     

基于电子鼻和人工神经网络的沉香与沉香曲鉴别

目的:利用沉香和沉香曲气味的不同实现对两者的鉴别。方法:通过单因素考察和正交试验建立适合的电子鼻检测方法,对沉香和沉香曲的气味进行检测。将样品分为训练组和验证组,利用训练组的电子鼻检测原始数据和归一化数据训练建立径向基函数(RBF)神经网络、广义回归神经网络(GRNN)和概率神经网络(PNN),以验证组正确率为指标对人工神经网络进行参数优化。结果:经参数优化后的3种不同人工神经网络对验证组沉香和沉香曲的识别正确率均可达100%。GRNN在不同数据预处理方式和不同参数条件下对验证组的正确率均达100%。结论:电子鼻和人工神经网络技术可利用沉香和沉香曲气味的不同对两者进行有效区分。     

基于传质模型分析三七总皂苷超滤界面层分布特征及影响规律

目的 基于传质模型,探索三七总皂苷（Panax notoginseng saponins,PNS）超滤膜界面层浓度分布特征及影响规律。方法 以PNS中4种指标性成分三七皂苷R₁（R₁）、人参皂苷Rg₁（Rg₁）、人参皂苷Rb₁（Rb₁）和人参皂苷Rd（Rd）为检测指标,收集膜通量与指标成分截留率,基于超滤分离系数与膜通量、溶质截留率的相关性,拟合界面层浓度幂函数方程。对比混合溶液、单体溶液、成分组合对指标性成分界面层浓度的影响规律,采用响应曲面法考察成分组合配比（Rg₁-Rd）、超滤膜截留相对分子质量、跨膜压力差对界面层浓度分布的影响规律,探讨超滤分离机制。结果 界面层浓度幂函数回归系数均大于0.95,指标性成分界面层浓度与溶质浓度、跨膜压力差呈正性相关,随着截留相对分子质量的增加,PNS的超滤过程以界面层过滤向溶液过滤分离逐步过渡,表现出界面分布趋向性人参三醇型皂苷＞人参二醇型皂苷,其中Rg₁可以抑制Rd进入界面层,从而影响其分离过程。结论 构建了皂苷类成分超滤界面层浓度计算方法,初步阐明了PNS界面层分布特征和影响规律。     

生物诱导法所产不同部位沉香挥发油成分分析

目的评价生物诱导法刺激白木香所产不同部位沉香质量。方法以乙醚冷浸法对提取诱导6个月后所得沉香挥发油,采用气相色谱-质谱联用技术(GC-MS)对其挥发油进行分析。结果共鉴定出159个成分,包括白木香木质部外侧黑色结香部分(B部分)86个成分,内侧棕色初结香部分(Z部分)73个成分;B部分以色酮类、芳香族类、倍半萜类等沉香特征性成分为主,Z部分以直链烷烃类为主。结论生物诱导法首先影响到的木质部外层(B部位)已含有丰富的沉香特征性成分,而后期影响到的木质部内层(Z部分)鲜见沉香特征性成分,说明该法是从外及内逐步影响白木香木质部,所形成的沉香质量也有显著差异。     

不同产地黄芪中元素分布特征及相关性分析

目的:研究中药材黄芪中元素的分布规律及其与药材产地之间的关系,从元素组学的角度为黄芪中药材建立无机元素的特征图谱提供理论支持。方法:采用ICP-MS电感耦合等离子体质谱仪,辅以原子荧光和原子吸收分析方法,对选自7个不同省份40份黄芪样本中的42种元素进行了测定和分析,应用SPSS统计分析软件分析了黄芪中元素间的相关性。结果:①不同产地黄芪中无机元素的含量呈现相似的元素谱排列,其表现为的上下起伏的波浪状分布,稀土元素含量的波浪状分布更具规律性,即原子序数为偶数的元素比相邻原子序数为奇数的元素的含量高,并随质量数的增加含量依次降低。②不同地域的黄芪中各元素的绝对含量存在较大差异。③黄芪药材中部分元素间存在相关性。结论:黄芪中元素含量呈现特征的上下起伏的波动折线元素谱。由于受土壤、气候以及自然环境的影响,各产地黄芪药材中元素的绝对含量呈现地域性差异。山西、甘肃、内蒙古几个黄芪药材道地产地以及黑龙江等地区所产黄芪药材的质量较好。     

基于高通量测序探析2型糖尿病腹泻患者不同证型肠道菌群的特征

目的：探讨湿热证、脾肾两虚证2型糖尿病腹泻（T2DD）患者肠道菌群的群落结构变化。方法：选择2020年3月至2021年5月就诊于陕西中医药大学附属医院内分泌一科的2型糖尿病（T2DM）患者14例（T2DM组）,湿热证T2DD患者12例（湿热证T2DD组）、脾肾两虚证T2DD患者13例（脾肾两虚证T2DD组）,以及健康体检者12例（对照组）为研究对象,比较各组患者体质量指数（BMI）、空腹血糖（FPG）、餐后2 h血糖（2 h PBG）、糖化血红蛋白（HbA1c）水平,收集粪便样本,粪便样本提取DNA建库,采用高通量16S rDNA测序技术,对4组患者肠道菌群群落组成及差异菌进行比较。结果：与健康组比较,其余各组患者FPG,2 h PBG,HbA1c水平均明显增高（P<0.05）;Alpha多样性显示各组肠道菌群物种丰富度、均匀度和多样性差异无统计学意义;Beta多样性表明各组样本内部肠道菌群趋于一致,组间差异无统计学意义;在门水平下相对丰度前5的菌门分别为拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（...     

沉香质量的快速分析

本文根据沉香中挥发油与香草醛反应呈紫红色,且含量越高,显色越明显的原理,研究了一种目视比色的方法,以检验沉香的等级。与醇浸物含量测定结果比较,表明该方法具有准确、简便、快速的特点。     

尿液培养的细菌分布及耐药性分析

目的:对尿液培养的细菌分布与耐药情况进行分析。方法:随机抽取2017年1月至2019年1月东莞市高埗医院收治60例患者作为研究对象,收集尿液标本,分别进行细菌种类的检测及药敏试验,并对结果进行分析。结果:(1)在60份尿液标本中,共分离出60株病原菌。其中革兰阴性杆菌为68.33%,革兰阳性球菌为25.00%,真菌为6.67%。(2)奇异变形杆菌对哌拉西林/他唑巴坦、替卡西林/克拉维酸、亚胺培南、美洛培南耐药率较好;大肠埃希菌对亚胺培南、美洛培南耐药率较好;肺炎克雷伯菌对亚胺培南、耐药率较好。对其余药物均有不同程度耐药率。(3)粪肠球菌对替考拉宁、万古霉素耐药率良好;屎肠球菌对替考拉宁、万古霉素耐药率良好;铅黄肠球菌对喹奴仆汀、替考拉宁、万古霉素耐药率良好。对其余药物均有不同程度耐药率。结论:泌尿道感染病原菌对临床常见且常用的抗菌药物产生了耐药性,因此对泌尿系统感染患者应及时采取细菌培养与药敏试验,根据试验结果合理的使用抗菌药物,合理使用抗菌药物不仅可提高临床治疗效果,还可改善耐药性。     

临床常见细菌分布及耐药性分析

为了解临床常见细菌分布及耐药情况 ,笔者分析了我院2 0 0 1年各类临床标本的分布状况及药敏情况 ,现将结果报道如下。1　临床资料1 1　菌株来源　本院 2 0 0 1年临床送检的需氧细菌培养标本 ,分离鉴定到种。1 2　方法　采用API系统和VITEK32系统鉴定 ,产A类超广谱 β -内酰胺酶 (ESBLs)的大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌以VITEKGNS - 5 0 6药敏卡提示为标准 ,耐苯唑西林的金黄色葡萄球菌 (MRSA)以GNS - 10 7药敏卡提示为标准。质控菌株由福建省临检中心提供 ,每周质控均在NCCLS规定范围内。2　结　　果2 1　细菌鉴定　 2 0 0 1年…     

基于高通量测序研究甘松根际细菌及药用部位内生细菌群落结构及多样性

目的 探析并比较野生甘松Nardostachys jatamansi与仿野生栽培甘松的根际细菌与内生细菌的种群组成、丰富度、多样性及差异性.方法 以野生甘松和仿野生栽培甘松的根际土壤、根及根茎为研究样本,基于Illumina MiSeq第二代高通量测序技术对根际土壤细菌、根及根茎内生细菌的16S rDNA V4-V5区...     

基于转录组测序分析干旱胁迫对党参不同组织基因表达的调控

目的 对不同干旱胁迫程度下党参Codonopsispilosula叶、茎、根进行转录组测序，探究干旱胁迫对党参差异基因和多糖合成相关酶基因的调控。方法 利用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术对正常水分（85%～90%）和轻度（65%～70%）、中度（50%～55%）、重度干旱胁迫（35%～40%）下生长旺盛期党参叶、茎、根组织进行测序并建立c DNA数据库，经de novo拼接后得到Unigene，并进一步开展生物信息学分析。结果 共获得Unigene 60 377条，分别有51 477、29 896、33 479、35 912、47 378、18 649、31 833条被非冗余数据库（non-redundant protein sequence database,NR）、真核生物蛋白相邻类的聚簇（clusters of orthologous group for eukaryotic complete,KOG）、基因本体（gene ontology,GO）、Swiss-Prot、egg NOG、京都基因与基因组数据库（Kyoto encyclopedia of ge...     

基于16S rDNA测序技术分析不同龄期蚕沙中菌群多样性

该文对不同龄期烘干前后蚕沙中菌群多样性进行分析与评价,以期明确其菌群组成及其丰富度差异,阐明烘干处理对中药材蚕沙中菌群的影响,为其功效科学内涵的揭示提供依据和参考。应用高通量测序技术测定蚕沙细菌的16S rDNA-V4变异区序列,应用Qiime,Mothur,PICRUSt等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析蚕沙样品中菌群的组成、丰度、分布、Alpha多样性、Beta多样性,菌群差异性及对群落的代谢功能等进行预测。该研究获得用于分析的有效序列数为259 250;稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。蚕沙菌群主要由变形菌门(Proteobacteria,89.3%)、放线菌门(Actinobacteria,5.0%)、厚壁菌门(Firmicutes,4.4%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,1.1%)、蓝细菌(Cyanobacteria,0.2%)组成,其优势菌门为变形菌门。烘干后蚕沙的菌群多样性及丰富度降低,五龄蚕沙尤为明显。PICRUSt分析蚕沙菌群对应的基因功能发现膜转运、碳水化合物代谢、氨基酸代谢、脂质代谢、核苷酸代谢,细胞过程与信号传导等基因功能丰度较高。烘干处理可显著降低蚕沙中致病菌的种类和数目,有利于药材药用品质,相比于低龄期蚕沙,五龄蚕沙更适宜入药。Illumina Mi Seq高通量测序技术为蚕沙菌群的研究提供了更加准确、科学的数据资源。