SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测BMI-1 mRNA方法的建立

目的 建立SYBR Green I实时荧光PCR定量检测人类BMI-1 mRNA的方法。方法 以含有目的基因BMI-1 cDNA的质粒pEGFP-BMI-1为阳性模板,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green I实时荧光定量PCR检测BMI-1,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性。结果 该法检测的线性范围为6.4×10^1～6.4×10^7拷贝,相关系数r为-1.00,6.4×10^3拷贝/反应的标本批内变异系数（CV）和日间CV分别为1.6%和2.8%。熔解曲线分析显示单一的峰,Tm为（80.40±0.18）℃。结论 SYBR Green I实时荧光PCR定量检测BMI-1 mRNA是快速有效、灵敏度高、特异性好的方法,可为BMI-1的进一步研究奠定基础。     

荧光实时定量PCR定量水体中日本血吸虫尾蚴方法的建立

摘要：目的 建立快速、高效、特异的定量水体中尾蚴的数量和检测水体中日本血吸虫尾蚴残余基因组DNA的方法,来评估水体受日本血吸虫尾蚴污染的程度。方法 根据日本血吸虫基因组DNA中的三个多拷贝序列Sjrh1.0（序列号：U92488.1）、18S小亚基单位核糖体核酸基因(18SrRNA)序列（序列号：AY157226.1）和逆转录转座子SjR2的G55A序列（G55A）（序列号：AF412221.1）,设计常规PCR引物和荧光PCR引物,比较选取较好的靶序列建立SYBR GreenI 实时定量PCR方法,绘制尾蚴数的对数与Ct值的标准曲线,并对疫水中日本血吸虫尾蚴残余的基因组DNA进行检测。结果 尾蚴数的对数与Ct值的标准曲线有良好的线性关系,相关系数r2为0.9186,和重复实验的变异系数小于3%。结论 本方法特异性高,灵敏,可定量水体中尾蚴数,重复性好,对疫水检测有一定的预警作用。     

荧光定量PCR用于按蚊体内疟原虫子孢子检测的研究

目的 建立一种用于按蚊体内疟原虫子孢子定量检测和虫种鉴别的荧光定量PCR方法。方法 采用针对4种人体疟原虫18S rRNA基因属特异性保守区的1对引物, 以疟原虫18S rRNA基因重组质粒与按蚊DNA的混合物为模板, 进行反应体系和反应条件优化, 验证方法的特异性, 并通过熔解曲线分析进行虫种鉴别。应用阴性按蚊DNA稀释的间日疟原虫18S rRNA基因重组质粒为模板制作标准曲线, 并分别以质粒DNA和实验室子孢子感染阳性的按蚊DNA为模板分析建立的荧光定量PCR方法的敏感性。在反应体系中加入不同部位、 不同用量按蚊DNA, 以探讨按蚊DNA对检测效果的影响。结果 该方法对按蚊、 人血DNA均无扩增, 对4种疟原虫DNA均有特异性扩增且扩增产物的熔解温度 （Tm） 易于区分, 三日疟原虫、 恶性疟原虫、 卵形疟原虫和间日疟原虫的Tm值分别为71.0、 72.7、 73.9 ℃和75.9 ℃。标准曲线中循环阈值（Ct值） 与模板浓度具有良好的相关性 （相关系数r = -0.99）。最低可以检出含50拷贝的质粒DNA或32倍稀释的子孢子阳性按蚊DNA样本。按蚊DNA对荧光定量PCR反应具有抑制作用。荧光定量PCR的Ct值在实验内和实验间均具有良好的重现性。结论 新建立的SYBR Green I染料荧光定量PCR方法具有较高的敏感性和特异性, 可用于按蚊体内疟原虫子孢子的检测, 并可同时对4种人体疟原虫进行鉴别。     

贝氏柯克斯体实时荧光定量PCR方法的建立及对云南鼠标本检测

目的 建立贝氏柯克斯体荧光定量PCR方法并应用于云南省鼠标本的检测.方法 根据贝氏柯克斯体ISlllla基因设计引物和探针,以克隆的ISlllla基因片断(485 bp)作标准DNA模板,建立实时荧光定量PCR检测方法,并与普通巢式PCR方法进行比较.采用2种方法对云南玉溪自然界采集的鼠各类标本进行检测分析,计算2种方法的检出率.结果 实时荧光定量PCR标准曲线的循环阈值(cycle threshold,Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系(r=-0.999),重复性测试Ct变异系数(coefficient of variation,CV)为0.25%～3.98%,灵敏度为巢式PCR的10倍.以其他立克次体和常见病原菌共26种DNA为模板进行特异性检测,结果均为阴性.实时荧光定量PCR检测鼠血、肝脏、脾脏中的贝氏柯克斯体,阳性率分别为32.31%、61.29%、85.19%;巢式PCR法检测相应标本阳性率分别为27.69%、11.29%、74.07%;间接免疫荧光试验检测鼠血清中贝氏柯克斯体IgG抗体阳性率为26.15%.结论 本实验建立的实时荧光定量PCR比巢式PCR敏感,且具有良好的特异性,可用于人群和动物贝氏柯克斯体感染监测及临床标本的检测.     

铜绿假单胞菌quiP基因实时荧光定量PCR标准质粒的构建

目的：制备用于铜绿假单胞菌PAO1 quiP基因（PA1032）实时荧光定量PCR检测的质粒标准品pMD18-quiP。方法：通过PCR扩增出目的片断,纯化后连接至pMD18-T载体,转化宿主菌E.coli DH5α,获得阳性克隆,通过PCR扩增、双酶切鉴定和测序分析,确认重组质粒完整正确,大量抽提重组质粒,测定其拷贝浓度,10倍稀释成梯度标准品,并进行荧光定量PCR检测分析。结果：quiP基因目的片段成功重组至pMD18-T载体上,获得的重组质粒保持了目的片段的特异性和序列完整性。梯度浓度标准质粒的荧光定量PCR结果显示,循环阈值（Ct）与起始模板量的对数值之间有着良好的线性关系。结论：成功构建了quiP基因实时荧光定量PCR质粒标准品。     

SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测BMI-1 mRNA方法的建立

目的 建立SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测人类BMI-1 mRNA的方法.方法 以含有目的基因BMI-1 cDNA的质粒pEGFP-BMI-1为阳性模板,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测BMI-1,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性.结果 该法检测的线性范围为6.4×101～6.4×107拷贝,相关系数r为-1.00,6.4×103拷贝/反应的标本批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.6%和2.8%.熔解曲线分析显示单一的峰,Tm为(80.40±0.18)℃.结论 SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测BMI-1 mRNA是快速有效、灵敏度高、特异性好的方法,可为BMI-Ⅰ的进一步研究奠定基础.     

SYBR Green荧光定量粪检PCR法检测日本血吸虫感染的敏感性研究

目的建立快速、敏感、特异的检测日本血吸虫感染的SYBR Green荧光定量PCR法,准确评估其敏感性。方法将计数的日本血吸虫虫卵掺人健康水牛粪样中,制备人工阳性粪样。采用改良QIAamp DNA Stool Kit粪样DNA提取方法,提取人工阳性粪样DNA,进行SYBR Green荧光定量PCR,建立Ct值与粪样中克粪虫卵数（EPG）的关系;提取单独（不与牛阴性粪样混合）日本血吸虫虫卵DNA与虫卵生理盐水冲洗液DNA,行定量PCR检测,以对本方法进行严格质量控制。结果每200mg粪样仅含1个虫卵时,荧光定量PCR仍呈阳性,人工阳性粪样EPG的对数与PCR的Ct值存在线性关系。结论SYBR Green荧光定量粪检PCR法检测日本血吸虫虫卵DNA敏感性高,EPG对数与PCR的Ct值存在线性关系。     

荧光定量PCR检测嗜吞噬细胞无形体

目的采用新型TaqMan-MGB探针建立检测嗜吞噬细胞无形体的实时荧光定量PCR(quantitativereal-timePCR)方法。方法依据gltA基因序列设计嗜吞噬细胞无形体特异引物和探针,以克隆的嗜吞噬细胞无形体gltA基因片段作DNA模板,在荧光定量PCR检测仪(ABI7900HT)上建立实时荧光定量检测方法。结果建立的定量标准曲线的循环阈值(Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系(r=0.996);与套式PCR相比较,荧光定量PCR检测的灵敏度是其100倍。用荧光定量PCR检测其它相关立克次体和细菌DNA样本,检出结果几乎为0;对荧光定量PCR检测重复性进行分析,变异系数(CV)批内和批间误差在0~2.1%之间,证明该荧光定量PCR具有种特异性和良好的重复性。用荧光定量PCR检测体疑染嗜吞噬细胞无形体的10份蜱和30份小鼠脾脏标本,结果与套式PCR检测结果有密切相关性,但是定量PCR检测敏感性和准确率均高于套式PCR。结论本研究建立的检测嗜吞噬细胞无形体的实时荧光定量PCR具有很高的特异性和敏感性,特别适合检出样本中微量嗜吞噬细胞无形体。     

人类SUZ12基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的:建立SYBR Green I实时荧光PCR定量检测人类SUZ12基因的方法.方法:将SUZ12 RT-PCR扩增片段克隆入载体pGEM-T后,经测序鉴定正确后,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green I实时荧光定量PCR检测SUZ12,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性.结果:该法检测的最低拷贝数为14.2,线性范围为1.42×10~1-1.42×10~8拷贝,相关系数r为-1.00,1.42×10~7拷贝/L标本的批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.8%和2.8%.熔解曲线分析显示单一的峰,熔解温度(melting temperature,Tm)为(81.37±0.16)℃.结论:实时荧光定量PCR方法检测SUZ12基因,快速有效、灵敏度高、特异性好.     

基于重组酶介导核酸等温扩增反应的曼氏血吸虫 基因检测方法的建立

目的　建立一种可用于曼氏血吸虫特异性基因片段检测的重组酶介导的核酸等温扩增方法（Recombinase?aided amplification, RAA）。方法　以曼氏血吸虫121 bp高重复基因片段作为靶序列,根据RAA反应原理设计、合成引物及荧光探针,建立并优化荧光RAA法反应体系。分别以不同拷贝数的含121 bp基因片段的重组质粒及不同浓度曼氏血吸虫基因组DNA为模板进行荧光RAA法扩增,评价该方法的敏感性;分别以日本和埃及血吸虫虫卵、十二指肠钩虫虫卵、华支睾吸虫囊蚴基因组DNA为模板进行荧光RAA法检测,评价其特异性。结果　建立的荧光RAA法可在39 ℃、20 min内特异性扩增曼氏血吸虫基因组DNA。以重组质粒为模板,荧光RAA法最低可检出的质粒拷贝数为10拷贝/μL;以基因组DNA为模板,荧光RAA法最低可检测浓度为0.1 fg/μL。以日本血吸虫虫卵、埃及血吸虫虫卵、十二指肠钩虫虫卵、华支睾吸虫囊蚴基因组DNA为模板进行荧光RAA法检测,结果均为阴性。结论　成功建立了一种可用于曼氏血吸虫DNA检测的荧光RAA法,该方法反应快捷、操作简便,敏感性和特异性均较好。     

荧光定量PCR检测异尖线虫类病原体

目的运用荧光定量PCR法检测异尖线虫类病原体。方法于鱼类内脏中检获6种异尖线虫类幼虫:抹香鲸异尖线虫、简单异尖线虫、内弯对盲囊线虫、带鱼针蛔线虫、灰海鳗对盲囊线虫和台湾海峡鱼类中一优势种对盲囊线虫。提取各虫体DNA,PCR扩增ITS-2序列,测序并进行数据库比对。依据测序结果设计特异引物,常规PCR检验引物特异性。将ITS-2序列扩增产物回收、纯化后经T克隆转入大肠埃希菌DH5α,提取重组质粒,鉴定后作为标准品模板建立荧光定量PCR标准曲线,并做敏感性和重复性试验。结果构建的荧光定量PCR标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,相关系数均在0.998以上。重复性实验中,6种虫体对应的变异系数(cv)最小值为0.18%,最大值为2.80%,试验间平均cv最小值为0.55%,最大值为1.94%,无非特异性扩增,溶解曲线的特异性和重复性良好。灵敏度实验中,可检出的最低模板浓度为1×102拷贝/μl,比常规PCR灵敏度高100倍。结论初步建立了SYBRGreenⅠ荧光定量PCR检测异尖线虫类病原体的方法 。     

SYBR Green荧光PCR检测美洲钩虫方法的建立

目的建立荧光定量PCR检测美洲钩虫的方法。方法提取虫体基因组DNA、根据GenBank中美洲钩虫ITS 2序列设计特异引物,PCR扩增ITS 2序列、克隆、测序和比对。常规PCR检验引物特异性。将ITS 2序列扩增产物回收、纯化后经T克隆转入大肠埃希菌DH5α,提取重组质粒,鉴定后作为标准品模板建立荧光定量PCR标准曲线,并做灵敏性和重复性试验。结果构建的荧光定量PCR标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,溶解曲线的吸收峰单一,实验重复性良好。结论成功构建了SYBR Green I荧光定量PCR检测美洲钩虫的方法,可用于快速、准确、定量检测美洲钩虫。     

日本血吸虫VCP基因的克隆表达及其在不同生活史期的mRNA表达水平

目的 目的 从原核表达日本血吸虫含缬酪肽蛋白 （VCP） 基因, 并分析其在不同生活史期的mRNA表达水平。方法 方法 提取日本血吸虫虫卵RNA, 逆转录为cDNA, PCR扩增日本血吸虫VCP基因, 亚克隆至原核表达载体pET15b; 重组质粒转 化入E. coli BL21, 异丙基硫代半乳糖苷 （IPTG） 诱导目的基因表达, 并采用包涵体纯化方法获取重组蛋白, 产物行十二烷基 硫酸钠?聚丙烯酰胺凝胶电泳 （SDS?PAGE） 进行分析鉴定。提取日本血吸虫尾蚴、 童虫、 雌虫、 雄虫、 虫卵RNA, DNase消化, 纯化后逆转录为cDNA, 采用荧光实时定量PCR分析VCP基因在上述生活史期的表达水平。结果 结果 PCR扩增获得日本血 吸虫VCP基因, 经重组质粒表达和包涵体纯化成功获得重组蛋白。荧光实时定量PCR检测发现, 日本血吸虫VCP基因在 尾蚴中的mRNA表达水平最高, 在童虫、 虫卵、 雄虫、 雌虫中表达水平较低。结论 结论 获得日本血吸虫VCP基因编码的重组 蛋白; 日本血吸虫VCP基因mRNA在尾蚴阶段表达水平最高, 在童虫、 虫卵、 雄虫、 雌虫中表达水平较低。。     

基于SYBR Green检测微小隐孢子虫的实时荧光定量PCR方法的建立及应用

目的建立一种方便快捷的检测微小隐孢子虫的实时荧光定量PCR（Real-time PCR）方法。方法根据GenBank公布的微小隐孢子虫18s rRNA基因序列设计1对引物,通过质粒DNA和卵囊检测标准曲线的绘制及特异性和重复性的研究,建立检测微小隐孢子虫的基于SYBR Green的Real-time PCR方法,进而对奶牛粪便进行检测。结果建立的Real-time PCR法对检测微小隐孢子虫具有很高的特异性,质粒DNA和卵囊的检测阈值分别达到1个拷贝和10个卵囊,奶牛粪便阳性率为25.93%（21/81）,高于普通PCR检测率20.99%（17/80）。结论建立的Real-timePCR方法简便、快速,特异性强,敏感度高,可用于微小隐孢子虫的快速定量检测。     

Real-time PCR法用于日本血吸虫感染宿主血清DNA的定量检测及其感染度的评价

目的以日本血吸虫高度重复序列-逆转录转座子SjR2为靶序列,建立TaqMan实时定量PCR法检测宿主血清中的日本血吸虫DNA用于评价感染度。方法以real-timePCR法检测不同感染度的家兔模型血清DNA。结果该法具有高度的敏感性和特异性,可以检测到44．7拷贝的重组质粒DNA。在感染家兔后的3d到7周血清中均能检测到血吸虫DNA,不同感染度早期检测的时间节点及其检测阈值分别为,家兔感染30条尾蚴（EPG=14）需在感染后2周才能检测到目的DNA,其含量为119．03拷贝,感染50条尾蚴（EPG=24）、感染100条尾蚴（EPG=48）则在感染后1周可检测到目的DNA,其含量分别为54．36拷贝和72．24拷贝,在家兔感染200条尾蚴（EPG=97）、感染500条尾蚴（EPG=232）最早在感染后3d即可检测到目的DNA,其含量分别为60．34拷贝和142．47拷贝。日本血吸虫感染宿主血清DNA水平与感染度呈正相关,即血清DNA浓度随感染度的增大而上升。结论本研究所建立的real-timePCR法可定量检测血清DNA动态变化并对日本血吸虫病诊断及感染度的评价具有潜在的应用价值,为日本血吸虫病诊断与疗效考核提供了新方法。     

日本血吸虫体表蛋白rSj29的保护性效果

目的 克隆表达日本血吸虫体表蛋白Sj29基因,分析其表达特性和免疫保护效果。 方法 根据日本血吸虫体表蛋白Sj29基因序列（GenBank登录号为AY814537）设计引物,PCR扩增目的基因,生物信息技术分析序列特性。将目的基因部分片段亚克隆到原核表达载体pET28c中,构建重组质粒pET28c-Sj29,将其转至大肠埃希菌后用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷（IPTG）诱导表达,组氨酸（His）柱亲和层析法纯化重组蛋白;蛋白质印迹(Western blotting)分析其免疫原性。30只雌性BALB/c小鼠均分3组,实验组每鼠皮下多点注射重组蛋白rSj29共100 μl（0.1 mg/ml,用206佐剂配制）、佐剂对照组和空白（PBS）对照组,分别免疫3次,每次间隔2周。末次免疫后2周用血吸虫尾蚴攻击感染小鼠,每鼠40±2条,感染后第53天剖杀,收集虫体计算减虫率;取肝脏和粪便计算减卵率。ELISA法检测实验鼠血清特异性IgG抗体水平,免疫组织化学法检测rSj29蛋白在各期虫体的定位,荧光定量PCR法分析各期虫体及攻击感染后42 d虫体Sj29基因表达水平。 结果 获得576 bp的Sj29基因。重组蛋白的相对分子质量（Mr）为22 900,以包涵体形式存在。Western blotting表明,重组蛋白可被免疫小鼠血清和感染日本血吸虫的小鼠血清识别。攻击感染后42 d,小鼠体内Sj29基因转录水平分别为佐剂对照组和空白对照组虫体的9.1倍和51.8倍。实验组小鼠成虫数（15.4±5.9）、肝组织虫卵数（40 143.3±2 995.9）和粪便虫卵数（3 803.9±110.9）与空白对照组相比,差异均有统计学意义（P<0.05）。ELISA结果显示,免疫小鼠可产生高滴度（1 ∶ 32 000）特异性IgG抗体。免疫组织化学结果表明,重组蛋白rSj29可在7、14 d童虫,28、32 d成虫和42 d雄、雌虫的体表表达。荧光定量PCR结果表明,虫龄为32 d的日本血吸虫成虫Sj29基因转录水平最高。 结论 重组蛋白rSj29有一定的免疫保护效果。     

日本血吸虫SCP/TAPS基因家族的生物信息学分析和克隆表达

目的以黄蜂Vv Vesv5蛋白为检索源检索日本血吸虫EST数据库,对检索出的序列进行生物信息学分析,并挑选出有代表性的基因进行克隆表达,为日本血吸虫SCP/TAPS家族蛋白的功能研究打下一定的基础。方法利用生物信息学软件对检索出的日本血吸虫SCP/TAPS家族蛋白进行生物信息学分析,经PCR确定后,以AAW24579为代表进行进一步的研究,将其命名为SjVAL2。根据SjVAL2的序列设计引物,通过RT-PCR扩增出全长编码区域,克隆到原核表达载体pET-28a（＋）中,在大肠埃希菌中诱导表达并纯化,免疫印迹实验（Western-blotting）鉴定纯化的重组蛋白。结果日本血吸虫SCP/TAPS家族中至少有17个不同的蛋白成员存在,多序列比对分析发现它们初步可以分为3个不同的亚组。以日本血吸虫成虫cDNA为模板RT-PCR扩增出SjVAL2序列,PCR、双酶切及DNA测序均证实pET-28a（＋）-SjVAL2重组质粒构建成功。SDS-PAGE结果表明,目的基因在大肠埃希菌中获得高效表达,重组蛋白能识别日本血吸虫感染的小鼠血清,说明其具有免疫反应性。结论日本血吸虫SCP/TAPS家族中至少有17个不同的蛋白成员存在,其中SjVAL2基因可在原核表达系统中高效表达,为进一步研究该家族蛋白的功能打下基础。     

日本血吸虫线粒体nad4基因部分序列的多态性研究

采用PCR技术及DNA序列分析技术对采自湖南省4个不同地区的日本血吸虫的线粒体NADH脱氢酶基因亚基Ⅳ（nad4）部分片段（pnad4）进行克隆及序列分析,获得480 bp的pnad4序列。与GenBank上的日本血吸虫相应基因序列进行比对,发现pnad4序列有一定的种内差异（0.4％～1.3％）。