应用微阵列比较基因组杂交技术检测乳腺癌患者共有拷贝数变异的初步研究

目的 探讨乳腺癌患者基因组中共有的拷贝数变异与乳腺癌发生发展的关系,为乳腺癌的预防、治疗和预后提供基本依据. 方法 使用微阵列比较基因组杂交技术检测样本基因组DNA的拷贝数变异.将得到的拷贝数变异在人类基因组变异数据库和孟德尔遗传数据库进行变异分析,寻找样本共有的拷贝数变异并分析其与乳腺癌的关系.结果 发现1q21、8p11、8p12、8q11、14q32、14q32.33(其中包含2个片段),20q13和22q11共9个共有拷贝数变异,其中4个拷贝数变异通过人类基因组变异数据库证实为正常多态性拷贝数变异.有5个拷贝数变异在人类基因组变异数据库中不存在相似片段并且在孟德尔遗传数据库中有致病基因,包括4个扩增片段和1个缺失片段. 结论 1q21.1q42.2、8q21.12q23.3和20q13.2q13.31 3个片段的扩增及8p12p11.23的缺失与乳腺癌的发生和发展有一定联系,但8q11.22q11.23的扩增与乳腺癌的发生、发展的相关性尚有待于进一步验证.     

微阵列比较基因组杂交技术与二代基因测序检测拷贝数变异的对比

目的 对比分析微阵列比较基因组杂交技术(array-based comparative genomic hybridization,aCGH)和第二代基因测序技术(next generation sequencing,NGS)在基因组拷贝数变异(copy number variation,CNV)上的一致性,为临床检测CNV提供新的检测方法. 方法 提取15例流产组织临床样本的基因组DNA,然后分别使用aCGH和NGS 2种方法对上述DNA进行检测,分析对比每个样本的CNV的数目. 结果 aCGH共检测到CNV数有109个,最小的片段有16 kb,最大的片段有34Mb,其中小于200 kb的有20个,大于200 kb小于1 Mb的有34个,大于1 Mb小于5 Mb的有26个,大于5 Mb小于34Mb的有29个.NGS共检出68个CNV,其中小于200 kb的有3个,检出率为15.0％;大于200 kb小于1 Mb的有22个,检出率为64.7％;大于1 Mb小于5 Mb的有20个,检出率为76.9％;大于5 Mb小于34 Mb的有29个,检出率为100.0％. 结论 对于目前的数据量来说,NGS在检测大于5Mb的大片段CNV上检出率较高,与aCGH具有一定的一致性,可以应用于流产组织中CNV的检测.对于小片段的CNV的检测,需要增加相应的读取的数据量进行检测.     

微阵列比较基因组杂交技术在产前诊断中的应用

在遗传和环境因素共同影响下,大约3％的婴儿有严重的出生缺陷,其中5％～10％将会发展成智力障碍,所以产前诊断是优生优育的必要保障.从20世纪60年代染色体显带技术发展以来,染色体核型分析就成为产前诊断的金标准[1],该技术能够检测到染色体数量变化、平衡/不平衡易位、倒位和显微镜下可见的大片段缺失和重复等问题.但目前该技术还存在一定的局限,如由于分辨率较低不能够检测出少于5 Mb片段的染色体异常;同时,产前染色体（羊水、绒毛染色体）条带较少增加了异常检出的难度;诊断前需要细胞培养的过程延长了出最终报告的时间;对于结果的分析也依赖于检验人员的水平（图1A）[2].以上这些因素都限制了染色体核型分析技术在高通量自动化分析中对亚显微镜染色体结构异常的发现.     

微阵列-比较基因组杂交技术在临床病理研究中的应用

微阵列比较基因组杂交技术是一种高通量和高分辨率的基因检测工具,它通过精心设计的各种微阵列,运用成千上万的探针使得单拷贝基因突变的检测成为了可能。在临床诊断中,微阵列-比较基因组杂交技术可以结合G显带技术、FISH技术、光谱核型分析等检测技术进一步分析染色体微小异变。就近年来微阵列-比较基因组杂交技术应用于临床病理学方面的一些研究作一综述。     

比较基因组杂交在肿瘤病理诊断中的应用

比较基因组杂交（comparativegenomehybriclization，CGH）是一种将原位荧光杂交技术与数字图象分析相结合，用于检测肿瘤组织DNA异常（缺失、扩增、复制），并在染色体上定位的细胞遗传学新方法（门。与传统分子水平的DNA检测手段相比，在一次实验中即可对整个基因组进行分析，并能确定肿瘤DNA异常发生于哪条染色体，位于染色体的哪个区带，同时还可获得相应的癌基因扩增或抑癌基因丢失的信息。目前这一方法在国外已被用于肿瘤遗传学研究的多个领域，其在肿瘤病理诊断中的应用对阐明肿瘤的发病机制、疾病分类、推断之发展的不同阶段，…     

阵列比较基因组杂交技术在肿瘤研究中的应用进展

基因组变异是肿瘤细胞的一个重要特点,其参与肿瘤形成的生物学过程和通路。阵列比较基因组杂交技术能以高分辨率在全基因组范围内检测基因变异和DNA拷贝数改变,尤其能对特异的基因变异进行高度准确的定位。现综述目前常用的几种阵列平台及其在寻找肿瘤相关基因、监测肿瘤发展进程、判断预后等方面的应用。     

比较基因组杂交在白血病和淋巴瘤研究中的应用

大多数造血系统恶性肿瘤的发生都可以用比较基因组杂交的方法加以研究,现有研究表明,除了碱基重排以外的基因组改变也是这些恶性肿瘤发生的原因。这些基因组改变不但在肿瘤的发展和分类中起重要作用,还与其对化疗的反应性和患者的生存率都有很大关系。本文就其在白血病和淋巴瘤中的应用作一综述。     

比较基因组杂交技术在软组织肉瘤诊断中的应用

比较基因组杂交(CGH)技术是在荧光原位杂交(FISH)基础上，结合消减技术发展起来的一种能快速、全面分析染色体基因组获得和缺失的分子遗传学方法。它不需要特殊探针，能进行全基因组检测，并可在正常中期染色体上定位。目前CGH技术是对整个染色体扫描分析最常用的技术，在软组织肉瘤的诊断和研究中有重要意义。     

比较基因组杂交技术在淋巴瘤遗传学研究中的应用

目的　采用基因组杂交 (CGH)技术 ,探讨淋巴瘤的分子遗传学特征。方法　获取 10例淋巴瘤患者的活检淋巴结组织 ,以CGH技术检测淋巴瘤基因组DNA拷贝数的变化。结果　 10例淋巴瘤患者中 ,2例有DNA扩增 ,1例有DNA缺失 ,1例DNA扩增和缺失同时存在 ,另 6例未见基因组异常。结论　CGH技术是淋巴瘤遗传学研究中的有用工具。     

基于微阵列芯片的比较基因组杂交技术在原发性闭经患者中的应用

目的 采用array-CGH技术对原发性闭经患者进行检测,探讨原发性闭经的分子生物学机制.方法 选取原发性闭经患者10例,另外选择10名具有规则月经周期的同龄女性自愿者作为健康对照者.分别采用常规细胞核型分析技术及array-CGH技术对10例原发性闭经患者和健康对照者进行分析.细胞核型分析技术采用常规G显带染色体核型分析技术,array-CGH技术采用美国Affymetrix公司Cytogenetic 2.7M微阵列芯片技术.结果 10例原发性闭经病例经常规G显带染色体核型分析未发现异常,所有病例和健康对照标本均为正常女性染色体核型:46,XX.Array-CGH 分析结果显示,有5例原发性闭经患者的X染色体短臂末端发生了约110000 bp的细小缺失,定位到染色体上的位置为:46,X,del(X)(p22.33).所有健康对照者经array-CGH分析均未见异常的DNA拷贝数改变.结论 Array-CGH技术在DNA水平上提高了染色体病的诊断水平,对于常规方法不能明确诊断的原发性闭经患者,有必要应用array-CGH技术进行更高分辨率的遗传学分析.     

淋巴瘤比较基因组杂交研究

目的评价比较基因组杂交（CGH）技术在淋巴瘤研究中的应用价值。方法采用CGH技术检测20例淋巴瘤患者核型异常，部分病例与核型分析比较。结果20例淋巴瘤患者CGH核型异常检出率为60％。8例进行常规核型分析的患者，CGH检测出4例常规核型分析未发现的异常。8例弥漫大B细胞淋巴瘤5例发现染色体拷贝数改变，其中3例发现13号染色体长臂扩增。5例滤泡性淋巴瘤中3例分别检测出7q11-21和15c11-14扩增和18号三体。4例小淋巴细胞淋巴瘤中1例6q16—25缺失，1例发现复杂核型异常：1p21—23扩增伴有2p12-ter，9p13-ter，10p13-ter缺失。结论淋巴瘤患者存在多种染色体异常，CGH是一有用的分析淋巴瘤核型异常的分子细胞遗传学工具.     

淋巴瘤比较基因组杂交研究

目的评价比较基因组杂交(CGH)技术在淋巴瘤研究中的应用价值。方法采用CGH技术检测20例淋巴瘤患者核型异常,部分病例与核型分析比较。结果20例淋巴瘤患者CGH核型异常检出率为60%。8例进行常规核型分析的患者,CGH检测出4例常规核型分析未发现的异常。8例弥漫大B细胞淋巴瘤5例发现染色体拷贝数改变,其中3例发现13号染色体长臂扩增。5例滤泡性淋巴瘤中3例分别检测出7q11-21和15q11-14扩增和18号三体。4例小淋巴细胞淋巴瘤中1例6q16-25缺失,1例发现复杂核型异常:1p21-23扩增伴有2p12-ter,9p13-ter,10p13-ter缺失。结论淋巴瘤患者存在多种染色体异常,CGH是一有用的分析淋巴瘤核型异常的分子细胞遗传学工具。     

array-CGH在产前诊断染色体疾病中的应用

摘要: 微阵列比较基因组杂交技术（array-based comparative genomic hybridization, array-CGH）结合了比较基因组杂交技术（CGH）、微阵列芯片技术（micro-array）的优势,在分子遗传学中广泛应用于全基因组水平的拷贝数分析。array-CGH 在产前诊断染色体疾病中的应用相比于传统的细胞遗传学核型分析技术以及荧光原位杂交技术（FISH）、多重荧光定量PCR（QF-PCR）、多重连接探针扩增技术（MLPA）等分子遗传学技术具有高通量、高分辨、高灵敏度、操作自动化等优势;能够检测出相当一部分常规核型分析技术不易发现的染色体微缺失和微重复综合征,以及亚端粒或者其他不平衡的染色体重排。目前用array-CGH进行全基因组扫描进行产前诊断,判断和评估所检出的拷贝数变异（CNVs）的临床意义有一定难度。对不同位点CNVs出现频率及临床意义研究可能会是近期研究热点之一。     

Array-CGH技术在胚胎植入前遗传学诊断中的应用进展

微阵列比较基因组杂交(a CGH)作为一种新兴的高通量检测技术,给分子生物学及医学研究带来了巨大变化,因其检测范围覆盖全基因组、高效率、操作简便等特点,在人类遗传疾病诊断,肿瘤基因组学,系统生物学研究及产前诊断中已有了广泛应用。植入前遗传学诊断(PGD)是辅助生殖技术的重要组成部分,随着分子遗传学技术的发展,其应用范围也不断拓宽。基于a CGH技术在PGD中对胚胎全染色体组非整倍体及结构异常的筛查,PGD/植入前遗传学筛查(PGS)胚胎植入率和临床妊娠率均有显著提高,本文就a CGH技术在胚胎植入前遗传学诊断中的应用进行综述。     

组织微阵列/芯片技术及其在肿瘤病理研究中的应用

新近发展的组织微阵列 /芯片技术是将多个细小组织片整齐排列于同一载体而成的缩微组织切片 ,具有体积小、信息含量高的特点。适于免疫组化和DNA、RNA原位杂交 ,并能大大提高实验效率 ,而且可根据需要灵活设计 ,所得结果均一可靠、可比性强。近年来多项研究表明组织微阵列 /芯片技术在肿瘤病理研究和临床病理诊断中有广泛而特殊的用途     

临床诊断中的微阵列基因组DNA分析技术的发展与应用

目前,在科研和临床实验室中涉及的各种主要微阵列技术及平台的发展和应用,虽然还没有标准化的操作平台,但是综合的寡核苷酸微阵列平台,包括相对基因杂交(comparative genomic hybridization,CGH)和基因型杂交阵列(genotyping     

微阵列比较基因组杂交用于智力低下和发育迟缓伴2q37微缺失患儿的分子诊断

目的寻找1例生长发育迟缓(development delay,DD)、智力低下(mental retardation,MR)患儿潜在的致病性基因组不平衡(genomic imbalance),分析其与表型的相关性;探讨高密度微阵列比较基因组杂交技术(array-based comparative genomichybridization,array-CGH)在临床分子遗传学诊断中的应用价值。方法用array-CGH技术对患儿进行全基因组高分辨率扫描分析,并用多重连接探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)对新发现的基因组不平衡进行验证。结果该患儿外周血细胞G显带核型未见异常,array-CGH结果发现患儿2号染色体末端存在1个亚显微结构微缺失del(2q37.1-37.3,-9.3 Mb)。MLPA结果也验证了患儿该缺失区域的存在,患儿的基因组不平衡为新发的,但患儿父母该区域未见异常。文献查询与表型基因型分析证实了该缺失具有病理性意义。结论新发现的Del(2q37.1-37.3,-9.3Mb)是该患儿真正的致病原因;array-CGH技术在MR/DD患儿的分子遗传学诊断中具有重要价值。     

染色体核型分析与单核苷酸多态性微阵列芯片技术在新生儿畸形遗传学诊断中的应用价值

目的 探讨染色体核型分析与单核苷酸多态性微阵列芯片(SNP-array)技术检测全基因组DNA拷贝数变异在新生儿畸形遗传学诊断中的应用价值.方法 选取2018年10月至2020年1月沈阳第四人民医院收治的畸形新生儿361例进行回顾性分析,收集全部畸形新生儿外周血,进行SNP-array技术检测,并对异常结果进行验证.结...     

微阵列比较基因组杂交技术及其在遗传性疾病中的应用

拷贝数变化(copy number alterations,CNVs)是指患者与健康对照之间基因组DNA拷贝数的差异,以及导致微缺失或微复制综合征的基因组不平衡,如缺失、重复、扩增和非整倍体等.基因组CNVs通过基因缺失(或)重复、基因断裂、位置效应、后生效应或上位效应等方式可导致各种人类疾病或功能障碍.最近研究发现,CNVs是许多遗传病的细胞遗传基础,根据特征性的CNVs,可对遗传病进行准确诊断.     

微阵列比较基因组杂交技术及其在遗传性疾病中的应用

拷贝数变化(copy number alterations,CNVs)是指患者与健康对照之间基因组DNA拷贝数的差异,以及导致微缺失或微复制综合征的基因组不平衡,如缺失、重复、扩增和非整倍体等.基因组CNVs通过基因缺失(或)重复、基因断裂、位置效应、后生效应或上位效应等方式可导致各种人类疾病或功能障碍.最近研究发现,CNVs是许多遗传病的细胞遗传基础,根据特征性的CNVs,可对遗传病进行准确诊断.