华东地区汉族人群HB-1基因多态性的研究

目的:检测华东地区汉族人群HB-1基因的多态性,并与国外数据库进行比较。方法:采用直接测序法检测188例华东地区汉族正常个体全血标本中HB-1基因启动子、全部2个外显子及邻近的内含子区的多态性变化,所得结果与美国国立生物技术信息中心(NCBI)的SNP数据库(dbSNP)进行比较。结果:在188例正常样本中共发现6个SNPs,5个位于启动子,一个位于编码区,在dbSNP数据库中均已报道,但有6个数据库已报道的SNPs在本次研究中未能证实。结论:华东地区汉族人群HB-1基因多态性的分布与dbSNP数据库中的资料存在差异,为在华东地区汉族人群中研究HB-1基因相关疾病提供可靠数据。     

中国人群MEGSIN基因单核苷酸多态性的检测

 【目的】研究中国人群MEGSIN基因多态性及其分布特征，并与国外数据库进行比较。【方法】随机选取208例广东地区汉族个体，提取基因组DNA。对包含外显子、外显子-内含子交界区及5’UTR区、3’UTR区的PCR产物进行直接测序。综合正反向结果识别和鉴定基因内SNPs。所得结果在美国国立生物技术信息中心（NCBI）的SNP数据库（dbSNP）中进行查询和比较。【结果】在所有研究对象中共发现24个SNPs，主要位于非编码区；22个为替换型SNP，1个为插入型SNT，另一个为缺失型SNP；其中有6个SNPs在数据库中未报道，有4个数据库已报道的SNPs，在本次研究未能证实在中国人群中存在多态性。【结论】中国汉族人群MEGSIN基因的多态性分布与美国数据库中基于高加索人群的资料存在差异。本研究不仅有利于了解MEGSIN基因结构，且为在中国人群中研究MEGSIN基因相关疾病并最终找到致病位点提供可靠数据。     

中国人群MEGSIN基因单核苷酸多态性的检测

【目的】研究中国人群MEGSIN基因多态性及其分布特征，并与国外数据库进行比较。【方法】随机选取208例广东地区汉族个体，提取基因组DNA。对包含外显子、外显子-内含子交界区及5’UTR区、3’UTR区的PCR产物进行直接测序。综合正反向结果识别和鉴定基因内SNPs。所得结果在美国国立生物技术信息中心（NCBI）的SNP数据库（dbSNP）中进行查询和比较。【结果】在所有研究对象中共发现24个SNPs，主要位于非编码区；22个为替换型SNP，1个为插入型SNT，另一个为缺失型SNP；其中有6个SNPs在数据库中未报道，有4个数据库已报道的SNPs，在本次研究未能证实在中国人群中存在多态性。【结论】中国汉族人群MEGSIN基因的多态性分布与美国数据库中基于高加索人群的资料存在差异。本研究不仅有利于了解MEGSIN基因结构，且为在中国人群中研究MEGSIN基因相关疾病并最终找到致病位点提供可靠数据。     

不同人群细胞因子基因多态性分布的比较

目的研究上海地区部分汉族健康人群的细胞因子基因调节区或启动子区的多态性分布情况。方法随机选取上海地区60名汉族健康成人为研究对象,分别取外周静脉血2 mL,加入400μL 5?TA抗凝,抽提DNA;采用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)法,对肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、转化生长因子-β1(TGF-β1)、白细胞介素(IL)、干扰素-γ(IFN-γ)等细胞因子进行基因调节区或启动子区多态性分析。本组检测结果与采用同种方法测定的两组人群数据(文献报道)进行比较。结果三组人群IL-10的基因多态性分布差异不显著;TNF-α、TGF-β1、IL-6和IFN-γ的基因多态性分布,三组之间差异非常明显。结论不同人群的细胞因子基因多态性分布存在差异。     

不同人群细胞因子基因多态性分布的比较

目的研究上海地区部分汉族健康人群的细胞因子基因调节区或启动子区的多态性分布情况.方法随机选取上海地区60名汉族健康成人为研究对象,分别取外周静脉血2 mL,加入400 μL 5%EDTA抗凝,抽提DNA;采用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)法,对肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、转化生长因子-β 1(TGF-β 1)、白细胞介素(IL)、干扰素-γ(IFN-γ)等细胞因子进行基因调节区或启动子区多态性分析.本组检测结果与采用同种方法测定的两组人群数据(文献报道)进行比较.结果三组人群IL-10的基因多态性分布差异不显著;TNF-α、TGF-β 1、IL-6和IFN-γ的基因多态性分布,三组之间差异非常明显.结论不同人群的细胞因子基因多态性分布存在差异.     

IL-22RA1基因多态性与系统性红斑狼疮发病相关性的研究

目的 探讨白细胞介素22受体A1(IL-22RA1)外显子基因多态性与中国北方汉族人群系统性红斑狼疮(SLE)及狼疮肾炎(LN)发病的相关性.方法 利用基因测序、聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)电泳技术对中国北方汉族人群IL-22RA1基因单核苷酸多态性(SNP)进行筛选,通过比较基因型在SLE病例组与健康对照组中的分布,进而研究IL- 22RA1与SLE/LN的相关性.结果 在IL-22RA1基因第7外显子处存在1个有义SNP位点,该位点存在3种基因型,即C/C型、C/G型和G/G型.各型在SLE病例组和健康对照组中的分布差异无统计学意义.结论 IL-22RA1外显子基因有义SNP与中国北方汉族人群SLE的易感性可能无相关性.     

广西人群IL-6基因启动子区rsl800796C／G遗传多态性研究

摘要：目的研究白细胞介素-6（Interleukin6,IL-6）基因启动子区rsl800796C／G的等位基因及其基因型在中国广西地区人群中的分布频率,比较其与其他种族的分布差异。方法采用单碱基延伸的PCR技术和DNA测序法检测199名中国广西人群的IL-6基因启动子区rsl800796C／G单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism,SNP）,并与人类基因组计划（Hapmap）公布的四个人群（非洲人、欧洲人、日本人和北京人）的SNP分型数据做比较,分析其基因型及等位基因的分布频率在这五个人群中的分布差异。结果广西地区人群中IL-6基因启动子区rsl800796C／G基因型及等位基因频率在男女组间比较差异无统计学意义（P〉0．05）。与日本人和北京人比较,IL-6基因启动子区rsl800796C／G基因多态性的分布频率差异无统计学意义（P均〉0．05）,但与欧洲和非洲人群比较差异有统计学意义（P均d0．05）。结论在中国广西人群中IL-6基因启动子区rsl800796C／G存在基因多态性,其基因型分布及等位基因分布频率与性别无相关性,但与其他种族人群相比存在明显差异。     

辽宁地区汉族人群BDNF基因单核苷酸多态性的研究

目的 探讨辽宁地区汉族人群BDNF基因的3个SNP位点:rs6265、rs11030104和rs10835210等位基因频率的分布特点.方法 采用聚合酶链反应及限制性片段长度多态性的方法对100名辽宁地区汉族人BDNF基因内3个SNPs的等位基因及基因型进行检测,并与其他人群进行比较分析.结果 各SNP等位基因频率rs6265:A 47.0%,G 53.0%;rs11030104 A 54.5%,G 45.5%和rs10835210 A 32.0%,C 68.0%,分布符合Hardy-Weinberg平衡定律;各SNPs之间不存在连锁不平衡;rs6265的等位基因频率与欧洲人群相比存在明显差异,rs11030104的等位基因频率与日本和欧洲人群相比均存在明显差异.结论 BDNF基因内的3个SNP在辽宁地区汉族人群中均有多态性,与其他人群相比,多态性分布具有种族差异.     

中国北方汉族人VISA基因相关位点单核苷酸多态性分析

目的〓〖HTK〗分析中国北方汉族正常人群VISA基因相关位点单核苷酸多态性(SNP)的分布特征。〖HTW〗方法〓〖HTK〗用DNA序列测定技术分析100例正常人VISA 基因上下游侧翼序列、外显子及外显子/内含子连接区的核苷酸序列。用核酸序列分析软件与Genbank的VISA基因序列比对，分析SNP的基因型、等位基因分布特点，并与高加索人种比较。〖HTW〗结果〓〖HTK〗发现8个SNP，其中5个为已知的SNP,新发现3个；NCBI数据库中有报道而本研究人群中未出现的SNP位点有6个。中国北方汉族正常人群与高加索人VISA基因多个相关位点基因型及等位基因分布有差异(P＜0.05)。〖HTW〗结论〓〖HTK〗本研究结果对了解中国北方正常人群VISA 基因多态性分布特征有一定的参考价值。     

PTGS2/PLA2G4A基因多态性与精神分裂症的关系

目的：在中国北方汉族人群中探讨PTGS2/PLA2G4A基因多态性与精神分裂症的关系。方法：采用PCR技术和限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)的方法,检测中国北方汉族168个核心家系的基因型。 结果：PTGS2基因的两个SNPs(SNP1和SNP2)与PLA2G4A基因的一个SNP(SNP3)的等位基因和基因型在病例组和对照组的频数分布差异无显著性(P>0.05)。 结论：在中国北方汉族人群中PTGS2/PLA2G4A基因多态性与精神分裂症的发病可能无关。     

广东人AGTR2突变热区的SNPs位点分析

[目的]研究广东汉族人群中血管紧张素Ⅱ2型受体基因(AGTR2)是否存在特有的SNPs位点.[方法]收集121例祖籍广东的汉族人.取外周静脉血以酚/氯仿法分离白细胞提取基因组DNA,根据AGTR2基因已知的SNPs的位点分布特点设计两对引物,PCR扩增目的片段.对PCR产物进行SSCP分析,银染显色.根据染色结果,随机抽取部分带型不同的PCR产物直接测序,对测序结果通过B1ASTn软件和ClustalW软件在线分析.[结果]发现5个SNPs位点:G300663A,A300672T,A300818T,G301404T和A301410G,除A301410G与GenBank dbSNP数据库中的位点(rs5194)相同外,其余4个位点为新发现的SNPs位点.[结论]AGTR2是一个高突变的基因,广东人AGTR2的SNPs位点多,与其他人群显著不同.     

SIT1基因的单核苷酸多态的研究

目的:通过对信号开始调节穿膜编剧者1基因(SIT1)的单核苷酸多态(SNP)检测,研究SIT1基因与甲状腺功能亢进症Graves病的相关性。方法:使用PCR-测序方法,对SIT1基因的启动子、外显子以及临近的内含子分别在正常人群、甲状腺功能亢进症人群进行测序。结果:SIT1基因有2个高频SNP,对这两个SNP进行基因分型时发现疾病人群和正常人群在不同基因型间差异无统计学意义。但这两个SNP与国际公共数据库公布的SNP完全不同。结论:SIT1基因与甲亢Graves病不相关。SIT1基因的SNP在中国汉族人与外国人存在差别。     

中国家族性乳腺癌人群中发现重复出现的BRCA1 1100delAT突变

目的观察以前在上海地区家族性乳腺癌人群中发现的BRCA1基因突变是否在扩大的样本中有重复出现。方法对来自国内4个乳腺癌临床研究中心的60个独立的汉族家族性乳腺癌家系进行检测,家系中至少有2个一级亲属或3个二级亲属患原发性乳腺癌。从外周血白细胞中提取基因组DNA,对以前报道过的BRCA1基因致病性突变（1100delAT、WS17-1G〉T、IVS21＋1G〉C和5640delA）应用聚合酶链式反应（PCR）-变性高效液相色谱（DHPLC）分析-DNA直接测序的方法进行特异性分析。选取4个与BRCA1基因连锁的标记（D17S855、D17S1322、D17S1326和D17S1327）进行等位基因型分析。结果在来自中国北方的2个家系中发现有重复出现的BRCA11100delAT突变,并在其中一例的患病亲属中发现携带相同的突变。在检测的片段中还发现了1个新的致病性突变．BRCA15589del8。用与BRCA1基因连锁的标记进行等位基因型分析显示,两个来自中国北方的BRCA1 1100delAT突变携带病例有相同的等位基因型,而与前期研究中发现的上海地区此突变携带者的等位基因型有所差异。BRCA11100delAT突变在所有检测家系中出现的频率为3．16％（3／95）。结论首次在中国大陆家族性乳腺癌人群中发现BRCA1基因有重复出现的突变。BRCA11100delAT突变可能是中国家族性乳腺癌人群中BRCA1基因的突变热点;在中国北方人群中,此突变可能有“始祖效应”,需要在大规模人群中进一步研究证实。     

IL-17A及IL-17F基因多态性与卵巢上皮癌的相关研究

目的:探讨中国湖南地区汉族人群白细胞介素17A(IL-17A)基因G-197A和白细胞介素17F(IL-17F)基因A-7488G单核苷酸多态性与卵巢上皮癌(EOC)的相关性.方法:采用病例-对照研究方法,选择临床确诊的EOC组织92例为病例组,正常卵巢组织38例为对照组.利用PCR-RFLP法对IL-17A基因G-197A和IL-17F基因A-7488G单核苷酸多态性进行检测,并统计各基因型及等位基因的频率分布.结果:在病例组和对照组中IL-17A基因G-197A和IL-17F基因A-7488G单核苷酸多态性均存在GG、AG和AA三种基因型.与对照组相比,病例组的AA,AG和GG基因型频率分布均无明显差异(P值分别为0.811和0.192).对多个相关因素进行Logistic回归分析显示,尚不能认为IL-17A基因G-197A、IL-17F基因A-7488G单核苷酸多态性与EOC的发病有相关性(P＞0.05).结论:本研究初步研究结果表明,在中国湖南地区汉族人群中,尚不能认为IL-17A基因G-197A、IL-17F基因A-7488G单核苷酸多态性与EOC的发病有相关性.     

CYP8B1基因单核苷酸多态性与胆囊结石病的相关性分析

目的 了解固醇12α羟化酶(Sterol 12α-hydroxylase,CYP8B1)基因单核苷酸多态性(SNP)与中国汉族人群胆囊结石病的关系.方法 采用直接测序法检测CYP8B1基因启动子和编码区序列,确定SNP的位置及类型.对频率>10%的SNP,在胆囊结石病患者和对照者中进行关联研究.结果 在5119 bp测序长度中,共发现11个SNP,1个位于编码区,启动子区5个,3′-非翻译区5个,其中3个为新发现的SNP,而数据库中有12个SNP在本次研究没有检测到.SNP rs3732860的等位基因频率在病例-对照组之间分布差异有统计学意义,病例组A等位基因频率明显低于对照组(P=0.022),携带A等位基因者发生胆石病的危险低于携带G等位基因者(OR=1.465,95%CI 1.055~2.034,P=0.023).结论 CYP8B1基因SNP rs3732860和中国汉族人群胆囊结石形成有关,A等位基因可能对胆囊结石病发病有保护作用.

Abstract：

Objective To identify the single nucleotide polymorphisms of human CYP8B1gene and explore the association of some of these SNPs with gallstone disease in Chinese population.Methods The exon and part of promoter were sequenced by a fluorescent labeling automatic method to identify and characterize the SNPs in Chinese population. For SNPs with an allelic frequency of over 10%, a case-control study was performed in patients and controls.Results Eleven SNPs were found within a 5119 bp region. Among them, 1 was in coding region, 5 in promoter and 5 in 3′-UTR. There were 3 novel SNPs and 12 SNPs in SNP database were not found. The allelic frequency of rs3732860 polymorphism showed a significant difference (P=0.022) in the association study. The subjects with A allele had a significantly lower frequency of gallstone disease than those with G allele (OR=1.465, 95%CI 1.055-2.034, P=0.023).Conclusion SNP rs3732860 of CYP8B1 gene is associated with gallstone disease in Chinese population. And A allele may play a protective role in the pathogenesis of gallstone.     

Association of gene polymorphisms of tumour necrosis factor-α and interleukin-13 with chronic obstructive pulmonary disease in Han nationality in Beijing

Background Genetic factors are believed to play a role in the individual susceptibility to chronic obstructive pulmonary disease (COPD). A single nucleotide polymorphism (SNP) of tumour necrosis factor-α (TNF-α)has been reported but inconsistent results may arise from different populations and phenotypes of COPD. There are only a few published studies of interleukin-13 (IL-13) SNPs on COPD. The SNPs of TNF-α and IL-13 have not been studied in the Chinese population. This research was conducted to study the frequencies of IL-13 gene promoter 1055 (IL-13-1055) and TNF-α gene-308 polymorphisms in the patients with COPD and to investigate the effect of those genetic polymorphisms on COPD in the Chinese population.Methods A cohort of COPD patients and age matched controls were recruited from an inpatient hospital service in Beijing. Venous blood was obtained and genomic DNA was extracted from peripheral blood monocytes using standard method. Genomic DNA was used as a template for amplification by polymerase chain reaction(PCR) to determine the polymorphism at -1055 in the length polymorphism (RFLP) was used to determine polymorphisms in the TNF-α gene-308 position. The products were investigated by sequence analysis also.Results One hundred and eleven COPD patients and 97 controls were studied. Seventy-five cases were current smokers in COPD patients and 36 were current smokers in controls. The frequencies of TT genotype in the IL-13 gene promoter region were 11.7% ( 13/111 ) in the COPD group and 13.4% (13/97) in the controls (P =0. 713). However, the OR value of TT genotype was significantly increased to 6.4 (95% CI 1.62 -25.39) in the smokers with COPD. TT genotype was also positively related to family history of COPD, OR =7. 7 (95% CI 1.37 -43.80). The frequencies of A allele in the TNF-α gene were 5.9% in COPD and 3. 1% in controls (P=0. 131 ). The OR value of A allele was 5.0 (95% CI 1.011 to 25. 059) in smokers with COPD.Conclusions There is no significant difference in the frequencies of the TT genotype of IL-13-1055 or the A allele of the TNF-α between Han Chinese patients with COPD versus control. Thus, it does not appear that these SNPs are independent factors in COPD for Han nationality in Beijing. However, these SNPs may increase the risk of COPD among smokers.     

CXCR3单核苷酸多态性与肾移植急性排异关系的研究

目的:研究CXCR3基因rs 2280964单核苷酸多态性(gene single nucleotide polymorphisms,SNPs)与肾移植急性排异(acute rejection,AR)发生的关系.方法:2005 - 08～ 2009 - 12行首次同种异体尸体肾移植(re-nal transplantation,RTx)手术、术后6mo内临床及病理均证实的AR或移植肾状态(RTx status,Ts)的受者共223例.总结两组受者术后6mo内AR的发生等流行病及临床资料,用Taqman荧光探针法对CXCR3基因SNPs( In-tron 1,c.12+ 234G＞A;dbSNP:rs2280964)进行基因分型.结果:RTx受者CXCR3基因rs 2280964的SNPs基因分型与术后6mo内AR的发生无明显相关性(男:P=0.36;女:P =0.98).结论:CXCR3基因rs 2280964的SNPs与肾移植受者术后半年内AR的发生无明显相关性.     

SNPs在人preproEGF基因内的分布特征初探

目的 探索SNPs(single nucleotide polymorphisms)在人preproEGF基因内的分布状况及特征.方法 凭借NCBI的生物信息学平台经Blast和Entrez SNP程序对其dbSNP进行检索,获取preproEGF基因相关的SNP资料并列表详细分析.结果 SNPs在preproEGF基因中表现如下分布情况;①在93个RefSNPs中有49个各自分布在平均1kb大小的基因片段中,占全部RefSNPs的53％,即超二分之一的RefSNPs皆以约1/1000的密度分布;②以至少3个或以上的SNPs富集成串丛簇分布为标准,在该基因序列中可见有相邻SNPs之间平均距离短于200bp(＜200bp)的7段RefSNP成簇富集区和2段亚SNP富集片段,其中154bp或9bp富集区段各自含有6个或22个SNPs,分别为RefSNP类或亚SNP类富集区段中含SNP最多的富集区段;③在144个SNPs中共有37个呈现不均等分布在preproEGF基因内,占总SNPs的26％,这与其在基因组全序列中的分布情形相比不尽相同.结论 SNPs在人preproEGF基因中的分布显示出其大多以平均1/1000的密度分布,部分及少数成串丛簇聚集分布和26％不均等分布等特征.这对该基因及其相关疾病研究的课题设计方面颇具参考指导价值.     

华东地区汉族脂肪分化相关蛋白基因SNP的研究

目的 研究华东地区汉族2型糖尿病病人脂肪分化相关蛋白(ADRP)基因的单核苷酸多态(SNP)。方法 使用PCR测序方法，对ADRP基因的启动子、外显子以及临近的内含子进行测序，确定该基因在华东地区汉族2型糖尿病病人中所存在的SNP。结果 所测ADRP基因片段总长度为5003个碱基，有21个SNP，高频、低频分别是5、16个。结论 ADRP基因在华东地区汉族2型糖尿病病人中存在SNP；对某些SNP进行基因分型可以进一步确定ADRP基因中与2型糖尿病相关的SNP存在情况。