结核分枝杆菌LepB蛋白的功能预测及生物信息学分析

目的应用生物信息学方法预测分析结核分枝杆菌Rv2903c基因编码蛋白LepB的结构与功能。方法在GenBank数据库中获取Rv2903c的基因信息;运用ProtParam及ProtScale预测其编码LepB蛋白的理化性质及亲疏水性;应用NetPhos、TMHMM、MotifScan分析LepB的磷酸化位点、跨膜区及翻译后修饰位点;分别利用SOPMA、SWISS MODEL分析LepB蛋白的二级结构并建立三级结构模型;利用Bepired、BCpred及SYFPEITHI、NetMHCIIpan预测LepB蛋白的B细胞与T细胞表位。结果 Rv2903c编码的LepB蛋白含有294个氨基酸残基,亲水系数-0.230,为亲水性蛋白。LepB含有21个磷酸化位点,存在一处跨膜区域,二级结构以无规则卷曲为主(占55.1%),结构较疏松,利用SWISS-MODEL建构建出LepB蛋白的三级结构。LepB蛋白含有9个B细胞抗原表位。结论 LepB蛋白是结核分枝杆菌的信号肽酶,切割完成蛋白质分泌的信号肽。生物信息学预测LepB是跨膜蛋白,含有多个抗原表位,可作为结核治疗的潜在分子靶标。     

结核分枝杆菌GLCB蛋白的生物信息学分析

目的对结核分枝杆菌Rv1837c基因编码蛋白GLCB的结构和功能进行生物信息学分析和预测。方法自GenBank数据库中获取Rv1837c全部基因信息,运用ProtParam及ProtScale分别预测其编码的glcB蛋白理化性质和亲疏水性;使用SignalP,NetPhos和TMHMM分析glcB的信号肽、磷酸化位点、跨膜螺旋;分别利用SOPMA,SWISSMODEL分析glcB蛋白的二级结构并建立三级结构模型;利用Vaxijen v2.0进行抗原性分析并用ABCpred预测glcB蛋白的B细胞抗原表位。结果 Rv1837c基因全长2 226bp,其编码的glcB蛋白含有741个氨基酸残基,疏水系数-0.1545,为亲水性蛋白,不稳定指数为33.81,定义其为稳定蛋白。glcB蛋白无信号肽和跨膜蛋白,含有大量磷酸化位点及B细胞抗原表位。结论生物信息学分析glcB蛋白为亲水性蛋白,具有潜在多个抗原表位,可作为结核病疫苗研发的候选蛋白。     

结核分枝杆菌PhoP蛋白的生物信息学分析

目的应用生物信息学软件预测结核分枝杆菌PhoP基因编码蛋白的结构和功能。方法从NCBI数据库获取PhoP基本的基因信息及其编码序列氨基酸信息;应用ProtParam软件预测PhoP蛋白的理化性质;利用SignalIP4.1和TMHMM分析其信号肽和跨膜区;利用在线分析Expasy工具分析蛋白二级结构,建立蛋白三级结构模型;采用Bepipred 1.0Server和SYFPEITHI分析蛋白的B细胞及T细胞抗原表位。结果 PhopP蛋白共250个氨基酸,分子式为C1226H1974N346O364S4,原子总数3 914,半衰期为30h,预测该蛋白为稳定性亲水性蛋白;二级结构中α-螺旋、β-转角、β-折叠、无规则卷曲分别占36.03%、10.58%、24.7%和27.94%,预测的B细胞、CTL细胞抗原表位分别为21个和7个;PhoP基因与天蓝色链霉菌同源性较高;其编码蛋白的相互作用蛋白为PhoR、senX3、trcS等。结论生物信息学分析PhoP为稳定蛋白,且含有潜在的B、T细胞抗原表位,是结核病诊断及治疗的潜在候选因子。     

结核分枝杆菌BfrB蛋白的生物信息学分析

目的应用生物信息学软件分析及预测结核分枝杆菌Rv3841基因编码蛋白BfrB的结构与功能。方法从NCBI数据库中获取Rv3841基因及其编码序列;利用ProtParam及ProtScale预测BfrB蛋白的理化性质及亲疏水性;应用SignalP 4.0及TMHMM分析BfrB蛋白的信号肽及跨膜区;应用SOPMA及SWISS MODEL工具分析蛋白的二级结构,建立三级结构模型;利用Bepired1.0、ABCpred及SYFPEITHI、NetMHCIIpan预测蛋白的细胞表位,寻找最佳B细胞与T细胞抗原表位。结果 Rv3841编码的BfrB蛋白具有181个氨基酸残基,平均疏水系数为-0.277,为亲水性蛋白。BfrB蛋白无信号肽序列及跨膜区域,二级结构中α螺旋约占65.19%,β折叠6.63%,β折角4.97%,无规则卷曲23.2%。预测的B细胞、CTL细胞及Th细胞抗原表位分别为7、9、11个。结论生物信息学方法预测BfrB蛋白为亲水性蛋白,具有潜在的B、T细胞抗原表位,可作为研发新的结核病疫苗靶标。     

结核分枝杆菌pepA蛋白的生物信息学分析

目的通过生物信息学方法分析结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis, Mtb) pepA蛋白的结构和功能。方法采用Protparam、ProtScaleon Expasy、TMHMM、SingalP5.0、PSORT、NetPHOS3.1、BLAST、SOPMA、SWISS-MODEL、ABCpred、SYFPEITHI等生物信息学软件分析Mtb H37Rv菌株pepA蛋白的生物学特性。结果 pepA蛋白的编码基因Rv0125全长1 068 bp,该蛋白由355个氨基酸组成,等电点5.04,为疏水性蛋白,有1个的信号肽和1个丝氨酸蛋白酶结构域,含有19个磷酸丝氨酸位点;蛋白二级结构中无规则卷曲占44.79%,为稳定蛋白;该蛋白预测含多个B细胞和T细胞表位,其中MHC-I型和MHC-II型表位集中在蛋白N端的前60个氨基酸区域。结论该蛋白预测含多个B细胞和T细胞表位,其中MHC-I型和MHC-II型表位集中在蛋白N端的前60个氨基酸区域,该区域可激活Mtb特异性CTL和Th免疫应答,可作为抗结核肽疫苗的候选。     

结核分枝杆菌PKnG蛋白结构与功能的生物信息学分析

目的运用生物信息学的方法分析结核分枝杆菌PKnG蛋白的结构与功能。方法从NCBI数据库获取PKnG的基因信息;使用protParam工具分析PKnG基因编码蛋白的理化性质,运用ProtScale工具分析其疏水性;运用SOPMA工具预测其二级结构,运用SWISS-MODEL工具模拟其三级结构;运用NCBI网站上的BLAST工具对PKnG蛋白的保守域进行预测,运用NetPhos 3.1Server预测其磷酸化位点;运用ABCperd服务器以及SYFPEITHI程序分别预测PKnG蛋白的B细胞和T细胞抗原表位;运用SignalP 4.1Server预测其信号肽,运用TMHMM2.0和TMpred Server对其跨膜螺旋区进行预测;运用STRING 10.5程序对其相互作用蛋白进行预测。结果预测PKnG基因编码蛋白由750个氨基酸构成,理论等电点5.52,为不稳定疏水蛋白,其二级结构以α-螺旋为主,有3个保守区域和多个磷酸化位点,有7个B细胞抗原表位和4个T细胞抗原表位,无信号肽和跨膜螺旋区,并发现数个相关作用蛋白。结论PKnG为不稳定疏水蛋白,含有T、B细胞抗原表位,具有良好的抗原性,可作为结核诊断与治疗的潜在候选因子。     

结核分枝杆菌Hrp1蛋白的生物信息学分析

目的 应用生物信息学预测分析Hrp1蛋白结构功能和生物学特性.方法 生物信息学软件ORF Finder、SO-SUI、Protpapram、ProtScale、Signal IP、Tmpred、TMHMM、NetNGlyc、NetPhos-3.1-Servera、PSORT、WoLF PSORT、TargetP-2.0...     

结核分枝杆菌Wag31蛋白的生物信息学分析

目的运用生物信息学方法预测分析结核分枝杆菌Rv2145c基因编码蛋白Wag31的结构与功能。方法由NCBI数据库中获得Rv2145c基因及蛋白Wag31的编码序列,运用ProtParam及ProtScale对Wag31蛋白的基本理化特性及亲疏水性进行预测分析;运用NetPhos、TMHMM及SignalP 4.1分析Wag31的磷酸化位点、跨膜区结构及信号肽;分别运用SOPMA、SWISS-MODEL、ABCpred以及SYFPEITHI等工具预测Wag31蛋白的二级、三级结构以及抗原表位;运用STRING预测Wag31蛋白的相互作用蛋白,并进行富集分析。结果细胞壁合成蛋白Wag31由260个氨基酸组成,分子式为C_(1200)H_(1946)N_(370)O_(410)S_5,相对分子质量28.277 18×10~3,属于不稳定蛋白,具有亲水性;蛋白质二级结构分析显示,无规则卷曲(Cc)占24.23%,α-螺旋(Hh)、β-折叠(Ee)和β-转角(Tt)含量分别占73.08%、1.54%和1.15%。Wag31蛋白无信号肽和跨膜区结构,具有20个磷酸化优势位点,预测该蛋白含有25个B细胞抗原优势表位以及11个CTL细胞抗原优势表位;Wag31蛋白与GarA、PknA、PknB、FtsZ等蛋白相互作用,并参与多种生物过程。结论生物信息学分析Wag31蛋白具有潜在的B、T细胞抗原表位,能够磷酸化并与多种蛋白相互作用,可为研发结核病疫苗的候选蛋白。     

结核分枝杆菌蛋白PE13的生物信息学分析

目的应用生物信息学软件预测结核分枝杆菌Rv1195基因编码蛋白PE13的结构和功能。方法利用在线分析软件ProtParam,ProtScale,SOSUI,TMHMM Server v.2.0,SignalP 4.1,Motif Scan,TargetP 1.1Server,WoLF PSORT,SOPMA,SWISS-MODEL,BepiPred 1.0Server,SYFPEITHI和STRING数据库分析预测结核分枝杆菌Rv1195基因编码蛋白PE13的理化性质、亲疏水性、可溶性、跨膜区、信号肽、翻译后修饰位点、亚细胞定位、二级结构、三级结构、B细胞、T细胞抗原表位以及蛋白质的相互作用。结果 PE13蛋白由99个氨基酸组成,分子式为C418H655N113O139S4,相对分子质量(Mr)为9.615 71×103,理论等电点为4.56,280 m波长处消光系数为4 470,吸光度(Abs)为0.465,不稳定性系数为41.93,脂溶性系数为82.42,总平均亲水性系数为0.593,预测该蛋白为不稳定疏水性蛋白;该蛋白无跨膜区和信号肽,亚细胞定位预测其可能为分泌蛋白;二级结构中以α-螺旋为主,占86.87%,β-折叠和无规则卷曲分别占2.02%和11.11%,无β-转角,有1个蛋白激酶C磷酸化位点,3个B细胞抗原表位,5个限制性CTL细胞抗原表位,2个限制性Th细胞抗原表位;预测PE13蛋白与PPE18及esxK有相互作用。结论生物信息学预测PE13蛋白含有多个潜在的抗原表位,可作为研发新的结核病疫苗靶标。     

结核分枝杆菌PPE32蛋白的生物信息学分析

目的应用生物学软件预测结核分枝杆菌PPE32基因编码蛋白的结构和功能。方法从NCBI中获得PPE32基因及其编码序列,通过ORF Finder、ProtParam、ProtScaleon Expasy、TMHMM Server v.2.0、SignalP 4.1 Server、TargetP 1.1 Server、NetPhos 3.1 Server、BLAST、SOPMA、SWISS-MODEL、ABCpred、SYFPEITHI、STRING等工具预测分析PPE32蛋白的相关生物学信息。结果 Rv1808基因全长为1 230 bp,有8个开放阅读框架,其编码蛋白为PPE32,由409个氨基酸组成,等电点4.35,为亲水性蛋白,无跨膜区域及信号肽;有31个磷酸化位点,1个保守域;蛋白二级结构中α-螺旋占52.81%,β-折叠占8.31%,β-转角占5.62%,无规则卷曲占33.25%;有38个(得分0.5)B细胞抗原表位和12个(得分15)T细胞抗原表位。讨论 PPE32蛋白为亲水性蛋白,具有潜在的T、B细胞抗原表位,可作为研发结核病疫苗的候选蛋白。     

结核分枝杆菌mpt53蛋白的生物信息学分析

目的应用生物学软件预测结核分枝杆菌Rv2878c基因编码蛋白mpt53的结构和功能。方法从NCBI中获得Rv2878c基因及其编码序列,通过ORF Finder、ProtParam、ProtScaleon Expasy、TMHMM Server v.2.0、SignalP 4.1 Server、TargetP 1.1 Server、NetPhos 3.1 Server、BLAST、SOPMA、SWISS-MODEL、ABCpred、SYFPEITHI、STRING等工具预测分析mpt53蛋白的相关生物学信息。结果 Rv2878c基因全长为922 bp,有8个开放阅读框架,其编码蛋白mpt53由172个氨基酸组成,等电点5.19,为含有信号肽的非跨膜蛋白;该蛋白含有21个磷酸化位点,1个保守域,18个(得分≥0.80)B细胞抗原表位和8个(得分≥15)T细胞抗原表位;二级结构预测mpt53中α-螺旋占32.56%,β-折叠占23.84%,β-转角占7.56%,无规则卷曲占36.05%。富集分析显示该蛋白与氧化还原反应有关。讨论生物学信息分析mpt53蛋白为分泌蛋白,可用于研发结核病血清学诊断试剂。蛋白的二级结构助于氧化折叠,是抗结核药物的潜在靶点;该蛋白含有有大量潜在的T、B细胞抗原表位,是结核病疫苗的候选蛋白。     

结核分枝杆菌PE_PGRS33蛋白的生物信息学分析

目的应用生物信息学方法对结核分枝杆菌Rv1818c基因编码蛋白PE_PGRS33的结构和功能进行预测分析。方法自GenBank数据库中提取Rv1818c基因相关基因信息;运用ProtParam及ProtScale预测其编码的PE_PGRS33蛋白理化性质和亲疏水性;分别运用NetPhos、TMHMM分析PE_PGRS33的磷酸化位点、跨膜螺旋;利用SOPMA、SWISS、MODEL分析PE_PGRS33蛋白的二级结构并建立三级结构模型;利用Bepired、ABCpred及SYFPEITHI预测PE_PGRS33蛋白的B细胞与T细胞表位。结果 Rv1818c基因编码的PE_PGRS33蛋白含有498个氨基酸残基,疏水系数0.425,为疏水性蛋白。PE_PGRS33含有7个磷酸化位点,不存在跨膜区域,二级结构以无规卷曲为主(占50.20%),结构较松散。利用SWISS-MODEL建构建出PE_PGRS33蛋白的三级结构。PE_PGRS33蛋白含有27个B细胞抗原表位,数个T细胞优势表位。结论 PE_PGRS33蛋白是结核分枝杆菌的重要表面暴露蛋白,与结核分枝杆菌的潜伏感染密切相关。生物信息学预测该蛋白含有多个抗原表位,可作为结核治疗的潜在分子靶标。     

结核分枝杆菌Mce4A蛋白结构与功能的生物信息学分析

目的采用生物学信息方法分析预测结核分枝杆菌Mce4A蛋白的结构和功能。方法登录NCBI数据库,获取Mce4A蛋白基因信息;运用ProParam工具和ProScale工具分析Mce4A蛋白预测基本理化性质和疏水性;利用SignaIP 4.1Server和TMHMM Server v.2.0工具预测Mce4A蛋白的信号肽和跨膜区;应用SOMPA工具分析Mce4A蛋白的二级结构,并采用SWISS MODEL工具对该蛋白进行三级结构同源建模;运用ABCpred软件和SYFPEITHI预测Mce4A蛋白的B细胞抗原表位和T细胞抗原表位;运用STRING数据库预测Mce4A蛋白的相互作用蛋白。结果Mce4A蛋白基因全长1 203bp,编码400个氨基酸。该蛋白理论分子质量单位(Mr)为42.418 33×103,理论等电点为7.69,分子式为C1900H3022N510O576S6,半衰期为4.4h,脂肪系数为93.70,不稳定系数为27.89,总平均亲水性为0.023,为稳定性亲水蛋白。预测该蛋白在13-35位氨基酸之间形成一个典型的跨膜螺旋区,无信号肽。二级结构中α螺旋、β折叠、β转角、无规则卷曲分别占37%、21%、6.5%和35.5%。预测该蛋白共有18个B细胞抗原表位和23个CTL表位。相互作用蛋白预测显示该蛋白可与5个蛋白协同发挥作用。结论生物信息学分析Mce4A蛋白为稳定性亲水蛋白,具有跨膜区,是典型的跨膜蛋白,在MTB入侵宿主巨噬细胞及存活起重要的作用。该蛋白含有潜在的B、T细胞抗原表位,为药物作用靶位的选定和药物分子的设计提供了新的方向。     

结核分枝杆菌Pst S1蛋白结构与功能的生物信息学分析

目的应用生物学信息工具预测分析结核分枝杆菌H37Rv标准菌株Pst S1蛋白的结构和功能。方法登录NCBI数据库,获取Pst S1蛋白基因组信息,应用ProParam工具和ProScale工具对Pst S1蛋白进行基本理化性质和疏水性的分析;运用SignaIP 4.1 Server和TMHMM Server v.2.0工具对Pst S1蛋白的信号肽和跨膜区进行预测;利用SOMPA工具分析Pst S1蛋白的二级结构,并采用SWISS MODEL工具对该蛋白进行三级结构同源建模;运用ABCpred软件和SYFPEITHI预测Pst S1蛋白的B细胞抗原表位和T细胞抗原表位。结果 Pst S1蛋白编码基因Rv0934全长1 125 bp,编码374个氨基酸。该蛋白理论相对分子质量为38.243 13×10~3,理论等电点为5.14,分子式为C_(1703)H_(2660)N_(456)O_(527)S_9,半衰期为30 h,脂溶指数为86.79,不稳定指数为25.65,总平均亲水性为0.066,为稳定性亲水蛋白。Pst S1蛋白在20-21区域形成一段信号肽序列,无跨膜区域,不属于跨膜蛋白。二级结构中α螺旋、β折叠、β转角、无规则卷曲分别占32.89%、18.18%、6.42%、42.51%。预测该蛋白含有16个B细胞抗原表位和27个CTL表位。结论生物信息学分析Pst S1蛋白为稳定性亲水蛋白,含有信号肽和较多B、T细胞抗原表位,具有抗原性,可作为结核病的血清学诊断和亚单位疫苗新的靶点。     

结核分枝杆菌Rv1733c蛋白的生物信息学分析

目的应用生物信息学软件预测分析结核分枝杆菌潜伏感染相关蛋白Rv1733c的结构和功能。方法采用生物信息学软件ORF Finder、Interproscan、SOSUI、Protpapram、ProtScale、Signal IP、Tmpred、TMHMM、NetNGlyc、NetPhos 3.1 Servera、PSORT、WoLF PSORT、TargetP-2.0-CBS、NLStradamus、SOMPA、IEDB、SYFPEITHI、RANKPEP、NetMHCIIpan、BLAST、STRING等对结核分枝杆菌Rv1733c蛋白的理化性质、亲疏水性、信号肽、跨膜区、信号肽、糖基化及磷酸化位点、亚细胞定位、二级结构、B细胞与T细胞抗原表位以及蛋白质的相互作用进行预测分析。结果 Rv1733c蛋白由210个氨基酸组成,分子式为C_(988)H_(1620)N_(298)O_(289)S_5,原子总数3200,其编码基因全长633 bp,等电点10.31,不稳定性指数34.84,脂肪族氨基酸指数102.76,平均疏水性0.14。该蛋白有跨膜区无信号肽,有2个糖基化位点和13个磷酸化位点。该蛋白二级结构以α-螺旋(占41.90%)为主,结构较松散。其亚细胞定位于细胞质,非分泌蛋白,属于稳定的疏水性蛋白。Rv1733c蛋白含有7个B细胞抗原表位,多个T细胞表位。其互作蛋白分别为Rv2628、Rv1734c、Rv2627c、Rv0079、Rv1733c、hrp1、esxA,并参与多种生物学过程。结论生物信息学分析Rv1733c为稳定疏水性胞浆蛋白,含有多个T、B细胞抗原表位,能够磷酸化并与多种蛋白相互作用,可作为抗结核多肽疫苗的候选蛋白。     

结核分枝杆菌PKnG蛋白结构与功能的生物信息学分析北大核心CSCD

目的运用生物信息学的方法分析结核分枝杆菌PKnG蛋白的结构与功能。方法从NCBI数据库获取PKnG的基因信息;使用protParam工具分析PKnG基因编码蛋白的理化性质,运用ProtScale工具分析其疏水性;运用SOPMA工具预测其二级结构,运用SWISS-MODEL工具模拟其三级结构;运用NCBI网站上的BLAST工具对PKnG蛋白的保守域进行预测,运用NetPhos 3.1Server预测其磷酸化位点;运用ABCperd服务器以及SYFPEITHI程序分别预测PKnG蛋白的B细胞和T细胞抗原表位;运用SignalP 4.1Server预测其信号肽,运用TMHMM2.0和TMpred Server对其跨膜螺旋区进行预测;运用STRING 10.5程序对其相互作用蛋白进行预测。结果预测PKnG基因编码蛋白由750个氨基酸构成,理论等电点5.52,为不稳定疏水蛋白,其二级结构以α-螺旋为主,有3个保守区域和多个磷酸化位点,有7个B细胞抗原表位和4个T细胞抗原表位,无信号肽和跨膜螺旋区,并发现数个相关作用蛋白。结论PKnG为不稳定疏水蛋白,含有T、B细胞抗原表位,具有良好的抗原性,可作为结核诊断与治疗的潜在候选因子。     

结核分枝杆菌PhoP蛋白的生物信息学分析北大核心CSCD

目的应用生物信息学软件预测结核分枝杆菌PhoP基因编码蛋白的结构和功能。方法从NCBI数据库获取PhoP基本的基因信息及其编码序列氨基酸信息;应用ProtParam软件预测PhoP蛋白的理化性质;利用SignalIP4.1和TMHMM分析其信号肽和跨膜区;利用在线分析Expasy工具分析蛋白二级结构,建立蛋白三级结构模型;采用Bepipred 1.0Server和SYFPEITHI分析蛋白的B细胞及T细胞抗原表位。结果 PhopP蛋白共250个氨基酸,分子式为C1226H1974N346O364S4,原子总数3 914,半衰期为30h,预测该蛋白为稳定性亲水性蛋白;二级结构中α-螺旋、β-转角、β-折叠、无规则卷曲分别占36.03%、10.58%、24.7%和27.94%,预测的B细胞、CTL细胞抗原表位分别为21个和7个;PhoP基因与天蓝色链霉菌同源性较高;其编码蛋白的相互作用蛋白为PhoR、senX3、trcS等。结论生物信息学分析PhoP为稳定蛋白,且含有潜在的B、T细胞抗原表位,是结核病诊断及治疗的潜在候选因子。     

结核分枝杆菌PE＿PGRS47蛋白的生物信息学分析

目的获取结核分枝杆菌(H37Rv)的pe_pgrs47基因序列以及编码蛋白PE_PGRS47的氨基酸序列,对PE_PGRS47蛋白结构以及抗原表位进行预测。方法采用ORF Finger工具对pe_pgrs47基因的开放阅读框进行分析;利用Expasy PortParam,SignalP 4.0Server,SOPMA以及SWISS-MODEL等软件和工具分析PE_PGRS47蛋白的生物信息学特征。结果结核分枝杆菌(H37Rv)的pe_pgrs47基因GC含量较高,为74.8%,预测其有5个开放阅读框;PE_PGRS47蛋白由525个氨基酸构成,pl为4.40,属于稳定、疏水性蛋白,含有两个丝氨酸磷酸化位点;二级结构中无规则卷曲结构所占比例较高,为51.05%,预测含有一个结构域,19个B细胞抗原表位,11个限制性CTL表位和16个辅助性T细胞表位。结论 PE_PGRS47蛋白含有一个保守的结构域,其结构域可能与其抑制细胞自噬的功能密切相关,预测其含有丰富的T、B细胞抗原表位,为研究PE_PGRS47蛋白的功能奠定了基础。     

结核分枝杆菌eis基因及其编码蛋白的生物信息学分析

目的获取结核分枝杆菌(H37Rv)的eis基因序列及其编码蛋白(Eis蛋白)的氨基酸序列,预测和分析该蛋白的结构和功能。方法从NCBI BenBank数据库获取eis基因及其编码蛋白序列,利用ORF Finger工具分析eis基因的开放阅读框;利用Expasy PortParam、SignalP 4.0Server、TMHMM Server v.2.0、SOPMA、BLAST、SWISS-MODEL、ABCpred、SYFPEITHI以及NetMHCIIpan 3.1Server等软件对Eis蛋白的生物学特性进行预测分析。结果结核分枝杆菌eis基因全长1 164bp,有7个开放阅读框,最长一个被通读,编码387个氨基酸。Eis蛋白分子式C1870H2958N550O542S11,等电点(pI)为6.46,属于不稳定、疏水性蛋白;无跨膜区,信号肽切割位点位于第21位氨基酸处;二级结构预测无规则卷曲占30.23%,含有一个保守结构域;建立同源三级模型,GMQE为0.98;预测该蛋白至少含有6个B细胞优势抗原表位和14个优势CTL表位。优势抗原表位数个。结论生物学信息学方法预测结核分枝杆菌的Eis蛋白具有优势T、B细胞抗原性表位,所含保守结构域与其功能密切相关。eis基因以及Eis蛋白与结核分枝杆菌抑制细胞自噬及其耐药机制密切相关,可作为抗结核治疗的切入点。     

结核分枝杆菌蛋白Rv2986c的生物信息学分析及原核表达

目的分析结核分枝杆菌蛋白Rv2986c的结构与功能,并进行原核表达。方法从NCBI Genbank数据库获取Rv2986c蛋白氨基酸序列,利用ExPASY ProtParam、Protscaleon expasy、TMHMM Server v.2.0以及SOPMA等软件对Rv2986c蛋白的生物学性质进行分析。用pGEX-6p-1-Rv2986c重组质粒转染大肠埃希菌(E.coil)BL21 (DE3)中表达Rv2986c,并使用GST亲和层析柱进行纯化。结果结核分枝杆菌Rv2986c蛋白由214个氨基酸组成,分子式为C_(975)H_(1707)N_(319)O_(266)S_1,等电点(pI)为11.95,属于稳定、亲水性蛋白,无跨膜区;二级结构α-螺旋(Hh)占51.40%,无规则卷曲(Cc)占35.05%。重组质粒pGEX-6p-1-Rv2986c转染DE3后表达相对分子质量约为51×10~3的重组蛋白Rv2986c,经GST亲和层析柱纯化得到单一电泳条带的目的蛋白。结论生物信息学方法预测了结核分枝杆菌Rv2986c为无跨膜区的亲水性蛋白,并得到高纯度的重组目的蛋白Rv2986c,为Rv2986c的结构与功能研究奠定了基础。