DNA数目可变串联重复序列用于结核分枝杆菌分型研究

目的　采用数目可变串联重复序列(VNTR)分型方法对安徽省的52株结核分枝杆菌进行分子分型研究,探讨该方法用于结核分枝杆菌分型的作用。方法 设计引物,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌13个VNTR位点进行检测,并通过BioNumerics30软件进行DNA指纹图谱多态性分析。结果 52株结核分枝杆菌可分4个类别,其中88.5%菌株属于一个型,其他3个型所占比例很小,分别为5.8%、3.8%和1.9%。结论 来自安徽的结核分枝杆菌存在主要的流行型,VNTR分型技术简便、快速,是较好的结核分枝杆菌分型方法。     

甘肃省临床分离结核分枝杆菌MLVA分型初步研究

目的随机选取2005-2007年间甘肃省肺科医院临床分离结核分枝杆菌菌株,通过多位点可变数目串联重复序列(Multiple locus variable numbers of tandemrepeats analysis,MLVA)分型,了解甘肃结核分枝杆菌流行菌株基因型情况。方法选择标化的15个VNTR位点,对临床分离菌株DNA进行检测,DNA指纹图谱使用Bio Numerics4.5软件进行统计分析,得出聚类分析结果。结果 228株结核分枝杆菌被分为4大基因群,7个大基因类型,分别包含13(5.7%)、3(1.3%)、7(3.1%)、1(0.4%)、171(75%)、31(13.6%)、2(0.9%)个株菌;在株水平基因分型上,93(40.8%)株为单菌株基因型;其余菌株基因型分别包含2-10株结核分枝杆菌,共构成132个基因簇。结论甘肃结核分枝杆菌菌株存在丰富的基因多态性,ML-VA方法具有较高的基因分型能力,可以满足结核分枝杆菌株水平DNA分型的需要。甘肃省结核分枝杆菌流行株主要为北京家族基因型菌株。     

四川省鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列基因分型及流行病学研究

目的 使用多位点可变数目串联重复序列分析方法对四川省鼠疫耶尔森菌进行基因分型研究,为四川省鼠疫防控提供科学依据.方法 选用14+12分级分型方案对四川省历年分离的132株鼠疫菌进行PCR扩增并计算重复拷贝数,通过Bio Numerics对各位点重复数进行聚类分析.结果 四川省青海田鼠鼠疫自然疫源地菌株可被分为5个群9个...     

多位点可变数量串联重复序列分析在北京家族结核分枝杆菌基因分型中的应用及位点筛选

目的对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列（variable number tandem repeats,VNTR）分析（multiple loci VNTR analysis,MLVA）中不同位点组合在结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis,MTB）基因分型研究中的应用。并以IS6110限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism,RFLP）为参照,筛选有效位点。方法分别采用IS6110-RFLP、间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）及MLVA不同位点组合对北京海淀区收集的MTB临床分离株进行基因分型研究,比较3种方法及MLVA不同位点组合的分型效果。结果 45株MTB分离株中86.7%为北京家族菌株,Spoligotyping和结核分枝杆菌散在分布重复单位（mycobacterial interpersed repetitive units,MIRU）-12系列的HGI（Hunter-Gaston Index）值分别为0.4313和0.8700,将45株MTB菌株分为10个和23个基因型。VNTR-9系列和IS6110-RFLP的分型结果一致,HGI值较高,为0.9980,将45株MTB菌株分为43个基因型。结论北京家族结核分枝杆菌在北京海淀区呈高水平流行。对于北京地区北京家族菌株占绝大多数的感染人群,VNTR-9系列MLVA是较为简便和高分辨率的分型方法 ,其分辨率能够达到MTB基因分型＂金标准＂IS6110-RFLP水平。     

以数目可变的串联重复序列和结核分枝杆菌散在分布重复单位为基础的基因分型方法在结核分枝杆菌流行病学研究中的应用

结核病是一种严重影响人类健康的传染病。全球有近1／3人口感染了结核分枝杆菌，主要分布在发展中国家。如果不能及时和有效地控制结核病传播，在今后20年内，发展中国家将会有2亿人罹患结核病。在我国，三分之一人口已感染结核分枝杆菌，受感染人数超过4亿，其中约有10％发生结核病。如果不采取有效的措施，在未来十年内预计有3000万人发生结核病。当前结核病控制面临的主要困难有：贫困人口的结核病发病率高、发现率低、耐药结核菌感染增多，而伴随着城市化过程的人口流动，     

新疆结核分枝杆菌临床分离株VNTR基因型的初步研究

目的研究新疆结核分枝杆菌可变数目串联重复序列（variable number tandem repeats,VNTR）基因分型,初步了解其基因型多态性状况及主要流行株。方法在新疆维吾尔自治区胸科医院收集一个连续时间段的结核分枝杆菌临床分离菌株,采用多位点可变数目串联重复序列分析（the Multiple Loci VNTR Analysis, MLVA）方法进行基因分型研究。基因聚类分析采用BioNumerics 5.0数据库软件。结果共收集到结核分枝杆菌临床分离菌株175株,运用MLVA 175株菌可分为8个基因群（分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ）119种基因型,其中Ⅰ群所占比例最大,达69.14%,经与Spoligotyping结果综合分析,I群即是北京家族,Ⅱ群为CAS家族。结论新疆结核分枝杆菌临床菌株存在明显的VNTR基因多态性,主要流行菌株为VNTR Ⅰ群（北京基因型）,首次发现新疆临床菌株中存在CAS家族。     

30株牛源分枝杆菌分离株基因分型鉴定

目的 采用基因分型方法对30株分离自西北三省的牛源分枝杆菌分离株进行鉴定.方法 从西北三省的规模化奶牛场采集结核菌素(PPD)阳性奶牛的咽拭子和鼻拭子,经分离培养后,采用16S rRNA、MPT64以及多位点PCR进行菌株分型鉴定,利用数目可变串联重复序列分析(variable-number of tandem rep...     

多位点可变数目串联重复序列分析方法在布鲁杆菌病监测中的应用

目的 建立多位点可变数目串联重复序列分析方法(MLVA),并评价其在布鲁杆菌菌株鉴定及流行病溯源中的价值.方法 使用MLVA方法,对16株羊种菌、22株牛种菌、21株猪种菌和10株犬种菌株进行分析,使用BioNumerics(Version 5.0),对16个位点进行聚类分析,聚类方式用平均连锁聚类法(UPGMA).计算每个位点的差异指数,菌株的基因型通过MLVA2010数据库确定.结果 使用MLVA方法,通过Bruce06、Bruce08、Bruce11、Bruce12、Bruce42、Bruce43、Bruce45、Bruce55共8个位点可以区分布鲁杆菌的种;通过Bruce04、Bruce07、Bruce09、Bruce 16、Bruce30共5个位点可以对菌株进行溯源,确定菌株流行病学相关性.结论 MLVA技术是一种分辨率高且易于在省级疾病防控系统监测实验室使用的标准化分型技术,可以加强布病监测能力.     

220株结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型研究

目的了解结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型种类和特征,为结核病防治研究提供基础科学依据。评价两种分型方法在北京地区结核病分子流行病学中的应用。方法收集北京市结核分枝杆菌临床分离株,应用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)二种分型方法进行基因分型,结果聚类分析采用BioNu-merics(Version5.0)软件。结果共在北京地区收集到220株结核分枝杆菌临床分离株。采用Spoligotyping分型方法,220株菌可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)和非北京家族(non-Beijing family),20种基因型。其中北京家族含有202株菌,占91.82%。北京家族菌株中,典型北京家族菌株占95.05%(192/202),非典型北京家族占4.95%(10/202)。北京家族菌株的耐药率为22.55%(22/98),非北京家族菌株的耐药率为16.67%(1/6),两者间的差异无统计学意义(fisher analysis,P=0.5835>0.05)。采用MLVA分型方法,202株菌可分成5个基因群59种基因型,主要为Beijing family、China2和China3,分别占91.37%、2.73%和4.55%。结论北京地区结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,其主要流行型为北京家族。北京家族菌株与耐药性无明显相关性。     

山东省局部地区结核分枝杆菌散在分布重复单位基因分型技术的应用

目的对结核分枝杆菌散在分布重复单位（mycobacterial interspersed repetitive units，MIRU）基因分型技术在山东省局部地区的应用进行评价。方法2004年2月至2006年6月，对山东省12个县级结核病防治所实验室分离培养的826株结核分枝杆菌，应用MIRU基因分型技术进行分型。结果826株结核分枝杆菌分为201种基因型，123个独特型，78个簇，最大簇基因型为223325173533。成簇的菌株中相对应的患者有流行病学接触史者18例。MIRU基因分型法分辨率为0．90，位点26显示相对较高多态性。该基因分型法的重复性为100％。完成1株菌株基因分型需要成本人民币约50元。结论MIRU基因分型技术的重复性好，快速、简单、经济，不需要昂贵的设备。不足之处是223325173533基因型菌株在山东是社会传播的优势菌群，占分离结核分枝杆菌的30．89％，需要通过二线分型方法IS6110限制性片段长度多态性基因分型技术或增加新的多态性较高的可变数目串联重复序列位点进一步提高分辨率。     

结核分枝杆菌DNA分型技术及其应用

在结核分枝杆菌基因组插入序列中，IS6110是最有特点的插入序列，同时结核分枝杆菌基因组内除IS6110插入序列外。还有多个插入序列和重复元件。如IS1081、PGRS、VNTR、DR等等，利用这些插入序列或重复序列，通过扩增或酶切杂交获得象人体指纹一样的特异带型，即DNA指纹图谱，由此建立的方法就称为DNA指纹技术。     

Spoligotyping和MLVA用于71株浙江省结核分枝杆菌临床分离株基因分型的初步研究

目的初步探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)和多位点数目可变串联重复序列分析(MLVA)用于浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解浙江省结核分枝杆菌的基因型特征。方法随机选取浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株,常规培养,收集菌体,提取基因组DNA。采用聚合酶链反应(PCR)扩增整个DR区进行Spoligotyping分型,同时分别扩增15个VNTR位点进行MLVA分型。聚类分析采用BioNumerics软件。统计学分析采用卡方检验。结果对70株菌进行了基因分型,Spoligotyping结果显示,可分为2个基因群,即北京家族(Beijingfamily)和非北京家族(Non-Beijingfamily),分别占70和30,49株北京家族菌株中,89.8为典型北京家族;MLVA结果显示,可分4个基因群,分别为Ⅰ群占8.5,含5个基因型,Ⅱ群占18.3,含13个基因型,Ⅲ群占70.4,含38个基因型,Ⅳ群占2.8,含2个基因型。两种方法对菌株的基因分型结果非常吻合,Spoligotyping分型为北京家族的菌株均分布在MLVAⅢ型中,非北京家族菌株的基因多态性,分属于MLVAⅠ、Ⅱ和Ⅳ型。MLVA将70株菌分为58个基因型(含53个独特基因型),而Spoligotyping只分为18种基因型(含12个独特基因型)。结合对临床一线4种药物的耐药检测结果分析,两种方法的分型结果均显示北京家族菌株中表现为全敏感者71.4(35/49),表现为耐药者为28.6(14/49);而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66.7,表现为耐药者为33.3,经卡方检验,两者间的差异无统计学意义(χ2=0.158,P>0.05)。结论初步证实浙江省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为北京家族。北京家族与耐药无明显相关性。MLVA株水平鉴定能力明显高于Spoligotyping,尤其是在鉴别北京家族菌株上具有明显的优势。     

大理地区结核分枝杆菌MIRU-VNTR位点的多态性分析

目的了解大理地区结核分枝杆菌基因组中的数目可变串联重复序列（variable number tandem repeat,VNTR）即MIRU（mycobacterium interspersed repetitive unit）基因多态性,探讨MIRU-VNTR位点多态性的应用价值。方法采用PCR和琼脂糖凝胶电泳检测大理地区临床分离的60株结核分枝杆菌7个VNTR位点,采用MIRU-VNTR技术进行分型,利用Hunter-Gaston指数（HGI）对各MIRU进行分辨力评价,并应用Quantity one软件和BioNumerics6.6软件进行数字化和聚类分析。结果 60株结核分枝杆菌分为5个基因群（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ群）52个基因型。Ⅰ群占56.77%,含有29个基因型;Ⅱ群占25.00%,含有13个基因型;Ⅲ群占8.33%,含有5个基因型;Ⅳ群占6.67%,含有3个基因型;Ⅴ群占3.33%,含有2个基因型。7位点组合总分辨力为0.900,最高ETR-E位点0.735,最低ETR-C位点0.455。结论大理地区分离株结核分枝杆菌存在基因多态性,7位点MIRU-VNTR分型简便快速,分辨力高,适合用于大理地区结核分枝杆菌的基因分型检测。     

结核分枝杆菌分子分型技术的研究和应用

结核分枝杆菌是引发结核病的病原菌。近年,结核病发病有增加趋势,特别是结核杆菌耐药株增多,这些都提示其分子流行病学特点发生了改变。对不同基因型的结核病患者选取不同的治疗方案,是当今个性化医疗和结核病有效治疗的必然要求。目前广泛使用的结核分枝杆菌基因分型方法主要有插入序列6110限制性片段长度多态性、间隔区寡核苷酸分型法、多位点串联重复序列分析、全基因组测序技术、耐药相关基因突变谱分析、基因芯片分型技术等,这些方法在临床和基础研究中的应用各有利弊。本文对结核分枝杆菌的基因分型技术和应用作一综述,以期为临床工作者和基础研究人员选择适合的分型技术提供理论依据。     

RD105缺失基因检测法及VNTR技术用于河南省结核分支杆菌基因分型分析及其耐药相关性研究

目的了解河南省结核分支杆菌＂北京家族＂基因型的分布、多位点可变串联重复序列（VNTR）基因型特征及其与耐药的相关性。方法应用VNTR技术、RD105缺失检测法分析结核分支杆菌的基因型,聚类分析采用B ionumberics5.0软件分析。结果 154株结核分支杆菌临床分离株中,人型结核分支杆菌137株,非结核分支杆菌14株,结核分支杆菌复合群3株;RD105缺失基因检测法检测结核分支杆菌菌株137株,＂北京家族＂基因121株（88.3%）;7位点VNTR检测结果显示明显的基因多态性。经基因聚类分析,可分为3个基因群（Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群）,其中Ⅰ群为主要流行群,占90.5%（124/137）,含114个基因型。耐多药率为6.6%（9/137）。结论河南省结核分支杆菌以＂北京家族＂基因型为主要流行株,应引起重视;＂北京家族＂基因型与耐药无明显相关性。     

多巴胺转运体基因可变数目串联重复多态在帕金森病易感性中的作用

目的　探讨多巴胺转运体 (DopamineTransporter ,DAT)基因可变数目串联重复多态(variablenumberoftandemrepeats,VNTR)在帕金森病的疾病易感性中的作用。　方法　采用扩增片段长度多态法 (Amplifiedfragmentlengthpolymorphism ,Amp FLP) ,在上海汉族人群中选择 14 4例帕金森病患者和 184例健康人 ,进行DAT基因VNTR多态与帕金森病的遗传关联研究。　结果　(1)上海地区汉族人群中 ,DAT基因VNTR多态以 4 80bp重复片段为主 ,其基因频率为 93% ;(2 )帕金森病患者与健康人群间无DAT基因VNTR多态分布的差异 ,该多态与帕金森病亦无关联 (P >0 0 5 )。按发病年龄中位数为界将帕金森病组分层后 ,无论是 <6 0岁组人群 ,还是≥ 6 0岁组人群 ,都不存在该多态性与帕金森病的相关。　结论　上海地区汉族人群中DAT基因多态性与帕金森病无关。     

MLVA技术用于福建105株结核分枝杆菌基因分型的初步研究

目的探讨MLVA技术在福建省结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法选取12个分型效果较好的VNTR基因位点。应用聚合酶链反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳,建立检测结核分枝杆菌DNA指纹多态性的方法,分析结核分枝杆菌DNA多态性。结果共对105株结核分枝杆菌的12个VNTR位点进行了检测,根据这些菌株的指纹多态性特征,共分为4个基因型(I型I、I型I、II型I、V型),其中Ⅰ型所占比例最大,为66.7%(70/105),Ⅱ型占20%(21/105),Ⅲ型占9.5%(10/105),Ⅳ型占3.8%(4/105)。结论结果提示福建省结核分枝杆菌的传播是以Ⅰ型菌株为主,应加强此型菌株流行的监控。     

天津地区临床分离株结核分枝杆菌分子流行病学研究

目的探讨天津地区结核分枝杆菌临床分离株分子流行病学特征。方法连续收集天津市海河医院2005年8月16日～11月25日就诊病人痰培养阳性的结核分枝杆菌100株，采用间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）和数目可变串联重复序列（VNTR）两种方法进行基因分型，并运用软件对二者的结果进行分析。依据北京分化支的定义。运用多重和实时定量PCR方法将其区分为W菌/典型北京家族菌株和非典型北京菌株，x^2检验分析两种亚群与患者年龄和耐药性之间的联系。结果排除污染菌株，共对96株结核分枝杆菌临床分离株进行两种方法的基因分型，Spoligotyping结果为91．7％为北京基因型（含3株类北京基因型）结核分枝杆菌（88／96）。VNTR分型可将北京基因型分为60种基因型。在北京分化支结核分枝杆菌中，W菌/典型北京家族菌株占93．2％（82／88）。两种北京分化支亚群与患者年龄和耐药性没有显著性统计学差异（P〉0.05）。结论天津地区结核病患者临床分离的结核分枝杆菌中，北京基因型呈现较为明显的优势。VNTR的分辨率明显高于Spoligotyping。北京分化支的两种亚群在天津地区临床结核病患者中均存在流行，但以W菌/典型北京家族菌株为主。     

一种五联重复序列在分枝杆菌简单序列重复区间分型中的应用研究

目的 分析微卫星5联简单重复序列在分枝杆菌基因组中的分布情况,并评价其简单序列重复区间(ISSR)分型能力,为分枝杆菌的基因分型及流行病学研究提供新的研究工具.方法 实验菌株为17株分枝杆菌菌株和41株MTB临床分离株,17株分枝杆菌菌株包括分枝杆菌标准株15株、MTB临床菌株1株和MTB无毒株(H37Ra)1株.利用MICdb2.0软件分析微卫星数据库收录的分枝杆菌基因组中5联简单重复序列(CAGCG)n的分布特征,并以该序列为基础设计ISSR引物(5'-CAGCGCAGCGCAGCG-3'),用于分枝杆菌种间和种内菌株的基因分型分析.结果 生物信息学分析显示(CAGCG)n在数据库收录的大部分分枝杆菌基因组中均有较高含量,其中在H37Rv、CDC1551、牛分枝杆菌和鸟分枝杆菌基因组中出现的次数分别为40、39、39和33次,且主要分布在编码序列区(分别为39、36、38和30次).ISSR引物对分枝杆菌菌种的基因分型分析显示,15种常见菌种聚为2大簇,第1簇含有2个亚型,第2簇含有4个亚型,种间表现出高度的遗传多样性;ISSR引物对MTB临床菌株的分析结果显示,41株菌株聚为2簇,各簇分别有2个亚型,提示该引物对种内菌株也表现出良好的分辨力.结论 以(CAGCG)n建立的ISSR分型体系,可用于分枝杆菌种间和种内菌株的遗传多样性分析.     

分枝杆菌散在重复单位对结核分枝杆菌分型的研究

目的评价分枝杆菌散在重复单位（MIRU）分型方法在结核病流行病学上的应用，探讨该方法的应用前景。方法采用MIRU分型对158株结核分枝杆菌进行基因分型，这些菌株均已进行IS6110－RFLP分型。结果MIRU分型结果产生只需1d。158株结核分枝杆菌共产生105个类型，其中65个为独特类型。在MIRU的12个区中，重复区4、10、26、40具有较高的多态性。用Hunter-Gaston Index（HGI）对2种方法进行评价，IS6110－RFLP的分辨指数为99．4％，MIRU技术的分辨指数为97．8％。当IS6110拷贝数小于等于10个时，IS6110－RFLP的分辨指数为98％，MIRU的分辨指数达到98．2％。结论MtRU分型方法具有快速、简便、分辨力较高的特点，便于普及，可在结核病分子流行病学研究中发挥重要作用。