肠炎沙门菌可变数目串联重复序列位点用于多位点可变数目串联重复序列分型分析的评价

目的 评价不同肠炎沙门菌可变数目串联重复序列(VNTR)位点用于多位点可变数目串联重复序列(MLVA)分型的可行性.方法 选取已报道使用的肠炎沙门菌11个VNTR位点,对中国不同时间和地区分离的16株菌进行初步评价,选取具有单一扩增条带的位点进行104株肠炎沙门茵的MLVA分型分析.对这些菌株同时进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,比较MLVA分型方法与PFGE分型方法对菌株分型能力的强弱.结果 初筛得到7个VNTR位点用于扩大菌株的分析,这些位点将104株菌分为16个MLVA型别,D值为0.7222,这些菌株同时被分为22个PFGE型别,D值为0.7974.对两种方法各自所分的最大组包含的菌株进行比较,发现PFGE具有更强的分辨能力;从频数分布看,PFGE方法分型结果比较分散,MLVA分型较为集中.结论 用于国际肠炎沙门菌分型具有扩增多态性的VNTR位点在国内分离株中并不都具有多态性结果,在MLVA方法学建立中应选择更多的VNTR位点进行广泛的筛选才有利于国际实验室间的方法的统一.     

肠炎沙门菌可变数目串联重复序列位点用于多位点可变数目串联重复序列分型分析的评价

目的 评价不同肠炎沙门菌可变数目串联重复序列(VNTR)位点用于多位点可变数目串联重复序列(MLVA)分型的可行性.方法 选取已报道使用的肠炎沙门菌11个VNTR位点,对中国不同时间和地区分离的16株菌进行初步评价,选取具有单一扩增条带的位点进行104株肠炎沙门茵的MLVA分型分析.对这些菌株同时进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,比较MLVA分型方法与PFGE分型方法对菌株分型能力的强弱.结果 初筛得到7个VNTR位点用于扩大菌株的分析,这些位点将104株菌分为16个MLVA型别,D值为0.7222,这些菌株同时被分为22个PFGE型别,D值为0.7974.对两种方法各自所分的最大组包含的菌株进行比较,发现PFGE具有更强的分辨能力;从频数分布看,PFGE方法分型结果比较分散,MLVA分型较为集中.结论 用于国际肠炎沙门菌分型具有扩增多态性的VNTR位点在国内分离株中并不都具有多态性结果,在MLVA方法学建立中应选择更多的VNTR位点进行广泛的筛选才有利于国际实验室间的方法的统一.     

多位点序列分型和脉冲场凝胶电泳在肠炎沙门菌分子分型的比较

目的 比较多位点序列分型技术和脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术在肠炎沙门菌菌株间分型的分辨率。方法 分别建立肠炎沙门菌的6个管家基因thrA、pure、sucA、aroC、hemD、dnaN和一个特异性的DNA标记Sdf Ⅰ的多位点序列分型技术，及以寡切点的XbaⅠ、SpeⅠ作为限制性内切酶的PFGE方法，并应用上述方法对食品中的分离株进行分型，比较两种方法的分辨率。结果 PFGE可以将50株肠炎沙门菌分为11个型。并且通过双酶系统的双重PFGE分型，还可以将PFGE型别再精细划分为亚型；MLST则揭示了在同一血清型内部，各菌株之间的管家基因碱基序列高度保守，而在沙门菌不同血清型的核苷酸序列之间，则分别存在不同数量的碱基差异。即MLST方法只能用于血清型之间，不能在血清型内部进行分型研究。结论 与MLST比较，PFGE方法在肠炎沙门菌的分型方面显示了比较高的分辨率。     

北京市40株肠炎沙门菌多重耐药和分子分型研究

目的分析2009-2010年北京市肠炎沙门菌多重耐药和脉冲场凝胶电泳（pulsed-field gel electropho-resis,PFGE）分子分型。方法对2009-2010年北京市肠道门诊监测系统分离到的40株肠炎沙门菌进行生化鉴定、血清分型并运用纸片法进行药敏检测,并采用PFGE进行分子分型。结果发现40株肠炎沙门菌中,32株多重耐药菌株,其中4～5种抗生素耐药27株（84.38%）,10种抗生素耐药1株（3.13%）;可分为14个PFGE带型,其中4个PFGE型的菌株数超过1株。结论北京市肠炎沙门菌分离株多重耐药性比较严重,PFGE分子型别较多,且存在差异明显的多个克隆系,但同一PFGE型菌株的多重耐药谱较为接近。     

2008-2009年北京市沙门菌流行特征和分子分型

目的 分析2008-2009年北京市沙门菌流行特征及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型. 方法 对2008-2009年通过WHO全球沙门菌监测系统及北京市肠道门诊监测系统分离到的137株沙门菌进行生化鉴定、血清分型和相关流行病学分析;利用PFGE进行分子分型. 结果 北京市2008-2009年沙门菌的流行具有明显季节性,6-9月份高发,共分离菌株84株,占64.1%(84/131);患者年龄多为18～40岁,占46.1%(58/128);男性80例,女性51例,男女比例为1.57:1.137株沙门菌分属于20种血清型,其中肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌为优势菌型,分别占46.7%(64/137)和17.5%(24/137).共分71种PFGE带型,其中肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌都有16种PFGE型别.肠炎沙门菌的4种PFGE型别(JEGX01.CN0001、JEGX01.CN0003、JFGX01.CN0002、JEGX01.CN0019)和鼠伤寒沙门菌的JPXX01.CN0001为优势分子型别. 结论 2008-2009年北京市沙门菌的流行具有性别、年龄和季节性分布特征;PFGE分子型别较多,且存在差异明显的多个克隆系.

Abstract：

Objective To study the epidemiological characteristics and molecular phenotypes of Salmonella by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) in Beijing from 2008 to 2009. Methods A total of one hundred thirty-seven isolates recovered from the WHO Global Samonella Surveillance system and entero clinic surveillance system were identified by biochemical tests and serotyping.The related epidemiological informations were also analyzed.The isolates were further typed by PFGE. Results The prevalence of Salmonella from 2008 to 2009 showed obvious seasonal character.High incidence occurred from June to September,and 64.1% (84/131) isolates were recovered in this period.Patients of 18-40 year-old were 46.1% (58/128) and 80 patients were male and 40 patients were female with the ratio of 1.57:1.These 137 Salmonella isolates belonged to 20 serotypes,including Enteritidis (46.7%,64/137) and Typhimurium (17.5%,24/137) as the dominant serotype.In total,71 PFGE profiles were identified.Four PFGE patterns of S.Enteritidis isolates (JEGX01.CN0001,JEGX01.CN0003,JEGXO1.CN0002,JEGX01.CN0019) and S.Typhimurium pattern of JPXX01.CN0001 were dominant patterns. Conclusion The prevalence of Salmonella from 2008 to 2009 showed distribution characteristics of sex,age and seasons.The numerous PFGE patterns of Salmonella showed diversity of these isolates and different clones existed in Beijing.     

肠炎沙门菌多位点序列分型技术的研究

目的研究肠炎沙门菌菌株间的分子特征,建立了分子流行病学研究方法——多位点基因序列分型技术(MLST),并对食品中的肠炎沙门菌分离株进行分型研究。方法选择肠炎沙门菌的6个管家基因thrA、purE、sucA、aroC、hemD、dnaN及一个特异性的DNA标记SdfΙ作为目标基因。对上述基因分别进行PCR扩增及产物测序,用sequencer2.0软件对测序结果进行分析、比对核苷酸的差异。同时,将肠炎沙门菌株与GenBank中鼠伤寒沙门菌LT2相应的基因序列进行比较。结果在肠炎沙门菌标准菌株50041和18株食品分离株之间,6个基因PCR产物范围内的近60000个核苷酸序列完全相同,未观察到同一血清型内的基因突变。而与LT2相比,基因产物发生了1到6个点突变。在对SdfΙ的核苷酸序列比较研究中发现,肠炎沙门菌标准菌株与食品中分离株SdfΙ的核苷酸序列与GenBank中该序列的碱基对比,发生了C182T的点突变。即MLST技术揭示了在同一血清型内各菌株管家基因碱基序列的高度保守。结论MLST方法适用于不同血清型沙门菌株间的分型研究,而不适于同一血清型的菌株分型。     

福建省结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列基因分型研究

目的 了解福建省结核分枝杆菌的多位点可变数目串联重复序列基因分型(MLVA)的特征.方法 选择15个可变数目串联重复位点(VNTR),检测福建省30个耐药监测点临床分离的结核菌株,结果使用BioNumerics (Version 4.5)软件进行聚类分析.结果 313株结核菌被分为9个基因群(Ⅰ～Ⅸ),分别包含220、9、48、2、1、3、10、10、10株菌,以Ⅰ群为主(70.3％,220/313);Ⅰ群菌株异烟肼、链霉素、乙胺丁醇和耐多药的耐药率与其他基因群的差异无统计学意义(P＞0.05),但利福平(RFP)耐药率为33.2％(73/220),明显高于其他群菌株RFP的耐药率20.4％(19/93),差异有统计学意义(P＜0.05).结论 福建省结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,以Ⅰ群菌株为主,并与RFP耐药性具有相关性,应加强此类菌株流行的监测.     

可变数目串联重复序列技术用于中国C群脑膜炎奈瑟菌基因分型的研究

目的利用脑膜炎奈瑟菌基因组中可变数目串联重复序列（VNTR）特征,对中国C群脑膜炎奈瑟菌菌株进行基因分型.方法中国C群脑膜炎奈瑟菌菌株109株,选择脑膜炎奈瑟菌DNA中4个VNTR位点,PCR扩增含有串联重复序列的DNA片段,选择每一个VNTR位点有差别的PCR产物进行测序,序列比对,测算串联重复序列的拷贝数.Bio-Rad Gel DocTM XR凝胶成像分析系统计算PCR产物DNA片段的碱基含量,换算成串联重复数;对109株菌株4个位点的串联重复序列拷贝数进行聚类分析,依据聚类分析结果进行基因分型,并将VNTR基因分型结果与脉冲场凝胶电泳基因分型（PFGE）结果进行比较.结果109株C群脑膜炎奈瑟菌菌株分为22个VNTR基因型,同一暴发来源的菌株具有相同VNTR特征;VNTR基因分型方法与PFGE基因分型具有相关关系.结论应用VNTR技术可以对中国C群脑膜炎奈瑟菌进行基因分型和分子流行病学方面的研究,VNTR基因分型可较好地应用于追溯流行性脑脊髓膜炎暴发传染源.     

62株克罗诺杆菌多位点可变数目串联重复序列分析分子分型研究

目的利用克罗诺杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)分型方法对国内62株克罗诺杆菌进行MLVA分型研究。方法利用文献报道的4个克罗诺杆菌可变串联重复序列(VNTR)位点,应用PCR、毛细管电泳、基因测序方法,使用BioNumerics软件聚类分析菌株MLVA分型多态性。结果 62株菌分为8个群28个MLVA型别,其中II群的菌株数目占总菌株数目的比例最大(43.5%);菌株流行特征呈同一地区具有多个MLVA型别特点,其中MLVA-5型在多个省份有分布。结论国内克罗诺杆菌存在丰富的基因多态性;需要建立和筛选更适合中国菌株的VNTR位点来进一步优化现行的MLVA策略。     

河北省鼠疫耶尔森菌多位点串联重复序列分析

目的对分离自河北省长爪沙鼠鼠疫疫源地的116株鼠疫菌株进行基因分析研究。方法根据鼠疫基因组比对,选择15对引物对测试菌株进行PCR扩增,并对扩增结果进行分析。结果 15对引物对116株实验菌株均得到相应的扩增结果,同一引物测试菌株扩增结果目标条带长度均一致,串联重复序列的重复数相同。不同引物扩增目标条带长度不同,串联重复序列的重复数也不同,如引物M52对所有菌株扩增产物长度均为153 bp,串联重复序列的重复数均为3,而引物M59的扩增产物长度为250 bp,重复数均为7。结论多位点串联重复序列分析(MLVA)证实河北省鼠疫自然疫源地的鼠疫菌基因稳定,鼠疫菌MLVA数据库将对未来的鼠疫菌变异和溯源提供技术支持。     

深圳市志贺菌脉冲场电泳分子分型分析

目的 分析深圳市2001-2006年分离志贺菌菌株之间的相关性,初步建立志贺菌的脉冲场电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)分子分型监测网络.方法 55株志贺菌基因组DNA经Xba Ⅰ酶切,通过PFGE获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析.结果 55株志贺菌被分为41种PFGE图谱,聚类分析显示32株细菌谱型属于同一个群,其余菌株谱型差异较大.结论 深圳地区存在遗传紧密相关的志贺菌流行克隆,也存在遗传不相关克隆.PFGE分子分型监测网络的建立,有助于细菌性痢疾的主动监测、暴发调查和传染源追踪.     

乳酸杆菌及嗜热链球菌脉冲场凝胶电泳分子分型方法建立及应用

目的 建立乳酸杆菌及嗜热链球菌的PFGE分子分型方法,并对北京市售酸奶中分离的乳酸杆菌及嗜热链球菌进行分子分型.方法 选取ApaⅠ、NotⅠ、sfiⅠ、XbaⅠ和SmaⅠ共5种PFGE分析中常用的限制性内切酶,对从北京市售酸奶中分离到的52株乳酸杆菌、嗜热链球菌以及相应的标准菌株进行酶切,优化PFGE限制性内切酶种类及电泳条件,并用优化出的实验条件对菌株进行分子分型,同时进行聚类分析,与生化鉴定及16s rRNA基因鉴定结果进行对比分析.结果 限制性内切酶NotⅠ对保加利亚乳酸杆菌、发酵乳酸杆菌和德氏乳酸杆菌的酶切效果较好,而限制性内切酶Apa Ⅰ对嗜热链球菌、嗜酸乳酸杆菌及干酪乳酸杆菌的酶切效果较好.24株保加利亚乳酸杆菌被分为8个PFGE型,15株嗜热链球菌被分为8个PFGE型,7株嗜酸乳酸杆菌被分为3个PFGE型,2株德氏乳酸杆菌分属于2个不同的PFGE型.结论 建立的PFGE方法分析结果与生化鉴定及16s rRNA基因鉴定结果高度符合,所建方法适用于乳酸杆菌及嗜热链球菌的分子分型.     

VNTR位点对结核分枝杆菌基因分型的研究

目的：初步评价15个可变串联重复序列（VNTR）位点对结核分枝杆菌临床分离株的分型能力,寻找适合湖州地区结核分枝杆菌基因分型的位点。方法2011年1-4月连续收集湖州地区结核分枝杆菌临床分离株,采用多位点数目多位点串联系复序列（MLVA）分析方法,对15个VNTR位点进行基因多态性检测,分析单个位点以及15个位点组合的基因分型能力（Hunter-gaston指数,HGDI）。结果分辨率较好的多态性位点有2个：Mtub-21和Mtub -39;分辨率中等的多态性位点共7个：ETR-A,ETR-C,MIRU -10,MIRU -23, MIRU-27,MIRU-40和Mtub-30;分辨率较差的多态性位点有6个：ETR-B,ETR-D,ETR-E,MIRU-16和MIRU-26和MIRU-39。通过计算,本次研究运用15个位点进行基因分型的 HGDI 为0.99,分辨能力好。结论 VNTR位点对结核分枝杆菌基因的分辨力较好,但还需继续寻找其他丰富多态性的VNTR位点,以便快速分型,提高分辨力。     

上海市罕见沙门菌型腹泻的溯源研究

目的了解上海市长宁区2017年肠炎沙门菌的分子分型结果及抗菌药物耐药情况。方法对2017年上海市长宁区的感染性食源性病原菌监测标本进行沙门菌的分离鉴定、血清分型,检出33株肠炎沙门菌,运用国家致病菌识别网技术手册(2017年)的分子分型方法进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型,使用微量肉汤稀释法进行抗菌药物耐药性的测定。结果33株肠炎沙门菌共分为11种带型,优势带型集中在Clade1中,共计30株。耐2种及2种以上抗菌药物的有22株,耐6种及6种以上抗菌药物的19株,并出现2株四代头孢全耐药。结论长宁区肠炎沙门菌多重耐药现象比较普遍,PFGE型别差异较小,相同PFGE型别的菌株多重耐药表型相近。     

沙门菌毒力岛1缺失山夫登堡沙门菌的特性

目的 研究沙门菌毒力岛1( SPI-1)缺失山夫登堡沙门菌的特性。方法 于2006年从上海10例腹泻患者粪便中分离得到10株山夫登堡沙门菌,运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、PCR、毒力基因测序及细胞侵袭试验对其进行分子分型、侵袭基因及细胞侵袭能力检测,并与2002年深圳分离株( C02013)进行比较。结果 10...     

福氏志贺菌4c型暴发和散发菌株的脉冲场凝胶电泳分型

目的了解杭州地区福氏志贺菌4c型暴发菌株和散发菌株的分子分型特征。方法对2003和2005年杭州地区的2次食物中毒暴发分离的福氏志贺菌菌株（暴发1和暴发2,菌株数分别为13株和12株）和2005年1例散发腹泻患者分离的福氏志贺菌4c型离株（1株）进行生化鉴定和血清分型,PCR检测侵袭性抗原基因ipaH,改良Kirby-Bauer纸片法检测菌株的耐药谱及脉冲场凝胶电泳（pulse field gel electrophoresis,PFGE）进行分子分型。结果暴发1中分离的13株菌株均为福氏4c型,但检测的6株菌株间的PFGE图谱存在着相当的差异,Dice系数为0．78至0．92。暴发2中分离的菌株有10株福氏4c型和2株福氏x型,所有菌株的PFGE图谱几乎完全一致。暴发2分离株和暴发1的部分分离株可能存在着一定相关性（Dice系数大于0．8）,而散发菌株与2起暴发的绝大部分菌株间的距离较远（Dice系数小于0．8）。暴发1、暴发2的分离株和1株散发菌株对14种抗生素的耐药谱略呈差异,暴发2中分离的福氏4c型和x型菌株的耐药谱一致。结论PFGE能够很好地辨别福氏志贺菌4c型的两起暴发菌株和1株散发菌株。福氏志贺菌4c型菌株具有易变性,可在暴发流行过程中产生PFGE图谱的差异、血清亚型的转换、耐药谱的变化等。