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1.
目的 应用酵母双杂交体系寻找与丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A反式激活蛋白7(human gene 5 transactivated by nonstructural protein 5A of hepatitis C virus,NS5ATP7)相互作用的白细胞蛋白,以探讨SN5ATP7的生物功能。方法 应用酵母双杂交系统3,构建NS5ATP7诱饵质粒,转化酵母AH109,与含人白细胞cDNA文库质粒的酵母Y187进行配合,于涂有X-α-gal营养缺陷型培养基(SD/-Trp-Leu-His-Ade)上筛选生长。挑选蓝色克隆,提取此酵母克隆的质粒转化大肠杆菌提取质粒。DNA后进行测序,然后进行生物信息学分析。结果 筛选出15个与NS5ATP7特异性相互作用的克隆,其中包括人类RhoGDF分裂抑制剂α、人类细胞色素b558a亚单位、人类MLL(MLL)基因外显子、人类S100钙结合蛋白A9(钙粒蛋白B)、人类移动抑制因子相关蛋白14变体E(S100A9)、人类金属硫蛋白2A、人类染色体序列及人类cDNA序列等,1个是未知功能基因。结论 初步克隆了NSSATP7与白细胞结合蛋白基因,根据所克隆到的基因,对以后研究NS5ATP7的功能有一定的提示作用;为以后研究这些能与NS5ATP7相互作用的基因在白细胞中的生理功能奠定了基础。  相似文献   

2.
目的 筛选并克隆HCV非结构基因NS5A反式激活基因4剪切体NS5ATP4A的结合蛋白基因,为研究NS5ATP4A的生物学功能提供线索. 方法 构建HCV NS5ATP4A蛋白诱饵酵母质粒,转化酵母AH109后与含文库质粒的酵母Y187进行配合,在营养缺陷培养基上进行双杂交筛选.选择既能在4重营养缺陷培养基(SD/-Trp/-Leu/-Ade/-His)上生长,又能在涂有X-α-半乳糖的四缺培养平皿上生长的蓝色菌落,提取此酵母克隆的质粒,转化大肠杆菌后进行测序,并进行生物信息学分析.结果 筛选出7个基因,其中已知功能基因6个,未知功能基因1个,这些基因与RNA合成、蛋白质翻译、细胞周期及肿瘤免疫有关. 结论 HCV NS5ATP4A结合蛋白基因的成功筛选,提示了HCV NS5ATP4A新的信号转导途径,为HCV致病机制的进一步研究提供了依据.  相似文献   

3.
目的:用酵母双杂交技术筛选白细胞与乙型肝炎病毒截短型表面抗原中蛋白(MHBst)结合蛋白.方法:PCR扩增MHBst基因,连接入酵母表达载体pGBKT7中构建诱饵质粒,转化酵母细胞AH109并在其内表达.后与转化了人白细胞文库质粒的酵母细胞Y187进行配合,在营养缺陷型培养基(SD/-Trp-Leu-His-Ade)和X-α-半乳糖(X-α-gal)上进行双重筛选阳性菌落增菌后提出质粒转化入大肠杆菌(DH5α),并经氨苄青霉素抗性筛选,提取单克隆菌落质粒,酶切鉴定,序列测定后进行生物信息学分析.结果:应用酵母双杂交技术筛选出阳性克隆8个,经生物信息学分析,排除读码框架不正确者,最后得到7种已知基因,分别为ADP核糖基因子2种,RAB6相互作用蛋白(RAB6IP1)1种,CCR4-NOT转录复合体亚基10(CCR4- NOT-10)1种,脂多糖蛋白结合蛋白(LBP)1种,醛缩酶B(ALDOB)1种,补体成分3(C3)1种,丙酮酸脱氢酶(PDH)1种.结论:成功克隆出MHBst结合蛋白.  相似文献   

4.
目的筛选并克隆人肝细胞cDNA文库中与丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白4A(NS4A)相互作用蛋白的基因,明确其具体作用机制。方法应用酵母双杂交系统3,将聚合酶链反应法扩增的HCV NS4A基因连接入酵母表达载体PGBKT7中构建诱饵质粒,转化酵母细胞AH109并在其内表达,然后与转化了人肝cDNA文库质粒PACT2的酵母细胞Y187进行配合,在营养缺陷型培养基和X—α-半乳糖上进行双重筛选阳性菌落,提取阳性酵母菌落的质粒转化大肠杆菌,接种在氨苄青霉素-LB平板上,选择生长菌落,提取质粒酶切鉴定,测序并在GenBank中进行生物信息学分析。结果成功克隆出HCV NS4A基因,构建表达载体并在酵母细胞中表达,与肝文库配合后选出既能在四缺培养基又能在铺有X—α-半乳糖的四缺培养基上生长,并变成蓝色的真阳性菌落22个,序列分析显示,筛选到的肝细胞蛋白编码基因参与细胞能量代谢、蛋白翻译合成等多种生物学过程。结论成功克隆出HCV NS4A蛋白在肝细胞内的结合蛋白,为进一步研究NS4A蛋白的功能、阐明HCV致病的分子生物学机制提供了新线索。  相似文献   

5.
丙型肝炎病毒E2结合蛋白1结合蛋白的酵母双杂交筛选研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的 应用酵母技术筛选丙型肝炎病毒(HCV)7包膜蛋白E2结合蛋白1(E2BPl)的结合蛋白。方法 应用酵母双杂交系统3,构建E2BP1诱饵质粒,转化酵母AH109,与含人肝细胞cDNA文库质粒的酵母Y187进行配合,于涂有x-α-gal营养缺陷型培养基(SD/-Trp-Leu-His-Ade)上筛选生长,对于阳性克隆的插入基因片段序列进行测定,并进行生物信息学分析。结果 53个阳性克隆测序,结果与GenBank数据库进行初步比较。其中6个克隆为未知功能基因,其余47个均与己知基因的序列高度同源(90%~100%)。这47个己知基因包括人类酶原颗粒蛋白16、人类染色体序列、人类乙酰辅酶A转乙酰酶1(ACATl)、人类4.羟基苯丙酮酸二加氧酶、人类硒蛋白P1(SEPP1)、人类组织蛋白酶F(CTSF)、人类prosaposin(PSAP)、人类金属硫蛋白2A等16种。结论 HCVE2BP结合蛋白的酵母双杂交技术筛选为进一步研究E2BP1蛋白相互作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定了基础。  相似文献   

6.
目的:研究丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)与白细胞来源蛋白的相互作用,探讨HCV NS5A对于病毒致病的机制及对机体免疫的影响。方法:构建HCV NS5A的酵母细胞表达载体,采用酵母双杂交系统筛选人白细胞cDNA文库,利用核苷酸数据库及生物信息学技术,对于筛选结果进行分析。结果:获得了53个与NS5A特异性结合的阳性克隆,包括jun B原癌基因、Mob-1、制瘤素M、肌球蛋白IF、小囊泡结合膜蛋白的结合蛋白等16种已知蛋白基因,和2个未知功能基因。结论:NS5A可与一些白细胞特异性蛋白和信号转导组分发生结合,为HCV所引起的肝内外疾病机制的研究提供线索。  相似文献   

7.
目的筛选并克隆人肝细胞cDNA文库中与乙型肝炎e抗原反式激活蛋白(HBeAgTP)相互作用蛋白的基因。方法应用抑制性消减杂交技术及生物信息学技术筛选并克隆HBeAg反式激活的新型靶基因HBeAgTP。用聚合酶链反应(PCR)法扩增HBeAgTP基因,连接人酵母表达载体pGBKT7中构建诱饵质粒,转化酵母细胞AH109并在其内表达,然后与转化了人肝cDNA文库质粒pACT2的酵母细胞Y187进行配合,在营养缺陷型培养基和X-α-半乳糖(X-α gal)上进行双重筛选阳性菌落,PCR从中扩增出目的片段并测序,进行生物信息学分析。结果成功克隆出HBeAgTP基因并在酵母细胞中表达,应用酵母双杂交筛选出阳性菌落24个,经生物信息学分析为15种已知基因。结论成功克隆出HBeAgTP的结合蛋白,包括一些与细胞内蛋白质的转录、翻译、免疫调节及物贡和能量代谢相关的基因。  相似文献   

8.
目的:用酵母双杂交技术筛选肝细胞中与HCV E1蛋白结合蛋白的编码基因. 方法:用多聚酶链反应(PCR)法扩增HCV E1基因,连接入酵母表达载体pGBKT7中构建诱饵质粒,转化酵母细胞AH109并在其内表达,然后与转化了人肝cDNA文库质粒pACT2的酵母细胞Y187进行配合,在营养缺陷型培养基和X-α-半乳糖(X-α-gal)上进行双重筛选阳性菌落,增菌后提出质粒,转化入大肠杆菌(DH5α),提出质粒并测序, 进行生物信息学分析. 结果:获得了19个与E1蛋白特异陛结合的阳性克隆,其中16个克隆为已知蛋白基因和3个克隆为未知功能蛋白基因. 结论:成功克隆出与丙型肝炎病毒E1蛋白结合的肝细胞蛋白,为进一步研究HCV E1在HCV致病中的作用提供了新线索.  相似文献   

9.
目的应用酵母双杂交技术筛选人肝细胞cDNA文库中与羧基末端截短型乙型肝炎病毒表面抗原中蛋白(MHBs^t167)具有相互作用的肝细胞蛋白,以探讨MHBs^t167可能的生物学功能。方法用多聚酶链反应(PCR)法扩增MHBs^t167研基因,应用酵母双杂交系统3,连接人酵母表达载体pGBKT7中构建诱饵质粒,转染酵母细胞AH109并在其内表达,然后与转染了人肝cDNA文库质粒pACT2的酵母细胞Y187进行配合,于涂有X-α-gal营养缺陷型培养基(SD/-Trp-Leu-His-Ade)上进行双重筛选阳性菌落。挑选阳性克隆,提取此酵母克隆的质粒转化DH5a大肠杆菌并经氨苄青霉素抗性筛选,提取单克隆菌落质粒DNA,酶切鉴定后进行测序,然后进行生物信息学分析。结果成功构建MHBs^t167酵母表达载体pGBKT7-MHBs^t167.筛选出阳性菌落28个,经生物信息学分析,最后从肝细胞cDNA文库中筛选出7个与MHBs^t167特异性结合作用的克隆。其中包括人类核糖基化因子1、胎儿肝全长cDNA克隆、人类醛缩酶B果糖二磷酸(ALDOB)、补体3(C3)、人类血清扩散因子(生长调节素B)、人类BAC(细菌人工染色体)克隆GSI一306C12。结论成功克隆出MHBs^t167基因并在酵母细胞中表达,应用酵母双杂交技术筛选出7个能与MHBs^t167蛋白相互作用的肝细胞结合蛋白基因,根据所克隆到的基因,对以后研究MHBs^t167的生物学功能及乙型肝炎病毒致癌的分子生物学机制奠定了理论基础。  相似文献   

10.
目的利用酵母双杂交技术自肝细胞cDNA文库中筛选HBV前-X(pre-X)融合蛋白结合蛋白,探讨pre-X融合蛋白的生物学功能。方法 PCR扩增HBV pre-X基因序列,根据酵母双杂合体系构建诱饵质粒pDEST32-pre-X,并测定DNA序列验证。将质粒pDEST32-pre-X转化为酵母细胞MaV203,应用Western blot验证pre-X融合蛋白在酵母细胞中正确表达,再与转化为人肝细胞cDNA文库质粒的酵母细胞pDEST22配合,在营养缺陷型培养基和X-gal上三重筛选阳性菌落,提取阳性酵母菌落的猎物质粒进行DNA测序。利用核苷酸数据库及生物信息学技术,对筛选结果进行分析。结果成功构建pDEST32-pre-X诱饵质粒,Western blot证实转化诱饵质粒的酵母细胞能正确表达pre-X融合蛋白,pDEST32-pre-X及正常成人肝细胞cDNA文库共转化酵母细胞后,选择性培养出45个菌落,经缺陷培养基分离及X-gal检测后筛选出3个阳性克隆,测序结果为一种蛋白,即TCP1蛋白。结论用酵母双杂交技术筛选出1个与pre-X融合蛋白相互作用的肝细胞结合蛋白,为进一步研究HBV pre-X融合蛋白的作用提供了新线索。  相似文献   

11.
丙型肝炎病毒非结构蛋白5A反式激活基因2的克隆化研究   总被引:4,自引:1,他引:3  
目的:对丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)蛋白反式激活靶基因2(NS5A-TP2)的基因作克隆化研究。方法:依据我室构建的HCV NS5A反式激活基因差异表达的cDNA消减文库筛选结果,利用分子生物学与生物信息学技术相结合的方法获得新基因NS5-ATP2的编码序列,对其氨基酸序列进行分析比较,并对其进行克隆化研究。结果:NS5A-TP2基因编码区为615核苷酸(nt),编码产物为204氨基酸残基(aa)。经核苷酸序列数据库(GenBank)和蛋白质一级结构序列数据库(SwissProt)同源序列的搜寻,与已知基因序列和蛋白序列之间没有显著同源性,说明我们克隆的NS5A-TP2基因属于未知功能新基因。结论:发现了HCV NS5A反式激活作用的新的靶基因,这一发现,为研究新基因的生物学功能及慢性丙型肝炎发病机制提供新的思路。  相似文献   

12.
目的:筛选丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5A-TP9启动子DNA结合蛋白,探索NS5A-TP9的表达调节机制。方法:应用噬菌体展示技术,以聚合酶链反应(PCR)技术扩增的NS5A-TP9启动子DNA片段作为固相筛选分子,对噬菌体人肝细胞cDNA文库进行4轮“吸附-洗脱-扩增”富集过程,噬斑裂解液PCR扩增后,回收产物构建克隆载体,对所筛选克隆进行DNA序列分析和同源性生物信息学搜索。结果:噬菌体经富集后,筛选出10个阳性克隆,成功构建了克隆载体。序列测定后经过同源性搜索,确定了与HCV非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5A-TP9启动子DNA结合的蛋白有:补体C3、甲胎蛋白、人血清白蛋白、人核糖体蛋白20S和α1微球蛋白。结论:用噬菌体人肝cDNA文库筛选得到HCV NS5A蛋白反式激活基因NS5A-TP9启动子DNA结合蛋白,分析了这些蛋白的功能,为研究NS5A-TP9基因的转录调节机制,进一步阐明HCV非结构蛋白NS5A的致病机制奠定了基础。  相似文献   

13.
目的:利用酵母双杂交技术,业已成功克隆了人类丙型肝炎病毒(HCV)核心蛋白结合蛋白6(HCBP6)的编码基因。为了阐明不同生物类型中HCBP6基因序列的同源性,阐明HCBP6的生物学功能,我们应用生物信息学技术,克隆猴HCBP6同源基因序列,并对其结构进行分析。方法:应用我们克隆的人HCBP6基因序列作为参照,对美国国立卫生研究院(NIH)国立医学图书馆(NLM)国立生物工程信息中心(NCBI)建立的核苷酸数据库以及在线分析软件进行分析。对已经克隆的不同生物来源的HCBP6的同源基因序列进行比较。结果:猴HCBP6的同源基因开放读码框架长度为570bp,编码产物HCBP6蛋白由189aa组成。猴HCBP6的同源基因编码产物与人、猪、牛的HCBP6同源基因编码产物的同源性分别是96.27%、89.95%、85.7l%。结论:生物信息学技术是克隆不同生物类型的同源基因序列的可靠、快捷途径。猴HCBP6同源基因的克隆化为研究不同种属来源的HCBP6基因的结构域功能、表达与调控等研究奠定了基础。  相似文献   

14.
目的:阐明丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白NS5A(NS5A)反式激活基因NS5A-TP9表达的调控机制。方法:选取NS5A-TP9基因翻译起始密码子ATG上游661bp的基因组DNA序列作为启动子序列,应用聚合酶链反应(PCR)技术,以肝母细胞瘤细胞系HepG2基因组DNA为模板,扩增该启动子DNA片段,将其克隆至pCAT3中,构建pCAT3-NS5A-TP9-promoter报告基因表达载体,以该质粒转染HepG2细胞,用酶联免疫吸附法(ELISA)检测报告基因编码产物氯霉素乙酰转移酶(CAT)的表达活性。结果:发现质粒pCAT3-NS5A-TP9-promoter具有指导报告基因CAT转录表达的启动子活性,CAT的吸光度(A值)是缺乏启动子序列对照质粒pCAT3的13.9倍。结论:本研究克隆的启动子DNA序列具有指导下游基因转录的启动子活性,这一结果为研究新基因NS5A-TP9转录表达的调节机制,进一步阐明丙型肝炎病毒非结构蛋白NS5A的作用机制奠定了基础。  相似文献   

15.
AIM: To clone, identify and study new NS5ATP2 gene and its spliced variant transactivated by hepatitis C virus non-structural protein 5A. METHODS: On the basis of subtractive cDNA library of genes transactivated by NS5A protein of hepatitis C virus, the coding sequence of new gene and its spliced variant were obtained by bioinformatics method. Polymerase chain reaction (PCR) was conducted to amplify NS5ATP2 gene. RESULTS: The coding sequence of a new gene and its spliced variant were cloned and identified successfully. CONCLUSION: A new gene has been recognized as the new target transactivated by HCV NS5A protein. These results brought some new clues for studying the biological functions of new genes and pathogenesis of the viral proteins.  相似文献   

16.
目的 筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)反式激活新型靶基因,研究HCV NS5A反式激活作用的分子生物学机制。方法 应用抑制性消减杂交技术(SSH)及生物信息学技术,以HCV NS5A表达质粒pcDNA3.1(-)-NS5A转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段,与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性,利用表达序列标签(EST)序列数据库的搜索和比对,进行电子拼接,根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列,确定新型基因序列。从HepG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实,命名为NS5ATP9,在GenBank中注册,注册号为AF529370。结果 Ns5ATP9基因的编码序列全长为336个核苷酸(nt),编码产物由111个氨基酸残基(aa)组成,并成功的克隆化。结论 HCVNS5A反式激活新型靶基因NS5ATP9的筛选与克隆,为进一步研究HcvNs5A反式激活作用的分子生物学机制开辟了新的研究方向。  相似文献   

17.
目的 应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学技术(bioinformatics)筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)反式激活新型靶基因。方法 以HCVNS5A表达质粒PcDNA3.1(-)-NS5A转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段,与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性,利用表达序列标签(EST)序列的搜索和比对,进行电子拼接,根据基因起始密码子的KOZ2ak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列,确定新型基因序列。结果 从HePG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实,命名为NS5ATP6,在GenBatk中注册,注册号为AF529367。Ns5ATP6基因的编码序列全长为1572个核苷酸(nt),编码产物由524个氨基酸残基(aa)组成。结论 HCVNS5A反式激活新型靶基因NS5ATP6的筛选与克隆,为进一步研究HCVNS5A反式激活作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础。  相似文献   

18.
目的 应用微矩阵(microauray)技术,结合生物信息学(bioinformatics)技术筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)的反式激活基因,阐明授性HCV感染、肝纤维化及肝细胞癌(HCC)的等相关疾病的发病机制。方法 根据HCV-H病毒株序列设计、合成序列特异性的引物。以含有全长HCV—H株cDNA的pBRTM-3011质粒DNA作为模板,进行多聚酶链反应(PCR)扩增,获得的HCVNS5A编码基因片段克隆到TA载体中进行核昔酸序列的测定,构建真核表达载体PcDNA3.1(-)-NS5A。以pcDNA3.1(-)-NS5A转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取总RNA,逆转录为cDNA后进行表达谱基因芯片分析。应用分子生物学技术,结合生物信息学技术,克隆HCVKDA反式激活作用的新的靶基因。结果 构建了真核表达载体pcDNA3.1(-)-NS5A,经过限制性内切酶作图分析和核苔酸序列分析证实正确无误。以PcDMA3.1(-)-NS5A转染HepG2后提取总MA,逆转录后进行表达谱基因芯片技术分析。应用分子克隆技术结合生物信息学技术克隆NS5A反式激活的新型靶基因,命名为NS5ATP13,在GenBank中登录,登录号为D21262。Ns5ATP13基因的编码序列全长为2103个核苷酸(nt),编码产物由700个氨基酸残基(aa)组成。结论 丙型肝炎病毒NS5A基因产物具有显著的反式激活作用。微短阵技术是分析基因表达谱变化的自动化和高通量技术。应用这些技术,发现了HCVKDA反式激活作用的新的靶基因,将为进一步研究HCVNS5A反式激活作用的分子生物学机制及HCV相关疾病发病机制奠定基础。  相似文献   

19.
丙型肝炎病毒非结构蛋白5A反式激活基因4的克隆化研究   总被引:7,自引:0,他引:7  
目的 丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)病毒蛋白反式激活作用的新的靶基因NS5ATP4的基因序列的确立及基因克隆化研究。方法 依据我室构建的NS5A反式激活基因差异表达的cDNA消减文库,利用生物信息学技术获得新基因NS5ATP4的编码序列,对其可能的氨基酸序列进行分析比较,并对其基因利用多聚酶链反应技术(PCR)进行克隆化研究。结果 发现了HCVNS5A反式激活作用的新的靶基因NS5ATP4。结论 这一发现,为阐明HCVV NS5A蛋白的反式激活作用及其机制,开辟了新的研究方向。  相似文献   

20.
目的:应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学(bioinformatics)技术筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)F蛋白反式激活新型靶基因,进一步阐明HCV感染相关疾病的发病机制.方法:以HCV F蛋白表达质粒pcDNA3.1(-)-F转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析.应用分子生物学技术,结合生物信息学技术,克隆HCV F蛋白反式激活作用的新的靶基因.结果:对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段.从HepG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实,因其可以被F蛋白反式激活,故命名为F蛋白反式激活蛋白2(HCV FTP2),已在GenBank中注册,注册号:AY740522.HCV FTP2基因的编码序列全长为177个核苷酸(nt),编码产物由58个氨基酸残基(aa)组成.结论:HCV F蛋白在病毒的自然感染过程中有明显的表达,最近的研究表明蛋白还具有反式激活的作用,上调宿主细胞某些基因的表达,可能参与HCV致癌.HCV F反式激活新靶基因的发现,为进一步研究HCV F蛋白的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定了基础.  相似文献   

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