单管等位基因特异性扩增法同时测定多重单核苷酸多态性

目的:建立了一种单管等位基因特异性扩增法同时测定多重单核苷酸多态性(SNP).方法:以TYP基因外显子1上的3个SNP位点(71G>A、425A>T和758G>A)为例,首先采用PCR预扩增得一段含所有待测SNP位点的长片段;然后用限制性内切酶将其消化成短片段,在连接酶的作用下与设计的DNA适配器相连;以此连接产物为模板,在单个PCR管中加入一种适配器特异性通用引物和所有等位基因特异性引物进行PCR扩增;最后用琼脂糖凝胶电泳法分离检测PCR扩增产物,并根据扩增片段的大小判断SNP的类型.结果:采用该法成功测定了30名健康中国人的TYP基因中的3个SNP位点,与限制性片段长度多态性法(RFLP)测定结果完全一致.结论:该方法特异性高、结果准确、检测成本低,可用于同时测定多个SNP位点.     

SAPAP3基因多态性与强迫症的关联性分析

目的：探讨SAPAP3基因多态性与强迫症的关系,为强迫症的易感基因研究奠定基础。方法：采用聚合酶链式反应-限制性内切酶片段长度多态性(PCR-RFLP)方法对190例强迫症大学生和190例健康大学生SAPAP3基因上的标签SNP位点rs11264155进行基因型检测。结果：rs11264155位点PCR扩增目的片段长度为219 bp,经酶切后呈现CC、CG、GG 3种基因型;rs11264155位点基因型频数分布符合Hardy-Weinberg平衡定律;rs11264155位点在病例组和对照组中基因型频数和等位基因频数分布差异无显著性(P>0.05);该位点的基因型频数和等位基因频数在不同临床类型的强迫症大学生中分布差异无显著性(P>0.05)。结论：SAPAP3基因tag SNP rs11264155位点的多态性可能与强迫症的发生无关联。     

基于等位基因特异性引物延伸的高分辨率熔解曲线基因分型方法的建立

目的建立基于等位基因特异引物延伸的高分辨率熔解曲线法(allele-specific-extension high resolution melting curve analysis,ASE-HRM)。方法 ASE-HRM法是在普通高分辨率熔解曲线法(high resolution melting curve analysis,HRM)的PCR反应体系中加入一条等位基因特异性延伸引物(allele-specific-extension,ASE),该引物末端终止于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,匹配一种等位基因。增加热循环次数,使等位基因特异性引物得以延伸。选取rs1869458位点,用ASE-HRM法和直接测序法对194个人源基因组DNA样品进行基因分型。结果通过分析熔解曲线扩增峰,可区分杂合型和纯合型SNP;通过分析有无引物延伸峰,可区分2种纯合型;同时证明长度为11到13个碱基的ASE引物能得到较好的分型结果;使用锁定核酸(locked nucleic acid,LNA)修饰扩增引物可增加扩增产物和延伸产物的解链温度(melting temperature,Tm)差距,简化基因分型。2种方法对所选DNA样品基因分型所得结果完全吻合。结论 ASE-HRM是一种简单、廉价、闭管并能用于检测所有类型SNP的基因分型法。     

ALM-ASA法鉴别人参和西洋参ITS及5.8s基因上单核苷酸多态性位点

目的：查找并发现参类药材的单核苷酸多态性（SNP）位点，利用SNP的准确测定来鉴别人参和西洋参。方法：根据ITS及5．8s基因上人参和西洋参的SNP位点设计特异性引物，利用适配器连接介导的等位基因特异性扩增法（ALM-ASA）进行检测。结果：PCR反应体系优化后，能在同一反应中同时鉴别人参、西洋参。根据凝胶电泳中扩增片段的大小判断SNP的类型，出现294bp条带的为人参，111bp条带的为西洋参。结论：ALM-ASA法极大提高了PCR反应的特异性，结果准确，可同时测定多个SNP位点。采用该方法测定ITS及5．8s基因上的SNP位点能有效地对参类品种进行鉴别和质量控制。     

中国人群中肾上腺素α2A受体基因SNP的分布及其对基因表达的影响

目的：在中国人群肾上腺素α2A受体(α2A-AR)基因中搜寻单核苷酸多态性(SNP)并研究其对基因表达的影响。方法：对α2A-AR基因进行序列分析，搜寻SNP。从全血中提取基因组DNA，扩增包含G／C多态性位点的239bpDNA片段。利用PCR-RFLP方法对中国北方人群α2A-AR基因-1296bp位点SNP进行基因分型。利用凝胶阻滞方法研究含G／C的390bp DNA片段与细胞核提取物的结合。结果：在中国北方人群α2A-AR基因中共发现2处SNP。-1296位SNP等位基因G、C频率分别为0．61和0．39，基因型GC,，C,C，CC频率分别为0．34，0．54，0．13。EMSA结果表明，细胞核提取物与-1296bp为C的DNA片段可特异性结合。结论：中国北方人群啦α2A-AR基因中存在2处SNP，调控区(-1296位)SNP等位基因为C的DNA片段可与特异性蛋白质结合，可能通过这一机制影响基因表达。     

GPRA基因多态性与儿童支气管哮喘的关联性

目的：探讨位于7号染色体（q15-14）的GPRA基因多态性与中国北方汉族儿童支气管哮喘的关系。方法：采用PCR-RFLP方法检测118例儿童支气管哮喘患者和123名健康对照儿童GPRA基因rs324960和rs324389位点的单核苷酸多态性(SNP)。结果：rs324960位点和rs324389位点PCR扩增目的片段分别为300 bp和359 bp,经酶切后都呈现CC、CT、TT 3种基因型。2位点的3种基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律。rs324960位点在两组人群中基因型频数分布 (χ²=1.73,P>0.05)和等位基因频数分布(χ²=1.43,P>0.05) 差异均无显著性;rs324389位点基因型频数分布 (χ²=0.27,P>0.05)和等位基因频数分布(χ²=0.07,P>0.05) 差异无显著性。结论：GPRA基因rs324960和rs324389位点的SNP可能与儿童支气管哮喘的发生无关联。     

自噬体基因ATG16L1多态性与炎症性肠病的相关性研究

目的 检测炎症性肠病(IBD)患者ATG16L1基因单核苷酸多态性(SNP)位点rs2241880的等位基因多态性与IBD易感性间的关系.方法 抽取80例IBD患者,其中40例克罗恩病(CD)患者、40例溃疡性结肠炎(UC)患者,50例健康者外周静脉血并提取DNA,根据目的 基因片断设计特异性引物,并应用PCR方法 扩增DNA样本中的目的 基因片断.并对扩增的目的 基因片断进行测序,其测序结果与正常序列进行比较并分析等位基因的多态性与疾病易感性之间的相关性.结果 CD和UC患者与正常对照组之间ATG16L1基因SNP位点rs2241880的等位基凼多态性之间无明显差异(X2=4.94,P=0.293).结论 国外文献报道的与CD相关的易感基因ATG16L1的多态性位点rs2241880,在本组CD患者中并未发现与CD易感性相关,国外发现的与CD易感性相关的ATG16L1基因的SNP位点可能不是中国CD患者的易感性基因位点.     

单核苷酸多态性分析在近交系大鼠遗传检测中的应用

目的 研究SNP在近交系大鼠遗传检测中的应用.方法 选取大鼠20号染色体MHC所在P12区上的9个SNP位点,应用新建立的高保真酶特异性检测SNP基因分型技术对五种常用近交系大鼠(BN、F344、WKY、LEW 、SHR)和两种新培育近交系大鼠(MIJ和HFJ)进行SNP多态性分析.结果 五种常用近交系的SNP检测结果与Rat Genome Database网站提供的基因型数据一致,并检测确立了新品系的SNP基因型.同时绘制出七种近交系大鼠在该9个SNP位点的遗传扩增图谱.结论 运用所筛选的9个SNP位点进行大鼠多态性分析,能够快速、可靠地对BN、F344、WKY、LEW、SHR及MIJ、HFJ进行遗传监测.     

抑癌基因PTEN单核苷酸多态性与胃癌的关联性分析

目的：探讨抑癌基因PTEN的两个单核苷酸多态性（SNP）位点rs2735343和rs701848与中国北方汉族人群胃癌的关系,阐明二者是否是胃癌发生的易感位点。方法：应用PCR-RFLP法检测58例胃癌患者（病例组）与104例健康者（对照组）的PTEN的SNP位点rs2735343和rs701848的基因型,应用SPSS 10.0分析PTEN的基因多态性与胃癌的关联性。结果：rs2735343位点的PCR扩增目的片段长度为272 bp,经酶切后呈现GG、GC、CC　3种基因型;rs701848位点的PCR扩增目的片段长度为394 bp,经酶切后呈现TT、TC、CC　3种基因型; rs2735343与rs701848两个SNPs基因型分布在病例组（P=0.062;P=0.055）和对照组（P=0.246;P=0.692）均符合Hardy-Weinberg平衡;这两个SNPs在病例组的等位基因及基因型频数分布与对照组比较差异均无显著性（P>0.05）。结论：PTEN的SNP位点rs2735343和rs701848与中国北方汉族人群胃癌无关联性,可能不是此人群胃癌的易感位点。
     

应用SEFA-PCR扩增刺五加内生青霉鲨烯合酶基因的旁邻序列

①目的 克隆刺五加内生青霉Penicillium minioluteum P116-1a鲨烯合酶(squalene synthase,SS)基因的旁邻序列.②方法 根据已经获得的P.minioluteum P116-1a SS DNA序列设计特异性性引物,采用SEFA-PCR(self-formed adaptor PCR)扩增其3'和5'末端未知序列.③结果 3'末端扩增获得长约5 000 bp的片段,5'末端扩增获得长约3 000bp的片段.④结论 首次应用SEFA-PCR技术扩增获得P.minioluteum P116-1a SS基因的末端序列,为进一步研究该基因对刺五加皂苷含量的作用机制奠定了基础.     

Discrimination of mitochondrial DNA 10400 locus by SNP-operated on/off Switch

Objective:To apply reformed AS-PCR, which combined phosphorothioate-modified primers with exo polymerase, in single nucle- otide polymorphism discrimination of mitochondrial DNA 10400 locus. Methods: We used the mtDNA 10400 locus to design unmodi- fied and 3′phosphorothioate-modified allele-specific primers for PCR, which was performed using polymerases with and without 3′exonuclease activities. The effects of these primers on primer-extension were evaluated by agarose gel electrophoresis. Results: The unmodified primers were extended by both exo- and exo polymerase irrespective of whether the primers were matched or mismatched with the templates. However, the 3′phosphorothioate-modified primers with a terminal mismatch triggered an" off- switch"of exo polymerase when compared to exo-polymerase. Conclusion: The"on/off"switch constituted by the combination of 3′phosphorothioate-modified primers with exo polymerase is a cost-effective, high-throughput and reliable method for SNP typing, which will be of enormous application in association studies by single nucleotide polymorphism screening.     

PCR-CTPP技术在MDR1基因SNP分型中的应用

目的:建立两对引物-聚合酶链反应(PCR-CTPP)技术改进体系-两步法PCR-CTPP,研究其在MDR1基因SNP的快速分型中的应用价值。方法:采用两步法PCR-CTPP技术对158例的癫痫患者MDR1基因rs3789243和rs2235046进行检测分型,并以DNA测序验证基因分型结果。结果:通过两步法PCR-CTPP得到的基因分型结果与DNA测序得到的基因分型结果完全一致。结论:改进的两步法PCR-CTPP技术是一种可靠、快速的对基因SNP分型检测方法,能在普通实验室广泛应用,有助于基因SNP的分型研究。     

四引物扩增受阻突变体系聚合酶链反应在SNP基因分型中的研究

目的 探讨四引物扩增受阻突变体系聚合酶链反应(tetra-primer amplification refractory mutation system-potymerase chain reaction,tetra-primer ARMS-PCR)在SNP基因分型中的应用. 方法 利用人EXO1基因第10外显子CA9T单核苷酸多态性为研究对象,以tetra-primer ARMS-PCR的原理设计四种引物进行扩增,从而对Mg2 浓度、dN浓度、Taq酶用量及内外引物浓度比例4个因素进行优化. 结果 当反应体系的退火温度为51℃,Mg2 浓度、dNTP浓度分别为2.0 nanol/L、0.1 mmol/L,Taq酶用量为0.5 U,内/外引物浓度为1/0.2μmol/L时,tetra-primer ARMS-PCR应用于该SNP位点的基因分型结果最佳. 结论 四引物扩增受阻突变体系聚合酶链反应是SNP基因分型的一种可行方法,但在应用时需对反应条件进行必要的优化.     

PCR-DGGE法检测DNA碱基突变及多态性的方法学评价

目的 了解聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis, PCR-DGGE)法检测DNA碱基突变和分辨单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)的能力.方法 分别用DNA序列分析法及PCR-DGGE法检测白血病患者治疗前及缓解期的白细胞线粒体DNA D-loop区,以缓解期为对照,了解两种方法检测治疗前白细胞线粒体DNA D-loop区突变的能力并作比较.同时将野生型和突变型DNA以不同比例混合模拟DNA多态性存在,以了解PCR-DGGE检测SNP的灵敏度.结果 以DNA序列分析作为对照,PCR-DGGE法检测碱基突变的特异度达到100%,灵敏度为97.1%;PCR-DGGE可检出单碱基突变;PCR-DGGE可检测出约0.5%的多态性存在.结论 PCR-DGGE是一个检测DNA碱基突变和多态性存在的较好的方法.     

突变敏感性分子开关对乳腺癌DBC2基因7776C〉T突变的快速检测

目的应用硫化磷酸修饰的碱基特异性引物和高保真DNA聚合酶所构成的突变敏感性分子开关技术结合琼脂糖凝胶电泳,快速检测乳腺癌及乳腺纤维腺瘤中DBC2基因7776C〉T突变频率。方法设计2对分别与DBC2基因7776位点突变碱基（C）和野生碱基（T）配对的硫化磷酸修饰的引物,硫化磷酸修饰等位基因位点特异性引物与组织DNA样本完全配对时,能被高保真聚合酶延伸,而硫化磷酸修饰等位基因位点特异性引物与组织DNA样本不完全配对时,不能被高保真聚合酶延伸。用此突变敏感性分子开关技术对85例乳腺癌组织DNA样本及10例乳腺纤维腺瘤组织DNA样本进行PCR检测,并利用凝胶成像系统对PCR产物进行分析。结果利用分子开关技术在85例乳腺癌组织DNA样本中检测出DBC2基因7776C〉T突变率为2．4％（2／85）,10例乳腺纤维腺瘤未发现该突变。结论该突变敏感性分子开关技术结合琼脂糖凝胶电泳可快速检测乳腺癌DBC2基因7776C〉T突变。突变敏感性分子开关技术可在单碱基水平对相关基因突变进行特异性检测,提示其在乳腺癌等基因突变检测中具有广阔的应用前景。     

蠕形螨ISSR-PCR的反应体系优化及引物筛选

目的以蠕形螨的DNA为模板,对蠕形螨简单重复序列锚定PCR(ISSR-PCR)反应体系优化并对ISSR引物进行筛选,为ISSR分析奠定基础。方法用自然沉降法收集山羊蠕形螨,用基因组DNA提取试剂盒提取山羊蠕形螨DNA,并以此为模板,以(CA)8RG(R为1分子的嘧啶)为引物,利用正交实验法,从Mg2+浓度、引物用量、dNTPs、DNA模板用量和TaqDNA聚合酶以及退火温度对蠕形螨ISSR-PCR反应体系进行优化,并以优化的反应体系筛选ISSR-PCR的引物。结果 ISSR-PCR 25μL最佳反应体系包括:0.4 mmol/L Mg2+、30 pmol引物、30～60 ng模板DNA、2u Taq酶,最佳退火温度为49℃、循环35次。筛选出10条条带清晰、多态性好、重复性高的引物。结论筛选出蠕形螨ISSR-PCR最佳反应体系和理想的引物,为蠕形螨的分子生物学研究奠定了基础。     

湘产百合核心种质库的SRAP体系的建立

目的确立适用于湘产百合核心种质库的相关序列扩增多态性（SRAP）反应体系。方法根据构建核心种质库的需求,对实验步骤、评分规则进行针对性改良,通过Mg2＋、d NTPs、引物、Taq酶、模板5因素4水平的正交试验与单因素试验构建SRAP体系,并筛选出适用引物。结果最佳反应体系（20μL）：Mg^2＋浓度2.5 mmol/L,d NTPs浓度0.20μmol/L,引物浓度0.20μmol/L,Taq酶1.0 U,模板DNA 50 ng能获得明亮清晰的扩增条带;并由144对引物组合中筛选出32对产物稳定、多态性丰富的引物组合。结论该体系具有较高的稳定性,并可提高引物使用率,满足百合核心种质构建对大信息量的需求,适用于湘产百合核心种质库的研究。     

国外实验动物信息资源网站

目的建立实验兔随机扩增多态DNA（RAPD）的最优反应体系,并对RAPD引物进行筛选优化。方法以白毛黑眼（WHBE）兔,日本大耳白（JW）兔,新西兰（NZW）兔为实验材料,对影响RAPD反应的各因素进行优化,摸索出最佳的Mg^2＋,dNTP,Taq酶,引物和DNA模板的浓度,并从60个随机引物中筛选出适合实验兔RAPD反应的引物。结果最优RAPD—PCR反应体系为：在20山的反应体系中,Mg^2＋1．5mmol／L,dNTP0．25mmol／L,Taq酶1．25U,引物5μmol／L,模板DNA40ng。60个RAPD引物中剔除了重复性差,条带模糊的引物后,有25个引物稳定,扩增出来的条带清晰、多态性高。结论本研究筛选出的25个引物和建立的PCR体系可应用于实验兔的RAPD反应。