实时荧光定量PCR快速检测百日咳鲍特菌方法学建立及评价

目的 建立实时荧光定量PCR检测百日咳鲍特菌的方法。 方法 以百日咳鲍特菌的重复插入序列IS481为目的基因,设计探针和引物, 以克隆的IS481基因片段为DNA模板,在荧光定量PCR仪上建立实时荧光定量PCR检测方法和标准曲线,并进行灵敏度、重复性、特异性实验。 结果 建立的定量标准曲线阈值循环数（Ct）与模板拷贝数呈良好线性关系(r=0.998);最低检测浓度为10^{2 copies/μl;批内及批间变异系数均小于4%;对临床其他常见呼吸道病原体不出现特异性扩增曲线。 结论 实时荧光定量PCR法检测IS481基因可用于百日咳鲍特菌的快速检测,具有较好的灵敏度、特异性及重复性。}     

EvaGreen实时荧光定量PCR检测猪细小病毒方法的建立

目的 建立以EvaGreen为染料的实时荧光定量PCR检测猪细小病毒(PPV)的方法,为血液制品中病毒去除效果的工艺验证提供高效准确的技术平台.方法 根据PPV的VP2基因保守序列,设计并合成引物.对目的片段进行PCR扩增,将扩增的PPV病毒VP2基因片段克隆入PMD19-T载体,重组质粒PMD19-T-VP2经测序鉴定正确后,作为标准品模板,用于标准曲线的绘制和该实时荧光定量PCR方法的灵敏度、特异性和重复性检测的材料.结果 应用重组质粒PMD19-T-VP2制作的荧光定量PCR扩增曲线循环阈值与模板浓度具有良好的线性关系;该方法检测灵敏度的下限能达到102copies/μl;与其他DNA病毒和同种属的细小病毒无明显的交叉反应;连续重复检测高、中、低浓度样品,批内批间变异系数小,重复性好.结论 以EvaGreen为染料的实时荧光定量PCR检测PPV的方法提高了检测灵敏度,缩短了工艺验证的时间.     

TaqMan-MGB荧光定量PCR检测人载脂蛋白A5基因方法的建立及评价

目的建立以TaqMan-MGB荧光探针为特点的荧光定量聚合酶链反应(PCR),用于检测人载脂蛋白A5(apo A5)基因。方法针对人apo A5基因设计特异性引物和TaqMan-MGB荧光探针,以重组克隆质粒pPCR-Script-apo A5为DNA模板,在荧光定量PCR仪上建立TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法和标准曲线,进行灵敏度、重复性、特异性实验。结果建立的定量标准曲线阈值循环数(Ct)与模板拷贝数呈良好线性关系(r=0.998);最低检测浓度为103拷贝/μL;扩增效率(E)为110.2%,且重复性好。结论成功建立检测人apo A5基因的TaqMan-MGB荧光定量PCR。该法具有较好的灵敏度、特异性及重复性。     

建立检测产气肠杆菌的TaqMan荧光定量PCR和普通PCR方法

目的 建立敏感、特异的普通聚合酶链反应(PCR)方法和TaqMan 荧光定量PCR方法对产气肠杆菌进行快速检测。方法 以产气肠杆菌组氨酸脱氢酶基因(hdc)为靶基因设计引物以及TaqMan FAM探针,建立对产气肠杆菌进行检测的普通PCR方法和TaqMan 荧光定量PCR方法,并评价该方法的特异性、灵敏性和稳定性。结果 普通PCR和TaqMan 荧光定量PCR方法均能对产气肠杆菌进行特异检测;普通PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本的检测下限分别为 100 copies/l和1.0105 cfu/g,TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本的检测下限分别为33 copies/l和1.0104 cfu/g;TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本检测的扩增曲线良好;在稳定性评价试验中,普通PCR方法的重复性良好,TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品检测Ct值的组内差异为0.15%~0.98%,组间差异为0.55%~1.63%。结论 本研究建立的检测产气肠杆菌的普通PCR方法和TaqMan 荧光PCR方法特异性好、灵敏度高,能够用于产气肠杆菌的快速检测。     

利用实时荧光定量PCR技术检测毒素基因快速鉴定A/B型肉毒梭菌方法的建立

目的建立针对A/B型肉毒梭菌毒素基因的实时荧光定量PCR（real-time PCR）检测方法,构建标准曲线,评价该方法的特异性、敏感性及检测下限,以提高肉毒梭菌检测的快速性、准确性。方法根据肉毒梭菌A/B型毒素基因设计特异性引物及探针,优化反应条件,建立real-time PCR反应体系。 用25种细菌评价该方法的特异性,使用含有A/B型毒素基因特异性序列的重组质粒标准品构建标准曲线,模拟粪便标本,评价建立方法的灵敏度。结果建立的real-time PCR检测方法特异性好,携带A/B型毒素基因的重组质粒均出现相应特异性扩增曲线,对其他25种细菌进行试验扩增时,均未见出现特异性扩增曲线。 根据重组质粒标准品构建的标准曲线可确定其对肉毒梭菌A/B型毒素基因检测灵敏度分别为5.04×102拷贝/μl和6.91×102拷贝/μl。 模拟粪便标本中含有目的基因重组质粒的检测下限为A型1.71×103拷贝/μl,B型2.14×103拷贝/μl。结论本研究设计了适合检测国内肉毒梭菌 A/B 型的引物和探针,建立 real-time?PCR 快速检测体系,为我国肉毒梭菌 A/B 型菌株的快速鉴定提供一种新的技术手段。     

白假丝酵母临床分离株基因分型与药敏分析

目的分析上海交通大学医学院附属瑞金医院白假丝酵母的基因分型情况以及不同基因型白假丝酵母的药敏结果。方法采用聚合酶链反应(PCR)扩增白假丝酵母25S核糖体DNA基因的内含子区,可转座Ⅰ型内含子插入片段的数目及大小的不同使得扩增产物不同,根据产物片段大小和数目分型。采用微量稀释法分析白假丝酵母抗真菌药物敏感性。结果171株白假丝酵母分为3型:A型93株,B型47株,C型31株。B型、C型白假丝酵母对唑类抗真菌药物的耐药率显著高于A型菌株,对氟胞嘧啶的耐药率低于A型菌株。结论白假丝酵母的PCR分型方法简便、快速、重复性好、特异性强;不同型别的白假丝酵母耐药谱有差异,对治疗中抗真菌药物的选择有一定的指导意义。     

白假丝酵母临床分离株基因分型与药敏分析

目的分析上海交通大学医学院附属瑞金医院白假丝酵母的基因分型情况以及不同基因型白假丝酵母的药敏结果。方法采用聚合酶链反应（PCR）扩增白假丝酵母25S核糖体DNA基因的内含子区，可转座Ⅰ型内含子插入片段的数目及大小的不同使得扩增产物不同，根据产物片段大小和数目分型。采用微量稀释法分析白假丝酵母抗真菌药物敏感性。结果171株白假丝酵母分为3型：A型93株，B型47株，C型31株。B型、C型白假丝酵母对唑类抗真菌药物的耐药率显著高于A型菌株，对氟胞嘧啶的耐药率低于A型菌株。结论白假丝酵母的PCR分型方法简便、快速、重复性好、特异性强；不同型别的白假丝酵母耐药谱有差异，对治疗中抗真菌药物的选择有一定的指导意义。     

TaqMan荧光定量PCR检测新型隐球菌方法的建立

目的建立TaqMan荧光定量PCR方法定量检测新型隐球菌基因组DNA,为检测隐球菌性脑膜炎提供重要方法。方法在国家生物技术信息中心(NCBI)查找新型隐球菌各亚型的ITS-rDNA序列,序列比对后设计特异性引物和探针,扩增片段为114bp,构建质粒标准品,调整质粒浓度为1.42×10~8 copy/μL~1.42×10copy/μL共8个浓度梯度,分别取2μL作为模板,优化反应条件,建立标准曲线,进行敏感性、特异性、重复性评价,并检测临床确诊的15例隐球菌脑膜炎感染菌株。结果建立的荧光定量PCR可以检测2.84×10~2拷贝的质粒DNA,对临床分离的各10例其他真菌、细菌、乙型肝炎病毒DNA和人类基因组DNA均无扩增曲线,重复性良好,3个浓度的批间变异系数分别为2.86%、1.48%、1.36%,可准确检测15例新型隐球菌。结论成功建立检测新型隐球菌的荧光定量PCR方法,敏感性和特异性较高,结果稳定可靠,可早期、快速诊断隐球菌性脑膜炎。     

Taqman-探针荧光定量PCR鉴定副溶血弧菌方法的建立

目的 建立一种Taqman荧光定量PCR鉴定副溶血弧菌的方法。方法 以副溶血弧菌标准株(ATCC-VPJS421)和其它常见致病菌标准株为研究对象,通过Gene Bank获取toxR基因的序列,采用生物信息学软件设计特异性PCR引物及Taqman探针,在SLAN 96P荧光定量PCR仪进行扩增检测,评价该检测方法的特异度和灵敏度。结果 ①设计的引物能够扩增出特异性条带; ②扩增体系中0.5 μl探针的扩增效果优于1.0 μl探针; ③Taqman-探针荧光定量PCR检测方法对副溶血弧菌toxR基因的检测灵敏度为10^-1 mg/L; ④在检测粪肠球菌、金黄色葡萄球菌、腐生葡萄球菌、霍氏肠杆菌、铜绿假单胞菌、大肠埃希菌、溶藻弧菌、创伤弧菌、梅氏弧菌和弗尼斯弧菌等10种常见致病菌时未出现阳性扩增,特异度为100%。结论 成功建立Taqman探针荧光定量PCR鉴定副溶血弧菌的方法,该方法特异度、灵敏度均较好,适用于副溶血弧菌的快速检测,具有良好的应用价值。     

8种深部真菌DNA微阵列鉴定方法的建立及应用

目的 建立一种能快速鉴定临床常见8种深部真菌的DNA微阵列.方法 选取临床常见的8种真菌,包括白色假丝酵母、光滑假丝酵母、热带假丝酵母、近平滑假丝酵母、土曲霉、黄曲霉、烟曲霉和米根霉.利用通用引物扩增真菌ITS区,生物素标记目的基因.针对扩增靶序列的可变区段设计探针,以尼龙膜为载体,建立DNA微阵列.采用所建立的DNA微阵列对45株临床真菌分离株进行检测.结果 应用DNA微阵列技术成功地对8种临床常见真菌菌种进行了检测,检测时间可缩短至8 h.白色假丝酵母、光滑假丝酵母、热带假丝酵母、近平滑假丝酵母、米根霉、黄曲霉以及土曲霉的探针的检测特异度高,无非特异性反应;烟曲霉的检测探针与黄曲霉之间有微弱非特异性反应,但是不影响鉴定结果.45例临床真菌分离株的DNA微阵列鉴定结果与临床检出结果完全一致.结论 该研究建立的DNA微阵列技术可在8 h内快速、准确地检测临床常见深部感染真菌菌种,具备应用于临床辅助诊断的前景.     

鼠疫多重荧光定量PCR内标检测方法的建立与应用评价

  目的  建立一种鼠疫多重荧光定量PCR内标检测方法,并进行应用效果评价。  方法  选择鼠疫菌染色体YPO0393基因与pMT1质粒caf1基因为靶基因,设计合成YPO0393-内标模板、特异性引物和TaqMan荧光探针,构建鼠疫多重荧光定量PCR内标检测体系;对非鼠疫菌DNA、不同稀释浓度鼠疫菌DNA、野外监测样本进行检测,评价该方法的特异性、灵敏性、重复性和应用效果。  结果  采用多重荧光定量PCR内标方法,8株鼠疫菌DNA均出现明显的扩增曲线,12株非鼠疫菌DNA未显示扩增曲线,提示该方法特异性良好。 不同浓度的鼠疫EV76疫苗株DNA,检测最低限为22.5×10?4 ng/μL,变异系数为0.99～3.42,提示灵敏性、重复性较好。 105份野外监测样本中,荧光定量PCR内标方法检测阳性的6份,与普通PCR方法检测结果一致,4份样本分离培养出鼠疫菌且采用PCR方法检测阳性。  结论  通过设置双靶基因与内标对照,本研究建立的鼠疫多重荧光定量PCR内标方法可降低检测假阳性率,特异性、灵敏性和重复性理想,可用于鼠疫快速检测。     

荧光定量PCR检测弓形虫基因方法的建立

目的　建立荧光定量PCR检测弓形虫基因的方法,并进行实验室方法学评价。方法　PCR扩增弓形虫 529bp重复序列,经TA克隆后转化入大肠杆菌DH5α中;提取重组质粒鉴定后,作为模板建立荧光定量PCR标准曲线,并做重复性试验和临床标本检测。结果　用重组质粒制作的标准曲线循环阈值与模板浓度有良好的线性关系,相关系数 0. 995,平均试验间变异系数 3. 28%,无非特异性扩增。临床标本检测阳性率为 43. 3%。结论　建立了检测弓形虫基因的荧光定量PCR方法,快速、灵敏、特异的特点适合临床实验室的应用。     

多重荧光PCR-熔解曲线法同时检测常见病原真菌方法学的建立及诊断价值

目的建立多重荧光PCR-熔解曲线法，并评价其同时检测假丝酵母菌、曲霉菌及新型隐球菌的诊断价值。 方法建立多重荧光PCR-熔解曲线法并对其检测体系进行优化。收集临床高度怀疑为侵袭性真菌感染（IFI）的各类临床样本179例，其中血液65例、深部痰液35例、尿液30例、脑脊液18例、胸腹水12例、肺泡灌洗液10例、新鲜肺组织9例。通过敏感性、特异性、重复性实验验证多重荧光PCR-熔解曲线法的检测性能，并应用受试者工作特征（ROC）曲线评价该方法的诊断效能。 结果建立的多重荧光PCR-熔解曲线法可同时检测8种常见病原真菌，包括4种假丝酵母菌（白假丝酵母菌、热带假丝酵母菌、光滑假丝酵母菌、克柔假丝酵母菌）、3种曲霉菌（烟曲霉、黄曲霉、黑曲霉）和新型隐球菌。其最低检测限为1 × 10⁴ cfu/mL，且常见细菌无扩增反应，重复性实验解链温度波动小于0.5 ℃。179例临床样本中，以培养法、镜检法、病理诊断等"金标准"方法诊断IFI阳性为112例，多重荧光PCR-熔解曲线法检测阳性为96例。多重荧光PCR-熔解曲线法同时检测假丝酵母菌、曲霉菌及新型隐球菌的敏感度为0.857，特异度为0.970，阳性预测值为0.980，阴性预测值为0.802，ROC曲线下面积为0.914，95%置信区间为0.868 ~ 0.959，P < 0.001。 结论本研究建立的多重荧光PCR-熔解曲线法可快速、准确、高通量同时检测假丝酵母菌、曲霉菌及新型隐球菌，对于IFI的早期诊断具有重要意义。     

梅毒螺旋体荧光定量PCR检测方法的建立和初步临床应用

目的建立一种利用MGB-Taqman探针的快速、灵敏、特异、准确定量检测梅毒螺旋体的方法.方法选择梅毒螺旋体的基因组的保守区域,设计合成引物和MGB-Taqman探针,构建质粒标准品pMD18-T-TP,优化定量PCR反应体系,并进行方法学评价.结果1)成功构建了重组质粒pMD18-T-TP.2)建立了利用MGB-Taqman探针的荧光定量PCR方法,其线性范围:101～1010copies/μl;灵敏度:10copies/μl;重复性:批内CV为2.02%,批间CV为2.83%,日间CV为4.23%;特异性:100%.3)初步临床应用证明:该方法比血清学检测方法灵敏度更高,假阳性率低.结论利用MGB-Taqman探针定量检测梅毒螺旋体的方法灵敏度高,特异性高,操作简便,适合临床检验诊断的要求.     

MGB探针标记-实时荧光PCR方法检测细菌int1基因和ISCR1元件方法的建立

目的 建立一种快速、准确检测细菌中ISCR1复合型Ⅰ型整合子的MGB探针二重实时荧光PCR方法。方法 根据ISCR1复合型Ⅰ型整合子中int1基因和ISCR1元件序列设计特异性引物和探针,在多种经常携带有2种多耐药相关基因元件的细菌中检测其特异性;使用含有2种基因元件特异性序列的重组质粒标准品评价建立方法的灵敏度。结果 建立的MGB二重探针实时荧光PCR检测方法特异性好,携带2种基因元件或单独含有ISCR1或者int1的实验菌株均出现相应特异性扩增曲线,对2种基因元件均不含的菌株进行试验扩增时,均未见出现特异性扩增曲线。对2种基因元件都存在的实验菌株的扩增中,亦不存在由于2套引物/探针相互影响而造成的干扰扩增。根据标准质粒样品构建的标准曲线可确定其对int1基因和ISCR1元件的检测灵敏度分别为5.89×10~1拷贝/μl和4.13×10~1拷贝/μl。结论本研究成功建立了MGB二重探针实时荧光PCR快速检测方法。     

荧光定量聚合酶链反应检测常见致病真菌方法的建立

目的建立快速的检测临床致病真菌的荧光定量聚合酶链反应(PCR)方法。方法使用真菌的通用引物ITS86和ITS4,检测临床常见的致病性真菌,并观察检测方法的敏感性和特异性。结果建立的荧光定量PCR可以准确地检测念珠菌属、曲霉菌属和新型隐球菌等常见的致病真菌,白色念珠菌的敏感性为0.87fg,光滑念珠菌的敏感性为4.2fg,与细菌和人类基因组DNA以及病毒DNA均无交叉反应,根据融解曲线的Tm值可以进行菌种的初步鉴定。结论荧光定量PCR方法检测真菌的敏感性和特异性好,可以应用于临床进行快速检测。     

梅毒螺旋体荧光定量PCR检测方法的建立和初步临床应用

目的 建立一种利用MGB-Taqman探针的快速、灵敏、特异、准确定量检测梅毒螺旋体的方法。方法选择梅毒螺旋体的基因组的保守区域，设计合成引物和MGB-Taqman探针，构建质粒标准品pMD18-T-TP．优化定量PCR反应体系，并进行方法学评价。结果1）成功构建了重组质粒pMD18-T-TP。2）建立了利用MGB-Taqman探针的荧光定量PCR方法，其线性范围：10^1～10^10％opies／μl；灵敏度：10copies／μl；重复性：批内CV为2．02％，批间CV为2．83％，日间CV为4．23％；特异性：100％。3）初步临床应用证明：该方法比血清学检测方法灵敏度更高，假阳性率低。结论利用MGB-Taqman探针定量检测梅毒螺旋体的方法灵敏度高，特异性高，操作简便，适合临床检验诊断的要求。     

实时荧光定量PCR检测人粪便中空肠弯曲杆菌方法的建立与评价

目的：建立一种快速检测人粪便样本中空肠弯曲杆菌的实时荧光定量 PCR方法。方法根据空肠弯曲杆菌保守序列设计特异引物,建立空肠弯曲杆菌的实时荧光定量 PCR检测法。对该方法的线性范围、抗干扰能力进行考察。同时采用培养法和实时荧光定量 PCR法对150例粪便样本进行检测,以培养法检测结果作为参照标准,对实时荧光定量 PCR方法的灵敏度、特异度、准确度和重复性进行考察。采用 Kappa检验对两种检测方法的结果进行统计学分析。结果建立的实时荧光定量PCR方法标准曲线线性关系良好Y＝-3.51 Log（X）＋37.09,相关系数为0.996,理论检测下限为102 CFU/ml。抗干扰能力强,仅空肠弯曲杆菌出现特异性扩增曲线。与培养法相比,其灵敏度、特异度、准确度分别为92.4％,95.8％和94％;检测结果重复性良好（CV％＜5％）。统计学分析显示两种方法检测结果具有一致性,且一致性强度为极强（Kappa＝0.88,P＜0.05）。结论实时荧光定量PCR法能准确快速检测粪便样品中的空肠弯曲杆菌。     

实时荧光定量PCR法检测产气荚膜梭菌

目的:运用实时荧光定量PCR法检测产气荚膜梭菌,为早期快速诊断气性坏疽提供新方法.方法:以产气荚膜梭菌16s rDNA基因序列为模板,在其保守区域设计特异性引物与探针,将PCR扩增所得产物片段克隆,作为定量检测的标准品,绘制标准曲线.并对荧光定量PCR体系与反应条件进行优化,验证方法的特异性、敏感性、重复性及可行性.结果:实时荧光定量PCR法对产气荚膜梭菌的检测具有高度特异性,与创伤弧菌等24种相关细菌等均无交叉反应;检测灵敏度以纯菌计数达9×102cfu/mL,相当于9 cfu/反应;反应体系有较高稳定性;整个操作过程仅需3 h;300例创伤可疑分泌物样本的荧光定量PCR检测结果与细菌培养结果一致.结论:实时荧光定量PCR法特异、灵敏、快速,适用于产气荚膜梭菌的临床检测及突发事件的批量检测.     

常见曲霉菌的实时定量PCR诊断技术的研究

目的 建立常见曲霉菌的实时定量PCR诊断技术.方法 针对黄曲霉菌、烟曲霉菌、构巢曲霉菌、黑曲霉菌和土曲霉菌内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)保守基因设计引物和探针,通过普通PCR扩增其ITS2基因片段,作为实时定量PCR反应模板,通过实时定量扩增和分析其解链曲线来鉴定常见曲霉菌,同时分析该方法灵敏度.结果 真菌通用引物扩增五种常见曲霉菌ITS2基因DNA片段,大小为350 bp左右.实时定量PCR分析和探针解链曲线分析结果显示土曲霉解链温度(melting temperature,Tm)值为57℃±0.12℃,黄曲霉Tm值为59℃±0.13℃,烟曲霉Tm值为63℃±0.17℃,土曲霉Tm值为66℃±0.15℃,构巢曲霉Tm值为66℃±0.14℃,黑曲霉Tm值为68℃±0.12℃.方法 灵敏度分析显示各曲霉菌最低模板DNA反应浓度分别为烟曲霉51.2· fg/μl,黄曲霉621.3 fg/μl,黑曲霉19.5 fg/μl,土曲霉82.4 fg/μl和构巢曲霉520.8fg/μl.结论 创建一种可快速鉴定五种常见曲霉菌的实时定量PCR诊断技术,该方法特异度好、灵敏度高,符合临床需要,能为侵袭性真菌感染(invasive aspergillosis,IA)提供新的选择.