DNA芯片技术在恶性血液系统疾病研究中的应用

DNA芯片是近年发展起来的生物高新技术,其基本原理是运用微阵列技术将大量DNA片断附着在固相载体表面或原位合成寡核苷酸制成高密度DNA微点阵,用标记探针与其杂交,进行高通量的基因检测。目前 DNA芯片技术已日趋成熟并且应用于基因组水平进行基因表达、突变、测序和多态性分析等。本文对DNA芯片技术在白血病和淋巴瘤研究中的应用进行介绍。     

DNA芯片与检验医学的发展

DNA芯片 ( DNA chip)是近年出现的 DNA分析技术 ,最早由美国加州一个新兴的生物技术公司 Affymetrix开发。 1 996年底 ,该公司成功地研制出世界上第一块 DNA芯片 [1]。DNA芯片技术揭开了基因分析的新纪元 ,在基因治疗、基因诊断、新基因克隆、基因表达分析等领域有着极为广泛的应用前景。该技术被认为是后基因组时代基因功能分析最重要的技术之一。DNA芯片是指一个若干 cm2 大小的硅片 ,上面有规律地排列了成千上万个寡核苷酸探针。依照核酸杂交的原理 ,芯片上的探针与游离的靶分子( DNA或 RNA)杂交 ,然后用激光共聚焦显微镜检测…     

基因芯片技术在临床应用的进展

90年代初 ,由美国 Affymetrix公司的 Fodor博士提出并开始基因芯片技术的研究 ,至今 ,DNA芯片技术在医学各个领域中已显示出其巨大的发展潜力并取得了一定成功 ,它以一次性检查上万个基因活动的优势相继在人类肿瘤疾病的研究、艾滋病的研究、血液病的研究、细菌感染病人的研究、遗传病的研究等临床医学各个领域中都取得了巨大突破。并且成形的已用于临床诊断的 DNA芯片已在 1 997后相继问世并投入商业化生产。此技术对病人的发病机制、临床诊断、病人的预后及监控病人在用药方面的临床反应 ,制定病人的治疗方案发挥了极大的作用。每个芯片可检测超过 70 0 0个人类基因 ,在基因诊断史上是一个新的里程碑 ,引起各国科学家的注意。我国在 1 998年前对 DNA芯片技术研究还是空白 ,但现在国内部分专业人员已开始瞄准了 DNA芯片这项被称之为 2 1世纪信息革命技术。相信不久的将来 ,国内对 DNA芯片技术的研究也将取得一定成效。     

表达谱芯片与DNA甲基化芯片综合分析探索鼻咽癌发生、发展的分子靶标

目的综合分析表达谱芯片与DNA甲基化芯片,探索鼻咽癌发生、发展的分子靶标与潜在治疗靶点。方法在GEO公共数据库下载编号为GSE64634的表达谱芯片数据以及编号为GSE52068的DNA甲基化芯片数据;利用R语言的相关工具包对表达谱芯片进行差异表达分析,对DNA甲基化芯片进行差异甲基化位点分析;利用DAVID数据库对筛选出的差异表达基因进行基因功能分析和信号通路分析;利用实时荧光定量PCR和甲基化特异性PCR进一步验证生物信息学分析的结果。结果表达谱芯片分析获得筛选出2 327个差异表达基因,其中1 777个基因表达下调,550个基因表达上调;DNA甲基化芯片分析获得2 321个差异甲基化位点,其中2 228个低甲基化位点,93个高甲基化位点;对表达谱芯片和DNA甲基化芯片进行综合分析,找到4个表达水平升高且甲基化修饰水平降低的基因,并利用定量PCR、表达谱芯片和DNA甲基化芯片成功验证该结果。结论综合分析表达谱芯片和DNA甲基化芯片,筛选出4个与鼻咽癌发生、发展相关的分子靶标和潜在的治疗靶点。     

滚环扩增体系及其应用研究进展

该文对新近发展起来的恒温核酸扩增技术中的滚环核酸扩增技术及其应用研究进展进行介绍。滚环扩增技术是借鉴病原生物体的滚环复制方式而提出的,它是一种多引物的指数的体外核酸扩增技术。不仅能直接扩增特定的DNA、RNA分子,而且能实现这些靶核酸的信号放大,其灵敏度能达到1个拷贝的核酸分子。滚环扩增技术在核酸测序、单核苷酸多态性基因分型及细胞原位检测分析、DNA芯片、蛋白质芯片分析等方面都有广泛的应用前景。     

组织芯片技术在癌症研究中的应用

组织芯片技术已广泛应用于病理学各研究领域，现总结组织芯片技术在癌症研究中的应用现状，包括不同发展阶段相关基因的表达，以及组织芯片技术和DNA芯片技术的联合应用等方面的研究。     

生物芯片技术在消化道肿瘤研究中的应用进展

随着人类基因组计划（HGP）,即全部核苷酸测序的完成,人类基因组研究的重心逐渐转向功能基因组。由此,产生了一个大规模基因分析工具———基因芯片。基因芯片又称DNA微阵列（DNA microarry）,是近年发展起来的一项DNA分析技术,一般包括寡核苷酸芯片和cDNA芯片两种。     

DNA芯片技术在疾病诊断中的应用

DNA芯片(DNA thip).又称基因芯片(gene thip),是近年来迅速发展起来的高新生物技术产物,是分子生物学技术的重要进展。该技术是把DNA阵列置于一块面积很小的基板(硅片、玻片或尼龙膜)上而组成一个高密、二维的阵列,用标记的探针测定互补结合的情况,可以一次性对大量的DNA序列进行检测和分析,具有高度的并行性、多样     

DNA芯片技术在疾病诊断中的应用

DNA芯片是由大规模集成电路所控制的机器人在尼龙膜或玻璃片等固相支持物表面 ,有规律地合成大量寡核苷酸探针 ,或预先合成由机器人点样于固相支持物表面 ,然后与标记的样品 DNA或 c DNA进行杂交 ,通过放射自显影或激光共聚焦显微镜扫描后 ,对杂交结果进行计算机软件处理分析 ,获得杂交信号的强度及分布模式图 ,以此反映样品靶分子的数量及基因表达强弱的信息。本文就 DNA芯片技术在疾病诊断中应用作一综述。1　检测原理　对于以核酸杂交为原理的检测技术 ,主要过程为 :首先用生物素标记经扩增的序列或样品 ,然后再与芯片上的大量探针…     

基因芯片技术应用和展望

基因芯片 (GeneChip)通常指DNA芯片 ,其基本原理是将指大量寡核苷酸分子固定于支持物上 ,然后与标记的样品进行杂交 ,通过检测杂交信号的强弱进而判断样品中靶分子的数量。基因芯片的概念现已泛化到生物芯片 (biochip)、微阵列 (MICroarray)、DNA芯片 (DNAchip) ,甚至蛋白芯片。基因芯片集成了探针固相原位合成技术、照相平板印刷技术、高分子合成技术、精密控制技术和激光共聚焦显微技术 ,使得合成、固定高密度的数以万计的探针分子以及对杂交信号进行实时、灵敏、准确的检测分析变得切实可行。基因芯片技术在分子生物学研究领域、医…     

结核分枝杆菌耐利福平和异烟肼相关基因快速检测的应用研究

目的 利用DNA芯片检测技术直接检测痰标本中结核分枝杆菌耐利福平(RFP)、异烟肼(INH)相关的耐药基因(rpoB、katG/inhA),评价DNA芯片检测技术临床应用的可行性.方法 对586份涂阳痰标本使用L-J培养并用终点法确定其耐药性,同时利用DNA芯片检测技术检测痰标觋本中结核分枝杆菌的rpoB、katG/inhA常见基因突变位点的突变情况,比对两种方法的检测结果,对不符合的菌株测定其相应DNA序列,评估上述试验的准确性.结果 (1)586份涂阳痰标本,其中3(+)163份、2(+)204份、1(+)217份,培养阳性584份.耐药结果显示,对INH、RFP敏感的菌株分别为361株和327株,耐药菌株分别为223株和247株,其中低浓度耐药、高浓度敏感菌株分别为93株和59株,低浓度、高浓度均耐药菌株分别为130株和188株.(2)耐药基因特异性片段扩增阳性标本367份(62.8%)、阴性217份(37.2%).对INH耐药相关基因(katG/inhA)突变检出率是28.4%,突发发生位点集中在katG315位密码子(89.8%);对RFP耐药相关基因(rpoB)突变检出率是55.9%(137/247),突变发生位点主要在rpoB 531和rpoB 526位密码子,发生率分别是68.6%和16.1%.(3)对L-J药敏结果与DNA芯片检测结果不符的菌株进行DNA序列分析,发现有漏检现象.结论 DNA芯片技术直接检测样本中结核分枝杆菌的相关耐药基因存在可行性,如直接应用于临床样本检测,关键要解决样本中DNA的提取效率、PCR的扩增效率和试验的质量控制.     

寡核苷酸DNA芯片用于ABO血型基因分型的研究

目的 对寡核苷酸芯片用于ABO血型基因分型的技术进行研究。方法 常规的酚／氯仿法提取标准血样基因组DNA，在ABO座位的外显子6和7区域各设计一对引物，经PCR扩增基因组相应区段并用Cy5-dCTP进行标记。设计寡核苷酸分型探针，将探针固定在APS－PDC法制作的DNA芯片上，用标记的PCR产物与之杂交，扫描仪对杂交结果进行扫描，Imagene软件对杂交图象进行分析。结果 本实验共检测了100份已知血型血样的ABO基因型，结果证明本实验研制的ABO基因分型芯片快速、准确、灵敏。结论 寡核苷酸DNA芯片用于ABO的基因分型与其他方法相比更具有灵敏、直观、高通量和集成化的优势。     

基于DNA杂交CD式微流控芯片筛查苯丙酮尿症方法的建立

目的 建立一种基于往复流的DNA杂交CD式微流控芯片技术,用于PKU基因突变快速筛查.方法 设计并加工一种具有12个微通道的CD式微流控芯片,芯片采用PDMS-玻璃双层结构,分别含有微通道和水凝胶结合探针区.探针区包括R243Q、V245V和空白对照.将PAH外显子7扩增产物加入芯片的进样孔,在离心力的作用下进入杂交微通道区.芯片在离心机中交替旋转或暂停从而进行杂交反应.杂交后将芯片置于荧光显微镜下观察结果并分析荧光信号.评价该方法检测特异性、检测限及重复性.对30例疑似PKU孕妇DNA标本进行检测,并将检测结果与测序比较.结果 利用基于往复流的DNA杂交CD式微流控芯片只需1.5μl样品,杂交时间为15 min,杂交检测限为0.7 ng/μl.对于PKU患者组与健康对照组,芯片检测结果与测序结果一致.挑选不同批次的5张芯片及每张芯片内5个微通道重复检测同一V245V突变PKU患者DNA标本,结果均为阳性,说明重复性较好.对30例疑似PKU孕妇标本进行检测,筛查出4例携带V245V突变,1例携带R243Q突变.结论 建立了一种基于往复流的DNA杂交CD式微流控芯片检测PKU基因突变的方法,该方法简便、快速、高灵敏,可以用于PKU产前筛查.     

生物芯片技术及其在肿瘤研究中的应用

生物芯片技术又称微阵列技术，主要是指由数量众多的生物样品（DNA、蛋白质、组织细胞）密集排列于硅片、玻片、聚丙烯或尼龙膜等固相载体上，再由荧光或同位素标记的探针与之在严格条件下杂交，最后通过激光共聚焦显微镜等设备获取图像信息，经计算机分析处理获得大量信息的技术集合。其中含有大量生物样品的固相载体称为生物芯片，又称微阵列。根据储存生物样品的类型，可分为DNA芯片、蛋白质芯片和组织芯片三大类。生物芯片容纳的信息量大，可以一次性获得大量的数据并进行平行分析，在一个生物芯片上进行多样本的比较，可以排除一系…     

DNA芯片快速检测结核分枝杆菌利福平耐药rpoB基因突变

目的建立快速检测结核分枝杆菌利福平（RFP）耐药rpoB基因突变的DNA芯片。方法从34株临床痰样本中提取结核分枝杆菌的基因组DNA,采用聚合酶链反应（PCR）扩增含有rpoB基因突变位点的特异DNA片段,荧光标记后与芯片上含有特异突变位点的寡核苷酸探针进行杂交,同时与DNA测序法比较。结果用DNA芯片检测出19株耐药株和15株敏感株,且结果与DNA测序相同,准确率可达88．2％,敏感性为78．9％,特异性为100．0％。结论DNA芯片快速检测结核分枝杆菌对RFP的耐药rpoB基因突变是一种操作简便、准确性、敏感性和特异性较高,且易于开展的方法。     

DNA芯片技术及其应用

DNA芯片是近年来迅速发展起来的一项重要的DNA分析技术 ,它将核酸样品制备、核酸扩增和定性定量检测等一系列繁复的过程连续化和微型化 ,使其高度集中在一块数英寸大的固相支持物上 ,用于进行基因表达和突变的检测及DNA序列分析 ,可极大地提高DNA分析速度和简化其分析过程 ,并将给分子生物实验、临床研究、新药开发等多个研究领域带来重大的冲击甚至革命     

DNA微阵列芯片法在海南地区结核病诊断及耐药性检测中的应用

目的 探讨DNA微阵列芯片法在海南地区结核病诊断及耐药性检测中的应用.方法 采用抗酸杆菌涂片法、罗氏培养法、比例法药敏试验及DNA微阵列芯片法对海南地区的2069例疑似结核病患者痰标本进行检测,并对结核分枝杆菌检出率、耐药性及耐药基因突变特征进行分析.结果 DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌检出率为明显高于罗氏培养法和...     

组织芯片的基本应用范围

目的探索组织芯片的基本应用范围。方法将HE染色、组织化学、免疫组织化学、原位杂交和荧光原位杂交技术应用于组织芯片，了解这些技术应用于组织芯片的可行性和有效性。结果这些检测技术在组织芯片中均有清晰、定位明确的着色。结论HE染色、组织化学、免疫组化、原位杂交和荧光原位杂交技术可有效地用于组织芯片，因此，组织芯片可用于组织形态观察、组化特性分析以及蛋白和核酸(RNA和DNA)在组织细胞中的定位性研究。     

DNA芯片技术及其应用

DNA芯片是近年来迅速发展起来的一项重要的DNA分析技术,它将核酸样品制备,核酸扩增和定性定量检测等一系列繁复的过程连续化和微型化,使其高度集中在一块数英寸大的固相支持物上,用于进行基因表达和检测及DNA序列分析,可极大地提高DNA分析速度和简化其分析过程,并将给分子生物实验,临床研究,新药开发等多个研究领域带来重大的冲击甚至革命。     

蛋白质芯片技术在肿瘤标志物检测方面的进展

生物芯片技术（MicroArray）的基本理论和核心技术由Roger Ekins等在二十世纪八十年代提出。其“外围分析物”（ambient analyte）理论指出,平方微米或平方毫米面积的“微点”反应原理上比传统的宏观免疫试验具有更高的灵敏度。在大规模全基因组测序计划的推动下,DNA芯片技术迅速成为了这一理论的第一项应用。目前,DNA芯片技术已被广泛应用于基因表达谱的分析。