宏基因组二代测序技术在艾滋病合并肺诺卡菌病诊断中的应用（附1例报告）

宏基因组二代测序技术（mNGS）可对感染标本直接进行高通量测序,为复杂性感染提供快速精准诊断。本文分析1例艾滋病（AIDS）合并肺诺卡菌病患者临床表现及诊疗经过,探讨mNGS在诊断中的应用情况,为AIDS合并诺卡菌感染的诊治提供经验思路。患者入院时按常规临床症状、实验室检查等资料初始误诊为细菌性肺炎、肺结核,后结合mNGS诊断为肺诺卡菌感染,经经验性应用复方磺胺甲(口恶)唑联合阿米卡星抗诺卡菌治疗好转出院。该病例提示在免疫缺陷合并感染的患者中,应用mNGS进行病原体检测可指导感染性疾病诊断。     

宏基因组二代测序技术在免疫功能低下肺部感染患者诊断中的应用研究进展

恶性血液病、实体器官移植、先天性免疫缺陷、艾滋病等免疫功能低下患者肺部感染常见，其中大部分患者会发展成重症感染而导致急性呼吸衰竭、脓毒血症等，预后较差。免疫功能低下患者的病原菌谱及病原体种类与免疫功能正常患者在很大程度上有所不同，多数为机会性病原体与混合性感染为主。因此，早期精准诊断病原体对于治疗和改善临床预后具有决定性作用。宏基因组二代测序（mNGS）是一种可同时独立无偏移检测数千至上亿基因片段的检测技术，以快速及准确的优势在病原体检测诊断中广泛应用。mNGS在免疫功能低下合并肺部感染患者的诊断中具有巨大的潜力，在未来可能成为补充常规诊断方法的宝贵工具。     

多重荧光PCR技术在诊断儿童急性呼吸道感染中的应用

目的评估多重荧光PCR技术在检测儿童急性呼吸道感染病原体中的临床应用价值。方法随机选择我院急性呼吸系统感染患儿502例,采集鼻咽拭子,分别采用多重荧光PCR技术和胶体金、免疫荧光等方法检测呼吸道病原体,对不同检测结果采用二代测序方法进行验证,评估多重PCR技术在检测呼吸道病原体中的价值。结果502份标本采用多重PCR技术检测出10种病原体,共计200株,阳性标本118份(阳性率23.50%),混合感染率11.4%,与测序结果一致,与其它免疫方法比较,除甲乙流病毒检测一致性好(kappa>0.8),其它病原体检测的检测一致性较差(kappa<0.4)。结论多重荧光PCR技术具有灵敏、特异、准确、快速高效等优点,而胶体金法、免疫荧光法灵敏度低、结果判读主观性强。多重荧光PCR技术对于诊断儿童呼吸系统感染具有良好的临床应用价值。     

宏基因组二代测序技术在2型糖尿病合并肺部感染患者中的临床应用

目的 比较宏基因组二代测序技术(metagenomic Next-Generation Sequencing, mNGS)与传统病原学诊断方法对2型糖尿病患者肺部感染病原学诊断的优劣，为临床诊治提供参考依据。方法 对阜阳市人民医院在2021年11月至2023年3月就诊的103例2型糖尿病合并肺部感染患者进行回顾性分析，均接受传统培养及mNGS检测，比较两种不同检测方法对病原体检测的阳性率、病原学分布及检测结果的一致性；比较两种不同检测方法的敏感度、诊断效能；比较不同分组患者mNGS阳性检出率。结果 mNGS检测对肺部感染病原检出阳性率、诊断敏感度显著高于传统检测方法(81.55%vs 42.72%,P<0.001);(92.68%vs 51.21%,P<0.001),但是两者一致性较差(Kappa=0.179<0.4)。在各个亚组mNGS检出阳性率的比较中，合并肺基础疾病组检出阳性率更高(93.02%vs 73.33%,P<0.05)。结论 mNGS检测可提高2型糖尿病合并肺部感染患者病原体的检出率，尤其是在真菌、病毒、特殊病原体方面。     

宏基因组二代测序辅助诊断鹦鹉热衣原体肺炎一例

<正>鹦鹉热衣原体作为一种革兰氏阴性、胞内寄生的病原体,通常在鹦鹉及鸽子中被发现。由于鹦鹉热的低发病率及无特异性的临床表现,其发生易被忽视。而且目前所存在的传统检测方法检出鹦鹉热衣原体病原体较为困难,然而宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)作为一种新型宏基因组二代测序方法,具有快速、准确、全面检测的优势。     

宏基因组测序诊断艾滋病合并李斯特菌脑膜炎1例

<正>单核细胞增生李斯特菌脑膜炎是由单核细胞增生李斯特菌（Listeria monocytogenes,LM）感染引起的一种细菌性脑膜炎,发病率低,但致死率高,常发生于免疫功能缺陷患者。AIDS患者容易发生各种机会性感染和少见疾病,本文分析了1例利用宏基因组二代测序技术（metagenomics next-generation sequencing,mNGS）诊断AIDS合并LM脑膜炎患者的相关资料,希望对临床诊治提供参考。     

宏基因组二代测序对肾脏重症监护病房免疫功能低下患者感染的诊断价值

目的：回顾性分析宏基因组二代测序(mNGS)对肾脏重症监护病房(ICU)免疫功能低下患者感染的诊断价值,评估临床应用前景。方法：选取2018年8月至2022年4月国家肾脏疾病临床医学研究中心ICU收治疑诊感染的慢性肾脏病(CKD)免疫功能低下患者,分为常规微生物学检测(CMT)确诊感染组、临床诊断感染组和排除感染组,对比mNGS与CMT的诊断效能。结果：本研究共纳入303例患者,累计使用2(1, 3)种免疫抑制剂,中位治疗时间7(2, 50)月,中位CD4⁺T细胞计数149.50(81.25, 262.25)个/μL,在院死亡率20.46%。CMT确诊感染组中38.79%的mNGS与CMT结果完全一致,27.88%部分一致,33.33%不一致。临床诊断感染组中57.69%通过mNGS发现感染病原体。mNGS报阳时间更早,检测病原体种类更多(P<0.05),混合感染检出率高(P<0.001),可鉴定出常规培养难以发现的病原体。mNGS对感染病原体检测灵敏度和准确度强于CMT(P=0.014),特异度、阳性及阴性预测值无明显差异。结论：mNGS能增加免疫功...     

海南省2012—2021年儿童RSV急性呼吸道感染流行病学特征分析

［摘要］　目的　分析海南省儿童呼吸道合胞病毒（RSV）急性呼吸道感染（ARTI）的流行病学特征,为预防和诊治儿童RSV感染提供参考。方法　收集2012年3月至2021年12月于海南省多家医院住院治疗的59 312例ARTI患儿的临床资料,对RSV感染病例的流行病学和临床资料进行回顾性分析。采用间接免疫荧光法检测血清中RSV、肺炎支原体、嗜肺军团菌、肺炎衣原体、腺病毒、Q热立克次体、副流感病毒、甲型流感病毒、乙型流感病毒等九项呼吸道病原体IgM抗体。结果　59 312例ARTI患儿的RSV-IgM阳性率为2.07%（1 226/59 312）。2016—2018年RSV-IgM阳性率呈上升趋势,并在2017年、2018年达到高值,分别为4.46%、5.20%,随后呈下降趋势。男性ARTI患儿的RSV-IgM阳性率显著高于女性（2.21% vs 1.82%; χ²=10.714,P<0.001）。夏季ARTI患儿RSV-IgM阳性率最高（2.59%）,秋季最低（1.70%）。1 226例RSV-IgM阳性患儿中,单纯RSV-IgM阳性485例（39.56%）,混合感染741例（60.44%）。其中合并1种其他病原体感染505例（41.19%）,合并2种其他病原体感染191例（15.58%）,合并3种其他病原体感染45例（3.67%）。对于RSV-IgM阳性患儿,以临床诊断为肺炎的占比最高,以咳嗽为最常见的临床症状。混合感染患儿发热的发生率高于单一RSV感染者,差异有统计学意义（P<0.05）。结论　海南省2012—2021年住院ARTI患儿RSV-IgM总阳性率为2.07%。RSV感染以夏季发病率最高,秋季发病率最低。各年龄段均有RSV感染发生,其中婴儿期RSV感染率最高,学龄期最低。男性RSV感染率高于女性。RSV感染常合并1种病原体感染,多为肺炎支原体。RSV感染临床症状主要为咳嗽、发热、鼻塞、流涕、喘息和气促。     

mNGS在发热血液肿瘤患者血液病原体检测中的应用及细菌检出阳性预测模型构建

目的 观察宏基因组二代测序技术（mNGS）在发热血液肿瘤患者病原体检测中的应用效果，并构建mNGS细菌检出阳性预测模型。方法 发热血液肿瘤患者104例，同时行外周血mNGS检测及常规检测（血培养、真菌培养及涂片、G/GM试验、EBV及CMV病毒定量检测、痰抗酸染色、PPD试验、T-SPOT、IGRAs、十三项病原菌检测及十一项病原菌检测），比较mNGS与常规检测技术的病原体检出率。以mNGS细菌检出阳性为因变量，以性别、年龄、白细胞、中心粒细胞、淋巴细胞、hs-CRP、降钙素原、血清血蛋白、IL-6、D-二聚体、合并肺部感染、低蛋白血症、骨髓抑制、粒细胞缺乏症为自变量，Logistic回归分析发热血液肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的独立影响因素。基于独立影响因素建立发热肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的预测模型。ROC评估细菌检出阳性预测模型的预测效能。结果 发热血液肿瘤患者mNGS细菌及病毒检出率高于常规检测技术（P均<0.05）。hs-CRP升高、合并肺部感染、合并低蛋白血症是发热肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的独立影响因素（OR值分别为1.010、5.048、3.563,P均<...     

宏基因组二代测序诊断惠普尔养障体重症肺炎一例报道并文献复习

惠普尔养障体（TW）重症肺炎是由TW感染引起的罕见病，传统检测方法不易获得其病原学证据，误诊率极高，故其早期诊断与治疗仍面临巨大挑战。宏基因二代测序（mNGS）可检测到传统检测手段无法检测到的罕见病原体，使得TW检出率不断提高。本文报道1例支气管肺泡灌洗液mNGS诊断为TW感染的重症肺炎患者，给予头孢曲松联合复方磺胺甲噁唑治疗，患者病情好转。