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相似文献
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1.
目的构建基于代谢通路相关基因的乳腺癌预后预测模型并进行验证。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载乳腺癌患者的基因表达数据和临床信息, 然后从基因集富集分析(GSEA)网站提取所有代谢通路相关基因进行差异分析, 获得肿瘤和正常组织中的差异表达基因, 再利用单因素Cox和最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归分析筛选出与预后相关的差异代谢基因用于构建预后风险评分。根据风险评分的中位数, 将患者分为高危组和低危组, 利用Kaplan-Meier生存分析、受试者操作特征(ROC)曲线对预后模型进行效能评价, 并将此模型联合其他临床因素构建列线图, 对乳腺癌患者进行生存率预测。最后通过基因表达综合数据库进行验证。结果通过单因素Cox和LASSO回归分析最后共筛选出了6个代谢相关基因(NT5E、PAICS、PFKL、PLA2G2D、QPRT和SHMT2)用于模型构建。在训练集和验证集中, 预后风险评分均是乳腺癌的独立危险因素, Kaplan-Meier生存分析结果提示, 高危组患者的总生存率均显著低于低危组, 差异具有统计学意义(P<0.001)。并且ROC曲线分析结果表明, 该列线...  相似文献   

2.
目的全面分析肝癌的RNA结合蛋白和转录因子基因表达及免疫浸润对肝癌预后的预测价值。方法在癌症基因组图谱(TCGA)(n=365)、基因表达综合数据库GSE54236(n=78)和GSE14520(n=221)中筛选RNA结合蛋白和转录因子的共同基因集, 单因素Cox回归分析进行初筛, 通过LASSO-Cox构建生存回归模型, 通过标准化得到整合RNA结合蛋白和转录因子的复合指数CIRT, 根据其中位数将肝癌患者分为CIRThigh组(n=182)和CIRTlow组(n=182), 并分析两组免疫浸润等差异。结果共筛选出37个预后相关的RNA结合蛋白和转录因子基因, 通过LASSO-Cox构建基于其中7个最相关基因的预后预测模型。CIRThigh组患者的M1型巨噬细胞(P=0.032)、M2型巨噬细胞(P=0.009)、静息肥大细胞(P<0.001)、活化自然杀伤细胞(P=0.007)和静息记忆CD4+ T细胞水平较低(P<0.001), 而CIRTlow组的静息树突状细胞(P=0.048)、M0型巨噬细胞(P<0.001)、中性粒细胞(P=0.049)、滤泡辅助性T细...  相似文献   

3.
背景与目的:原发性肝癌(HCC)是最常见的预后较差的恶性肿瘤之一,其病因与发病机制尚未完全明了,因此,寻找HCC患者可靠的预后指标与生存生物标志物具有重要的临床价值。本研究通过生物信息学方法筛选HCC预后免疫相关基因,并构建基于免疫相关基因标签的预后风险评分模型,为HCC患者的预后评估及个体化治疗的临床决策提供依据。方法:从TCGA数据库获取HCC患者的临床信息以及RNA-seq数据(377个HCC样本和50个相邻的非癌组织样本)。在Immport数据库中下载免疫相关基因资料,使用R语言的limma包在HCC组织中筛选出差异表达的免疫相关基因。利用单变量和多变量Cox比例风险回归模型鉴定出与HCC患者(377个HCC患者中临床资料完整的344例)总体生存率(OS)密切相关的免疫相关基因,并以此构建基于基因标签的预后风险评分模型,对HCC患者预后风险进行评分。同时从上述模型样本中随机抽取50%的病例(172例)为验证样本行内部验证。用Kaplan-Meier方法分析高风险分与低风险分患者的生存状态,用ROC曲线以及C-index分析评估该风险评分的准确性。最后,分析该风险评分与HCC临床病理特征的关系,并采用单因素和多因素Cox回归分析,确定该风险评分作为独立预后因素的有效性。结果:在HCC的癌和癌旁组织中鉴定出329个差异表达的免疫相关基因,其中24个与HCC的OS有关(均P<0.001)。使用前向和后向选择算法进行了多变量Cox比例风险回归分析确定PSMD14、S100A11、FABP6、RBP2、LCNL1、FCN2、NDRG1、CSPG5和NR6A1为OS的9个高风险基因。按此9基因标签预后风险评分模型划分,模型样本中高风险分HCC患者OS明显差于低风险分HCC患者(P=1.715E-08),内部验证样本中得到验证结果相同(P=2.222E-05)。模型样本风险评分模型的ROC下曲线面积(AUC)在1、3年时分别为0.790和0.733,内部验证样本分别为0.799和0.743,C-index分析结果显示,模型样本以及验证样本的C-index分别为0.715(95% CI=0.683~0.829)和0.756(95% CI=0.668~0.762)。HCC的肿瘤分级,病理分期,T分期和新肿瘤事件的发生与风险评分明显有关(均P<0.05)。单因素和多因素Cox分析显示,风险评分是HCC的独立预后因素(单因素:HR=1.057,95% CI=1.041~1.074,P<0.001;多因素:HR=1.050,95% CI=1.033~1.067,P<0.001)。结论:通过TCGA数据库挖掘,鉴定出9个与HCC患者预后密切相关的免疫相关基因,且构建了基于9基因标签的预后风险评分系统,该系统有助于临床医生判断HCC患者预后和制定个性化的治疗方案。  相似文献   

4.
目的构建与膀胱癌预后相关基于内质网应激基因的临床基因模型。方法在分子特征数据库(MSigDB)中筛选到9 165个与内质网应激相关的基因集, 运用生物信息学技术对癌症基因图谱(TCGA)数据库中405个膀胱癌样本和25个正常膀胱组织样本的基因表达序列进行差异基因表达分析得到5 689个膀胱癌差异表达基因, 两者取交集得到1 556个基因, 然后进行WGCNA分析、STRING数据库及Cytoscape软件cytoHubba插件进行蛋白互作网络分析、LASSO回归分析、多因素Cox回归分析获取5个关键基因并构建风险模型预测膀胱癌患者的总生存期。后进行Kaplan-Meier生存分析及ROC分析以研究该模型的预测准确性。结果两者取交集后共得到1 556个与内质网应激相关膀胱癌差异表达基因, WGCNA分析得到158个与膀胱癌预后相关的差异表达基因。Cytoscape软件CytoHubba插件计算每个基因的Degree评分, 提取Top50的差异表达基因并进行LASSO回归分析、多因素Cox回归分析得到5个关键基因:KIF2C、TEAD4、DARS2、VEGFA、CTHRC1, 并构建预后风...  相似文献   

5.
目的本研究通过生物信息学方法确定通过上皮-间充质转化(EMT)调控影响结直肠癌远处转移的关键基因, 并探究分子机制和预后。方法通过分析Enrichr数据库中的基因组, 获得EMT和转移性结直肠癌之间共同表达的枢纽基因。基因表达谱数据动态分析(GEPIA)被用来分析识别关键基因。利用多个生物信息数据库公布的数据, 分析关键基因在结直肠癌中的表达和功能富集。利用癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达谱数据库(GEO)探讨关键基因与结直肠癌病理特征和预后之间的关系, 并利用京都基因和基因组百科全书(KEGG)探究可能存在的通路及分子机制。结果两个关键基因P21活化激酶1(PAK1)和转化生长因β3(TGFB3), 分析与预后及病理特征关系。结果显示, PAK1低表达组的总体生存率低于高表达组[风险比(HR)=0.641, P<0.05], TGFB3高表达组的总体生存率低于低表达组(HR=1.561P<0.05)。TGFB3的表达水平与结直肠癌的M分期(t=6.314, P<0.05)、病理分期(t=4.368, P<0.05)和N分期(t=5.843, P<0....  相似文献   

6.
目的探讨免疫相关长链非编码RNA(lncRNA)预测肝癌(HCC)患者预后生存情况。方法从癌症基因组图谱(TCGA)及Imlnc数据库获取与肝癌中差异表达且免疫相关的lncRNAs, 构建加权的共表达网络后使用模块挖掘法挖掘肝癌相关模块, 从模块中筛选肝癌预后相关的lncRNA。将肝癌患者样本等量分为训练集和测试集, 基于训练集数据构建风险评分模型, 基于训练集和测试集样本验证模型的有效性, 并结合临床特征分析验证模型的稳定性。使用Lasso回归构建预后模型, Kaplan-Meier生存分析对比高低风险组预后、单因素和多因素Cox回归鉴定肝癌预后危险因素。结果本研究构建了由7个lncRNA构成的肝癌预后模型, 根据模型风险评分将患者分为高风险组和低风险组, 对肝癌患者1、3、5年生存预测的AUC值分别为0.76、0.68和0.62。高风险组总体生存时间在年龄>60岁[风险比(HR)=2.432, P<0.05)、男(HR=2.383, P<0.05), 女(HR=2.396, P<0.05)、肿瘤T1~T2分级(HR=2.320, P<0.05)、肿瘤分...  相似文献   

7.
目的基于单细胞组学分析肝内胆管癌(ICC)根治性切除术后患者的生存获益。方法本研究为回顾性病例系列研究。整合基因表达综合数据库中4个数据集的ICC单细胞测序结果, 共获得46例患者根治性切除样本, 探索ICC微环境的特征。同时分析附有生存数据的EMBI数据库共100例ICC组织芯片数据, 通过ssGSEA算法计算芯片数据每个样本中各个上皮细胞亚群的浸润丰度, 探索与患者较差预后相关的关键上皮细胞亚群, 并研究该亚群关键标志(marker)基因的临床价值。通过单因素与多因素 Cox 比例风险模型筛选预后相关marker基因, 使用目标基因构建 Cox比例风险模型并绘制列线图, 使用Kaplan-Meier 生存分析验证评分与患者预后的关系, 通过受试者工作特征(ROC)曲线、校准曲线及决策曲线(DCA)对模型预测效能进行评估。结果上皮细胞亚群几乎仅在肿瘤组织中浸润。表达MT2A的上皮细胞亚群与患者更差的预后相关且浸润丰度很高, 以该亚群浸润为特征的患者被定义为抗氧化型。经单因素与多因素Cox比例风险模型筛选该亚群的marker基因, 其中filp1l、nakbia、peg10、serpi...  相似文献   

8.
9.
背景与目的:肝细胞癌(HCC)是肝癌中最常见的种类,HCC患者的预后生存情况较差,其有效的预后预测也面临巨大挑战。许多研究已证实E2F基因家族和免疫微环境相关的基因标志物是癌症的重要预后因素,因此,本研究利用TCGA数据库筛选E2F基因家族和免疫微环境相关的HCC基因标志物,建立新的HCC风险评分模型,并预测HCC潜在治疗靶点。方法:TCGA数据库中下载大型HCC (LIHC)队列(424例样本)。进行了基因集富集分析、基因集单样本富集分析和基因集单样本富集分析分数聚类后的基因表达差异分析,通过Lasso回归筛选标志基因并建模,根据模型计算患者得分并将患者分为高风险组和低风险组。使用受试者工作特征曲线(ROC)、Kaplan-Meier生存曲线、Cox回归分析等多种统计学方法以验证模型的可靠性。所有统计分析均使用R语言软件。最后在Cbioportal数据库查询风险模型的标志基因在TCGA-HCC样本中的基因变异情况,从String数据库中下载蛋白互作信息并用Cytoscape软件进行可视化分析。结果:确认了与HCC密切相关的E2F靶点基因组和免疫相关差异基因后,从中筛选到了与HCC患者...  相似文献   

10.
目的:探讨炎症相关基因对前列腺癌(PCa)患者预后的影响。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载PCa患者的临床资料和mRNA测序数据,分子特征数据库(MSigDB)下载炎症相关通路基因。通过单因素回归和LASSO回归分析筛选炎症基因构建预后风险模型,多因素回归分析筛选PCa独立预后因素构建列线图。根据列线图计算患者的风险评分,并以中位值分为高、低风险评分两组,识别差异表达基因进行富集分析。最后通过免疫组化染色验证PCa组织芯片中SPHK1的表达水平。结果:从172个候选基因筛选19个炎症相关基因构建预后风险模型,其中CD14、PIK3R5、GABBR1、RELA、IRF7、SCARF1、MSR1、SPHK1、OSM和STAB1是风险基因,AQP9、LPAR1、ATP2C1、NDP、CXCL6、P2RY2、DCBLD2、PCDH7和IFNAR1是保护基因。Kaplan-Meier分析显示高炎症评分组患者无复发生存期明显低于低炎症评分组患者,高风险评分患者的预后较低风险评分差。差异表达基因主要参与炎症通路的激活。免疫组化结果提示SPHK1在肿瘤组织中的表达高于正常组织,且随Glea...  相似文献   

11.
目的探讨Krüppel样因子4(KLF4)和骨桥蛋白(OPN)在结直肠癌组织的表达水平及其与结直肠癌患者临床病理特征和预后的关系。方法收集2017年1月至2022年12月丽水市人民医院收治的130例结直肠癌组织和对应癌旁组织标本, 采用免疫组织化学法检测KLF4蛋白和OPN蛋白在上述组织的表达, 应用χ2检验比较KLF4蛋白、OPN蛋白的表达及其与结直肠癌临床病理特征的关系。结果 KLF4蛋白在结直肠癌组织中表达率为32.31%(42/130), 明显低于对应癌旁组织[77.69%(101/130)], 两者差异有统计学意义(χ2=54.095, P<0.01)。KLF4表达水平与结直肠癌患者浸润深度、淋巴结转移、TNM分期、组织学分化程度明显相关(χ2=4.796、5.461、7.718、5.128, P<0.05), KLF4表达水平与结直肠癌患者性别、年龄、肿瘤部位无相关(χ2=0.001、0.018、0.030, P>0.05)。OPN蛋白在结直肠癌组织中表达率为47.69%(62/130), 明显高于对应癌旁组织[16.15%(21/130)], 两者比较差...  相似文献   

12.
目的探讨甲状腺激素受体相互作用蛋白6(TRIP6)和细胞分裂周期蛋白42(Cdc42)在结直肠癌组织中的表达, 及其与结直肠癌临床特征和预后的关系。方法收集2018年6月至2022年11月广东医科大学附属医院病理学确诊的112例结直肠癌组织标本和癌旁组织标本, 采用免疫组织化学法检测上述组织中TRIP6和Cdc42表达, 采用χ2检验分析两者的表达与结直肠癌临床病理参数及预后的关系。结果 TRIP6在结直肠癌组织中表达率明显高于癌旁组织[60.71%(68/112)比14.29%(16/112)], 两者差异有统计学意义(χ2=51.505, P<0.01)。Cdc42在结直肠癌组织中表达率明显高于癌旁组织[52.68%(59/112)比10.71%(12/112)], 两者比较差异有统计学意义(χ2=45.551, P<0.01)。TRIP6表达水平与结直肠癌患者淋巴结转移、TNM分期、浸润深度明显相关(χ2=4.385、5.499、6.220, P<0.05), TRIP6表达水平与结直肠癌患者性别、组织学分化程度、年龄、肿瘤部位无明显相关(χ2=0.019、0....  相似文献   

13.
目的:探讨上皮-间充质转化(EMT)关键基因与结直肠癌(CRC)预后的关系,构建个体化预后风险评分模型。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达数据库(GEO)分别获取416例和532例信息完整的CRC样本数据,从基因集富集分析(GSEA)数据库下载200个EMT相关基因。分析TCGA的测序数据得到肿瘤和正常组织中...  相似文献   

14.
目的 :探讨抗氧化相关长链非编码RNAs(lncRNAs)预后风险评分模型对胃癌患者预后的判断价值以及与免疫微环境的关系。方法:通过TCGA数据库下载胃癌转录组数据和临床信息。通过lnc RNAs和抗氧化基因的共表达分析得到抗氧化相关lncRNAs。使用单因素cox回归分析和lasso回归分析筛选并构建风险评分。采用Log-Rank检验比较两组间的生存差异。应用受试者工作特征(ROC)曲线评估预后风险模型对患者预后判断的特异性及敏感度。结合风险评分和临床参数构建列线图。TIMER2.0在线评估每个样本的免疫细胞浸润情况。TIDE网站在线分析每个样本对免疫治疗敏感性。结果:通过单因素cox回归分析和lasso回归分析构建了一个包括12个lncRNAs的风险评分。风险评分是患者预后的独立影响因素[HR=5.406(3.131~9.335),P<0.001]。风险评分与多种抑制性免疫细胞浸润呈正相关(M2型巨噬细胞、肿瘤相关成纤维细胞)。同时发现,高风险组存多种免疫检查点基因的异常表达,TIDE评分更高,提示高风险组对免疫治疗更敏感。结论:基于抗氧化相关lncRNAs风险评分和临床参数...  相似文献   

15.
目的探究激活素A受体Ⅰ型(ACVR1)在胃癌中的表达、预后预测价值及临床意义。方法通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载375例胃癌转录组数据、32例正常胃组织转录组数据及临床相关参数, 利用Wilcoxon秩和检验分析ACVR1 mRNA的表达差异, 采用卡方检验分析ACVR1表达量与临床病理特征的相关性。通过基因表达交互网站(GEPIA)及单多因素回归分析胃癌患者预后影响因素。其中, 采用Cox回归模型进行单因素和多因素分析。同时, 通过R语言分析ACVR1基因的相关通路, 探索其在胃癌中的潜在机制。结果 ACVR1在胃癌组织中的mRNA表达量显著高于正常组织[4.673(4.247, 5.087)比3.699(3.332, 4.426), Z=16.6, P<0.01], 其表达量与肿瘤浸润深度呈正相关(χ2=11.521, P<0.01);TCGA数据库分析显示胃癌组织中ACVR1高表达患者预后差(LogrankP<0.01);多因素分析结果显示ACVR1表达(风险比=1.639, 95%可信区间:1.102~2.436, P<0.05)是影响胃癌预后...  相似文献   

16.
目的 筛选新的结直肠癌相关基因并初步验证,探讨结直肠癌的发生、发展机制.方法 在以往研究的基础上,采用基因芯片对既往发现的杂合缺失区域( 10q23.31-24.33)进行扫描,筛选结直肠癌相关候选基因,用real-time PCR初步分析候选基因的表达情况.扩大样本量,通过RT-PCR、免疫组化和Western blot的方法对筛选结果进行初步验证,并结合临床资料分析所筛选基因与结直肠癌发生的关系.结果 基因芯片显示10q23.31-24.33区域磷脂酶Cε1(phospholipase C,epsilon-1,PLCE1)、CPEB3、NKX2-3、SEMA4G 4个基因表达下调,real-time PCR与芯片结果基本一致.RT-PCR、免疫组化和Western blot结果显示PLCE1基因在46%结直肠癌组织中表达下调,年龄<60岁和低分化腺癌与该基因表达下调相关(P<0.05),其他临床病理因素与该基因表达下调无明显相关性.结论 PLCE1基因表达下调与结直肠癌的发生相关.PLCE1基因可能对结直肠癌的发生起抑制作用.  相似文献   

17.
目的 探讨人结直肠癌组织中nm23-H1表达及其与临床病理因素的关系。方法 应用逆转录PCR及免疫组织化学(免疫组化)方法,分别测定30例结直肠癌手术切除标本及癌旁2、5cm组织和远端正常对照组织的nm23-H1 mRNA以及蛋白表达水平,分析nm23-H1与结直肠癌临床病理因素的关系。结果 结直肠癌中nm23-H1 mRNA的低表达与淋巴结转移及Dukes分期明显相关(P<0.05)。nm23-H1蛋白表达水平与结直肠癌中淋巴结转移、分化程度、Dukes分期呈明显的负相关(P<0.05),并同基因转录水平一致。结论 nm23-H1的降表达是结直肠癌转移中的重要的分子生物学事件,检测结直肠癌中nm23-H1的表达情况对评估患者的预后可能具有意义。  相似文献   

18.
目的:探讨结直肠癌组织中黑色素瘤缺乏因子2(AIM2)和赖氨酰氧化酶(LOX)表达与临床病理参数及预后的关系。方法:对2010年10月—2014年2月收治的98例结直肠癌患者进行研究,检测结直肠癌组织及癌旁组织中AIM2和LOX的表达,分析AIM2和LOX表达与临床病理参数的相关性,Kaplan-Meier生存曲线分析不同AIM2、LOX表达患者总生存率的差异,Cox比例风险回归模型分析结直肠癌患者预后的影响因素。结果:与癌旁组织相比,结直肠癌组织中AIM2表达下调,而LOX表达上调(P<0.05)。AIM2表达与TNM分期和肿瘤分化程度相关(P<0.05),而LOX表达与肿瘤浸润深度、TNM分期和淋巴结转移相关(P<0.05)。AIM2阳性患者的生存率明显高于AIM2阴性患者(P<0.05),而LOX阳性患者的生存率明显低于LOX阴性患者(P<0.05)。Cox比例风险回归分析结果显示,TNM分期、AIM2和LOX表达是结直肠癌患者预后的独立影响因素(P<0.05)。结论:结直肠癌组织中AIM2表达下调而LOX表达上调,并与结直肠癌的进展和患者的预后有关,检测AIM2、LOX有助于患者的预后评估。  相似文献   

19.
目的探究Galon免疫评分联合围术期营养风险筛查量表(NRS 2002)对结直肠癌患者术后预后的预测价值。 方法回顾性分析2014年10月至2016年10月接受结直肠癌根治术的97例原发性结直肠癌患者资料。采用统计软件SPSS 21.0进行数据分析,利用Kplan-Meier法及Cox回归模型分析围手术期NRS评分及原发灶Galon免疫评分与结直肠癌患者术后预后的关系及与临床病理特征间的相关性。采用ROC曲线检验联合评分预测模型对结直肠癌患者术后总生存的预测价值,并行Kplan-Meier分析预后,P<0.05为差异有统计学意义。 结果97例入组患者术后1、2、3年累计总生存率分别为95.9%、89.7%、70.1%。围术期NRS评分0分组患者3年总生存率>1分组>2分组(Log-rank χ2=19.337,P=0.000)。原发灶Galon免疫评分0分组患者3年总生存率<1分组<2分组<3分组<4分组(Log-rank χ2=30.511, P=0.000)。围术期NRS评分联合Galon免疫评分预测结直肠癌术后预后的诊断价值高于单个评分,其AUC值为0.785,灵敏度为65.93%,特异度为84.12%,约登指数为0.501。低危组患者术后3年总生存率优于高危组(Log-rank χ2=12.517, P=0.000)。 结论围手术期营养评分联合肿瘤免疫评分对结直肠癌患者预后具有较高预测价值,可在临床中推广应用。  相似文献   

20.
目的探讨细胞周期数依赖性蛋白激酶4(CDK4)和三结构域蛋白58(TRIM58)在结直肠癌组织中的表达变化, 及其在结直肠癌发生发展中的作用和对患者预后的影响。方法收集广东医科大学附属医院2020年3月至2022年11月病理确诊的117例结直肠癌组织标本和癌旁组织标本, 采用免疫组织化学法检测以上组织中TRIP6和TRIM58表达, 采用χ2检验分析分析CDK4和TRIM58表达与结直肠癌临床病理因素及预后的相关性。结果 CDK4在结直肠癌组织中阳性表达率为63.25%(74/117), 明显高于癌旁组织中阳性表达率35.04%(41/117), 差异有统计学意义(χ2=18.621, P<0.01)。CDK4表达水平与结直肠癌患者淋巴结转移、组织学分化程度、TNM分期(TNM stage)、浸润深度明显相关(χ2=4.836、5.376、6.228、6.935, P<0.05), CDK4表达水平与结直肠癌患者性别、年龄、肿瘤部位无明显相关(χ2= 0.002、0.163、0.022, P>0.05)。TRIM58在结直肠癌组织中阳性表达率为33.33%(39/11...  相似文献   

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