基于网络药理学的三仙汤治疗骨质疏松症作用机制研究

目的通过网络药理学方法探讨三仙汤干预骨质疏松症(OP)的有效成分、作用靶点及信号通路等,从而明确其作用机制。方法应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获得三仙汤中3味药物的化学成分,通过Uniprot数据库,将已筛选出的靶点名称进行标准化。通过Genecards、OMIM数据库检索骨质疏松症的相关靶基因。将药物靶点与疾病靶点取交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白在String网站构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型。在Cytoscape软件中绘制药物、疾病、靶基因网络图,并进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,探讨三仙汤治疗骨质疏松症的作用机制。结果通过数据库筛选得到三仙汤的28种有效成分以及与骨质疏松症相关的靶点127个,其中蛋白激酶、白介素6、血管内皮生长因子等基因为PPI网络中的核心基因; GO富集分析显示靶点主要影响核受体活性、转录因子活性、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、蛋白质异二聚活性、血红素结合等生物过程;以及影响AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、IL-17信号通路、前列腺癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、乙型肝炎等信号通路。结论三仙汤中的有效成分通过关键信号通路作用于核心基因,影响细胞分化、凋亡、炎症、氧化应激等多种生物学过程发挥抗骨质疏松的作用,为其后续研究提供了科学依据。     

基于网络药理学研究杜仲治疗骨质疏松性骨折的作用机制

目的基于网络药理学研究杜仲治疗骨质疏松性骨折的分子作用机制。方法利用TCMSP计算系统生物学实验室、Gene Cards数据库,分别对杜仲的有效成分、杜仲的治疗靶点和骨质疏松性骨折的靶标进行筛选,然后利用R语言软件对杜仲治疗靶点与骨质疏松性骨折疾病靶标进行取交集,得到中药-疾病靶标,再利用Cytoscape技术对杜仲的多组分、多靶点、多通路、多疾病网络进行可视化研究,构建中药-疾病-成分-靶标的调控网络,然后通过构建杜仲与骨质疏松性骨折靶标的相互作用网络图以及柱状图,从而筛选得到其关键核心的靶标。最后对核心靶标进行GO和KEGG分析。结果筛选得到杜仲治疗骨质疏松性骨折19个有效成分,59个中药-疾病靶标,杜仲-骨质疏松性骨折靶标涉及的GO功能富集的结果包括核受体的活动、转录因子活性、类固醇激素受体活性等。杜仲-骨质疏松性骨折靶标涉及的KEGG信号通路富集分析的结果主要包括:细胞凋亡信号通路、内分泌抵抗、p53信号通路、MAPK信号通路、NF-kappaB信号通路、PI3K-Akt信号通等。结论杜仲治疗骨质疏松性骨折的作用机制是杜仲中所含有的多个有效成分调节骨质疏松骨折愈合过程中的多个相关的基因,进而介导了骨折愈合过程中的多条信号通路,经与相关文献报道信息整合发现,杜仲治疗骨质疏松性骨折的调控信号通路主要为细胞凋亡、PI3K-Akt、MAPK、p53、NF-kappaB等信号通路,这些通路通过直接或间接调节骨代谢稳态平衡,最终达到治疗骨质疏松性骨折的目的。     

基于网络药理学探讨牛蒡子治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:基于网络药理学分析中药牛蒡子治疗糖尿病肾病作用机制。方法:依托TCMSP数据库筛选得到中药牛蒡子的有效成分，并结合Uniprot数据库进一步预测对应靶点。通过GeneCards数据库收集与糖尿病肾病相关的基因，将疾病与中药牛蒡子靶点取交集，而后导入String数据库，构建蛋白质-蛋白质互作网络，进而分析得到核心靶点。最后通过David数据库对交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果:预测筛选出牛蒡子8个有效成分和108个不重复的作用靶点，糖尿病肾病相关基因3 513个。中药牛蒡子与疾病共有靶点68个。通过PPI网络分析，TNF、AKT1、JUN、PTGS2、ESR1等可能是中药牛蒡子治疗糖尿病肾病的关键靶点。TNF信号通路、VEGF信号通路、HIF-1信号通路等很可能为中药牛蒡子治疗糖尿病肾病的关键通路。结论:网络药理学系统阐述了中药牛蒡子治疗糖尿病肾病的潜在药理机制与多个靶点、多种信号通路有关。     

枸杞子治疗骨质疏松症的分子机制

目的 运用网络药理学方法分析枸杞子治疗骨质疏松症的药理学机制。方法 从TCMSP分析平台上获取枸杞子药物的活性成分及潜在的作用靶点,运用Citespace3.7.1软件绘制“有效成分-靶点”网络图;同时分别在OMIM、Drugbank和Genecards三种数据库平台上获取骨质疏松疾病的相关基因,并取并集作为疾病的潜在作用靶点。将枸杞子和骨质疏松疾病的潜在作用靶点取交集,得到中药-疾病共同作用靶点。运用STRING数据分析平台对共同作用靶点进行PPI网络分析,利用cytohubba插件选取前20位显著性基因并取交集即可得到核心基因。对核心靶点进行GO功能和KEGG通路富分析,而后使用R语言软件对上述的富集结果进行可视化绘图。结果 共筛选获得枸杞子中主要有效成分36个,其中主要核心有效成分有槲皮素、黄豆黄素、β-谷固醇、豆甾醇、谷甾醇α1。活性成分所对应的靶点基因有117个,其中核心基因16个：IL-6、JUN、TNF等。GO富集所得的生物过程主要与调控成骨细胞和破骨细胞的增殖、分化有关。KEGG信号通路富集结果提示,枸杞子治疗骨质疏松疾病作用集中于IL-17、TNF、AGE-RAGE、MAPK等信号通路。结论 枸杞子可能通过多种有效成分、多靶点作用于免疫炎性反应、细胞分化等多方面来发挥抗骨质疏松症的作用。     

基于网络药理学的穿心莲抗骨质疏松的分子机制研究

目的 基于网络药理学研究方法挖掘穿心莲的活性成分和预测其治疗骨质疏松症的靶点，探究其抗骨质疏松症的分子机制。方法 在TCMSP数据库筛选穿心莲的活性化合物，通过PharmMapper反向对接获得药物作用预测靶点。从GeneCrads和CTD数据库搜索疾病靶点，建立药物-疾病靶标交互作用网络，筛选出穿心莲抗骨质疏松的特异性靶点，富集分析其信号通路。结果 检索到49种穿心莲的活性化合物，筛选出入血活性成分21种。获得206个药物作用预测靶点和与骨质疏松症发生发展相关的691个疾病靶点，通过药物-疾病靶标交互作用网络筛选出36个关键基因。富集分析结果显示穿心莲直接参与骨质疏松症发生发展的信号通路有Adherens junction、MAPK等。它还间接通过神经营养蛋白、VEGF、ErbB、Toll样受体、胰岛素等信号通路调节骨代谢。结论 穿心莲具有治疗骨质疏松症的药物潜能，其作用机制主要通过多靶点和多通路参与骨平衡的调控。     

骨质疏松症与溃疡性结肠炎共病联系的生物信息学分析

目的借助生物信息学理论方法探索骨质疏松症与溃疡性结肠炎之间的共病联系。方法从GEO数据库检索获取骨质疏松症与溃疡性结肠炎基因芯片数据,筛选出差异miRNA,通过取交集的方式获取联系两疾病的共病miRNA;使用miRWalk2.0数据库预测共病miRNA的靶标基因,STRING V11进行靶标基因的蛋白互作分析,Cytoscape构建靶标基因蛋白互作网络;使用KOBAS3.0进行miRNA靶标基因的基因本体论与信号通路富集分析。结果从GEO数据库检索获得骨质疏松症miRNA芯片GSE93883与溃疡性结肠炎miRNA芯片GSE63806,取交集后获得1个共病联系miRNA,在miRWalk2.0预测获得26个靶标基因;靶标基因间构成复杂蛋白互作网络,并从中发现3个子网络;靶标基因主要富集于调控细胞增殖分化活动、嘌呤代谢、咖啡因代谢等生物学过程及相关信号通路。结论骨质疏松症与溃疡性结肠炎存在共同miRNA,共病miRNA可能通过调控靶标基因及其参与的下游信号通路与生物学过程联系骨质疏松症与溃疡性结肠炎,共病miRNA的发现可能有助于理解上述疾病之间的内在联系,成为新的疾病治疗靶点。     

基于网络药理学的穿心莲抗骨质疏松分子机制研究

目的基于网络药理学研究方法挖掘穿心莲的活性成分和预测其治疗骨质疏松症的靶点,探究其抗骨质疏松症的分子机制。方法在TCMSP数据库筛选穿心莲的活性化合物,通过PharmMapper反向对接获得药物作用预测靶点。从Gene Crads和CTD数据库搜索疾病靶点,建立药物-疾病靶标交互作用网络,筛选出穿心莲抗骨质疏松的特异性靶点,富集分析其信号通路。结果检索到49种穿心莲的活性化合物,筛选出入血活性成分21种。获得206个药物作用预测靶点和与骨质疏松症发生发展相关的691个疾病靶点,通过药物-疾病靶标交互作用网络筛选出36个关键基因。富集分析结果显示穿心莲直接参与骨质疏松症发生发展的信号通路有Adherens junction、MAPK等。它还间接通过神经营养蛋白、VEGF、Erb B、Toll样受体、胰岛素等信号通路调节骨代谢。结论穿心莲具有治疗骨质疏松症的药物潜能,其作用机制主要通过多靶点和多通路参与骨平衡的调控。     

基于网络药理学的半枝莲治疗膀胱癌相关作用机制研究

目的 通过网络药理学方法探讨半枝莲治疗膀胱癌的作用机制,为临床治疗提供理论依据。方法 利用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)数据库获得半枝莲化学成分及对应作用靶点基因,利用Gene Cards数据库获得膀胱癌相关靶点基因,利用Cytoscape软件构建半枝莲“成分-靶点-疾病”三者相互关系网络,采用STRING数据库对半枝莲作用于膀胱癌的潜在作用靶点进行蛋白相互作用网络分析并筛选关键靶点。利用在线工具Metascape对共同靶点进行基因本体功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果 半枝莲含29个活性成分、228个靶基因,膀胱癌含4 645个靶基因,共同靶点190个,关键靶点可能为AKT1、TP53、JUN、TNF、EGFR、MAPK1等。KEGG富集分析主要涉及癌症途径、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路等。结论 本研究借助网络药理学方法初步预测了半枝莲通过多靶点、多通路治疗膀胱癌,为临床治疗提供新靶点和新思路。     

基于网络药理学探讨二仙汤治疗骨质疏松症作用机制

目的基于网络药理学探讨二仙汤治疗骨质疏松症作用机制。方法借助TCMSP和Uniprot数据库筛选二仙汤活性成分和作用靶标;通过TTD、Genecards、OMIM、DisGeNET在线数据库搜索骨质疏松症基因;运用Cytoscape3.7.0软件构建“二仙汤药物-活性成分-交集靶标基因”网络图;使用STRING数据库构建PPI网络并基于CytoHubba插件中的MCC算法筛选获得关键基因;运用g:Profiler对关键基因进行GO分析和KEGG通路富集分析,并使用Omicshare工具绘制高级气泡图,使用R软件绘制通路机制图。结果二仙汤活性成分有104种,二仙汤作用靶标与骨质疏松症基因的交集靶标基因有145个,基于MCC算法得到关键基因50个。GO分析结果显示,生物途径主要包括信号转导、生物过程的阳性调节等;细胞组分包括胞内细胞器腔、核浆等;分子功能主要包括酶结合、信号受体结合等。KEGG富集通路结果显示关键基因主要富集在PI3K-Akt、MAPK、NF-kB、TNF、Wnt、雌激素等信号通路。结论二仙汤中的淫羊藿苷、槲皮素、山柰酚等活性成分可能通过PI3K-Akt、MAPK、NF-kB、TNF、Wnt、雌激素等信号通路,作用于JUN、TNF-α、IL6、AR等多个关键基因,起到调节骨代谢,促进成骨细胞生成和抑制破骨细胞分化,治疗骨质疏松症的目的。     

基于网络药理学探析金钱草作为石淋要药治疗肾结石的作用机制研究

目的:基于网络药理学方法探讨金钱草作为石淋要药治疗肾结石的作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选金钱草的有效成分及相应的靶蛋白,通过Genecards、OMIM数据库筛选出肾结石的靶点,利用R语言获取药物与疾病的共同靶点并作出Venn图,运用Cytoscape3.7.1软件构建“化合物-靶点-疾病”网络图。使用String数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,并对其有效作用靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。结果:在已知61种金钱草有效成分中共筛选出10个,对应有效作用靶点305个。通过Venn图获得81个药物-疾病共同靶点,PPI网络发现AKT1、IL6、JUN、MAPK1、VEGFA等可能是金钱草治疗肾结石的关键靶点。GO功能分析发现81个靶基因影响了100个生物功能,体现在分子的功能上对分子的代谢与合成等生物学功能普遍具有正向调节作用。KEGG通路分析发现81个交集靶点显著富集在141条通路上(P0.05),其中金钱草主要活性成分相关靶点富集最多的通路为AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications,其中包含了钙信号通路、MAPK信号通路等经典信号通路。结论:该研究初步揭示了金钱草治疗肾结石的关键靶点和涉及的生物学过程以及信号通路,发现其作用是多靶点、多通路的,从分子层面对金钱草作为“石淋之要药”治疗肾结石提供了一定的参考依据。     

基于网络药理学探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制

目的运用网络药理学的方法探讨青娥丸治疗PMO可能的分子作用机制。方法运用TCMSP、ETCM、SymMap数据库及文献挖掘获取青娥丸主要活性成分,通过SwissTargetPrediction平台进行成分靶标预测;经GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库获取PMO相关靶点,与成分靶点取交集,获得青娥丸治疗PMO的潜在作用靶点;应用Cytoscape软件构建青娥丸治疗PMO的中药-活性成分-交集靶点网络图,使用String数据库及Cytoscape软件对交集靶点进行蛋白质相互作用网络分析,依据节点度值筛选关键靶点;通过DAVID平台对关键靶点进行GO和KEGG富集分析,以探究青娥丸治疗PMO的分子作用机制。结果筛选出青娥丸活性成分40个,包括飞燕草素、槲皮素、山奈酚等核心成分;青娥丸治疗PMO的潜在作用靶点178个;对交集靶点进行蛋白质互相作用网络分析获取关键靶点68个,包括MAPK1、AKT1、PIK3CA、JAK2等核心靶点;关键靶点基因的GO及KEGG富集分析显示:关键靶标主要在质膜、膜筏、细胞核等位置发挥作用,通过一氧化氮生物合成过程的正调控、信号转导、蛋白质磷酸化等生物过程,发挥激酶活性、与蛋白质结合、与蛋白激酶结合等功能。关键靶点主要通过参与癌症通路、PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路、以及雌激素、催乳素、甲状腺素类信号通路对PMO进行调控。结论青娥丸中飞燕草素、槲皮素、山奈酚等核心成分,可能通过参与PI3K-Akt、HIF-1、雌激素、催乳素等信号通路,作用于MAPK1、AKT1、PIK3CA、JAK2等基因靶点,调节骨代谢,治疗PMO。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨六味地黄丸抗骨质疏松症的机制研究

目的基于网络药理学及分子对接方法探讨六味地黄丸在治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)过程中的有效成分及作用机制。方法通过TCMSP数据库获得六味地黄丸组方的药物有效成分及其预测靶点;利用疾病数据库筛选骨质疏松症相关疾病作用靶点;将获得的关键靶点上传至STRING数据库完成PPI网络分析;利用DAVID数据库完成关键靶点的富集分析;通过Auto Dock Vina等软件完成化学有效药物成分与关键靶点的分析对接验证。结果共获得六味地黄丸组方化学有效成分69个、药物靶点蛋白128个及药物与骨质疏松症共同相关靶点81个;获得了IL6、TP53、VEGFA、TNF、JUN、MAPK1、EGF、EGFR、ESR1、CAT等PPI网络中的关键靶点。富集分析结果显示,其通过参与细胞增殖与凋亡过程、药物代谢、雌激素反应调节与细胞抗缺氧、抗衰老等生物学进程,调控TNF、药物代谢过程、HIF-1、VEGF、雌激素调节等信号通路,参与骨质疏松症的治疗过程;分子对接结果显示,调控网络中的关键靶点与相关有效成分之间具有较高的结合活性。结论借助生物信息学手段和分子对接技术,初步揭示了六味地黄丸抗骨质疏松症的作用机制,为后续进一步的机制研究及实验验证提供了目标与思路。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗骨质疏松症的分子机制

目的基于网络药理学方法探讨黄芪治疗骨质疏松症的潜在作用机制。方法通过TCMSP数据库进行黄芪潜在化学成分获取和靶点预测,运用GeneC ards及OMIM数据库预测筛选与骨质疏松症相关的基因,采用R软件进行药物靶点与疾病靶点映射匹配。通过Cytoscape软件进行药物-成分-靶点-疾病可视化网络建立,借助String数据库在线平台进行蛋白互作网络构建,采用DAVID数据库进行生物过程及通路注释。结果通过筛选共得到黄芪主要化合物20种,药物靶点218个,与骨质疏松症相关的靶点22个,主要影响转录因子活性、配受体活性、细胞因子活性、类固醇激素受体活性等生物过程,涉及类风湿关节炎通路、破骨细胞分化通路、IL-17因子通路、AGE-RAGE信号通路、雌激素通路等。结论研究结果证实黄芪具有多成分、多靶点、多过程的作用特征,不仅直接参与骨代谢,还间接通过消化系统、循环系统、内分泌系统等影响骨微环境,调节骨代谢,治疗骨质疏松症; Toll样受体信号通路、炎症性肠病、PI3K-Akt信号通路等与消化系统、脾脏相关通路的富集,可能是黄芪从脾治疗骨质疏松症的重要证据。     

基于网络药理学探讨独活-桑寄生治疗骨质疏松症的活性成分及生物学基础

目的运用网络药理学探究独活-桑寄生治疗骨质疏松症的活性成分,并通过筛选分析阐述独活-桑寄生治疗骨质疏松症的生物学基础。方法中药独活、桑寄生的活性成分及靶标通过中药数据库TCMSP、BATMAN检索出,骨质疏松症的预测靶点通过疾病靶点数据库Gene Cards检索出,将药物和疾病靶点进行映射,利用网络可视化软件Cytoscape3.6.0整理并筛选出核心成分及有效靶点,再将有效靶点通过Omic Share云平台进行GO富集分析、David6.8数据库进行KEGG通路富集分析。结果独活和桑寄生活性成分根据筛选条件得到核心成分共3个,分别为槲皮素、蛇床子素和补骨脂素;核心靶点24个,包括PTGS2、PTGS1、ESR1、ADRB2等;获得2 509条GO生物过程,包括对含氧化合物的反应、对有机物的反应、细胞对化学刺激的反应等; 193条分子功能,包括对酶结合、同一蛋白结合、信号受体结合等; 113条细胞组成,包括膜筏、膜微区、膜区等;获得KEGG信号通路12条,肿瘤坏死因子信号通路、低氧诱导因子-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等为治疗骨质疏松症关键通路。结论独活和桑寄生配伍的多成分、多靶点、多通路通过抗炎和抗氧化的作用,从而治疗骨质疏松症,为中药复方治疗疾病的作用机制提供科学依据。     

二仙汤防治骨质疏松症的网络药理学研究

目的通过网络药理学分析二仙汤防治骨质疏松症(osteoporosis,OP)的关键靶点,探讨二仙汤防治OP的可能机制及信号通路。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选二仙汤的入血活性成分并预测其作用靶点;利用基因表达数据库(GEO)获取GSE56116基因芯片原始数据,分析二仙汤的治疗靶点;从疾病相关数据库检索已知OP致病基因;通过STRING和Cytoscape软件映射获得二仙汤治疗OP的关键靶点,建立关键靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行KEGG和GO富集分析揭示其可能的作用机制。结果通过检索TCMSP获得符合筛选标准的二仙汤活性成分84个,21个活性成分预测出145个作用靶点;通过R语言对基因芯片进行分析筛选出84个可能致病靶点,通过疾病相关数据平台获得691个OP相关致病靶点,利用STRING和Cytoscape构建PPI网络筛选出40个关键作用靶点和9个核心作用靶点。KEGG和GO分析结果显示,二仙汤治疗OP的关键靶点主要富集在RNA聚合酶II启动子对转录的正向调节、一氧化氮合酶等生物学进程,主要富集的信号通路为TNF信号通路、低氧诱导因子1信号通路和雌激素信号通路等。结论通过网络药理学方法阐释二仙汤可能通过TNF信号通路和HIF-1信号通路治疗OP,本研究为揭开中药复方治疗疾病的作用机制提供了科学的方法。     

淫羊藿治疗糖皮质激素性骨质疏松症分子机制的网络药理学分析

目的利用网络药理学方法探索淫羊藿治疗糖皮质激素性骨质疏松症(glucocorticoid-induced osteoporosis,GIOP)的分子作用机制。方法运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选淫羊藿的活性成分及相关靶点;运用Gene Cards数据库、OMIM数据库获取GIOP的疾病靶点;通过R语言将药物靶点与GIOP疾病靶点取交集;利用Cytoscape 3.7.0软件构建"淫羊藿-活性成分-GIOP靶点"网络;运用String数据库构建"淫羊藿-GIOP"共同靶点蛋白互作网络;运用R语言进行GO生物功能和KEGG通路富集分析。结果通过筛选获得淫羊藿的23个主要活性成分,一共涉及GIOP相关的65个靶点;槲皮素(quercetin)、山奈酚(kaempferol)、木犀草素(luteolin)和淫羊藿苷(anhydroicaritin)能与10个以上相关靶点连接,是淫羊藿治疗GIOP的主要成分;白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、丝裂原激活蛋白激酶-8(MAPK8)、胱冬酶-3(CASP3)和雌激素受体-1(ESR1)是"淫羊藿-GIOP"共同靶点蛋白互作关系中连接次数最多的5个靶点,为核心靶点基因。结论淫羊藿有可能是通过前列腺癌信号通路、细胞凋亡信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、TNF信号通路和糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路等多个途径发挥治疗GIOP的作用。为后期的药效机制研究提供了新的思路和方向。