基于生物信息学筛选肝细胞癌预后生物标志物

目的 通过生物信息学筛选出肝细胞癌(HCC)与正常组织的差异表达基因(DEGs),探索HCC预后生物标志物。方法 从公共基因数据库(GEO)筛选并下载3个微阵列数据集GSE101685、GSE84402和GSE62232,通过GEO2R在线分析平台对得到的基因芯片进行分析,可以得到癌组织与非癌组织的DEGs,利用DAVID数据库进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,应用STRING绘制出蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,导入Cytoscape软件用CytoHubba插件筛选出排名前10位的核心基因,通过Kaplan-Meier Plotter对每个核心基因进行生存分析,并绘制生存曲线,再通过GEPIA数据库进行表达量分析,进一步分析核心基因所涉及的信号通路。结果 数据集GSE101685、GSE84402、GSE62232分别筛选出459、471和292个DEGs。Venn图显示GSE101685、GSE84402和GSE62232数据集共同表达的DEGs有169个,其中上调DEGs 43个,下调DEGs 126个,通过上述相应分析,筛选...     

头颈部鳞状细胞癌差异表达基因的生物信息学分析

目的:采用生物信息学技术挖掘头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)差异表达基因(DEGs)和信号通路,为HNSCC的治疗寻找新的治疗靶点.方法:从基因表达综合(GEO)数据库下载基因芯片数据集GSE6631,利用GEO2R筛选DEGs.采用注释、可视化和整合发现数据库(DAVID)对DEGs进行基因本体论(GO)富集分析和京都...     

基于生物信息学和机器学习筛选肌少症的生物标志物

目的通过生物信息学与机器学习识别肌少症患者的特征基因, 并探索特征基因在肌少症中的诊断价值。方法从高通量测序数据库下载与肌少症相关的编号为GSE25941、GSE38718与GSE9103的基因芯片数据, 筛选肌少症相关的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)。使用基因本体论功能注释与京都基因与基因组百科全书富集分析对DEGs进行相关功能分析, 用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络, 利用最小绝对值收敛和选择算子回归模型与随机森林分析识别肌少症的生物标志物, 并通过受试者工作特征曲线评估特征基因的诊断效能。在GSE28422外部验证数据集中进一步验证肌少症生物标志物的表达水平。最后运用分析工具CIBERSORT进行免疫细胞浸润分析。结果本研究共识别出124个DEGs, DEGs主要参与生长因子受体结合和细胞因子活性。京都基因与基因组百科全书分析发现, DEGs主要参与的信号通路有过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、脂肪细胞因子信号通路、Janus激酶/信号转导和转录活化因子和腺苷酸活化蛋白激酶信号通路等。基于机器...     

恶性肺结节差异表达基因的生物信息学分析

目的 应用生物信息学方法挖掘恶性肺结节的相关基因,为恶性肺结节诊断和治疗提供靶点。方法 从GEO (Gene Expression Omnibus) 数据库中下载基因芯片数据集GSE108375和GSE27489,利用GEO2R筛选恶性肺结节的差异表达基因 (DEGs)。应用DAVID数据库进行GO和KEGG通路富集分析,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络和关键基因模块,筛选恶性肺结节关键基因。运用UCSC和ONCOMINE数据库中的临床组织样本验证靶基因与肺癌的关系。结果 初筛出62个DEGs,富集分析发现差异基因在细胞粘附、细胞迁移、受体激活、信号转导等方面存在显著富集。共筛选出ITGB2、RAC2、CD44、PECAM1、HCK、DOCK2、WAS、MYO1F、AIF1 9个恶性肺结节靶基因,经临床肺癌组织样本验证靶基因在肺癌组织中存在显著高表达。结论 通过生物信息学筛选出9个靶基因,表明其可能是恶性肺结节发病机制、临床诊断和治疗的研究靶点。     

基于基因表达数据库（GEO）的大鼠中暑神经损伤mRNA表达差异分析

目的 基于基因表达数据库（GEO）分析大鼠中暑神经损伤的基因表达差异，探讨lncRNA-miRNA-mRNA共表达调控网络（ceRNA网络）参与中暑神经损伤的作用。方法 通过GEO数据库检索中暑相关数据集GSE64778获得差异表达基因（differential expression genes,DEGs），结合GeneCards和CTD数据库检索中暑相关靶基因，取交集筛选获得候选靶基因。采用R语言对中暑相关候选靶基因进行GO和KEGG富集分析；进一步STRING数据库构建靶基因的交互作用网络图，并对关键基因进行相关性分析获得核心基因。通过RNAInter、miRWalk及RAID2数据库对候选靶基因的上游miRNA进行预测，再利用miRDB数据库预测与lncRNA靶向结合的miRNA，筛选并构建lncRNA-miRNA-mRNA共表达调控通路。结果 GSE64778数据集的SRA数据筛选，共获得1 178个DEGs，其中322个上调，856个下调。GeneCards数据库筛选到2 914个基因，CTD数据库筛选到2 377个基因。将GSE64778数据集差异表达排名前300的基因，与...     

RECK基因在子宫内膜异位症中的表达及临床意义

目的:探讨RECK基因在子宫内膜异位症发病机制中的作用及意义。方法:采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术在40例异位内膜,24例在位内膜,20例正常内膜组织中检测RECK基因的表达。结果:RECK基因在正常内膜中表达量高于在位内膜,在位内膜的表达量高于异位内膜,增生期表达量低于分泌期,且随着临床分期的进展而表达量减少(P0.05)。结论:RECK基因与子宫内膜异位症的发生发展密切相关。     

乳腺癌雌激素调控基因1 rs 13394619位点单核苷酸多态性与子宫内膜异位症易感性的关系

目的探究乳腺癌雌激素调控基因1(growth regulation by estrogen in breast cancer 1,GREB 1)rs13394619位点基因多态性与子宫内膜异位症易感性的相关性。方法选择2017年10月至2019年7月邯郸市中心医院69例子宫内膜异位症患者为研究对象,另选取60例子宫内膜正常者为对照组,实时荧光定量PCR法检测血清GREB 1表达水平,提取血清基因组DNA,聚合酶链式反应-限制性片段多态性法检测GREB 1 rs13394619位点基因分型,Hardy-Weinberg平衡检验群体代表性;分析血清中GREB1表达、rs 13394619位点基因分型与病情严重程度的关系;Logistic回归分析rs 13394619位点基因分型与子宫内膜异位症易感性的相关性。结果与对照组相比,子宫内膜异位症组患者血清GREB 1表达显著升高;与子宫内膜异位症轻度组相比,中重度组患者血清GREB 1表达量显著升高,差异有统计学意义(P<0.05)。两组受试者GREB 1 rs 13394619位点符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律;子宫内膜异位症组G等位基因频率高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。子宫内膜异位症不同严重程度患者GREB 1 rs 13394619位点基因型频率比较,差异无统计学意义(P>0.05);Logistic回归分析显示GG、GA基因型携带者发生子宫内膜异位症相对危险系数为AA型的1.700倍和1.321倍,G基因携带者发生子宫内膜异位症相对危险系数为A等位基因的1.923倍。结论GREB 1 rs13394619位点多态性与中国北方女性子宫内膜异位症易感性有关,rs 13394619位点可能为功能性单核苷酸多态性,G基因携带者发生子宫内膜异位症风险较高。     

基于生物信息学分析癫痫脑内星形胶质细胞炎性激活机制

目的 挖掘癫痫脑内星形胶质细胞异常炎性激活的关键信号分子,为进一步阐明神经免疫促痫机理提供生物信息学基础。方法 NCBI GEO数据库获取癫痫动物模型（GSE73878）和星形胶质细胞炎性激活细胞模型（GSE73022）基因芯片结果,GEO2R在线筛选共有差异表达基因（DEGs）,DAVID数据库进行GO功能模块和KEGG通路富集分析,STRING数据库和Cytoscape软件构建DEGs蛋白质互作网络,多算法筛选Hub基因,最后利用GEPIA数据库在易发癫痫的低级别胶质瘤患者中验证。结果 两芯片交集共获得72个DEGs,主要富集在调控免疫反应、细胞因子活力等过程,病毒感染类似信号、Toll样受体信号等通路;59个基因可构成大的蛋白互作网络,其中24个基因组成核心模块,多算法筛选结合GEIPA数据库发现Gbp3、Ifit3、Irf7、Stat1是Hub基因。结论 癫痫脑内星形胶质细胞异常炎性激活与Gbp3、Ifit3、Irf7、Stat1等基因关系密切,其可能是调控癫痫脑内神经免疫促痫过程的新靶点。     

子宫内膜异位症的遗传学研究进展

子宫内膜异位症是育龄期常见的妇科疾病, 表现为痛经、不孕, 严重影响女性的身心健康, 其发病机制尚未明确。研究表明子宫内膜异位症是多因素病因所致, 其中遗传在子宫内膜异位症发病机制中起重要作用。遗传关联研究从功能候选基因到全基因组水平发现了多个与该疾病发生、发展相关的遗传易感性位点。此外, 表观遗传学也可能参与了子宫内膜异位症的发生和发展。本文从激素调节、免疫炎症、黏附、侵袭和血管生成等相关的基因入手, 总结了与子宫内膜异位症相关的遗传学研究进展。子宫内膜异位症遗传学的研究将有助于理解其发生、发展机制, 发现新的治疗靶点, 为子宫内膜异位症的诊断、治疗提供理论基础。     

综合生物信息学分析探索与哮喘严重程度相关的生物标志物

本研究利用综合生物信息学方法寻找能够预测哮喘严重程度的新生物标志物。于2022年6至12月, 在武汉大学中南医院过敏反应科开展并完成该临床医学研究。从高通量基因表达(Gene Expression Omnibus, GEO)数据库中筛选并下载基因芯片数据集GSE43696, 使用R语言"affy"包和"rma"算法完成基因芯片数据预处理。利用"edgeR"包和"limma"包筛选出正常对照者、轻中度哮喘患者和重度哮喘患者两两之间的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs), 然后用"clusterProfiler"包对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析, 最后用STRING网站构建差异表达基因的蛋白-蛋白互作(protein-protein interaction, PPI)网络, 进一步筛选差异表达基因。使用R语言"WGCNA"包对数据集GSE43696进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA), 筛选出与哮喘严重程度显著相关的模...     

血管生成素-1及受体Tie-2在子宫内膜异位症中的表达及意义

目的:探讨血管生成素-1(angiopoietin-1,ANGPT-1)及受体Tie-2在子宫内膜异位症(内异症)发生发展中的作用。方法:采用免疫组织化学SP法及电子计算机图像分析技术,分析30例子宫内膜异位症患者的异位和在位内膜中ANGPT-1和Tie-2的表达,并以30例正常子宫内膜作对照组。结果:ANGPT-1、Tie-2在3组内膜的血管内皮细胞、腺上皮及间质细胞中均有表达,主要定位于细胞质。子宫内膜异位症异位内膜和在位内膜中ANGPT-1和Tie-2呈高表达状态,与正常内膜相比,差异有高度显著性(P<0.01)。异位内膜和在位内膜相比,ANGPT-1的表达强度无差异(P>0.05);Tie-2在异位内膜的表达明显高于在位内膜,差异有高度显著性(P<0.01)。ANGPT-1和Tie-2在在位内膜和正常内膜中的表达均随月经周期呈周期性改变,在位内膜中ANGPT-1分泌期的表达强度高于增殖期(P<0.01),Tie-2则是增殖期明显高于分泌期(P<0.01)。正常对照组中ANGPT-1和Tie-2的表达均是增殖期高于分泌期。结论:子宫内膜异位症患者的异位和在位内膜中ANGPT-1和Tie-2的高表达可能在内异症的发生、发展中起重要作用。     

MTA1在子宫内膜异位症中的表达及意义

目的:研究MTA1在子宫内膜异位症中的表达及意义。方法:应用免疫组化方法对30例子宫内膜异位症在位内膜,异位内膜及20例正常内膜组织进行MTA1的表达检测。结果:正常内膜MTA1阳性率为30.0%(6/20),异位内膜阳性表达率53.3%(16/30),在位内膜阳性表达率73.3%(22/30),在位内膜与正常内膜MTA1表达阳性率比较有统计学差异(P=0.002),正常内膜与异位内膜MTA1表达阳性率比较无统计学差异(P=0.103),在位内膜与异位内膜MTA1表达阳性率比较无统计学差异(P=0.108),MTA1在各组间增生期及分泌期表达阳性率比较,无统计学差异(P>0.05)。结论:MTA1在在位内膜中的过度表达在子宫内膜异位症发生、复发过程中可能起一定的作用,这将为子宫内膜异位症的治疗和预后判断提供新的线索。     

子宫内膜异位症患者子宫内膜中瘦素的表达及意义

目的:探讨瘦素(Leptin)与子宫内膜异位症发病的关系。方法:采用抗生物素蛋白-过氧化物酶(SP)法对子宫内膜异位症患者的在位和异位子宫内膜(各30例)进行瘦素检测,取30例正常子宫内膜作对照。结果:正常子宫内膜和内异症在位及异位内膜中均有瘦素表达,在位内膜中Leptin表达强于对照组子宫内膜(P<0.05)。结论:瘦素可能对子宫内膜异位症的发生、发展起促进作用。     

HLA-DR和ICAM-1在子宫内膜异位症发病机制中的研究

目的:检测子宫内膜异位症(EM)患者在位和异位子宫内膜中HLA-DR(人类白细胞抗原DR分子)及ICAM-1(细胞粘附分子-1)的表达,探讨它们在EM免疫发病机制中的意义。方法:采用免疫组织化学(SP)法分别测定EM患者在位和异位内膜及正常对照组子宫内膜中HLA-DR和ICAM-1的表达。结果:HLA-DR和ICAM-1在EM患者的异位内膜表达较在位内膜及正常对照组子宫内膜强,差异有统计学意义(P<0.05);HLA-DR和ICAM-1在在位内膜和正常对照组子宫内膜中的表达比较,差异无统计学意义(P>0.05);HLA-DR和ICAM-1在在位子宫内膜的表达呈周期性变化,增生期表达高于分泌期,二者比较差异有统计学意义(P<0.05);正常组子宫内膜的表达在增生期高于分泌期,但差异无统计学意义(P>0.05);HLA-DR和ICAM-1在异位内膜和在位内膜的表达均呈正相关,即同向表达。结论:HLA-DR、ICAM-1在EM患者异位内膜中的表达升高。这些异常变化导致EM患者腹腔局部免疫微环境发生变化,促进了EM的发生发展。     

VEGF及nm23在子宫内膜异位症中的表达及意义

目的:探讨VEGF及nm23在子宫内膜异位症发生、发展中的作用。方法:采用免疫组织化学方法对40例卵巢子宫内膜异位症异位内膜组织、35例在位内膜及30例正常内膜组织中VEGF和nm23的表达情况进行检测。结果:VEGF在异位内膜中的表达率达82.5%,显著高于在位内膜(62.8%)及正常内膜(36.67%);且两两相比较差异均有统计学意义;nm23在异位内膜中的表达率为42.5%,表达强度显著低于在位内膜(77.14%)及正常内膜(93.33%);异位内膜与在位内膜相比差异有统计学意义;VEGF与nm23在异位内膜中的表达无相关(γ=-0.136,P>0.05)。结论:VEGF与nm23在子宫内膜异位症的发生、发展中起重要作用。     

MIF及nm23在卵巢子宫内膜异位症中的表达

目的:探讨MIF及nm23在卵巢子宫内膜异位症发生、发展中的作用及两者的相关性。方法:采用免疫组织化学法对40例卵巢子宫内膜异位症患者的异位内膜组织及其中35例患者的在位内膜组织和30例正常内膜组织中MIF和nm23的表达情况进行检测。结果:MIF在异位内膜组织中的表达率为77.50%,显著高于在位内膜组织及正常内膜组织,两两比较差异有统计学意义(P<0.05);nm23在异位内膜组织中的表达率为42.50%,显著低于在位内膜组织及正常内膜组织(P<0.05),而正常内膜组织与在位内膜组织比较差异无统计学意义(P>0.05);MIF与nm23在异位内膜组织中的表达呈负相关(γ=-0.385,P<0.05)。结论:MIF与nm23在卵巢子宫内膜异位症的发生、发展中起重要作用。     

c-kit及其配体干细胞因子在子宫内膜异位症中的表达及意义

目的:探讨c-k it受体及干细胞因子(stem cell factor,SCF)在子宫内膜异位症(Endom etriosis,EM s)患者的异位和在位内膜组织中的表达。方法:采用免疫组化SABC法检测32例EM s患者异位内膜(异位内膜组)及在位内膜组织(在位内膜组)c-k it和SCF的表达,并与30例非EM s患者在位内膜(对照组)进行比较。结果:①异位和在位内膜组中,c-k it阳性表达平均光密度(MOD)分别为0.42±0.09和0.37±0.07,两者比较差异无统计学意义(P>0.05),但均高于对照组的0.28±0.07(P<0.05)。②异位和在位内膜组中,SCF阳性表达分别为0.27±0.07和0.24±0.09,两者比较差异无统计学意义(P>0.05),均高于对照组的0.15±0.04(P<0.05)。③c-k it和SCF在异位内膜组增生期和分泌期比较差异无统计学意义(P>0.05);在在位内膜组和对照组的分泌期高于增生期(P<0.05);c-k it和SCF在位内膜组分泌期和增殖期的表达均高于对照组同期水平(P<0.05)。④c-k it和SCF在异位内膜组Ⅰ/Ⅱ期与Ⅲ/Ⅳ期中的表达差异无统计学意义(P>0.05)。结论:c-k it/SCF在内异症患者异位和在位内膜中的表达增强,提示c-k it/SCF可能在子宫内膜异位症的发生、发展中起重要作用。     

CD44v6、ICAM-1与E-cadherin在子宫内膜异位症中的表达及意义

目的:研究子宫内膜异位症(EM)患者在位和异位内膜粘附分子CD44拼构变异体6(CD44v6)、细胞间粘附分子-1(ICAM-1)和细胞钙粘附素E(E-cadherin)表达及其在EM发病机制中的作用。方法:采用S-P免疫组化染色法对30例子宫内膜异位症患者的异位内膜、在位内膜与30例正常子宫内膜进行CD44v6、ICAM-1和E-cadherin检测。结果:①异位内膜组CD44v6、ICAM-1表达明显升高,差异有统计学意义(P<0.05),E-cadherin表达明显降低,差异有统计学意义(P<0.05);②在位内膜组CD44v6、ICAM-1和E-cadherin表达明显降低,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:CD44v6、ICAM-1、E-cadherin和子宫内膜异位症的发生发展密切相关。     

凋亡调节基因Bcl-2与Bax在子宫内膜异位症中的表达

目的：探讨凋亡调节基因Bcl-2和Bax在子宫内膜异位症发生发展中的作用。方法：SP法检测子宫内膜异位症76例异位内膜、64例在位内膜和72例正常子宫内膜组织中Bcl-2和Bax的表达。结果：异位内膜组Bcl-2蛋白表达强于在位内膜和对照组，分泌期差异有统计学意义（P〈0．05，P〈0．01）；异位内膜组Bax蛋白表达低于在位内膜组和对照组，增生期和分泌期，异位内膜组染色强度均低于在位内膜组和对照组，分泌期差异有统计学意义（P〈0．05）；Bcl-2和Bax在对照组及在位内膜组均呈周期性变化，Bcl-2增生期强于分泌期，Bax分泌期强于增生期，异位内膜组失去周期性变化；增生期3组Bcl-2表达均强于Bax，在位内膜组、异位内膜组差异有统计学意义（P〈0．05，P〈0．01）；而分泌期对照组和在位内膜组Bax强于Bcl-2，异位内膜组Bax表达较Bcl-2弱，差异均有统计学意义（P〈0．05，P〈0．01）。结论：Bcl-2和Bax在子宫内膜异位症发生发展中发挥重要作用。