云南巴尔通体的系统发育多样性分析

目的基于gltA基因序列的系统发育分析对云南巴尔通体的多样性进行分析。方法用云南省1999年至今分离到的并已在GenBank中公布的32个巴尔通体变异体（gltA基因）为目标株，利用网上核酸序列比对程序BLAST进行核酸序列同源性搜索，调出相似性最高且有效发表种典型菌株为对比株，进行比对和系统发育分析。结果32个巴尔通体变异体可归为B．ehzabethae、B．tribocorum、B．grahamii、B．washoensis、B．taylrii、B．phoceensis和B．yunnannensis7个分枝。同一枝中所有分离的变异体与其发育关系最密切且有效发表种典型的菌株间的gltA基因序列均有不同程度的差异。部分变异体与有效发表种典型的菌株问存在较大的遗传差异。结论云南巴尔通体菌不仅具系统发育多样性，而且还具有其特异性和可能有潜在的新种。一些不明原因的疾病有可能与巴尔通体的感染有关不容忽视。     

恒河猴五日热巴尔通体的分离和柠檬酸合成酶基因的序列分析

目的初步研究巴尔通体在恒河猴体内的存在情况,并分析其柠檬酸合成酶(gltA)的基因序列,判断巴尔通体的种属。方法16只来自福建的恒河猴,用血琼脂培养基分离可能存在的巴尔通体。根据NCBI数据库上的巴尔通体gltA的基因序列,设计一对引物,以巴尔通体菌落为模板进行扩增,将获得的序列进行克隆测序。结果从3只恒河猴体内成功分离到了巴尔通体病原,并获得了巴尔通体gltA全长基因序列,测序结果表明该序列与五日热巴尔通体同源性99%。结论福建来源的恒河猴种群携带巴尔通体病原,巴尔通体流行地区可能存在鼠与灵长类动物之间病原体的流行和传播。     

巴尔通体分离培养及生物学特性研究

目的研究巴尔通体的分离培养及生物学特性。方法采用含5％去纤维兔血脑心浸液琼脂培基对收集自云南省的16个县（市）的913份鼠类血液进行巴尔通体分离培养，对疑似菌落用巴尔通体属特异性引物进行聚合酶链反应（PCR）及进行枸橼酸合酶基因（gltA）的379bp片断扩增，从电泳图中出现目标带的阳性菌中随机选出菌株进行电镜检测，同时将其异gltA扩增产物行已序列测定并与已知菌株进行比较。结果从913份鼠类血液中分离到巴尔通体251份，分离率为27、5％（251／913）。阳性菌落长出时间最早为3d，菌落形态随培养时间延长而改变且特点多样；电镜扫描见多个菌缠绕成团，菌体密集，透射见菌细胞呈短杆状、菌壁较厚。核苷酸序列及相似性比较发现家鼠中巴尔通体有3个基因型。结论分离的巴尔通体种类多、生长特性不一、形态多样，呈高度流行及基因型的多样性，一些不明原因的疾病可能与之感染有关。     

云南巴尔通体研究概况

巴尔通体(Bartonella)是一新发现的古老病原体,迄今已发现21种及3个亚种,其中有9个种与人类感染密切相关[1,2].云南是我国最早进行相关研究的省份,1999年云南首次在鼠群中开展巴尔通体调查且证实巴尔通体在云南普遍存在[3]至今已对16个县(市)进行了巴尔通体的病原学、血清学、流行病学、系统发育等调查.为总结及深入研究,综述如下.     

巴尔通体实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立灵敏、特异的SYBR—Green荧光定量PCR检测巴尔通体的方法,以用于巴尔通体的实验室快速诊断和自然疫源地的流行病学研究。方法利用离心柱法抽提鼠血中巴尔通体细菌基因组DNA,在荧光定量PCR检测仪上检测基因组中枸橼酸合酶gltA的Ct含量,结合熔解曲线的Tm值进行分析,建立实时荧光定量检测法。结果检测62份阳性菌株。Ct值小于30,Tm值在81—83℃范围内;检测309份鼠血抽提的基因组DNA样品,阳性128份,阳性率为38．19％。结论建立了检测巴尔通体枸橼酸合酶gltA的SYBR—Green荧光定量PCR方法,较常规培养法更快捷、简便、敏感,适合大面积调查巴尔通体在鼠群中的分布情况,为流行病学的深入研究提供科学依据,并可作为检测巴尔通体的技术储备。     

不同产地大麻的ITS全序列分析

目的:对分别采自云南、新疆两个地区的大麻植物,通过ITS序列的分析,从分子水平进行鉴定。方法:采用DNA提取试剂盒提取大麻的ITS全序列DNA,经过PCR扩增,胶回收后测序,所得序列与从Genbank中获取3个大麻科植物的ITS全序列比对,以葎草的ITS全序列为外源基因构建了大麻属的系统发育树。结果:对获得的基因序列进行同源性分析,NCBI数据库中登陆的大麻相应序列与新疆大麻(毒品大麻)的ITS全序列亲缘关系性最近,为99%;云南大麻(工业大麻)与新疆大麻(毒品大麻)亲缘关系较远。结论:ITS序列能够较准确的将毒品大麻和工业大麻区分开。     

云南部分人群汉赛巴尔通体感染的血清学调查

目的:了解汉赛巴尔通体(Bartonella henselae)在云南部分人群中的感染情况。方法:采用间接免疫荧光抗体测定法(IIFT)对140份云南不同人群血清的B.henselae IgG抗体进行检测。结果:共检出阳性标本28份,总阳性率为20%,其中不明原因发热病人抗体阳性率为30.61%,显著高于放牧人员,其中有的样本抗体滴度高达1:10000。结论:受检人群中存在B.henselae感染,尤其在临床不明原因发热病人中B.henselae的感染率较高。     

不同地理种群栖稻假单胞菌株的16SrRNA基因序列分析

目的 分析栖稻假单胞菌不同地理种群株16SrRNA基因序列,构建系统发育树.方法 将1株栖稻假单胞菌海南临床分离株的16S rRNA基因进行PCR扩增并测序,并与从GenBank中挑选出的其他29株不同来源的栖稻假单胞菌的16S rRNA基因序列进行对比分析,并绘制系统发育树.结果 系统发育分析表明大部分菌株可根据地理区域的不同分为3个簇,序列分析显示某些可变区可能存在区分不同区域菌株的关键序列.结论 栖稻假单胞菌基因型及表现型具有多样性;大部分栖稻假单胞菌可根据16SrRNA基因序列鉴别不同地理种群株.     

人HO-1基因启动子区生物信息学分析

目的 分析人血红素加氧酶-1(hHO-1)基因启动子区序列特点,转录因子结合位点种类及CpG岛位置.方法 利用美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库获取hHO-1基因序列和启动子序列,SoftBer-ry分析hHO-1基因核心启动子位置,PROMO和Gene Regulation分析转录因子结合位点种类,MethPrimer 2.0和CpGFinder预测CpG岛位置.结果 hHO-1基因位于22q12.3,全长13112 bp.转录起始点上游约1995 bp范围内为启动子区域,hHO-1启动子区含79种转录因子结合位点和1个CpG岛.结论 hHO-1基因启动子能预测出多种转录因子结合位点,可为更深入地研究hHO-1基因的调控机制及其在抗逆方面的潜在作用提供理论基础.     

B型流感病毒广州株的分离及血凝素基因进化分析

[摘要] 目的 了解B型流感病毒广州分离株的分子流行病学背景和中国大陆地区该病毒的流行情况。方法 从疑似流感患儿身上取样,经荧光定量RT-PCR检测证实为B型流感病毒;应用RT-PCR方法扩增出该株病毒的HA片段,将该片段克隆到T克隆载体测序后进行序列分析;从Genbank中提取中国内地不同时间的HA基因序列和国际代表株序列,应用系统发育分析软件建立HA基因的系统发育树并进行进化分析。结果 软件分析表明广州株HA片段长1 882bp,编码584个氨基酸,新分离的B型流感病毒广州株在分类上属于Yamagata系;从80年代末期开始,中国内地流行的B型流感病毒分别属于Victoria系或者Yamagata系,90年代和00年代同时存在Victoria系和Yamagata系的流行。结论 广州地区07年存在B型流感病毒Yamagata系的流行,中国大陆地区90年代和00年代Victoria系和Yamagata系B型流感病毒的流行比例相当,时间规律不明显。     

颌面部猫抓病误诊2例

猫抓病(Cat scratch disease,CSD)又名猫抓热,该病症几乎100%有猫抓接触史[1].通过猫抓、咬、舔造成局部皮肤损伤,汉赛巴尔通体病原体进入人体感染引起.CSD临床表现多样性,但90%以上有淋巴结肿大[2].随着饲养猫狗小动物增多,该病将会有进一步增加的可能性,应引起临床医生的注意.现将2例颌面部猫抓病误诊病例报告如下.     

螺蛳分子系统发育的初步研究

目的 建立田螺科已有种类的系统发育关系,探讨螺蛳(Margarya melanioides)的分类地位.方法 测定采自云南高原湖泊中的螺蛳、方形环棱螺和中华圆田螺的线粒体COI、16S rRNA基因序列,并结合GenBank中田螺科已有物种序列,计算螺蛳和其他主要类群的遗传距离,用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建包含螺蛳的田螺科部分物种系统发育树.结果 COI基因第三位密码子转换已达到饱和.在COI基因片段数据集、COI第1,2位密码子数据子集、16S基因片段数据集中,螺蛳与圆田螺属的遗传距离最小.在MP法、ML法、BI法构建的系统发育树中,螺蛳和中华圆田螺聚为一支,我国的环棱螺属种类和非洲该属未聚在一起.结论 螺蛳与中华圆田螺的亲缘关系较近,线粒体COI联合16S基因片段可以弥补形态学在研究田螺科物种系统发育关系时的不足.     

中国莱姆病螺旋体DnaK基因的人T细胞表位研究（英文）

目的了解我国引起莱姆病的伯氏疏螺旋体重要抗原之一DnaK基因及其表位区的多样性,理解伯氏疏螺旋体与宿主之间的相互作用机制和伯氏疏螺旋体抗原分子引起的免疫应答反应。方法比对分析我国68株具有代表性的伯氏疏螺旋体菌株,包含了4个重要基因型。使用国际参考株B31(Borrelia burgdorferi sensu stricto,B.B.s.s)作为参考菌株。结果结果表明DnaK基因的T细胞抗原表位区有单核苷酸变异(SNP),但氨基酸序列与参考菌株没有差异。该基因序列90～1 838 bp的dN/dS值为0.03。同时,我国伯氏疏螺旋体主要致病基因型B.garinii的核酸变异较大。结论 DnaK基因的T抗原表位高度保守,可能是感染之后直接刺激免疫系统引起炎性反应的原因之一。此外在不改变蛋白功能的前提下,基因的多样性可能与其适应环境有关。     

RAPD分子标记技术和ITS同源性分析比较不同生态环境来源的钝顶螺旋藻的遗传多样性

目的：比较来自不同生态环境、不同地理位置及不同形态和不同生理生化特性的六株钝顶螺旋藻的系统进化关系和遗传多样性,试图从DNA水平探讨它们长期在不同的生存环境作用下遗传进化关系和种质资源的多样性,为螺旋藻种间系统发育关系的研究及正确地进行种间分类提供参考.方法：用RAPD分子标记技术和ITS序列对六株不同来源螺旋藻进行扩增,利用PopGen32、MEGA 5.0等软件分析其遗传多样性,构建系统发育树并进行进化地位的比较.结果：RAPD结果显示,不同来源的六株螺旋藻分为两大枝,FACHB-HY独为一枝与其他五株亲缘关系最远.Spi-wz、FACHB-350、FACHB-793、FACHB-904和FACHB-834聚为一枝,而FACHB-834与其他四株的关系较远,Spi-wz和FACHB-904、FACHB-793和FACHB-350亲缘关系最近,ITS基因的同源性比较结果与RAPD分子标记的结果一致.结论：来自不同生态环境的螺旋藻株在长期的进化地位和系统发育关系上存在有差异,表现出遗传多样性和种资资源的多样性.RAPD分子标记和ITS序列同源性聚类结果相一致.     

江苏省几种主要类型人畜立克次体抗体阳性检出情况的现况调查

目的了解江苏省人畜立克次体感染的主要类型、抗体阳性检出率及感染的可能影响因素。方法按地理位置,选择江苏省溧水县、沛县、盱眙县、宜兴市和滨海县的5个调查点,采用间接免疫荧光法检测莫氏立克次体（RM）、黑龙江立克次体/西伯利亚立克次体（RH/RS）、恙虫病东方体（OT）、贝氏柯克斯体（CB）、横赛巴尔通体/五日热巴尔通体（BH/BQ）、查菲埃立克体（HME）及人粒细胞无形体（HGA）等7种常见立克次体血清IgG或IgM抗体。结果 5个调查点共取血样2 562份,人群病原体检测率最高的是BH/BQ（24.8%）。男性中HGA和BH/BQ抗体阳性检出率高于女性,其余的检出率是女性高于男性;除了RH/RS外,其余立克次体分布均存在地区差异（均P〈0.01）。动物中7种立克次体的抗体均检出,其中OT阳性率最高（31.8%）,主要是在羊体内,且存在地区间差异（均P〈0.01）。多因素分析发现,影响立克次体抗体阳性率的因素有年龄、性别、地区和蜱/螨叮咬史。结论江苏省农业人群及家畜存在多种立克次体感染,以RM、BH/BQ、CB为多。     

利用细胞色素B行青海藏区棘球绦虫系统发育学研究

目的 利用线粒体 DNA细胞色素B（CYTB）分子标记重新分析流行于青海高原的棘球绦虫基因多态性及系统发育学.方法 PCR方法扩增CYTB基因,测序得到的基因序列碱基通过ClustalX软件比对,构建贝叶斯进化树.结果 流行于青海地区的棘球绦虫大部分与细粒棘球绦虫G1型聚在一枝,有四个样本与多房棘球绦虫（AB018440）聚在一枝.结论 大部分棘球绦虫基因型属于细粒棘球绦虫G1型,其基因型各不相同,具有多样性.     

HLA组特异性PCR及DNA测序确认新基因HLA-A*110202

目的:用HLA组特异性PCR扩增,DNA测序方法确认新等位基因。方法:用SSO(序列特异性寡核苷酸探针)反向流式荧光微珠法对标本62011550进行常规HL-A、B、DRB1分型检测,A位点反应格局清晰而无法给出确切分型结果,对该基因扩增2、3外显子,以此为模板采用组特异性引物区分杂合子,分别对杂合子2、3外显子测序,将测序结果与已知的基因序列进行比较。结果:测序得到A*1102v(1102的变异体)序列与已知序列比对发现,在第2对外显子215出现C>A,导致第75密码子GGA>AGA,未引起氨基酸改变(R>R),该序列为新的HLA序列,经向WHO HLA因子命名委员会申报确定为HLA-A 110202,注册号HWS.10003507-DQ3544411(www.ebi.ac.uk/imgt/hla)结论:DNA测序是HLA分型的最直接准确方法,常用于新基因的发现,用组特异性引物区分杂合子进而进行测序简便易行,避免了基因克隆操作。     

中国甲型流感病毒血凝素基因进化分析

目的 探索甲型流感的暴发规律及毒株血凝素（hemagglutinin,HA）基因的进化.方法 通过分析中国采集并公布的甲型流感病毒基因数据,对中国大陆所有宿主为人、禽类和哺乳动物的HA基因氨基酸序列进行多序列比对,并用于构建HA的系统发育树,同时对中国香港地区的HA基因蛋白序列同样处理;分析不同宿主的HA基因的受选择压力.结果 选择中国大陆1 252个HA基因和香港485个HA基因,对其分析发现,自2002年以来,禽流感的暴发次数和频率多于历史记录;系统发育树结果显示中国大陆和香港地的HA基因邻接树的拓扑结构一致;宿主为人的HA基因受选择大于禽类宿主的HA基因.结论 不同宿主的HA基因受选择有差异,提示HA基因的快速进化可能会对人类健康产生潜在威胁.     

DNA条形码技术在生物分类中的应用

DNA条形码技术是通过使用DNA序列对物种进行快速、准确识别的技术。目前在动物分类中最常使用的基因序列是线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基（mtCOⅠ）。该技术的出现可以为研究物种的进化规律、遗传变异、系统发育以及生物多样性等提供理论依据。为了让更多非生物分类学研究者了解并将其应用于更多的领域,本文概述了DNA条形码技术的工作流程、技术特点以及在生物分类中的应用和对未来的展望。     

以CGRP为靶点的单抗药物的电荷变异体表征研究

目的 对抗降钙素基因相关肽(calcitonin gene-related peptide, CGRP)单抗及其电荷变异体进行充分表征分析。方法 以抗CGRP单抗为研究对象,利用离子交换色谱对抗CGRP单抗电荷变异体进行分离收集,再利用液质联用技术(LC-MS/MS)从分子量、轻重链亚基以及翻译后修饰等方面对抗CGRP单抗和收集到的组分进行表征。结果 利用离子交换色谱(IEC)仪器收集到抗CGRP单抗的电荷变异体分为主峰、酸性峰组(A1-A3)和碱性峰组(B1-B4)。质谱鉴定的抗CGRP单抗的相对分子质量为147 103(主要糖型A2G1F,A2G0F);糖肽水平上的分析发现,含有N糖基化修饰的肽段序列为“TKPREEQFNSTYR”,糖基化位点为N296。酸碱变异体组分的N糖型修饰中A2G0F(>30%)和A2G1F(>35%)占比最大,并且酸性变异体中均存在唾液酸修饰;在所有组分中均检测到脱酰胺存在,酸性变异体脱酰胺比例较高;重链第109位,抗体骨架区FR区域上的色氨酸残基发生氧化的比例最高,并且酸性变异体发生氧化的比例总体高于碱性变异体;酸性变异体组分发生焦谷氨酸环...