风疹病毒JR23株E1包膜糖蛋白的基因克隆与序列分析

目的：建立风疹病毒包膜糖蛋白E1的克隆载体，研究E1基因变异情况，并对其序列进行系统发生树分析。方法：利用RT－PCR方法扩增并回收风疹病毒JR23株的包膜糖蛋白E1的基因片段，将其与PMD－18T载体连接，经氨苄青霉素筛选，酶切鉴定，以获得风疹病毒E1蛋白基因的克隆，将此基因测序后，利用DNASTAR和WINSTAR软件包绘制系统发生树进行序列之间的比较分析。结果：筛选出含有风疹病毒E1蛋白基因的克隆，序列分析及发生树的绘制表明：JR23株与日本TCRB株及英国THOMAS株差别最小，分别为0．9％和1．2％，与北京BRD2株及香港XG379株差别最大，分别为7．6％和7．3％，与其它各株的差别均小于3％（除NC株为3．7％外），系统发生也与THO－MAS株、TCRB株最近，与BRD2株最远。结论：克隆载体的建立为进一步研究E1基因与糖蛋白功能的关系提供基础。系统发生表明中国不同地区风疹流行株基因序列存在明显差异，这对风疹病毒遗传与变异，分子流行病学研究，以及制备有效的亚单位疫苗提供了资料。     

风疹病毒松叶株E1基因遗传变异研究

目的 研究风疹病毒(rubella vires,RV)疫苗松叶株(Matsuba)El基因遗传与变异特点,在基因水平评估Matsuba株生产的疫苗对流行株的保护效果. 方法 将风疹病毒松叶株毒种RV14在原代兔肾细胞连续传至第23代,取RV14、RV16、RV17、RV18、RV23代进行研究分析.利用RT-PCR方法扩增松叶株不同代次的E1蛋白基因,将E1基因与pGEM-T载体连接,获得风疹病毒E1基因的克隆并测序,对各代次病毒的E1基因与风疹病毒疫苗Matanba株(GenBank登录号:D50673)及其他参考株的E1基因序列进行比对分析. 结果 风疹病毒Matsuba株传至23代时仍有很高的同源性,RV14、RV16、RV18代次病毒与D50673的核苷酸和氨基酸同源性为100.O%,RVl7、RV23代次病毒与D50673的核苷酸序列同源性分别为99.9%、99.7%,氨基酸序列同源性分别为99.8%、99.2%.各代次病毒与糖基化、抗原性相关的氨基酸位点未发生变异,高度保守;风疹病毒Matsuba株与其他参考株E1基因序列比较结果表明:Matsuba株为1a基因型,中国风疹病毒流行基因型为1E、1F、2A和2B,以1E基因型为主;Matsuba株与各基因型参考株同源性很高,核苷酸和氨基酸同源性分别为92.1%～99.6%和98.1%～99.8%. 结论 风疹病毒Matsuba疫苗株的遗传学特性稳定,从分子水平证明Matsuba疫苗株及其生产的疫苗具有安全性.尽管中国流行不同基因型风疹病毒,由于Matsuba株与各基因型参考株同源性很高,且风疹病毒毒株间抗原表位高度保守,因此Matsuba疫苗株所生产的疫苗可以有效保护不同基因型别的风疹病毒的感染.     

新疆出血热病毒分子流行病学研究

目的研究新疆出血热病毒(XHF)分子流行病学,揭示其与相关病毒之间关系,分析XHF的流行来源和分布特点。方法RTPCR检测20012002年XHF患者和蜱标本中XHF病毒S基因,阳性标本直接进行核苷酸序列测定。计算机软件进行S基因部分片段和S全基因序列同源性比较和S基因、M基因的种系发生树分析。结果不同年份人和蜱来源的病毒S基因部分片段核苷酸序列均显示较高同源性(97.3%～100%)。S基因进化树分析将病毒分成了欧洲、非洲和亚洲3组,其中亚洲毒株由中亚分离株和中国分离株组成,中国所有的XHF病毒S基因(同源性93.0%～99.5%)均集中在一个分枝下形成独立的一组,明显区别于世界上其他地区分离株(同源性81.40%～96.4%)。M基因进化树分析表明序列间差异不完全与病毒分离的地理区域相关。结论S基因分析显示XHF病毒蜱分离株与人分离株遗传背景接近,我国XHF病毒有共同的进化途径和基因结构特点,并具明显的地域性。     

广州4株登革1型病毒E基因的全序列测定和分子进化分析

目的 通过对广州市不同年份分离的4株登革1型病毒(DEN-1)蛋白E基因进行全序列测定及分子进化分析,了解各流行株之间的遗传差异及进化关系,追踪其可能的传染来源.方法 应用RT-PCR技术分别扩增各株病毒的蛋白E基因,克隆到pGEM-T Easy载体,转化DH5α宿主菌,经PCR和酶切鉴定后进行序列测定.测序结果与国内外流行株进行同源性比较和毒力位点分析,并绘制基因系统发生树.结果 4株DEN-1病毒E基因序列长度均为1485 bp,编码495个氨基酸,核苷酸序列同源性为91%～98%,推导的氨基酸序列同源性为96.0%～99.2%.广州1995年流行的DEN-1和2002、2004、2006年流行株的毒力位点氨基酸存在差异.结论 通过对登革1型病毒E基因的进化分析,GZ01/95、GZ01/02和GZ01/04这3株同属于基因型Ⅳ,而GZ17/06属于基因型Ⅰ.1995年广州地区流行的DEN-1可能来源于印度尼西亚,而2002和2004年的流行可能与澳大利亚流行株有关.2006年广州又出现的DEN-1可能与泰国2002年的流行株输入有关.     

中国大陆EV71病毒分离株的分子流行病学研究

目的了解1987-2010年中国大陆肠道病毒71型（EV71）分离株的分子流行病学特点及其种系进化、基因分型和遗传变异性。方法从GenBank/NCBI上获得中国大陆来源的具有完整VP1或近似完整VP1基因的核苷酸序列信息的413株EV71毒株进行分析,采用MEGA5.0软件,构建系统进化树,计算相同或不同基因型及基因亚型毒株的核苷酸与氨基酸的相似性。结果 1987-2010年,中国大陆20个省、市或地区均分离到具有完整VP1序列的毒株,且2008年以来数量陡增;中国大陆流行的主要是C型,只有2008年安徽和2009年湖北发现了A型;各基因型在43、58、142、164、167、184、240、249、292等氨基酸位点发生了特异性变异;从健康人体内分离的HQ129932毒株与其他序列比较,氨基酸无特异性变异。结论 C型株可能具有更强的传染力;氨基酸位点变异对于EV71病毒进化有重要意义;VP1基因与疾病的严重程度无明显关联;应加强C4a亚型疫苗候选疫苗株对其他基因型毒株的交叉保护作用研究。     

广东省登革病毒的分子流行病学研究

目的 通过对广东省90年代以来流行的登革病毒分子流行病学研究,初步了解我国毒株的可能来源,方法 采用RT－PCR方法扩增广东省不同年份分离的登革病毒（DEN）1型和2型NS1部分基因片段,然后进行克隆测序,测序后的基因片段与国际上已知的多个DEN1和DEN2相应的序列进行比较,并以核苷酸的差异在6％以上作为基因亚型分型的标准。结果 ①广州1991年分离的DEN1（GD03／91）与潮洲995年分离的DEN1（GD23／95）同源性很高,为97％,属同一基因亚型,而两者与从潮洲997年分离的DEN1（GD14／97）同源性均为93％,分属不同的基因亚型。基因系统树分析提示：GD03／91和GD23／95可能来自东南亚或瑙鲁等地,GD14／97可能来自新加坡。②佛山19934昕分离的DEN2（GD06／93）和南海市1998年分离的DEN2（GD01／98）同源性为93％,分属不同的基因亚型。基因系统树分析提示：GD01／98与泰国流行株ThNH-P28/93株共享序列非常接近,核苷酸同源性为98%,氨基酸同源性为100％,因此推测GD01／98可能来源于泰国。结论 广东省90年代以来流行的登革热来源于不同的传染源。     

世界范围内A组轮状病毒G1型毒株VP7基因及VP4基因高变区的分析

Ａ组轮状病毒的ＶＰ４和ＶＰ７多肽是刺激机体产生中和抗体的主要保护性抗原。我们总结了世界多个地区和国家Ｇ１型轮状病毒流行株ＶＰ４和ＶＰ７基因的分子流行病学调查结果，并根据ＶＰ７多肽序列绘制了分子系统分类树。结果表明，所有流行株ＶＰ４基因的高变区具有相似的氨基酸组成，而ＶＰ７多肽疏水区，特别是已知的抗原决定簇ＶＲ３，ＶＲ４及ＶＲ６的氨基酸组成有规律性变异，提示这些毒株间在抗原性上有微小差异。分子系统分类树将所有毒株分为三个与氨基酸组成相对应的亚组，各个亚组的成员构成反映出了世界范围内轮状病毒流行株的分布具有较明显的地域性。     

世界范围内A组轮状病毒G1型毒株VP7基因及VP4基因高变区…

Ａ组轮状病毒的ＶＰ４和ＶＰ７多肽是刺激机体产生中的抗体的主要保护性抗原。我们总结了世界多个地区和国家Ｇ１型轮状病毒流行株ＶＰ４和ＶＰ７基因的分子流行病学调查结果，并根据ＶＰ７多肽序列绘制了分子系统分类树。结果表明，所有流行株ＶＰ４基因的高变区具有相似的氨基酸组成，而ＶＰ７多肽疏水区，特别是已知的抗原决定簇ＶＲ３，ＶＲ４及ＶＲ６的氨基酸组成有规律性变异，提示这些毒株间在抗原性上有微小差异。分子系数分     

2008年甘肃省新分离乙脑病毒的分子生物学特征

目的 对2008年甘肃省新分离乙脑病毒的PrM和E基因区段进行序列测定和分析,明确新分离病毒的基因型别并对E基因序列的分子特征进行分析.方法 对新分离乙脑病毒的PrM和E基因区段进行PCR扩增并测定序列.使用ClustalX2.09、MegAlign和Mega4软件对核苷酸和氨基酸序列进行分析并绘制系统发生树.结果 系统进化分析结果显示6株病毒均为基因Ⅰ型乙脑病毒,并且与2001和2002年越南分离株、2004年日本分离株及2004年我国四川省分离株进化关系较近.新分离株与减毒活疫苗株SA14-14-2相比,E基因核苷酸同源性为87.5%～87.9%,氨基酸同源性为96.8%～97.2%.新分离株与疫苗株在E基因区段存在11处共同位点的氨基酸差异.结论 2008年甘肃省分离的乙脑病毒均为基因Ⅰ型乙脑病毒,新分离株E基因氨基酸序列与疫苗株相比有部分差异,但均不属于决定抗原性的关键位点.     

登革2型病毒海南分离株全长E基因的测定与分析

目的 测定我国登革2型病毒海南分离株E基因的全序列，并分析其病毒学特性和分子进化特征。方法 运用RT-PCR法扩增我国登革2型病毒海南分离株D2V—HN89)E基因，测序并用计算机分析序列，作毒株感染细胞及乳小白鼠试验。结果 D2V-HN89株E基因核苷酸全长1464bp，核苷酸和氨基酸序列与D2V—NGC株的同源性分别为95％和980A，系统树分析显示其与登革2型牙买加株及登革2型巴西90株的亲缘关系最近。D2V—HN89株的细胞病变效应与D2V—NGC株相同，但对乳小白鼠神经毒力较弱。结论 D2V-HN89株的E基因区有缺失，该流行毒株可能来源于牙买加或巴西登革热流行区。     

Cloning and Sequence Analysis of Envelope Glycoprotein E1 Gene of Rubella Virus, JR23 Strain

Rubella virus (RV), the only member of the Rubivirusgenus in the family Togaviridae, is a single stranded, pos itive sense RNA virus. The structural gene in the 3′endof the genomic RNA encodes 3 virion proteins: the capsidprotein (C), and two envelop glycoproteins, E1 and E2.E1 gene is 1484 bp in length, encoding the hemagglutina tion activity and immune antigenic sites of RV. Studies in dicate that the degrees of variance in E1 gene sequence aresimilar to that of the complete gen…     

Nucleotide sequence variation of the VP7 gene of two G3-type rotaviruses isolated from dogs

The sequence of the VP7 gene of two rotaviruses isolated from dogs in southern Italy was determined and the inferred amino acid sequence was compared with that of other rotavirus strains. There was very high nucleotide and amino acid identity between canine strain RV198/95 and other canine strains, and to the human strain HCR3A. Strain RV52/96, however, was found to have about 95% identity to the G3 serotype canine strains K9, A79-10 and CU-1 and 96% identity to strain RV198/95 and to the simian strain RRV. Therefore both of the canine strains belong to the G3 serotype. Nevertheless, detailed analysis of the VP7 variable regions revealed that RV52/96 possesses amino acid substitutions uncommon to the other canine isolates. In addition, strain RV52/96 exhibited a nucleotide divergence greater than 16% from all the other canine strains studied; however, it revealed the closest identity (90.4%) to the simian strain RRV. With only a few exceptions, phylogenetic analysis allowed clear differentiation of the G3 rotaviruses on the basis of the species of origin. The nucleotide and amino acid variations observed in strain RV52/96 could account for the existence of a canine rotavirus G3 sub-type.     

新分离登革2型病毒福建株基因组全序列的测定

目的 对新近分离的导致1999年福建省登热流行的登革2型病毒FJ－10株进行基因组全序列测定及系统发生树分析。方法 利用RT－PCR和5′、3′RACE法扩增FJ－10株cDNA,并进行克隆测序,利用DNASTAR折Clustal方法绘制系统发生树。结果 JF－10株基因组全长10723个核苷酸,有1个单一开放读码框架（ORF,第97－10269nt）,编码3391个氨基酸,5′和3′非编码区长度分别为96和454个核苷酸,通过与标准株NGC株和我国其他地区分离株DEN2－04、43、44株比较,核苷酸同源性分别为94.0%、92.8%、93.9%和93.9%,氨基酸同源性分别为97.9%、97.2%、97.7%和97.9%。以47株登革2型病毒E／NS1连接区240个核苷酸序列进行发生树分析,福建株与印度尼西亚和斯里兰卡分离株亲缘关系较近,同属第Ⅳ基因型。结论 FJ－10株基因组全序列一级结构与其他登革2型病毒类似,其基因型不同于我国其他地区分离株DEN2－04、43和44株。     

2001年中国新分离维多利亚系乙型流感病毒的抗原性及基因特性分析

目的：研究2001年中国新分离维多利亚（Victoria)系乙型流感病毒的抗原性及基因特性。方法：鸡胚传代流感病毒，从尿囊液中提取流感病毒的RNA，进行逆转录－聚合酶链反应（RT－PCR），扩增产物用纯化试剂盒纯化后测序，然后用MegAlign软件进行基因种系发生树分析。结果：B／Sichuan/63/2001和B／Zhejiang/2/2001毒株的抗原性与B／Shandong/7/97毒株间存在有差异，编码血凝素重链区基因已发生了突变并导致了HA1蛋白抗原性表位两个位点（197和199）氨基酸不同于B／Shandong/7/97毒株，基因种系发生树分析同样也证明了它们的HA1基因不同于B／Shandong/7/97病毒。然而，B／Sichuan/63/2001与B／Zhejiang/2/2001毒株间无论抗原性还是HA1基因特性均很相似。结论：2001年我国人群中流行的乙型流感病毒维多利亚毒株系的抗原性已发生进一步的漂移。     

流行性乙型脑炎病毒脑脊液分离株"47株"全基因组特征分析

目的 对1950年分离自我国黑龙江省患者脑脊液的乙脑病毒"47株"进行全基因组序列的测定和分析,全面了解其全基因组特征.方法 复苏毒种提取病毒RNA,使用自行设计的乙脑病毒全基因组扩增测序引物,完成对病毒全基因组序列的测定.采用DNAStar、Modeltest、Phylip等生物软件完成全基因组核苷酸、氨基酸序列差异分析和乙脑病毒全基因组的系统进化分析.结果 乙脑病毒"47株"全长10 977个核苷酸.96至10 391位为开放读码框ORF,共10 296个核苷酸,编码3432个氨基酸."47株"与5株疫苗株在全基因组水平的核苷酸差异在2.4%～4.4%之间,氨基酸差异在0.3%～1.1%之间.乙脑病毒全基因组最适进化模型为GTR+I+G.全基因组进化分析显示"47株"属于基因Ⅲ型乙脑病毒.结论 "47株"全基因组核苷酸和氨基酸高度保守,属于基因Ⅲ型乙脑病毒.     

深圳市首例本地登革热3型病例的病原学检测与分析

目的对2016年深圳市报告的首例本地疑似登革热病例查明病因.分离鉴定病原体,从分子水平分析分离株的生物学特征.方法对疑似患者血清标本采用ELISA、胶体金免疫层析法和荧光RT-PCR方法分别检测登革病毒抗体、NS1抗原和病毒核酸,并用C6/36细胞分离登革病毒.采用RT-PCR方法扩增病毒PrM/M-E基因后进行序列测定,并与不同国家和地区的登革毒株进行同源性比较和进化树分析.结果从患者血清标本中检测到登革病毒IgM抗体、NS1抗原和登革3型病毒核酸,并成功分离到登革3型病毒,将其命名为DENV3-SZ1648.深圳市登革3型病毒分离株SZ1648与登革3型国际标准株H87株、国内外流行株80-2、GWL-25株在PrM/M-E基因上核苷酸同源性分别为92.0％、91.8％和90.3％,而与登革1、2、4型国际标准株HAWAII、NGC、H241同源性分别为68.7％、64.2％和63.2％.进化树显示SZ1648株与2007年印度尼西亚分离株MKS-0098亲缘关系最近,在进化树的同一分支上,和85-159株(Indonedia 1985)、2167株(Tahiti 1989)、29472株(Fiji1992)等同属基因Ⅰ亚型.患者发病前1个月在深圳居住,无输血史、无外出史.结论从病原学、血清学和分子生物学特征上均证实该本地病例是由登革3型病毒引起,这也是深圳市首次报道存在本地登革3型病毒的疫情,该毒株最有可能来源于印度尼西亚.