基因芯片筛选原发性肝癌患者的差异表达基因

目的利用基因表达谱芯片技术探讨原发性肝癌(PHC)不同阶段(癌组织、癌旁组织、正常组织)差异基因的表达,进一步寻找PHC不同阶段组织中的差异表达基因。方法提取20例肝癌癌组织、癌旁组织和正常组织的总RNA,应用Agilent人类全基因组4×44K基因芯片筛选差异表达基因,采用微阵列类分析(SAS)软件对芯片图像进行分析。结果筛选出癌组织与正常组织差异基因4 175个,其中上调基因1 850个,下调基因2 325个。对筛选出的差异基因进行GO分类,主要分为催化活性、信号转导、酶活性调节、转录活性调节、蛋白运输功能、细胞生长、凋亡等功能过程。结论利用基因芯片技术可高通量地筛选出PHC不同阶段组织的差异表达基因,为进一步阐明PHC的发生机制提供实验依据。     

大肠癌肝转移相关的间质差异表达基因的筛选

目的联合应用激光捕获显微切割和基因芯片技术,构建伴有肝转移的大肠癌原发灶间质组织和不伴肝转移的大肠癌间质组织基因表达谱,从间质中筛选与大肠癌肝转移相关的基因。方法分别对上海市第六人民医院于2008年7月至2010年7月收集的4例伴有肝转移的大肠癌原发灶组织和4例不伴肝转移的大肠癌组织行激光捕获显微切割,获取各自的间质组织。提取微量RNA,结合安捷伦人全基因组表达谱芯片(4×44 K 2.0)技术,构建8例间质组织标本全基因组表达谱,筛选出大肠癌肝转移间质相关基因;选择显著上调及下调的前2位基因行实时定量PCR验证。结果在4对新鲜标本的芯片杂交检测中共筛选出1948条基因发生差异表达,其中上调的有1266条,下调的有682条。对骨膜蛋白(Periostin)/胰岛素样生长因子2(IGF-2)/过氧化物酶体增殖活化受体γ共激活因子(PGC-1)/趋化因子配体21(CCL21)这4个基因的实时定量PCR检测结果与基因芯片筛选的检测结果基本一致。结论联合应用激光捕获显微切割和基因芯片技术成功筛选出大肠癌肝转移间质相关基因,为寻找大肠癌肝转移临床早期诊断的分子标志物和靶向治疗提供坚实的理论基础。     

基因芯片筛选喉鳞状上皮细胞癌相关基因的初步研究

目的:应用基因芯片技术进行喉鳞状上皮细胞癌相关基因表达谱差异分析,筛选喉鳞状上皮细胞癌相关基因.方法:从4例喉鳞状上皮细胞癌中相同患者体内取喉鳞状细胞癌组织和癌旁正常组织,应用含有人类全基因组的基因芯片进行分析.结果:在4例喉鳞状上皮细胞癌中共同基因表达显著差异的有349条,其中112条表达上调,237条表达下调.结论:基因芯片能提供大量喉癌相关基因表达谱的信息,分析这些差异表达的基因能够阐明喉鳞状上皮细胞癌复杂的生物学特性与基因表达之间的内在联系,并识别肿瘤的标记物,为进一步研究喉鳞状上皮细胞癌发生、发展相关基因打下基础.     

应用基因芯片技术筛选乳腺浸润性导管癌差异表达基因

目的：应用基因芯片技术研究乳腺浸润性导管癌（invasive ductal carcinoma,IDC）基因表达的改变。方法：收集手术切除3例IDC癌组织及癌旁对应正常组织标本,提取总RNA,逆转录合成cDNA,用荧光素Cy3通过体外转录分别将6份标本的cDNA标记成cRNA探针,并与6张基因芯片Illumina Human WG-6 expression beadchip杂交,利用荧光扫描仪扫描荧光强度并分析基因表达谱的差异。结果：按差异显著性标准,在3对标本中共同差异表达的基因有6 756个,表达上调3 927个,表达下调2 829个。结论：IDC的发生、发展存在多基因表达调控的改变,基因芯片技术可同时定量研究大量基因表达水平,为认识肿瘤发病机制和个体化治疗提供生物学依据。     

氯乙烯致DNA损伤与DNA修复基因甲基化

目的探讨氯乙烯职业接触的早期效应DNA损伤与O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶基因MG-MT、错配修复基因hMLH1启动子甲基化的关系。方法氯乙烯接触工人按淋巴细胞双核微核数分为DNA损伤组(72例)和非损伤组(43例),采用甲基化特异的PCR法检测修复基因的甲基化。结果hMLH1基因在DNA损伤组和非损伤组均未检测到甲基化,MGMT基因在DNA非损伤组未检测到甲基化,在DNA损伤组MGMT发生甲基化频率为6.9%(5/72)。结论在氯乙烯致DNA损伤阶段,可检出MGMT基因甲基化异常。     

基因芯片技术筛选乳腺癌相关差异表达基因

目的 分析并探讨乳腺癌与自身正常乳腺组织的差异表达基因。方法 采用全人类基因组芯片检测技术,筛查3对乳腺癌及其自身正常乳腺组织的差异表达基因,并通过real time PCR对部分差异表达基因进行验证。结果 全基因组差异分析结果显示,乳腺癌及其自身正常乳腺组织间有427个差异表达基因,其中上调基因231个,下调基因196个。在这一组基因中,与细胞增殖有关的基因有27个（12个表达上调,15个表达下调）,与细胞黏附有关的基因有15个（4个表达上调,11个表达下调）,与细胞凋亡有关的基因有13个（6个表达上调,7个表达下调）。结论 乳腺癌组织与自身正常乳腺组织在基因表达水平上存在较大差异,这些差异存在于不同生物学过程（如细胞增殖、细胞黏附、细胞凋亡等）中。     

差异表达基因的几种筛选方法

多种因素导致的基因差异性表达与疾病的发生发展密切有关,分离差异表达基因,对于研究细胞生命过程的调节机制及致病机制具有重要意义. 20世纪90年代以来,先后出现了mRNA差异显示PCR(mRNA DDRT-PCR)、代表性差异分析(RDA)、抑制性消减杂交(SSH)、基因表达连续性分析(SAGE)和DNA微阵列(DNA microarray)等多种分析差别表达基因的方法. 我们对以上方法的原理、基本步骤及其应用进行简要综述.     

无机砷对人支气管上皮细胞p16基因甲基化及表达的影响

目的 观察亚砷酸钠（NaAsO2)和胂酸肽（Na3AsO4)对人支气管上皮BEP2D细胞p16基因甲基化及表达的影响。方法 采用甲基化特异性PCR（MSP）及RT－PCR等技术观察分析BEP2D细胞p16基因甲基化和表达水平。结果 （1）NaAsO2(0.016-2μmol/L）和高浓度组Na3aSo4(80和160μmol/L）具有促进BEP2D细胞p16基因二核苷酸CpG岛甲基化作用;而低浓度组Na3AsO4(20和40μmol/L）不能使BEP2D细胞p16基因CpG岛发生甲基化。（2）无机砷可使BEP2D细胞p16基因表达下降,且NaAsO2较Na3AsO4更为明显。结论 无机砷可引起BEP2D细胞p16基因CpG岛甲基化程度增高和表达水平下降,提示p16基因高甲基化是无机砷致癌的可能途径之一。     

DNA损伤修复基因甲基化与肿瘤关系的研究进展

机体细胞内DNA会受到多种因素的影响,导致其化学结构或编码特性的改变,如电离辐射、化学物质、异常代谢产物等都会导致DNA损伤,这种损伤若不能及时得到修复,就会影响机体正常活动,进而诱发一系列遗传疾病的产生。正常机体具有完善的DNA损伤修复机制,修复由各种原因导致的DNA损伤,其主要机制有两种：一种是损伤恢复（ reversal of damage）,即损伤直接被移除,使碱基恢复为原来状态;另一种是切除修复（ excision re-pair）,是指切除损伤 DNA 后,再合成一段新的DNA来替代损伤DNA,切除修复包括核苷酸切除修复（ nucleotide excision repair,NER）、碱基切除修复（ base excision repair,BER）、同源重组修复（ ho-mo logous recombination,HR）和错配修复（ mismatch repair,MMR）等多条途径,它们共同构成维持遗传信息稳定的保护机制,以保证遗传物质的稳定性［1］。     

应用基因芯片筛选人高、低转移肺巨细胞癌细胞株差异表达基因的初步探讨

目的应用基因芯片探讨人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C的基因表达差异,筛选肺癌转移相关基因。方法提取人高转移肺巨细胞癌细胞株95D和人低转移肺巨细胞癌细胞株95C的mRNA并反转录为cDNA,分别用Cy5-dUTP和Cy3-dUTP进行标记后与基因芯片杂交,然后用Scan Array 3000扫描仪及Im aGene3.0软件处理杂交信号得到95D和95C的表达差异基因。对部分有差异表达的基因进行RT-PCR分析鉴定。结果在被检测的人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C中,共有466条基因出现表达差异,其中具有同一GenBank ID号的Doub le基因共108对,包括上调基因47对,下调基因61对。有表达差异的F ln29、RUVBL2、C14orf3等基因RT-PCR结果与基因芯片一致。结论多基因参与了肺癌的转移过程,基因芯片技术是筛选肺癌转移相关基因的有效方法。     

基因芯片筛选稳定转染FATE／BJ-HCC-2基因的肝癌细胞中肿瘤转移相关差异表达基因

目的：筛选稳定转染FA T E／BJ‐HCC‐2基因的肝癌细胞中肿瘤转移相关的差异表达基因。方法分别提取稳定转染FATE／BJ‐HCC‐2的肝癌细胞（5B4）及转染空质粒的对照细胞（Mock）总 RNA ,通过基因芯片技术筛选差异表达基因。结果与Mock细胞比较,5B4细胞共筛选出1694个差异表达基因,有11个基因表达差异明显,其中MMP‐1、PTGS2、FN、CA9、IL‐8、ILK、Areg 7个基因在转染FATE／BJ‐HCC‐2基因后表达量明显上升,差异倍数分别为81．80、49．86、11．30、16．26,3．48、2．79、2．20。E‐cadherin、RhoBTB3、ALPP、HLA‐DRB 4个基因表达量明显下降,差异倍数分别为－5．42、－2．23、－5．93、－8．03。结论采用基因芯片技术对FA T E／BJ‐HCC‐2参与的肝癌转移的差异表达基因进行细致的筛选,其最终目的是为研究肝癌转移机制打下坚实的理论基础。     

利用基因芯片筛选动脉钙化大鼠差异表达基因

目的：利用基因芯片技术筛选正常大鼠和动脉钙化大鼠腹主动脉组织中差异表达基因及检测转化生长因子－β（TGF－β）、基质金属蛋白酶－2（MMP－2）和基质金属蛋白酶－9（MMP－9）的表达量,以探讨动脉钙化发病的可能机制。方法通过皮下注射大剂量维生素D3建立大鼠动脉钙化模型,采用Von Kossa染色观察动脉钙化程度,基因芯片技术筛选两组大鼠差异表达基因及检测TGF－β、MMP－2和MMP－9的表达量。结果与对照组相比,模型组差异表达的基因有710条,其中上调基因344条,下调基因366条。模型组TGF －β1、TGF－β3和MMP－2的表达均明显上调,差异具有统计学意义（P＜0.05）,而TGF－β2和MMP－9的表达则无明显差异（P＞0.05）。结论动脉钙化的形成是多基因共同作用的结果,其中TGF－β、MMP－2和MMP－9对动脉钙化的发生发展起着至关重要的作用,其机制还有待进一步研究。     

基因芯片筛选大肠侧向发育型肿瘤相关基因的初步研究

目的应用基因芯片初步筛选大肠侧向发育型肿瘤(LST)相关基因,为进一步研究大肠癌的发病机制提供新的思路和线索。方法抽提大肠侧向发育型肿瘤癌细胞株、SW480细胞株、LoVo细胞株的总RNA并纯化mRNA;将18 816种人类基因及LST片段PCR产物用Biorobotics公司的BG600点样仪点样于纤维膜上,制成基因芯片。将3个样品的mRNA分别逆转录合成探针并33P标记,同芯片杂交。严格洗片后Fuji film公司FLA 3000扫描仪扫描芯片信号图象,ArrayGauge1.0软件分析比较3种细胞株中差异表达基因。结果和结论在18 816种人类基因中存在着一系列LST同普通大肠癌细胞株之间的差异表达基因。在本研究中共有差异表达基因97个,其中共上调58个,共下调39个。表明其可能存在不同的肿瘤发生机制,故进一步研究其相关基因,在分子水平上阐明其发生机制及与大肠癌的关系具有重要意义。     

基因芯片分析稳定转染HBx基因的HepG2肝癌细胞对人脐静脉血管内皮细胞基因的差异表达

目的采用基因芯片技术筛选稳定转染HBx基因的HepG2肝癌细胞对人脐静脉血管内皮细胞的差异表达基因。方法①以人脐静脉血管内皮细胞(HUVEC)为细胞模型,通过transwell共培养技术,分别将肝癌细胞HepG2及稳定转染HBx基因肝癌细胞HepG2(HepG2-X)与HUVEC共培养。②分别提取细胞总RNA,通过基因芯片技术筛选差异表达基因。结果有643条基因差异表达明显,其中UBR3、ATXN3等19条基因经HBx干预后表达量明显上升,FOLR1、HSPs、ZNF等624条明显下降。结论利用基因芯片技术可以筛选HBx参与的肝癌血管生成差异表达基因,为肝癌的诊治、预防提供一定的理论依据。     

基因表达谱芯片在筛选胃腺癌相关基因中的应用

目的：应用基因表达谱芯片筛选胃腺癌相关基因,并对这些基因的功能进行初步分析。方法：按一步法抽提胃腺癌和对照胃（正常）组织的RNA并纯化mRNA;将12800条人类基因PCR产物按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片;将等量的对照胃和胃腺癌组织mRNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后扫描荧光信号图像,计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果：在12800条基因中,胃腺癌与正常胃组织间存在差异表达的基因。在所检测的5例临床标本中均存在显差异表达的基因共27条（0．21％）,其中上调的11条（0．086％）,下调的16条（0．125％）,下调的基因中有2条为新基因。结论：微矩阵基因芯片在筛选胃腺癌发生相关基因的改变时、具有快速、高通量、高敏度等特点,胃腺癌基因差异表达谱的分析为胃癌的诊治提供了新的思路和线索。     

利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法应用美国AffymetrixHG—U133寡核苷酸芯片（代表迄今所知的32264个人类全基因．包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇）检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱，并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证；综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据结果获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个（包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个）；大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个：大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个；最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80．1％未见报道。结论综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略，可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。     

利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的 筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法 应用美国AffymetrixHG-U133寡核苷酸芯片(代表迄今所知的32264个人类全基因,包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇)检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱,并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证;综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据。结果 获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个(包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个);大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个;大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个;最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80.1%未见报道。结论 综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略,可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。     

过氧化氢诱导的人正常和早老细胞中DNA损伤及其修复研究

目的 研究人早老细胞和正常衰老细胞在氧化应激条件下的DNA损伤和修复.方法 采用免疫荧光技术和彗星电泳技术,分别检测3组不同群体倍增数(PD)的人正常二倍体成纤维细胞BJ（青年组第14代,成年组第30代,衰老组第45代）和2组不同PD的人赫-吉二氏综合征(HGPS)细胞（青年组第8代,衰老组第17代）的DNA基础损伤程...     

大鼠颅脑损伤基因差异表达及生物信息学研究

目的利用生物信息学找到大鼠颅脑损伤后的差异表达基因信息,为后期研究提供线索。方法在公共基因芯片数据库GEO中找到大鼠颅脑损伤基因芯片数据,并利用其筛选工具找到差异表达基因,随后对其进行生物学分析。结果在大鼠损伤脑组织中共找到190条表达基因,上调159条,下调31条。通过STRING网站筛选到23条关键基因。结论利用生物信息学方法能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息,大鼠颅脑损伤后多种基因表达发生改变,为确定其早期诊断标志与新治疗靶位开辟了新的思路。     

人骨肉瘤差异表达基因的筛选

目的 研究人骨肉瘤组织与正常骨组织之间的差异表达基因，探讨骨肉瘤的基因改变，为建立骨肉瘤的基因诊断方法打下基础。方法 采用mRNA差异展示技术，应用3条锚定引物和8条随机引物从人骨肉瘤组织与正常骨组织中分离出差异表达基因，对其进行,是序，用打点杂交技术证实其是否为差异表达基因，将筛选出差异表达基因在GenBank检索进行序列同源性分析。结果 筛选及克隆出6条差异条带，为ZOL03，ZOL51，1C82，1C74，2A21及2G12，RNA打点杂交证实它们在骨肉瘤中表达，在正常骨组织中不表达。6条差异片段经序列测定，在GenBank数据库中进行序列相似性分析，证实ZOL03，ZOL51同源性极低，1C82，1C74，2A21，2G12同源性较低，此6条片段为新基因序列ORF finder分析未发现具有开放读框，均属于非编码区序列，其中ZOL03和ZOL51两个序列在GenBank数据库中登录，接受号为BI894276和BI936370。结论 分离并克隆了人骨肉瘤组织与正常骨组织之间的6条差异表达基因，同源性差，均确认为新基因，可能是骨肉瘤差异表达相关基因。